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Lista de obras de Rolf Apweiler

"4D Biology for health and disease" workshop report

artículo científico

5th HUPO BPP Bioinformatics Meeting at the European Bioinformatics Institute in Hinxton, UK--Setting the analysis frame

artículo científico publicado en 2005

A Guide to UniProt for Protein Scientists ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2011

A collection of well characterised integral membrane proteins

artículo científico publicado en 2000

A common open representation of mass spectrometry data and its application to proteomics research

artículo científico publicado en 2004

A comparison of signal sequence prediction methods using a test set of signal peptides

artículo científico publicado en 2000

A comparison of the HUPO Brain Proteome Project pilot with other proteomics studies

artículo científico publicado en 2006

A large-scale protein-function database

artículo científico publicado en 2010

A novel method for automatic functional annotation of proteins

artículo científico publicado en 1999

A posteriori quality control for the curation and reuse of public proteomics data

artículo científico publicado en 2011

ASTD: The Alternative Splicing and Transcript Diversity database

artículo científico publicado en 2008

Advances in the development of common interchange standards for proteomic data

artículo científico publicado en 2004

Algorithms and databases

artículo científico publicado en 2009

Altered proteome biology of cardiac mitochondria under stress conditions

artículo científico publicado en 2008

An evaluation of GO annotation retrieval for BioCreAtIvE and GOA.

artículo científico publicado en 2005

Analysis of the experimental detection of central nervous system-related genes in human brain and cerebrospinal fluid datasets

article

Analyzing large-scale proteomics projects with latent semantic indexing

artículo científico publicado en 2007

Annotating the human proteome

artículo científico publicado en 2005

Annotating the human proteome: beyond establishing a parts list

artículo científico publicado en 2006

Application of InterPro for the functional classification of the proteins of fish origin in SWISS-PROT and TrEMBL.

artículo científico publicado en 2001

Applications of InterPro in protein annotation and genome analysis

artículo científico

Approaching clinical proteomics: current state and future fields of application in cellular proteomics

artículo científico publicado en 2009

Approaching clinical proteomics: current state and future fields of application in fluid proteomics

artículo científico publicado en 2009

Automated reprocessing pipeline for searching heterogeneous mass spectrometric data of the HUPO Brain Proteome Project pilot phase

artículo científico publicado en 2006

Automatic rule generation for protein annotation with the C4.5 data mining algorithm applied on SWISS-PROT.

artículo científico publicado en 2001

Autumn 2005 Workshop of the Human Proteome Organisation Proteomics Standards Initiative (HUPO-PSI) Geneva, September, 4–6, 2005

article

Bioinformatics Resources for In Silico Proteome Analysis

artículo científico publicado en 2003

Bioinformatics database infrastructure for biotechnology research

artículo científico publicado en 2006

Bioinformatics: Using the Molecular Biology Data

scholarly article

Biological Databases: Infrastructure, Content and Integration

Broadening the horizon--level 2.5 of the HUPO-PSI format for molecular interactions

artículo científico publicado en 2007

Building a biological space based on protein sequence similarities and biological ontologies

artículo científico publicado en 2008

Cardiovascular GO annotation initiative year 1 report: why cardiovascular GO?

artículo científico

Cellular resolution models for even skipped regulation in the entire Drosophila embryo

artículo científico publicado en 2013

Characterization, design, and function of the mitochondrial proteome: from organs to organisms

artículo científico publicado en 2013

Classification of proteins into families

Clinical proteomics: A need to define the field and to begin to set adequate standards

artículo científico publicado en 2007

CluSTr: a database of clusters of SWISS-PROT+TrEMBL proteins

artículo científico publicado en 2001

Clustering and analysis of protein families

artículo científico publicado en 2001

Common interchange standards for proteomics data: Public availability of tools and schema

artículo científico publicado en 2004

Comparative Proteomics Profiling Reveals Role of Smooth Muscle Progenitors in Extracellular Matrix Production

article

Comparative genomics of the eukaryotes

artículo científico publicado en 2000

Computational Methods and Bioinformatic Tools

Consequences of the discontinuation of the International Protein Index (IPI) database and its substitution by the UniProtKB "complete proteome" sets.

artículo científico

Consistent integration of non-reliable heterogeneous information resources applied to the annotation of transmembrane proteins.

artículo científico

Curated genome annotation of Oryza sativa ssp. japonica and comparative genome analysis with Arabidopsis thaliana

artículo científico publicado en 2007

Current status of proteomic standards development

artículo científico publicado en 2004

Dasty and UniProt DAS: a perfect pair for protein feature visualization

artículo científico publicado en 2005

Data standardization and the HUPO proteomics standards initiative

Databases and resources for in silico proteome analysis

artículo científico publicado en 2006

Design, Implementation and Updating of Knowledge Bases

Development of glucose intolerance in obese (fa/fa) Zucker rats

article

Do you do text?

artículo científico publicado en 2005

E-MSD: an integrated data resource for bioinformatics

artículo científico publicado en 2005

EDITtoTrEMBL: a distributed approach to high-quality automated protein sequence annotation

artículo científico publicado en 1999

EMBL Nucleotide Sequence Database in 2006.

artículo científico

EMBL Nucleotide Sequence Database: developments in 2005

artículo científico publicado en 2006

Effect of the new oral antidiabetic agent (−)-BM 13.0913.Na on insulin resistance in lean and obese zucker rats

scientific article published on 01 May 1995

Evaluation of methods for the prediction of membrane spanning regions

artículo científico publicado en 2001

Evidence standards in experimental and inferential INSDC Third Party Annotation data

artículo científico publicado en 2006

Filtering erroneous protein annotation

artículo científico publicado en 2004

Finding one's way in proteomics: a protein species nomenclature

artículo científico publicado en 2009

Focus on InterPro

Functional annotation of proteins identified in human brain during the HUPO Brain Proteome Project pilot study

artículo científico publicado en 2006

Functional information in SWISS-PROT: The basis for large-scale characterisation of protein sequences

article

Further advances in the development of a data interchange standard for proteomics data

artículo científico publicado en 2003

Further steps in standardisation. Report of the second annual Proteomics Standards Initiative Spring Workshop (Siena, Italy 17-20th April 2005).

artículo científico publicado en 2005

Further steps towards data standardisation: the Proteomic Standards Initiative HUPO 3(rd) annual congress, Beijing 25-27(th) October, 2004.

artículo científico publicado en 2005

GOAnnotator: linking protein GO annotations to evidence text

artículo científico

Gaining knowledge from previously unexplained spectra-application of the PTM-Explorer software to detect PTM in HUPO BPP MS/MS data

artículo científico publicado en 2006

Gene Ontology annotations and resources

artículo científico publicado en 2012

Genome Reviews: standardizing content and representation of information about complete genomes

artículo científico publicado en 2006

Getting a grip on proteomics data - Proteomics Data Collection (ProDaC).

artículo científico publicado en 2009

HUPO Brain Proteome Project: summary of the pilot phase and introduction of a comprehensive data reprocessing strategy

artículo científico publicado en 2006

High Performance Proteomics: 7th HUPO Brain Proteome Project Workshop March 7-9, 2007 Wellcome Trust Conference Centre, Hinxton, UK.

artículo científico publicado en 2007

High-quality protein knowledge resource: SWISS-PROT and TrEMBL.

artículo científico publicado en 2002

Human Proteome Organisation Proteomics Standards Initiative Pre-Congress Initiative

article

Human Proteome Organization Proteomics Standards Initiative: data standardization, a view on developments and policy

artículo científico publicado en 2007

Identifying ELIXIR Core Data Resources

artículo científico publicado en 2016

Improvements to CluSTr: the database of SWISS-PROT+TrEMBL protein clusters

artículo científico publicado en 2003

In Silico Characterization of Proteins InterPro and Proteome Analysis

In silico characterization of proteins: UniProt, InterPro and Integr8.

artículo científico publicado en 2007

In vitro poly-(ADP-ribosyl)ation of chromatin proteins in the rat tapeworm, Hymenolepis diminuta

artículo científico publicado en 1993

Increase of functional diversity by alternative splicing

artículo científico publicado en 2003

IntAct--open source resource for molecular interaction data

artículo científico publicado en 2007

IntAct: an open source molecular interaction database

artículo científico publicado en 2004

IntEnz, the integrated relational enzyme database

artículo científico publicado en 2004

Integr8 and Genome Reviews: integrated views of complete genomes and proteomes

artículo científico publicado en 2005

Integr8: enhanced inter-operability of European molecular biology databases

artículo científico publicado en 2003

Integration of cardiac proteome biology and medicine by a specialized knowledgebase

artículo científico publicado en 2013

Integrative annotation of 21,037 human genes validated by full-length cDNA clones

artículo científico publicado en 2004

InterPro and InterProScan: tools for protein sequence classification and comparison

artículo científico publicado en 2007

InterPro and Proteome Analysis — In silico Analysis of Proteins and Proteomes

InterPro in 2011: new developments in the family and domain prediction database

artículo científico publicado en 2012

InterPro in 2011: new developments in the family and domain prediction database

artículo científico publicado en 2012

InterPro, progress and status in 2005

artículo científico publicado en 2005

InterPro--an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites

artículo científico publicado en 2000

InterPro: an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites

artículo científico publicado en 2002

InterPro: the integrative protein signature database

artículo científico publicado en 2009

InterProScan--an integration platform for the signature-recognition methods in InterPro

artículo científico publicado en 2001

InterProScan: protein domains identifier

artículo científico publicado en 2005

Interactive InterPro-based comparisons of proteins in whole genomes

artículo científico publicado en 2002

Know your limits: assumptions, constraints and interpretation in systems biology

artículo científico publicado en 2009

Linking publication, gene and protein data

artículo científico publicado en 2006

LipidHome: a database of theoretical lipids optimized for high throughput mass spectrometry lipidomics

artículo científico publicado en 2013

MINT and IntAct contribute to the Second BioCreative challenge: serving the text-mining community with high quality molecular interaction data

artículo científico publicado en 2008

Managing core resources for genomics and proteomics

artículo científico publicado en 2003

Mining Unique-m Substrings from Genomes

artículo científico publicado en 2010

Missing in action: enzyme functional annotations in biological databases

artículo científico

Mus musculus in the SWISS-PROT database: its relevance to developmental research

artículo científico publicado en 2000

New developments in linking of biological databases and computer-generation of annotation: SWISS-PROT and its computer-annotated supplement TREMBL

New developments in the InterPro database

artículo científico publicado en 2007

On the frequency of protein glycosylation, as deduced from analysis of the SWISS-PROT database

scientific journal article

On the importance of comprehensible classification models for protein function prediction

scientific article published on January 2010

Ongoing and future developments at the Universal Protein Resource

artículo científico publicado en 2011

Overview of the HUPO Plasma Proteome Project: Results from the pilot phase with 35 collaborating laboratories and multiple analytical groups, generating a core dataset of 3020 proteins and a publicly-available database

Overview of the HUPO Plasma Proteome Project: results from the pilot phase with 35 collaborating laboratories and multiple analytical groups, generating a core dataset of 3020 proteins and a publicly-available database

artículo científico publicado en 2005

PRIDE: a public repository of protein and peptide identifications for the proteomics community

artículo científico publicado en 2006

PRIDE: the proteomics identifications database

artículo científico publicado en 2005

Phosphoproteome analysis reveals regulatory sites in major pathways of cardiac mitochondria

artículo científico publicado en 2010

Pindel: a pattern growth approach to detect break points of large deletions and medium sized insertions from paired-end short reads

artículo científico publicado en 2009

Plant protein annotation in the UniProt knowledgebase

artículo científico publicado en 2005

Practical Applications of the Gene Ontology Resource

article

Prepublication data sharing

artículo científico publicado en 2009

Priorities for nucleotide trace, sequence and annotation data capture at the Ensembl Trace Archive and the EMBL Nucleotide Sequence Database

artículo científico publicado en 2008

Progress in Establishing Common Standards for Exchanging Proteomics Data: The Second Meeting of the HUPO Proteomics Standards Initiative

artículo científico publicado en 2003

Promoting coherent minimum reporting guidelines for biological and biomedical investigations: the MIBBI project

artículo científico publicado en 2008

Protein Sequence Databases

Protein sequence annotation in the genome era: the annotation concept of SWISS-PROT+TREMBL.

artículo científico publicado en 1997

Protein sequence database methods.

artículo científico publicado en 2004

Protein sequence databases

artículo científico publicado en 2000

Protein sequence databases

Proteome Analysis Database: online application of InterPro and CluSTr for the functional classification of proteins in whole genomes

artículo científico publicado en 2001

ProteomeXchange provides globally coordinated proteomics data submission and dissemination

artículo científico publicado en 2014

Proteomic Data Standardization, Deposition and Exchange

article published in 2006

Proteomic data exchange and storage: the need for common standards and public repositories

artículo científico publicado en 2007

Proteomics Data Collection - 2nd ProDaC Workshop 5 October 2007, Seoul, Korea

artículo científico publicado en 2008

Proteomics Data Collection - 3rd ProDaC workshop April 22nd 2008, Toledo, Spain

artículo científico publicado en 2008

Proteomics Data Collection - 5th ProDaC Workshop: 4 March 2009, Kolympari, Crete, Greece.

artículo científico publicado en 2009

Proteomics Data Collection – The 1st ProDaC workshop 26 April 2007 Ecole Normale Supérieur, Lyon, France

article

Proteomics and Beyond: a report on the 3rd Annual Spring Workshop of the HUPO-PSI 21-23 April 2006, San Francisco, CA, USA.

artículo científico

Proteomics and data standardisation

Proteomics data collection--4th ProDaC workshop 15 August 2008, Amsterdam, The Netherlands

artículo científico publicado en 2009

QuickGO: a user tutorial for the web-based Gene Ontology browser

artículo científico publicado en 2009

QuickGO: a web-based tool for Gene Ontology searching

artículo científico

Recommendations for biomarker identification and qualification in clinical proteomics

artículo científico publicado en 2010

Recommendations from the 2008 International Summit on Proteomics Data Release and Sharing Policy: the Amsterdam principles

artículo científico publicado en 2009

Removing redundancy in SWISS-PROT and TrEMBL.

artículo científico publicado en 1999

Reorganizing the protein space at the Universal Protein Resource (UniProt)

artículo científico publicado en 2012

Report of the Second International Nomenclature Workshop. Cambridge, United Kingdom, May 1-2, 1999.

artículo científico publicado en 1999

Representation of functional information in the SWISS-PROT data bank

artículo científico publicado en 1999

Representing kidney development using the gene ontology

artículo científico publicado en 2014

Second Proteomics Standards Initiative Spring Workshop

article

Swissknife - 'lazy parsing' of SWISS-PROT entries

article

Synergy between medical informatics and bioinformatics: facilitating genomic medicine for future health care.

artículo científico publicado en 2004

Systematic characterization of the murine mitochondrial proteome using functionally validated cardiac mitochondria

artículo científico publicado en 2008

Systematic comparison of the human saliva and plasma proteomes

artículo científico publicado en 2009

TEMBLOR - Perspectives of EBI Database Services

artículo científico publicado en 2002

TOWARDS COORDINATED INTERNATIONAL SUPPORT OF CORE DATA RESOURCES FOR THE LIFE SCIENCES

artículo científico publicado en 2017

The EBI Metagenomics Archive, Integration and Analysis Resource

The EBI SRS server--recent developments

artículo científico

The EBI SRS server-new features

artículo científico publicado en 2002

The EMBL Nucleotide Sequence Database

artículo científico publicado en 2005

The EMBL Nucleotide Sequence Database

artículo científico publicado en 2004

The EMBL Nucleotide Sequence and Genome Reviews Databases

artículo científico publicado en 2007

The European Bioinformatics Institute in 2016: Data growth and integration

artículo científico publicado en 2016

The European Bioinformatics Institute in 2017: data coordination and integration

artículo científico publicado en 2017

The European Bioinformatics Institute in 2018: tools, infrastructure and training

artículo científico publicado en 2019

The European Bioinformatics Institute in 2020: building a global infrastructure of interconnected data resources for the life sciences

artículo científico publicado en 2020

The European Bioinformatics Institute's data resources 2014

artículo científico publicado en 2014

The European Bioinformatics Institute's data resources.

artículo científico publicado en 2003

The European Bioinformatics Institute: empowering cooperation in response to a global health crisis

scientific article published on 27 November 2020

The Functional Genomics Experiment model (FuGE): an extensible framework for standards in functional genomics

article

The GOA database in 2009--an integrated Gene Ontology Annotation resource

artículo científico publicado en 2008

The Gene Ontology (GO) database and informatics resource

artículo científico publicado en 2004

The Gene Ontology - Providing a Functional Role in Proteomic Studies

article

The Gene Ontology Annotation (GOA) Database

article

The Gene Ontology Annotation (GOA) Database

The Gene Ontology Annotation (GOA) Database--an integrated resource of GO annotations to the UniProt Knowledgebase

artículo científico

The Gene Ontology Annotation (GOA) Database: sharing knowledge in Uniprot with Gene Ontology

artículo científico publicado en 2004

The Gene Ontology Annotation (GOA) Project--Application of GO in SWISS-PROT, TrEMBL and InterPro

artículo científico publicado en 2003

The Gene Ontology Annotation (GOA) project: implementation of GO in SWISS-PROT, TrEMBL, and InterPro

artículo científico

The HUPO Brain Proteome Project jamboree: centralised summary of the pilot studies

artículo científico publicado en 2006

The HUPO PSI's molecular interaction format--a community standard for the representation of protein interaction data

artículo científico publicado en 2004

The HUPO Proteomics Standards Initiative Meeting: Towards Common Standards for Exchanging Proteomics Data

artículo científico publicado en 2003

The HUPO initiative on Model Organism Proteomes, iMOP.

artículo científico publicado en 2012

The Integr8 project--a resource for genomic and proteomic data

artículo científico publicado en 2005

The InterPro Database and Tools for Protein Domain Analysis

The InterPro database and tools for protein domain analysis

artículo científico publicado en 2008

The InterPro database, 2003 brings increased coverage and new features

artículo científico publicado en 2003

The InterPro database, an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites

artículo científico publicado en 2001

The International Protein Index: an integrated database for proteomics experiments

artículo científico publicado en 2004

The Ontology Lookup Service, a lightweight cross-platform tool for controlled vocabulary queries

artículo científico publicado en 2006

The Ontology Lookup Service: more data and better tools for controlled vocabulary queries

artículo científico publicado en 2008

The Protein Identifier Cross-Referencing (PICR) service: reconciling protein identifiers across multiple source databases

artículo científico publicado en 2007

The Proteome Analysis database: a tool for the in silico analysis of whole proteomes

artículo científico publicado en 2003

The Proteomics Identifications Database (PRIDE) and the ProteomExchange Consortium: making proteomics data accessible

artículo científico publicado en 2006

The Renal Gene Ontology Annotation Initiative

artículo científico publicado en 2010

The Rice Annotation Project Database (RAP-DB): 2008 update

artículo científico publicado en 2007

The SWISS-PROT protein knowledgebase and its supplement TrEMBL in 2003

artículo científico publicado en 2003

The SWISS-PROT protein sequence data bank and its new supplement TREMBL

artículo científico publicado en 1996

The SWISS-PROT protein sequence data bank and its supplement TrEMBL

artículo científico publicado en 1997

The SWISS-PROT protein sequence data bank and its supplement TrEMBL in 1998 ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 1998

The SWISS-PROT protein sequence data bank and its supplement TrEMBL in 1999.

artículo científico publicado en 1999

The SWISS-PROT protein sequence database and its supplement TrEMBL in 2000.

artículo científico publicado en 2000

The SWISS-PROT protein sequence database: its relevance to human molecular medical research.

artículo científico publicado en 1997

The UniProt-GO Annotation database in 2011.

artículo científico publicado en 2011

The Universal Protein Resource (UniProt)

artículo científico publicado en 2005

The Universal Protein Resource (UniProt): an expanding universe of protein information

artículo científico publicado en 2006

The human proteomics initiative (HPI).

artículo científico publicado en 2001

The impact of focused Gene Ontology curation of specific mammalian systems

artículo científico publicado en 2011

The importance of uniformity in reporting protein-function data

artículo científico publicado en 2005

The minimum information about a proteomics experiment (MIAPE)

artículo científico publicado en 2007

The minimum information required for reporting a molecular interaction experiment (MIMIx).

artículo científico publicado en 2007

The power of cooperative investigation: summary and comparison of the HUPO Brain Proteome Project pilot study results

artículo científico publicado en 2006

The predictive power of the CluSTr database

artículo científico publicado en 2005

The proteomics standards initiative

artículo científico publicado en 2003

The role SWISS-PROT and TrEMBL play in the genome research environment.

artículo científico publicado en 2000

The speciation of the proteome

artículo científico publicado en 2008

The transcriptional landscape of the mammalian genome

artículo científico publicado en 2005

The use of common ontologies and controlled vocabularies to enable data exchange and deposition for complex proteomic experiments

artículo científico publicado en 2005

The work of the Human Proteome Organisation's Proteomics Standards Initiative (HUPO PSI).

artículo científico publicado en 2006

Tools and resources for identifying protein families, domains and motifs

artículo científico publicado en 2002

Towards data management of the HUPO Human Brain Proteome Project pilot phase

artículo científico publicado en 2004

UniProt archive

artículo científico publicado en 2004

UniProt: the Universal Protein knowledgebase

artículo científico publicado en 2004

UniProtJAPI: a remote API for accessing UniProt data

artículo científico publicado en 2008

UniSave: the UniProtKB sequence/annotation version database

artículo científico publicado en 2006

Use of Gene Ontology Annotation to understand the peroxisome proteome in humans

artículo científico publicado en 2013

VARSPLIC: alternatively-spliced protein sequences derived from SWISS-PROT and TrEMBL

article

Whither systems medicine?

artículo científico publicado en 2018

Who tangos with GOA?-Use of Gene Ontology Annotation (GOA) for biological interpretation of '-omics' data and for validation of automatic annotation tools.

artículo científico publicado en 2005

Wiley-VCH and HUPO: A Global Effort to Advance Proteomic Science

Wiley-VCH and HUPO: A Global Effort to Advance Proteomic Science

scholarly article by Peipei Ping published in January 2008

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