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Lista de obras de

A Chimeric Antigen Receptor That Binds to a Conserved Site on MICA

artículo científico publicado en 2020

A complete algorithm to resolve ambiguity for intersubunit NOE assignment in structure determination of symmetric homo-oligomers

artículo científico publicado en 2007

A divide‐and‐conquer approach to determine the Pareto frontier for optimization of protein engineering experiments ⬇️

artículo científico publicado el 16 de diciembre de 2011

A geometric arrangement algorithm for structure determination of symmetric protein homo-oligomers from NOEs and RDCs

artículo científico publicado en 2011

A graphical method for analyzing distance restraints using residual dipolar couplings for structure determination of symmetric protein homo-oligomers

artículo científico publicado en 2011

A high throughput MHC II binding assay for quantitative analysis of peptide epitopes.

artículo científico publicado en 2014

A random graph approach to NMR sequential assignment.

artículo científico publicado en 2005

A subgroup algorithm to identify cross-rotation peaks consistent with non-crystallographic symmetry

artículo científico publicado en 2004

Accounting for conformational entropy in predicting binding free energies of protein-protein interactions

artículo científico publicado en 2011

Adjuvant-dependent innate and adaptive immune signatures of risk of SIVmac251 acquisition

artículo científico publicado en 2016

Algorithms for joint optimization of stability and diversity in planning combinatorial libraries of chimeric proteins

artículo científico publicado en 2009

Algorithms for optimizing cross-overs in DNA shuffling

artículo científico publicado en 2012

Algorithms for selecting breakpoint locations to optimize diversity in protein engineering by site-directed protein recombination

artículo científico publicado en 2007

An efficient randomized algorithm for contact-based NMR backbone resonance assignment.

artículo científico publicado en 2005

Analysis of self-associating proteins by singular value decomposition of solution scattering data

artículo científico publicado en 2008

Analysis of sequence-reactivity space for protein-protein interactions

artículo científico publicado en 2005

Antibody Fab-Fc properties outperform titer in predictive models of SIV vaccine-induced protection

scientific article published on 02 May 2019

Antibody humanization by structure-based computational protein design.

artículo científico publicado en 2015

Balancing sensitivity and specificity in distinguishing TCR groups by CDR sequence similarity

artículo científico publicado en 2019

Ballast: A Ball-based Algorithm for Structural Motifs ⬇️

artículo científico publicado el 1 de febrero de 2013

Bayesian reconstruction ofP(r) directly from two-dimensional detector imagesviaa Markov chain Monte Carlo method ⬇️

artículo científico publicado el 5 de marzo de 2013

CHOPPI: a web tool for the analysis of immunogenicity risk from host cell proteins in CHO-based protein production.

artículo científico publicado en 2014

Characterizing Epitope Binding Regions of Entire Antibody Panels by Combining Experimental and Computational Analysis of Antibody: Antigen Binding Competition

artículo científico publicado en 2020

Characterizing the space of interatomic distance distribution functions consistent with solution scattering data

artículo científico publicado en 2010

Combinatorial resurfacing of Dengue envelope protein domain III antigens selectively ablates epitopes associated with serotype-specific or infection-enhancing antibody responses

artículo científico publicado en 2020

Comprehensive analysis of lectin-glycan interactions reveals determinants of lectin specificity

artículo científico publicado en 2021

Computationally driven antibody engineering enables simultaneous humanization and thermostabilization.

artículo científico publicado en 2016

Computationally driven deletion of broadly distributed T cell epitopes in a biotherapeutic candidate.

artículo científico publicado en 2014

Computationally optimized deimmunization libraries yield highly mutated enzymes with low immunogenicity and enhanced activity

artículo científico publicado en 2017

Computationally-driven identification of antibody epitopes.

artículo científico publicado en 2017

Computer-guided binding mode identification and affinity improvement of an LRR protein binder without structure determination

scientific article published on 31 August 2020

Contact replacement for NMR resonance assignment

artículo científico publicado en 2008

DAR-901 vaccine for the prevention of infection with Mycobacterium tuberculosis among BCG-immunized adolescents in Tanzania: A randomized controlled, double-blind phase 2b trial

artículo científico publicado en 2020

Depletion of T cell epitopes in lysostaphin mitigates anti-drug antibody response and enhances antibacterial efficacy in vivo.

artículo científico publicado en 2015

Design and analysis of immune-evading enzymes for ADEPT therapy.

artículo científico publicado en 2012

Design and engineering of deimmunized biotherapeutics.

artículo científico publicado en 2016

Development and validation of an epitope prediction tool for swine (PigMatrix) based on the pocket profile method

artículo científico publicado en 2015

DisruPPI: structure-based computational redesign algorithm for protein binding disruption

artículo científico publicado en 2018

Divergent antibody subclass and specificity profiles but not protective HLA-B alleles are associated with variable antibody effector function among HIV-1 controllers

artículo científico publicado en 2013

Diversity of Antiviral IgG Effector Activities Observed in HIV-Infected and Vaccinated Subjects

artículo científico publicado en 2016

EpiSweep: Computationally Driven Reengineering of Therapeutic Proteins to Reduce Immunogenicity While Maintaining Function

artículo científico publicado en 2017

Erratum: Corrigendum: Adjuvant-dependent innate and adaptive immune signatures of risk of SIVmac251 acquisition

artículo científico publicado en 2016

Fine epitope signature of antibody neutralization breadth at the HIV-1 envelope CD4-binding site

artículo científico publicado en 2018

Functional evolution within a protein superfamily

artículo científico publicado en 2006

Gene and protein sequence optimization for high-level production of fully active and aglycosylated lysostaphin in Pichia pastoris.

artículo científico publicado en 2014

Globally deimmunized lysostaphin evades human immune surveillance and enables highly efficacious repeat dosing

scientific article published on 02 September 2020

Graphical models of protein-protein interaction specificity from correlated mutations and interaction data

artículo científico publicado en 2009

Graphical models of residue coupling in protein families

artículo científico publicado en 2008

HCV epitope, homologous to multiple human protein sequences, induces a regulatory T cell response in infected patients

artículo científico publicado en 2014

High-resolution definition of humoral immune response correlates of effective immunity against HIV.

artículo científico publicado en 2018

High-throughput, multiplexed IgG subclassing of antigen-specific antibodies from clinical samples

artículo científico publicado en 2012

Hit-and-run, hit-and-stay, and commensal bacteria present different peptide content when viewed from the perspective of the T cell.

artículo científico publicado en 2015

Hypergraph model of multi-residue interactions in proteins: sequentially-constrained partitioning algorithms for optimization of site-directed protein recombination

artículo científico publicado en 2007

Identification of antibody glycosylation structures that predict monoclonal antibody Fc-effector function

artículo científico publicado en 2014

Immune camouflage: relevance to vaccines and human immunology

artículo científico publicado en 2014

Immunoinformatic analysis of Chinese hamster ovary (CHO) protein contaminants in therapeutic protein formulations

article

Improved multiple sequence alignments using coupled pattern mining

artículo científico publicado en 2013

Induction of cross-reactive HIV-1 specific antibody responses by engineered V1V2 immunogens with reduced conformational plasticity

scientific article published on 17 March 2020

Inferential backbone assignment for sparse data

artículo científico publicado en 2006

Integrated assessment of predicted MHC binding and cross-conservation with self reveals patterns of viral camouflage

artículo científico publicado en 2014

Learning Context-aware Structural Representations to Predict Antigen and Antibody Binding Interfaces

artículo científico publicado en 2020

Learning Sequence Determinants of Protein:protein Interaction Specificity with Sparse Graphical Models

artículo científico publicado en 2014

Learning sequence determinants of protein:protein interaction specificity with sparse graphical models

artículo científico publicado en 2015

MMFPh: a maximal motif finder for phosphoproteomics datasets

artículo científico publicado en 2012

Machine learning methods enable predictive modeling of antibody feature:function relationships in RV144 vaccinees

artículo científico publicado en 2015

Mapping the Pareto optimal design space for a functionally deimmunized biotherapeutic candidate

artículo científico publicado en 2015

Mixture of Experts for Predicting Antibody-Antigen Binding Affinity from Antigen Sequence

Model-based assignment and inference of protein backbone Nuclear Magnetic Resonances.

artículo científico publicado en 2004

Multiplexed Fc array for evaluation of antigen-specific antibody effector profiles

scientific article published on 02 February 2017

NMR Structural Inference of Symmetric Homo-Oligomers ⬇️

artículo científico publicado el 30 de junio de 2011

Natural variation in Fc glycosylation of HIV-specific antibodies impacts antiviral activity

artículo científico publicado en 2013

Optimization algorithms for functional deimmunization of therapeutic proteins

artículo científico publicado en 2010

Optimization of combinatorial mutagenesis.

artículo científico publicado en 2011

Optimization of therapeutic proteins to delete T-cell epitopes while maintaining beneficial residue interactions ⬇️

artículo científico publicado el 1 de abril de 2011

Optimizing Bayes error for protein structure model selection by stability mutagenesis.

artículo científico publicado en 2008

Pareto Optimization of Combinatorial Mutagenesis Libraries

artículo científico publicado en 2018

Pentavalent HIV-1 vaccine protects against simian-human immunodeficiency virus challenge

artículo científico publicado en 2017

Planning combinatorial disulfide cross-links for protein fold determination ⬇️

artículo científico publicado el 24 de noviembre de 2011

Polyfunctional Fc-effector profiles mediated by IgG subclass selection distinguish RV144 and VAX003 vaccines

artículo científico publicado en 2014

Polyfunctional HIV-Specific Antibody Responses Are Associated with Spontaneous HIV Control

artículo científico publicado en 2016

Probabilistic cross-link analysis and experiment planning for high-throughput elucidation of protein structure.

artículo científico publicado en 2004

Protein deimmunization via structure-based design enables efficient epitope deletion at high mutational loads

artículo científico publicado en 2015

Protein design by sampling an undirected graphical model of residue constraints

artículo científico

Protein fragment swapping: a method for asymmetric, selective site-directed recombination

artículo científico publicado en 2010

Rapid determination of multiple linear kinase substrate motifs by mass spectrometry

artículo científico publicado en 2012

Reconsidering complete search algorithms for protein backbone NMR assignment

artículo científico publicado en 2005

Robotic hierarchical mixing for the production of combinatorial libraries of proteins and small molecules

artículo científico publicado en 2007

Route of immunization defines multiple mechanisms of vaccine-mediated protection against SIV

artículo científico publicado en 2018

Site-directed combinatorial construction of chimaeric genes: general method for optimizing assembly of gene fragments

artículo científico publicado en 2006

Smarter vaccine design will circumvent regulatory T cell-mediated evasion in chronic HIV and HCV infection

artículo científico publicado en 2014

Stoichiometries and affinities of interacting proteins from concentration series of solution scattering data: decomposition by least squares and quadratic optimization.

artículo científico publicado en 2014

Structure determination of symmetric homo-oligomers by a complete search of symmetry configuration space, using NMR restraints and van der Waals packing.

artículo científico publicado en 2006

Structure-based design of combinatorial mutagenesis libraries

artículo científico publicado en 2015

Structure-based redesign of lysostaphin yields potent antistaphylococcal enzymes that evade immune cell surveillance.

artículo científico publicado en 2015

Structure-guided deimmunization of therapeutic proteins

artículo científico publicado en 2013

Structure‐based redesign of proteins for minimal T‐cell epitope content ⬇️

artículo científico publicado el 8 de enero de 2013

The two-faced T cell epitope: examining the host-microbe interface with JanusMatrix.

scientific article published on 12 April 2013

Towards conformational fidelity of a quaternary HIV-1 epitope: computational design and directed evolution of a minimal V1V2 antigen

artículo científico publicado en 2018

Using physicochemical properties of amino acids to induce graphical models of residue couplings

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