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Lista de obras de Russ Altman

#Science: The Potential and the Challenges of Utilizing Social Media and Other Electronic Communication Platforms in Health Care

scientific article published on 13 September 2019

2010 Translational bioinformatics year in review ⬇️

artículo científico publicado el 1 de julio de 2011

3D deep convolutional neural networks for amino acid environment similarity analysis

artículo científico publicado en 2017

A Bayesian framework for combining heterogeneous data sources for gene function prediction (in Saccharomyces cerevisiae).

artículo científico publicado en 2003

A Literature-Based Knowledge Graph Embedding Method for Identifying Drug Repurposing Opportunities in Rare Diseases ⬇️

artículo científico publicado en 2020

A PRObabilistic Pathway Score (PROPS) for Classification with Applications to Inflammatory Bowel Disease

artículo científico publicado en 2017

A call for the creation of personalized medicine databases

artículo científico publicado en 2006

A deep learning framework to predict binding preference of RNA constituents on protein surface

artículo científico publicado en 2019

A dynamic map for learning, communicating, navigating and improving therapeutic development

artículo científico publicado en 2017

A functional analysis of disease-associated mutations in the androgen receptor gene

artículo científico publicado en 2003

A general framework for dose optimization.

artículo científico publicado en 2009

A global network of biomedical relationships derived from text

artículo científico publicado en 2018

A literature-based method for assessing the functional coherence of a gene group

scientific article published on February 2003

A method for inferring medical diagnoses from patient similarities

artículo científico publicado en 2013

A new disease-specific machine learning approach for the prediction of cancer-causing missense variants

artículo científico publicado en 2011

A novel signal detection algorithm for identifying hidden drug-drug interactions in adverse event reports

artículo científico publicado en 2011

A personalized and automated dbSNP surveillance system.

artículo científico publicado en 2003

A research roadmap for next-generation sequencing informatics

artículo científico publicado en 2016

A resource to acquire and summarize pharmacogenetics knowledge in the literature

artículo científico publicado en 2004

A statistical approach to scanning the biomedical literature for pharmacogenetics knowledge

artículo científico publicado en 2004

A twentieth anniversary tribute to PSB.

artículo científico publicado en 2015

Achieving high-sensitivity for clinical applications using augmented exome sequencing

artículo científico publicado en 2015

Aminoglycoside interactions and impacts on the eukaryotic ribosome.

artículo científico publicado en 2017

An integrative method for scoring candidate genes from association studies: application to warfarin dosing

artículo científico publicado en 2010

An ontology for Autism Spectrum Disorder (ASD) to infer ASD phenotypes from Autism Diagnostic Interview-Revised data

artículo científico publicado en 2015

Analyzing the vast coronavirus literature with CoronaCentral

artículo científico publicado en 2020

Antiestrogen pathway (aromatase inhibitor)

artículo científico publicado en 2009

Application of a Dynamic Map for Learning, Communicating, Navigating, and Improving Therapeutic Development

artículo científico publicado en 2017

Artificial intelligence (AI) systems for interpreting complex medical datasets.

artículo científico publicado en 2017

Assessment of the Radiation Effects of Cardiac CT Angiography Using Protein and Genetic Biomarkers

artículo científico publicado en 2015

Associating genes with gene ontology codes using a maximum entropy analysis of biomedical literature

artículo científico publicado en 2002

Association of Omics Features with Histopathology Patterns in Lung Adenocarcinoma.

artículo científico publicado en 2017

Association of the Polygenic Scores for Personality Traits and Response to Selective Serotonin Reuptake Inhibitors in Patients with Major Depressive Disorder

artículo científico publicado en 2018

Atrial Fibrillation Burden Signature and Near-Term Prediction of Stroke: A Machine Learning Analysis

artículo científico publicado en 2019

Automated physician order recommendations and outcome predictions by data-mining electronic medical records

artículo científico publicado en 2014

Automating data acquisition into ontologies from pharmacogenetics relational data sources using declarative object definitions and XML.

artículo científico publicado en 2002

Biocomputing 2010

Biocomputing 2011

Bioinformatics and variability in drug response: a protein structural perspective

artículo científico publicado en 2012

Bioinformatics challenges for personalized medicine

artículo científico publicado en 2011

Biological and functional relevance of CASP predictions.

artículo científico publicado en 2017

Biomarkers: Delivering on the expectation of molecularly driven, quantitative health

artículo científico publicado en 2017

Biomedical informatics training at Stanford in the 21st century

artículo científico publicado en 2006

Biomedical term mapping databases

artículo científico publicado en 2005

Bisphosphonates pathway

artículo científico publicado en 2011

Building successful biological databases.

artículo científico publicado en 2004

Building the next generation of quantitative biologists

scientific article published on January 2014

CAMPAIGN: an open-source library of GPU-accelerated data clustering algorithms ⬇️

artículo científico publicado el 27 de junio de 2011

CYP2D6 genotype and adjuvant tamoxifen: meta-analysis of heterogeneous study populations

artículo científico publicado en 2013

Celecoxib pathways: pharmacokinetics and pharmacodynamics

artículo científico publicado en 2012

Challenges for Training Translational Researchers in the Era of Ubiquitous Data

artículo científico publicado en 2017

Challenges for biomedical informatics and pharmacogenomics

artículo científico publicado en 2002

Challenges in the clinical application of whole-genome sequencing

scientific article published on 29 April 2010

Chapter 7: Pharmacogenomics

artículo científico publicado en 2012

Chemical reaction vector embeddings: towards predicting drug metabolism in the human gut microbiome

artículo científico publicado en 2018

Chemically related 4,5-linked aminoglycoside antibiotics drive subunit rotation in opposite directions

artículo científico publicado en 2015

Choosing SNPs using feature selection

artículo científico publicado en 2006

Choosing SNPs using feature selection.

artículo científico publicado en 2005

Classifying non-small cell lung cancer types and transcriptomic subtypes using convolutional neural networks

artículo científico publicado en 2020

Clinical assessment incorporating a personal genome

artículo científico publicado en 2010

Clinical implementation of pharmacogenomics: overcoming genetic exceptionalism

artículo científico publicado en 2010

Clinical interpretation and implications of whole-genome sequencing

artículo científico publicado en 2014

Clopidogrel pathway

artículo científico publicado en 2010

Cloud-based simulations on Google Exacycle reveal ligand modulation of GPCR activation pathways

artículo científico publicado en 2013

Clustering protein environments for function prediction: finding PROSITE motifs in 3D

artículo científico publicado en 2007

Coarse-grained modeling of large RNA molecules with knowledge-based potentials and structural filters

artículo científico publicado en 2009

Codeine and morphine pathway

artículo científico publicado en 2009

Coherent functional modules improve transcription factor target identification, cooperativity prediction, and disease association

artículo científico publicado en 2014

Cohort-specific imputation of gene expression improves prediction of warfarin dose for African Americans

artículo científico publicado en 2017

Collective judgment predicts disease-associated single nucleotide variants

artículo científico publicado en 2013

Combining molecular dynamics and machine learning to improve protein function recognition

artículo científico publicado en 2008

Complexities of managing biomedical information

artículo científico publicado en 2003

Computational analysis of Plasmodium falciparum metabolism: organizing genomic information to facilitate drug discovery

artículo científico publicado en 2004

Computational analysis of kinase inhibitor selectivity using structural knowledge

artículo científico publicado en 2019

Computing disease incidence, prevalence and comorbidity from electronic medical records

artículo científico publicado en 2016

Confidentiality in genome research

artículo científico publicado en 2006

Constrained Global Optimization for Estimating Molecular Structure from Atomic Distances ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2001

Constraints on Biological Mechanism from Disease Comorbidity Using Electronic Medical Records and Database of Genetic Variants

artículo científico publicado en 2016

Construction of disease-specific cytokine profiles by associating disease genes with immune responses

artículo científico publicado en 2022

Content-based microarray search using differential expression profiles ⬇️

artículo científico publicado el 21 de diciembre de 2010

Cooperative transcription factor associations discovered using regulatory variation

artículo científico publicado en 2011

Coplanar and coaxial orientations of RNA bases and helices

artículo científico publicado en 2007

Correction: Time to Organize the Bioinformatics Resourceome

artículo científico publicado en 2006

Corrigendum: Cloud-based simulations on Google Exacycle reveal ligand modulation of GPCR activation pathways

scientific article published on 01 September 2015

Creating an online dictionary of abbreviations from MEDLINE.

artículo científico publicado en 2002

Current Progress in Bioinformatics 2016.

artículo científico publicado en 2015

Current progress in bioinformatics 2007.

artículo científico publicado en 2007

Cytochrome P450 2C9-CYP2C9.

scientific article published on April 2010

Cytochrome P450 2D6.

artículo científico publicado en 2009

DYNAMICALLY EVOLVING CLINICAL PRACTICES AND IMPLICATIONS FOR PREDICTING MEDICAL DECISIONS.

artículo científico publicado en 2016

Data re-identification: societal safeguards

artículo científico publicado en 2013

Data-Mining Electronic Medical Records for Clinical Order Recommendations: Wisdom of the Crowd or Tyranny of the Mob?

artículo científico publicado en 2015

Data-driven human transcriptomic modules determined by independent component analysis

scholarly article by Weizhuang Zhou published in September 2018

Data-driven prediction of drug effects and interactions

artículo científico publicado en 2012

Databases in the area of pharmacogenetics

artículo científico publicado en 2011

Decaying relevance of clinical data towards future decisions in data-driven inpatient clinical order sets

artículo científico publicado en 2017

Defining bioinformatics and structural bioinformatics

artículo científico publicado en 2003

Determining the genomic locations of repetitive DNA sequences with a whole-genome microarray: IS6110 in Mycobacterium tuberculosis

artículo científico publicado en 2002

Development of an automated assessment tool for MedWatch reports in the FDA adverse event reporting system

artículo científico publicado en 2017

Direct evidence of an elongation factor-Tu/Ts·GTP·Aminoacyl-tRNA quaternary complex.

artículo científico publicado en 2014

Discovering Novel Cell Types across Heterogeneous Single-cell Experiments

artículo científico publicado en 2020

Discovery and explanation of drug-drug interactions via text mining ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2012

Distinct contribution of electrostatics, initial conformational ensemble, and macromolecular stability in RNA folding

artículo científico publicado en 2007

Distinct tRNA Accommodation Intermediates Observed on the Ribosome with the Antibiotics Hygromycin A and A201A

artículo científico publicado en 2015

Doxorubicin pathways: pharmacodynamics and adverse effects

artículo científico publicado en 2011

Drug Targets for Plasmodium falciparum: a post-genomic review/survey

artículo científico publicado en 2006

Dynamics of P-type ATPase transport revealed by single-molecule FRET.

artículo científico publicado en 2017

ERASE: a novel surface reconditioning strategy for single-molecule experiments

artículo científico publicado en 2019

Editorial: Current progress in Bioinformatics 2010

artículo científico publicado en 2010

Editorial: Current progress in Bioinformatics 2012 ⬇️

artículo científico publicado el 1 de julio de 2012

Effect of CYP4F2, VKORC1, and CYP2C9 in Influencing Coumarin Dose: A Single-Patient Data Meta-Analysis in More Than 15,000 Individuals

artículo científico publicado en 2019

Electronic tuning of self-healing fluorophores for live-cell and single-molecule imaging.

artículo científico publicado en 2016

Enabling the curation of your pharmacogenetic study

artículo científico publicado en 2014

Engineering a Prototypic P-type ATPase Listeria monocytogenes Ca(2+)-ATPase 1 for Single-Molecule FRET Studies.

artículo científico publicado en 2016

Environmental and state-level regulatory factors affect the incidence of autism and intellectual disability

artículo científico publicado en 2014

Essential characteristics of pharmacogenomics study publications

Estimation of Maximum Recommended Therapeutic Dose Using Predicted Promiscuity and Potency

artículo científico publicado en 2016

Etoposide pathway

artículo científico publicado en 2009

Eukaryotic regulatory element conservation analysis and identification using comparative genomics

artículo científico publicado en 2004

Evidence for Clinical Implementation of Pharmacogenomics in Cardiac Drugs.

artículo científico publicado en 2015

Examining the Use of Real-World Evidence in the Regulatory Process

artículo científico publicado en 2019

Expanding a radiology lexicon using contextual patterns in radiology reports

artículo científico publicado en 2018

Extending TextAE for annotation of non-contiguous entities

scientific article published on 15 June 2020

Extending and evaluating a warfarin dosing algorithm that includes CYP4F2 and pooled rare variants of CYP2C9.

artículo científico publicado en 2010

Extracting and characterizing gene-drug relationships from the literature

artículo científico publicado en 2004

Extracting chemical reactions from text using Snorkel

artículo científico publicado en 2020

Extracting subject demographic information from abstracts of randomized clinical trial reports

artículo científico

Extraction of genotype-phenotype-drug relationships from text: from entity recognition to bioinformatics application

artículo científico publicado en 2010

FEATURE

framework and dataset for protein function annotation

Finding haplotype tagging SNPs by use of principal components analysis

artículo científico publicado en 2004

Flexible Analog Search with Kernel PCA Embedded Molecule Vectors

artículo científico publicado en 2017

From pharmacogenomic knowledge acquisition to clinical applications: the PharmGKB as a clinical pharmacogenomic biomarker resource

artículo científico publicado en 2011

Functional Dynamics within the Human Ribosome Regulate the Rate of Active Protein Synthesis.

artículo científico publicado en 2015

GAPSCORE: finding gene and protein names one word at a time

artículo científico publicado en 2004

GRep: Gene Set Representation via Gaussian Embedding

article

Gaussian Embedding for Large-scale Gene Set Analysis

scientific article published on 15 June 2020

GeneDive: A gene interaction search and visualization tool to facilitate precision medicine

artículo científico publicado en 2018

Genetic nondiscrimination legislation: a critical prerequisite for pharmacogenomics data sharing

artículo científico publicado en 2007

Genetic sequence data for pharmacogenomics.

artículo científico publicado en 2003

Genetic variant in folate homeostasis is associated with lower warfarin dose in African Americans.

artículo científico publicado en 2014

Genetic variants associated with warfarin dose in African-American individuals: a genome-wide association study

artículo científico publicado en 2013

Genetics. Genomic research and human subject privacy

artículo científico publicado en 2004

Genome wide analysis of drug-induced torsades de pointes: lack of common variants with large effect sizes

artículo científico publicado en 2013

Genome-wide and candidate gene approaches of clopidogrel efficacy using pharmacodynamic and clinical end points-Rationale and design of the International Clopidogrel Pharmacogenomics Consortium (ICPC).

artículo científico publicado en 2017

Genome-wide association study of platelet reactivity and cardiovascular response in patients treated with clopidogrel: a study by the International Clopidogrel Pharmacogenomics Consortium (ICPC)

artículo científico publicado en 2020

Genomics in the clinic: ethical and policy challenges in clinical next-generation sequencing programs at early adopter USA institutions

scientific article published on 01 June 2015

Genotype-guided dosing of vitamin K antagonists

artículo científico publicado en 2014

Geographic Distribution of US Cohorts Used to Train Deep Learning Algorithms

artículo científico publicado en 2020

Graph Convolutional Neural Networks for Predicting Drug-Target Interactions

scientific article published on 16 October 2019

Guidelines for investigating causality of sequence variants in human disease

artículo científico publicado en 2014

HIV-1 Env trimer opens through an asymmetric intermediate in which individual protomers adopt distinct conformations

artículo científico publicado en 2018

Health-information altruists--a potentially critical resource

artículo científico publicado en 2005

High Resolution Prediction of Calcium-Binding Sites in 3D Protein Structures Using FEATURE.

artículo científico publicado en 2015

High precision prediction of functional sites in protein structures

artículo científico publicado en 2014

High precision protein functional site detection using 3D convolutional neural networks.

artículo científico publicado en 2019

High-resolution structure of the Escherichia coli ribosome.

artículo científico publicado en 2015

High-throughput single-nucleotide structural mapping by capillary automated footprinting analysis

artículo científico publicado en 2008

Homology Modeling of TMPRSS2 Yields Candidate Drugs That May Inhibit Entry of SARS-CoV-2 into Human Cells

scientific article published on 20 March 2020

Homology Modeling of TMPRSS2 Yields Candidate Drugs That May Inhibit Entry of SARS-CoV-2 into Human Cells

Human Germline CRISPR-Cas Modification: Toward a Regulatory Framework

artículo científico publicado en 2015

Human induced pluripotent stem cell-derived cardiomyocytes recapitulate the predilection of breast cancer patients to doxorubicin-induced cardiotoxicity

artículo científico publicado en 2016

Identification of promoter regions in the human genome by using a retroviral plasmid library-based functional reporter gene assay

artículo científico publicado en 2003

Identification of recurring protein structure microenvironments and discovery of novel functional sites around CYS residues

artículo científico publicado en 2010

Identifying phenotypic signatures of neuropsychiatric disorders from electronic medical records

artículo científico publicado en 2013

Improving structure-based function prediction using molecular dynamics

artículo científico publicado en 2009

Improving the explainability of Random Forest classifier - user centered approach.

artículo científico publicado en 2018

Improving the prediction of disease-related variants using protein three-dimensional structure

artículo científico publicado en 2011

Improving the prediction of pharmacogenes using text-derived drug-gene relationships

artículo científico publicado en 2010

Imputing gene expression to maximize platform compatibility

artículo científico publicado en 2016

Independent component analysis: mining microarray data for fundamental human gene expression modules

artículo científico publicado en 2010

Indexing pharmacogenetic knowledge on the World Wide Web.

artículo científico publicado en 2003

Inferring the semantic relationships of words within an ontology using random indexing: applications to pharmacogenomics

artículo científico publicado en 2013

Informatics confronts drug–drug interactions ⬇️

artículo científico publicado el 13 de febrero de 2013

Informatics: Make sense of health data

artículo científico publicado en 2015

Integrating large-scale genotype and phenotype data

artículo científico publicado en 2006

Integration and publication of heterogeneous text-mined relationships on the Semantic Web ⬇️

artículo científico publicado en 2011

Interpreting the CYP2D6 results from the International Tamoxifen Pharmacogenetics Consortium

artículo científico publicado en 2014

Interpretome: a freely available, modular, and secure personal genome interpretation engine

artículo científico publicado en 2012

Intra-molecular triplet energy transfer is a general approach to improve organic fluorophore photostability

artículo científico publicado en 2015

Introduction to Translational Bioinformatics Collection ⬇️

artículo científico publicado el 27 de diciembre de 2012

Investigating hypoxic tumor physiology through gene expression patterns

artículo científico publicado en 2003

KCNH2 pharmacogenomics summary

artículo científico publicado en 2010

Knowledge acquisition, consistency checking and concurrency control for Gene Ontology (GO).

artículo científico

Knowledge-based fragment binding prediction

artículo científico publicado en 2014

Knowledge-based instantiation of full atomic detail into coarse-grain RNA 3D structural models

artículo científico publicado en 2009

Large scale study of protein domain distribution in the context of alternative splicing

artículo científico publicado en 2003

Large-scale extraction of gene interactions from full-text literature using DeepDive

artículo científico publicado en 2016

Large-scale labeling and assessment of sex bias in publicly available expression data

artículo científico publicado en 2021

Learning the Structure of Biomedical Relationships from Unstructured Text

artículo científico publicado en 2015

Leveraging the Cell Ontology to classify unseen cell types

artículo científico publicado en 2021

Local kinetic measures of macromolecular structure reveal partitioning among multiple parallel pathways from the earliest steps in the folding of a large RNA molecule

artículo científico publicado en 2006

M-BISON: microarray-based integration of data sources using networks

artículo científico publicado en 2008

MARS: discovering novel cell types across heterogeneous single-cell experiments

artículo científico publicado en 2020

MEDICINE. Personalization in practice

artículo científico publicado en 2015

MScanner: a classifier for retrieving Medline citations

artículo científico publicado en 2008

Machine learning in chemoinformatics and drug discovery.

artículo científico publicado en 2018

Mendelian Disease Associations Reveal Novel Insights into Inflammatory Bowel Disease.

artículo científico publicado en 2018

Metformin pathways: pharmacokinetics and pharmacodynamics

artículo científico publicado en 2012

Mice lacking the β2 adrenergic receptor have a unique genetic profile before and after focal brain ischaemia

artículo científico publicado en 2012

Microenvironment analysis and identification of magnesium binding sites in RNA

artículo científico publicado en 2003

Mining biochemical information: lessons taught by the ribosome

artículo científico publicado en 2002

Mining for clinical expertise in (undocumented) order sets to power an order suggestion system

artículo científico publicado en 2013

Modeling and analyzing biomedical processes using workflow/Petri Net models and tools

artículo científico publicado en 2004

Modelling biological processes using workflow and Petri Net models

artículo científico publicado en 2002

Multiperspective smFRET reveals rate-determining late intermediates of ribosomal translocation.

artículo científico publicado en 2016

MutDB: annotating human variation with functionally relevant data.

artículo científico publicado en 2003

NIH revamp: real issue is resources

artículo científico publicado en 2011

Negamycin induces translational stalling and miscoding by binding to the small subunit head domain of the Escherichia coli ribosome

artículo científico publicado en 2014

Neurotoxicity of generic anesthesia agents in infants and children: an orphan research question in search of a sponsor

artículo científico publicado en 2015

New feature: pathways and important genes from PharmGKB

artículo científico publicado en 2009

Nonparametric methods for identifying differentially expressed genes in microarray data

artículo científico publicado en 2002

Ontology development for a pharmacogenetics knowledge base.

artículo científico

Opportunities for developing therapies for rare genetic diseases: focus on gain-of-function and allostery.

artículo científico publicado en 2017

OrderRex clinical user testing: a randomized trial of recommender system decision support on simulated cases

artículo científico publicado en 2020

OrderRex: clinical order decision support and outcome predictions by data-mining electronic medical records

artículo científico publicado en 2015

PATH-SCAN: a reporting tool for identifying clinically actionable variants

artículo científico publicado en 2014

PGxMine: Text mining for curation of PharmGKB

artículo científico publicado en 2020

PathFX provides mechanistic insights into drug efficacy and safety for regulatory review and therapeutic development

article

PathFXweb: a web application for identifying drug safety and efficacy phenotypes

scientific article published on 01 November 2019

Pathway analysis of genome-wide data improves warfarin dose prediction

artículo científico publicado en 2013

Pathway and network embedding methods for prioritizing psychiatric drugs

artículo científico publicado en 2020

Personal omics profiling reveals dynamic molecular and medical phenotypes

artículo científico publicado en 2012

PharmGKB and the International Warfarin Pharmacogenetics Consortium: the changing role for pharmacogenomic databases and single-drug pharmacogenetics

artículo científico publicado en 2008

PharmGKB summary: Diuretics pathway, pharmacodynamics

artículo científico publicado en 2013

PharmGKB summary: Efavirenz pathway, pharmacokinetics

artículo científico publicado en 2015

PharmGKB summary: Macrolide antibiotic pathway, pharmacokinetics/pharmacodynamics

artículo científico publicado en 2017

PharmGKB summary: Ondansetron and tropisetron pathways, pharmacokinetics and pharmacodynamics

PharmGKB summary: abacavir pathway

artículo científico publicado en 2014

PharmGKB summary: atazanavir pathway, pharmacokinetics/pharmacodynamics

PharmGKB summary: caffeine pathway

artículo científico publicado en 2012

PharmGKB summary: carbamazepine pathway

artículo científico publicado en 2011

PharmGKB summary: citalopram pharmacokinetics pathway

artículo científico publicado en 2011

PharmGKB summary: clobazam pathway, pharmacokinetics

artículo científico publicado en 2018

PharmGKB summary: clozapine pathway, pharmacokinetics

article published in 2018

PharmGKB summary: cyclosporine and tacrolimus pathways

artículo científico publicado en 2013

PharmGKB summary: cytochrome P450, family 2, subfamily J, polypeptide 2: CYP2J2.

artículo científico publicado en 2011

PharmGKB summary: dopamine receptor D2

artículo científico publicado en 2011

PharmGKB summary: fluoropyrimidine pathways

artículo científico publicado en 2011

PharmGKB summary: gemcitabine pathway

artículo científico publicado en 2014

PharmGKB summary: ibuprofen pathways.

artículo científico publicado en 2015

PharmGKB summary: ifosfamide pathways, pharmacokinetics and pharmacodynamics

artículo científico publicado en 2014

PharmGKB summary: isoniazid pathway, pharmacokinetics.

artículo científico publicado en 2016

PharmGKB summary: ivacaftor pathway, pharmacokinetics/pharmacodynamics.

artículo científico publicado en 2016

PharmGKB summary: lamotrigine pathway, pharmacokinetics and pharmacodynamics

scientific article published on 16 March 2020

PharmGKB summary: methotrexate pathway.

artículo científico publicado en 2011

PharmGKB summary: methylene blue pathway

artículo científico publicado en 2013

PharmGKB summary: methylphenidate pathway, pharmacokinetics/pharmacodynamics

artículo científico publicado en 2019

PharmGKB summary: mycophenolic acid pathway

artículo científico publicado en 2014

PharmGKB summary: oxycodone pathway, pharmacokinetics

artículo científico publicado en 2018

PharmGKB summary: pathways of acetaminophen metabolism at the therapeutic versus toxic doses

artículo científico publicado en 2015

PharmGKB summary: pazopanib pathway, pharmacokinetics

artículo científico publicado en 2017

PharmGKB summary: peginterferon-α pathway

artículo científico publicado en 2015

PharmGKB summary: phenytoin pathway

artículo científico publicado en 2012

PharmGKB summary: sertraline pathway, pharmacokinetics

artículo científico publicado en 2020

PharmGKB summary: sorafenib pathways

artículo científico publicado en 2017

PharmGKB summary: succinylcholine pathway, pharmacokinetics/pharmacodynamics

artículo científico publicado en 2015

PharmGKB summary: tamoxifen pathway, pharmacokinetics

artículo científico publicado en 2013

PharmGKB summary: tramadol pathway

artículo científico publicado en 2014

PharmGKB summary: uric acid-lowering drugs pathway, pharmacodynamics

artículo científico publicado en 2014

PharmGKB summary: venlafaxine pathway

artículo científico

PharmGKB summary: very important pharmacogene information for ABCG2.

artículo científico publicado en 2017

PharmGKB summary: very important pharmacogene information for CACNA1S

artículo científico publicado en 2020

PharmGKB summary: very important pharmacogene information for CFTR

artículo científico publicado en 2015

PharmGKB summary: very important pharmacogene information for CYP1A2.

artículo científico publicado en 2012

PharmGKB summary: very important pharmacogene information for CYP2B6.

artículo científico publicado en 2010

PharmGKB summary: very important pharmacogene information for CYP3A5.

artículo científico publicado en 2012

PharmGKB summary: very important pharmacogene information for CYP4F2

artículo científico publicado en 2015

PharmGKB summary: very important pharmacogene information for G6PD.

artículo científico publicado en 2012

PharmGKB summary: very important pharmacogene information for GSTT1.

artículo científico publicado en 2012

PharmGKB summary: very important pharmacogene information for MT-RNR1.

artículo científico publicado en 2016

PharmGKB summary: very important pharmacogene information for N-acetyltransferase 2

artículo científico publicado en 2014

PharmGKB summary: very important pharmacogene information for PTGS2.

artículo científico publicado en 2011

PharmGKB summary: very important pharmacogene information for RYR1

artículo científico publicado en 2016

PharmGKB summary: very important pharmacogene information for SLC22A1

artículo científico publicado en 2014

PharmGKB summary: very important pharmacogene information for UGT1A1

artículo científico publicado en 2014

PharmGKB summary: very important pharmacogene information for angiotensin-converting enzyme

artículo científico publicado en 2010

PharmGKB summary: very important pharmacogene information for cytochrome P-450, family 2, subfamily A, polypeptide 6

artículo científico publicado en 2012

PharmGKB summary: very important pharmacogene information for cytochrome P450, family 2, subfamily C, polypeptide 19.

artículo científico publicado en 2012

PharmGKB summary: very important pharmacogene information for cytochrome P450, family 2, subfamily C, polypeptide 8.

artículo científico

PharmGKB summary: very important pharmacogene information for human leukocyte antigen B.

artículo científico publicado en 2015

PharmGKB summary: very important pharmacogene information for the epidermal growth factor receptor

artículo científico publicado en 2013

PharmGKB summary: voriconazole pathway, pharmacokinetics

artículo científico publicado en 2017

PharmGKB summary: zidovudine pathway

artículo científico publicado en 2012

PharmGKB tutorial for pharmacogenomics of drugs potentially used in the context of COVID-19

scientific article published on 26 September 2020

PharmGKB very important pharmacogene: SLCO1B1.

artículo científico publicado en 2010

PharmGKB: A worldwide resource for pharmacogenomic information.

artículo científico publicado en 2018

PharmGKB: a logical home for knowledge relating genotype to drug response phenotype

artículo científico publicado en 2007

PharmGKB: an integrated resource of pharmacogenomic data and knowledge

artículo científico publicado en 2008

PharmGKB: the Pharmacogenetics Knowledge Base

artículo científico publicado en 2002

PharmGKB: the Pharmacogenomics Knowledge Base

artículo científico publicado en 2013

PharmGKB: the pharmacogenetics and pharmacogenomics knowledge base

artículo científico publicado en 2005

PharmGKB: understanding the effects of individual genetic variants

artículo científico publicado en 2008

PharmGKB: very important pharmacogene--HMGCR.

artículo científico publicado en 2011

Pharmacogenetics at Scale: An Analysis of the UK Biobank

artículo científico publicado en 2020

Pharmacogenomic Polygenic Response Score Predicts Ischemic Events and Cardiovascular Mortality in Clopidogrel-Treated Patients

scientific article published on 03 September 2019

Pharmacogenomics Clinical Annotation Tool (PharmCAT)

scientific article published on 17 September 2019

Pharmacogenomics and big genomic data: from lab to clinic and back again

artículo científico publicado en 2018

Pharmacogenomics and bioinformatics: PharmGKB.

artículo científico publicado en 2010

Pharmacogenomics in Asian subpopulations and impacts on commonly prescribed medications

artículo científico publicado en 2020

Pharmacogenomics in dermatology: tools for understanding gene-drug associations

article

Pharmacogenomics-Based Point-of-Care Clinical Decision Support Significantly Alters Drug Prescribing

artículo científico publicado en 2017

Pharmacogenomics: The relevance of emerging genotyping technologies

scientific article published on 01 March 2006

Pharmacogenomics: challenges and opportunities

artículo científico publicado en 2006

Pharmacogenomics: will the promise be fulfilled?

artículo científico publicado en 2010

Pharmspresso: a text mining tool for extraction of pharmacogenomic concepts and relationships from full text

artículo científico publicado en 2009

Phased whole-genome genetic risk in a family quartet using a major allele reference sequence

artículo científico publicado en 2011

Platelet aggregation pathway

artículo científico publicado en 2011

Platinum pathway

artículo científico publicado en 2009

Pocket similarity identifies selective estrogen receptor modulators as microtubule modulators at the taxane site

article published in 2019

Population-specific imputation of gene expression improves prediction of pharmacogenomic traits for African Americans

article

Population-specific single-nucleotide polymorphism confers increased risk of venous thromboembolism in African Americans

scientific article published on 21 June 2016

Potential Adverse Effects of Anesthesia in Children--Reply

artículo científico publicado en 2015

Potential T-cell and B-cell Epitopes of 2019-nCoV

artículo científico publicado en 2020

Predicting HLA class II antigen presentation through integrated deep learning

artículo científico publicado en 2019

Predicting RNA structure by multiple template homology modeling

artículo científico publicado en 2010

Predicting allosteric communication in myosin via a pathway of conserved residues

artículo científico publicado en 2007

Predicting cancer drug response: advancing the DREAM.

artículo científico publicado en 2015

Predicting drug side-effects by chemical systems biology

artículo científico publicado en 2009

Predicting inpatient clinical order patterns with probabilistic topic models vs conventional order sets

artículo científico publicado en 2016

Predicting non-small cell lung cancer prognosis by fully automated microscopic pathology image features

artículo científico publicado en 2016

Predicting venous thromboembolism risk from exomes in the Critical Assessment of Genome Interpretation (CAGI) challenges

artículo científico publicado en 2019

Prediction of calcium-binding sites by combining loop-modeling with machine learning

artículo científico publicado en 2009

Promises of text processing: natural language processing meets AI.

artículo científico publicado en 2002

Pseudoknot Formation Seeds the Twister Ribozyme Cleavage Reaction Coordinate

artículo científico publicado en 2017

RNA molecules with conserved catalytic cores but variable peripheries fold along unique energetically optimized pathways

artículo científico publicado en 2011

RNAML: a standard syntax for exchanging RNA information.

artículo científico publicado en 2002

Ranking adverse drug reactions with crowdsourcing.

artículo científico publicado en 2015

Recent Progress in Automatically Extracting Information from the Pharmacogenomic Literature ⬇️

artículo científico publicado el 1 de octubre de 2010

Recognizing complex, asymmetric functional sites in protein structures using a Bayesian scoring function

artículo científico publicado en 2003

Reconstruction of the mouse otocyst and early neuroblast lineage at single-cell resolution

artículo científico publicado en 2014

RedMed: Extending drug lexicons for social media applications

scientific article published on 15 October 2019

Relating Essential Proteins to Drug Side-Effects Using Canonical Component Analysis: A Structure-Based Approach

artículo científico publicado en 2015

Remote Thioredoxin Recognition Using Evolutionary Conservation and Structural Dynamics ⬇️

artículo científico publicado el 13 de abril de 2011

Representing genetic sequence data for pharmacogenomics: an evolutionary approach using ontological and relational models

artículo científico publicado en 2002

Research Projects Supported by the University of California, San Francisco-Stanford Center of Excellence in Regulatory Science and Innovation

scientific article published on 17 February 2019

Resistance mutations generate divergent antibiotic susceptibility profiles against translation inhibitors

scientific article published on 05 July 2016

Response to 'Use of an algorithm for identifying hidden drug-drug interactions in adverse event reports' by Gooden et al.

artículo científico publicado en 2013

Response to Open Peer Commentaries on "Human Germline CRISPR-Cas Modification: Toward a Regulatory Framework".

artículo científico publicado en 2016

Retro-2 protects cells from ricin toxicity by inhibiting ASNA1-mediated ER targeting and insertion of tail-anchored proteins

scientific article published on 01 November 2019

Reversals and limitations on high-intensity, life-sustaining treatments

artículo científico publicado en 2018

Ribosomal dynamics inferred from variations in experimental measurements

artículo científico publicado en 2003

Robotics: Ethics of artificial intelligence.

artículo científico publicado en 2015

Robust recognition of zinc binding sites in proteins.

artículo científico publicado en 2007

SAFA: semi-automated footprinting analysis software for high-throughput quantification of nucleic acid footprinting experiments

artículo científico publicado en 2005

SEPARATING THE CAUSES AND CONSEQUENCES IN DISEASE TRANSCRIPTOME.

artículo científico publicado en 2016

SLC19A1 pharmacogenomics summary ⬇️

artículo científico publicado el 1 de noviembre de 2010

STAMS: STRING-assisted module search for genome wide association studies and application to autism

artículo científico publicado en 2016

Scientific considerations for global drug development

artículo científico publicado en 2020

Selective serotonin reuptake inhibitors pathway

artículo científico publicado en 2009

Semiautomated and rapid quantification of nucleic acid footprinting and structure mapping experiments

artículo científico publicado en 2008

Sequence to Medical Phenotypes: A Framework for Interpretation of Human Whole Genome DNA Sequence Data

artículo científico publicado en 2015

Sex-specific genetic effects across biomarkers

scientific article published on 01 September 2020

Shallow Representation Learning via Kernel PCA Improves QSAR Modelability

artículo científico

Simbios: an NIH national center for physics-based simulation of biological structures

artículo científico publicado en 2011

Single-molecule imaging of non-equilibrium molecular ensembles on the millisecond timescale

artículo científico publicado en 2016

Standardized Biogeographic Grouping System for Annotating Populations in Pharmacogenetic Research

scholarly article by Rachel Huddart et al published May 2019 in Clinical Pharmacology & Therapeutics

Structural characterization of proteins using residue environments

artículo científico publicado en 2005

Structural inference of native and partially folded RNA by high-throughput contact mapping

artículo científico publicado en 2008

Structural insights into pre-translocation ribosome motions

artículo científico publicado en 2011

Systematic target function annotation of human transcription factors

artículo científico publicado en 2018

Taxane pathway ⬇️

artículo científico publicado el 1 de diciembre de 2009

Teaching computers to read the pharmacogenomics literature ... so you don't have to

artículo científico publicado en 2010

Text mining for biology - the way forward: opinions from leading scientists

artículo científico publicado en 2008

The FEATURE framework for protein function annotation: modeling new functions, improving performance, and extending to novel applications

artículo científico publicado en 2008

The International SSRI Pharmacogenomics Consortium (ISPC): a genome-wide association study of antidepressant treatment response

artículo científico publicado en 2016

The International SSRI Pharmacogenomics Consortium (ISPC): a genome-wide association study of antidepressant treatment response.

artículo científico publicado en 2015

The International Society for Computational Biology 10th Anniversary

artículo científico publicado en 2007

The Pharmacogenomics Research Network Translational Pharmacogenetics Program: overcoming challenges of real-world implementation

artículo científico publicado en 2013

The Pioglitazone Trek via Human PPAR Gamma: From Discovery to a Medicine at the FDA and Beyond

scholarly article by Pallavi R Devchand et al published 2018 in Frontiers in Pharmacology

The RNA Ontology Consortium: an open invitation to the RNA community

artículo científico publicado en 2006

The SeqFEATURE library of 3D functional site models: comparison to existing methods and applications to protein function annotation

artículo científico publicado en 2008

The Simbios National Center: Systems Biology in Motion

artículo científico publicado en 2008

The association of obesity and coronary artery disease genes with response to SSRIs treatment in major depression

article

The bright future of single-molecule fluorescence imaging

artículo científico publicado en 2014

The chemical genomic portrait of yeast: uncovering a phenotype for all genes

artículo científico publicado en 2008

The computational analysis of scientific literature to define and recognize gene expression clusters

artículo científico publicado en 2003

The ethics of characterizing difference: guiding principles on using racial categories in human genetics

artículo científico publicado en 2008

The incidentalome: a threat to genomic medicine

artículo científico publicado en 2006

The pharmacogenetics and pharmacogenomics knowledge base: accentuating the knowledge

artículo científico publicado en 2007

The utility of general purpose versus specialty clinical databases for research: warfarin dose estimation from extracted clinical variables

artículo científico publicado en 2010

Thiopurine pathway

artículo científico publicado en 2010

Time to organize the bioinformatics resourceome

artículo científico publicado en 2005

Tools for loading MEDLINE into a local relational database

artículo científico publicado en 2004

Towards Clinical Bioinformatics: Redux 2015.

artículo científico publicado en 2016

Towards a cytokine-cell interaction knowledgebase of the adaptive immune system

artículo científico publicado en 2009

Training the next generation of informaticians: the impact of "BISTI" and bioinformatics--a report from the American College of Medical Informatics

artículo científico publicado en 2004

Training the next generation of quantitative biologists in the era of big data

Transfer learning enables prediction of CYP2D6 haplotype function

artículo científico publicado en 2020

Transport domain unlocking sets the uptake rate of an aspartate transporter.

artículo científico publicado en 2015

Turning limited experimental information into 3D models of RNA

artículo científico publicado en 2010

Unifying single-cell annotations based on the Cell Ontology ⬇️

report published in 2019

Unifying single-cell annotations based on the Cell Ontology

Unmet needs: Research helps regulators do their jobs

artículo científico publicado en 2015

Using "big data" to dissect clinical heterogeneity

artículo científico publicado en 2015

Using Multiple Microenvironments to Find Similar Ligand-Binding Sites: Application to Kinase Inhibitor Binding ⬇️

artículo científico publicado el 29 de diciembre de 2011

Using ODIN for a PharmGKB revalidation experiment

artículo científico publicado en 2012

Using Petri Net tools to study properties and dynamics of biological systems

artículo científico publicado en 2004

Using binning to maintain confidentiality of medical data

artículo científico publicado en 2002

Using molecular features of xenobiotics to predict hepatic gene expression response

artículo científico publicado en 2013

Using pre-existing microarray datasets to increase experimental power: application to insulin resistance

artículo científico publicado en 2010

Using surface envelopes for discrimination of molecular models

artículo científico publicado en 2004

Using surface envelopes to constrain molecular modeling

artículo científico publicado en 2007

Using text analysis to identify functionally coherent gene groups

artículo científico publicado en 2002

Using text to build semantic networks for pharmacogenomics

artículo científico publicado en 2010

VKORC1 pharmacogenomics summary

artículo científico publicado en 2010

Valproic acid pathway: pharmacokinetics and pharmacodynamics

artículo científico publicado en 2013

Variant Interpretation in Current Pharmacogenetic Testing

artículo científico publicado en 2020

Variations in the binding pocket of an inhibitor of the bacterial division protein FtsZ across genotypes and species

artículo científico publicado en 2015

Vascular endothelial growth factor pathway

scientific article published on May 2010

Very important pharmacogene summary ADRB2.

artículo científico publicado en 2010

Very important pharmacogene summary for VDR.

artículo científico publicado en 2012

Very important pharmacogene summary: ABCB1 (MDR1, P-glycoprotein)

artículo científico publicado en 2011

Very important pharmacogene summary: sulfotransferase 1A1.

artículo científico publicado en 2009

Very important pharmacogene summary: thiopurine S-methyltransferase

artículo científico publicado en 2010

WS-SNPs&GO: a web server for predicting the deleterious effect of human protein variants using functional annotation

artículo científico publicado en 2013

Web-scale pharmacovigilance: listening to signals from the crowd

artículo científico publicado en 2013

WebFEATURE: An interactive web tool for identifying and visualizing functional sites on macromolecular structures

artículo científico publicado en 2003

Wiring Minds

artículo científico publicado en 2019

Working toward precision medicine: Predicting phenotypes from exomes in the Critical Assessment of Genome Interpretation (CAGI) challenges.

artículo científico publicado en 2017

iTools: a framework for classification, categorization and integration of computational biology resources

artículo científico publicado en 2008

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