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Lista de obras de

Algorithms for genome-scale phylogenetics using gene tree parsimony

artículo científico publicado en 2013

Algorithms: simultaneous error-correction and rooting for gene tree reconciliation and the gene duplication problem ⬇️

artículo científico publicado el 25 de junio de 2012

An ILP solution for the gene duplication problem ⬇️

artículo científico publicado el 15 de febrero de 2011

An Omega(n2/ log n) speed-up of TBR heuristics for the gene-duplication problem

artículo científico publicado en 2008

Bijective Diameters of Gene Tree Parsimony Costs

artículo científico publicado en 2017

Computing Manhattan Path-Difference MedianTrees: a Practical Local Search Approach

artículo científico publicado en 2017

Consensus properties and their large-scale applications for the gene duplication problem

artículo científico

Consensus properties for the deep coalescence problem and their application for scalable tree search

artículo científico publicado en 2012

DrML: probabilistic modeling of gene duplications

artículo científico publicado en 2014

DupTree: a program for large-scale phylogenetic analyses using gene tree parsimony

artículo científico publicado en 2008

Efficient Local Search for Euclidean Path-Difference Median Trees

artículo científico publicado en 2017

Efficient algorithms for knowledge-enhanced supertree and supermatrix phylogenetic problems

artículo científico publicado en 2013

Efficient error correction algorithms for gene tree reconciliation based on duplication, duplication and loss, and deep coalescence

artículo científico publicado en 2012

Efficient genome-scale phylogenetic analysis under the duplication-loss and deep coalescence cost models

artículo científico publicado en 2010

Exact solutions for species tree inference from discordant gene trees.

artículo científico publicado en 2013

Exploring biological interaction networks with tailored weighted quasi-bicliques ⬇️

artículo científico publicado el 25 de junio de 2012

Gene Tree Diameter for Deep Coalescence

artículo científico publicado en 2015

Genome-scale phylogenetics: inferring the plant tree of life from 18,896 gene trees

artículo científico publicado en 2011

Groves of Phylogenetic Trees

scholarly article by Cécile Ané et al published 26 June 2009 in Annals of Combinatorics

Guest Editors Introduction to the Special Section on Bioinformatics Research and Applications

artículo científico publicado en 2014

Guest editors' introduction to the Proceedings of the 9th International Symposium on Biomedical Research and Applications

artículo científico publicado en 2014

Highly Bi-Connected Subgraphs for Computational Protein Function Annotation

Identifying optimal incomplete phylogenetic data sets from sequence databases

artículo científico publicado en 2005

Improved heuristics for minimum-flip supertree construction.

artículo científico publicado en 2007

Inferring Evolutionary Scenarios for Protein Domain Compositions

article

Inferring species trees from gene duplication episodes

article

Maximizing Deep Coalescence Cost

artículo científico publicado en 2014

Maximum likelihood models and algorithms for gene tree evolution with duplications and losses.

artículo científico publicado en 2011

Minimum-flip supertrees: complexity and algorithms

artículo científico publicado en 2006

Mining Biological Interaction Networks Using Weighted Quasi-Bicliques

Obtaining maximal concatenated phylogenetic data sets from large sequence databases

artículo científico publicado en 2003

Performance of flip supertree construction with a heuristic algorithm

artículo científico publicado en 2004

Refining discordant gene trees

artículo científico publicado en 2014

Robinson-Foulds Supertrees

artículo científico publicado en 2010

Synthesizing large-scale species trees using the strict consensus approach

artículo científico

The gene-duplication problem: near-linear time algorithms for NNI-based local searches

artículo científico publicado en 2009

The multiple gene duplication problem revisited

artículo científico publicado en 2008

The plexus model for the inference of ancestral multidomain proteins.

artículo científico publicado en 2011

The shape of supertrees to come: tree shape related properties of fourteen supertree methods

artículo científico publicado en 2005

Tracing the Ancestry of Operons in Bacteria

Triplet supertree heuristics for the tree of life

artículo científico publicado en 2009

Unconstrained Diameters for Deep Coalescence

artículo científico publicado en 2016

Unrooted Tree Reconciliation: A Unified Approach ⬇️

artículo científico publicado el 1 de marzo de 2013

iGTP: a software package for large-scale gene tree parsimony analysis

artículo científico publicado en 2010

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