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Lista de obras de

A CD133-related gene expression signature identifies an aggressive glioblastoma subtype with excessive mutations.

artículo científico publicado en 2011

A blood-based proteomic classifier for the molecular characterization of pulmonary nodules.

artículo científico publicado en 2013

A candidate regulatory variant at the TREM gene cluster associates with decreased Alzheimer's disease risk and increased TREML1 and TREM2 brain gene expression

artículo científico publicado en 2016

A community-driven global reconstruction of human metabolism. ⬇️

artículo científico publicado en 2013

A comprehensive map of genome-wide gene regulation in Mycobacterium tuberculosis.

artículo científico publicado en 2015

A refined genome-scale reconstruction of Chlamydomonas metabolism provides a platform for systems-level analyses

artículo científico publicado en 2015

A synthesis of bacterial and archaeal phenotypic trait data

artículo científico publicado en 2020

A systems approach to clinical oncology uses deep phenotyping to deliver personalized care

scientific article published on 16 October 2019

A systems approach to prion disease

artículo científico publicado en 2009

A wellness study of 108 individuals using personal, dense, dynamic data clouds

artículo científico

AUREA: an open-source software system for accurate and user-friendly identification of relative expression molecular signatures.

artículo científico publicado en 2013

Accomplishments in genome-scale in silico modeling for industrial and medical biotechnology

artículo científico publicado en 2009

Aggression is associated with aerobic glycolysis in the honey bee brain(1)

artículo científico publicado en 2015

An argument for mechanism-based statistical inference in cancer.

artículo científico publicado en 2014

Atlas of Transcription Factor Binding Sites from ENCODE DNase Hypersensitivity Data Across 27 Tissue Types

Atlas of Transcription Factor Binding Sites from ENCODE DNase Hypersensitivity Data across 27 Tissue Types

artículo científico publicado en 2020

Behavior-specific changes in transcriptional modules lead to distinct and predictable neurogenomic states ⬇️

artículo científico publicado el 29 de septiembre de 2011

Big biomedical data as the key resource for discovery science

artículo científico publicado en 2015

Blood metabolome predicts gut microbiome α-diversity in humans

artículo científico publicado en 2019

Candidate metabolic network states in human mitochondria. Impact of diabetes, ischemia, and diet.

artículo científico publicado en 2004

Candidate states of Helicobacter pylori's genome-scale metabolic network upon application of "loop law" thermodynamic constraints.

artículo científico publicado en 2006

Cell type-specific genes show striking and distinct patterns of spatial expression in the mouse brain ⬇️

artículo científico publicado el 5 de febrero de 2013

Combining inferred regulatory and reconstructed metabolic networks enhances phenotype prediction in yeast

artículo científico publicado en 2017

Comparative Analysis of Yeast Metabolic Network Models Highlights Progress, Opportunities for Metabolic Reconstruction

artículo científico publicado en 2015

Comparative analysis of gene expression in maternal peripheral blood and monocytes during spontaneous preterm labor.

artículo científico publicado en 2018

Comparative transcriptomic analysis of human placentae at term and preterm delivery.

artículo científico publicado en 2017

Comparison of network-based pathway analysis methods

artículo científico publicado en 2004

Conserved brain myelination networks are altered in Alzheimer's and other neurodegenerative diseases

artículo científico publicado en 2017

Corrigendum: Motivational, proteostatic and transcriptional deficits precede synapse loss, gliosis and neurodegeneration in the B6.HttQ111/+ model of Huntington's disease.

artículo científico publicado en 2017

Crops In Silico: Generating Virtual Crops Using an Integrative and Multi-scale Modeling Platform

artículo científico publicado en 2017

Data-driven integration of genome-scale regulatory and metabolic network models

artículo científico publicado en 2015

Deep phenotyping during pregnancy for predictive and preventive medicine

artículo científico publicado en 2020

Demystifying disease, democratizing health care

artículo científico publicado en 2014

Detection of 1α,25-dihydroxyvitamin D-regulated miRNAs in zebrafish by whole transcriptome sequencing

artículo científico publicado en 2014

Determination of redundancy and systems properties of the metabolic network of Helicobacter pylori using genome-scale extreme pathway analysis.

artículo científico publicado en 2002

Development of a gene knockout system using mobile group II introns (Targetron) and genetic disruption of acid production pathways in Clostridium beijerinckii

artículo científico publicado en 2013

Development of network-based pathway definitions: the need to analyze real metabolic networks

article

Digitizing omics profiles by divergence from a baseline.

artículo científico publicado en 2018

Distinct communication patterns of trophoblastic miRNA among the maternal-placental-fetal compartments

artículo científico publicado en 2018

Divergent brain gene expression patterns associate with distinct cell-specific tau neuropathology traits in progressive supranuclear palsy

article

Do genome-scale models need exact solvers or clearer standards?

artículo científico publicado en 2015

Editorial overview: Systems biology: Data, discovery, delivery

artículo científico publicado en 2018

Editorial: Systems biology for biotech applications

artículo científico publicado en 2010

Emerging Proteomic Technologies Provide Enormous and Underutilized Potential for Brain Cancer Research.

artículo científico

Enhanced retinal responses in Huntington's disease patients.

artículo científico publicado en 2017

Exploring Hydrogenotrophic Methanogenesis: a Genome Scale Metabolic Reconstruction of Methanococcus maripaludis

artículo científico publicado en 2016

Expression of PRUNE2 mRNA and its positive correlation with non-coding RNA PCA3 in leiomyosarcoma

artículo científico publicado el 1 de julio de 2012

Extreme pathway lengths and reaction participation in genome-scale metabolic networks

artículo científico publicado en 2002

Fostering synergy between cell biology and systems biology.

artículo científico publicado en 2015

Gene expression, methylation and neuropathology correlations at progressive supranuclear palsy risk loci.

artículo científico publicado en 2016

Genetic Predisposition Impacts Clinical Changes in a Lifestyle Coaching Program

article

Genetic co-occurrence network across sequenced microbes

artículo científico publicado en 2011

Genome-Scale Transcriptional Regulatory Network Models of Psychiatric and Neurodegenerative Disorders

scientific article published on 13 February 2019

Genome-scale consequences of cofactor balancing in engineered pentose utilization pathways in Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2011

Genome-scale metabolic model of the rat liver predicts effects of diet restriction

artículo científico publicado en 2019

Genome-scale metabolic reconstruction and hypothesis testing in the methanogenic archaeon Methanosarcina acetivorans C2A.

artículo científico publicado en 2011

Genome-scale microbial in silico models: the constraints-based approach.

artículo científico publicado en 2003

Genome-scale modeling for metabolic engineering.

artículo científico

Genome-scale models of microbial cells: evaluating the consequences of constraints

artículo científico publicado en 2004

Genome-wide pleiotropy analysis of neuropathological traits related to Alzheimer's disease

artículo científico publicado en 2018

Genomic, Transcriptional, and Phenotypic Analysis of the Glucose Derepressed Clostridium beijerinckii Mutant Exhibiting Acid Crash Phenotype

artículo científico publicado en 2017

Genomically and biochemically accurate metabolic reconstruction of Methanosarcina barkeri Fusaro, iMG746

artículo científico publicado en 2013

Graphics processing unit implementations of relative expression analysis algorithms enable dramatic computational speedup ⬇️

artículo científico publicado el 20 de enero de 2011

Gut microbiome pattern reflects healthy ageing and predicts survival in humans

artículo científico publicado en 2021

Halomonas sulfidaeris-dominated microbial community inhabits a 1.8 km-deep subsurface Cambrian Sandstone reservoir.

artículo científico publicado en 2013

Health and disease markers correlate with gut microbiome composition across thousands of people

scientific article published on 15 October 2020

Heterogeneity in protein expression induces metabolic variability in a modeled Escherichia coli population.

artículo científico publicado en 2013

Human whole genome genotype and transcriptome data for Alzheimer's and other neurodegenerative diseases

artículo científico publicado en 2016

IFPA meeting 2016 workshop report I: Genomic communication, bioinformatics, trophoblast biology and transport systems

artículo científico publicado en 2017

IL-10 alters immunoproteostasis in APP mice, increasing plaque burden and worsening cognitive behavior.

artículo científico publicado en 2015

ITEP: an integrated toolkit for exploration of microbial pan-genomes

artículo científico publicado en 2014

In silico models of cancer ⬇️

artículo científico publicado el 1 de julio de 2010

Integrated Modeling of Gene Regulatory and Metabolic Networks in Mycobacterium tuberculosis

artículo científico publicado en 2015

Integrated proteomics and genomics analysis reveals a novel mesenchymal to epithelial reverting transition in leiomyosarcoma through regulation of slug

artículo científico publicado en 2010

Ion channel expression patterns in glioblastoma stem cells with functional and therapeutic implications for malignancy

artículo científico publicado en 2017

Isoforms of RNA-Editing Enzyme ADAR1 Independently Control Nucleic Acid Sensor MDA5-Driven Autoimmunity and Multi-organ Development.

artículo científico publicado en 2015

Label-free proteomics and systems biology analysis of mycobacterial phagosomes in dendritic cells and macrophages.

artículo científico publicado en 2011

Likelihood-based gene annotations for gap filling and quality assessment in genome-scale metabolic models

artículo científico publicado en 2014

Long-range periodic patterns in microbial genomes indicate significant multi-scale chromosomal organization.

artículo científico publicado en 2006

Longitudinal analysis reveals transition barriers between dominant ecological states in the gut microbiome

artículo científico publicado en 2020

MEMOTE for standardized genome-scale metabolic model testing

artículo científico publicado en 2020

Macroscopic kinetic effect of cell-to-cell variation in biochemical reactions

artículo científico publicado en 2010

Measurement of Organ-Specific and Acute-Phase Blood Protein Levels in Early Lyme Disease

scientific article published on 01 November 2019

Measuring the effect of inter-study variability on estimating prediction error.

artículo científico publicado en 2014

Mechanistic modeling of aberrant energy metabolism in human disease ⬇️

artículo científico publicado el 25 de octubre de 2012

MediaDB: a database of microbial growth conditions in defined media

artículo científico publicado en 2014

Memote: A community-driven effort towards a standardized genome-scale metabolic model test suite

Metabolic constraint-based refinement of transcriptional regulatory networks

artículo científico publicado en 2013

Metabolic network reconstruction and genome-scale model of butanol-producing strain Clostridium beijerinckii NCIMB 8052.

artículo científico publicado en 2011

Metabolite coupling in genome-scale metabolic networks

artículo científico publicado en 2006

MicroRNAs and lipid metabolism.

artículo científico publicado en 2017

Motivational, proteostatic and transcriptional deficits precede synapse loss, gliosis and neurodegeneration in the B6.HttQ111/+ model of Huntington's disease

artículo científico publicado en 2017

Motor neuron loss and neuroinflammation in a model of α-synuclein-induced neurodegeneration

scientific article published on 06 September 2018

Multi-omic biomarker identification and validation for diagnosing warzone-related post-traumatic stress disorder

artículo científico publicado en 2019

Multi-study integration of brain cancer transcriptomes reveals organ-level molecular signatures

artículo científico publicado en 2013

Multiscale Analysis of Independent Alzheimer’s Cohorts Finds Disruption of Molecular, Genetic, and Clinical Networks by Human Herpesvirus

article

Network reconstruction and systems analysis of plant cell wall deconstruction by Neurospora crassa.

artículo científico publicado en 2017

Network-based analysis of metabolic regulation in the human red blood cell

artículo científico publicado en 2003

Network-level analysis of metabolic regulation in the human red blood cell using random sampling and singular value decomposition

artículo científico publicado en 2006

OptRAM: In-silico strain design via integrative regulatory-metabolic network modeling

scientific article published on 08 March 2019

P4 medicine: how systems medicine will transform the healthcare sector and society

artículo científico publicado en 2013

Peripheral huntingtin silencing does not ameliorate central signs of disease in the B6.HttQ111/+ mouse model of Huntington's disease

artículo científico publicado en 2017

Personalized nutrition through big data.

artículo científico publicado en 2016

Predictive Big Data Analytics: A Study of Parkinson's Disease Using Large, Complex, Heterogeneous, Incongruent, Multi-Source and Incomplete Observations

artículo científico publicado en 2016

ProbAnnoWeb and ProbAnnoPy: probabilistic annotation and gap-filling of metabolic reconstructions.

artículo científico publicado en 2017

Probabilistic integrative modeling of genome-scale metabolic and regulatory networks in Escherichia coli and Mycobacterium tuberculosis.

artículo científico publicado en 2010

Publisher Correction: MEMOTE for standardized genome-scale metabolic model testing

artículo científico publicado en 2020

Quantitative proteomic analysis reveals effects of epidermal growth factor receptor (EGFR) on invasion-promoting proteins secreted by glioblastoma cells

artículo científico publicado en 2014

Rare coding variants in PLCG2, ABI3, and TREM2 implicate microglial-mediated innate immunity in Alzheimer's disease

artículo científico publicado en 2017

Rare variants in neuronal excitability genes influence risk for bipolar disorder

artículo científico publicado en 2015

Reconstruction of genome-scale metabolic models for 126 human tissues using mCADRE

artículo científico publicado en 2012

Relative expression analysis for identifying perturbed pathways.

artículo científico publicado en 2009

Relative expression analysis for molecular cancer diagnosis and prognosis

artículo científico publicado en 2010

Relative stability of network states in Boolean network models of gene regulation in development.

artículo científico publicado en 2016

Reply

Reply to "Precision medicine in the clouds"

scientific article published on 01 August 2018

Reproducible big data science: A case study in continuous FAIRness

artículo científico publicado en 2019

Serum from calorie-restricted animals delays senescence and extends the lifespan of normal human fibroblasts in vitro.

artículo científico publicado en 2015

Single-Cell Proteomics Reveal that Quantitative Changes in Co-expressed Lineage-Specific Transcription Factors Determine Cell Fate

scientific article published on 14 March 2019

Systems approach to neurodegenerative disease biomarker discovery.

artículo científico publicado en 2013

Systems cancer medicine: towards realization of predictive, preventive, personalized and participatory (P4) medicine

artículo científico publicado en 2012

Systems pharmacology modeling: an approach to improving drug safety

artículo científico publicado en 2013

TLR5 decoy receptor as a novel anti-amyloid therapeutic for Alzheimer's disease

scientific article published on 01 September 2018

Taking Systems Medicine to Heart.

artículo científico publicado en 2018

Targeting TWIST1 through loss of function inhibits tumorigenicity of human glioblastoma.

artículo científico publicado en 2018

Temporal Transcriptomic Analysis of Metabolic Genes in Maternal Organs and Placenta During Murine Pregnancy

article

The DNA-binding network of Mycobacterium tuberculosis

artículo científico publicado en 2015

The MicroArray Quality Control (MAQC)-II study of common practices for the development and validation of microarray-based predictive models

artículo científico publicado en 2010

The building blocks of successful translation of proteomics to the clinic.

artículo científico publicado en 2018

The genome-scale metabolic extreme pathway structure in Haemophilus influenzae shows significant network redundancy.

artículo científico publicado en 2002

The limits of de novo DNA motif discovery.

artículo científico publicado en 2012

Transcriptional analysis of aggressiveness and heterogeneity across grades of astrocytomas

artículo científico publicado en 2013

Transcriptional program for nitrogen starvation-induced lipid accumulation in Chlamydomonas reinhardtii

artículo científico publicado en 2015

Transparency in metabolic network reconstruction enables scalable biological discovery

artículo científico publicado en 2015

Uniform sampling of steady-state flux spaces: means to design experiments and to interpret enzymopathies.

artículo científico publicado en 2004

Version 6 of the consensus yeast metabolic network refines biochemical coverage and improves model performance.

artículo científico publicado en 2013

iREAD: a tool for intron retention detection from RNA-seq data

artículo científico publicado en 2020

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