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Lista de obras de Helen M. Berman

27 Analysis of DNA deformations in transcription factor-DNA complexes

artículo científico publicado en 2015

A crystallographic determination of a chemical structure: 6-amino-10-(beta-D-ribofuranosylamino)pyrimido-[5,4-d]pyrimidine, an example of an unusual D-ribose conformation

artículo científico publicado el 1 de noviembre de 1975

A molecular model for proflavine-DNA intercalation

artículo científico publicado en 1988

A second determination of the structure of hydroxyurea

artículo científico publicado en 1967

A structural model for sequence-specific proflavin-DNA interactions during in vitro frameshift mutagenesis

artículo científico publicado el 1 de octubre de 1992

A structure-based method for identifying DNA-binding proteins and their sites of DNA-interaction

artículo científico publicado en 2004

A systematic method for studying the spatial distribution of water molecules around nucleic acid bases

artículo científico publicado en 1993

An analysis of the relationship between hydration and protein-DNA interactions

artículo científico publicado en 1998

An improved basal medium for Y-1 mouse adrenal cortex tumor cells in culture. 2. Stability of steroidogenic pathway and chromosome number

artículo científico publicado en 1981

An improved, reproducible method opreparing rat liver plasma cell membranes in buffered isotonic sucrose

artículo científico publicado en 1969

An overview of the structures of protein-DNA complexes

artículo científico publicado en 2000

Analysis of local helix bending in crystal structures of DNA oligonucleotides and DNA-protein complexes

artículo científico publicado en 1995

Announcing mandatory submission of PDBx/mmCIF format files for crystallographic depositions to the Protein Data Bank (PDB)

scientific article published on 08 April 2019

Announcing the worldwide Protein Data Bank

artículo científico publicado en 2003

Anomeric Bond-Character in the Pyranose Sugars ⬇️

artículo científico publicado en 1967

Anticipating innovations in structural biology

artículo científico publicado en 2018

Archiving and disseminating integrative structure models

artículo científico publicado en 2019

Archiving of Integrative Structural Models

artículo científico publicado en 2018

Aromatic hydrogen bond in sequence-specific protein DNA recognition

artículo científico publicado en 1996

Automated and accurate deposition of structures solved by X-ray diffraction to the Protein Data Bank

artículo científico publicado en 2004

BioMagResBank (BMRB) as a partner in the Worldwide Protein Data Bank (wwPDB): new policies affecting biomolecular NMR depositions

artículo científico publicado en 2008

CIF Applications. XI.A La Mode: a ligand and monomer object data environment. I. Automated construction of mmCIF monomer and ligand models

Catabolite activator protein: DNA binding and transcription activation

artículo científico publicado en 2004

Cellular swelling. II. Effects of hypotonicity, low molecular weight dextran addition and pH changes on oxygen consumption of isolated tissues

artículo científico publicado en 1966

Chemical annotation of small and peptide-like molecules at the Protein Data Bank

artículo científico publicado en 2013

Comment on on the propagation of errors by Jaskolski (2013).

artículo científico publicado en 2013

Comment on timely deposition of macromolecular structures is necessary for peer review by Joosten et al. (2013).

artículo científico publicado en 2013

Conformational effects of Gly-X-Gly interruptions in the collagen triple helix

artículo científico publicado en 2006

Creating a community resource for protein science ⬇️

artículo científico publicado el 28 de septiembre de 2012

Cryo-EM model validation recommendations based on outcomes of the 2019 EMDataResource challenge

artículo científico publicado en 2021

Crystal and Molecular Structure of a Collagen-Like Peptide at 1.9 Å Resolution ⬇️

artículo científico publicado el 7 de octubre de 1994

Crystal and molecular structure of a DNA duplex containing the carcinogenic lesion O6-methylguanine

artículo científico publicado en 1990

Crystal and molecular structure of a DNA fragment containing a 2-aminoadenine modification: the relationship between conformation, packing, and hydration in Z-DNA hexamers

artículo científico publicado en 1992

Crystal and molecular structure of a DNA fragment: d(CGTGAATTCACG)

artículo científico publicado en 1991

Crystal and molecular structure of a new Z-DNA crystal form: d[CGT(2-NH2-A)CG] and its platinated derivative

artículo científico publicado en 1995

Crystal structure of a DNA decamer showing a novel pseudo four-way helix-helix junction

artículo científico publicado en 1995

Crystal structure of a mispaired dodecamer, d(CGAGAATTC(O6Me)GCG)2, containing a carcinogenic O6-methylguanine

artículo científico publicado en 1994

Crystal structure of a naturally occurring dinucleoside phosphate: Uridylyl 3′,5′-adenosine phosphate model for RNA chain folding ⬇️

artículo científico publicado el 28 de mayo de 1972

Crystal structure of the unique RNA-binding domain of the influenza virus NS1 protein ⬇️

artículo científico publicado el 1 de noviembre de 1997

Crystallization, X-ray studies, and site-directed cysteine mutagenesis of the DNA-binding domain of OmpR.

artículo científico publicado en 1996

Cuba's free medical education for US students

artículo científico publicado en 2001

DCC: a Swiss army knife for structure factor analysis and validation

artículo científico publicado en 2016

DNAproDB: an expanded database and web-based tool for structural analysis of DNA-protein complexes

artículo científico publicado en 2020

DNAproDB: an interactive tool for structural analysis of DNA-protein complexes

artículo científico publicado en 2017

Data Deposition and Annotation at the Worldwide Protein Data Bank

article by Shuchismita Dutta et al published 10 December 2008 in Molecular Biotechnology

Data deposition and annotation at the worldwide protein data bank

artículo científico publicado en 2008

Data to knowledge: how to get meaning from your result.

artículo científico publicado en 2015

Design of a data model for developing laboratory information management and analysis systems for protein production

artículo científico publicado en 2005

Development of a Prototype System for Archiving Integrative/Hybrid Structure Models of Biological Macromolecules

artículo científico publicado en 2018

Doppler diagnosis of subclavian steal due to arteriovenous hemodialysis fistula in the ipsilateral arm.

artículo científico publicado en 1989

E. coli trp repressor forms a domain-swapped array in aqueous alcohol

artículo científico publicado en 2004

EMDataBank unified data resource for 3DEM.

artículo científico publicado en 2015

EMDataBank.org: unified data resource for CryoEM

artículo científico publicado en 2011

Emdatabank: Unified Data Resource for 3DEM

Evolving data standards for cryo-EM structures

artículo científico publicado en 2020

Federating Structural Models and Data: Outcomes from A Workshop on Archiving Integrative Structures

artículo científico publicado en 2019

Fundamentals of DNA and RNA structure.

artículo científico publicado en 2003

Future structural genomics initiatives: an interview with Helen Berman, director of the Protein Data Bank. Interview by Wendy A Warr

artículo científico publicado en 2008

Geometric Parameters in Nucleic Acids: Nitrogenous Bases

article

Harnessing knowledge from structural genomics

artículo científico publicado en 2008

How community has shaped the Protein Data Bank

artículo científico publicado en 2013

How to use the PSI Structural Genomics Knowledgebase to Enable Research

Hydration of DNA bases: analysis of crystallographic data

artículo científico publicado el 1 de julio de 1992

Hydration of the DNA bases is local

artículo científico publicado en 1995

Hydration of the phosphate group in double-helical DNA

artículo científico publicado en 1998

Hydration structure of a collagen peptide

artículo científico publicado en 1995

Hydrogen bonding in biological structures. G. A. Jeffrey and W. Saenger

Improving the representation of peptide-like inhibitor and antibiotic molecules in the Protein Data Bank

artículo científico publicado en 2014

Indirect readout of DNA sequence at the primary-kink site in the CAP-DNA complex: DNA binding specificity based on energetics of DNA kinking

artículo científico publicado en 2001

Indirect readout of DNA sequence at the primary-kink site in the CAP-DNA complex: alteration of DNA binding specificity through alteration of DNA kinking

artículo científico publicado en 2001

Indirect readout of DNA sequence at the primary-kink site in the CAP-DNA complex: recognition of pyrimidine-purine and purine-purine steps

artículo científico publicado en 2006

Insights from 20 years of the Molecule of the Month

scientific article published on 17 June 2020

Knowledge-based generation of machine learning experiments: learning with DNA crystallography data

artículo científico publicado el 1 de enero de 1993

Large macromolecular complexes in the Protein Data Bank: a status report

artículo científico publicado en 2005

Ligand Depot: a data warehouse for ligands bound to macromolecules

artículo científico publicado en 2004

Low temperature structures of dCpG-proflavine. Conformational and hydration effects

artículo científico publicado en 1992

Magnetic resonance imaging of dissection in pseudocoarctation of the aorta

artículo científico publicado en 1993

Metabolic syndrome in Argentinean patients with systemic lupus erythematosus

artículo científico publicado en 2009

Metabolism of rat granular pneumocytes isolated in primary culture

artículo científico publicado en 1980

NMR Exchange Format: a unified and open standard for representation of NMR restraint data

artículo científico publicado en 2015

Netropsin, a DNA-binding oligopeptide structural and binding studies ⬇️

artículo científico publicado el 26 de enero de 1979

OneDep: Unified wwPDB System for Deposition, Biocuration, and Validation of Macromolecular Structures in the PDB Archive

artículo científico publicado en 2017

Ontologies for three-dimensional molecular structure

Outcome of a workshop on applications of protein models in biomedical research

artículo científico publicado en 2009

Outcome of a workshop on archiving structural models of biological macromolecules

artículo científico publicado en 2006

Outcome of the First wwPDB Hybrid/Integrative Methods Task Force Workshop

artículo científico publicado en 2015

Outcome of the First wwPDB/CCDC/D3R Ligand Validation Workshop

artículo científico publicado en 2016

Outcome of the first electron microscopy validation task force meeting

artículo científico publicado en 2012

PDB-Dev: a Prototype System for Depositing Integrative/Hybrid Structural Models

artículo científico publicado en 2017

PDBML: the representation of archival macromolecular structure data in XML.

artículo científico publicado en 2004

PROTEIN NUCLEIC ACID INTERACTIONS GRANT # DE-FG02-96ER62166 FINAL REPORT

Promoting a structural view of biology for varied audiences: an overview of RCSB PDB resources and experiences

artículo científico publicado en 2010

Protein Data Bank (PDB): The Single Global Macromolecular Structure Archive

artículo científico publicado en 2017

Protein structure annotation resources.

artículo científico publicado en 2015

Protein-RNA interactions: a structural analysis

artículo científico publicado en 2001

Quality assurance for the query and distribution systems of the RCSB Protein Data Bank

artículo científico publicado en 2011

RCSB PDB Mobile: iOS and Android mobile apps to provide data access and visualization to the RCSB Protein Data Bank

artículo científico publicado en 2014

RCSB Protein Data Bank: Sustaining a living digital data resource that enables breakthroughs in scientific research and biomedical education

artículo científico publicado en 2017

RCSB Protein Data Bank: biological macromolecular structures enabling research and education in fundamental biology, biomedicine, biotechnology and energy

article

RNA backbone: consensus all-angle conformers and modular string nomenclature (an RNA Ontology Consortium contribution)

artículo científico publicado en 2008

RNA conformational classes

artículo científico publicado en 2004

Realism about PDB.

artículo científico publicado en 2007

Recommendations of the wwPDB NMR Validation Task Force

artículo científico publicado en 2013

Remediation of the protein data bank archive

artículo científico publicado en 2008

Report of the wwPDB Small-Angle Scattering Task Force: data requirements for biomolecular modeling and the PDB.

artículo científico publicado en 2013

Representation of viruses in the remediated PDB archive

artículo científico publicado en 2008

Response to On prompt update of literature references in the Protein Data Bank

artículo científico publicado en 2014

Revealing structural views of biology

artículo científico publicado en 2013

Safeguarding the integrity of protein archive

artículo científico publicado en 2010

Sequence dependent conformational variations of collagen triple-helical structure

artículo científico publicado en 1999

Signatures of Protein-DNA Recognition in Free DNA Binding Sites

artículo científico publicado en 2009

Staggered molecular packing in crystals of a collagen-like peptide with a single charged pair

artículo científico publicado en 2000

Statistical models for discerning protein structures containing the DNA-binding helix-turn-helix motif

artículo científico publicado en 2003

Structural basis of transcription activation: the CAP-alpha CTD-DNA complex

artículo científico publicado en 2002

Structure of a dinucleoside phosphate--drug complex as model for nucleic acid--drug interaction

artículo científico publicado en 1977

Structure of a new crystal form of a DNA dodecamer containing T.(O6Me)G base pairs

artículo científico publicado en 1995

Structure of an interleukin-1 beta mutant with reduced bioactivity shows multiple subtle changes in conformation that affect protein-protein recognition

artículo científico publicado en 1993

Structure of the CAP-DNA complex at 2.5 angstroms resolution: a complete picture of the protein-DNA interface

artículo científico publicado en 1996

TOWARDS COORDINATED INTERNATIONAL SUPPORT OF CORE DATA RESOURCES FOR THE LIFE SCIENCES

artículo científico publicado en 2017

Target highlights in CASP9: Experimental target structures for the critical assessment of techniques for protein structure prediction

artículo científico publicado en 2011

TargetDB: a target registration database for structural genomics projects

artículo científico

The 2010 cryo-EM modeling challenge

artículo científico publicado en 2012

The CCPN project: an interim report on a data model for the NMR community

artículo científico publicado en 2002

The Nucleic Acid Database

The Nucleic Acid Database

article from 2002

The Nucleic Acid Database: Present and Future

artículo científico publicado en 1996

The Nucleic Acid Database: new features and capabilities

artículo científico publicado en 2013

The PDB data uniformity project

artículo científico publicado en 2001

The Protein Data Bank

artículo científico publicado en 2000

The Protein Data Bank

artículo científico publicado en 2002

The Protein Data Bank and lessons in data management

artículo científico publicado en 2004

The Protein Data Bank and structural genomics

artículo científico publicado en 2003

The Protein Data Bank archive as an open data resource

artículo científico publicado en 2014

The Protein Data Bank at 40: reflecting on the past to prepare for the future

artículo científico publicado en 2012

The Protein Data Bank: A Case Study in Management of Community Data

article by Helen M. Berman et al published 1 January 2004 in Current Proteomics: the journal for current and in-depth reviews on proteomics

The Protein Data Bank: Overview and Tools for Drug Discovery

The Protein Data Bank: a historical perspective

artículo científico publicado en 2007

The Protein Data Bank: unifying the archive

artículo científico publicado en 2002

The Protein Model Portal

artículo científico publicado en 2009

The Protein Structure Initiative Structural Biology Knowledgebase Technology Portal: a structural biology web resource

artículo científico publicado en 2012

The RCSB PDB "Molecule of the Month": Inspiring a Molecular View of Biology

artículo científico publicado en 2015

The RCSB PDB information portal for structural genomics

artículo científico publicado en 2006

The RCSB Protein Data Bank: a redesigned query system and relational database based on the mmCIF schema

artículo científico publicado en 2005

The RCSB Protein Data Bank: new resources for research and education

artículo científico publicado en 2013

The RCSB Protein Data Bank: redesigned web site and web services

artículo científico publicado en 2011

The RCSB Protein Data Bank: views of structural biology for basic and applied research and education

artículo científico publicado en 2015

The RCSB protein data bank: integrative view of protein, gene and 3D structural information

artículo científico publicado en 2016

The RNA Ontology Consortium: an open invitation to the RNA community

artículo científico publicado en 2006

The Structural Biology Knowledgebase - search Online for Protein Sequences, Structures, Functions, Methods and More

The Structural Biology Knowledgebase: a portal to protein structures, sequences, functions, and methods

artículo científico publicado en 2011

The archiving and dissemination of biological structure data

artículo científico publicado en 2016

The cAMP binding domain: an ancient signaling module

artículo científico publicado en 2004

The crystal structure of a uracil-acetone photoaddition product ⬇️

artículo científico publicado el 4 de noviembre de 1975

The crystal structure of an autoprocessed Ser221Cys-subtilisin E-propeptide complex at 2.0 A resolution

artículo científico publicado en 1998

The data universe of structural biology

artículo científico publicado en 2020

The distribution and query systems of the RCSB Protein Data Bank

artículo científico publicado en 2004

The evolution of the RCSB Protein Data Bank website

The future of the Protein Data Bank

artículo científico publicado en 2013

The impact of structural genomics on the protein data bank

artículo científico publicado en 2004

The interaction of intercalating drugs with nucleic acids

artículo científico publicado en 1981

The need for dictionaries, ontologies, and controlled vocabularies

artículo científico

The nucleic acid database

artículo científico publicado en 2003

The protein structure initiative structural genomics knowledgebase.

artículo científico publicado en 2008

The worldwide Protein Data Bank (wwPDB): ensuring a single, uniform archive of PDB data

artículo científico publicado en 2007

Three-dimensional EM structure of an intact activator-dependent transcription initiation complex

artículo científico publicado en 2009

Tools for the automatic identification and classification of RNA base pairs

artículo científico publicado en 2003

Trendspotting in the Protein Data Bank

artículo científico publicado en 2013

Using electrostatic potentials to predict DNA-binding sites on DNA-binding proteins.

artículo científico publicado en 2003

Using the Tools and Resources of the RCSB Protein Data Bank

Using the tools and resources of the RCSB protein data bank

artículo científico publicado en 2007

Validation of Structures in the Protein Data Bank

artículo científico publicado en 2017

Validation of protein structures for protein data bank

artículo científico publicado en 2003

Workshop on the validation and modeling of electron cryo-microscopy structures of biological nanomachines

artículo científico

Worldwide Protein Data Bank biocuration supporting open access to high-quality 3D structural biology data

artículo científico publicado en 2018

X-ray crystallographic determination of a collagen-like peptide with the repeating sequence (Pro-Pro-Gly)

artículo científico publicado en 1998

[30] Macromolecular crystallographic information file

article

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