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Lista de obras de Marc Vidal

'Edgetic' perturbation of a C. elegans BCL2 ortholog

artículo científico publicado en 2009

2020 Vision for Biology: The Role of Plants in Addressing Grand Challenges in Biology

article

A Protein Domain-Based Interactome Network for C. elegans Early Embryogenesis

A Zebrafish Genetic Screen Identifies Neuromedin U as a Regulator of Sleep/Wake States

artículo científico publicado en 2016

A chaperome subnetwork safeguards proteostasis in aging and neurodegenerative disease

artículo científico publicado en 2014

A comprehensive library of human transcription factors for cell fate engineering

artículo científico publicado en 2020

A disease module in the interactome explains disease heterogeneity, drug response and captures novel pathways and genes in asthma

artículo científico publicado en 2015

A first version of the Caenorhabditis elegans Promoterome

artículo científico publicado en 2004

A framework for exhaustively mapping functional missense variants.

artículo científico publicado en 2017

A gateway-compatible yeast one-hybrid system.

artículo científico publicado en 2004

A gene expression fingerprint of C. elegans embryonic motor neurons

artículo científico publicado en 2005

A genome-wide gene function prediction resource for Drosophila melanogaster

artículo científico publicado en 2010

A genome-wide positioning systems network algorithm for in silico drug repurposing

scientific article published on 02 August 2019

A global protein-lipid interactome map.

artículo científico publicado en 2010

A map of binary SARS-CoV-2 protein interactions implicates host immune regulation and ubiquitination

artículo científico publicado en 2021

A map of the interactome network of the metazoan C. elegans

artículo científico publicado en 2004

A massively parallel barcoded sequencing pipeline enables generation of the first ORFeome and interactome map for rice

scientific article published on 12 May 2020

A mitochondrial protein compendium elucidates complex I disease biology

artículo científico publicado en 2008

A proactive genotype-to-patient-phenotype map for cystathionine beta-synthase

artículo científico publicado en 2020

A protein domain-based interactome network for C. elegans early embryogenesis

artículo científico publicado en 2008

A protein-protein interaction network for human inherited ataxias and disorders of Purkinje cell degeneration

artículo científico publicado en 2006

A proteome-scale map of the human interactome network

artículo científico publicado en 2014

A public genome-scale lentiviral expression library of human ORFs

artículo científico publicado en 2011

A reference map of the human binary protein interactome

scientific article published on 08 April 2020

A systematic screen for CDK4/6 substrates links FOXM1 phosphorylation to senescence suppression in cancer cells

artículo científico publicado en 2011

APID database: redefining protein-protein interaction experimental evidences and binary interactomes

artículo científico publicado en 2019

Academia-industry collaboration: an integral element for building "omic" resources

artículo científico publicado en 2004

An antibiotic selection marker for nematode transgenesis

artículo científico publicado en 2010

An empirical framework for binary interactome mapping

artículo científico publicado en 2009

An experimentally derived confidence score for binary protein-protein interactions

artículo científico publicado en 2008

An extended set of yeast-based functional assays accurately identifies human disease mutations

artículo científico publicado en 2016

An inter-species protein-protein interaction network across vast evolutionary distance

artículo científico publicado en 2016

Analysis of the human E2 ubiquitin conjugating enzyme protein interaction network

artículo científico publicado en 2009

Annotation transfer between genomes: protein-protein interologs and protein-DNA regulogs

artículo científico publicado en 2004

Array MAPPIT: high-throughput interactome analysis in mammalian cells

artículo científico publicado en 2009

Association of Dishevelled with the clathrin AP-2 adaptor is required for Frizzled endocytosis and planar cell polarity signaling

artículo científico publicado en 2007

Autophagy induction by the pathogen receptor CD46.

artículo científico publicado en 2009

BRCA1/BARD1 orthologs required for DNA repair in Caenorhabditis elegans

artículo científico publicado en 2004

BTB proteins are substrate-specific adaptors in an SCF-like modular ubiquitin ligase containing CUL-3.

artículo científico publicado en 2003

Bayesian modeling of the yeast SH3 domain interactome predicts spatiotemporal dynamics of endocytosis proteins

artículo científico publicado en 2009

Biochemical clustering of monomeric GTPases of the Ras superfamily.

artículo científico publicado en 2005

Biologie systémique

Broadening the horizon--level 2.5 of the HUPO-PSI format for molecular interactions

artículo científico publicado en 2007

C. elegans GLA-3 is a novel component of the MAP kinase MPK-1 signaling pathway required for germ cell survival

artículo científico publicado en 2006

C. elegans ORFeome version 1.1: experimental verification of the genome annotation and resource for proteome-scale protein expression.

artículo científico publicado en 2003

C. elegans ORFeome version 3.1: increasing the coverage of ORFeome resources with improved gene predictions

artículo científico publicado en 2004

C. elegans network biology: a beginning

artículo científico publicado en 2006

CKIP-1 regulates mammalian and zebrafish myoblast fusion

scientific journal article

COT drives resistance to RAF inhibition through MAP kinase pathway reactivation

artículo científico publicado en 2010

Caenorhabditis elegans HUS-1 is a DNA damage checkpoint protein required for genome stability and EGL-1-mediated apoptosis

artículo científico publicado en 2002

Challenges and recommendations for epigenomics in precision health.

artículo científico publicado en 2017

Closing in on the C. elegans ORFeome by cloning TWINSCAN predictions

artículo científico publicado en 2005

Combined functional genomic maps of the C. elegans DNA damage response

artículo científico publicado en 2002

Combining biological networks to predict genetic interactions

scholarly article

Comparative analysis of virus-host interactomes with a mammalian high-throughput protein complementation assay based on Gaussia princeps luciferase

artículo científico publicado en 2012

Confirmation of organized modularity in the yeast interactome

artículo científico publicado en 2007

Controllability in an islet specific regulatory network identifies the transcriptional factor NFATC4, which regulates Type 2 Diabetes associated genes.

artículo científico publicado en 2018

Convergent targeting of a common host protein-network by pathogen effectors from three kingdoms of life

artículo científico publicado en 2014

Disease networks. Uncovering disease-disease relationships through the incomplete interactome

artículo científico publicado en 2015

Domain-based prediction of the human isoform interactome provides insights into the functional impact of alternative splicing

artículo científico

Drug-target network

artículo científico publicado en 2007

Edgetic perturbation models of human inherited disorders

artículo científico publicado en 2009

Edgotype: a fundamental link between genotype and phenotype

artículo científico publicado en 2013

Effect of sampling on topology predictions of protein-protein interaction networks

Efficient targeted transcript discovery via array-based normalization of RACE libraries

artículo científico publicado en 2008

Empirically controlled mapping of the Caenorhabditis elegans protein-protein interactome network

artículo científico publicado en 2009

Epstein-Barr virus and virus human protein interaction maps

artículo científico publicado en 2007

Erratum: 'Edgetic' perturbation of a C. elegans BCL2 ortholog

scholarly article published in Nature Methods

Erratum: Addendum: Literature-curated protein interaction datasets

scholarly article published in Nature Methods

Erratum: Corrigendum: QUICKstep and GS-TAP: new moves for protein-interaction analysis

scholarly article published in Nature Methods

Erratum: Evidence for dynamically organized modularity in the yeast protein–protein interaction network

artículo científico publicado en 2004

Evidence for transcript networks composed of chimeric RNAs in human cells

artículo científico publicado en 2012

Expanding the Atlas of Functional Missense Variation for Human Genes

article

Fas-activated serine/threonine phosphoprotein (FAST) is a regulator of alternative splicing

artículo científico publicado en 2007

Feasibility of genome-scale construction of promoter::reporter gene fusions for expression in Caenorhabditis elegans using a multisite gateway recombination system

scientific article published on October 2004

Forward and Reverse Proteomics

From genome to proteome: developing expression clone resources for the human genome

artículo científico publicado en 2006

Functional genomic analysis of RNA interference in C. elegans

artículo científico publicado en 2005

Generation of the Brucella melitensis ORFeome version 1.1.

artículo científico publicado en 2004

Genome-Scale Networks Link Neurodegenerative Disease Genes to α-Synuclein through Specific Molecular Pathways

artículo científico publicado en 2017

Genome-scale analysis of in vivo spatiotemporal promoter activity in Caenorhabditis elegans.

artículo científico publicado en 2007

Genome-wide coactivation analysis of PGC-1alpha identifies BAF60a as a regulator of hepatic lipid metabolism

artículo científico publicado en 2008

Global BioID-based SARS-CoV-2 proteins proximal interactome unveils novel ties between viral polypeptides and host factors involved in multiple COVID19-associated mechanisms

scholarly article by Estelle M.N. Laurent published in August 2020

Global Edgetic Rewiring in Cancer Networks

artículo científico publicado en 2015

HSP90 Shapes the Consequences of Human Genetic Variation

artículo científico publicado en 2017

High-quality binary interactome mapping

artículo científico publicado en 2010

High-quality binary protein interaction map of the yeast interactome network

artículo científico publicado en 2008

High-throughput expression of C. elegans proteins.

artículo científico publicado en 2004

High-throughput expression, purification, and characterization of recombinant Caenorhabditis elegans proteins

artículo científico publicado en 2003

Host-pathogen interactome mapping for HTLV-1 and -2 retroviruses

artículo científico publicado en 2012

How many human proteoforms are there?

artículo científico publicado en 2018

Human ORFeome version 1.1: a platform for reverse proteomics

artículo científico publicado en 2004

Human gene-centered transcription factor networks for enhancers and disease variants

artículo científico publicado en 2015

Identification of FAM111A as an SV40 host range restriction and adenovirus helper factor

artículo científico publicado en 2012

Identifying pathogenicity of human variants via paralog-based yeast complementation.

artículo científico publicado en 2017

In Situ Peroxidase Labeling and Mass-Spectrometry Connects Alpha-Synuclein Directly to Endocytic Trafficking and mRNA Metabolism in Neurons

artículo científico publicado en 2017

InSite: a computational method for identifying protein-protein interaction binding sites on a proteome-wide scale

artículo científico publicado en 2007

Increasing specificity in high-throughput yeast two-hybrid experiments

artículo científico publicado en 2004

Independently evolved virulence effectors converge onto hubs in a plant immune system network

artículo científico publicado en 2011

Insight into transcription factor gene duplication from Caenorhabditis elegans Promoterome-driven expression patterns.

artículo científico publicado en 2007

Integrated version of reverse two-hybrid system for the postproteomic era

scientific article published on 01 January 2002

Integrating 'omic' information: a bridge between genomics and systems biology

artículo científico publicado en 2003

Integrating interactome, phenome, and transcriptome mapping data for the C. elegans germline

artículo científico publicado en 2002

Integrative genomic approaches identify IKBKE as a breast cancer oncogene

artículo científico publicado en 2007

Interactome Networks

article published in 2013

Interactome mapping of the phosphatidylinositol 3-kinase-mammalian target of rapamycin pathway identifies deformed epidermal autoregulatory factor-1 as a new glycogen synthase kinase-3 interactor

artículo científico publicado en 2010

Interactome: gateway into systems biology

artículo científico publicado en 2005

Interplay between BRCA1 and RHAMM regulates epithelial apicobasal polarization and may influence risk of breast cancer

artículo científico publicado en 2011

Interpreting cancer genomes using systematic host network perturbations by tumour virus proteins

scientific journal article

Intrinsic disorder is a common feature of hub proteins from four eukaryotic interactomes

artículo científico publicado en 2006

Isoform discovery by targeted cloning, 'deep-well' pooling and parallel sequencing.

artículo científico publicado en 2008

Knocking out multigene redundancies via cycles of sexual assortment and fluorescence selection

artículo científico publicado en 2011

Large-scale RACE approach for proactive experimental definition of C. elegans ORFeome.

artículo científico publicado en 2009

Large-scale RNAi screens identify novel genes that interact with the C. elegans retinoblastoma pathway as well as splicing-related components with synMuv B activity

artículo científico publicado en 2007

List of Contributors

Literature-curated protein interaction datasets.

artículo científico publicado en 2009

MECP2 Is a Frequently Amplified Oncogene with a Novel Epigenetic Mechanism That Mimics the Role of Activated RAS in Malignancy

artículo científico publicado en 2015

MEX-3 interacting proteins link cell polarity to asymmetric gene expression in Caenorhabditis elegans

artículo científico publicado en 2002

Mapping differential interactomes by affinity purification coupled with data-independent mass spectrometry acquisition

artículo científico publicado en 2013

Mapping transcription factor interactome networks using HaloTag protein arrays.

artículo científico publicado en 2016

Maximizing binary interactome mapping with a minimal number of assays

artículo científico publicado en 2019

Metabolic network analysis integrated with transcript verification for sequenced genomes.

artículo científico publicado en 2009

Multimodal assessment of protein functional deficiency supports pathogenicity of BRCA1 p.V1688del

artículo científico publicado en 2009

Multiplex single-molecule interaction profiling of DNA-barcoded proteins

artículo científico publicado en 2014

Mycobacterium tuberculosis type VII secreted effector EsxH targets host ESCRT to impair trafficking

artículo científico publicado en 2013

Network analysis of UBE3A/E6AP-associated proteins provides connections to several distinct cellular processes

artículo científico publicado en 2018

Network modeling links breast cancer susceptibility and centrosome dysfunction

artículo científico publicado en 2007

Network-based in silico drug efficacy screening

artículo científico publicado en 2016

Network-based prediction of protein interactions

artículo científico publicado en 2019

Networking metabolites and diseases

artículo científico publicado en 2008

New genes with roles in the C. elegans embryo revealed using RNAi of ovary-enriched ORFeome clones

artículo científico publicado en 2005

Next-generation sequencing to generate interactome datasets

artículo científico publicado en 2011

NuMA-related LIN-5, ASPM-1, calmodulin and dynein promote meiotic spindle rotation independently of cortical LIN-5/GPR/Galpha

artículo científico publicado en 2009

ORF Capture-Seq as a versatile method for targeted identification of full-length isoforms

scientific article published on 11 May 2020

ORFeome cloning and systems biology: standardized mass production of the parts from the parts-list

artículo científico publicado en 2004

ORFeome projects: gateway between genomics and omics.

artículo científico publicado en 2004

Organization of the synaptonemal complex during meiosis in Caenorhabditis elegans

artículo científico publicado en 2011

Perturbing interactions

artículo científico publicado en 2005

Pooled ORF expression technology (POET): using proteomics to screen pools of open reading frames for protein expression

artículo científico publicado en 2005

Pooled-matrix protein interaction screens using Barcode Fusion Genetics

scientific journal article

Predictive models of molecular machines involved in Caenorhabditis elegans early embryogenesis.

artículo científico publicado en 2005

Protein Interactomics by Two-Hybrid Methods

artículo científico publicado en 2018

Protein domain-level landscape of cancer-type-specific somatic mutations

artículo científico publicado en 2015

Protein interaction network of alternatively spliced isoforms from brain links genetic risk factors for autism.

scientific article published on 11 April 2014

Protein interactions of the transcription factor Hoxa1

artículo científico publicado en 2012

Protein-protein interactions and networks: forward and reverse edgetics.

artículo científico publicado en 2011

Proteome-Scale Human Interactomics

artículo científico publicado en 2017

Proteome-scale Binary Interactomics in Human Cells

artículo científico publicado en 2016

Proto-genes and de novo gene birth

artículo científico publicado en 2012

QUICKstep and GS-TAP: new moves for protein-interaction analysis

article published in 2006

RNAi on the apoptosis TRAIL: the mammalian cell genetic screen comes of age

artículo científico publicado en 2003

RNAi screening implicates a SKN-1-dependent transcriptional response in stress resistance and longevity deriving from translation inhibition.

artículo científico publicado en 2010

Reply to "Exhaustive benchmarking of the yeast two-hybrid system"

Reply to Toward the complete interactome

Report on EU-USA workshop: how systems biology can advance cancer research (27 October 2008)

artículo científico publicado en 2008

Revisiting the Saccharomyces cerevisiae predicted ORFeome

artículo científico publicado en 2008

Role for the pleckstrin homology domain-containing protein CKIP-1 in phosphatidylinositol 3-kinase-regulated muscle differentiation.

artículo científico publicado en 2004

SH3 interactome conserves general function over specific form.

artículo científico publicado en 2013

Selecting causal genes from genome-wide association studies via functionally coherent subnetworks

artículo científico publicado en 2014

Shifted Transversal Design smart-pooling for high coverage interactome mapping

artículo científico publicado en 2009

Spatiotemporal 16p11.2 protein network implicates cortical late mid-fetal brain development and KCTD13-Cul3-RhoA pathway in psychiatric diseases

artículo científico publicado en 2015

Structural genomics: A pipeline for providing structures for the biologist

artículo científico publicado en 2002

Survey of variation in human transcription factors reveals prevalent DNA binding changes

artículo científico publicado en 2016

Systematic analysis of genes required for synapse structure and function

artículo científico publicado en 2005

Systematic identification of pathological lamin A interactors

artículo científico publicado en 2014

Systematic interactome mapping and genetic perturbation analysis of a C. elegans TGF-beta signaling network

artículo científico publicado en 2004

Systematic screening reveals a role for BRCA1 in the response to transcription-associated DNA damage

artículo científico publicado en 2014

Systems engineering to systems biology

artículo científico

TACC3-TSC2 maintains nuclear envelope structure and controls cell division.

artículo científico publicado en 2010

Ten years of genetics and genomics: what have we achieved and where are we heading?

artículo científico publicado en 2010

The 14-3-3 protein FTT-2 regulates DAF-16 in Caenorhabditis elegans

artículo científico publicado en 2006

The HUPO PSI's molecular interaction format--a community standard for the representation of protein interaction data

artículo científico publicado en 2004

The human disease network

artículo científico publicado en 2007

The human proteome - a scientific opportunity for transforming diagnostics, therapeutics, and healthcare

artículo científico publicado en 2012

The landscape of C. elegans 3'UTRs

artículo científico publicado en 2010

The minimum information required for reporting a molecular interaction experiment (MIMIx).

artículo científico publicado en 2007

The transcription factor ERG recruits CCR4-NOT to control mRNA decay and mitotic progression

artículo científico publicado en 2016

Toward improving Caenorhabditis elegans phenome mapping with an ORFeome-based RNAi library

artículo científico publicado en 2004

Towards a proteome-scale map of the human protein–protein interaction network

artículo científico publicado en 2005

Towards an ″assayome″ for binary interactome mapping

Viral perturbations of host networks reflect disease etiology

artículo científico publicado en 2012

VirusMINT: a viral protein interaction database

artículo científico publicado en 2008

Widespread Expansion of Protein Interaction Capabilities by Alternative Splicing

artículo científico publicado en 2016

Widespread macromolecular interaction perturbations in human genetic disorders

scientific journal article

WorfDB: the Caenorhabditis elegans ORFeome Database

artículo científico publicado en 2003

hORFeome v3.1: a resource of human open reading frames representing over 10,000 human genes

artículo científico publicado en 2007

lin-8, which antagonizes Caenorhabditis elegans Ras-mediated vulval induction, encodes a novel nuclear protein that interacts with the LIN-35 Rb protein

artículo científico publicado en 2005

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