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Lista de obras de Peer Bork

(Phospho)proteomic Profiling of Microsatellite Unstable CRC Cells Reveals Alterations in Nuclear Signaling and Cholesterol Metabolism Caused by Frameshift Mutation of NMD Regulator UPF3A

artículo científico publicado en 2020

20 years of the SMART protein domain annotation resource

artículo científico publicado en 2017

4DXpress: a database for cross-species expression pattern comparisons

artículo científico

A 15q24 microdeletion in transient myeloproliferative disease (TMD) and acute megakaryoblastic leukaemia (AMKL) implicates PML and SUMO3 in the leukaemogenesis of TMD/AMKL

A P-loop-like motif in a widespread ATP pyrophosphatase domain: implications for the evolution of sequence motifs and enzyme activity.

artículo científico publicado en 1994

A Previously Undescribed Highly Prevalent Phage Identified in a Danish Enteric Virome Catalog

artículo científico publicado en 2021

A Temporal Map of Transcription Factor Activity: Mef2 Directly Regulates Target Genes at All Stages of Muscle Development

artículo científico publicado en 2006

A complex prediction: three-dimensional model of the yeast exosome.

artículo científico publicado en 2002

A comprehensive set of protein complexes in yeast: mining large scale protein-protein interaction screens

artículo científico publicado en 2003

A computational framework to integrate high-throughput ‘-omics’ datasets for the identification of potential mechanistic links

A computational screen for type I polyketide synthases in metagenomics shotgun data

artículo científico publicado en 2008

A fair comparison

artículo científico publicado en 2014

A fast, sensitive pattern-matching approach for protein sequences.

artículo científico publicado en 1993

A genome-wide survey of human pseudogenes

artículo científico publicado en 2003

A global ocean atlas of eukaryotic genes.

artículo científico publicado en 2018

A holistic approach to marine eco-systems biology

artículo científico publicado en 2011

A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing

artículo científico publicado en 2010

A hybrid protein kinase-RNase in an interferon-induced pathway?

artículo científico publicado en 1993

A large domain common to sperm receptors (Zp2 and Zp3) and TGF-beta type III receptor

artículo científico publicado en 1992

A latrophilin/CL-1-like GPS domain in polycystin-1

artículo científico publicado en 1999

A letter of comment

article published in 1996

A lipid-binding domain in Wnt: a case of mistaken identity?

artículo científico publicado en 1999

A method and server for predicting damaging missense mutations

artículo científico publicado en 2010

A module of the DnaJ heat shock proteins found in malaria parasites

artículo científico publicado en 1992

A molecular study of microbe transfer between distant environments

artículo científico publicado en 2008

A network of conserved co-occurring motifs for the regulation of alternative splicing

artículo científico publicado en 2010

A new family of carbon-nitrogen hydrolases

artículo científico publicado en 1994

A nitrile hydratase in the eukaryote Monosiga brevicollis

artículo científico publicado en 2008

A novel RNA-binding motif in omnipotent suppressors of translation termination, ribosomal proteins and a ribosome modification enzyme?

artículo científico publicado en 1994

A novel transactivation domain in parkin

A phosphotyrosine interaction domain

artículo científico publicado en 1995

A phylogeny-based benchmarking test for orthology inference reveals the limitations of function-based validation

artículo científico publicado en 2014

A protocol for the systematic and quantitative measurement of protein-lipid interactions using the liposome-microarray-based assay

artículo científico publicado en 2016

A protocol for the update of references to scientific literature in biological databases.

artículo científico publicado en 2003

A putative nucleic acid-binding domain in Bloom's and Werner's syndrome helicases

artículo científico publicado en 1997

A quantitative liposome microarray to systematically characterize protein-lipid interactions

artículo científico publicado en 2013

A side effect resource to capture phenotypic effects of drugs

artículo científico publicado en 2010

A systematic screen for protein-lipid interactions in Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2010

A versatile structural domain analysis server using profile weight matrices

artículo científico publicado en 2002

AMOP, a protein module alternatively spliced in cancer cells

scientific article published on 01 March 2002

AQUA: automated quality improvement for multiple sequence alignments

artículo científico publicado en 2009

ASTD: The Alternative Splicing and Transcript Diversity database

artículo científico publicado en 2008

Accurate and universal delineation of prokaryotic species

artículo científico publicado en 2013

Alternative splicing and evolution ⬇️

artículo científico publicado el 1 de noviembre de 2003

Alternative splicing and genome complexity

artículo científico publicado en 2001

Alternative splicing of human genes: more the rule than the exception?

artículo científico publicado en 1999

An ATPase domain common to prokaryotic cell cycle proteins, sugar kinases, actin, and hsp70 heat shock proteins ⬇️

artículo científico publicado el 15 de agosto de 1992

An adhesive domain detected in functionally diverse receptors

artículo científico publicado en 1993

An expanding family of helicases within the 'DEAD/H' superfamily

artículo científico publicado en 1993

An integrated approach for genome annotation of the eukaryotic thermophile Chaetomium thermophilum

artículo científico publicado en 2014

An integrated catalog of reference genes in the human gut microbiome

artículo científico publicado en 2014

Analysis of genomic context: prediction of functional associations from conserved bidirectionally transcribed gene pairs

artículo científico publicado en 2004

Ancient animal microRNAs and the evolution of tissue identity

artículo científico publicado en 2010

Ancient duplication of DNA polymerase inferred from analysis of complete bacterial genomes

artículo científico publicado en 1996

Ancient duplication of DNA polymerase inferred from analysis of complete bacterial genomes

article

Annotation of the M. tuberculosis hypothetical orfeome: adding functional information to more than half of the uncharacterized proteins

artículo científico publicado en 2012

Anopheles gambiae pilot gene discovery project: identification of mosquito innate immunity genes from expressed sequence tags generated from immune-competent cell lines

artículo científico publicado en 2000

Antibiotics-induced monodominance of a novel gut bacterial order

artículo científico publicado en 2019

Applying motif and profile searches

artículo científico publicado en 1996

Assessing systems properties of yeast mitochondria through an interaction map of the organelle

artículo científico publicado en 2006

Assessment of metagenomic assembly using simulated next generation sequencing data

artículo científico publicado en 2012

Association of genes to genetically inherited diseases using data mining

artículo científico publicado en 2002

Associative database of protein sequences

artículo científico publicado en 1999

Author Correction: Imidazole propionate is increased in diabetes and associated with dietary patterns and altered microbial ecology

artículo científico publicado en 2020

Author Correction: Metagenomic analysis of colorectal cancer datasets identifies cross-cohort microbial diagnostic signatures and a link with choline degradation

scientific article published on 01 December 2019

Automated annotation of GPI anchor sites: case study C. elegans.

artículo científico publicado en 2000

Automated extraction of information in molecular biology

artículo científico publicado en 2000

BLAST2GENE: a comprehensive conversion of BLAST output into independent genes and gene fragments

artículo científico publicado en 2004

BRCA1 protein products ... Functional motifs...

artículo científico publicado en 1996

BSD: a novel domain in transcription factors and synapse-associated proteins

artículo científico publicado en 2002

Bacterial antisense RNAs are mainly the product of transcriptional noise

artículo científico publicado en 2016

Bioaccumulation of therapeutic drugs by human gut bacteria

artículo científico publicado en 2021

Bioinformatics Analysis of Functional Associations of PTMs.

artículo científico publicado en 2017

Bioinformatics and molecular medicine--introduction and call for papers

artículo científico publicado en 1997

Bioinformatics in the post-sequence era.

artículo científico publicado en 2003

Biosynthetic potential of the global ocean microbiome

artículo científico publicado en 2022

CART-a chemical annotation retrieval toolkit

artículo científico publicado en 2016

CASH--a beta-helix domain widespread among carbohydrate-binding proteins

artículo científico publicado en 2002

Capturing protein communities by structural proteomics in a thermophilic eukaryote.

artículo científico publicado en 2017

Cell type-specific nuclear pores: a case in point for context-dependent stoichiometry of molecular machines

artículo científico publicado en 2013

Cell-specific proteome analyses of human bone marrow reveal molecular features of age-dependent functional decline

artículo científico publicado en 2018

Challenging times for bioinformatics

artículo científico publicado en 1995

Characterization of a novel protein-binding module--the WW domain

artículo científico publicado en 1995

Characterization of drug-induced transcriptional modules: towards drug repositioning and functional understanding

artículo científico publicado en 2013

Characterization of targeting domains by sequence analysis: glycogen-binding domains in protein phosphatases.

artículo científico publicado en 1998

Characterization of the mammalian YAP (Yes-associated protein) gene and its role in defining a novel protein module, the WW domain

artículo científico publicado en 1995

Charting the proteomes of organisms with unsequenced genomes by MALDI-quadrupole time-of-flight mass spectrometry and BLAST homology searching

artículo científico publicado en 2001

Circular reasoning rather than cyclic expression

artículo científico publicado en 2008

Classification and quantification of bacteriophage taxa in human gut metagenomes

artículo científico publicado en 2014

Cloning of a gene from Bacillus cereus with homology to the mreB gene from Escherichia coli

artículo científico publicado en 1992

Co-evolution of transcriptional and post-translational cell-cycle regulation

artículo científico publicado en 2006

Colorectal Cancer and the Human Gut Microbiome: Reproducibility with Whole-Genome Shotgun Sequencing.

artículo científico publicado en 2016

Comments on "Human dominant disease genes are enriched in paralogs originating from whole genome duplication".

artículo científico publicado en 2014

Common exon duplication in animals and its role in alternative splicing

artículo científico publicado en 2002

Community‐Level Responses to Iron Availability in Open Ocean Plankton Ecosystems

article

Comparative Genome Analysis of the Mollicutes

Comparative analysis of environmental sequences: potential and challenges

artículo científico publicado en 2006

Comparative analysis of protein interaction networks

article

Comparative architectures of mammalian and chicken genomes reveal highly variable rates of genomic rearrangements across different lineages

artículo científico publicado en 2004

Comparative genome and proteome analysis of Anopheles gambiae and Drosophila melanogaster

artículo científico publicado en 2002

Comparative genomic analysis in the region of a major Plasmodium-refractoriness locus of Anopheles gambiae

artículo científico publicado en 2002

Comparison of CD45 extracellular domain sequences from divergent vertebrate species suggests the conservation of three fibronectin type III domains

artículo científico publicado en 1996

Comparison of computational methods for the identification of cell cycle-regulated genes

artículo científico publicado en 2004

Complement components C1r/C1s, bone morphogenic protein 1 and Xenopus laevis developmentally regulated protein UVS.2 share common repeats

artículo científico publicado en 1991

Complex genomic rearrangements lead to novel primate gene function

artículo científico publicado en 2005

Comprehensive sequence analysis of the 182 predicted open reading frames of yeast chromosome III.

artículo científico publicado en 1992

Computational characterization of multiple Gag-like human proteins

artículo científico publicado en 2006

Computational eco-systems biology in Tara Oceans: translating data into knowledge

artículo científico publicado en 2015

Computing fuzzy associations for the analysis of biological literature.

artículo científico publicado en 2002

Conformational stability studies of the pleckstrin DEP domain: definition of the domain boundaries.

artículo científico publicado en 1998

Consent insufficient for data release-Response

artículo científico publicado en 2019

Conservation of gene co-regulation in prokaryotes and eukaryotes

article

Conservation of gene order: a fingerprint of proteins that physically interact

artículo científico publicado en 1998

Consistency of genome-based methods in measuring Metazoan evolution

artículo científico publicado en 2005

Consistent mutational paths predict eukaryotic thermostability

artículo científico publicado en 2013

Convergent evolution of similar enzymatic function on different protein folds: the hexokinase, ribokinase, and galactokinase families of sugar kinases

artículo científico publicado en 1993

Copy number variation analysis and targeted NGS in 77 families with suspected Lynch syndrome reveals novel potential causative genes

artículo científico publicado en 2018

Correction: LotuS: an efficient and user-friendly OTU processing pipeline.

artículo científico publicado en 2014

Correspondence

Corrigendum: Disentangling type 2 diabetes and metformin treatment signatures in the human gut microbiota

artículo científico publicado en 2017

Corrigendum: Minimum information about a single amplified genome (MISAG) and a metagenome-assembled genome (MIMAG) of bacteria and archaea

artículo científico publicado en 2018

Corrigendum: Minimum information about a single amplified genome (MISAG) and a metagenome-assembled genome (MIMAG) of bacteria and archaea

article

Country-specific antibiotic use practices impact the human gut resistome

artículo científico publicado en 2013

Coupling proteomics and metabolomics for the unsupervised identification of protein-metabolite interactions in Chaetomium thermophilum

artículo científico publicado en 2021

Cross-talk between phosphorylation and lysine acetylation in a genome-reduced bacterium.

artículo científico publicado en 2012

Cryptic and abundant marine viruses at the evolutionary origins of Earth’s RNA virome

artículo científico publicado en 2022

Cyanobacterial symbionts diverged in the late Cretaceous towards lineage-specific nitrogen fixation factories in single-celled phytoplankton

artículo científico publicado en 2016

Cytoplasmic signalling domains: the next generation

artículo científico publicado en 1997

DCD - a novel plant specific domain in proteins involved in development and programmed cell death

artículo científico publicado en 2005

DDT – a novel domain in different transcription and chromosome remodeling factors

artículo científico publicado en 2001

Deciphering a global network of functionally associated post-translational modifications

artículo científico publicado en 2012

Deep ocean metagenomes provide insight into the metabolic architecture of bathypelagic microbial communities

artículo científico publicado en 2021

Defining a minimal cell: essentiality of small ORFs and ncRNAs in a genome-reduced bacterium

artículo científico publicado en 2015

Detection of coding microsatellite frameshift mutations in DNA mismatch repair-deficient mouse intestinal tumors

artículo científico publicado en 2014

Dietary Modulation of Gut Microbiota Contributes to Alleviation of Both Genetic and Simple Obesity in Children

artículo científico publicado en 2015

Differential genome analysis applied to the species-specific features of Helicobacter pylori

artículo científico publicado en 1998

Differential genome display

scientific article published on 01 October 1997

Discovering functional novelty in metagenomes: examples from light-mediated processes

artículo científico publicado en 2008

Discovery and validation of the antimetastatic activity of citalopram in colorectal cancer

artículo científico publicado en 2015

Discovery, scoring and utilization of human single nucleotide polymorphisms: a multidisciplinary problem

Disentangling Genetic and Environmental Effects on the Proteotypes of Individuals

artículo científico publicado en 2019

Disentangling the impact of environmental and phylogenetic constraints on prokaryotic within-species diversity

artículo científico publicado en 2020

Disentangling type 2 diabetes and metformin treatment signatures in the human gut microbiota

artículo científico publicado en 2015

Dispersal strategies shape persistence and evolution of human gut bacteria

publication published on 09 June 2021

Divergent evolution of a beta/alpha-barrel subclass: detection of numerous phosphate-binding sites by motif search

artículo científico publicado en 1995

Diversity within species: interpreting strains in microbiomes

scientific article published on 04 June 2020

Domain organization of Mac-2 binding protein and its oligomerization to linear and ring-like structures

Domains in plexins: links to integrins and transcription factors

artículo científico publicado en 1999

Drosophila kelch motif is derived from a common enzyme fold

artículo científico publicado en 1994

Drug discovery in the age of systems biology: the rise of computational approaches for data integration.

artículo científico publicado en 2011

Drug target identification using side-effect similarity

artículo científico publicado en 2008

Drug-induced regulation of target expression

artículo científico publicado en 2010

Durable coexistence of donor and recipient strains after fecal microbiota transplantation.

artículo científico publicado en 2016

DvD: An R/Cytoscape pipeline for drug repurposing using public repositories of gene expression data.

artículo científico publicado en 2012

ELM server: A new resource for investigating short functional sites in modular eukaryotic proteins

artículo científico publicado en 2003

EST analysis online: WWW tools for detection of SNPs and alternative splice forms.

artículo científico publicado en 2000

EST comparison indicates 38% of human mRNAs contain possible alternative splice forms.

artículo científico publicado en 2000

ETE 3: Reconstruction, Analysis, and Visualization of Phylogenomic Data.

artículo científico publicado en 2016

Ecogenomics and biogeochemical impacts of uncultivated globally abundant ocean viruses

Ecogenomics and potential biogeochemical impacts of globally abundant ocean viruses

artículo científico publicado en 2016

Efficacy of Bifidobacterium longum, B. infantis and Lactobacillus acidophilus probiotics to prevent gut dysbiosis in preterm infants of 28+0-32+6 weeks of gestation: a randomised, placebo-controlled, double-blind, multicentre trial: the PRIMAL Clini

scientific article published on 21 November 2019

Energy efficiency trade-offs drive nucleotide usage in transcribed regions

artículo científico publicado en 2016

Enhanced function annotations for Drosophila serine proteases: A case study for systematic annotation of multi-member gene families

artículo científico publicado en 2008

Enrichment of gut microbiome strains for cultivation-free genome sequencing using droplet microfluidics

artículo científico publicado en 2022

Enterotypes in the landscape of gut microbial community composition.

artículo científico publicado en 2017

Enterotypes of the human gut microbiome

artículo científico publicado en 2011

Enterotypes of the human gut microbiome

artículo científico publicado en 2011

Environments shape the nucleotide composition of genomes

artículo científico publicado en 2005

Epidermal growth factor-like modules

article by Iain D. Campbell & Peer Bork published June 1993 in Current Opinion in Structural Biology

Erratum: Addendum: Enterotypes of the human gut microbiome

artículo científico publicado en 2014

Erratum: Classification and quantification of bacteriophage taxa in human gut metagenomes

scholarly article by Alison S Waller et al published 24 June 2014 in The ISME Journal

Estimating rates of alternative splicing in mammals and invertebrates

article

Eukaryotic signalling domain homologues in archaea and bacteria. Ancient ancestry and horizontal gene transfer

artículo científico publicado en 1999

Evaluation of human-readable annotation in biomolecular sequence databases with biological rule libraries

artículo científico publicado en 1999

Evolution and functional cross-talk of protein post-translational modifications

artículo científico publicado en 2013

Evolution and regulation of cellular periodic processes: a role for paralogues

artículo científico publicado en 2010

Evolution of Cell Cycle Control: Same Molecular Machines, Different Regulation

artículo científico publicado en 2007

Evolution of biomolecular networks: lessons from metabolic and protein interactions

artículo científico publicado en 2009

Evolution of domain families

artículo científico publicado en 2000

Evolution of new protein function: recombinational enhancer Fis originated by horizontal gene transfer from the transcriptional regulator NtrC

article

Evolution of prokaryotic gene order: genome rearrangements in closely related species.

artículo científico publicado en 2001

Evolution of the phospho-tyrosine signaling machinery in premetazoan lineages

artículo científico publicado en 2008

Evolution of tuf genes: ancient duplication, differential loss and gene conversion

artículo científico publicado en 2001

Evolutionarily mobile modules in proteins.

artículo científico publicado en 1993

Exopolyphosphate phosphatase and guanosine pentaphosphate phosphatase belong to the sugar kinase/actin/hsp 70 superfamily

artículo científico publicado en 1993

Experimental characterization of the human non-sequence-specific nucleic acid interactome

artículo científico publicado en 2013

Exploitation of gene context

artículo científico publicado en 2000

Exploring MEDLINE abstracts with XplorMed

artículo científico publicado en 2002

Exploring nucleo-cytoplasmic large DNA viruses in Tara Oceans microbial metagenomes

artículo científico publicado en 2013

Exploring the Mycoplasma capricolum genome: a minimal cell reveals its physiology

artículo científico publicado en 1995

Extensive Transmission of Microbes along the Gastrointestinal Tract

article

Extensive impact of non-antibiotic drugs on human gut bacteria.

artículo científico publicado en 2018

Extensive transmission of microbes along the gastrointestinal tract

article

Extraction of regulatory gene/protein networks from Medline

artículo científico publicado en 2005

Extraction of transcript diversity from scientific literature

artículo científico publicado en 2005

FMN- or DNA-binding?

artículo científico publicado en 1994

Fast genome-wide functional annotation through orthology assignment by eggNOG-mapper

artículo científico

Fast genome-wide functional annotation through orthology assignment by eggNOG-mapper

article

Fibronectin type III modules in the receptor phosphatase CD45 and tapeworm antigens

artículo científico publicado en 1993

Filling in the gaps

artículo científico publicado en 2001

Frame: detection of genomic sequencing errors.

artículo científico

Frameshift mutations in coding repeats of protein tyrosine phosphatase genes in colorectal tumors with microsatellite instability

artículo científico publicado en 2008

Frameshift peptide-derived T-cell epitopes: a source of novel tumor-specific antigens

artículo científico publicado en 2001

Friedreich's ataxia protein: phylogenetic evidence for mitochondrial dysfunction

article

From genome sequences to protein function

Function prediction and protein networks

artículo científico publicado en 2003

Functional and evolutionary insights from the genomes of three parasitoid Nasonia species

artículo científico publicado en 2010

Functional clues for hypothetical proteins based on genomic context analysis in prokaryotes

artículo científico publicado en 2004

Functional genomic analysis of cell division in C. elegans using RNAi of genes on chromosome III

artículo científico publicado en 2000

Functional organization of the yeast proteome by systematic analysis of protein complexes

artículo científico publicado en 2002

Functional repertoire convergence of distantly related eukaryotic plankton lineages abundant in the sunlit ocean

scientific article published in 2022

G2D: a tool for mining genes associated with disease

artículo científico publicado en 2005

GEAR: A database of Genomic Elements Associated with drug Resistance

artículo científico publicado en 2017

GENOME MAPS 8: Building Gene Families

artículo científico publicado en 1997

GRAM, a novel domain in glucosyltransferases, myotubularins and other putative membrane-associated proteins

artículo científico publicado en 2000

GUNC: detection of chimerism and contamination in prokaryotic genomes

artículo científico publicado en 2021

Gene Expression Changes and Community Turnover Differentially Shape the Global Ocean Metatranscriptome

artículo científico publicado en 2019

Gene annotation from scientific literature using mappings between keyword systems

artículo científico

Gene context conservation of a higher order than operons.

artículo científico publicado en 2000

Gene expression profiling of the rat superior olivary complex using serial analysis of gene expression

artículo científico publicado en 2004

GeneQuiz: a workbench for sequence analysis.

artículo científico

Generation and annotation of the DNA sequences of human chromosomes 2 and 4

artículo científico publicado en 2005

Genome and protein evolution in eukaryotes

artículo científico publicado en 2002

Genome evolution

artículo científico publicado en 2000

Genome evolution reveals biochemical networks and functional modules

artículo científico publicado en 2003

Genome phylogeny based on gene content

artículo científico publicado en 1999

Genome sequence of the Brown Norway rat yields insights into mammalian evolution

artículo científico publicado en 2004

Genome speak

scientific article published in Nature

Genome-wide experimental determination of barriers to horizontal gene transfer.

artículo científico publicado en 2007

Genomes in Flux: The Evolution of Archaeal and Proteobacterial Gene Content

article

Genomic variation landscape of the human gut microbiome

artículo científico publicado en 2012

Get the most out of your metagenome: computational analysis of environmental sequence data

artículo científico publicado en 2007

Global analysis of bacterial transcription factors to predict cellular target processes

artículo científico publicado en 2004

Global genetic capacity for mixotrophy in marine picocyanobacteria

artículo científico publicado en 2016

Glycogen accumulation, central carbon metabolism, and aging of hematopoietic stem and progenitor cells

artículo científico publicado en 2020

Go hunting in sequence databases but watch out for the traps

artículo científico publicado en 1996

Gut Microbiota Linked to Sexual Preference and HIV Infection.

artículo científico publicado en 2016

Gut microbiota composition is associated with environmental landscape in honey bees.

artículo científico publicado en 2017

Gut microbiota differs between children with Inflammatory Bowel Disease and healthy siblings in taxonomic and functional composition: a metagenomic analysis

artículo científico publicado en 2016

HEAT repeats in the Huntington's disease protein

artículo científico publicado en 1995

Heat shock protein-90-alpha, a prolactin-STAT5 target gene identified in breast cancer cells, is involved in apoptosis regulation

artículo científico publicado en 2008

High-resolution transcription atlas of the mitotic cell cycle in budding yeast

artículo científico publicado en 2010

Histone Deacetylase Inhibitors (HDACi) Cause the Selective Depletion of Bromodomain Containing Proteins (BCPs).

artículo científico publicado en 2015

Homology among (betaalpha)(8) barrels: implications for the evolution of metabolic pathways

artículo científico publicado en 2000

Homology-based fold predictions for Mycoplasma genitalium proteins

artículo científico publicado en 1998

Homology-based functional proteomics by mass spectrometry: application to the Xenopus microtubule-associated proteome

artículo científico publicado en 2004

Homology-based gene prediction using neural nets.

artículo científico publicado en 1998

Homology-based method for identification of protein repeats using statistical significance estimates.

artículo científico publicado en 2000

Human gut microbes impact host serum metabolome and insulin sensitivity

artículo científico publicado en 2016

Human monogenic disease genes have frequently functionally redundant paralogs

artículo científico publicado en 2013

Human non-synonymous SNPs: server and survey

artículo científico publicado en 2002

Hundreds of ankyrin-like repeats in functionally diverse proteins: mobile modules that cross phyla horizontally?

artículo científico publicado en 1993

Ice-Age Climate Adaptations Trap the Alpine Marmot in a State of Low Genetic Diversity.

artículo científico publicado en 2019

Identical variant TSG101 transcripts in soft tissue sarcomas and various non-neoplastic tissues

artículo científico publicado en 1998

Identical variantTSG101 transcripts in soft tissue sarcomas and various non-neoplastic tissues

scholarly article by Frank Willeke published in December 1998

Identification and analysis of genes and pseudogenes within duplicated regions in the human and mouse genomes

artículo científico publicado en 2006

Identification and assembly of genomes and genetic elements in complex metagenomic samples without using reference genomes

artículo científico publicado en 2014

Identification and characterization of UEV3, a human cDNA with similarities to inactive E2 ubiquitin-conjugating enzymes

artículo científico publicado en 2002

Identification and mutation analysis of the complete gene for Chediak-Higashi syndrome

artículo científico publicado en 1996

Identification of Residues within the SHC Phosphotyrosine Binding/Phosphotyrosine Interaction Domain Crucial for Phosphopeptide Interaction

artículo científico publicado en 1996

Identification of metabolites from tandem mass spectra with a machine learning approach utilizing structural features

scholarly article published 11 March 2019

Identification of metabolites from tandem mass spectra with a machine learning approach utilizing structural features

artículo científico publicado en 2020

Identification of tightly regulated groups of genes during Drosophila melanogaster embryogenesis

artículo científico publicado en 2007

Identifying single copy orthologs in Metazoa

artículo científico publicado en 2011

Imidazole propionate is increased in diabetes and associated with dietary patterns and altered microbial ecology

artículo científico publicado en 2020

Immunity-related genes and gene families in Anopheles gambiae

artículo científico publicado en 2002

Impact of genome reduction on bacterial metabolism and its regulation.

artículo científico publicado en 2009

Impact of selection, mutation rate and genetic drift on human genetic variation.

artículo científico publicado en 2003

Impairment of gut microbial biotin metabolism and host biotin status in severe obesity: effect of biotin and prebiotic supplementation on improved metabolism

In situ structural analysis of the human nuclear pore complex

artículo científico publicado en 2015

Increase of functional diversity by alternative splicing

artículo científico publicado en 2003

Individual variation in protein-coding sequences of human genome

artículo científico publicado en 2000

Individuality and temporal stability of the human gut microbiome.

artículo científico publicado en 2013

Information extraction from full text scientific articles: where are the keywords?

artículo científico publicado en 2003

Initial sequencing and analysis of the human genome

artículo científico publicado en 2001

Initial sequencing and comparative analysis of the mouse genome

artículo científico publicado en 2002

Insight into structure and assembly of the nuclear pore complex by utilizing the genome of a eukaryotic thermophile

artículo científico publicado en 2011

Integrated Transcriptome and Proteome Analyses Reveal Organ-Specific Proteome Deterioration in Old Rats

artículo científico publicado en 2015

Integration of genome data and protein structures: prediction of protein folds, protein interactions and "molecular phenotypes" of single nucleotide polymorphisms

artículo científico publicado en 2001

Inter-individual differences in the gene content of human gut bacterial species

artículo científico publicado en 2015

InterPro in 2011: new developments in the family and domain prediction database

artículo científico publicado en 2012

InterPro in 2011: new developments in the family and domain prediction database

artículo científico publicado en 2012

InterPro in 2017-beyond protein family and domain annotations

artículo científico publicado en 2016

InterPro in 2019: improving coverage, classification and access to protein sequence annotations

article by Alex Mitchell et al published 6 November 2018 in Nucleic Acids Research

InterPro, progress and status in 2005

artículo científico publicado en 2005

InterPro: an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites

artículo científico publicado en 2002

InterPro: the integrative protein signature database

artículo científico publicado en 2009

Interactive Tree Of Life (iTOL) v4: recent updates and new developments

artículo científico publicado en 2019

Interactive Tree Of Life (iTOL) v5: an online tool for phylogenetic tree display and annotation

artículo científico publicado en 2021

Interactive Tree Of Life (iTOL): an online tool for phylogenetic tree display and annotation

artículo científico publicado en 2007

Interactive Tree Of Life v2: online annotation and display of phylogenetic trees made easy ⬇️

artículo científico publicado el 5 de abril de 2011

Interactive tree of life (iTOL) v3: an online tool for the display and annotation of phylogenetic and other trees

artículo científico publicado en 2016

Intestinal microbiome is related to lifetime antibiotic use in Finnish pre-school children

artículo científico publicado en 2016

Inversions and the dynamics of eukaryotic gene order

artículo científico publicado en 2001

Is there biological research beyond Systems Biology? A comparative analysis of terms

artículo científico publicado en 2005

KEGG Atlas mapping for global analysis of metabolic pathways

artículo científico publicado en 2008

L27, a novel heterodimerization domain in receptor targeting proteins Lin-2 and Lin-7.

artículo científico publicado en 2000

LSAT: learning about alternative transcripts in MEDLINE.

artículo científico

Landscape of mobile genetic elements and their antibiotic resistance cargo in prokaryotic genomes

artículo científico publicado en 2022

Large gene overlaps in prokaryotic genomes: result of functional constraints or mispredictions?

artículo científico publicado en 2008

Large-scale prediction of drug-target relationships

artículo científico publicado en 2008

Lipid Cooperativity as a General Membrane-Recruitment Principle for PH Domains

artículo científico publicado en 2015

Literature mining for the biologist: from information retrieval to biological discovery

artículo científico publicado en 2006

LotuS: an efficient and user-friendly OTU processing pipeline.

artículo científico publicado en 2014

Luminal signalling links cell communication to tissue architecture during organogenesis.

artículo científico publicado en 2014

MOCAT2: a metagenomic assembly, annotation and profiling framework

artículo científico publicado en 2016

MOCAT: a metagenomics assembly and gene prediction toolkit

artículo científico publicado en 2012

MVP: a microbe-phage interaction database.

artículo científico publicado en 2017

Measuring genome evolution

artículo científico publicado en 1998

Mechismo: predicting the mechanistic impact of mutations and modifications on molecular interactions.

artículo científico publicado en 2014

Medusa: a simple tool for interaction graph analysis

artículo científico publicado en 2005

Merging extracellular domains: fold prediction for laminin G-like and amino-terminal thrombospondin-like modules based on homology to pentraxins

artículo científico publicado en 1998

Meta-analysis of fecal metagenomes reveals global microbial signatures that are specific for colorectal cancer

artículo científico publicado en 2019

Metabolic anchor reactions for robust biorefining

artículo científico publicado en 2017

Metabolic dependencies drive species co-occurrence in diverse microbial communities

artículo científico publicado en 2015

Metabolism and evolution of Haemophilus influenzae deduced from a whole-genome comparison with Escherichia coli

artículo científico publicado en 1996

Metabolites: a helping hand for pathway evolution?

artículo científico publicado en 2003

Metagenomic 16S rDNA Illumina tags are a powerful alternative to amplicon sequencing to explore diversity and structure of microbial communities

artículo científico publicado en 2013

Metagenomic analysis of colorectal cancer datasets identifies cross-cohort microbial diagnostic signatures and a link with choline degradation

artículo científico publicado en 2019

Metagenomic analysis of gut microbial communities from a Central Asian population

article

Metagenomic assessment of the global distribution of bacteria and fungi

artículo científico publicado en 2020

Metagenomic insights into the human gut resistome and the forces that shape it.

artículo científico

Metagenomic species profiling using universal phylogenetic marker genes

artículo científico publicado en 2013

Microbial abundance, activity and population genomic profiling with mOTUs2

artículo científico publicado en 2019

Microbiome and metabolome features of the cardiometabolic disease spectrum

artículo científico publicado en 2022

Millimeter-scale genetic gradients and community-level molecular convergence in a hypersaline microbial mat

artículo científico publicado en 2008

Minimum Information about an Uncultivated Virus Genome (MIUViG)

artículo científico publicado en 2018

Minimum information about a marker gene sequence (MIMARKS) and minimum information about any (x) sequence (MIxS) specifications

artículo científico publicado en 2011

Minimum information about a single amplified genome (MISAG) and a metagenome-assembled genome (MIMAG) of bacteria and archaea.

artículo científico publicado en 2017

Molecular characterization of a cDNA encoding functional human CLK4 kinase and localization to chromosome 5q35 [correction of 4q35].

artículo científico publicado en 2001

Molecular eco-systems biology: towards an understanding of community function

artículo científico publicado en 2008

More than 1,000 putative new human signalling proteins revealed by EST data mining

artículo científico publicado en 2000

More von Willebrand factor type A domains? Sequence similarities with malaria thrombospondin-related anonymous protein, dihydropyridine-sensitive calcium channel and inter-α-trypsin inhibitor ⬇️

artículo científico publicado el 1 de noviembre de 1991

Mother-to-Infant Microbial Transmission from Different Body Sites Shapes the Developing Infant Gut Microbiome

article

NAIL--Network Analysis Interface for Linking HMMER results

article

NEAT: a domain duplicated in genes near the components of a putative Fe3+ siderophore transporter from Gram-positive pathogenic bacteria

artículo científico publicado en 2002

NFDI4Microbiota – national research data infrastructure for microbiota research

NG-meta-profiler: fast processing of metagenomes using NGLess, a domain-specific language

NG-meta-profiler: fast processing of metagenomes using NGLess, a domain-specific language.

artículo científico publicado en 2019

Nanoelectrospray tandem mass spectrometry and sequence similarity searching for identification of proteins from organisms with unknown genomes

artículo científico publicado en 2003

Network neighbors of drug targets contribute to drug side-effect similarity

artículo científico publicado en 2011

New developments in the InterPro database

artículo científico publicado en 2007

Newly designed 16S rRNA metabarcoding primers amplify diverse and novel archaeal taxa from the environment

artículo científico publicado en 2018

No Sec7-homology domain in guanine-nucleotide-exchange factors that act on Ras and Rho

scientific article published on 01 May 1999

Non-orthologous gene displacement

scientific article published on 01 September 1996

Non-random retention of protein-coding overlapping genes in Metazoa

artículo científico publicado en 2008

Nonsense-mediated mRNA decay factors act in concert to regulate common mRNA targets

artículo científico publicado en 2005

Nonsense-mediated mRNA decay in Drosophila: at the intersection of the yeast and mammalian pathways

artículo científico publicado en 2003

Novel drug candidates for the treatment of metastatic colorectal cancer through global inverse gene-expression profiling

artículo científico publicado en 2014

Novel protein domains and repeats in Drosophila melanogaster: insights into structure, function, and evolution

artículo científico publicado en 2001

Nutritional preferences of human gut bacteria reveal their metabolic idiosyncrasies

artículo científico publicado en 2018

OGEE v2: an update of the online gene essentiality database with special focus on differentially essential genes in human cancer cell lines

artículo científico publicado en 2017

OGEE v3: Online GEne Essentiality database with increased coverage of organisms and human cell lines

artículo científico publicado en 2020

OGEE: an online gene essentiality database

artículo científico publicado en 2011

Ocean plankton. Determinants of community structure in the global plankton interactome

artículo científico publicado en 2015

Ocean plankton. Environmental characteristics of Agulhas rings affect interocean plankton transport

artículo científico publicado en 2015

Ocean plankton. Eukaryotic plankton diversity in the sunlit ocean

artículo científico publicado en 2015

Ocean plankton. Patterns and ecological drivers of ocean viral communities

artículo científico publicado en 2015

Ocean plankton. Structure and function of the global ocean microbiome

artículo científico publicado en 2015

On alpha-helices terminated by glycine. 1. Identification of common structural features.

artículo científico publicado en 1991

On the classification and evolution of protein modules

artículo científico

On the classification of modular proteins

artículo científico publicado en 1996

On α-helices terminated by glycine

article

Ontologies in Quantitative Biology: A Basis for Comparison, Integration, and Discovery

artículo científico publicado en 2010

Operon structure and cotranslational subunit association direct protein assembly in bacteria.

artículo científico publicado en 2015

Opsins and clusters of sensory G-protein-coupled receptors in the sea urchin genome

artículo científico publicado en 2006

Orthologous gene clusters and taxon signature genes for viruses of prokaryotes

artículo científico publicado en 2012

Orthology prediction methods: a quality assessment using curated protein families

artículo científico publicado en 2011

PAL2NAL: robust conversion of protein sequence alignments into the corresponding codon alignments

artículo científico publicado en 2006

PTMcode v2: a resource for functional associations of post-translational modifications within and between proteins

artículo científico publicado en 2014

PTMcode: a database of known and predicted functional associations between post-translational modifications in proteins

artículo científico publicado en 2012

Palindromic repetitive DNA elements with coding potential in Methanocaldococcus jannaschii.

artículo científico publicado en 2005

Pathogenesis of DNA repair-deficient cancers: a statistical meta-analysis of putative Real Common Target genes

artículo científico publicado en 2003

Pervasive Protein Thermal Stability Variation during the Cell Cycle.

artículo científico publicado en 2018

Plankton networks driving carbon export in the oligotrophic ocean

artículo científico publicado en 2016

Plant nutrient-acquisition strategies drive topsoil microbiome structure and function

scientific article published on 12 April 2020

Pleckstrin's repeat performance: a novel domain in G-protein signaling?

artículo científico publicado en 1996

Pleckstrin's repeat performance: a novel domain in G-protein signaling?

Pole-to-Pole Connections: Similarities between Arctic and Antarctic Microbiomes and Their Vulnerability to Environmental Change

scientific article published in 2017

Population-level analysis ofBlastocystissubtype prevalence and variation in the human gut microbiota

artículo científico publicado en 2018

Positionally cloned human disease genes: patterns of evolutionary conservation and functional motifs

artículo científico publicado en 1997

Post-translational GPI lipid anchor modification of proteins in kingdoms of life: analysis of protein sequence data from complete genomes

artículo científico publicado en 2001

Potential of fecal microbiota for early-stage detection of colorectal cancer

artículo científico publicado en 2014

Powers and pitfalls in sequence analysis: the 70% hurdle

artículo científico publicado en 2000

Predicting biological networks from genomic data

artículo científico publicado en 2008

Predicting functions from protein sequences--where are the bottlenecks?

artículo científico publicado en 1998

Predicting protein cellular localization using a domain projection method

artículo científico publicado en 2002

Predicting protein function by genomic context: quantitative evaluation and qualitative inferences

artículo científico publicado en 2000

Prediction and identification of sequences coding for orphan enzymes using genomic and metagenomic neighbours

scientific journal article

Prediction of deleterious human alleles

artículo científico publicado en 2001

Prediction of drug combinations by integrating molecular and pharmacological data

artículo científico publicado en 2011

Prediction of effective genome size in metagenomic samples

artículo científico publicado en 2007

Prediction of nonsynonymous single nucleotide polymorphisms in human disease-associated genes

article

Prediction of potential GPI-modification sites in proprotein sequences

artículo científico publicado en 1999

Preface

Prokaryotic ancestry and gene fusion of a dual localized peroxiredoxin in malaria parasites

artículo científico publicado en 2015

Prokaryotic members of a new family of putative helicases with similarity to transcription activator SNF2.

artículo científico publicado en 1993

Proposed acquisition of an animal protein domain by bacteria ⬇️

artículo científico publicado el 1 de octubre de 1992

Protein annotation: detective work for function prediction

artículo científico publicado en 1998

Protein coding potential of retroviruses and other transposable elements in vertebrate genomes

artículo científico publicado en 2005

Protein disorder prediction: implications for structural proteomics

artículo científico publicado en 2003

Protein domain analysis in the era of complete genomes

artículo científico publicado en 2002

Protein families in multicellular organisms

artículo científico publicado en 1999

Protein function space: viewing the limits or limited by our view?

artículo científico publicado en 2007

Protein interaction networks from yeast to human

artículo científico publicado en 2004

Protein sequence motifs

artículo científico publicado en 1996

Proteome organization in a genome-reduced bacterium

scientific journal article

Proteome survey reveals modularity of the yeast cell machinery

artículo científico publicado en 2006

Publisher Correction: Enterotypes in the landscape of gut microbial community composition

artículo científico publicado en 2018

Quality analysis and integration of large-scale molecular data sets

artículo científico publicado en 2004

Quantification of insect genome divergence

scholarly article by Evgeny M. Zdobnov & Peer Bork published January 2007 in Trends in Genetics

Quantifying compartment‐associated variations of protein abundance in proteomics data

scholarly article by Luca Parca et al published July 2018 in Molecular Systems Biology

Quantifying environmental adaptation of metabolic pathways in metagenomics

artículo científico publicado en 2009

Quantitative 3D-imaging for cell biology and ecology of environmental microbial eukaryotes

artículo científico publicado en 2017

Quantitative Phylogenetic Assessment of Microbial Communities in Diverse Environments

artículo científico publicado en 2007

Quantitative Proteome Landscape of the NCI-60 Cancer Cell Lines

artículo científico publicado en 2019

Quantitative assessment of protein function prediction from metagenomics shotgun sequences

artículo científico publicado en 2007

Quest for Orthologs Entails Quest for Tree of Life: In Search of the Gene Stream

artículo científico publicado en 2015

Questioning the fetal microbiome illustrates pitfalls of low-biomass microbial studies

artículo científico publicado en 2023

REF, an evolutionary conserved family of hnRNP-like proteins, interacts with TAP/Mex67p and participates in mRNA nuclear export.

artículo científico publicado en 2000

RTK: efficient rarefaction analysis of large datasets

artículo científico publicado en 2017

RanBP2/Nup358 provides a major binding site for NXF1-p15 dimers at the nuclear pore complex and functions in nuclear mRNA export.

artículo científico publicado en 2004

Rapid proteotyping reveals cancer biology and drug response determinants in the NCI-60 cells

Re-annotating the Mycoplasma pneumoniae genome sequence: adding value, function and reading frames.

artículo científico publicado en 2000

Ready for a motif submission? A proposed checklist

artículo científico publicado en 1995

Recognition of different nucleotide-binding sites in primary structures using a property-pattern approach

artículo científico publicado en 1990

Recognition of functional regions in primary structures using a set of property patterns

artículo científico publicado en 1989

Recovery of gut microbiota of healthy adults following antibiotic exposure

scientific article published on 22 October 2018

Richness of human gut microbiome correlates with metabolic markers

artículo científico publicado en 2013

Role for urea in nitrification by polar marine Archaea

artículo científico publicado en 2012

SHOT: a web server for the construction of genome phylogenies

artículo científico publicado en 2002

SMART 4.0: towards genomic data integration

artículo científico publicado en 2004

SMART 5: domains in the context of genomes and networks

artículo científico publicado en 2006

SMART 6: recent updates and new developments

artículo científico publicado en 2009

SMART 7: recent updates to the protein domain annotation resource

artículo científico publicado en 2012

SMART, a simple modular architecture research tool: identification of signaling domains

artículo científico publicado en 1998

SMART: a web-based tool for the study of genetically mobile domains

artículo científico publicado en 2000

SMART: identification and annotation of domains from signalling and extracellular protein sequences

artículo científico

SMART: recent updates, new developments and status in 2015.

artículo científico publicado en 2014

SMART: recent updates, new developments and status in 2020

artículo científico publicado en 2020

SNP frequencies in human genes

artículo científico publicado en 2000

SPG20 is mutated in Troyer syndrome, an hereditary spastic paraplegia.

artículo científico publicado en 2002

SPRY domains in ryanodine receptors (Ca(2+)-release channels).

artículo científico publicado en 1997

STITCH 2: an interaction network database for small molecules and proteins

artículo científico publicado en 2010

STITCH 3: zooming in on protein-chemical interactions

artículo científico publicado en 2011

STITCH 4: integration of protein-chemical interactions with user data

artículo científico publicado en 2013

STITCH 5: augmenting protein–chemical interaction networks with tissue and affinity data

artículo científico publicado en 2015

STITCH: interaction networks of chemicals and proteins

artículo científico publicado en 2007

STRING 7--recent developments in the integration and prediction of protein interactions

artículo científico publicado en 2007

STRING 8--a global view on proteins and their functional interactions in 630 organisms

artículo científico publicado en 2009

STRING v10: protein-protein interaction networks, integrated over the tree of life

artículo científico publicado en 2015

STRING v11: protein–protein association networks with increased coverage, supporting functional discovery in genome-wide experimental datasets

artículo científico publicado en 2018

STRING v9.1: protein-protein interaction networks, with increased coverage and integration

artículo científico publicado en 2013

STRING: a database of predicted functional associations between proteins

artículo científico publicado en 2003

STRING: a web-server to retrieve and display the repeatedly occurring neighbourhood of a gene

artículo científico publicado en 2000

STRING: known and predicted protein-protein associations, integrated and transferred across organisms

artículo científico publicado en 2005

Salt-responsive gut commensal modulates TH17 axis and disease

artículo científico publicado en 2017

Sample Preservation and Storage Significantly Impact Taxonomic and Functional Profiles in Metaproteomics Studies of the Human Gut Microbiome

scientific article published on 19 September 2019

Secreted fringe-like signaling molecules may be glycosyltransferases.

artículo científico publicado en 1997

SelTarbase, a database of human mononucleotide-microsatellite mutations and their potential impact to tumorigenesis and immunology

artículo científico publicado en 2010

Selective maintenance of Drosophila tandemly arranged duplicated genes during evolution

artículo científico publicado en 2008

Selective maternal seeding and environment shape the human gut microbiome.

artículo científico publicado en 2018

Self-organizing hierarchic networks for pattern recognition in protein sequence

artículo científico publicado en 1996

Sequence analysis of multidomain proteins: past perspectives and future directions

artículo científico publicado en 2002

Sequence and comparative analysis of the chicken genome provide unique perspectives on vertebrate evolution

artículo científico publicado en 2004

Sequence properties of GPI-anchored proteins near the omega-site: constraints for the polypeptide binding site of the putative transamidase

scientific article published on 01 December 1998

Sequence similarities between tryptophan synthase beta subunit and other pyridoxal-phosphate-dependent enzymes.

artículo científico publicado en 1990

Sequence-based factors influencing the expression of heterologous genes in the yeast Pichia pastoris--A comparative view on 79 human genes.

artículo científico publicado en 2007

Sequence-based feature prediction and annotation of proteins

artículo científico publicado en 2009

Sequences and topology

Sequences and topology

Sequences and topology Deriving biological knowledge from genomic sequences

Shared components of protein complexes--versatile building blocks or biochemical artefacts?

artículo científico publicado en 2004

Shotgun metagenomes and multiple primer pair-barcode combinations of amplicons reveal biases in metabarcoding analyses of fungi

artículo científico publicado en 2015

Shuffled domains in extracellular proteins ⬇️

artículo científico publicado el 29 de julio de 1991

Similar gene expression profiles do not imply similar tissue functions

artículo científico publicado en 2006

Similarity of the dog and human gut microbiomes in gene content and response to diet.

artículo científico publicado en 2018

Single-cell genomics of multiple uncultured stramenopiles reveals underestimated functional diversity across oceans

artículo científico publicado en 2018

Sircah: a tool for the detection and visualization of alternative transcripts

artículo científico publicado en 2008

SmashCell: a software framework for the analysis of single-cell amplified genome sequences

artículo científico publicado en 2010

SmashCommunity: a metagenomic annotation and analysis tool

artículo científico publicado en 2010

Spatiotemporal variation of mammalian protein complex stoichiometries.

artículo científico publicado en 2016

Species-specific activity of antibacterial drug combinations

scientific article published in Nature

Sperm-Egg Binding Protein or Proto-Oncogene?

artículo científico publicado en 1996

Splicing factors stimulate polyadenylation via USEs at non-canonical 3' end formation signals

artículo científico publicado en 2007

Spore number control and breeding inSaccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2005

Standardized benchmarking in the quest for orthologs

artículo científico publicado en 2016

Statin therapy is associated with lower prevalence of gut microbiota dysbiosis

scientific article published on 06 May 2020

Structural analysis of protein-ligand interactions: the binding of endogenous compounds and of synthetic drugs

article

Structural genomics of human proteins--target selection and generation of a public catalogue of expression clones

artículo científico publicado en 2005

Structural motifs of the PKD1 protein

artículo científico publicado en 1996

Structural similarity to bridge sequence space: finding new families on the bridges

artículo científico publicado en 2005

Structure and distribution of modules in extracellular proteins

artículo científico publicado en 1996

Structure and function of the global topsoil microbiome

artículo científico publicado en 2018

Structure-based assembly of protein complexes in yeast

artículo científico publicado en 2004

Subspecies in the global human gut microbiome.

artículo científico publicado en 2017

SuperTarget and Matador: resources for exploring drug-target relationships

artículo científico publicado en 2007

Systematic Discovery of In Vivo Phosphorylation Networks

artículo científico publicado en 2007

Systematic association of genes to phenotypes by genome and literature mining

artículo científico publicado en 2005

Systematic discovery of analogous enzymes in thiamin biosynthesis

artículo científico publicado en 2003

Systematic genomic screening and analysis of mRNA in untranslated regions and mRNA precursors: combining experimental and computational approaches

artículo científico publicado en 1998

Systematic identification of genes with coding microsatellites mutated in DNA mismatch repair-deficient cancer cells.

artículo científico publicado en 2001

Systematic identification of novel protein domain families associated with nuclear functions

artículo científico publicado en 2002

Systematic identification of phosphorylation-mediated protein interaction switches

artículo científico publicado en 2017

Systematic identification of proteins that elicit drug side effects

artículo científico publicado en 2014

Tara Oceans studies plankton at planetary scale

artículo científico publicado en 2015

Tara Oceans: towards global ocean ecosystems biology

artículo científico publicado en 2020

Target-specific requirements for enhancers of decapping in miRNA-mediated gene silencing

artículo científico publicado en 2007

Teamed up for transcription

artículo científico publicado en 2002

Temporal and technical variability of human gut metagenomes

artículo científico publicado en 2015

The CUB domain. A widespread module in developmentally regulated proteins

artículo científico publicado en 1993

The Combination of X-Ray Crystallography and Cryo-Electron Microscopy Provides Insight into the Overall Architecture of the Dodecameric Rvb1/Rvb2 Complex

artículo científico publicado en 2016

The DNA sequence of human chromosome 7

artículo científico publicado en 2003

The Genome Sequence of the Malaria Mosquito Anopheles gambiae

artículo científico publicado en 2002

The HUPO PSI's molecular interaction format--a community standard for the representation of protein interaction data

artículo científico publicado en 2004

The Helmholtz Network for Bioinformatics: an integrative web portal for bioinformatics resources.

artículo científico publicado en 2004

The Human Gut Microbiome: From Association to Modulation.

artículo científico publicado en 2018

The InterPro database, 2003 brings increased coverage and new features

artículo científico publicado en 2003

The InterPro protein families and domains database: 20 years on

artículo científico publicado en 2020

The InterPro protein families database: the classification resource after 15 years

artículo científico publicado en 2015

The KIND module: a putative signalling domain evolved from the C lobe of the protein kinase fold

artículo científico publicado en 2003

The PAM domain, a multi-protein complex-associated module with an all-alpha-helix fold

artículo científico publicado en 2003

The SEA module: a new extracellular domain associated with O-glycosylation

artículo científico publicado en 1995

The SIDER database of drugs and side effects

artículo científico publicado en 2015

The STRING database in 2011: functional interaction networks of proteins, globally integrated and scored

artículo científico publicado en 2011

The STRING database in 2017: quality-controlled protein-protein association networks, made broadly accessible

artículo científico publicado en 2016

The STRING database in 2021: customizable protein-protein networks, and functional characterization of user-uploaded gene/measurement sets

scientific article published on 25 November 2020

The Sequence Alerting Server--a new WEB server.

artículo científico publicado en 1997

The Spir actin organizers are involved in vesicle transport processes

scientific journal article

The Tenth Asia Pacific Bioinformatics Conference (APBC 2012). Introduction

artículo científico publicado en 2012

The WHy domain mediates the response to desiccation in plants and bacteria

artículo científico publicado en 2004

The WW domain: a signalling site in dystrophin?

artículo científico publicado en 1994

The black-pearl gene of Drosophila defines a novel conserved protein family and is required for larval growth and survival

artículo científico publicado en 2001

The breast cancer gene product TSG101: a regulator of ubiquitination?

artículo científico publicado en 1997

The cytidylyltransferase superfamily: identification of the nucleotide-binding site and fold prediction

artículo científico publicado en 1995

The ecoresponsive genome of Daphnia pulex

artículo científico publicado en 2011

The endosomal transcriptional regulator RNF11 integrates degradation and transport of EGFR.

artículo científico publicado en 2016

The exploration of network motifs as potential drug targets from post-translational regulatory networks

artículo científico publicado en 2016

The genome of the choanoflagellate Monosiga brevicollis and the origin of metazoans

artículo científico publicado en 2008

The genome of the model beetle and pest Tribolium castaneum

artículo científico publicado en 2008

The genome sequence of Bifidobacterium longum reflects its adaptation to the human gastrointestinal tract

artículo científico publicado en 2002

The human genome: genes, pseudogenes, and variation on chromosome 7.

artículo científico publicado en 2003

The human small intestinal microbiota is driven by rapid uptake and conversion of simple carbohydrates

artículo científico publicado en 2012

The identification of a conserved domain in both spartin and spastin, mutated in hereditary spastic paraplegia

artículo científico publicado en 2003

The identification of functional modules from the genomic association of genes

artículo científico publicado en 2002

The microbiome explored: recent insights and future challenges

artículo científico publicado en 2013

The microbiomes of blowflies and houseflies as bacterial transmission reservoirs

artículo científico publicado en 2017

The modular architecture of a new family of growth regulators related to connective tissue growth factor ⬇️

artículo científico publicado el 26 de julio de 1993

The modular architecture of vertebrate collagens

artículo científico publicado en 1992

The modular structure of NifU proteins

artículo científico publicado en 1994

The p150-Spir protein provides a link between c-Jun N-terminal kinase function and actin reorganization

artículo científico publicado en 2000

The phylogenetic distribution of frataxin indicates a role in iron-sulfur cluster protein assembly

artículo científico publicado en 2001

The protein phosphatase 2C (PP2C) superfamily: detection of bacterial homologues.

artículo científico publicado en 1996

The rhodanese/Cdc25 phosphatase superfamily. Sequence-structure-function relations

artículo científico publicado en 2002

The three-dimensional structure of the HRDC domain and implications for the Werner and Bloom syndrome proteins

artículo científico publicado en 1999

The way we write

artículo científico publicado en 2003

The “Minimum Information about an ENvironmental Sequence” (MIENS) specification

The “Minimum Information about an ENvironmental Sequence” (MIENS) specification

Toward Automatic Reconstruction of a Highly Resolved Tree of Life

artículo científico publicado en 2006

Toward molecular trait-based ecology through integration of biogeochemical, geographical and metagenomic data ⬇️

artículo científico publicado en 2014

Toward unrestricted use of public genomic data:

artículo científico publicado en 2019

Towards a structural basis of human non-synonymous single nucleotide polymorphisms

artículo científico publicado en 2000

Towards cellular systems in 4D.

artículo científico publicado en 2005

Towards detection of orthologues in sequence databases

artículo científico publicado en 1998

Towards standardisation of naming novel prokaryotic taxa in the age of high-throughput microbiology

scientific article published on 15 June 2019

Towards standards for human fecal sample processing in metagenomic studies.

artículo científico publicado en 2017

Towards the biogeography of prokaryotic genes

artículo científico publicado en 2021

Tracing the spread of fibronectin type III domains in bacterial glycohydrolases

artículo científico publicado en 1994

Transcription start site associated RNAs in bacteria.

artículo científico publicado en 2012

Transcriptional interactions suggest niche segregation among microorganisms in the human gut.

artículo científico publicado en 2016

Transcriptome Complexity in a Genome-Reduced Bacterium

artículo científico publicado en 2009

Transposase-DNA Complex Structures Reveal Mechanisms for Conjugative Transposition of Antibiotic Resistance.

artículo científico publicado en 2018

Universally distributed single-copy genes indicate a constant rate of horizontal transfer

artículo científico publicado en 2011

Update of the G2D tool for prioritization of gene candidates to inherited diseases

artículo científico publicado en 2007

Update on XplorMed: A web server for exploring scientific literature

artículo científico publicado en 2003

Use of pathway analysis and genome context methods for functional genomics of Mycoplasma pneumoniae nucleotide metabolism

article

Utilizing the gut microbiome in decompensated cirrhosis and acute-on-chronic liver failure

artículo científico publicado en 2020

Variation and evolution of the citric-acid cycle: a genomic perspective.

artículo científico publicado en 1999

Vertebrate-type intron-rich genes in the marine annelid Platynereis dumerilii

artículo científico publicado en 2005

Very-KIND is a novel nervous system specific guanine nucleotide exchange factor for Ras GTPases.

artículo científico publicado en 2005

Wanted: subcellular localization of proteins based on sequence

artículo científico publicado en 1998

What's in a genome?

artículo científico publicado en 1992

XplorMed: a tool for exploring MEDLINE abstracts

artículo científico publicado en 2001

Yeast chromosome III: new gene functions.

artículo científico publicado en 1994

Younger genes are less likely to be essential than older genes, and duplicates are less likely to be essential than singletons of the same age.

artículo científico publicado en 2012

[Microbial Biomarkers for Early Cancer Detection].

artículo científico publicado en 2017

eggNOG 4.5: a hierarchical orthology framework with improved functional annotations for eukaryotic, prokaryotic and viral sequences

artículo científico publicado en 2015

eggNOG 5.0: a hierarchical, functionally and phylogenetically annotated orthology resource based on 5090 organisms and 2502 viruses

artículo científico publicado en 2019

eggNOG v2.0: extending the evolutionary genealogy of genes with enhanced non-supervised orthologous groups, species and functional annotations

artículo científico publicado en 2010

eggNOG v3.0: orthologous groups covering 1133 organisms at 41 different taxonomic ranges

artículo científico publicado en 2012

eggNOG v4.0: nested orthology inference across 3686 organisms

artículo científico publicado en 2013

eggNOG-mapper v2: Functional Annotation, Orthology Assignments, and Domain Prediction at the Metagenomic Scale

publication published on 01 December 2021

eggNOG: automated construction and annotation of orthologous groups of genes

artículo científico publicado en 2007

iPath2.0: interactive pathway explorer

artículo científico publicado en 2011

iPath3.0: interactive pathways explorer v3.

artículo científico publicado en 2018

iPath: interactive exploration of biochemical pathways and networks

artículo científico publicado en 2008

mRNA degradation by miRNAs and GW182 requires both CCR4:NOT deadenylase and DCP1:DCP2 decapping complexes

artículo científico publicado en 2006

metaSNV: A tool for metagenomic strain level analysis

artículo científico publicado en 2017

proGenomes2: an improved database for accurate and consistent habitat, taxonomic and functional annotations of prokaryotic genomes

artículo científico publicado en 2020

proGenomes: a resource for consistent functional and taxonomic annotations of prokaryotic genomes

artículo científico publicado en 2016

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