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Lista de obras de David Haussler

28-way vertebrate alignment and conservation track in the UCSC Genome Browser

artículo científico publicado en 2007

29 Mammalian Genomes Reveal Novel Exaptations of Mobile Elements for Likely Regulatory Functions in the Human Genome ⬇️

artículo científico publicado el 27 de agosto de 2012

31st Annual Meeting and Associated Programs of the Society for Immunotherapy of Cancer (SITC 2016): part one

artículo científico publicado en 2016

A Distributed Network for Intensive Longitudinal Monitoring in Metastatic Triple-Negative Breast Cancer

artículo científico publicado en 2016

A draft human pangenome reference

scientific article published on 10 May 2023

A graph-theoretic generalization of the Sauer-Shelah lemma

A high-resolution map of human evolutionary constraint using 29 mammals

artículo científico publicado en 2011

A physical map of the human genome

artículo científico publicado en 2001

A population genetic hidden Markov model for detecting genomic regions under selection

artículo científico publicado en 2010

A unifying model of genome evolution under parsimony

artículo científico publicado en 2014

A user guide for the online exploration and visualization of PCAWG data

artículo científico publicado en 2020

Abstract 2985: Predicting the impact of mutations in cancer using an integrated pathway approach

Abstract 5087: UCSC Cancer Genomics Browser 2.0

Abstract 60: The MedBook network for cancer precision medical care

Abstract A39: The UCSC Cancer Genomics Browser

Alignathon: a competitive assessment of whole-genome alignment methods

artículo científico publicado en 2014

An RNA gene expressed during cortical development evolved rapidly in humans

artículo científico publicado en 2006

An evolutionary arms race between KRAB zinc-finger genes ZNF91/93 and SVA/L1 retrotransposons

artículo científico publicado en 2014

Analyses of deep mammalian sequence alignments and constraint predictions for 1% of the human genome

artículo científico publicado en 2007

Analysis of human mRNAs with the reference genome sequence reveals potential errors, polymorphisms, and RNA editing

artículo científico publicado en 2004

Assemblathon 1: a competitive assessment of de novo short read assembly methods

artículo científico publicado en 2011

Assemblathon 2: evaluating de novo methods of genome assembly in three vertebrate species

artículo científico publicado en 2013

Author Correction: Comparative and demographic analysis of orang-utan genomes

artículo científico publicado en 2022

BRCA Challenge: BRCA Exchange as a global resource for variants in BRCA1 and BRCA2

artículo científico publicado en 2018

Biased clustered substitutions in the human genome: the footprints of male-driven biased gene conversion

artículo científico publicado en 2007

Blockchain-Authenticated Sharing of Genomic and Clinical Outcomes Data of Patients With Cancer: A Prospective Cohort Study

artículo científico publicado en 2020

Building a pan-genome reference for a population

artículo científico publicado en 2015

Building the minimal DFA for the set of all subwords of a word on-line in linear time ⬇️

scholarly article by Blumer et al. which introduced DAWG

Cactus Graphs for Genome Comparisons

artículo científico publicado en 2010

Cactus graphs for genome comparisons

artículo científico publicado en 2011

Cactus: Algorithms for genome multiple sequence alignment

artículo científico

Canonical, stable, general mapping using context schemes ⬇️

artículo científico publicado en 2015

Chromosome-scale shotgun assembly using an in vitro method for long-range linkage ⬇️

artículo científico publicado en 2016

Classifying G-protein coupled receptors with support vector machines

scientific journal article

Coding exon detection using comparative sequences

artículo científico publicado en 2006

Combining phylogenetic and hidden Markov models in biosequence analysis

artículo científico publicado en 2004

Combining phylogenetic and hidden Markov models in biosequence analysis

scholarly article published 2003

Comparative Annotation Toolkit (CAT) - simultaneous clade and personal genome annotation

article published in 2017

Comparative Annotation Toolkit (CAT)-simultaneous clade and personal genome annotation

Comparative Genomic Analysis Using the UCSC Genome Browser

Comparative and demographic analysis of orang-utan genomes

artículo científico publicado en 2011

Comparative assembly hubs: web-accessible browsers for comparative genomics

artículo científico publicado en 2014

Comparative genomic analysis using the UCSC genome browser

artículo científico publicado en 2007

Comparative genomics reveals insights into avian genome evolution and adaptation

artículo científico publicado en 2014

Comparative genomics search for losses of long-established genes on the human lineage

artículo científico publicado en 2007

Comparative recombination rates in the rat, mouse, and human genomes

scientific article published on April 2004

Comparison of sequencing-based methods to profile DNA methylation and identification of monoallelic epigenetic modifications.

artículo científico publicado en 2010

Complete inverted files for efficient text retrieval and analysis ⬇️

scholarly article by Blumer et al.

Comprehensive Molecular Characterization of Papillary Renal-Cell Carcinoma

artículo científico publicado en 2015

Comprehensive Pan-Genomic Characterization of Adrenocortical Carcinoma

article

Computational identification of evolutionarily conserved exons

Computational reconstruction of ancestral DNA sequences

artículo científico publicado en 2008

Computational screening of conserved genomic DNA in search of functional noncoding elements

artículo científico publicado en 2005

Counterexample to a claim about the reconstruction of ancestral character states

artículo científico publicado en 2005

Covariation in frequencies of substitution, deletion, transposition, and recombination during eutherian evolution

artículo científico publicado en 2003

DUPCAR: reconstructing contiguous ancestral regions with duplications

artículo científico publicado en 2008

David Haussler ⬇️

artículo científico publicado el 1 de marzo de 2011

Dense sampling of bird diversity increases power of comparative genomics

artículo científico publicado en 2020

Detecting coevolution in and among protein domains

artículo científico publicado en 2007

Discovering causal pathways linking genomic events to transcriptional states using Tied Diffusion Through Interacting Events (TieDIE).

artículo científico publicado en 2013

Discovery of functional elements in 12 Drosophila genomes using evolutionary signatures

artículo científico publicado en 2007

Double minute chromosomes in glioblastoma multiforme are revealed by precise reconstruction of oncogenic amplicons

artículo científico publicado en 2013

ENCODE data in the UCSC Genome Browser: year 5 update

artículo científico publicado en 2013

ENCODE whole-genome data in the UCSC Genome Browser

artículo científico publicado en 2009

ENCODE whole-genome data in the UCSC Genome Browser: update 2012.

artículo científico publicado en 2011

ENCODE whole-genome data in the UCSC genome browser (2011 update)

artículo científico publicado en 2011

Earth BioGenome Project: Sequencing life for the future of life

artículo científico publicado en 2018

Editing modifies the GABA(A) receptor subunit alpha3

artículo científico publicado en 2007

Efficient approximations for learning phylogenetic HMM models from data

artículo científico publicado en 2004

Endangered species hold clues to human evolution

artículo científico publicado en 2010

Evolution's cauldron: duplication, deletion, and rearrangement in the mouse and human genomes

artículo científico publicado en 2003

Evolutionarily conserved elements in vertebrate, insect, worm, and yeast genomes

artículo científico publicado en 2005

Evolutionary and Biomedical Insights from the Rhesus Macaque Genome

artículo científico publicado en 2007

Exploring TCGA Pan-Cancer data at the UCSC Cancer Genomics Browser

artículo científico publicado en 2013

Exploring relationships and mining data with the UCSC Gene Sorter

artículo científico publicado en 2005

Facilitating a culture of responsible and effective sharing of cancer genome data

artículo científico publicado en 2016

Feather development genes and associated regulatory innovation predate the origin of Dinosauria

artículo científico publicado en 2015

Forces Shaping the Fastest Evolving Regions in the Human Genome

Forces shaping the fastest evolving regions in the human genome

artículo científico publicado en 2006

FragSeq: transcriptome-wide RNA structure probing using high-throughput sequencing

artículo científico publicado en 2010

GA4GH: International policies and standards for data sharing across genomic research and healthcare

artículo científico publicado en 2021

GC-biased evolution near human accelerated regions

artículo científico publicado en 2010

GENCODE: the reference human genome annotation for The ENCODE Project

artículo científico publicado en 2012

Gene isoform specificity through enhancer-associated antisense transcription

artículo científico publicado en 2012

Gene structure-based splice variant deconvolution using a microarray platform

artículo científico publicado en 2003

Genome sequence of the Brown Norway rat yields insights into mammalian evolution

artículo científico publicado en 2004

Genome wide screens in yeast to identify potential binding sites and target genes of DNA-binding proteins

artículo científico publicado en 2007

HAL: a hierarchical format for storing and analyzing multiple genome alignments

artículo científico publicado en 2013

High-resolution comparative analysis of great ape genomes

artículo científico publicado en 2018

Highly accurate classification of Watson-Crick basepairs on termini of single DNA molecules

artículo científico publicado en 2003

Hotspots of mammalian chromosomal evolution

artículo científico publicado en 2004

How to use expert advice

How to use expert advice

Human genome ultraconserved elements are ultraselected

artículo científico publicado en 2007

Human tRNA genes function as chromatin insulators

artículo científico publicado en 2011

Human-mouse alignments with BLASTZ

artículo científico publicado en 2003

Identification and Classification of Conserved RNA Secondary Structures in the Human Genome

artículo científico publicado en 2006

Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project

artículo científico publicado en 2007

Identification and characterization of multi-species conserved sequences

artículo científico publicado en 2003

Identification and classification of conserved RNA secondary structures in the human genome

artículo científico publicado en 2006

Increased mutation and gene conversion within human segmental duplications

scientific article published on 10 May 2023

Inference of patient-specific pathway activities from multi-dimensional cancer genomics data using PARADIGM.

artículo científico publicado en 2010

Information-theoretic dissection of pairwise contact potentials.

artículo científico publicado en 2002

Initial sequencing and analysis of the human genome

artículo científico publicado en 2001

Initial sequencing and comparative analysis of the mouse genome

artículo científico publicado en 2002

Integrated molecular profiles of invasive breast tumors and ductal carcinoma in situ (DCIS) reveal differential vascular and interleukin signaling

artículo científico publicado en 2011

Integration of the cytogenetic map with the draft human genome sequence

artículo científico publicado en 2003

International network of cancer genome projects

artículo científico publicado en 2010

Into the heart of darkness: large-scale clustering of human non-coding DNA.

artículo científico publicado en 2004

LS-SNP: large-scale annotation of coding non-synonymous SNPs based on multiple information sources.

artículo científico publicado en 2005

Learnability and the Vapnik-Chervonenkis dimension

Life, the universe, and everything: an interview with David Haussler

artículo científico

Light-weight electrophysiology hardware and software platform for cloud-based neural recording experiments

artículo científico publicado en 2021

Long-read sequence assembly of the gorilla genome

artículo científico publicado en 2016

Loss-of-function mutations in Notch receptors in cutaneous and lung squamous cell carcinoma

artículo científico publicado en 2011

Low cost cloud based remote microscopy for biological sciences

artículo científico publicado en 2021

Meta-alignment with crumble and prune: partitioning very large alignment problems for performance and parallelization ⬇️

artículo científico publicado en 2011

Molecular Profiling Reveals Biologically Discrete Subsets and Pathways of Progression in Diffuse Glioma

artículo científico

Nanopore sequencing and the Shasta toolkit enable efficient de novo assembly of eleven human genomes

artículo científico publicado en 2020

Navigating protected genomics data with UCSC Genome Browser in a Box.

artículo científico publicado en 2014

New Methods for Detecting Lineage-Specific Selection

Ongoing GC-Biased Evolution Is Widespread in the Human Genome and Enriched Near Recombination Hot Spots ⬇️

artículo científico publicado el 21 de junio de 2011

Online resources for PCAWG data exploration, visualization, and discovery

scholarly article published 14 July 2017

PARADIGM-SHIFT predicts the function of mutations in multiple cancers using pathway impact analysis

artículo científico publicado en 2012

Patterns of insertions and their covariation with substitutions in the rat, mouse, and human genomes

scientific article published on April 2004

Phylogenetic Hidden Markov Models

article

Phylogenetic estimation of context-dependent substitution rates by maximum likelihood

artículo científico publicado en 2003

Phylogenomic resources at the UCSC Genome Browser

artículo científico publicado en 2008

Picroscope: low-cost system for simultaneous longitudinal biological imaging

artículo científico publicado en 2021

Positive selection in noncoding genomic regions of vocal learning birds is associated with genes implicated in vocal learning and speech functions in humans

Posttranscriptional crossregulation between Drosha and DGCR8.

artículo científico publicado en 2009

Progressive Cactus is a multiple-genome aligner for the thousand-genome era

artículo científico publicado en 2020

Progressive alignment with Cactus: a multiple-genome aligner for the thousand-genome era

artículo científico publicado en 2019

RADIA: RNA and DNA integrated analysis for somatic mutation detection

artículo científico publicado en 2014

Reconstructing contiguous regions of an ancestral genome

artículo científico publicado en 2006

Reconstructing large regions of an ancestral mammalian genome in silico

artículo científico publicado en 2004

Representing and decomposing genomic structural variants as balanced integer flows on sequence graphs

artículo científico publicado en 2016

Retrocopy contributions to the evolution of the human genome

artículo científico publicado en 2008

Retrotransposition of gene transcripts leads to structural variation in mammalian genomes

artículo científico publicado en 2013

Scale-sensitive dimensions, uniform convergence, and learnability

Score functions for determining regional conservation in two-species local alignments

artículo científico publicado en 2004

Sequence and comparative analysis of the chicken genome provide unique perspectives on vertebrate evolution

artículo científico publicado en 2004

Sharing Clinical and Genomic Data on Cancer - The Need for Global Solutions

artículo científico publicado en 2017

Species-specific endogenous retroviruses shape the transcriptional network of the human tumor suppressor protein p53.

artículo científico publicado en 2007

Spiking neural state machine for gait frequency entrainment in a flexible modular robot

scientific article published on 21 October 2020

Stability of SARS-CoV-2 phylogenies

scientific article published on 18 November 2020

Subtype and pathway specific responses to anticancer compounds in breast cancer

artículo científico publicado en 2011

Targeted discovery of novel human exons by comparative genomics

artículo científico publicado en 2007

The Cancer Genomics Hub (CGHub): overcoming cancer through the power of torrential data

artículo científico publicado en 2014

The ENCODE Project at UC Santa Cruz

artículo científico publicado en 2006

The Earth BioGenome Project 2020: Starting the clock

artículo científico publicado en 2022

The Human Epigenome Browser at Washington University

artículo científico publicado en 2011

The Human Pangenome Project: a global resource to map genomic diversity

artículo científico publicado en 2022

The NIH BD2K center for big data in translational genomics

artículo científico publicado en 2015

The Somatic Genomic Landscape of Glioblastoma

article

The UCSC Cancer Genomics Browser

artículo científico publicado en 2009

The UCSC Cancer Genomics Browser: update 2011

artículo científico publicado en 2010

The UCSC Cancer Genomics Browser: update 2013.

artículo científico publicado en 2012

The UCSC Cancer Genomics Browser: update 2015

artículo científico publicado en 2014

The UCSC Ebola Genome Portal

artículo científico publicado en 2014

The UCSC Genome Browser database: 2014 update

artículo científico publicado en 2013

The UCSC Genome Browser database: 2015 update

artículo científico publicado en 2014

The UCSC Genome Browser database: 2016 update

artículo científico publicado en 2015

The UCSC Genome Browser database: 2017 update

artículo científico publicado en 2017

The UCSC Genome Browser database: 2018 update

artículo científico publicado en 2017

The UCSC Genome Browser database: extensions and updates 2011.

artículo científico publicado en 2011

The UCSC Genome Browser database: extensions and updates 2013.

artículo científico publicado en 2012

The UCSC Genome Browser database: update 2011

artículo científico publicado en 2011

The UCSC Interaction Browser: multidimensional data views in pathway context

artículo científico publicado en 2013

The UCSC Known Genes

artículo científico publicado en 2006

The UCSC Proteome Browser

artículo científico publicado en 2005

The UCSC SARS-CoV-2 Genome Browser

scientific article published on 09 September 2020

The UCSC genome browser and associated tools ⬇️

artículo científico publicado el 20 de agosto de 2012

The birds of Genome10K

artículo científico publicado en 2014

The completion of the Mammalian Gene Collection (MGC).

artículo científico publicado en 2009

The consensus coding sequence (CCDS) project: Identifying a common protein-coding gene set for the human and mouse genomes

artículo científico publicado en 2009

The fishes of Genome 10K.

artículo científico publicado en 2012

The genome of the green anole lizard and a comparative analysis with birds and mammals ⬇️

artículo científico publicado en 2011

The human genome browser at UCSC

artículo científico publicado en 2002

The infinite sites model of genome evolution

artículo científico publicado en 2008

The somatic genomic landscape of glioblastoma

artículo científico publicado en 2013

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)

artículo científico publicado en 2004

The structure and evolution of centromeric transition regions within the human genome

artículo científico publicado en 2004

The structure of a rigorously conserved RNA element within the SARS virus genome

artículo científico publicado en 2005

Thousands of human mobile element fragments undergo strong purifying selection near developmental genes

artículo científico publicado en 2007

Three crocodilian genomes reveal ancestral patterns of evolution among archosaurs

artículo científico publicado en 2014

Three periods of regulatory innovation during vertebrate evolution ⬇️

artículo científico publicado en 2011

Tissue sampling methods and standards for vertebrate genomics

artículo científico publicado en 2012

Toil enables reproducible, open source, big biomedical data analyses

artículo científico publicado en 2017

Towards complete and error-free genome assemblies of all vertebrate species

artículo científico publicado en 2021

UCSC Data Integrator and Variant Annotation Integrator

artículo científico publicado en 2016

UCSC genome browser tutorial

artículo científico publicado en 2008

Unusual intron conservation near tissue-regulated exons found by splicing microarrays

artículo científico publicado en 2006

Using native and syntenically mapped cDNA alignments to improve de novo gene finding.

artículo científico publicado en 2008

Variation resources at UC Santa Cruz

artículo científico publicado en 2006

Whole-genome analyses resolve early branches in the tree of life of modern birds

artículo científico publicado en 2014

epsilon-Nets and Simplex Range Queries

artículo científico publicado en 1987

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