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Lista de obras de

A Humanlike Predictor of Facial Attractiveness ⬇️

artículo científico publicado en 2007

A Neural Model of Delusions and Hallucinations in Schizophrenia ⬇️

artículo científico publicado en 1995

A Novel HMM-Based Method for Detecting Enriched Transcription Factor Binding Sites Reveals RUNX3 as a Potential Target in Pancreatic Cancer Biology ⬇️

artículo científico publicado el 22 de diciembre de 2010

A complex-centric view of protein network evolution

artículo científico publicado en 2009

A computational study of the Warburg effect identifies metabolic targets inhibiting cancer migration

artículo científico publicado en 2014

A direct comparison of protein interaction confidence assignment schemes

artículo científico publicado en 2006

A division of labor between YAP and TAZ in non-small cell lung cancer

scientific article published on 14 August 2020

A genome-scale computational study of the interplay between transcriptional regulation and metabolism

artículo científico publicado en 2007

A genome-wide screen for essential yeast genes that affect telomere length maintenance

artículo científico publicado en 2009

A genome-wide systematic analysis reveals different and predictive proliferation expression signatures of cancerous vs. non-cancerous cells

artículo científico publicado en 2013

A joint analysis of transcriptomic and metabolomic data uncovers enhanced enzyme-metabolite coupling in breast cancer

artículo científico publicado en 2016

A linearized constraint-based approach for modeling signaling networks

artículo científico publicado en 2012

A machine learning predictor of facial attractiveness revealing human-like psychophysical biases.

artículo científico publicado en 2008

A method for inferring medical diagnoses from patient similarities

artículo científico publicado en 2013

A network-based method for predicting gene-nutrient interactions and its application to yeast amino-acid metabolism

artículo científico publicado en 2009

A novel nutritional predictor links microbial fastidiousness with lowered ubiquity, growth rate, and cooperativeness

artículo científico publicado en 2014

A supervised approach for identifying discriminating genotype patterns and its application to breast cancer data

artículo científico publicado en 2007

A systems-level approach to mapping the telomere length maintenance gene circuitry

artículo científico publicado en 2008

ANAT: a tool for constructing and analyzing functional protein networks

artículo científico publicado en 2011

Acid-Induced Downregulation of ASS1 Contributes to the Maintenance of Intracellular pH in Cancer

Actor-critic models of the basal ganglia: new anatomical and computational perspectives

artículo científico publicado en 2002

Altered protein glycosylation predicts Alzheimer's disease and modulates its pathology in disease model Drosophila

artículo científico publicado en 2017

Amphiphilic nanocarrier-induced modulation of PLK1 and miR-34a leads to improved therapeutic response in pancreatic cancer

artículo científico publicado en 2018

An Attractor Neural Network Model of Recall and Recognition ⬇️

An integrated computational and experimental study uncovers FUT9 as a metabolic driver of colorectal cancer

artículo científico publicado en 2017

Analyzing Gene Expression from Whole Tissue vs. Different Cell Types Reveals the Central Role of Neurons in Predicting Severity of Alzheimer’s Disease ⬇️

artículo científico publicado el 28 de septiembre de 2012

Associating genes and protein complexes with disease via network propagation

artículo científico publicado en 2010

Association between translation efficiency and horizontal gene transfer within microbial communities

artículo científico publicado en 2011

Automatic Acquisition and Efficient Representation of Syntactic Structures ⬇️

artículo científico publicado en 2003

Axiomatic scalable neurocontroller analysis via the Shapley value

artículo científico publicado en 2006

CAPN1 is a novel binding partner and regulator of the tumor suppressor NF1 in melanoma

Can single knockouts accurately single out gene functions?

artículo científico publicado en 2008

Co-evolutionary networks of genes and cellular processes across fungal species

artículo científico publicado en 2009

Co-targeting the tumor endothelium and P-selectin-expressing glioblastoma cells leads to a remarkable therapeutic outcome

artículo científico publicado en 2017

Combining Drug and Gene Similarity Measures for Drug-Target Elucidation ⬇️

artículo científico publicado el 1 de febrero de 2011

Competitive and cooperative metabolic interactions in bacterial communities.

artículo científico publicado en 2011

Composite effects of gene determinants on the translation speed and density of ribosomes.

artículo científico publicado en 2011

Computational reconstruction of tissue‐specific metabolic models: application to human liver metabolism ⬇️

artículo científico publicado el 7 de septiembre de 2010

Conservation of expression and sequence of metabolic genes is reflected by activity across metabolic states

artículo científico publicado en 2006

Constraint-based functional similarity of metabolic genes: going beyond network topology

artículo científico

Controlled analysis of neurocontrollers with informational lesioning ⬇️

artículo científico publicado el 15 de octubre de 2003

Cooperation and cheating in microbial exoenzyme production--theoretical analysis for biotechnological applications

artículo científico publicado en 2010

Correction: CAPN1 is a novel binding partner and regulator of the tumor suppressor NF1 in melanoma

Correction: Transcriptional Regulation by CHIP/LDB Complexes.

artículo científico publicado en 2011

Criticality in tumor evolution and clinical outcome

article published in the Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Data-Driven Metabolic Pathway Compositions Enhance Cancer Survival Prediction

artículo científico publicado en 2016

Decoupling Environment-Dependent and Independent Genetic Robustness across Bacterial Species

artículo científico publicado en 2010

Detecting similar binding pockets to enable systems polypharmacology

artículo científico publicado en 2017

Determinants of protein abundance and translation efficiency in S. cerevisiae

artículo científico publicado en 2007

Diet-induced changes of redox potential underlie compositional shifts in the rumen archaeal community

artículo científico publicado en 2016

Direct evolution of genetic robustness in microRNA.

artículo científico publicado en 2006

Distributed Synchrony of Spiking Neurons in a Hebbian Cell Assembly ⬇️

Drugs that reverse disease transcriptomic signatures are more effective in a mouse model of dyslipidemia

artículo científico publicado en 2015

Effective Learning Requires Neuronal Remodeling of Hebbian Synapses ⬇️

Enhancing the Prioritization of Disease-Causing Genes through Tissue Specific Protein Interaction Networks ⬇️

artículo científico publicado el 27 de septiembre de 2012

Environmental stresses disrupt telomere length homeostasis

artículo científico publicado en 2013

Epitope mapping using combinatorial phage-display libraries: a graph-based algorithm

artículo científico publicado en 2006

Essential Genes Embody Increased Mutational Robustness to Compensate for the Lack of Backup Genetic Redundancy

artículo científico publicado en 2016

Evolution of delayed resistance to immunotherapy in a melanoma responder

artículo científico publicado en 2021

Evolution of reinforcement learning in uncertain environments: A simple explanation for complex foraging behaviors

artículo científico publicado en 2002

Evolutionary Conservation of Bacterial Essential Metabolic Genes across All Bacterial Culture Media

artículo científico publicado en 2015

Evolutionary autonomous agents: a neuroscience perspective

artículo científico publicado en 2002

Evolutionary conservation and over-representation of functionally enriched network patterns in the yeast regulatory network

artículo científico publicado en 2007

Evolutionary rate and gene expression across different brain regions

artículo científico publicado en 2008

Evolving small neurocontrollers with self-organized compact encoding

artículo científico publicado en 2003

Facial attractiveness: beauty and the machine.

artículo científico publicado en 2006

Fair attribution of functional contribution in artificial and biological networks

artículo científico publicado en 2004

Fair localization of function via multi-lesion analysis

artículo científico publicado en 2004

Feature selection via coalitional game theory

artículo científico publicado en 2007

Flux balance analysis accounting for metabolite dilution

artículo científico publicado en 2010

Fumarate induces redox-dependent senescence by modifying glutathione metabolism

artículo científico publicado en 2015

Functional Alignment of Metabolic Networks

artículo científico publicado en 2016

Functional representation of enzymes by specific peptides

artículo científico publicado en 2007

Gene Expression in the Rodent Brain is Associated with Its Regional Connectivity ⬇️

artículo científico publicado el 5 de mayo de 2011

Gene expression of Caenorhabditis elegans neurons carries information on their synaptic connectivity

artículo científico publicado en 2006

Gene loss rate: a probabilistic measure for the conservation of eukaryotic genes

artículo científico publicado en 2006

Genetic interactions in yeast: is robustness going bust?

artículo científico publicado en 2007

Genome-scale analysis of translation elongation with a ribosome flow model

artículo científico publicado en 2011

Genome-scale metabolic modeling elucidates the role of proliferative adaptation in causing the Warburg effect

artículo científico publicado en 2011

Genome-scale metabolic modeling reveals SARS-CoV-2-induced metabolic changes and antiviral targets

artículo científico publicado en 2021

Genome-scale study reveals reduced metabolic adaptability in patients with non-alcoholic fatty liver disease

artículo científico publicado en 2016

Genome-wide prediction of synthetic rescue mediators of resistance to targeted and immunotherapy

artículo científico publicado en 2019

Global map of physical interactions among differentially expressed genes in multiple sclerosis relapses and remissions

artículo científico publicado en 2011

Glycan degradation (GlyDeR) analysis predicts mammalian gut microbiota abundance and host diet-specific adaptations

artículo científico publicado en 2014

Haem oxygenase is synthetically lethal with the tumour suppressor fumarate hydratase

artículo científico publicado en 2011

Harnessing the landscape of microbial culture media to predict new organism-media pairings

artículo científico publicado en 2015

High-Dimensional Analysis of Evolutionary Autonomous Agents ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2003

Higher-order genomic organization of cellular functions in yeast

artículo científico

Hippocampus neuronal metabolic gene expression outperforms whole tissue data in accurately predicting Alzheimer's disease progression

artículo científico publicado el 4 de mayo de 2012

History-Dependent Attractor Neural Networks ⬇️

artículo científico publicado en 1993

INDI: a computational framework for inferring drug interactions and their associated recommendations ⬇️

artículo científico publicado el 17 de julio de 2012

Immunoproteasome expression is associated with better prognosis and response to checkpoint therapies in melanoma

artículo científico publicado en 2020

Improved evidence-based genome-scale metabolic models for maize leaf, embryo, and endosperm

artículo científico publicado en 2015

In vitro and in vivo identification of clinically approved drugs that modify ACE2 expression

scientific article published on 01 July 2020

Increased microRNA activity in human cancers

artículo científico publicado en 2009

Inferring functional pathways from multi-perturbation data

artículo científico publicado en 2006

Insulin-like growth factor 1 receptor activation promotes mammary gland tumor development by increasing glycolysis and promoting biomass production

artículo científico publicado en 2017

Integrated proteotranscriptomics of breast cancer reveals globally increased protein-mRNA concordance associated with subtypes and survival

scholarly article by Wei Tang published in December 2018

Integrating quantitative proteomics and metabolomics with a genome-scale metabolic network model

artículo científico publicado en 2010

Integrating transcriptomics with metabolic modeling predicts biomarkers and drug targets for Alzheimer's disease

artículo científico publicado en 2014

Integrative genomic analysis identifies isoleucine and CodY as regulators of Listeria monocytogenes virulence

artículo científico publicado en 2012

Large population study identifies drugs associated with reduced COVID-19 severity

artículo científico publicado en 2020

Large-Scale Elucidation of Drug Response Pathways in Humans ⬇️

artículo científico publicado el 1 de febrero de 2012

Large-scale reconstruction and phylogenetic analysis of metabolic environments

artículo científico publicado en 2008

Localization of Function via Lesion Analysis ⬇️

artículo científico publicado el 1 de abril de 2003

Maximal sum of metabolic exchange fluxes outperforms biomass yield as a predictor of growth rate of microorganisms

artículo científico publicado en 2014

Medical sequencing at the extremes of human body mass

artículo científico publicado en 2007

Met kinetic signature derived from the response to HGF/SF in a cellular model predicts breast cancer patient survival

artículo científico publicado en 2012

Meta-analysis of gene expression data: a predictor-based approach

artículo científico publicado en 2007

Metabolic Network Prediction of Drug Side Effects

artículo científico publicado en 2016

Metabolic associations of reduced proliferation and oxidative stress in advanced breast cancer

artículo científico publicado en 2012

Metabolic modeling of endosymbiont genome reduction on a temporal scale ⬇️

artículo científico publicado en 2011

Metabolic modeling predicts perturbations extending lifespan in yeast and counteracting aging in mammalian muscle.

artículo científico publicado en 2012

Metabolic reconstruction, constraint-based analysis and game theory to probe genome-scale metabolic networks

artículo científico publicado en 2010

Metabolic-network-driven analysis of bacterial ecological strategies

artículo científico publicado en 2009

Metabolically re-modeling the drug pipeline ⬇️

artículo científico publicado el 31 de mayo de 2013

Model-based identification of drug targets that revert disrupted metabolism and its application to ageing

artículo científico publicado en 2013

Modeling brain energy metabolism and function: a multiparametric monitoring approach

artículo científico publicado en 2006

Modeling cancer metabolism on a genome scale

artículo científico publicado en 2015

Motif extraction and protein classification.

artículo científico publicado en 2005

Moving ahead on harnessing synthetic lethality to fight cancer

artículo científico publicado en 2015

MuD: an interactive web server for the prediction of non-neutral substitutions using protein structural data

artículo científico publicado en 2010

MuD: an interactive web server for the prediction of non-neutral substitutions using protein structural data.

artículo científico publicado en 2010

Multi-knockout genetic network analysis: the Rad6 example.

artículo científico publicado en 2004

Multi-modular Associative Memory ⬇️

Multiperturbation analysis of distributed neural networks: the case of spatial neglect

artículo científico publicado en 2009

Multiple knockout analysis of genetic robustness in the yeast metabolic network

artículo científico publicado en 2006

Mutation-selection balance and compensatory mechanisms in tumour evolution

artículo científico publicado en 2020

Network-based prediction of human tissue-specific metabolism

artículo científico publicado en 2008

Network-based prediction of metabolic enzymes' subcellular localization

artículo científico publicado en 2009

Network-free inference of knockout effects in yeast

artículo científico publicado en 2010

Neural processing of counting in evolved spiking and McCulloch-Pitts agents

artículo científico publicado en 2006

Neurocontroller analysis via evolutionary network minimization

artículo científico publicado en 2006

Neuronal Regulation Implements Efficient Synaptic Pruning ⬇️

artículo científico publicado en 1999

Nucleotide variation of regulatory motifs may lead to distinct expression patterns

artículo científico publicado en 2007

On Parallel versus Serial Processing: A Computational Study of Visual Search ⬇️

Optimal Signalling in Attractor Neural Networks ⬇️

artículo científico publicado en 1994

PREDICT: a method for inferring novel drug indications with application to personalized medicine ⬇️

artículo científico publicado el 7 de junio de 2011

PRINCIPLE: a tool for associating genes with diseases via network propagation

artículo científico publicado en 2011

Patterns of damage in neural networks: The effects of lesion area, shape and number ⬇️

artículo científico publicado en 1995

Pepitope: epitope mapping from affinity-selected peptides

artículo científico publicado en 2007

Phenotype-based cell-specific metabolic modeling reveals metabolic liabilities of cancer

artículo científico publicado en 2014

Placing search in context: the concept revisited

artículo científico publicado en 2002

Predicting cancer-specific vulnerability via data-driven detection of synthetic lethality

artículo científico publicado en 2014

Predicting drug targets and biomarkers of cancer via genome-scale metabolic modeling

artículo científico

Predicting metabolic biomarkers of human inborn errors of metabolism

artículo científico publicado en 2009

Predicting selective drug targets in cancer through metabolic networks.

artículo científico publicado en 2011

Prediction and Subtyping of Hypertension from Pan-Tissue Transcriptomic and Genetic Analyses

artículo científico publicado en 2017

Properties of untranslated regions of the S. cerevisiae genome

artículo científico publicado en 2009

Proteomics-based metabolic modeling reveals that fatty acid oxidation (FAO) controls endothelial cell (EC) permeability

artículo científico publicado en 2015

Publisher Correction: Mutation-selection balance and compensatory mechanisms in tumour evolution

scientific article published on 14 December 2020

Publisher Correction: Transcriptomic alterations during ageing reflect the shift from cancer to degenerative diseases in the elderly.

artículo científico publicado en 2019

Putative functional genes in idiopathic dilated cardiomyopathy

artículo científico publicado en 2018

Pyrvinium pamoate induces death of triple-negative breast cancer stem-like cells and reduces metastases through effects on lipid anabolism

artículo científico publicado en 2020

QNet: a tool for querying protein interaction networks

artículo científico publicado en 2008

QPath: a method for querying pathways in a protein-protein interaction network

artículo científico publicado en 2006

Quantitative analysis of genetic and neuronal multi-perturbation experiments

artículo científico publicado en 2005

Reconstructing ancestral gene content by coevolution

artículo científico publicado en 2010

Reconstructing ancestral genomic sequences by co-evolution: formal definitions, computational issues, and biological examples

artículo científico publicado en 2010

Reconstruction of Arabidopsis metabolic network models accounting for subcellular compartmentalization and tissue-specificity ⬇️

artículo científico publicado el 19 de diciembre de 2011

Regulatory on/off minimization of metabolic flux changes after genetic perturbations

artículo científico publicado en 2005

Reply to: 'IMPRES does not reproducibly predict response to immune checkpoint blockade therapy in metastatic melanoma'

scientific article published on 05 December 2019

SPINE: a framework for signaling-regulatory pathway inference from cause-effect experiments

artículo científico publicado en 2007

Selection for translation efficiency on synonymous polymorphisms in recent human evolution

artículo científico publicado en 2011

Single-Iteration Threshold Hamming Networks ⬇️

artículo científico publicado en 1993

Structural robustness of metabolic networks with respect to multiple knockouts

scientific article published on 09 October 2007

Synthetic dosage lethality in the human metabolic network is highly predictive of tumor growth and cancer patient survival

artículo científico publicado en 2015

Synthetic lethal combination targeting BET uncovered intrinsic susceptibility of TNBC to ferroptosis

scientific article published on 21 August 2020

Systematic condition-dependent annotation of metabolic genes

artículo científico publicado en 2007

Systematic identification of gene annotation errors in the widely used yeast mutation collections ⬇️

artículo científico publicado el 5 de febrero de 2012

Systems analysis of intracellular pH vulnerabilities for cancer therapy

artículo científico publicado en 2018

Systems-Wide Prediction of Enzyme Promiscuity Reveals a New Underground Alternative Route for Pyridoxal 5'-Phosphate Production in E. coli

artículo científico publicado en 2016

Taming the complexity of large models

artículo científico publicado en 2013

Targeting the Warburg effect via LDHA inhibition engages ATF4 signaling for cancer cell survival

artículo científico publicado en 2018

The evolution of modularity in bacterial metabolic networks.

artículo científico publicado en 2008

The large-scale organization of the bacterial network of ecological co-occurrence interactions.

artículo científico publicado en 2010

The role of branched chain amino acid and tryptophan metabolism in rat's behavioral diversity: Intertwined peripheral and brain effects

artículo científico publicado en 2015

Toward accurate reconstruction of functional protein networks

artículo científico publicado en 2009

Transcriptional Regulation by CHIP/LDB Complexes ⬇️

artículo científico publicado el 12 de agosto de 2010

Transcriptomic alterations during ageing reflect the shift from cancer to degenerative diseases in the elderly

artículo científico publicado en 2018

Translation efficiency in humans: tissue specificity, global optimization and differences between developmental stages

artículo científico publicado en 2010

Translation efficiency is determined by both codon bias and folding energy

artículo científico publicado en 2010

Unsupervised Context Sensitive Language Acquisition from a Large Corpus ⬇️

artículo científico publicado en 2004

Urea Cycle Dysregulation Generates Clinically Relevant Genomic and Biochemical Signatures

Who Does What? A Novel Algorithm to Determine Function Localization ⬇️

iMAT: an integrative metabolic analysis tool ⬇️

artículo científico publicado el 15 de noviembre de 2010

p53 promotes the expression of gluconeogenesis-related genes and enhances hepatic glucose production

artículo científico publicado en 2013

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