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Lista de obras de

A Biofilm Matrix-Associated Protease Inhibitor Protects Pseudomonas aeruginosa from Proteolytic Attack

artículo científico publicado en 2018

A Library of Phosphoproteomic and Chromatin Signatures for Characterizing Cellular Responses to Drug Perturbations.

artículo científico publicado en 2018

A Stem-Loop Structure in Potato Leafroll Virus Open Reading Frame 5 (ORF5) Is Essential for Readthrough Translation of the Coat Protein ORF Stop Codon 700 Bases Upstream

artículo científico publicado en 2018

A correlation algorithm for the automated quantitative analysis of shotgun proteomics data

artículo científico publicado en 2003

A cross-platform toolkit for mass spectrometry and proteomics

artículo científico publicado en 2012

A deeper look into Comet--implementation and features

artículo científico publicado en 2015

A framework for installable external tools in Skyline

artículo científico publicado en 2014

A glutamate-alanine-leucine (EAL) domain protein of Salmonella controls bacterial survival in mice, antioxidant defence and killing of macrophages: role of cyclic diGMP.

artículo científico publicado en 2005

A high voltage asymmetric waveform generator for FAIMS.

artículo científico publicado en 2010

A major deletion in the surfactant protein-B gene causing lethal respiratory distress.

artículo científico publicado en 2007

A mass spectrometry-based proteomic analysis of Homer2-interacting proteins in the mouse brain

artículo científico publicado en 2017

A method for the comprehensive proteomic analysis of membrane proteins ⬇️

artículo científico publicado el 14 de abril de 2003

A method to determine the kinetics of multiple proteins in human infants with respiratory distress syndrome.

artículo científico publicado en 2012

A targeted proteomic strategy for the measurement of oral cancer candidate biomarkers in human saliva.

artículo científico publicado en 2015

ABRF-PRG07: advanced quantitative proteomics study

artículo científico publicado en 2011

Accounting for population variation in targeted proteomics

artículo científico publicado en 2013

Age modifies respiratory complex I and protein homeostasis in a muscle type-specific manner

artículo científico publicado en 2015

Aminoglycoside antibiotics induce bacterial biofilm formation

scientific journal article

An Automated Pipeline to Monitor System Performance in Liquid Chromatography-Tandem Mass Spectrometry Proteomic Experiments

artículo científico publicado en 2016

An E3 ubiquitin ligase prevents ectopic localization of the centromeric histone H3 variant via the centromere targeting domain

artículo científico publicado en 2010

An expansive human regulatory lexicon encoded in transcription factor footprints

artículo científico publicado en 2012

Analysis of peptide MS/MS spectra from large-scale proteomics experiments using spectrum libraries

artículo científico publicado en 2006

Assessing the dynamic range and peak capacity of nanoflow LC-FAIMS-MS on an ion trap mass spectrometer for proteomics

artículo científico publicado en 2008

Assigning significance to peptides identified by tandem mass spectrometry using decoy databases

scientific article published on 08 December 2007

Automated Trapping Column Exchanger for High-Throughput Nanoflow Liquid Chromatography

artículo científico publicado en 2017

Bindin from a sea star

artículo científico publicado en 2009

Biomarkers of organophosphorus (OP) exposures in humans ⬇️

artículo científico publicado el 8 de julio de 2011

Bruton's tyrosine kinase revealed as a negative regulator of Wnt-beta-catenin signaling

artículo científico publicado en 2009

Calibration using a single-point external reference material harmonizes quantitative mass spectrometry proteomics data between platforms and laboratories

article by Lindsay K. Pino et al published 11 October 2018 in Analytical Chemistry

Code developments to improve the efficiency of automated MS/MS spectra interpretation

artículo científico publicado en 2002

Combining 'omics and microscopy to visualize interactions between the Asian citrus psyllid vector and the Huanglongbing pathogen Candidatus Liberibacter asiaticus in the insect gut.

artículo científico publicado en 2017

Comparative analysis of the transcriptome across distant species

artículo científico publicado en 2014

Comparison between procedures using SDS for shotgun proteomic analyses of complex samples ⬇️

artículo científico publicado el 8 de junio de 2011

Comparison of data acquisition strategies on quadrupole ion trap instrumentation for shotgun proteomics

artículo científico publicado en 2014

Comparison of database search strategies for high precursor mass accuracy MS/MS data

artículo científico publicado en 2010

Comprehensive peptide quantification for data independent acquisition mass spectrometry using chromatogram libraries

Computational analysis of quantitative proteomics data using stable isotope labeling

artículo científico publicado en 2007

Computational analysis of shotgun proteomics data

artículo científico publicado en 2005

Computational and Statistical Analysis of Protein Mass Spectrometry Data ⬇️

artículo científico publicado el 26 de enero de 2012

Computationally designed high specificity inhibitors delineate the roles of BCL2 family proteins in cancer

artículo científico publicado en 2016

Crux: rapid open source protein tandem mass spectrometry analysis

artículo científico publicado en 2014

De novo correction of mass measurement error in low resolution tandem MS spectra for shotgun proteomics

artículo científico publicado en 2012

Deconvolution of mixture spectra from ion-trap data-independent-acquisition tandem mass spectrometry

artículo científico publicado en 2010

Development of Selected Reaction Monitoring Methods to Systematically Quantify Kinase Abundance and Phosphorylation Stoichiometry in Human Samples

artículo científico publicado en 2017

Direct Maximization of Protein Identifications from Tandem Mass Spectra ⬇️

artículo científico publicado el 3 de noviembre de 2011

Discovery and Targeted LC-MS/MS of Purified Polerovirus Reveals Differences in the Virus-Host Interactome Associated with Altered Aphid Transmission ⬇️

artículo científico publicado el 30 de octubre de 2012

Distinct roles of FKF1, Gigantea, and Zeitlupe proteins in the regulation of Constans stability in Arabidopsis photoperiodic flowering

artículo científico publicado en 2014

Dual-pressure linear ion trap mass spectrometer improving the analysis of complex protein mixtures

artículo científico publicado en 2009

Duplication and Selection on Abalone Sperm Lysin in an Allopatric Population

artículo científico publicado en 2007

Effects of Column and Gradient Lengths on Peak Capacity and Peptide Identification in Nanoflow LC-MS/MS of Complex Proteomic Samples ⬇️

artículo científico publicado el 30 de noviembre de 2012

Effects of modified digestion schemes on the identification of proteins from complex mixtures

artículo científico publicado en 2006

Efficient marginalization to compute protein posterior probabilities from shotgun mass spectrometry data

artículo científico publicado en 2010

Estimating relative abundances of proteins from shotgun proteomics data ⬇️

artículo científico publicado el 19 de noviembre de 2012

Evaluation of Front-End Higher Energy Collision-Induced Dissociation on a Benchtop Dual-Pressure Linear Ion Trap Mass Spectrometer for Shotgun Proteomics ⬇️

artículo científico publicado el 12 de enero de 2012

Evaluation of a Bead-Free Coimmunoprecipitation Technique for Identification of Virus-Host Protein Interactions Using High-Resolution Mass Spectrometry

artículo científico publicado en 2017

Evidence for a post-translational modification, aspartyl aldehyde, in a photosynthetic membrane protein

artículo científico publicado en 2004

Evidence for lysine acetylation in the coat protein of a polerovirus

artículo científico publicado en 2014

Evidence of the biochemical basis of host virulence in the greenbug aphid, Schizaphis graminum (Homoptera: Aphididae).

artículo científico publicado en 2014

Fast and Accurate Protein False Discovery Rates on Large-Scale Proteomics Data Sets with Percolator 3.0.

artículo científico publicado en 2016

Functional diversification and evolution of antifreeze proteins in the antarctic fish Lycodichthys dearborni

artículo científico publicado en 2010

Fusion peptides from oncogenic chimeric proteins as putative specific biomarkers of cancer.

artículo científico publicado en 2013

Garrod's fourth inborn error of metabolism solved by the identification of mutations causing pentosuria

artículo científico publicado en 2011

Genomic and Proteomic Analysis of Schizaphis graminum Reveals Cyclophilin Proteins Are Involved in the Transmission of Cereal Yellow Dwarf Virus ⬇️

artículo científico publicado el 9 de agosto de 2013

Global proteomics and pathway analysis of pressure-overload-induced heart failure and its attenuation by mitochondrial-targeted peptides

scientific article published on 09 August 2013

High-speed data reduction, feature detection, and MS/MS spectrum quality assessment of shotgun proteomics data sets using high-resolution mass spectrometry

artículo científico publicado en 2007

High-throughput profiling of amino acids in strains of the Saccharomyces cerevisiae deletion collection

artículo científico publicado en 2010

Human Ska complex and Ndc80 complex interact to form a load-bearing assembly that strengthens kinetochore-microtubule attachments

artículo científico publicado en 2018

Human valacyclovir hydrolase/biphenyl hydrolase-like protein is a highly efficient homocysteine thiolactonase

artículo científico publicado en 2014

Hyaluronan enhances wound repair and increases collagen III in aged dermal wounds

artículo científico publicado en 2014

Identification and characterization of biomarkers of organophosphorus exposures in humans

artículo científico publicado en 2010

Identification of Peptide Features in Precursor Spectra Using Hardklör and Krönik ⬇️

artículo científico publicado el 1 de marzo de 2012

Identification of Wiskott-Aldrich syndrome protein (WASP) binding sites on the branched actin filament nucleator Arp2/3 complex

artículo científico publicado en 2018

Identification of ejaculated proteins in the house mouse (Mus domesticus) via isotopic labeling ⬇️

artículo científico publicado el 10 de junio de 2011

Implementation of statistical process control for proteomic experiments via LC MS/MS

artículo científico publicado en 2014

Improving Precursor Selectivity in Data-Independent Acquisition Using Overlapping Windows

scientific article published in 2019

Improving tandem mass spectrum identification using peptide retention time prediction across diverse chromatography conditions

artículo científico publicado en 2007

Initial Guidelines for Manuscripts Employing Data-independent Acquisition Mass Spectrometry for Proteomic Analysis

article by Robert J Chalkley et al published January 2019 in Molecular & Cellular Proteomics

Insights into the polerovirus-plant interactome revealed by coimmunoprecipitation and mass spectrometry

artículo científico publicado en 2015

Integrative analysis of the Caenorhabditis elegans genome by the modENCODE project

artículo científico publicado en 2010

Isotope signatures allow identification of chemically cross-linked peptides by mass spectrometry: a novel method to determine interresidue distances in protein structures through cross-linking

artículo científico publicado en 2010

Kinetochore biorientation in Saccharomyces cerevisiae requires a tightly folded conformation of the Ndc80 complex

artículo científico publicado en 2014

Kojak: efficient analysis of chemically cross-linked protein complexes.

artículo científico publicado en 2015

Label-free comparative analysis of proteomics mixtures using chromatographic alignment of high-resolution muLC-MS data

artículo científico publicado en 2008

Large-Scale Interlaboratory Study to Develop, Analytically Validate and Apply Highly Multiplexed, Quantitative Peptide Assays to Measure Cancer-Relevant Proteins in Plasma.

artículo científico publicado en 2015

MS1 Peptide Ion Intensity Chromatograms in MS2 (SWATH) Data Independent Acquisitions. Improving Post Acquisition Analysis of Proteomic Experiments

artículo científico publicado en 2015

MS1, MS2, and SQT-three unified, compact, and easily parsed file formats for the storage of shotgun proteomic spectra and identifications.

artículo científico

Mass spectrometry and next‐generation sequencing reveal an abundant and rapidly evolving abalone sperm protein ⬇️

artículo científico publicado el 1 de mayo de 2013

Maximizing peptide identification events in proteomic workflows using data-dependent acquisition (DDA).

artículo científico publicado en 2013

Measurement of human surfactant protein-B turnover in vivo from tracheal aspirates using targeted proteomics

artículo científico publicado en 2010

Measurement of the isotope enrichment of stable isotope-labeled proteins using high-resolution mass spectra of peptides

artículo científico publicado en 2005

Metabolic Interplay between the Asian Citrus Psyllid and Its Profftella Symbiont: An Achilles' Heel of the Citrus Greening Insect Vector

artículo científico publicado en 2015

Metabolic labeling of mammalian organisms with stable isotopes for quantitative proteomic analysis

artículo científico publicado en 2004

Mitochondrial dysfunction in NnaD mutant flies and Purkinje cell degeneration mice reveals a role for Nna proteins in neuronal bioenergetics

scientific journal article

Mitochondrial proteome remodelling in pressure overload-induced heart failure: the role of mitochondrial oxidative stress ⬇️

artículo científico publicado el 19 de octubre de 2011

Model System-Guided Protein Interaction Mapping for Virus Isolated from Phloem Tissue

artículo científico publicado en 2016

Modeling peptide fragmentation with dynamic Bayesian networks for peptide identification

artículo científico publicado en 2008

Molecular architecture and assembly of the DDB1-CUL4A ubiquitin ligase machinery

artículo científico publicado en 2006

Molecular mechanisms underlying genotype-dependent responses to dietary restriction.

artículo científico publicado en 2013

Multiplexed MS/MS for improved data-independent acquisition

artículo científico publicado en 2013

Multiplexed peptide analysis using data-independent acquisition and Skyline

artículo científico publicado en 2015

Multiplexed, Scheduled, High-Resolution Parallel Reaction Monitoring on a Full Scan QqTOF Instrument with Integrated Data-Dependent and Targeted Mass Spectrometric Workflows

artículo científico publicado en 2015

New Guidelines for Publication of Manuscripts Describing Development and Application of Targeted Mass Spectrometry Measurements of Peptides and Proteins

artículo científico publicado en 2017

New regulators of Wnt/beta-catenin signaling revealed by integrative molecular screening

artículo científico publicado en 2008

Nitric-oxide Synthase Forms N-NO-pterin and S-NO-Cys: IMPLICATIONS FOR ACTIVITY, ALLOSTERY, AND REGULATION

artículo científico publicado en 2010

Nonlinear regression improves accuracy of characterization of multiplexed mass spectrometric assays

artículo científico publicado en 2018

Organellar proteomics reveals Golgi arginine dimethylation

artículo científico publicado en 2004

Overexpression of catalase targeted to mitochondria attenuates murine cardiac aging.

artículo científico publicado en 2009

Panorama Public: A Public Repository for Quantitative Data Sets Processed in Skyline

scholarly article by Vagisha Sharma published in June 2018

Panorama: a targeted proteomics knowledge base

artículo científico publicado en 2014

Peptide charge state determination for low-resolution tandem mass spectra.

artículo científico publicado en 2005

Peptide-Centric Proteome Analysis: An Alternative Strategy for the Analysis of Tandem Mass Spectrometry Data

artículo científico publicado en 2015

Post analysis data acquisition for the iterative MS/MS sampling of proteomics mixtures

artículo científico publicado en 2009

Posterior error probabilities and false discovery rates: two sides of the same coin

artículo científico publicado en 2007

Posttranslational modifications in the CP43 subunit of photosystem II

artículo científico publicado en 2002

Potato leafroll virus structural proteins manipulate overlapping, yet distinct protein interaction networks during infection

artículo científico publicado en 2015

Precursor charge state prediction for electron transfer dissociation tandem mass spectra

artículo científico publicado en 2010

Probability-based validation of protein identifications using a modified SEQUEST algorithm

artículo científico publicado en 2002

Proteogenomic database construction driven from large scale RNA-seq data

artículo científico publicado en 2013

Proteomic analysis of adducted butyrylcholinesterase for biomonitoring organophosphorus exposures ⬇️

artículo científico publicado el 2 de noviembre de 2012

Proteomic discovery of previously unannotated, rapidly evolving seminal fluid genes in Drosophila

artículo científico publicado en 2009

Proteomic solutions for analytical challenges associated with alcohol research ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2008

Proteomics and comparative genomic investigations reveal heterogeneity in evolutionary rate of male reproductive proteins in mice (Mus domesticus).

artículo científico publicado en 2009

Quantification by nano liquid chromatography parallel reaction monitoring mass spectrometry of human apolipoprotein A-I, apolipoprotein B, and hemoglobin A1c in dried blood spots

artículo científico publicado en 2017

Quantitative MS for proteomics: teaching a new dog old tricks

artículo científico publicado en 2005

Quantitative comparison of proteomic data quality between a 2D and 3D quadrupole ion trap

artículo científico publicado en 2006

Quantitative evolutionary proteomics of seminal fluid from primates with different mating systems.

artículo científico publicado en 2018

Quantitative profiling of ubiquitylated proteins reveals proteasome substrates and the substrate repertoire influenced by the Rpn10 receptor pathway

artículo científico publicado en 2007

Quantitative proteomic analysis of mammalian organisms using metabolically labeled tissues

scientific article published on 01 January 2007

Rapamycin transiently induces mitochondrial remodeling to reprogram energy metabolism in old hearts.

artículo científico publicado en 2016

Rapid Assessment of RNAi-mediated Protein Depletion by Selected Reaction Monitoring Mass Spectrometry ⬇️

artículo científico publicado el 10 de junio de 2013

Rapid and accurate peptide identification from tandem mass spectra

artículo científico publicado en 2008

Rapid empirical discovery of optimal peptides for targeted proteomics

artículo científico publicado en 2011

Rapidly evolving zona pellucida domain proteins are a major component of the vitelline envelope of abalone eggs

artículo científico publicado en 2006

Regulation of outer kinetochore Ndc80 complex-based microtubule attachments by the central kinetochore Mis12/MIND complex

artículo científico publicado en 2015

Selecting Optimal Peptides for Targeted Proteomic Experiments in Human Plasma Using In Vitro Synthesized Proteins as Analytical Standards

artículo científico publicado en 2016

Semi-supervised learning for peptide identification from shotgun proteomics datasets.

artículo científico publicado en 2007

Shotgun identification of protein modifications from protein complexes and lens tissue

artículo científico publicado en 2002

Shotgun proteomics: tools for the analysis of complex biological systems

artículo científico publicado en 2002

Similarity among tandem mass spectra from proteomic experiments: detection, significance, and utility

artículo científico publicado en 2003

Skyline Performs as Well as Vendor Software in the Quantitative Analysis of Serum 25-Hydroxy Vitamin D and Vitamin D Binding Globulin

artículo científico publicado en 2017

Skyline: an open source document editor for creating and analyzing targeted proteomics experiments

artículo científico publicado en 2010

Stable Isotope Labeling Reveals Novel Insights Into Ubiquitin-Mediated Protein Aggregation With Age, Calorie Restriction, and Rapamycin Treatment

artículo científico publicado en 2017

Staphylococcus aureus Protein A Mediates Interspecies Interactions at the Cell Surface of Pseudomonas aeruginosa

artículo científico publicado en 2016

Statistical control of peptide and protein error rates in large-scale targeted data-independent acquisition analyses

artículo científico publicado en 2017

Structure of γ-tubulin small complex based on a cryo-EM map, chemical cross-links, and a remotely related structure

artículo científico publicado en 2016

Subacute calorie restriction and rapamycin discordantly alter mouse liver proteome homeostasis and reverse aging effects

artículo científico publicado en 2015

The ABRF Proteomics Research Group Studies: Educational exercises for qualitative and quantitative proteomic analyses

article

The KLHL12-Cullin-3 ubiquitin ligase negatively regulates the Wnt-beta-catenin pathway by targeting Dishevelled for degradation

artículo científico publicado en 2006

The PINK1–Parkin pathway promotes both mitophagy and selective respiratory chain turnover in vivo ⬇️

artículo científico publicado el 18 de marzo de 2013

The Skyline ecosystem: Informatics for quantitative mass spectrometry proteomics

artículo científico

The development of selected reaction monitoring methods for targeted proteomics via empirical refinement.

artículo científico publicado en 2012

The molecular architecture of the Dam1 kinetochore complex is defined by cross-linking based structural modelling

artículo científico publicado en 2015

Time-resolved Interaction Proteomics of the Putative Scaffold Protein GIGANTEA in Arabidopsis thaliana

Time-resolved interaction proteomics of the GIGANTEA protein under diurnal cycles in Arabidopsis

scientific article published in 2019

Topograph, a software platform for precursor enrichment corrected global protein turnover measurements

artículo científico publicado en 2012

Use of shotgun proteomics for the identification, confirmation, and correction of C. elegans gene annotations

artículo científico publicado en 2008

Using BiblioSpec for creating and searching tandem MS peptide libraries

artículo científico publicado en 2007

Using Data Independent Acquisition (DIA) to Model High-responding Peptides for Targeted Proteomics Experiments

artículo científico publicado en 2015

Using Skyline to Analyze Data-Containing Liquid Chromatography, Ion Mobility Spectrometry, and Mass Spectrometry Dimensions

article

Using iRT, a normalized retention time for more targeted measurement of peptides ⬇️

artículo científico publicado el 1 de abril de 2012

Using the CPTAC Assay Portal to Identify and Implement Highly Characterized Targeted Proteomics Assays

artículo científico publicado en 2016

Visualization and dissemination of multidimensional proteomics data comparing protein abundance during Caenorhabditis elegans development

artículo científico publicado en 2015

ZP domain proteins in the abalone egg coat include a paralog of VERL under positive selection that binds lysin and 18-kDa sperm proteins

artículo científico publicado en 2010

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