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Accounting for the Central Role of Interfacial Water in Protein-Ligand Binding Free Energy Calculations

artículo científico publicado en 2020

Alchemical Binding Free Energy Calculations in AMBER20: Advances and Best Practices for Drug Discovery

scientific article published on 16 September 2020

Boosting Virtual Screening Enrichments with Data Fusion: Coalescing Hits from Two-Dimensional Fingerprints, Shape, and Docking ⬇️

artículo científico publicado el 3 de julio de 2013

Close intramolecular sulfur–oxygen contacts: modified force field parameters for improved conformation generation ⬇️

artículo científico publicado el 6 de octubre de 2012

Computer-Aided Drug Design of Falcipain Inhibitors: Virtual Screening, Structure–Activity Relationships, Hydration Site Thermodynamics, and Reactivity Analysis ⬇️

artículo científico publicado el 28 de febrero de 2012

Consensus Induced Fit Docking (cIFD): methodology, validation, and application to the discovery of novel Crm1 inhibitors ⬇️

artículo científico publicado el 30 de septiembre de 2012

Current Assessment of Docking into GPCR Crystal Structures and Homology Models: Successes, Challenges, and Guidelines ⬇️

artículo científico publicado el 15 de noviembre de 2012

Exploring Protein Flexibility: Incorporating Structural Ensembles From Crystal Structures and Simulation into Virtual Screening Protocols ⬇️

artículo científico publicado el 23 de abril de 2012

Fast Equilibration of Water between Buried Sites and the Bulk by Molecular Dynamics with Parallel Monte Carlo Water Moves on Graphical Processing Units

artículo científico publicado en 2021

Generation of Receptor Structural Ensembles for Virtual Screening Using Binding Site Shape Analysis and Clustering ⬇️

artículo científico publicado el 23 de mayo de 2012

Hole filling and library optimization: Application to commercially available fragment libraries ⬇️

artículo científico publicado el 24 de marzo de 2012

Improved Docking of Polypeptides with Glide ⬇️

artículo científico publicado el 10 de julio de 2013

In search of novel ligands using a structure-based approach: a case study on the adenosine A2A receptor

artículo científico publicado en 2016

Kernel-Based Partial Least Squares: Application to Fingerprint-Based QSAR with Model Visualization ⬇️

artículo científico publicado el 19 de agosto de 2013

Physics-based modeling provides predictive understanding of selectively promiscuous substrate binding by Hsp70 chaperones

artículo científico publicado en 2021

Precise Binding Free Energy Calculations for Multiple Molecules Using an Optimal Measurement Network of Pairwise Differences

artículo científico publicado en 2021

Protein and ligand preparation: parameters, protocols, and influence on virtual screening enrichments ⬇️

artículo científico publicado el 12 de abril de 2013

Rapid Shape-Based Ligand Alignment and Virtual Screening Method Based on Atom/Feature-Pair Similarities and Volume Overlap Scoring ⬇️

artículo científico publicado el 15 de septiembre de 2011

Relative Binding Free Energy Calculations in Drug Discovery: Recent Advances and Practical Considerations

artículo científico publicado en 2017

Rigorous Free Energy Simulations in Virtual Screening

artículo científico publicado en 2020

Selecting an optimal number of binding site waters to improve virtual screening enrichments against the adenosine A2A receptor

artículo científico publicado en 2014

Thermodynamic analysis of water molecules at the surface of proteins and applications to binding site prediction and characterization ⬇️

artículo científico publicado el 16 de diciembre de 2011

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