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Lista de obras de Ruth Nussinov

"Similarity trap" in protein-protein interactions could be carcinogenic: simulations of p53 core domain complexed with 53BP1 and BRCA1 BRCT domains

artículo científico publicado en 2006

'Latent drivers' expand the cancer mutational landscape

artículo científico

'Pathway drug cocktail': targeting Ras signaling based on structural pathways

artículo científico

(A)GGG(A), (A)CCC(A) and other potential 3' splice signals in primate nuclear pre-mRNA sequences

artículo científico publicado en 1987

1-amino-2-phenylcyclopentane-1-carboxylic acid: a conformationally restricted phenylalanine analogue

artículo científico publicado en 2007

A 3D sequence-independent representation of the protein data bank

artículo científico publicado en 1995

A Future Vision for PLOS Computational Biology

scholarly article

A New View of Pathway-Driven Drug Resistance in Tumor Proliferation

artículo científico publicado en 2017

A New View of Ras Isoforms in Cancers

artículo científico publicado en 2015

A Protocol for the Design of Protein and Peptide Nanostructure Self-Assemblies Exploiting Synthetic Amino Acids

artículo científico publicado en 2017

A Review of 2010 for PLoS Computational Biology

artículo científico publicado en 2011

A Review of 2011 for PLoS Computational Biology

artículo científico publicado en 2012

A Structural View of Negative Regulation of the Toll-like Receptor-Mediated Inflammatory Pathway.

artículo científico publicado en 2015

A Systems Pharmacology Approach Uncovers Wogonoside as an Angiogenesis Inhibitor of Triple-Negative Breast Cancer by Targeting Hedgehog Signaling

scientific article published on 06 June 2019

A broad view of scaffolding suggests that scaffolding proteins can actively control regulation and signaling of multienzyme complexes through allostery

artículo científico

A comparative study of amyloid fibril formation by residues 15-19 of the human calcitonin hormone: a single beta-sheet model with a small hydrophobic core

artículo científico publicado en 2004

A component overlapping attribute clustering (COAC) algorithm for single-cell RNA sequencing data analysis and potential pathobiological implications

artículo científico publicado en 2019

A computer vision based technique for 3-D sequence-independent structural comparison of proteins

artículo científico publicado en 1993

A dataset of protein-protein interfaces generated with a sequence-order-independent comparison technique

artículo científico publicado en 1996

A disulphide-reinforced structural scaffold shared by small proteins with diverse functions

artículo científico publicado en 1995

A fixed-point alignment technique for detection of recurrent and common sequence motifs associated with biological features.

artículo científico publicado en 1988

A formal MIM specification and tools for the common exchange of MIM diagrams: an XML-Based format, an API, and a validation method

article

A geometry-based suite of molecular docking processes

artículo científico publicado en 1995

A hierarchical protein folding scheme based on the building block folding model.

artículo científico publicado en 2007

A mechanistic view of the role of E3 in sumoylation

artículo científico publicado en 2010

A method for biomolecular structural recognition and docking allowing conformational flexibility

artículo científico publicado en 1998

A method for simultaneous alignment of multiple protein structures

artículo científico publicado en 2004

A new, structurally nonredundant, diverse data set of protein-protein interfaces and its implications

artículo científico publicado en 2004

A permissive secondary structure-guided superposition tool for clustering of protein fragments toward protein structure prediction via fragment assembly.

artículo científico publicado en 2006

A proposed structural model for amyloid fibril elongation: domain swapping forms an interdigitating beta-structure polymer

artículo científico publicado en 2001

A second molecular biology revolution? The energy landscapes of biomolecular function

artículo científico publicado en 2014

A sequence analysis system encompassing rules for DNA helical distortion

artículo científico publicado en 1986

A set of van der Waals and coulombic radii of protein atoms for molecular and solvent-accessible surface calculation, packing evaluation, and docking

artículo científico publicado en 1998

A simulation strategy for the atomistic modeling of flexible molecules covalently tethered to rigid surfaces: application to peptides

artículo científico publicado en 2010

A strategy based on protein-protein interface motifs may help in identifying drug off-targets

artículo científico publicado en 2012

A study of four-helix bundles: investigating protein folding via similar architectural motifs in protein cores and in subunit interfaces

artículo científico publicado en 1995

A survey of available tools and web servers for analysis of protein-protein interactions and interfaces

artículo científico publicado en 2009

A systematic study of the vibrational free energies of polypeptides in folded and random states

artículo científico publicado en 2000

A unified convention for biological assemblies with helical symmetry

artículo científico publicado en 2011

A unified view of "how allostery works"

artículo científico publicado en 2014

ARTS: alignment of RNA tertiary structures

artículo científico publicado en 2005

Activity and architecture of pyroglutamate-modified amyloid-β (AβpE3-42) pores

artículo científico publicado en 2014

Advancements and challenges in computational biology

artículo científico publicado en 2015

Algorithms for multiple protein structure alignment and structure-derived multiple sequence alignment.

artículo científico publicado en 2008

Alignment of flexible protein structures.

artículo científico publicado en 2000

All-d-Enantiomer of β-Amyloid Peptide Forms Ion Channels in Lipid Bilayers

artículo científico publicado en 2012

Allo-network drugs: extension of the allosteric drug concept to protein- protein interaction and signaling networks

artículo científico

Allo-network drugs: harnessing allostery in cellular networks

artículo científico publicado en 2011

Allosteric KRas4B Can Modulate SOS1 Fast and Slow Ras Activation Cycles

artículo científico publicado en 2018

Allosteric activation of RAF in the MAPK signaling pathway

scientific article published on 27 July 2018

Allosteric conformational barcodes direct signaling in the cell

artículo científico publicado en 2013

Allosteric control of antibody-prion recognition through oxidation of a disulfide bond between the CH and CL chains

artículo científico publicado en 2016

Allosteric effects in the marginally stable von Hippel-Lindau tumor suppressor protein and allostery-based rescue mutant design

artículo científico publicado en 2008

Allosteric effects of the oncogenic RasQ61L mutant on Raf-RBD

artículo científico publicado en 2015

Allosteric modulators can restore function in an amino acid neurotransmitter receptor by slightly altering intra-molecular communication pathways

artículo científico publicado en 2012

Allosteric post-translational modification codes

artículo científico publicado en 2012

Allosteric regulation of glycogen synthase kinase 3β: a theoretical study

artículo científico publicado en 2010

Allosteric stabilization of the amyloid-β peptide hairpin by the fluctuating N-terminal

artículo científico publicado en 2015

Allostery and population shift in drug discovery

artículo científico publicado en 2010

Allostery in Its Many Disguises: From Theory to Applications

scientific article published on 07 February 2019

Allostery in disease and in drug discovery

artículo científico publicado en 2013

Allostery modulates the beat rate of a cardiac pacemaker

artículo científico publicado en 2017

Allostery without a conformational change? Revisiting the paradigm.

artículo científico publicado en 2014

Allostery: An Overview of Its History, Concepts, Methods, and Applications

artículo científico publicado en 2016

Allostery: absence of a change in shape does not imply that allostery is not at play

artículo científico publicado en 2008

Alternative allosteric mechanisms can regulate the substrate and E2 in SUMO conjugation

artículo científico publicado en 2011

Alzheimer's disease: which type of amyloid-preventing drug agents to employ?

artículo científico publicado en 2013

Alzheimer's β-Amyloid All-D-Enantiomers and Native All-L-Enantiomers Exhibit Similar Pore Structures in Lipid Bilayers: Atomic Force Microscopy

Amino acid pair interchanges at spatially conserved locations

artículo científico publicado en 1996

Amplification of signaling via cellular allosteric relay and protein disorder

scholarly article

Amylin-Aβ oligomers at atomic resolution using molecular dynamics simulations: a link between Type 2 diabetes and Alzheimer's disease

artículo científico publicado en 2015

Amyloid β Ion Channels in a Membrane Comprising Brain Total Lipid Extracts

artículo científico publicado en 2017

An accelerated algorithm for calculating the secondary structure of single stranded RNAs

artículo científico publicado en 1984

An automated computer vision and robotics-based technique for 3-D flexible biomolecular docking and matching.

artículo científico publicado en 1995

An efficient automated computer vision based technique for detection of three dimensional structural motifs in proteins

artículo científico publicado en 1992

An efficient code searching for sequence homology and DNA duplication ⬇️

artículo científico publicado el 21 de enero de 1983

An efficient string matching algorithm with K substitutions for nucleotide and amino acid sequences

artículo científico publicado en 1987

An efficient string matching algorithm with k differences for nucleotide and amino acid sequences

artículo científico publicado en 1986

An improved secondary structure computation method and its application to intervening sequence in the human alpha-like globin mRNA precursors

artículo científico publicado en 1988

An integrated suite of fast docking algorithms

artículo científico publicado en 2010

An interactive dot matrix system for locating potentially significant features in nucleic acid molecules

artículo científico publicado en 1987

An overview of recent advances in structural bioinformatics of protein-protein interactions and a guide to their principles

artículo científico publicado en 2014

Analysis and classification of RNA tertiary structures

artículo científico publicado en 2008

Analysis of ordered and disordered protein complexes reveals structural features discriminating between stable and unstable monomers

artículo científico publicado en 2004

Anatomy of protein structures: visualizing how a one-dimensional protein chain folds into a three-dimensional shape

artículo científico publicado en 2000

Annular structures as intermediates in fibril formation of Alzheimer Abeta17-42

artículo científico publicado en 2008

Antigen binding allosterically promotes Fc receptor recognition

artículo científico publicado en 2018

Antimicrobial properties of amyloid peptides

artículo científico publicado en 2011

Antimicrobial protegrin-1 forms amyloid-like fibrils with rapid kinetics suggesting a functional link

artículo científico publicado en 2011

Antimicrobial protegrin-1 forms ion channels: molecular dynamic simulation, atomic force microscopy, and electrical conductance studies

artículo científico publicado en 2010

Application of 1-aminocyclohexane carboxylic acid to protein nanostructure computer design

artículo científico publicado en 2008

Approaching the CAPRI challenge with an efficient geometry-based docking

artículo científico publicado en 2005

Architectures and functional coverage of protein-protein interfaces

artículo científico publicado en 2008

Are Parallel Proliferation Pathways Redundant?

artículo científico publicado en 2020

Arl2-Mediated Allosteric Release of Farnesylated KRas4B from Shuttling Factor PDEδ

artículo científico publicado en 2018

Artificial intelligence in COVID-19 drug repurposing

artículo científico publicado en 2020

Association of putative concave protein-binding sites with the fluctuation behavior of residues

artículo científico publicado en 2006

Asymmetry in the distributions of the four nucleotides at mRNA initiation and 3' termini sites: some geometrical implications

artículo científico publicado en 1987

Atomic force microscopy and MD simulations reveal pore-like structures of all-D-enantiomer of Alzheimer's β-amyloid peptide: relevance to the ion channel mechanism of AD pathology

artículo científico publicado en 2012

Atomic-level description of amyloid beta-dimer formation

artículo científico publicado en 2006

Atomic-scale simulations confirm that soluble beta-sheet-rich peptide self-assemblies provide amyloid mimics presenting similar conformational properties

artículo científico publicado en 2010

Atomistic-level study of the interactions between hIAPP protofibrils and membranes: Influence of pH and lipid composition.

artículo científico publicado en 2018

Attractor Structures of Signaling Networks: Consequences of Different Conformational Barcode Dynamics and Their Relations to Network-Based Drug Design

artículo científico publicado en 2014

Author Correction: In vivo tropism of Salmonella Typhi toxin to cells expressing a multiantennal glycan receptor

scientific article published on 01 July 2019

Autoinhibition can identify rare driver mutations and advise pharmacology

artículo científico publicado en 2019

Autoinhibition in Ras effectors Raf, PI3Kα, and RASSF5: a comprehensive review underscoring the challenges in pharmacological intervention

artículo científico publicado en 2018

Automated multiple structure alignment and detection of a common substructural motif

artículo científico publicado en 2001

Automatic prediction of protein interactions with large scale motion

artículo científico publicado en 2007

Aβ(1-42) fibril structure illuminates self-recognition and replication of amyloid in Alzheimer's disease

artículo científico publicado en 2015

Backbone conformational preferences and pseudorotational ring puckering of 1-aminocyclopentane-1-carboxylic acid

artículo científico publicado en 2006

Bacteriophage lambda int protein may recognize structural features of the attachment sites

artículo científico publicado en 1986

Beta2-microglobulin amyloid fragment organization and morphology and its comparison to Abeta suggests that amyloid aggregation pathways are sequence specific

artículo científico publicado en 2008

Beta2-microglobulin amyloidosis: insights from conservation analysis and fibril modelling by protein docking techniques

artículo científico publicado en 2003

Binding and folding: in search of intramolecular chaperone-like building block fragments.

artículo científico publicado en 2000

Binding of a C-end rule peptide to the neuropilin-1 receptor: a molecular modeling approach

artículo científico publicado en 2011

Binding of protofibrillar Aβ trimers to lipid bilayer surface enhances Aβ structural stability and causes membrane thinning

artículo científico publicado en 2017

Bio-geometry

BioInfo3D: a suite of tools for structural bioinformatics

artículo científico publicado en 2004

Bioinformatics study of cancer-related mutations within p53 phosphorylation site motifs

artículo científico publicado en 2014

Building blocks, hinge-bending motions and protein topology

artículo científico publicado en 2001

CCRXP: exploring clusters of conserved residues in protein structures

artículo científico publicado en 2010

CD4 binding partially locks the bridging sheet in gp120 but leaves the beta2/3 strands flexible

artículo científico publicado en 2005

Ca2+-Dependent Switch of Calmodulin Interaction Mode with Tandem IQ Motifs in the Scaffolding Protein IQGAP1

scientific article published on 26 November 2019

Calmodulin (CaM) Activates PI3Kα by Targeting the "Soft" CaM-Binding Motifs in Both the nSH2 and cSH2 Domains of p85α

artículo científico publicado en 2018

Calmodulin and IQGAP1 activation of PI3Kα and Akt in KRAS, HRAS and NRAS-driven cancers

artículo científico publicado en 2017

Calmodulin and PI3K Signaling in KRAS Cancers

artículo científico publicado en 2017

Cataloging and organizing p73 interactions in cell cycle arrest and apoptosis

artículo científico publicado en 2008

Changing the charge distribution of beta-helical-based nanostructures can provide the conditions for charge transfer

artículo científico publicado en 2007

Characterization of the conformational state and flexibility of HIV-1 glycoprotein gp120 core domain

artículo científico publicado en 2004

ChemInform Abstract: Application of 1-Aminocycohexane Carboxylic Acid to Protein Nanostructure Computer Design

Close-range electrostatic interactions in proteins

artículo científico publicado en 2002

Coarse-grained representation of beta-helical protein building blocks

artículo científico publicado en 2007

Coarse-graining the self-assembly of beta-helical protein building blocks

artículo científico publicado en 2007

Combinatorial docking approach for structure prediction of large proteins and multi-molecular assemblies

artículo científico publicado en 2005

Comparing interfacial dynamics in protein-protein complexes: an elastic network approach

artículo científico publicado en 2010

Comparison of protein fragments identified by limited proteolysis and by computational cutting of proteins

artículo científico publicado en 2002

Comparison of the Conformations of KRAS Isoforms, K-Ras4A and K-Ras4B, Points to Similarities and Significant Differences

artículo científico publicado en 2016

Comparison of the human and worm p53 structures suggests a way for enhancing stability

artículo científico publicado en 2006

Comparison of the protein-protein interfaces in the p53-DNA crystal structures: towards elucidation of the biological interface

artículo científico publicado en 2005

Compilation of eukaryotic sequences around transcription initiation sites

artículo científico publicado en 1986

Compositional variations in DNA sequences

artículo científico publicado en 1991

Comprehensive analysis of co-occurring domain sets in yeast proteins

artículo científico publicado en 2007

Computational Investigation of Gantenerumab and Crenezumab's Recognition of Aβ Fibrils in Alzheimer's Disease Brain Tissue

artículo científico publicado en 2020

Computational Methods for Exploration and Analysis of Macromolecular Structure and Dynamics

artículo científico publicado en 2015

Computational Methods for Structural and Functional Studies of Alzheimer's Amyloid Ion Channels.

artículo científico publicado en 2016

Computational Structural Biology: Successes, Future Directions, and Challenges

Computational Tools for Allosteric Drug Discovery: Site Identification and Focus Library Design

artículo científico publicado en 2017

Computational study of the fibril organization of polyglutamine repeats reveals a common motif identified in beta-helices

artículo científico publicado en 2006

Computational validation of protein nanotubes

artículo científico publicado en 2009

Computing Biology

artículo científico publicado en 2016

Computing the Dynamic Supramolecular Structural Proteome

artículo científico publicado en 2017

Concepts and schemes for the re-engineering of physical protein modules: generating nanodevices via targeted replacements with constrained amino acids

artículo científico publicado en 2006

Conformational Control of Ubiquitination in the Cullin-Ring E3 Ligase Machinery

Conformational basis for asymmetric seeding barrier in filaments of three- and four-repeat tau.

artículo científico publicado en 2012

Conformational control of the binding of the transactivation domain of the MLL protein and c-Myb to the KIX domain of CREB

artículo científico publicado en 2012

Conformational distribution and α-helix to β-sheet transition of human amylin fragment dimer

artículo científico publicado en 2013

Conformational dynamics of cancer-associated MyD88-TIR domain mutant L252P (L265P) allosterically tilts the landscape toward homo-dimerization

artículo científico publicado en 2016

Conformational ensembles, signal transduction and residue hot spots: application to drug discovery.

artículo científico publicado en 2010

Conformational exploration of two peptides and their hybrid polymer conjugates: potentialities as self-aggregating materials

artículo científico publicado en 2012

Conformational preferences of 1-amino-2-phenylcyclohexanecarboxylic acid, a phenylalanine cyclohexane analogue

artículo científico publicado en 2009

Conformational preferences of alpha-substituted proline analogues

artículo científico publicado en 2008

Conformational preferences of beta- and gamma-aminated proline analogues

artículo científico publicado en 2008

Conformational profile of a proline-arginine hybrid

artículo científico publicado en 2010

Conformational selection in amyloid-based immunotherapy: Survey of crystal structures of antibody-amyloid complexes

artículo científico publicado en 2016

Conformational stability and dynamics of the cancer-associated isoform Δ133p53β are modulated by p53 peptides and p53-specific DNA

artículo científico publicado en 2018

Conformational study of the protegrin-1 (PG-1) dimer interaction with lipid bilayers and its effect

artículo científico publicado en 2007

Conformations of proline analogues having double bonds in the ring

artículo científico publicado en 2007

Consensus features in amyloid fibrils: sheet-sheet recognition via a (polar or nonpolar) zipper structure

artículo científico publicado en 2006

Conservation and amyloid formation: a study of the gelsolin-like family

artículo científico publicado en 2003

Conservation of polar residues as hot spots at protein interfaces

artículo científico publicado en 2000

Conservation of polar residues as hot spots at protein interfaces

scholarly article by Zengjian Hu published in June 2000

Conserved putative signals in 3' intron junctions in rodents

artículo científico publicado en 1987

Conserved quartets near 5' intron junctions in primate nuclear pre-mRNA.

artículo científico publicado en 1988

Conserved signals around the 5' splice sites in eukaryotic nuclear precursor mRNAs: G-runs are frequent in the introns and C in the exons near both 5' and 3' splice sites

artículo científico publicado en 1989

Constructing structural networks of signaling pathways on the proteome scale

artículo científico publicado en 2012

Constructing templates for protein structure prediction by simulation of protein folding pathways.

artículo científico publicado en 2008

Contribution of salt bridges toward protein thermostability

artículo científico publicado en 2000

Cooperativity dominates the genomic organization of p53-response elements: a mechanistic view

artículo científico publicado en 2009

Correction to Familial Mutations May Switch Conformational Preferences in α-Synuclein Fibrils

artículo científico publicado en 2018

Correction: Review: Precision medicine and driver mutations: Computational methods, functional assays and conformational principles for interpreting cancer drivers

scientific article published on 12 June 2019

Correlated mutations: advances and limitations. A study on fusion proteins and on the Cohesin-Dockerin families

artículo científico publicado en 2006

Coupling of Zinc-Binding and Secondary Structure in Nonfibrillar Aβ40 Peptide Oligomerization.

artículo científico publicado en 2015

Coupling of the non-amyloid-component (NAC) domain and the KTK(E/Q)GV repeats stabilize the α-synuclein fibrils

artículo científico publicado en 2016

Critical Nucleus Structure and Aggregation Mechanism of the C-terminal Fragment of Copper-Zinc Superoxide Dismutase Protein

artículo científico publicado en 2016

Cross-seeding and conformational selection between three- and four-repeat human Tau proteins

artículo científico publicado en 2012

Cullin neddylation may allosterically tune polyubiquitin chain length and topology

artículo científico publicado en 2017

DNA sequences at and between the GC and TATA boxes: potential DNA looping and spatial juxtapositioning of the protein factors

artículo científico publicado en 1992

DNA spatial considerations in the arrangement of G/C and A/T blocks

artículo científico publicado el 1 de enero de 1992

DNA-binding protects p53 from interactions with cofactors involved in transcription-independent functions

artículo científico publicado en 2016

DNAase I hypersensitive sites may be correlated with genomic regions of large structural variation

artículo científico publicado en 1984

De novo tubular nanostructure design based on self-assembly of beta-helical protein motifs

artículo científico publicado en 2006

Defining the Domain Arrangement of the Mammalian Target of Rapamycin Complex Component Rictor Protein

artículo científico publicado en 2015

Designing a nanotube using naturally occurring protein building blocks

artículo científico publicado en 2006

Detection of non-topological motifs in protein structures

artículo científico publicado en 1996

Deterministic pharmacophore detection via multiple flexible alignment of drug-like molecules

scientific article published on September 2008

Developments in integrative modeling with dynamical interfaces

scientific article published on 12 November 2018

Different roles of electrostatics in heat and in cold: adaptation by citrate synthase

artículo científico publicado en 2004

Dimerization of the SP1 Region of HIV-1 Gag Induces a Helical Conformation and Association into Helical Bundles: Implications for Particle Assembly

artículo científico publicado en 2015

Dipeptide analysis of p53 mutations and evolution of p53 family proteins.

artículo científico publicado en 2013

Disordered amyloidogenic peptides may insert into the membrane and assemble into common cyclic structural motifs

artículo científico publicado en 2014

Disordered proteins and network disorder in network descriptions of protein structure, dynamics and function: hypotheses and a comprehensive review

artículo científico publicado en 2012

Distinct patterns in homooligomer tract sequence context in prokaryotic and eukaryotic DNA.

artículo científico publicado en 1989

Distinct patterns in the dinucleotide nearest neighbors to G/C and A/T oligomers in eukaryotic sequences

artículo científico publicado en 1991

Distinguishing between sequential and nonsequentially folded proteins: implications for folding and misfolding

artículo científico publicado en 1999

Does Ras Activate Raf and PI3K Allosterically?

scientific article published on 15 November 2019

Doublet frequencies in evolutionary distinct groups

artículo científico publicado en 1984

Druggable orthosteric and allosteric hot spots to target protein-protein interactions.

artículo científico publicado en 2014

Drugging Ras GTPase: a comprehensive mechanistic and signaling structural view

artículo científico publicado en 2016

Dynamic Protein Allosteric Regulation and Disease

scientific article published on 01 January 2019

Dynamic allostery: linkers are not merely flexible

scientific article published on July 2011

Dynamic multiprotein assemblies shape the spatial structure of cell signaling

artículo científico publicado en 2014

Dynamics differentiate between active and inactive inteins

artículo científico publicado en 2014

EMatch: an efficient method for aligning atomic resolution subunits into intermediate-resolution cryo-EM maps of large macromolecular assemblies

artículo científico publicado en 2006

EMatch: discovery of high resolution structural homologues of protein domains in intermediate resolution cryo-EM maps

artículo científico publicado en 2007

Editorial overview: Folding and binding: Dynamic conformational heterogeneity is pivotal to cell life

artículo científico publicado en 2016

Effects of point substitutions on the structure of toxic Alzheimer's β-amyloid channels: atomic force microscopy and molecular dynamics simulations

artículo científico publicado en 2012

Effects of secondary structures in RNA on interlocking probabilities ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 1984

Effects of the C-Terminal Tail on the Conformational Dynamics of Human Neuronal Calcium Sensor-1 Protein.

artículo científico publicado en 2015

Efficient algorithms for searching for exact repetition of nucleotide sequences

artículo científico publicado en 1983

Efficient computational algorithms for docking and for generating and matching a library of functional epitopes I. Rigid and flexible hinge-bending docking algorithms.

artículo científico publicado en 1999

Efficient computational algorithms for docking and for generating and matching a library of functional epitopes II. Computer vision-based techniques for the generation and utilization of functional epitopes

artículo científico publicado en 1999

Efficient detection of three-dimensional structural motifs in biological macromolecules by computer vision techniques

scientific article published on December 1991

Electrostatic strengths of salt bridges in thermophilic and mesophilic glutamate dehydrogenase monomers.

artículo científico publicado en 2000

Electrostatics, allostery, and activity of the yeast chorismate mutase

artículo científico publicado en 1998

Emerging Allosteric Mechanism of EGFR Activation in Physiological and Pathological Contexts

scientific article published on 28 May 2019

Energetic determinants of protein binding specificity: insights into protein interaction networks

artículo científico publicado en 2009

Energetic redistribution in allostery to execute protein function

artículo científico publicado en 2017

Energy landscape and dynamics of the beta-hairpin G peptide and its isomers: Topology and sequences

artículo científico publicado en 2003

Energy landscape of amyloidogenic peptide oligomerization by parallel-tempering molecular dynamics simulation: significant role of Asn ladder

artículo científico publicado en 2005

Engineering strategy to improve peptide analogs: from structure-based computational design to tumor homing

artículo científico publicado en 2012

Enhancer elements share local homologous twist-angle variations with a helical periodicity

artículo científico publicado en 1984

Enriching the human apoptosis pathway by predicting the structures of protein-protein complexes

artículo científico publicado en 2012

Enzyme dynamics point to stepwise conformational selection in catalysis ⬇️

artículo científico publicado el 6 de septiembre de 2010

Erratum: The role of dynamic conformational ensembles in biomolecular recognition

scholarly article published in Nature Chemical Biology

Eukaryotic dinucleotide preference rules and their implications for degenerate codon usage ⬇️

artículo científico publicado el 15 de junio de 1981

Eukaryotic oligomer frequencies are correlated with certain DNA helical parameters

artículo científico publicado en 1985

Evolution of domain promiscuity in eukaryotic genomes--a perspective from the inferred ancestral domain architectures

artículo científico publicado en 2010

Examination of shape complementarity in docking of unbound proteins

artículo científico publicado en 1999

Examination of shape complementarity in docking ofUnbound proteins

article by Raquel Norel et al published 15 August 1999 in Proteins

Expanding the conformational selection paradigm in protein-ligand docking

artículo científico publicado en 2012

Experiment-guided thermodynamic simulations on reversible two-state proteins: implications for protein thermostability

artículo científico publicado en 2004

Experimental and Computational Protocols for Studies of Cross-Seeding Amyloid Assemblies.

artículo científico publicado en 2018

Explicit and implicit water simulations of a ?-hairpin peptide

scholarly article by Buyong Ma published in October 1999

Explicit and implicit water simulations of a beta-hairpin peptide

artículo científico publicado en 1999

Exploiting conformational ensembles in modeling protein-protein interactions on the proteome scale

artículo científico publicado en 2013

Exploring the energy landscape of a molecular engineered analog of a tumor-homing peptide

artículo científico publicado en 2011

Extended disordered proteins: targeting function with less scaffold

artículo científico publicado en 2003

Factors enhancing protein thermostability

artículo científico publicado en 2000

Familial Alzheimer's disease Osaka mutant (ΔE22) β-barrels suggest an explanation for the different Aβ1-40/42 preferred conformational states observed by experiment

artículo científico publicado en 2013

Familial Mutations May Switch Conformational Preferences in α-Synuclein Fibrils

artículo científico publicado en 2017

Fast algorithm for predicting the secondary structure of single-stranded RNA

artículo científico publicado en 1980

Fast alignment of DNA and protein sequences

artículo científico publicado en 1990

Fast and accurate modeling of protein-protein interactions by combining template-interface-based docking with flexible refinement

artículo científico publicado en 2012

Fast protein fold recognition via sequence to structure alignment and contact capacity potentials

artículo científico publicado en 1996

Favorable domain size in proteins

artículo científico publicado en 1998

Favorable scaffolds: proteins with different sequence, structure and function may associate in similar ways

artículo científico publicado en 2005

Fewer Dimensions, More Structures for Improved Discrete Models of Dynamics of Free versus Antigen-Bound Antibody

artículo científico publicado en 2022

FiberDock: Flexible induced-fit backbone refinement in molecular docking

artículo científico publicado en 2010

FiberDock: a web server for flexible induced-fit backbone refinement in molecular docking

artículo científico publicado en 2010

Fibril modelling by sequence and structure conservation analysis combined with protein docking techniques: beta(2)-microglobulin amyloidosis

artículo científico publicado en 2005

FireDock: a web server for fast interaction refinement in molecular docking

artículo científico publicado en 2008

FireDock: fast interaction refinement in molecular docking

artículo científico publicado en 2007

FlexProt: alignment of flexible protein structures without a predefinition of hinge regions

artículo científico publicado en 2004

Flexible cullins in cullin-RING E3 ligases allosterically regulate ubiquitination

artículo científico publicado en 2011

Flexible docking allowing induced fit in proteins: insights from an open to closed conformational isomers

artículo científico publicado en 1998

Flexible protein alignment and hinge detection

artículo científico publicado en 2002

Flexible structural comparison allowing hinge-bending, swiveling motions

artículo científico publicado en 1999

Flexible-body motions of calmodulin and the farnesylated hypervariable region yield a high-affinity interaction enabling K-Ras4B membrane extraction.

artículo científico publicado en 2017

Fluctuations between stabilizing and destabilizing electrostatic contributions of ion pairs in conformers of the c-Myc-Max leucine zipper

artículo científico publicado en 2000

Fluctuations in ion pairs and their stabilities in proteins

artículo científico publicado en 2001

Folding and binding cascades: dynamic landscapes and population shifts

artículo científico publicado en 2000

Folding and binding cascades: shifts in energy landscapes

artículo científico publicado en 1999

Folding funnels and binding mechanisms

artículo científico publicado en 1999

Folding funnels and conformational transitions via hinge-bending motions

artículo científico publicado en 1999

Folding funnels, binding funnels, and protein function

artículo científico publicado en 1999

Folding of two large nucleotide chains

artículo científico publicado en 1984

Free energy diagrams for protein function

artículo científico

From "What Is?" to "What Isn't?" Computational Biology

artículo científico publicado en 2015

From allosteric drugs to allo-network drugs: state of the art and trends of design, synthesis and computational methods

artículo científico publicado en 2013

From computational quantum chemistry to computational biology: experiments and computations are (full) partners

artículo científico publicado en 2004

From peptide-based material science to protein fibrils: discipline convergence in nanobiology

artículo científico publicado en 2006

From structure to function: methods and applications

artículo científico publicado en 2005

GOSSIP: a method for fast and accurate global alignment of protein structures

artículo científico publicado en 2011

GTP Binding and Oncogenic Mutations May Attenuate Hypervariable Region (HVR)-Catalytic Domain Interactions in Small GTPase K-Ras4B, Exposing the Effector Binding Site

artículo científico publicado en 2015

GTP-Dependent K-Ras Dimerization

artículo científico publicado en 2015

Gene-specific transcription activation via long-range allosteric shape-shifting

artículo científico

General nearest neighbor preferences in G/C oligomers interrupted by A/T: correlation with DNA structure

artículo científico publicado en 1990

Generation and analysis of a protein-protein interface data set with similar chemical and spatial patterns of interactions

artículo científico publicado en 2005

Genome Landscapes of Disease: Strategies to Predict the Phenotypic Consequences of Human Germline and Somatic Variation

artículo científico publicado en 2016

Geometrical docking algorithms. A practical approach

artículo científico publicado en 2000

Geometry-based flexible and symmetric protein docking

artículo científico publicado en 2005

Graphite-Templated Amyloid Nanostructures Formed by a Potential Pentapeptide Inhibitor for Alzheimer's Disease: A Combined Study of Real-Time Atomic Force Microscopy and Molecular Dynamics Simulations

artículo científico publicado en 2017

HMI-PRED: A Web Server for Structural Prediction of Host-Microbe Interactions Based on Interface Mimicry

scientific article published on 13 February 2020

Harnessing endophenotypes and network medicine for Alzheimer's drug repurposing

scientific article published on 13 July 2020

Head and Neck Cancers Promote an Inflammatory Transcriptome through Coactivation of Classic and Alternative NF-κB Pathways

scientific article published on 17 October 2019

Helix stability in prokaryotic promoter regions

artículo científico publicado en 1988

Hierarchical protein folding pathways: a computational study of protein fragments.

artículo científico publicado en 2003

High-Affinity Interaction of the K-Ras4B Hypervariable Region with the Ras Active Site

artículo científico publicado en 2015

High-Affinity Interactions of the nSH3/cSH3 Domains of Grb2 with the C-Terminal Proline-Rich Domain of SOS1

artículo científico publicado en 2020

HingeProt: automated prediction of hinges in protein structures

artículo científico publicado en 2008

Hollow core of Alzheimer's Abeta42 amyloid observed by cryoEM is relevant at physiological pH.

artículo científico publicado en 2010

Homology modeling and molecular dynamics simulations of lymphotactin

artículo científico publicado en 2000

Homonyms, synonyms and mutations of the sequence/structure vocabulary

artículo científico publicado en 1984

Hot regions in protein--protein interactions: the organization and contribution of structurally conserved hot spot residues

artículo científico publicado en 2004

How Can PLoS Computational Biology help the biological sciences?

artículo científico publicado en 2013

How Does Hyperphopsphorylation Promote Tau Aggregation and Modulate Filament Structure and Stability?

artículo científico publicado en 2016

How can computation advance microbiome research? ⬇️

artículo científico publicado en 2017

How different are structurally flexible and rigid binding sites? Sequence and structural features discriminating proteins that do and do not undergo conformational change upon ligand binding

artículo científico publicado en 2006

How do dynamic cellular signals travel long distances?

artículo científico publicado en 2011

How do thermophilic proteins deal with heat?

artículo científico publicado en 2001

How do transcription factors select specific binding sites in the genome?

artículo científico publicado en 2009

How does the reductase help to regulate the catalytic cycle of cytochrome P450 3A4 using the conserved water channel?

artículo científico publicado en 2010

How similar are protein folding and protein binding nuclei? Examination of vibrational motions of energy hot spots and conserved residues

artículo científico publicado en 2004

How to write a presubmission inquiry

artículo científico publicado en 2015

Human Neuronal Calcium Sensor-1 Protein Avoids Histidine Residues To Decrease pH Sensitivity

artículo científico publicado en 2016

Human proteome-scale structural modeling of E2-E3 interactions exploiting interface motifs

artículo científico publicado en 2012

Hydrogen bonds and salt bridges across protein-protein interfaces

artículo científico publicado en 1997

Hydrophobic folding units at protein-protein interfaces: implications to protein folding and to protein-protein association

artículo científico publicado en 1997

Hydrophobic folding units derived from dissimilar monomer structures and their interactions

artículo científico publicado en 1997

Hydrophobic interactions in the major groove can influence DNA local structure

artículo científico publicado en 1986

IKKα inactivation promotes Kras-initiated lung adenocarcinoma development through disrupting major redox regulatory pathways

artículo científico publicado en 2018

Identification of the intrinsic conformational properties of 1-aminocyclobutane-1-carboxylic acid

In Silico Methods in Antibody Design

artículo científico publicado en 2018

In silico molecular engineering for a targeted replacement in a tumor-homing peptide

artículo científico publicado en 2009

In silico protein design by combinatorial assembly of protein building blocks

artículo científico publicado en 2004

In the quest for stable rescuing mutants of p53: computational mutagenesis of flexible loop L1.

artículo científico publicado en 2005

In vivo tropism of Salmonella Typhi toxin to cells expressing a multiantennal glycan receptor.

artículo científico publicado en 2017

Independent and core pathways in oncogenic KRAS signaling

artículo científico publicado en 2016

Individualized genetic network analysis reveals new therapeutic vulnerabilities in 6,700 cancer genomes

artículo científico publicado en 2020

Induced fit, conformational selection and independent dynamic segments: an extended view of binding events

artículo científico publicado en 2010

Influence of the dye presence on the conformational preferences of CREKA, a tumor homing linear pentapeptide

artículo científico publicado en 2009

Inhibitors of Ras-SOS Interactions

artículo científico publicado en 2015

Insights Into the Allosteric Inhibition of the SUMO E2 Enzyme Ubc9

Insights Into the Allosteric Inhibition of the SUMO E2 Enzyme Ubc9.

artículo científico publicado en 2016

Insights into amyloid structural formation and assembly through computational approaches

artículo científico publicado en 2004

Integrating the intrinsic conformational preferences of noncoded α-amino acids modified at the peptide bond into the noncoded amino acids database

artículo científico publicado en 2011

Interaction of Calmodulin with the cSH2 Domain of the p85 Regulatory Subunit.

artículo científico publicado en 2018

Interaction of protegrin-1 with lipid bilayers: membrane thinning effect

artículo científico publicado en 2006

Interchanges of spatially neighbouring residues in structurally conserved environments

artículo científico publicado en 1997

Interdependence of backbone flexibility, residue conservation, and enzyme function: a case study on beta1,4-galactosyltransferase-I.

artículo científico publicado en 2003

Interdomain interactions in hinge-bending transitions

artículo científico publicado en 2001

Interface-Based Structural Prediction of Novel Host-Pathogen Interactions

artículo científico publicado en 2019

Intra-molecular chaperone: the role of the N-terminal in conformational selection and kinetic control

artículo científico publicado en 2009

Intracellular and intercellular signaling networks in cancer initiation, development and precision anti-cancer therapy: RAS acts as contextual signaling hub.

artículo científico publicado en 2016

Intrinsic conformational characteristics of alpha,alpha-diphenylglycine

artículo científico publicado en 2007

Intrinsic conformational preferences of C(alpha,alpha)-dibenzylglycine

scientific article published on 09 May 2008

Intrinsic protein disorder in oncogenic KRAS signaling

artículo científico publicado en 2017

Introduction to Protein Ensembles and Allostery

artículo científico publicado en 2016

Investigation of the enzymatic mechanism of the yeast chorismate mutase by docking a transition state analog

artículo científico publicado en 1997

Investigation of the interactions between the EphB2 receptor and SNEW peptide variants

artículo científico publicado en 2014

Is Nanoclustering essential for all oncogenic KRas pathways? Can it explain why wild-type KRas can inhibit its oncogenic variant?

artículo científico publicado en 2018

Is allostery an intrinsic property of all dynamic proteins?

artículo científico publicado en 2004

K-Ras4B/calmodulin/PI3Kα: A promising new adenocarcinoma-specific drug target?

artículo científico publicado en 2016

K3 fragment of amyloidogenic beta(2)-microglobulin forms ion channels: implication for dialysis related amyloidosis

artículo científico publicado en 2009

KRAS Activating Signaling Triggers Arteriovenous Malformations.

artículo científico publicado en 2018

Large helical conformational deviations from ideal B-DNA and prokaryotic regulatory sites

artículo científico publicado en 1985

Ligand binding and circular permutation modify residue interaction network in DHFR.

artículo científico publicado en 2007

Local and global anatomy of antibody-protein antigen recognition

artículo científico publicado en 2017

Locating alignments with k differences for nucleotide and amino acid sequences.

artículo científico publicado en 1988

Long range and symmetry considerations in the DNA ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 1991

Lysine120 interactions with p53 response elements can allosterically direct p53 organization

artículo científico publicado en 2010

MASS: multiple structural alignment by secondary structures

artículo científico publicado en 2003

MS2 RNA has a potential to form an unusually large number of stable hairpins

artículo científico publicado en 1980

MUSTA--a general, efficient, automated method for multiple structure alignment and detection of common motifs: application to proteins

artículo científico publicado en 2001

Making biomolecular simulations accessible in the post-Nobel Prize era.

artículo científico publicado en 2014

Mapping the Conformation Space of Wildtype and Mutant H-Ras with a Memetic, Cellular, and Multiscale Evolutionary Algorithm

artículo científico publicado en 2015

Material properties of matrix lipids determine the conformation and intermolecular reactivity of diacetylenic phosphatidylcholine in the lipid bilayer

artículo científico publicado en 2011

Maximal stabilities of reversible two-state proteins

artículo científico publicado en 2002

Mechanism and evolution of protein dimerization

artículo científico publicado en 1998

Mechanism of membrane permeation induced by synthetic β-hairpin peptides

artículo científico publicado en 2013

Mechanisms for the Insertion of Toxic, Fibril-like β-Amyloid Oligomers into the Membrane

artículo científico publicado en 2012

Mechanisms of membrane binding of small GTPase K-Ras4B farnesylated hypervariable region

artículo científico publicado en 2015

Mechanisms of recognition of amyloid-β (Aβ) monomer, oligomer, and fibril by homologous antibodies

artículo científico publicado en 2017

Mechanisms of transcription factor selectivity

artículo científico publicado en 2010

Medin Oligomer Membrane Pore Formation: A Potential Mechanism of Vascular Dysfunction

scientific article published on 01 May 2020

Membrane-associated Ras dimers are isoform-specific: K-Ras dimers differ from H-Ras dimers

artículo científico publicado en 2016

Metal binding sites in amyloid oligomers: Complexes and mechanisms

Methods for Discovering and Targeting Druggable Protein-Protein Interfaces and Their Application to Repurposing

artículo científico publicado en 2019

Misfolded amyloid ion channels present mobile beta-sheet subunits in contrast to conventional ion channels

scientific article published on December 2009

Modeling Alzheimer's Ion Channel Structures in Lipid Bilayers Formed by D- and L-Enantiomers of Beta-Amyloid (1-42) Peptide

Modeling Ion-Permeable β-Amyloid (Aβ) Barrels in the Lipid Bilayer

Modeling Variants of Alzheimer's Ion Channels in the Lipid Bilayer formed by an Aggregation-Intermediate β-Hairpin and E22Δ Mutant

Modeling protein assemblies in the proteome

scientific article published on 20 January 2014

Modeling the Alzheimer Abeta17-42 fibril architecture: tight intermolecular sheet-sheet association and intramolecular hydrated cavities

artículo científico publicado en 2007

Models of beta-amyloid ion channels in the membrane suggest that channel formation in the bilayer is a dynamic process

artículo científico publicado en 2007

Models of toxic beta-sheet channels of protegrin-1 suggest a common subunit organization motif shared with toxic alzheimer beta-amyloid ion channels

artículo científico publicado en 2008

Modular architecture of protein structures and allosteric communications: potential implications for signaling proteins and regulatory linkages

artículo científico publicado en 2007

Modulating functional loop movements: the role of highly conserved residues in the correlated loop motions

artículo científico publicado en 2004

MolAxis: a server for identification of channels in macromolecules

artículo científico publicado en 2008

MolAxis: efficient and accurate identification of channels in macromolecules

artículo científico publicado en 2008

Molecular Dynamics Simulations Reveal Distinct Conformational Changes of Three Cullins in Cullin-Ring E3 Ubiquitin Ligases

article

Molecular Recognition between Aβ-Specific Single-Domain Antibody and Aβ Misfolded Aggregates

artículo científico publicado en 2018

Molecular characterization of l-phenylalanine terminated poly(l-lactide) conjugates

scholarly article in RSC Advances, vol. 4 no. 44, 2014

Molecular dynamics reveal the essential role of linker motions in the function of cullin-RING E3 ligases

artículo científico publicado en 2010

Molecular dynamics simulation of Escherichia coli dihydrofolate reductase and its protein fragments: relative stabilities in experiment and simulations

artículo científico publicado en 2001

Molecular dynamics simulations of Alzheimer Abeta40 elongation and lateral association.

artículo científico publicado en 2008

Molecular dynamics simulations of a beta-hairpin fragment of protein G: balance between side-chain and backbone forces

artículo científico publicado en 2000

Molecular dynamics simulations of alanine rich beta-sheet oligomers: Insight into amyloid formation

artículo científico publicado en 2002

Molecular dynamics simulations of the unfolding of beta(2)-microglobulin and its variants

artículo científico publicado en 2003

Molecular insights into the reversible formation of tau protein fibrils

artículo científico publicado en 2013

Molecular recognition via face center representation of a molecular surface

artículo científico publicado en 1996

Molecular shape comparisons in searches for active sites and functional similarity

artículo científico publicado en 1998

Molecular surface complementarity at protein-protein interfaces: the critical role played by surface normals at well placed, sparse, points in docking

artículo científico publicado en 1995

Molecular surface recognition by a computer vision-based technique

artículo científico publicado en 1994

Molecular surface representations by sparse critical points

artículo científico publicado en 1994

Molecular-level examination of Cu2+ binding structure for amyloid fibrils of 40-residue Alzheimer's β by solid-state NMR spectroscopy

artículo científico publicado en 2011

MultiBind and MAPPIS: webservers for multiple alignment of protein 3D-binding sites and their interactions

artículo científico publicado en 2008

Multiple conformational selection and induced fit events take place in allosteric propagation.

artículo científico publicado en 2013

Multiple diverse ligands binding at a single protein site: a matter of pre-existing populations

artículo científico publicado en 2002

Multiple structural alignment and core detection by geometric hashing.

artículo científico publicado en 1999

Multiple structural alignment by secondary structures: algorithm and applications

artículo científico publicado en 2003

Multiple-targeting and conformational selection in the estrogen receptor: computation and experiment

artículo científico publicado en 2011

Mutational analysis and allosteric effects in the HIV-1 capsid protein carboxyl-terminal dimerization domain

artículo científico publicado en 2009

Mutations in LZTR1 drive human disease by dysregulating RAS ubiquitination

scientific article published on 15 November 2018

NCAD, a database integrating the intrinsic conformational preferences of non-coded amino acids

artículo científico publicado en 2010

Nanobiology: from physics and engineering to biology

Nanoparticle-induced vascular blockade in human prostate cancer

artículo científico publicado en 2010

Nanostructure design using protein building blocks enhanced by conformationally constrained synthetic residues

artículo científico publicado en 2007

Nanostructure design: methods and protocols. Preface

artículo científico publicado en 2008

Nearest neighbor nucleotide patterns. Structural and biological implications

artículo científico publicado en 1981

Network approaches and applications in biology

artículo científico publicado en 2017

Network-based Prediction of Drug-Target Interactions using an Arbitrary-Order Proximity Embedded Deep Forest

scientific article published on 23 January 2020

Network-based strategies can help mono- and poly-pharmacology drug discovery: a systems biology view

artículo científico

New Methods Section in PLOS Computational Biology.

artículo científico publicado en 2013

New structures help the modeling of toxic amyloidbeta ion channels

artículo científico publicado en 2008

Non-redundant unique interface structures as templates for modeling protein interactions

artículo científico publicado en 2014

Novel approach for efficient pharmacophore-based virtual screening: method and applications

artículo científico publicado en 2009

Nuclease activity gives an edge to host-defense peptide piscidin 3 over piscidin 1, rendering it more effective against persisters and biofilms.

artículo científico publicado en 2017

Nucleotide quartets in the vicinity of eukaryotic transcriptional initiation sites: some DNA and chromatin structural implications

artículo científico publicado en 1987

Nucleotide-Specific Autoinhibition of Full-Length K-Ras4B Identified by Extensive Conformational Sampling

artículo científico publicado en 2020

Oligomerization and nanocluster organization render specificity

artículo científico publicado en 2014

Oncogenic K-Ras4B Dimerization Enhances Downstream Mitogen-activated Protein Kinase Signaling

scientific article published on 10 January 2020

Oncogenic KRAS signaling and YAP1/β-catenin: Similar cell cycle control in tumor initiation

artículo científico publicado en 2016

Oncogenic KRas mobility in the membrane and signaling response.

artículo científico publicado en 2018

Oncogenic Mutations Differentially Affect Bax Monomer, Dimer, and Oligomeric Pore Formation in the Membrane

artículo científico publicado en 2016

Oncogenic Ras Isoforms Signaling Specificity at the Membrane

artículo científico publicado en 2017

Oncoviruses Can Drive Cancer by Rewiring Signaling Pathways Through Interface Mimicry

scientific article published on 15 November 2019

Optimization of multiple-sequence alignment based on multiple-structure alignment

artículo científico publicado en 2006

Origin of DNA helical structure and its sequence dependence

artículo científico publicado en 1988

Outcome of the First wwPDB Hybrid/Integrative Methods Task Force Workshop

artículo científico publicado en 2015

PDEδ Binding to Ras Isoforms Provides a Route to Proper Membrane Localization.

artículo científico publicado en 2017

PI3K Driver Mutations: A Biophysical Membrane-Centric Perspective

artículo científico publicado en 2020

PI3K inhibitors: review and new strategies

scientific article published on 19 May 2020

PRISM-EM: template interface-based modelling of multi-protein complexes guided by cryo-electron microscopy density maps

artículo científico publicado en 2016

PRISM-EM: template interface-based modelling of multi-protein complexes guided by cryo-electron microscopy density maps. Corrigendum.

artículo científico publicado en 2018

PRISM: a web server and repository for prediction of protein-protein interactions and modeling their 3D complexes

artículo científico publicado en 2014

PRISM: protein interactions by structural matching

artículo científico publicado en 2005

PRISM: protein-protein interaction prediction by structural matching

artículo científico publicado en 2008

PatchDock and SymmDock: servers for rigid and symmetric docking

artículo científico publicado en 2005

Pathogen mimicry of host protein-protein interfaces modulates immunity

artículo científico publicado en 2016

Pathogenic Autoreactive T and B Cells Cross-React with Mimotopes Expressed by a Common Human Gut Commensal to Trigger Autoimmunity

scientific article published on 18 June 2019

Paths of lateral gene transfer of lysyl-aminoacyl-tRNA synthetases with a unique evolutionary transition stage of prokaryotes coding for class I and II varieties by the same organisms

artículo científico publicado en 2006

Peptide sequence and amyloid formation; molecular simulations and experimental study of a human islet amyloid polypeptide fragment and its analogs

artículo científico publicado en 2004

Peptide-MHC (pMHC) binding to a human antiviral T cell receptor induces long-range allosteric communication between pMHC- and CD3-binding sites

artículo científico publicado en 2018

Peptide-MHC Binding Reveals Conserved Allosteric Sites in MHC Class I- and Class II-Restricted T Cell Receptors (TCRs)

artículo científico publicado en 2020

Periodic structurally similar oligomers are found on one side of the axes of symmetry in the lac, trp, and gal operators.

artículo científico publicado en 1984

Personal Mutanomes Meet Modern Oncology Drug Discovery and Precision Health

article

PharmaGist: a webserver for ligand-based pharmacophore detection

artículo científico publicado en 2008

Pharmacological inhibition of dihydroorotate dehydrogenase induces apoptosis and differentiation in acute myeloid leukemia cells

scholarly article by Dang Wu et al published September 2018 in Haematologica

Phosphorylated Calmodulin Promotes PI3K Activation by Binding to the SH2 Domains

artículo científico publicado en 2017

Physics approaches to protein interactions and gene regulation

artículo científico publicado en 2011

Plasma membrane regulates Ras signaling networks

artículo científico publicado en 2015

Point mutations and sequence variability in proteins: redistributions of preexisting populations.

artículo científico publicado en 2001

Polymophism of A-Beta1-42 Peptide Oligomer - Membrane Interactions

Polymorphic C-terminal β-Sheet Interactions Determine the Formation of Fibril or Amyloid β-derived Diffusible Ligand-like Globulomer for the Alzheimer Aβ42 Dodecamer ⬇️

artículo científico publicado el 16 de septiembre de 2010

Polymorphic triple beta-sheet structures contribute to amide hydrogen/deuterium (H/D) exchange protection in the Alzheimer amyloid beta42 peptide

artículo científico publicado en 2011

Polymorphism in Alzheimer Abeta amyloid organization reflects conformational selection in a rugged energy landscape

artículo científico publicado en 2010

Polymorphism in self-assembly of peptide-based β-hairpin contributes to network morphology and hydrogel mechanical rigidity

artículo científico publicado en 2014

Polymorphism of Alzheimer's Abeta17-42 (p3) oligomers: the importance of the turn location and its conformation

artículo científico publicado en 2009

Polymorphism of amyloid β peptide in different environments: implications for membrane insertion and pore formation

artículo científico publicado en 2011

Potential folding-function interrelationship in proteins

artículo científico publicado en 2004

Precision medicine review: rare driver mutations and their biophysical classification

article

Predicting conformational ensembles and genome-wide transcription factor binding sites from DNA sequences.

artículo científico publicado en 2017

Predicting molecular interactions in silico: I. A guide to pharmacophore identification and its applications to drug design

artículo científico publicado en 2004

Predicting molecular interactions in silico: II. Protein-protein and protein-drug docking

artículo científico publicado en 2004

Predicting protein-protein interactions on a proteome scale by matching evolutionary and structural similarities at interfaces using PRISM.

artículo científico publicado en 2011

Prediction of Host-Pathogen Interactions for Helicobacter pylori by Interface Mimicry and Implications to Gastric Cancer

artículo científico publicado en 2017

Prediction of Protein Interactions by Structural Matching: Prediction of PPI Networks and the Effects of Mutations on PPIs that Combines Sequence and Structural Information

artículo científico publicado en 2017

Prediction of interacting single-stranded RNA bases by protein-binding patterns

artículo científico publicado en 2008

Prediction of multimolecular assemblies by multiple docking

artículo científico publicado en 2005

Preferential codon usage in genes

artículo científico publicado en 1981

Preferred drifting along the DNA major groove and cooperative anchoring of the p53 core domain: mechanisms and scenarios

artículo científico publicado en 2010

Principles and Overview of Sampling Methods for Modeling Macromolecular Structure and Dynamics

artículo científico publicado en 2016

Principles of K-Ras effector organization and the role of oncogenic K-Ras in cancer initiation through G1 cell cycle deregulation

artículo científico publicado en 2015

Principles of Shape-Driven Nanostructure Design via Self-Assembly of Protein Building Blocks

Principles of allosteric interactions in cell signaling

artículo científico publicado en 2014

Principles of docking: An overview of search algorithms and a guide to scoring functions

artículo científico publicado en 2002

Principles of docking: An overview of search algorithms and a guide to scoring functions

scholarly article by Inbal Halperin published in May 2002

Principles of flexible protein-protein docking

artículo científico publicado en 2008

Principles of nanostructure design with protein building blocks

artículo científico publicado en 2007

Principles of protein-protein interactions: what are the preferred ways for proteins to interact?

artículo científico publicado en 2008

Probing Oligomerized Conformations of Defensin in the Membrane.

artículo científico publicado en 2017

Probing ion channel activity of human islet amyloid polypeptide (amylin).

artículo científico publicado en 2012

Probing structural features of Alzheimer's amyloid-β pores in bilayers using site-specific amino acid substitutions

artículo científico publicado en 2012

Processes of fungal proteome evolution and gain of function: gene duplication and domain rearrangement

artículo científico publicado en 2011

Promiscuous and specific recognition among ephrins and Eph receptors

artículo científico publicado en 2014

Promoter helical structure variation at the Escherichia coli polymerase interaction sites ⬇️

artículo científico publicado el 10 de junio de 1984

Protein Ensembles: How Does Nature Harness Thermodynamic Fluctuations for Life? The Diverse Functional Roles of Conformational Ensembles in the Cell

artículo científico publicado en 2016

Protein allostery, signal transmission and dynamics: a classification scheme of allosteric mechanisms ⬇️

artículo científico publicado en 2009

Protein binding versus protein folding: the role of hydrophilic bridges in protein associations

artículo científico publicado en 1997

Protein charge and mass contribute to the spatio-temporal dynamics of protein-protein interactions in a minimal proteome

artículo científico publicado en 2013

Protein dynamics and conformational selection in bidirectional signal transduction

artículo científico publicado en 2012

Protein dynamics: Conformational footprints.

artículo científico publicado en 2016

Protein ensembles link genotype to phenotype.

artículo científico publicado en 2019

Protein folding and function: the N-terminal fragment in adenylate kinase

artículo científico publicado en 2001

Protein folding via binding and vice versa

artículo científico publicado en 1998

Protein folding: binding of conformationally fluctuating building blocks via population selection

artículo científico publicado en 2001

Protein folding: lessons learned and new frontiers. Preface

artículo científico publicado en 2009

Protein functional epitopes: hot spots, dynamics and combinatorial libraries

artículo científico publicado en 2001

Protein segments with conformationally restricted amino acids can control supramolecular organization at the nanoscale

artículo científico publicado en 2009

Protein structure prediction using a docking-based hierarchical folding scheme

artículo científico publicado en 2011

Protein structure prediction via combinatorial assembly of sub-structural units.

artículo científico publicado en 2003

Protein-DNA interactions: structural, thermodynamic and clustering patterns of conserved residues in DNA-binding proteins

artículo científico publicado en 2008

Protein-protein interaction networks: how can a hub protein bind so many different partners?

artículo científico publicado en 2009

Protein-protein interactions: hot spots and structurally conserved residues often locate in complemented pockets that pre-organized in the unbound states: implications for docking

artículo científico publicado en 2004

Protein-protein interactions: organization, cooperativity and mapping in a bottom-up Systems Biology approach

artículo científico publicado en 2005

Protein-protein interactions: structurally conserved residues distinguish between binding sites and exposed protein surfaces

artículo científico publicado en 2003

Protein-protein interactions; coupling of structurally conserved residues and of hot spots across interfaces. Implications for docking

artículo científico publicado en 2004

Protein-protein interfaces: architectures and interactions in protein-protein interfaces and in protein cores. Their similarities and differences

artículo científico publicado en 1996

Putative elements in the vicinity of viral transcription initiation sites

artículo científico publicado en 1988

QM/MM study of the active species of the human cytochrome P450 3A4, and the influence thereof of the multiple substrate binding

artículo científico publicado en 2007

RASSF5: An MST activator and tumor suppressor in vivo but opposite in vitro

artículo científico publicado en 2016

RNA folding is unaffected by the nonrandom degenerate codon choice

artículo científico publicado en 1982

RNA pseudoknots downstream of the frameshift sites of retroviruses

artículo científico publicado en 1991

RNA secondary structures: comparison and determination of frequently recurring substructures by consensus

artículo científico publicado en 1989

Raf-1 Cysteine-Rich Domain Increases the Affinity of K-Ras/Raf at the Membrane, Promoting MAPK Signaling

artículo científico publicado en 2018

Ras Conformational Ensembles, Allostery, and Signaling

artículo científico publicado en 2016

Ras assemblies and signaling at the membrane

artículo científico publicado en 2020

Rbx1 flexible linker facilitates cullin-RING ligase function before neddylation and after deneddylation

artículo científico publicado en 2010

Recognition of functional sites in protein structures.

artículo científico publicado en 2004

Reducing the computational complexity of protein folding via fragment folding and assembly

artículo científico publicado en 2003

Regulating highly dynamic unstructured proteins and their coding mRNAs

artículo científico publicado en 2009

Relationship between curved DNA conformations and slow gel migration

artículo científico publicado en 1987

Relationship between ion pair geometries and electrostatic strengths in proteins

artículo científico publicado en 2002

Release factors eRF1 and RF2: a universal mechanism controls the large conformational changes

artículo científico publicado en 2004

Release of Cytochrome C from Bax Pores at the Mitochondrial Membrane

artículo científico publicado en 2017

Replica Exchange Molecular Dynamics: A Practical Application Protocol with Solutions to Common Problems and a Peptide Aggregation and Self-Assembly Example

artículo científico publicado en 2018

Residue centrality, functionally important residues, and active site shape: analysis of enzyme and non-enzyme families

artículo científico publicado en 2006

Residues crucial for maintaining short paths in network communication mediate signaling in proteins

artículo científico publicado en 2006

Restricted mobility of conserved residues in protein-protein interfaces in molecular simulations.

artículo científico publicado en 2008

Review: Precision medicine and driver mutations: Computational methods, functional assays and conformational principles for interpreting cancer drivers

article

Role of the fast kinetics of pyroglutamate-modified amyloid-β oligomers in membrane binding and membrane permeability

artículo científico publicado en 2014

RsiteDB: a database of protein binding pockets that interact with RNA nucleotide bases

artículo científico publicado en 2008

SOS1 interacts with Grb2 through regions that induce closed nSH3 conformations

artículo científico publicado en 2020

Salt bridge stability in monomeric proteins.

artículo científico publicado en 1999

Searching For the Hinge of E3 Ubiquitin Ligase Machinery with MD Simulations

Secondary structure model for the complete simian virus 50 late precursor mRNA

artículo científico publicado en 1982

Selective molecular recognition in amyloid growth and transmission and cross-species barriers

artículo científico publicado en 2011

Self-aggregation and coaggregation of the p53 core fragment with its aggregation gatekeeper variant.

artículo científico publicado en 2016

Self-assembly of fused homo-oligomers to create nanotubes

artículo científico publicado en 2008

Sequence analysis of p53 response-elements suggests multiple binding modes of the p53 tetramer to DNA targets

artículo científico publicado en 2007

Sequence and structure analysis of parallel beta helices: implication for constructing amyloid structural models

artículo científico publicado en 2006

Sequence context of oligomer tracts in eukaryotic DNA: biological and conformational implications

artículo científico publicado en 1988

Sequence dependence of C-end rule peptides in binding and activation of neuropilin-1 receptor

artículo científico publicado en 2013

Sequence dependence of DNA conformational flexibility

artículo científico publicado en 1989

Sequence signals in eukaryotic upstream regions

artículo científico

Sequence signals in eukaryotic upstream regions

artículo científico publicado en 1986

Sequence signals which may be required for efficient formation of mRNA 3' termini

artículo científico publicado en 1986

Sequential folding of a messenger RNA molecule

artículo científico publicado en 1981

Shape complementarity at protein-protein interfaces

artículo científico publicado en 1994

Short peptide amyloid organization: stabilities and conformations of the islet amyloid peptide NFGAIL

artículo científico publicado en 2003

Side chain interactions determine the amyloid organization: a single layer beta-sheet molecular structure of the calcitonin peptide segment 15-19.

artículo científico publicado en 2004

Side-chain to backbone interactions dictate the conformational preferences of a cyclopentane arginine analogue

artículo científico publicado en 2009

Signals in DNA sequences and their potential properties

artículo científico publicado en 1991

Similar binding sites and different partners: implications to shared proteins in cellular pathways

artículo científico publicado en 2007

Simulations as analytical tools to understand protein aggregation and predict amyloid conformation

artículo científico publicado en 2006

Single mutations in tau modulate the populations of fibril conformers through seed selection

artículo científico publicado en 2014

SiteEngines: recognition and comparison of binding sites and protein-protein interfaces

artículo científico publicado en 2005

SiteLight: binding-site prediction using phage display libraries

artículo científico publicado en 2003

Small changes in free energy assignments for unpaired bases do not affect predicted secondary structures in single stranded RNA.

artículo científico publicado en 1982

Small molecule recognition: solid angles surface representation and molecular shape complementarity.

artículo científico publicado en 1999

Some guidelines for identification of recognition sequences: regulatory sequences frequently contain (T)GTG/CAC(A), TGA/TCA and (T)CTC/GAG(A).

artículo científico publicado en 1986

Some indications for inverse DNA duplication ⬇️

artículo científico publicado el 21 de abril de 1982

Some rules in the ordering of nucleotides in the DNA.

artículo científico publicado en 1980

Spatial chemical conservation of hot spot interactions in protein-protein complexes

artículo científico publicado en 2007

Spatial, sequence-order-independent structural comparison of alpha/beta proteins: evolutionary implications

artículo científico publicado en 1993

Speeding up the dynamic algorithm for planar RNA folding ⬇️

artículo científico publicado el 1 de junio de 1990

Splicing and transport of eukaryotic mRNAs: a theoretical model

artículo científico publicado en 1982

Stabilities and conformations of Alzheimer's beta -amyloid peptide oligomers (Abeta 16-22, Abeta 16-35, and Abeta 10-35): Sequence effects

artículo científico publicado en 2002

Stability of tubular structures based on beta-helical proteins: self-assembled versus polymerized nanoconstructs and wild-type versus mutated sequences

artículo científico publicado en 2007

Strong adenine clustering in nucleotide sequences

artículo científico publicado en 1980

Strong doublet preferences in nucleotide sequences and DNA geometry

artículo científico publicado en 1984

Strong patterns in homooligomer tracts occurrences in non-coding and in potential regulatory sites in eukaryotic genomes

artículo científico publicado en 1989

Strong sequence patterns in eukaryotic promoter regions: potential implications for DNA structure

artículo científico publicado en 1993

Structural Features that Distinguish Inactive and Active PI3K Lipid Kinases

scientific article published on 09 September 2020

Structural Insight into Tau Protein's Paradox of Intrinsically Disordered Behavior, Self-Acetylation Activity, and Aggregation

artículo científico publicado en 2014

Structural Modeling of GR Interactions with the SWI/SNF Chromatin Remodeling Complex and C/EBP

artículo científico publicado en 2015

Structural analysis of a beta-helical protein motif stabilized by targeted replacements with conformationally constrained amino acids

artículo científico publicado en 2008

Structural and combinatorial constraints on base pairing in large nucleotide sequences

artículo científico publicado en 1984

Structural and functional consequences of phosphate-arsenate substitutions in selected nucleotides: DNA, RNA, and ATP.

artículo científico publicado en 2012

Structural basis for p53 binding-induced DNA bending

artículo científico publicado en 2006

Structural convergence among diverse, toxic beta-sheet ion channels

artículo científico publicado en 2010

Structural disorder in four-repeat Tau fibrils reveals a new mechanism for barriers to cross-seeding of Tau isoforms

artículo científico publicado en 2018

Structural dynamics of the cooperative binding of organic molecules in the human cytochrome P450 3A4.

artículo científico publicado en 2007

Structural features are as important as sequence homologies in Drosophila heat shock gene upstream regions

artículo científico publicado en 1984

Structural host-microbiota interaction networks

artículo científico publicado en 2017

Structural motifs at protein-protein interfaces: protein cores versus two-state and three-state model complexes

artículo científico publicado en 1997

Structural pathways of cytokines may illuminate their roles in regulation of cancer development and immunotherapy.

artículo científico publicado en 2014

Structural similarity of genetically interacting proteins

artículo científico publicado en 2008

Structural stability and dynamics of an amyloid-forming peptide GNNQQNY from the yeast prion sup-35.

artículo científico publicado en 2006

Structural wrinkles and the genomic regulatory sites of eukaryotes

artículo científico publicado en 1985

Structure and dynamics of molecular networks: a novel paradigm of drug discovery: a comprehensive review

artículo científico publicado en 2013

Structure and energetic basis of overrepresented λ light chain in systemic light chain amyloidosis patients

artículo científico publicado en 2017

Structure by design: from single proteins and their building blocks to nanostructures

artículo científico publicado en 2006

Structured crowding and its effects on enzyme catalysis.

artículo científico

Structured disorder and conformational selection

artículo científico publicado en 2001

Structure–Function Studies of Amyloid Pores in Alzheimer’s Disease as a Case Example of Neurodegenerative Diseases

Studies of frequently recurring substructures in human alpha-like globin mRNA precursors

artículo científico publicado en 1987

Studies of protein-protein interfaces: a statistical analysis of the hydrophobic effect

artículo científico publicado en 1997

Surface motifs by a computer vision technique: searches, detection, and implications for protein-ligand recognition

artículo científico publicado en 1993

SymmRef: a flexible refinement method for symmetric multimers

artículo científico publicado en 2011

Symmetry-based self-assembled nanotubes constructed using native protein structures: the key role of flexible linkers

artículo científico publicado en 2011

Synergistic interactions between repeats in tau protein and Aβ amyloids may be responsible for accelerated aggregation via polymorphic states

artículo científico publicado en 2011

Synonymous mutations and ribosome stalling can lead to altered folding pathways and distinct minima

artículo científico publicado en 2008

TGTG, G clustering and other signals near non-mammalian vertebrate mRNA 3' termini: some implications

artículo científico publicado en 1986

TRAF3 signaling: Competitive binding and evolvability of adaptive viral molecular mimicry.

artículo científico publicado en 2016

Taking geometry to its edge: fast unbound rigid (and hinge-bent) docking

artículo científico publicado en 2003

Tandem Domains with Tuned Interactions Are a Powerful Biological Design Principle

artículo científico publicado en 2015

Target identification among known drugs by deep learning from heterogeneous networks

artículo científico publicado en 2020

Temperature range of thermodynamic stability for the native state of reversible two-state proteins

artículo científico publicado en 2003

Temperature-Dependent Conformational Properties of Human Neuronal Calcium Sensor-1 Protein Revealed by All-Atom Simulations.

artículo científico publicado en 2016

Testing beta-helix terminal coils stability by targeted substitutions with non-proteogenic amino acids: a molecular dynamics study

artículo científico publicado en 2007

The ARTS web server for aligning RNA tertiary structures

artículo científico publicado en 2006

The Architecture of the TIR Domain Signalosome in the Toll-like Receptor-4 Signaling Pathway

artículo científico publicado en 2015

The Key Role of Calmodulin in KRAS-Driven Adenocarcinomas

artículo científico publicado en 2015

The Mechanism of ATP-Dependent Allosteric Protection of Akt Kinase Phosphorylation

artículo científico publicado en 2015

The Mystery of Rap1 Suppression of Oncogenic Ras

scientific article published on 02 March 2020

The NRF2-related interactome and regulome contain multifunctional proteins and fine-tuned autoregulatory loops.

artículo científico publicado en 2012

The Role of Allostery in the Termination of Second Messenger Signaling

artículo científico publicado en 2015

The Role of Protein Loops and Linkers in Conformational Dynamics and Allostery

artículo científico publicado en 2016

The Structural Basis of Oncogenic Mutations G12, G13 and Q61 in Small GTPase K-Ras4B.

artículo científico publicado en 2016

The Structural Basis of the Farnesylated and Methylated KRas4B Interaction with Calmodulin

scientific article published on 05 September 2019

The building block folding model and the kinetics of protein folding

artículo científico publicado en 2001

The contribution of the Trp/Met/Phe residues to physical interactions of p53 with cellular proteins

artículo científico publicado en 2005

The design of covalent allosteric drugs

artículo científico publicado en 2014

The different ways through which specificity works in orthosteric and allosteric drugs

artículo científico publicado en 2012

The disordered hypervariable region and the folded catalytic domain of oncogenic K-Ras4B partner in phospholipid binding

artículo científico publicado en 2015

The distinct structural preferences of tau protein repeat domains

The distributions of nucleotides near bacterial transcription initiation and termination sites show distinct signals that may affect DNA geometry

artículo científico publicado en 1987

The dynamic mechanism of RASSF5 and MST kinase activation by Ras.

artículo científico publicado en 2017

The energy landscape of a selective tumor-homing pentapeptide

artículo científico publicado en 2008

The eukaryotic CCAAT and TATA boxes, DNA spacer flexibility and looping

artículo científico publicado en 1992

The free energy landscape in translational science: how can somatic mutations result in constitutive oncogenic activation?

artículo científico publicado en 2014

The higher level of complexity of K-Ras4B activation at the membrane

artículo científico publicado en 2015

The hydrophobic effect: a new insight from cold denaturation and a two-state water structure

artículo científico publicado en 2002

The implications of higher (or lower) success in secondary structure prediction of chain fragments

artículo científico publicado en 2005

The mechanism of PI3Kα activation at the atomic level

artículo científico publicado en 2019

The mechanism of activation of MEK1 by B-Raf and KSR1

artículo científico publicado en 2022

The mechanism of ubiquitination in the cullin-RING E3 ligase machinery: conformational control of substrate orientation

artículo científico publicado en 2009

The molecular basis of targeting protein kinases in cancer therapeutics

artículo científico publicado en 2013

The multiple common point set problem and its application to molecule binding pattern detection

artículo científico publicado en 2006

The ordering of nucleotides in the DNA: strong pyrimidine-purine patterns near homooligomer tracts

artículo científico publicado en 1991

The ordering of the nucleotides in DNA: computational problems in molecular biology

artículo científico

The origin of allosteric functional modulation: multiple pre-existing pathways

artículo científico publicado en 2009

The potential impact of recent developments in three-dimensional quantitative interaction proteomics on structural biology

artículo científico publicado en 2016

The predicted presence of large helical structural variation in yeast HIS4 upstream region is correlated with general amino acid control on the CYC1 gene

artículo científico publicado en 1985

The quaternary assembly of KRas4B with Raf-1 at the membrane

scientific article published on 25 March 2020

The role of allostery in the ubiquitin-proteasome system

artículo científico publicado en 2012

The role of dynamic conformational ensembles in biomolecular recognition

artículo científico publicado en 2009

The role of response elements organization in transcription factor selectivity: the IFN-β enhanceosome example

artículo científico publicado en 2011

The sequence dependence of fiber organization. A comparative molecular dynamics study of the islet amyloid polypeptide segments 22-27 and 22-29.

artículo científico publicado en 2003

The significance of the 2013 Nobel Prize in Chemistry and the challenges ahead

artículo científico publicado en 2014

The spatial structure of cell signaling systems

artículo científico publicado en 2013

The stability and dynamics of the human calcitonin amyloid peptide DFNKF

artículo científico publicado en 2004

The stability of monomeric intermediates controls amyloid formation: Abeta25-35 and its N27Q mutant

artículo científico publicado en 2006

The structural basis for Ras activation of PI3Kα lipid kinase

scientific article published on 01 June 2019

The structural basis for cancer treatment decisions

artículo científico publicado en 2014

The structural basis of ATP as an allosteric modulator

artículo científico publicado en 2014

The structural network of Interleukin-10 and its implications in inflammation and cancer

artículo científico publicado en 2014

The structural network of inflammation and cancer: merits and challenges.

artículo científico publicado en 2013

The structural pathway of interleukin 1 (IL-1) initiated signaling reveals mechanisms of oncogenic mutations and SNPs in inflammation and cancer

artículo científico publicado en 2014

The underappreciated role of allostery in the cellular network.

artículo científico publicado en 2013

The unique Alzheimer's β-amyloid triangular fibril has a cavity along the fibril axis under physiological conditions

artículo científico publicado en 2011

The universal dinucleotide asymmetry rules in DNA and the amino acid codon choice

artículo científico publicado en 1981

Theoretical characterization of substrate access/exit channels in the human cytochrome P450 3A4 enzyme: involvement of phenylalanine residues in the gating mechanism

artículo científico publicado en 2009

Theoretical molecular biology: prospectives and perspectives

artículo científico publicado en 1987

Thermal unfolding molecular dynamics simulation of Escherichia coli dihydrofolate reductase: thermal stability of protein domains and unfolding pathway

artículo científico publicado en 2002

Thermodynamic differences among homologous thermophilic and mesophilic proteins

artículo científico publicado en 2001

Three dimensional structure and sequence homology determine splicing sites in eukaryotic precursor RNA.

artículo científico publicado en 1980

Three-dimensional, sequence order-independent structural comparison of a serine protease against the crystallographic database reveals active site similarities: potential implications to evolution and to protein folding

artículo científico publicado en 1994

Topological properties of protein interaction networks from a structural perspective

artículo científico publicado en 2008

Towards drugs targeting multiple proteins in a systems biology approach

artículo científico publicado en 2007

Towards inferring time dimensionality in protein-protein interaction networks by integrating structures: the p53 example ⬇️

artículo científico publicado en 2009

Transient, highly populated, building blocks folding model

artículo científico publicado en 2001

Transition-state ensemble in enzyme catalysis: possibility, reality, or necessity?

artículo científico publicado en 2000

Transmembrane β-Barrel Topology Model for Alzheimer's β-Amyloid (Aβ) Ion Channels

article published in 2011

Tree graphs of RNA secondary structures and their comparisons

artículo científico publicado en 1989

Trends in the 5' vs. 3' flanks of oligonucleotides in eukaryotic and prokaryotic genomes: the asymmetric roles played by cytosine and guanine

artículo científico publicado en 1991

Triggering loops and enzyme function: identification of loops that trigger and modulate movements

artículo científico publicado en 2003

Trp/Met/Phe hot spots in protein-protein interactions: potential targets in drug design

artículo científico publicado en 2007

Truncated beta-amyloid peptide channels provide an alternative mechanism for Alzheimer's Disease and Down syndrome

artículo científico publicado en 2010

Unraveling structural mechanisms of allosteric drug action

artículo científico

Unraveling the molecular mechanism of interactions of the Rho GTPases Cdc42 and Rac1 with the scaffolding protein IQGAP2.

artículo científico publicado en 2018

Use of constrained synthetic amino acids in beta-helix proteins for conformational control

artículo científico publicado en 2007

Using DelPhi to compute electrostatic potentials and assess their contribution to interactions

artículo científico publicado en 2003

What can we learn from highly connected beta-rich structures for structural interface design?

scientific article published on January 2008

What's in a name? Why these proteins are intrinsically disordered: Why these proteins are intrinsically disordered

artículo científico publicado en 2013

Why Are Some Driver Mutations Rare?

scientific article published on 05 November 2019

Why does binding of proteins to DNA or proteins to proteins not necessarily spell function?

artículo científico publicado en 2010

Zinc ions promote Alzheimer Abeta aggregation via population shift of polymorphic states

artículo científico publicado en 2010

deepDR: a network-based deep learning approach to in silico drug repositioning

scientific article published on 01 December 2019

p53-Induced DNA bending: the interplay between p53-DNA and p53-p53 interactions

scientific article published on 08 May 2008

β-Barrel topology of Alzheimer's β-amyloid ion channels

artículo científico publicado en 2010

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