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Lista de obras de Claude W dePamphilis

"Stealth dissemination" of macrophage-tumor cell fusions cultured from blood of patients with pancreatic ductal adenocarcinoma

artículo científico publicado en 2017

A Phylogenomic Assessment of Ancient Polyploidy and Genome Evolution across the Poales

artículo científico publicado en 2016

A genome triplication associated with early diversification of the core eudicots

artículo científico publicado en 2012

A physical map for the Amborella trichopoda genome sheds light on the evolution of angiosperm genome structure

artículo científico publicado en 2011

Adaptive evolution of chloroplast genome structure inferred using a parametric bootstrap approach

artículo científico publicado en 2006

Analysis of 81 genes from 64 plastid genomes resolves relationships in angiosperms and identifies genome-scale evolutionary patterns

artículo científico publicado en 2007

Ancestral chloroplast polymorphism and historical secondary contact in a broad hybrid zone ofAesculus(Sapindaceae) ⬇️

artículo científico publicado el 1 de marzo de 2006

Ancestral polyploidy in seed plants and angiosperms

artículo científico publicado en 2011

Antiquity and evolution of the MADS-box gene family controlling flower development in plants

artículo científico publicado en 2003

Assembling the Tree of the Monocotyledons: Plastome Sequence Phylogeny and Evolution of Poales1

scholarly article by Thomas J. Givnish et al published 27 December 2010 in Annals of the Missouri Botanical Garden

Assembly and validation of the genome of the nonmodel basal angiosperm Amborella

artículo científico publicado en 2013

Characterization of the basal angiosperm Aristolochia fimbriata: a potential experimental system for genetic studies.

artículo científico publicado en 2013

Chasing the hare - evaluating the phylogenetic utility of a nuclear single copy gene region at and below species level within the species rich group Peperomia (Piperaceae).

artículo científico publicado en 2011

ChloroplastDB: the Chloroplast Genome Database

artículo científico publicado en 2006

Comparative Metabolomics of Early Development of the Parasitic Plants Phelipanche aegyptiaca and Triphysaria versicolor

scientific article published on 13 June 2019

Comparative transcriptome analyses reveal core parasitism genes and suggest gene duplication and repurposing as sources of structural novelty.

artículo científico publicado en 2014

Comparative transcriptomics among floral organs of the basal eudicot Eschscholzia californica as reference for floral evolutionary developmental studies ⬇️

artículo científico publicado el 15 de octubre de 2010

Comparison of next generation sequencing technologies for transcriptome characterization

artículo científico publicado en 2009

Compensatory sequence variation between -species small RNAs and their target sites

artículo científico publicado en 2019

Complete plastid genome sequences of Drimys, Liriodendron, and Piper: implications for the phylogenetic relationships of magnoliids

artículo científico publicado en 2006

Conservation and canalization of gene expression during angiosperm diversification accompany the origin and evolution of the flower

artículo científico publicado en 2010

Conservation and divergence in the AGAMOUS subfamily of MADS-box genes: evidence of independent sub- and neofunctionalization events

artículo científico publicado en 2006

Conservation and divergence of microRNAs in Populus

artículo científico publicado en 2007

Convergent horizontal gene transfer and cross-talk of mobile nucleic acids in parasitic plants

artículo científico publicado en 2019

Data access for the 1,000 Plants (1KP) project

artículo científico publicado en 2014

De novo characterization of the gametophyte transcriptome in bracken fern, Pteridium aquilinum

artículo científico publicado en 2011

Detecting and Characterizing the Highly Divergent Plastid Genome of the Nonphotosynthetic Parasitic Plant Hydnora visseri (Hydnoraceae)

artículo científico publicado en 2016

Disproportional plastome-wide increase of substitution rates and relaxed purifying selection in genes of carnivorous Lentibulariaceae

artículo científico publicado en 2013

Dissecting the contributions of dispersal and host properties to the local abundance of a tropical mistletoe

scientific article published in 2017

ELECTROPHORETIC CONFIRMATION OF INTERSPECIFIC HYBRIDIZATION IN AESCULUS (HIPPOCASTANACEAE) AND THE GENETIC STRUCTURE OF A BROAD HYBRID ZONE.

artículo científico publicado en 1990

EST clustering error evaluation and correction

artículo científico publicado en 2004

EST database for early flower development in California poppy (Eschscholzia californica Cham., Papaveraceae) tags over 6,000 genes from a basal eudicot

artículo científico publicado en 2006

Evaluating methods for isolating total RNA and predicting the success of sequencing phylogenetically diverse plant transcriptomes

artículo científico publicado en 2012

Evolution of a horizontally acquired legume gene, albumin 1, in the parasitic plant Phelipanche aegyptiaca and related species

artículo científico publicado en 2013

Expression pattern shifts following duplication indicative of subfunctionalization and neofunctionalization in regulatory genes of Arabidopsis

artículo científico publicado en 2005

Fern genomes elucidate land plant evolution and cyanobacterial symbioses

article

Functional genomics of a generalist parasitic plant: laser microdissection of host-parasite interface reveals host-specific patterns of parasite gene expression.

artículo científico publicado en 2013

Gene Expression Modularity Reveals Footprints of Polygenic Adaptation in Theobroma cacao

artículo científico publicado en 2020

Gene capture prediction and overlap estimation in EST sequencing from one or multiple libraries

artículo científico publicado en 2005

Gene rearrangement analysis and ancestral order inference from chloroplast genomes with inverted repeat.

artículo científico publicado en 2008

Genome Sequence of Striga asiatica Provides Insight into the Evolution of Plant Parasitism

artículo científico publicado en 2019

Genome of the long-living sacred lotus (Nelumbo nucifera Gaertn.)

artículo científico publicado en 2013

Genome-wide identification of MST, SUT and SWEET family sugar transporters in root parasitic angiosperms and analysis of their expression during host parasitism

article by Vikram A Misra et al published 14 May 2019 in BMC Plant Biology

Genomics of sorghum local adaptation to a parasitic plant

scientific article published on 11 February 2020

GetOrganelle: a fast and versatile toolkit for accurate de novo assembly of organelle genomes

scientific article published on 10 September 2020

Highly heterogeneous rates of evolution in the SKP1 gene family in plants and animals: functional and evolutionary implications

artículo científico publicado en 2003

Horizontal gene transfer is more frequent with increased heterotrophy and contributes to parasite adaptation.

artículo científico publicado en 2016

Horizontal transfer of entire genomes via mitochondrial fusion in the angiosperm Amborella.

artículo científico publicado en 2013

Hybridization and Introgression in Buckeyes (Aesculus: Hippocastanaceae): A Review of the Evidence and a Hypothesis to Explain Long-Distance Gene Flow

article published in 1989

Identification of shared single copy nuclear genes in Arabidopsis, Populus, Vitis and Oryza and their phylogenetic utility across various taxonomic levels

artículo científico publicado en 2010

In silico identification and structure function analysis of a putative coclaurine N-methyltransferase from Aristolochia fimbriata

artículo científico publicado en 2020

Insights into angiosperm evolution, floral development and chemical biosynthesis from the Aristolochia fimbriata genome

artículo científico publicado en 2021

Large-scale identification of microRNAs from a basal eudicot (Eschscholzia californica) and conservation in flowering plants

artículo científico publicado en 2007

Local Auxin Biosynthesis Mediated by a YUCCA Flavin Monooxygenase Regulates Haustorium Development in the Parasitic Plant Phtheirospermum japonicum

scientific article (publication date: August 2016)

Mechanistic model of evolutionary rate variation en route to a nonphotosynthetic lifestyle in plants.

artículo científico publicado en 2016

Methods for obtaining and analyzing whole chloroplast genome sequences.

artículo científico publicado en 2005

MicroRNAs from the parasitic plant Cuscuta campestris target host messenger RNAs

artículo científico publicado en 2018

Missing links: the genetic architecture of flowers [correction of flower] and floral diversification

artículo científico publicado en 2002

Mitochondrial DNA suggests at least 11 origins of parasitism in angiosperms and reveals genomic chimerism in parasitic plants

artículo científico publicado en 2007

Molecular Phylogenetic And Evolutionary Studies Of Parasitic Plants

artículo científico publicado en 1998

Monocot plastid phylogenomics, timeline, net rates of species diversification, the power of multi-gene analyses, and a functional model for the origin of monocots

artículo científico publicado en 2018

Novel genetic code and record-setting AT-richness in the highly reduced plastid genome of the holoparasitic plant Balanophora

scientific article published on 31 December 2018

Parallel loss of plastid introns and their maturase in the genus Cuscuta

artículo científico publicado en 2009

Patterns of gene duplication in the plant SKP1 gene family in angiosperms: evidence for multiple mechanisms of rapid gene birth

artículo científico publicado en 2007

Pervasive Phylogenomic Incongruence Underlies Evolutionary Relationships in Eyebrights (Euphrasia, Orobanchaceae)

artículo científico publicado en 2022

Phylogenetic analysis of pectin-related gene families in Physcomitrella patens and nine other plant species yields evolutionary insights into cell walls

artículo científico publicado en 2014

Phylogenetic analysis of the plant-specific zinc finger-homeobox and mini zinc finger gene families.

artículo científico publicado en 2008

Phylogenomic analysis of transcriptome data elucidates co-occurrence of a paleopolyploid event and the origin of bimodal karyotypes in Agavoideae (Asparagaceae).

artículo científico publicado en 2012

Phylotranscriptomic analysis of the origin and early diversification of land plants

artículo científico publicado en 2014

Plant science. Genomic-scale exchange of mRNA between a parasitic plant and its hosts

artículo científico publicado en 2014

Plant-based FRET biosensor discriminates environmental zinc levels

artículo científico publicado en 2011

PlantTribes: a gene and gene family resource for comparative genomics in plants

artículo científico publicado en 2007

Poplar maintains zinc homeostasis with heavy metal genes HMA4 and PCS1.

artículo científico publicado en 2011

RNA viruses in hymenopteran pollinators: evidence of inter-Taxa virus transmission via pollen and potential impact on non-Apis hymenopteran species

artículo científico publicado en 2010

Rate variation in parasitic plants: correlated and uncorrelated patterns among plastid genes of different function

artículo científico publicado en 2005

Risk versus reward: host dependent parasite mortality rates and phenotypes in the facultative generalist Triphysaria versicolor

artículo científico publicado en 2019

Selecting Superior De Novo Transcriptome Assemblies: Lessons Learned by Leveraging the Best Plant Genome.

artículo científico publicado en 2016

Single-copy nuclear genes place haustorial Hydnoraceae within piperales and reveal a cretaceous origin of multiple parasitic angiosperm lineages

artículo científico publicado en 2013

Systematics and plastid genome evolution of the cryptically photosynthetic parasitic plant genus Cuscuta (Convolvulaceae).

artículo científico publicado en 2007

Taking the first steps towards a standard for reporting on phylogenies: Minimum Information About a Phylogenetic Analysis (MIAPA)

artículo científico publicado en 2006

The Amborella genome: an evolutionary reference for plant biology

artículo científico publicado en 2008

The Chlamydomonas reinhardtii plastid chromosome: islands of genes in a sea of repeats

artículo científico publicado en 2002

The Evolution of Parasitism in Scrophulariaceae/Orobanchaceae: Plastid Gene Sequences Refute an Evolutionary Transition Series

artículo científico publicado en 1999

The Hemiparasitic Plant Phtheirospermum (Orobanchaceae) Is Polyphyletic and Contains Cryptic Species in the Hengduan Mountains of Southwest China.

artículo científico publicado en 2018

The Parasitic Plant Genome Project: New Tools for Understanding the Biology of Orobanche and Striga

article

The Selaginella genome identifies genetic changes associated with the evolution of vascular plants

artículo científico publicado en 2011

The TvPirin gene is necessary for haustorium development in the parasitic plant Triphysaria versicolor

artículo científico publicado en 2011

The butterfly plant arms-race escalated by gene and genome duplications

artículo científico publicado en 2015

The draft genome of the transgenic tropical fruit tree papaya (Carica papaya Linnaeus).

artículo científico publicado en 2008

The effect of massive gene loss following whole genome duplication on the algorithmic reconstruction of the ancestral populus diploid

artículo científico publicado en 2008

The evolution of parasitism in plants

artículo científico publicado en 2010

The evolution of the SEPALLATA subfamily of MADS-box genes: a preangiosperm origin with multiple duplications throughout angiosperm history

artículo científico publicado en 2005

The evolutionary history of ferns inferred from 25 low-copy nuclear genes

artículo científico publicado en 2015

The floral genome: an evolutionary history of gene duplication and shifting patterns of gene expression

artículo científico publicado en 2007

The impact of multiple protein sequence alignment on phylogenetic estimation

artículo científico publicado en 2011

The minimum information about a genome sequence (MIGS) specification

artículo científico publicado en 2008

Towards improved reconstruction of ancestral gene order in angiosperm phylogeny

artículo científico publicado en 2009

Transcriptome analysis reveals the same 17 S-locus F-box genes in two haplotypes of the self-incompatibility locus of Petunia inflata

artículo científico publicado en 2014

Transcriptomes of the Parasitic Plant Family Orobanchaceae Reveal Surprising Conservation of Chlorophyll Synthesis ⬇️

artículo científico publicado el 8 de diciembre de 2011

Transcriptomics of Differential Ripening in ‘d’Anjou’ Pear (Pyrus communis L.)

artículo científico publicado en 2021

Transcriptomics of host-specific interactions in natural populations of the parasitic plant purple witchweed (<i>Striga hermonthica</i>)

artículo científico publicado en 2019

Use of genomic history to improve phylogeny and understanding of births and deaths in a gene family

article

Utility of Amborella trichopoda and Nuphar advena Expressed Sequence Tags for Comparative Sequence Analysis

artículo científico publicado en 2008

Widespread genome duplications throughout the history of flowering plants

artículo científico publicado en 2006

The evolution of the plastid chromosome in land plants: gene content, gene order, gene function

artículo científico publicado en 2011

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