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Lista de obras de Eric Bapteste

A pluralistic account of homology: adapting the models to the data ⬇️

artículo científico publicado en 2014

A selective barrier to horizontal gene transfer in the T4-type bacteriophages that has preserved a core genome with the viral replication and structural genes

artículo científico publicado en 2006

Ancestral germen/soma distinction in microbes: Expanding the disposable soma theory of aging to all unicellular lineages

scientific article published on 05 April 2020

Beyond arbitrium: identification of a second communication system in Bacillus phage phi3T that may regulate host defense mechanisms

artículo científico publicado en 2020

Bipartite graph analyses reveal interdomain LGT involving ultrasmall prokaryotes and their divergent, membrane-related proteins.

artículo científico publicado en 2016

Bipartite network analysis of gene sharings in the microbial world

artículo científico publicado en 2018

Carbon Fixation by Marine Ultrasmall Prokaryotes

artículo científico publicado en 2019

Clanistics: a multi-level perspective for harvesting unrooted gene trees

artículo científico publicado en 2010

CompositeSearch: A Generalized Network Approach for Composite Gene Families Detection

artículo científico publicado en 2017

Corrigendum to: Gene Similarity Networks Unveil a Potential Novel Unicellular Group Closely Related to Animals from the Tara Oceans Expedition

artículo científico publicado en 2021

Deduction of probable events of lateral gene transfer through comparison of phylogenetic trees by recursive consolidation and rearrangement

artículo científico publicado en 2005

Does the ‘Ring of Life’ ring true?

artículo científico publicado en 2005

EGN: a wizard for construction of gene and genome similarity networks ⬇️

artículo científico publicado el 11 de julio de 2013

Epistemological impacts of horizontal gene transfer on classification in microbiology

artículo científico publicado en 2009

Eubacterial phylogeny based on translational apparatus proteins ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2002

Evaluating Phylogenetic Congruence in the Post-Genomic Era ⬇️

artículo científico publicado el 28 de junio de 2011

Evolution of rhodopsin ion pumps in haloarchaea.

artículo científico publicado en 2007

Evolution of the RNA polymerase B' subunit gene (rpoB') in Halobacteriales: a complementary molecular marker to the SSU rRNA gene.

artículo científico publicado en 2004

Evolutionary analyses of non-genealogical bonds produced by introgressive descent

artículo científico publicado en 2012

Evolutionary plasticity of methionine biosynthesis

artículo científico publicado en 2005

Expanding evolutionary theories of ageing to better account for symbioses and interactions throughout the Web of Life

artículo científico publicado en 2023

Extensive gene remodeling in the viral world: new evidence for nongradual evolution in the mobilome network

artículo científico publicado en 2014

Formation of chimeric genes with essential functions at the origin of eukaryotes.

artículo científico publicado en 2018

Gene similarity networks provide tools for understanding eukaryote origins and evolution

artículo científico publicado en 2013

Gene similarity networks unveil a potential novel unicellular group closely related to animals from the Tara Oceans expedition

artículo científico publicado en 2020

Harvesting evolutionary signals in a forest of prokaryotic gene trees.

artículo científico publicado en 2010

Higher-level classification of the Archaea: evolution of methanogenesis and methanogens

artículo científico publicado en 2005

Highly divergent ancient gene families in metagenomic samples are compatible with additional divisions of life

artículo científico publicado en 2015

Horizontal gene transfer and the evolution of cnidarian stinging cells

artículo científico publicado en 2008

Hundreds of Out-of-Frame Remodeled Gene Families in the <i>Escherichia coli</i> Pangenome

artículo científico publicado en 2021

Hundreds of novel composite genes and chimeric genes with bacterial origins contributed to haloarchaeal evolution.

artículo científico publicado en 2018

Identification of a Marine Cyanophage in a Protist Single-cell Metagenome Assembly

artículo científico publicado en 2013

Integron-associated gene cassettes in Halifax Harbour: assessment of a mobile gene pool in marine sediments.

artículo científico publicado en 2008

Introducing Trait Networks to Elucidate the Fluidity of Organismal Evolution Using Palaeontological Data

artículo científico publicado en 2019

Lateral gene transfer challenges principles of microbial systematics.

artículo científico publicado en 2008

Let them fall where they may: congruence analysis in massive phylogenetically messy data sets

artículo científico publicado en 2011

Local mobile gene pools rapidly cross species boundaries to create endemicity within global Vibrio cholerae populations

artículo científico publicado en 2011

Marine ultra-small prokaryotes likely affect the cycling of Carbon, Methane, Nitrogen and Sulfur

artículo científico publicado en 2020

Metabolic bacterial genes and the construction of high-level composite lineages of life.

artículo científico publicado en 2015

Microbial dark matter investigations: how microbial studies transform biological knowledge and empirically sketch a logic of scientific discovery

artículo científico publicado en 2018

Modeling the evolution of interconnected processes: It is the song and the singers: Tracking units of selection with interaction networks

artículo científico publicado en 2020

Molecular phylogeny: reconstructing the forest

artículo científico publicado en 2008

MosaicFinder: identification of fused gene families in sequence similarity networks

artículo científico publicado en 2013

MultiTwin: A Software Suite to Analyze Evolution at Multiple Levels of Organization Using Multipartite Graphs

artículo científico publicado en 2018

Network analyses structure genetic diversity in independent genetic worlds

artículo científico publicado en 2009

Network-Thinking: Graphs to Analyze Microbial Complexity and Evolution

artículo científico publicado en 2016

Networks: expanding evolutionary thinking ⬇️

artículo científico publicado el 11 de junio de 2013

Of woods and webs: possible alternatives to the tree of life for studying genomic fluidity in E. coli

artículo científico publicado en 2011

Pattern pluralism and the Tree of Life hypothesis

artículo científico publicado en 2007

Philosophy and evolution: minding the gap between evolutionary patterns and tree-like patterns.

artículo científico publicado en 2012

Phylogenetic reconstruction and lateral gene transfer.

artículo científico publicado en 2004

Prokaryotic evolution and the tree of life are two different things

artículo científico publicado en 2009

Protein networks identify novel symbiogenetic genes resulting from plastid endosymbiosis

artículo científico publicado en 2016

Proximate Drivers of Population-Level Lizard Gut Microbial Diversity: Impacts of Diet, Insularity, and Local Environment

artículo científico publicado en 2022

Rampant horizontal gene transfer and phospho-donor change in the evolution of the phosphofructokinase ⬇️

artículo científico publicado el 30 de octubre de 2003

Refuting phylogenetic relationships

artículo científico publicado en 2006

Revisiting the concept of lineage in prokaryotes: a phylogenetic perspective

artículo científico publicado en 2009

SMBE Satellite meeting on reticulated microbial evolution 2014--meeting report

artículo científico publicado en 2014

Sequence Comparative Analysis Using Networks: Software for Evaluating De Novo Transcript Assembly from Next-Generation Sequencing ⬇️

artículo científico publicado el 10 de mayo de 2013

Sequence similarity network reveals the imprints of major diversification events in the evolution of microbial life

article

Some considerations for analyzing biodiversity using integrative metagenomics and gene networks

artículo científico publicado en 2010

Studying genome heterogeneity within the arbuscular mycorrhizal fungal cytoplasm

artículo científico publicado en 2015

Testing ecological theories with sequence similarity networks: marine ciliates exhibit similar geographic dispersal patterns as multicellular organisms

artículo científico publicado en 2015

The Distribution of Genes Associated With Regulated Cell Death Is Decoupled From the Mitochondrial Phenotypes Within Unicellular Eukaryotic Hosts

artículo científico publicado en 2020

The Epistemic Revolution Induced by Microbiome Studies: An Interdisciplinary View ⬇️

artículo científico

The Genome of Thermosipho africanus TCF52B: Lateral Genetic Connections to the Firmicutes and Archaea

artículo científico publicado en 2009

The Methodology Behind Network Thinking: Graphs to Analyze Microbial Complexity and Evolution

scientific article published on 01 January 2019

The analysis of 100 genes supports the grouping of three highly divergent amoebae: Dictyostelium, Entamoeba, and Mastigamoeba

artículo científico publicado en 2002

The genes encoding cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit homologues of the microsporidia Encephalitozoon intestinalis and E. cuniculi: molecular characterisation and phylogenetic analysis.

artículo científico publicado en 2004

The genome reduction hypothesis and the phylogeny of eukaryotes

artículo científico publicado en 2003

The origins of microbial adaptations: how introgressive descent, egalitarian evolutionary transitions and expanded kin selection shape the network of life

artículo científico publicado en 2014

The potential value of indels as phylogenetic markers: position of trichomonads as a case study

scientific article published on 01 June 2002

The public goods hypothesis for the evolution of life on Earth ⬇️

artículo científico publicado el 23 de agosto de 2011

The timing of eukaryotic evolution: does a relaxed molecular clock reconcile proteins and fossils?

artículo científico publicado en 2004

The two tempos of nuclear pore complex evolution: highly adapting proteins in an ancient frozen structure

artículo científico publicado en 2005

Towards a Dynamic Interaction Network of Life to unify and expand the evolutionary theory.

artículo científico publicado en 2018

Towards a processual microbial ontology

artículo científico publicado en 2012

Tracking the Rules of Transmission and Introgression with Networks

artículo científico publicado en 2018

Unity and disunity in evolutionary sciences: process-based analogies open common research avenues for biology and linguistics

artículo científico publicado en 2016

Vowel purity and rhyme evidence in Old Chinese reconstruction

article

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