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Lista de obras de Ross Overbeek

A high-performance parallel theorem prover

A machine learning-based service for estimating quality of genomes using PATRIC

scientific article published on 03 October 2019

Accessing the SEED genome databases via Web services API: tools for programmers

artículo científico publicado en 2010

Aligning Multiple RNA Sequences

Annotation of bacterial and archaeal genomes: improving accuracy and consistency

artículo científico publicado en 2007

Antimicrobial Resistance Prediction in PATRIC and RAST.

artículo científico publicado en 2016

Assembly, Annotation, and Comparative Genomics in PATRIC, the All Bacterial Bioinformatics Resource Center

artículo científico publicado en 2018

Automated Reasoning. Introduction and Applications.

scientific article published in 1986

Automated genome annotation and metabolic model reconstruction in the SEED and Model SEED.

artículo científico publicado en 2013

Automatic detection of subsystem/pathway variants in genome analysis

artículo científico publicado en 2005

Bioinformatics classification and functional analysis of PhoH homologs

artículo científico publicado en 2002

Building the blueprint of life ⬇️

artículo científico publicado el 1 de julio de 2010

Characterization of the Staphylococcus aureus heat shock, cold shock, stringent, and SOS responses and their effects on log-phase mRNA turnover

artículo científico publicado en 2006

Characterizing the effect of the Staphylococcus aureus virulence factor regulator, SarA, on log-phase mRNA half-lives

artículo científico publicado en 2006

Cohesion group approach for evolutionary analysis of TyrA, a protein family with wide-ranging substrate specificities

artículo científico publicado en 2008

Comparative genome analysis of Bacillus cereus group genomes with Bacillus subtilis

artículo científico publicado en 2005

Comparative genomic reconstruction of transcriptional networks controlling central metabolism in the Shewanella genus

artículo científico publicado en 2011

Comparative genomics of NAD biosynthesis in cyanobacteria.

artículo científico publicado en 2006

Complete Genome Sequence of the Methanogenic Archaeon, Methanococcus jannaschii

artículo científico publicado en 1996

Complete sequence and comparative genome analysis of the dairy bacterium Streptococcus thermophilus

artículo científico publicado en 2004

Computing and Applying Atomic Regulons to Understand Gene Expression and Regulation

artículo científico publicado en 2016

Connecting Sequence Data to Virulence Factors in Streptococcus Genomes

Connecting genotype to phenotype in the era of high-throughput sequencing.

artículo científico publicado en 2011

Detection of lateral gene transfer events in the prokaryotic tRNA synthetases by the ratios of evolutionary distances method

artículo científico publicado en 2004

Discovering lactic acid bacteria by genomics

artículo científico publicado en 2002

Draft sequencing and comparative genomics of Xylella fastidiosa strains reveal novel biological insights

artículo científico publicado en 2002

Erratum: The complete genome sequence of the hyperthermophilic, sulphate-reducing archaeon Archaeoglobus fulgidus

scientific article published in Nature

FIGfams: yet another set of protein families

artículo científico publicado en 2009

From DNA to FBA: How to Build Your Own Genome-Scale Metabolic Model

scientific article published on 17 June 2016

Genes for the cytoskeletal protein tubulin in the bacterial genus Prosthecobacter.

artículo científico publicado en 2002

Genome analysis of F. nucleatum sub spp vincentii and its comparison with the genome of F. nucleatum ATCC 25586.

artículo científico publicado en 2003

Genome sequence and analysis of the oral bacterium Fusobacterium nucleatum strain ATCC 25586

artículo científico publicado en 2002

Genome sequence of Bacillus cereus and comparative analysis with Bacillus anthracis

artículo científico publicado en 2003

Genome-scale bacterial transcriptional regulatory networks: reconstruction and integrated analysis with metabolic models ⬇️

artículo científico publicado el 1 de julio de 2014

Genomic encyclopedia of sugar utilization pathways in the Shewanella genus

artículo científico publicado en 2010

High-throughput comparison, functional annotation, and metabolic modeling of plant genomes using the PlantSEED resource

artículo científico publicado en 2014

Improvements to PATRIC, the all-bacterial Bioinformatics Database and Analysis Resource Center

artículo científico publicado en 2016

In search of genome annotation consistency: solid gene clusters and how to use them

article

Missing genes in metabolic pathways: a comparative genomics approach ⬇️

artículo científico publicado el 1 de abril de 2003

Modeling central metabolism and energy biosynthesis across microbial life

artículo científico publicado en 2016

Moving to a higher level of abstraction

artículo científico publicado en 2007

PATRIC as a unique resource for studying antimicrobial resistance.

artículo científico publicado en 2017

PATRIC, the bacterial bioinformatics database and analysis resource

artículo científico publicado en 2013

Phage Genome Annotation Using the RAST Pipeline.

artículo científico publicado en 2018

RASTtk: a modular and extensible implementation of the RAST algorithm for building custom annotation pipelines and annotating batches of genomes

artículo científico publicado en 2015

Real time metagenomics: using k-mers to annotate metagenomes

artículo científico publicado en 2012

Reconstruction of the Regulatory Network for Bacillus subtilis and Reconciliation with Gene Expression Data

artículo científico publicado en 2016

SEED servers: high-performance access to the SEED genomes, annotations, and metabolic models

artículo científico publicado en 2012

Searching for genomic organizational motifs: Explorations of the Escherichia coli chromosome

artículo científico publicado en 1993

Set theory in first-order logic: Clauses for Gödel's axioms

artículo científico publicado en 1986

Supervised extraction of near-complete genomes from metagenomic samples: A new service in PATRIC

artículo científico publicado en 2021

Synergistic use of plant-prokaryote comparative genomics for functional annotations

artículo científico publicado en 2011

The ERGO genome analysis and discovery system

artículo científico publicado en 2003

The National Microbial Pathogen Database Resource (NMPDR): a genomics platform based on subsystem annotation

artículo científico publicado en 2006

The PATRIC Bioinformatics Resource Center: expanding data and analysis capabilities

artículo científico publicado en 2020

The SEED and the Rapid Annotation of microbial genomes using Subsystems Technology (RAST).

artículo científico publicado en 2013

The complete genome of the hyperthermophilic bacterium Aquifex aeolicus ⬇️

artículo científico publicado el 26 de marzo de 1998

The complete genome sequence of the hyperthermophilic, sulphate-reducing archaeon Archaeoglobus fulgidus

artículo científico publicado en 1997

The genome of Methanosarcina mazei: evidence for lateral gene transfer between bacteria and archaea

artículo científico publicado en 2002

The genome sequence of the facultative intracellular pathogen Brucella melitensis

artículo científico publicado en 2001

The subsystems approach to genome annotation and its use in the project to annotate 1000 genomes

artículo científico publicado en 2005

The winds of (evolutionary) change: breathing new life into microbiology

artículo científico publicado en 1994

Whole-genome comparative analysis of three phytopathogenic Xylella fastidiosa strains

artículo científico publicado en 2002

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