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Lista de obras de

A comparative computational analysis of nonautonomous helitron elements between maize and rice

artículo científico publicado en 2008

A convergent outcome: small genomes in mangroves

artículo científico publicado en 2018

A large-scale screen for artificial selection in maize identifies candidate agronomic loci for domestication and crop improvement.

artículo científico publicado en 2005

A role for palindromic structures in the cis-region of maize Sirevirus LTRs in transposable element evolution and host epigenetic response.

artículo científico publicado en 2015

A triptych of the evolution of plant transposable elements

artículo científico publicado en 2010

A unified mixed-model method for association mapping that accounts for multiple levels of relatedness

artículo científico publicado en 2006

A weak effect of background selection on trinucleotide microsatellites in maize

artículo científico publicado en 2007

Adaptive Mutations in RNA Polymerase and the Transcriptional Terminator Rho Have Similar Effects on Escherichia coli Gene Expression.

artículo científico publicado en 2017

Adaptive selection of mitochondrial complex I subunits during primate radiation

artículo científico publicado en 2006

Arabidopsis thaliana as a model for the genetics of local adaptation ⬇️

artículo científico publicado el 27 de enero de 2012

Body-Methylated Genes in Arabidopsis thaliana Are Functionally Important and Evolve Slowly ⬇️

artículo científico publicado el 2 de agosto de 2011

CG Methylation Covaries with Differential Gene Expression between Leaf and Floral Bud Tissues of Brachypodium distachyon

artículo científico publicado en 2016

CHH Methylation Islands: A Nonconserved Feature of Grass Genomes That Is Positively Associated with Transposable Elements but Negatively Associated with Gene-Body Methylation

artículo científico publicado en 2021

Considerations and complications of mapping small RNA high-throughput data to transposable elements

artículo científico publicado en 2017

Correction: Patterns of Polymorphism and Demographic History in Natural Populations of Arabidopsis lyrata

artículo científico publicado en 2010

Deleterious Variants in Asian Rice and the Potential Cost of Domestication

artículo científico publicado en 2017

Demography and its effects on genomic variation in crop domestication

artículo científico publicado en 2018

Demography and weak selection drive patterns of transposable element diversity in natural populations of Arabidopsis lyrata

artículo científico publicado en 2008

Different tradeoffs result from alternate genetic adaptations to a common environment

artículo científico publicado en 2014

Divergence with gene flow is driven by local adaptation to temperature and soil phosphorus concentration in teosinte subspecies (Zea mays parviglumis and Zea mays mexicana)

scientific article published on 07 June 2019

Do genetic recombination and gene density shape the pattern of DNA elimination in rice long terminal repeat retrotransposons?

scientific article published on 29 September 2009

Does recombination shape the distribution and evolution of tandemly arrayed genes (TAGs) in the Arabidopsis thaliana genome?

artículo científico publicado en 2003

Epigenetic silencing of transposable elements: a trade-off between reduced transposition and deleterious effects on neighboring gene expression

artículo científico publicado en 2009

Epigenetics and plant genome evolution

artículo científico

EvoChromo: towards a synthesis of chromatin biology and evolution

scientific article published on 26 September 2019

Evolution Is an Experiment: Assessing Parallelism in Crop Domestication and Experimental Evolution: (Nei Lecture, SMBE 2014, Puerto Rico).

artículo científico publicado en 2015

Evolution of Escherichia coli rifampicin resistance in an antibiotic-free environment during thermal stress

artículo científico publicado en 2013

Evolutionary genomics of grape (Vitis vinifera ssp. vinifera) domestication

artículo científico publicado en 2017

Evolutionary genomics of structural variation in Asian rice (Oryza sativa) domestication

artículo científico publicado en 2020

Evolutionary patterns of genic DNA methylation vary across land plants.

artículo científico publicado en 2016

Evolutionary radiation of "stone plants" in the genus Argyroderma (Aizoaceae): unraveling the effects of landscape, habitat, and flowering time

artículo científico publicado en 2006

Extensive gene gain associated with adaptive evolution of poxviruses

artículo científico publicado en 2003

Factors that Contribute to Variation in Evolutionary Rate among Arabidopsis Genes ⬇️

artículo científico publicado el 9 de marzo de 2011

Fine scale genetic structure in the wild ancestor of maize (Zea mays ssp. parviglumis).

artículo científico publicado en 2010

First-Step Mutations during Adaptation Restore the Expression of Hundreds of Genes

artículo científico publicado en 2015

Gene body methylation is conserved between plant orthologs and is of evolutionary consequence ⬇️

artículo científico publicado el 14 de enero de 2013

Gene capture by transposable elements leads to epigenetic conflict in maize

scientific article published on 07 November 2020

Gene conversion and the evolution of three leucine-rich repeat gene families in Arabidopsis thaliana

artículo científico publicado en 2005

Genetic Mutations that Drive Evolutionary Rescue to Lethal Temperature in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2020

Genetic diversity and selection in the maize starch pathway

artículo científico publicado en 2002

Genetic diversity in domesticated soybean (Glycine max) and its wild progenitor (Glycine soja) for simple sequence repeat and single-nucleotide polymorphism loci

artículo científico publicado en 2010

Genome size and transposable element content as determined by high-throughput sequencing in maize and Zea luxurians

artículo científico publicado en 2011

Genome size variation in wild and cultivated maize along altitudinal gradients.

artículo científico publicado en 2013

Genomic evidence for recurrent genetic admixture during the domestication of Mediterranean olive trees (Olea europaea L.).

scientific article published on 26 October 2020

Genomics and the Contrasting Dynamics of Annual and Perennial Domestication

artículo científico publicado en 2015

HapSolo: an optimization approach for removing secondary haplotigs during diploid genome assembly and scaffolding

artículo científico publicado en 2021

Historical divergence and gene flow in the genus Zea

artículo científico publicado en 2009

How Single Molecule Real-Time Sequencing and Haplotype Phasing Have Enabled Reference-Grade Diploid Genome Assembly of Wine Grapes

artículo científico publicado en 2017

Indel-associated mutation rate varies with mating system in flowering plants

artículo científico publicado en 2009

Inferences from the historical distribution of wild and domesticated maize provide ecological and evolutionary insight

artículo científico publicado en 2012

Insights into the domestication of avocado and potential genetic contributors to heterodichogamy

artículo científico publicado en 2022

Large chromosomal variants drive adaptation in sunflowers

artículo científico publicado en 2020

LineUp: statistical detection of chromosomal homology with application to plant comparative genomics

artículo científico publicado en 2003

Linkage mapping of domestication loci in a large maize teosinte backcross resource

artículo científico publicado en 2007

Living with Two Genomes: Grafting and Its Implications for Plant Genome-to-Genome Interactions, Phenotypic Variation, and Evolution

scientific article published on 19 August 2019

Loss of gene body methylation in Eutrema salsugineum is associated with reduced gene expression

artículo científico publicado en 2019

Lowly expressed genes in Arabidopsis thaliana bear the signature of possible pseudogenization by promoter degradation ⬇️

artículo científico publicado el 8 de noviembre de 2010

Maize HapMap2 identifies extant variation from a genome in flux.

artículo científico publicado en 2012

Maize transposable elements contribute to long non-coding RNAs that are regulatory hubs for abiotic stress response

scientific article published on 15 November 2019

Mapping Salinity Tolerance during Arabidopsis thaliana Germination and Seedling Growth ⬇️

artículo científico publicado el 12 de agosto de 2011

Mechanistic and evolutionary questions about epigenetic conflicts between transposable elements and their plant hosts.

artículo científico publicado en 2016

Modeling Interactions between Transposable Elements and the Plant Epigenetic Response: A Surprising Reliance on Element Retention.

artículo científico publicado en 2018

Molecular and functional diversity of maize

artículo científico publicado en 2006

Molecular population genetics and the search for adaptive evolution in plants

artículo científico publicado en 2004

Multilocus analysis of nucleotide variation of Oryza sativa and its wild relatives: severe bottleneck during domestication of rice

artículo científico publicado en 2007

Multiple domestications do not appear monophyletic

artículo científico publicado en 2008

Multiple introductions and population structure during the rapid expansion of the invasive Sahara mustard (Brassica tournefortii) ⬇️

artículo científico publicado en 2019

Olive domestication and diversification in the Mediterranean Basin

artículo científico publicado en 2014

Panzea: a database and resource for molecular and functional diversity in the maize genome

artículo científico publicado en 2006

Patterns of diversity and recombination along chromosome 1 of maize (Zea mays ssp. mays L.).

artículo científico publicado en 2002

Patterns of nucleotide substitution among simultaneously duplicated gene pairs in Arabidopsis thaliana

artículo científico publicado en 2002

Patterns of polymorphism and demographic history in natural populations of Arabidopsis lyrata

artículo científico publicado en 2008

Patterns of positive selection in the complete NBS-LRR gene family of Arabidopsis thaliana.

artículo científico publicado en 2002

Patterns of selection and tissue-specific expression among maize domestication and crop improvement loci

artículo científico publicado en 2007

Phylogenetic Hypotheses for the Monocotyledons Constructed from rbcL Sequence Data

article

Phylogenetic Shifts in Gene Body Methylation Correlate with Gene Expression and Reflect Trait Conservation

artículo científico publicado en 2020

Phylogenetic analysis, genome evolution and the rate of gene gain in the Herpesviridae

artículo científico publicado en 2006

Phylogenetics of Seed Plants: An Analysis of Nucleotide Sequences from the Plastid Gene rbcL

article

Plant conserved non-coding sequences and paralogue evolution

artículo científico publicado en 2005

Plant domestication, a unique opportunity to identify the genetic basis of adaptation

artículo científico publicado en 2007

Population and evolutionary dynamics of Helitron transposable elements in Arabidopsis thaliana

artículo científico publicado en 2007

Population genetic evidence for rapid changes in intraspecific diversity and allelic cycling of a specialist defense gene in Zea.

artículo científico publicado en 2004

Population genetics of duplicated disease-defense genes, hm1 and hm2, in maize (Zea mays ssp. mays L.) and its wild ancestor (Zea mays ssp. parviglumis).

artículo científico publicado en 2002

Recent retrotransposon insertions are methylated and phylogenetically clustered in japonica rice (Oryza sativa spp. japonica).

artículo científico publicado en 2012

Receptor-Like Genes in the Major Resistance Locus of Lettuce Are Subject to Divergent Selection

article

Recombination: an underappreciated factor in the evolution of plant genomes

artículo científico publicado en 2007

Retrogenes in rice (Oryza sativa L. ssp. japonica) exhibit correlated expression with their source genes

artículo científico publicado en 2011

Sahara mustard as a major threat to desert biodiversity in the southwest United States and the need to integrate contemporary methods to understand its biology

artículo científico publicado en 2020

Seasonal Changes in a Maize-Based Polyculture of Central Mexico Reshape the Co-occurrence Networks of Soil Bacterial Communities

artículo científico publicado en 2017

Selection on amino acid substitutions in Arabidopsis

artículo científico publicado en 2008

Selection on grain shattering genes and rates of rice domestication

artículo científico publicado en 2009

Selection on major components of angiosperm genomes

artículo científico publicado en 2008

Selection versus demography: a multilocus investigation of the domestication process in maize

artículo científico publicado en 2004

Spatial scale of local adaptation and population genetic structure in a miniature succulent, Argyroderma pearsonii

artículo científico publicado en 2007

Striking similarities in the genomic distribution of tandemly arrayed genes in Arabidopsis and rice

artículo científico publicado en 2006

Testing for effects of recombination rate on nucleotide diversity in natural populations of Arabidopsis lyrata.

artículo científico publicado en 2006

The Arabidopsis lyrata genome sequence and the basis of rapid genome size change

artículo científico publicado en 2011

The Capsella rubella genome and the genomic consequences of rapid mating system evolution

artículo científico publicado en 2013

The Evolutionary Dynamics of Orthologs That Shift in Gene Body Methylation between Arabidopsis Species

artículo científico publicado en 2017

The complex domestication history of the common bean

artículo científico publicado en 2014

The contribution of transposable elements to expressed coding sequence in Arabidopsis thaliana

artículo científico publicado en 2009

The effects of artificial selection on the maize genome

artículo científico publicado en 2005

The evolution of transposable elements in natural populations of self-fertilizing Arabidopsis thaliana and its outcrossing relative Arabidopsis lyrata

artículo científico publicado en 2010

The evolutionary genomics of species’ responses to climate change

artículo científico publicado en 2021

The genetic basis of sex determination in grapes

artículo científico publicado en 2020

The genome-wide dynamics of purging during selfing in maize

artículo científico publicado en 2019

The genomic diversification of grapevine clones

artículo científico publicado en 2019

The jury may be out, but it is important that it deliberates: a response to Besnard and Rubio de Casas about olive domestication

artículo científico publicado en 2015

The lowdown on linkage disequilibrium.

artículo científico publicado en 2003

The molecular diversity of adaptive convergence.

artículo científico publicado en 2012

The molecular genetics of crop domestication

artículo científico publicado en 2006

The phenotypic signature of adaptation to thermal stress in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2015

The population genetics of structural variants in grapevine domestication

artículo científico publicado en 2019

The reproducibility of adaptation in the light of experimental evolution with whole genome sequencing

artículo científico publicado en 2014

Three groups of transposable elements with contrasting copy number dynamics and host responses in the maize (Zea mays ssp. mays) genome.

artículo científico publicado en 2014

Timing and rate of speciation in Agave (Agavaceae)

artículo científico publicado en 2006

Transcription-related mutations and GC content drive variation in nucleotide substitution rates across the genomes of Arabidopsis thaliana and Arabidopsis lyrata

artículo científico publicado en 2007

Transposable elements and small RNAs contribute to gene expression divergence between Arabidopsis thaliana and Arabidopsis lyrata

artículo científico publicado en 2011

Uneven distribution of expressed sequence tag loci on maize pachytene chromosomes

artículo científico publicado en 2005

Using Genomes and Evolutionary Analyses to Screen for Host-Specificity and Positive Selection in the Plant Pathogen Xylella fastidiosa

artículo científico publicado en 2022

Variation in mutation dynamics across the maize genome as a function of regional and flanking base composition

artículo científico publicado en 2005

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