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Lista de obras de

A Note on the Fixed Parameter Tractability of the Gene-Duplication Problem

artículo científico publicado el 1 de mayo de 2011

A comparative encyclopedia of DNA elements in the mouse genome

artículo científico publicado en 2014

Algorithms for genome-scale phylogenetics using gene tree parsimony

artículo científico publicado en 2013

An Integrated Reconciliation Framework for Domain, Gene, and Species Level Evolution

artículo científico publicado en 2018

An Omega(n2/ log n) speed-up of TBR heuristics for the gene-duplication problem

artículo científico publicado en 2008

Assessing the accuracy of phylogenetic rooting methods on prokaryotic gene families

artículo científico publicado en 2020

Efficient algorithms for the reconciliation problem with gene duplication, horizontal transfer and loss

artículo científico publicado en 2012

Efficient genome-scale phylogenetic analysis under the duplication-loss and deep coalescence cost models

artículo científico publicado en 2010

Exact Algorithms for Duplication-Transfer-Loss Reconciliation with Non-Binary Gene Trees

artículo científico publicado en 2017

Genome-scale phylogenetics: inferring the plant tree of life from 18,896 gene trees

artículo científico publicado en 2011

Improved gene tree error correction in the presence of horizontal gene transfer

artículo científico publicado en 2014

Inferring species trees from gene duplication episodes

article

Linear-time algorithms for phylogenetic tree completion under Robinson-Foulds distance

artículo científico publicado en 2020

On the Complexity of Duplication-Transfer-Loss Reconciliation with Non-Binary Gene Trees

artículo científico publicado en 2015

On the impact of uncertain gene tree rooting on duplication-transfer-loss reconciliation

article

Pareto-optimal phylogenetic tree reconciliation

artículo científico publicado en 2014

PhyloFinder: an intelligent search engine for phylogenetic tree databases

artículo científico publicado en 2008

RANGER-DTL 2.0: rigorous reconstruction of gene-family evolution by duplication, transfer and loss

artículo científico publicado en 2018

RecPhyloXML: a format for reconciled gene trees

article

Reconciliation revisited: handling multiple optima when reconciling with duplication, transfer, and loss

artículo científico publicado en 2013

Robinson-Foulds Supertrees

artículo científico publicado en 2010

SaGePhy: an improved phylogenetic simulation framework for gene and subgene evolution

artículo científico publicado en 2019

Systematic inference of highways of horizontal gene transfer in prokaryotes

artículo científico publicado en 2013

TNet: Transmission Network Inference Using Within-Host Strain Diversity and its Application to Geographical Tracking of COVID-19 Spread

artículo científico publicado en 2021

The gene-duplication problem: near-linear time algorithms for NNI-based local searches

artículo científico publicado en 2009

The multiple gene duplication problem revisited

artículo científico publicado en 2008

TreeFix: statistically informed gene tree error correction using species trees

artículo científico publicado en 2012

iGTP: a software package for large-scale gene tree parsimony analysis

artículo científico publicado en 2010