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Lista de obras de

A novel approach to remote homology detection: jumping alignments

artículo científico publicado en 2002

A report on the 2009 SIG on short read sequencing and algorithms (Short-SIG).

artículo científico publicado en 2009

A unified approach for reconstructing ancient gene clusters

artículo científico publicado en 2009

Algorithmic complexity of protein identification: combinatorics of weighted strings

artículo científico publicado en 2004

Analysis of local genome rearrangement improves resolution of ancestral genomic maps in plants

scientific article published on 16 April 2020

Approximating the DCJ distance of balanced genomes in linear time.

artículo científico publicado en 2017

BACCardI--a tool for the validation of genomic assemblies, assisting genome finishing and intergenome comparison

artículo científico publicado en 2004

Bacterial community shift in treated periodontitis patients revealed by ion torrent 16S rRNA gene amplicon sequencing

artículo científico publicado en 2012

Based Upon Repeat Pattern (BURP): an algorithm to characterize the long-term evolution of Staphylococcus aureus populations based on spa polymorphisms

artículo científico publicado en 2007

Benchmarking tools for the alignment of functional noncoding DNA

artículo científico publicado en 2004

BiPACE 2D--graph-based multiple alignment for comprehensive 2D gas chromatography-mass spectrometry

artículo científico publicado en 2013

Bioinformatics for NGS-based metagenomics and the application to biogas research.

artículo científico publicado en 2017

Bloom Filter Trie: an alignment-free and reference-free data structure for pan-genome storage

artículo científico publicado en 2016

ChromA: signal-based retention time alignment for chromatography-mass spectrometry data

artículo científico publicado en 2009

Combining peak- and chromatogram-based retention time alignment algorithms for multiple chromatography-mass spectrometry datasets

artículo científico publicado en 2012

Common Intervals of Multiple Permutations

Comparative Pathway Analyzer--a web server for comparative analysis, clustering and visualization of metabolic networks in multiple organisms

artículo científico publicado en 2008

Comparative RNA-sequencing of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 cultivated in different growth media

Comparing tandem repeats with duplications and excisions of variable degree

artículo científico publicado en 2006

Computation of median gene clusters

artículo científico publicado en 2009

Computing the Inversion-Indel Distance

artículo científico publicado en 2020

Computing the Rearrangement Distance of Natural Genomes

artículo científico publicado en 2020

Computing the family-free DCJ similarity.

artículo científico publicado en 2018

Consistency of sequence-based gene clusters

artículo científico publicado en 2011

Discovery of transcription start sites in the Chinese hamster genome by next-generation RNA sequencing

artículo científico publicado en 2014

Divide-and-conquer multiple alignment with segment-based constraints

artículo científico publicado en 2003

Double cut and join with insertions and deletions

artículo científico publicado en 2011

Dynamic Alignment-Free and Reference-Free Read Compression

scientific article published on 01 July 2018

Editorial: Computational Methods for Microbiome Analysis

artículo científico publicado en 2020

Efficient q-gram filters for finding all epsilon-matches over a given length

artículo científico publicado en 2006

Erratum: Corrigendum: Updating benchtop sequencing performance comparison

scholarly article published in Nature Biotechnology

Exact and complete short-read alignment to microbial genomes using Graphics Processing Unit programming

artículo científico publicado en 2011

Family-Free Genome Comparison

artículo científico publicado en 2018

Finding all maximal perfect haplotype blocks in linear time

artículo científico publicado en 2020

Finding approximate gene clusters with Gecko 3.

artículo científico publicado en 2016

Finding nested common intervals efficiently.

artículo científico publicado en 2010

Finding novel genes in bacterial communities isolated from the environment

article

Flexible metagenome analysis using the MGX framework

artículo científico publicado en 2018

GABenchToB: a genome assembly benchmark tuned on bacteria and benchtop sequencers

artículo científico publicado en 2014

GISMO--gene identification using a support vector machine for ORF classification

artículo científico publicado en 2006

Gecko and GhostFam: rigorous and efficient gene cluster detection in prokaryotic genomes

artículo científico publicado en 2007

Gene family assignment-free comparative genomics

artículo científico publicado en 2012

Genomic distance under gene substitutions

artículo científico publicado en 2011

GraphTeams: a method for discovering spatial gene clusters in Hi-C sequencing data.

artículo científico publicado en 2018

HASLR: Fast Hybrid Assembly of Long Reads

scientific article published on 25 July 2020

Horizontal Gene Transfer Phylogenetics: A Random Walk Approach

scientific article published on 17 December 2019

Identification of the CIMP-like subtype and aberrant methylation of members of the chromosomal segregation and spindle assembly pathways in esophageal adenocarcinoma

artículo científico publicado en 2016

Identifying Maximal Perfect Haplotype Blocks

Identifying gene clusters by discovering common intervals in indeterminate strings

artículo científico publicado en 2014

Improving the genome annotation of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110 by sequencing enriched 5'-ends of primary transcripts

artículo científico

Indexing and Searching a Mass Spectrometry Database

Large scale hierarchical clustering of protein sequences

artículo científico publicado en 2005

MeltDB: a software platform for the analysis and integration of metabolomics experiment data

artículo científico publicado en 2008

MetaSAMS--a novel software platform for taxonomic classification, functional annotation and comparative analysis of metagenome datasets

artículo científico publicado en 2012

Multiple genome comparison based on overlap regions of pairwise local alignments

artículo científico publicado en 2012

Multiple sequence alignment with the divide-and-conquer method ⬇️

artículo científico publicado el 12 de mayo de 1998

Mycoplasma salivarium as a dominant coloniser of Fanconi anaemia associated oral carcinoma

artículo científico publicado en 2014

NFDI4Microbiota – national research data infrastructure for microbiota research

New Genome Similarity Measures based on Conserved Gene Adjacencies

artículo científico publicado en 2017

Next-generation-sequencing-spectratyping reveals public T-cell receptor repertoires in pediatric very severe aplastic anemia and identifies a β chain CDR3 sequence associated with hepatitis-induced pathogenesis.

artículo científico publicado en 2013

On sorting by translocations

artículo científico publicado en 2006

On the family-free DCJ distance and similarity

artículo científico publicado en 2015

On the inversion-indel distance

artículo científico publicado en 2013

On the similarity of sets of permutations and its applications to genome comparison

artículo científico publicado en 2006

On the weight of indels in genomic distances

artículo científico publicado en 2011

Orthology detection combining clustering and synteny for very large datasets

artículo científico publicado en 2014

Pan-Genome Storage and Analysis Techniques

artículo científico publicado en 2018

Panta rhei (QAlign2): an open graphical environment for sequence analysis

artículo científico publicado en 2006

Partitioning biological data with transitivity clustering

artículo científico publicado en 2010

Phylogenetic classification of short environmental DNA fragments

artículo científico publicado en 2008

Phylogenetic comparative assembly

artículo científico publicado en 2010

REPuter: the manifold applications of repeat analysis on a genomic scale ⬇️

artículo científico publicado el 15 de noviembre de 2001

ReadXplorer--visualization and analysis of mapped sequences

artículo científico publicado en 2014

Rearrangement models and single-cut operations

artículo científico publicado en 2010

Restricted DCJ model: rearrangement problems with chromosome reincorporation

artículo científico publicado en 2011

Rose: generating sequence families ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 1998

Scaffolding of Ancient Contigs and Ancestral Reconstruction in a Phylogenetic Framework

artículo científico publicado en 2018

Sequencing of high G+C microbial genomes using the ultrafast pyrosequencing technology

artículo científico publicado en 2011

Sorting Linear Genomes with Rearrangements and Indels

artículo científico publicado en 2015

Statistics for approximate gene clusters

artículo científico publicado en 2013

Swiftly computing center strings ⬇️

artículo científico publicado en 2011

Taxonomic classification of metagenomic shotgun sequences with CARMA3.

artículo científico publicado en 2011

Taxonomic composition and gene content of a methane-producing microbial community isolated from a biogas reactor

artículo científico publicado en 2008

The European conference on computational biology

artículo científico publicado en 2003

The Sequence Analysis and Management System -- SAMS-2.0: data management and sequence analysis adapted to changing requirements from traditional sanger sequencing to ultrafast sequencing technologies

artículo científico publicado en 2009

The complete genome sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis FRC41 isolated from a 12-year-old girl with necrotizing lymphadenitis reveals insights into gene-regulatory networks contributing to virulence ⬇️

artículo científico publicado en 2010

The complete genome sequence of the acarbose producer Actinoplanes sp. SE50/110.

artículo científico publicado en 2012

The solution space of sorting by DCJ.

artículo científico publicado en 2010

UniMoG--a unifying framework for genomic distance calculation and sorting based on DCJ.

artículo científico publicado en 2012

Updating benchtop sequencing performance comparison

artículo científico publicado en 2013

WebCARMA: a web application for the functional and taxonomic classification of unassembled metagenomic reads

artículo científico publicado en 2009

Whole-genome sequence of the bovine blood fluke Schistosoma bovis supports interspecific hybridization with S. haematobium

artículo científico publicado en 2019

metaBEETL: high-throughput analysis of heterogeneous microbial populations from shotgun DNA sequences

artículo científico publicado en 2013

r2cat: synteny plots and comparative assembly

artículo científico publicado en 2009

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