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Lista de obras de Pamela Silver

13C-Labeling the carbon-fixation pathway of a highly efficient artificial photosynthetic system

artículo científico publicado en 2017

A BioBrick compatible strategy for genetic modification of plants

artículo científico publicado en 2012

A Catalytic Nanoreactor Based on in Vivo Encapsulation of Multiple Enzymes in an Engineered Protein Nanocompartment

artículo científico publicado en 2016

A Synthetic System That Senses Candida albicans and Inhibits Virulence Factors

artículo científico publicado en 2019

A Tunable Protein Piston That Breaks Membranes to Release Encapsulated Cargo

artículo científico publicado en 2016

A chemical genetic screen identifies inhibitors of regulated nuclear export of a Forkhead transcription factor in PTEN-deficient tumor cells

artículo científico publicado en 2003

A conserved CCCH-type zinc finger protein regulates mRNA nuclear adenylation and export

artículo científico publicado en 2009

A distributed cell division counter reveals growth dynamics in the gut microbiota

artículo científico publicado en 2015

A genome-wide in situ hybridization map of RNA-binding proteins reveals anatomically restricted expression in the developing mouse brain

artículo científico publicado en 2005

A homologue of the bacterial heat-shock gene DnaJ that alters protein sorting in yeast

artículo científico publicado en 1991

A microbead-based system for identifying and characterizing RNA-protein interactions by flow cytometry

artículo científico publicado en 2002

A sensitive switch for visualizing natural gene silencing in single cells

artículo científico publicado en 2012

A structurally tunable DNA-based extracellular matrix

artículo científico publicado en 2010

A subset of membrane-associated proteins is ubiquitinated in response to mutations in the endoplasmic reticulum degradation machinery

artículo científico publicado en 2003

A synthetic circuit for selectively arresting daughter cells to create aging populations

artículo científico publicado en 2010

A synthetic system links FeFe-hydrogenases to essential E. coli sulfur metabolism

artículo científico publicado en 2011

A systems view of mRNP biology

artículo científico publicado en 2004

A tunable zinc finger-based framework for Boolean logic computation in mammalian cells

artículo científico publicado en 2012

Academic snakes and ladders

artículo científico publicado en 2007

Ambient nitrogen reduction cycle using a hybrid inorganic-biological system

artículo científico publicado en 2017

An Explanation of Symbols Used for Analysis of FRET Data

scientific article published on 01 October 2006

An alternative splicing network links cell-cycle control to apoptosis

artículo científico publicado en 2010

An objective function exploiting suboptimal solutions in metabolic networks

artículo científico publicado en 2013

Analysis of Protein Interactions In Vivo with Fluorescence Resonance Energy Transfer (FRET)

artículo científico publicado en 2006

Analysis of RNA-protein interactions by flow cytometry

artículo científico publicado en 2003

Anti-glycophorin single-chain Fv fusion to low-affinity mutant erythropoietin improves red blood cell-lineage specificity

artículo científico publicado en 2010

Arginine methyltransferase affects interactions and recruitment of mRNA processing and export factors

artículo científico publicado en 2004

Autoregulation of ribosome biosynthesis by a translational response in fission yeast

artículo científico publicado en 2006

Bacterial variability in the mammalian gut captured by a single-cell synthetic oscillator

scientific article published on 11 October 2019

Barcoded microbial system for high-resolution object provenance

scientific article published on 01 June 2020

Better together: engineering and application of microbial symbioses

artículo científico publicado en 2015

Beyond the Four Bases: A Home Run for Synthetic Epigenetic Control?

scientific article published on 01 April 2019

Biochemical and genetic analyses of integrase-interacting proteins lens epithelium-derived growth factor (LEDGF)/p75 and hepatoma-derived growth factor related protein 2 (HRP2) in preintegration complex function and HIV-1 replication

artículo científico publicado en 2005

Biological-inorganic hybrid systems as a generalized platform for chemical production

artículo científico publicado en 2017

Bipartite signals mediate subcellular targeting of tail-anchored membrane proteins in Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2003

Building Spatial Synthetic Biology with Compartments, Scaffolds, and Communities

artículo científico publicado en 2016

Building synthetic cellular organization

artículo científico publicado en 2013

Building synthetic memory

artículo científico publicado en 2013

CARM1 regulates estrogen-stimulated breast cancer growth through up-regulation of E2F1.

artículo científico publicado en 2008

Cell-to-cell variability of alternative RNA splicing

artículo científico publicado en 2011

Chimeric Fatty Acyl-Acyl Carrier Protein Thioesterases Provide Mechanistic Insight into Enzyme Specificity and Expression

artículo científico publicado en 2018

Chromosome-wide mapping of estrogen receptor binding reveals long-range regulation requiring the forkhead protein FoxA1

artículo científico publicado en 2005

Class II integrase mutants with changes in putative nuclear localization signals are primarily blocked at a postnuclear entry step of human immunodeficiency virus type 1 replication

artículo científico publicado en 2004

Communication between levels of transcriptional control improves robustness and adaptivity.

artículo científico publicado en 2006

Complex cellular logic computation using ribocomputing devices

artículo científico publicado en 2017

Controlling the Implementation of Transgenic Microbes: Are We Ready for What Synthetic Biology Has to Offer?

scientific article published on 01 May 2020

Converting a Natural Protein Compartment into a Nanofactory for the Size-Constrained Synthesis of Antimicrobial Silver Nanoparticles

artículo científico publicado en 2016

Coupling and coordination in gene expression processes: a systems biology view

artículo científico publicado en 2008

Creating Single-Copy Genetic Circuits

artículo científico publicado en 2016

DNA ends alter the molecular composition and localization of Ku multicomponent complexes

artículo científico publicado en 2012

De novo-designed translation-repressing riboregulators for multi-input cellular logic

scientific article published on 04 November 2019

Definition of global and transcript-specific mRNA export pathways in metazoans

artículo científico publicado en 2007

Defossiling fuel: how synthetic biology can transform biofuel production

artículo científico publicado en 2008

Designing and using RNA scaffolds to assemble proteins in vivo

artículo científico publicado en 2012

Designing biological compartmentalization

artículo científico publicado en 2012

Designing biological systems

artículo científico publicado en 2007

Designing cell-targeted therapeutic proteins reveals the interplay between domain connectivity and cell binding

artículo científico publicado en 2014

Developmentally induced changes in transcriptional program alter spatial organization across chromosomes

artículo científico publicado en 2005

Differential recruitment of the splicing machinery during transcription predicts genome-wide patterns of mRNA splicing

scientific article published on 01 December 2006

Dynamic Modulation of the Gut Microbiota and Metabolome by Bacteriophages in a Mouse Model

scientific article published on 04 June 2019

Dynamics in the mixed microbial concourse

artículo científico publicado en 2010

Dynamics simulations for engineering macromolecular interactions

artículo científico publicado en 2013

Early-Career Scientists Shaping the World

scientific article published on 07 May 2019

Efficient size-independent chromosome delivery from yeast to cultured cell lines

artículo científico publicado en 2016

Efficient solar-to-fuels production from a hybrid microbial-water-splitting catalyst system

artículo científico publicado en 2015

Emergent cooperation in microbial metabolism ⬇️

artículo científico publicado el 7 de septiembre de 2010

Enabling community-based metrology for wood-degrading fungi

scientific article published on 19 March 2020

Encapsulation as a Strategy for the Design of Biological Compartmentalization

artículo científico

Engineered Interspecies Amino Acid Cross-Feeding Increases Population Evenness in a Synthetic Bacterial Consortium

artículo científico publicado en 2019

Engineered bacteria can function in the mammalian gut long-term as live diagnostics of inflammation

artículo científico publicado en 2017

Engineering Cyanobacteria To Synthesize and Export Hydrophilic Products.

artículo científico publicado en 2010

Engineering Genetically-Encoded Mineralization and Magnetism via Directed Evolution

artículo científico publicado en 2016

Engineering a synthetic dual-organism system for hydrogen production

artículo científico publicado en 2009

Engineering acyl carrier protein to enhance production of shortened fatty acids

artículo científico publicado en 2016

Engineering bacteria for diagnostic and therapeutic applications

artículo científico publicado en 2018

Engineering carbon fixation with artificial protein organelles

artículo científico publicado en 2017

Engineering cyanobacteria to generate high-value products ⬇️

artículo científico publicado el 5 de enero de 2011

Engineering cyanobacteria to synthesize and export hydrophilic products

artículo científico publicado en 2010

Engineering synthetic TAL effectors with orthogonal target sites

artículo científico publicado en 2012

Enhancement of cell type specificity by quantitative modulation of a chimeric ligand

artículo científico publicado en 2008

Equipment for In Vivo FRET Analysis

scientific article published on 01 October 2006

Escherichia coli NGF-1, a Genetically Tractable, Efficiently Colonizing Murine Gut Isolate

scholarly article published December 2018

Eukaryotic systems broaden the scope of synthetic biology

artículo científico publicado en 2009

Exon expression profiling reveals stimulus-mediated exon use in neural cells

artículo científico publicado en 2007

Experimental Design for In Vivo FRET Analysis

artículo científico publicado en 2006

Expression of the sub-pathways of the Chloroflexus aurantiacus 3-hydroxypropionate carbon fixation bicycle in E. coli: Toward horizontal transfer of autotrophic growth

artículo científico publicado en 2013

Functional specificity among ribosomal proteins regulates gene expression

artículo científico publicado en 2007

Genetic interactions of yeast eukaryotic translation initiation factor 5A (eIF5A) reveal connections to poly(A)-binding protein and protein kinase C signaling

artículo científico publicado en 2002

Genetic tool development in marine protists: emerging model organisms for experimental cell biology

scientific article published on 06 April 2020

Genetically encoded short peptide tags for orthogonal protein labeling by Sfp and AcpS phosphopantetheinyl transferases

artículo científico publicado en 2007

Genome-wide RNAi screen discovers functional coupling of alternative splicing and cell cycle control to apoptosis regulation

artículo científico publicado en 2010

Genome-wide analysis of RNA-protein interactions illustrates specificity of the mRNA export machinery

artículo científico publicado en 2003

Genome-wide analysis of estrogen receptor binding sites

artículo científico publicado en 2006

Genome-wide identification of functionally distinct subsets of cellular mRNAs associated with two nucleocytoplasmic-shuttling mammalian splicing factors

artículo científico publicado en 2006

Genome-wide localization of the nuclear transport machinery couples transcriptional status and nuclear organization

artículo científico publicado en 2004

Genome-wide mRNA surveillance is coupled to mRNA export

scientific article published on 15 October 2004

Genomic association of the proteasome demonstrates overlapping gene regulatory activity with transcription factor substrates.

artículo científico publicado en 2006

Genomic localization of RNA binding proteins reveals links between pre-mRNA processing and transcription

artículo científico publicado en 2006

Genomic mapping of RNA polymerase II reveals sites of co-transcriptional regulation in human cells

artículo científico publicado en 2005

Global analysis of mRNA splicing

artículo científico publicado en 2007

Global histone acetylation induces functional genomic reorganization at mammalian nuclear pore complexes

artículo científico publicado en 2008

Guardian at the gate: preventing unspliced pre-mRNA export

artículo científico publicado en 2004

HITS-CLIP and integrative modeling define the Rbfox splicing-regulatory network linked to brain development and autism

artículo científico publicado en 2014

HIV-1 incorporates and proteolytically processes human NDR1 and NDR2 serine-threonine kinases

artículo científico publicado en 2005

Harnessing nature's toolbox: regulatory elements for synthetic biology

artículo científico publicado en 2009

Harnessing undomesticated life

scientific article published on 01 February 2019

Human Mob proteins regulate the NDR1 and NDR2 serine-threonine kinases

artículo científico publicado en 2004

Human cell proteins and human immunodeficiency virus DNA integration

artículo científico publicado en 2004

Identification and selective expansion of functionally superior T cells expressing chimeric antigen receptors

artículo científico publicado en 2015

Identification of a Fifth Antibacterial Toxin Produced by a Single Bacteroides fragilis Strain

artículo científico publicado en 2019

Identification of a role for Saccharomyces cerevisiae Cgr1p in pre-rRNA processing and 60S ribosome subunit synthesis

artículo científico publicado en 2002

Identification of an evolutionarily conserved domain in human lens epithelium-derived growth factor/transcriptional co-activator p75 (LEDGF/p75) that binds HIV-1 integrase

artículo científico publicado en 2004

Identifying proteins that affect mRNA localization in living cells

artículo científico publicado en 2002

Improving carbon fixation pathways

artículo científico publicado en 2012

In situ analysis of spatial relationships between proteins of the nuclear pore complex

artículo científico publicado en 2002

In situ reprogramming of gut bacteria by oral delivery

artículo científico publicado en 2020

In vivo co-localization of enzymes on RNA scaffolds increases metabolic production in a geometrically dependent manner

artículo científico publicado en 2014

Indirect immunofluorescence labeling in the yeast Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2009

Induced sensitivity of Bacillus subtilis colony morphology to mechanical media compression

artículo científico publicado en 2014

Induced sensitivity of Bacillus subtilis colony morphology to mechanical media compression

Induction of biogenic magnetization and redox control by a component of the target of rapamycin complex 1 signaling pathway

artículo científico publicado en 2012

Insulation of a synthetic hydrogen metabolism circuit in bacteria

artículo científico publicado en 2010

Integrating biological redesign: where synthetic biology came from and where it needs to go

artículo científico publicado en 2014

Intracellular transport of human immunodeficiency virus type 1 integrase

artículo científico publicado en 2003

Intron delays and transcriptional timing during development

artículo científico publicado en 2008

Intron length increases oscillatory periods of gene expression in animal cells

artículo científico publicado en 2008

Intron status and 3'-end formation control cotranscriptional export of mRNA.

artículo científico publicado en 2002

Isothermal self-assembly of complex DNA structures under diverse and biocompatible conditions

artículo científico publicado en 2013

Joint DAC/IWBDA special session engineering biology

Knowing when to change: reprogramming (my) life ⬇️

artículo científico publicado el 1 de agosto de 2010

Large protein organelles form a new iron sequestration system with high storage capacity

artículo científico publicado en 2019

Large-scale recoding of a bacterial genome by iterative recombineering of synthetic DNA.

artículo científico publicado en 2017

Learning a prior on regulatory potential from eQTL data

artículo científico publicado en 2009

Making cellular memories

artículo científico publicado en 2010

Mammalian Cells Engineered To Produce New Steroids.

artículo científico publicado en 2018

Metazoan stress granule assembly is mediated by P-eIF2alpha-dependent and -independent mechanisms

artículo científico publicado en 2009

Modular electron transfer circuits for synthetic biology: insulation of an engineered biohydrogen pathway

artículo científico publicado en 2010

Modularity of a carbon-fixing protein organelle

artículo científico publicado en 2011

Modulation of interprotomer relationships is important for activation of dimeric calcium-sensing receptor

artículo científico publicado en 2004

Motion as a phenotype: the use of live-cell imaging and machine visual screening to characterize transcription-dependent chromosome dynamics

artículo científico publicado en 2006

Multiple conformations in the ligand-binding site of the yeast nuclear pore-targeting domain of Nup116p

artículo científico publicado en 2005

Natural strategies for the spatial optimization of metabolism in synthetic biology

artículo científico

Nuclear localization of human immunodeficiency virus type 1 preintegration complexes (PICs): V165A and R166A are pleiotropic integrase mutants primarily defective for integration, not PIC nuclear import

artículo científico publicado en 2002

Nuclear protein transport

artículo científico publicado en 2002

Nuclear transport and cancer: from mechanism to intervention

artículo científico publicado en 2004

Nuclear transport as a target for cell growth

artículo científico publicado en 2003

Organization of intracellular reactions with rationally designed RNA assemblies

artículo científico publicado en 2011

PQBP1, a factor linked to intellectual disability, affects alternative splicing associated with neurite outgrowth

artículo científico publicado en 2013

PRMT3 is a ribosomal protein methyltransferase that affects the cellular levels of ribosomal subunits

artículo científico publicado en 2004

Pamela Silver: synthesizing a new biology. Interview by Caitlin Sedwick

artículo científico publicado en 2012

Parts plus pipes: synthetic biology approaches to metabolic engineering

artículo científico publicado en 2012

Pore-ing the right dose.

artículo científico publicado en 2006

Programmable bacteria detect and record an environmental signal in the mammalian gut

artículo científico publicado en 2014

Prokaryotic nanocompartments form synthetic organelles in a eukaryote.

artículo científico publicado en 2018

Protein and RNA export from the nucleus

artículo científico publicado en 2002

Protein scaffold-activated protein trans-splicing in mammalian cells

artículo científico publicado en 2013

Publisher Correction: Genetic tool development in marine protists: emerging model organisms for experimental cell biology

artículo científico publicado en 2020

Quorum Sensing Can Be Repurposed To Promote Information Transfer between Bacteria in the Mammalian Gut

scientific article published on 31 August 2018

REF-ereeing the cytoplasmic fate of mRNA via nuclear export

artículo científico publicado en 2004

Rapid construction of insulated genetic circuits via synthetic sequence-guided isothermal assembly

artículo científico publicado en 2013

Rational Design of Evolutionarily Stable Microbial Kill Switches

artículo científico publicado en 2017

Rational Design of Evolutionarily Stable Microbial Kill Switches

artículo científico publicado en 2018

Rational Design of a Bifunctional AND-Gate Ligand To Modulate Cell-Cell Interactions

scientific article published on 19 December 2019

Rational design of memory in eukaryotic cells

artículo científico publicado en 2007

Recording cellular experiences of DNA damage.

artículo científico publicado en 2011

Requirements for the nuclear export of the small ribosomal subunit.

artículo científico publicado en 2002

Rerouting carbon flux to enhance photosynthetic productivity

artículo científico publicado en 2012

Retrovirus-delivered siRNA

artículo científico publicado en 2002

Rewiring hydrogenase-dependent redox circuits in cyanobacteria ⬇️

artículo científico publicado el 22 de febrero de 2011

STAR RNA-binding protein Quaking suppresses cancer via stabilization of specific miRNA

artículo científico publicado en 2012

Sac3 is an mRNA export factor that localizes to cytoplasmic fibrils of nuclear pore complex

artículo científico publicado en 2003

Small molecule modulation of the human chromatid decatenation checkpoint

artículo científico publicado en 2003

Solenopsin, the alkaloidal component of the fire ant (Solenopsis invicta), is a naturally occurring inhibitor of phosphatidylinositol-3-kinase signaling and angiogenesis

artículo científico publicado en 2007

Spatial and temporal organization of chromosome duplication and segregation in the cyanobacterium Synechococcus elongatus PCC 7942.

artículo científico publicado en 2012

Spatially ordered dynamics of the bacterial carbon fixation machinery

artículo científico publicado en 2010

Stable Neutralization of a Virulence Factor in Bacteria Using Temperate Phage in the Mammalian Gut

scientific article published on 28 January 2020

Streptomyces thermoautotrophicus does not fix nitrogen

artículo científico publicado en 2016

Structure and function of a 9.6 megadalton bacterial iron storage compartment: Supplementary Material

Super-resolution microscopy of the ß-carboxysome reveals a homogenous matrix.

artículo científico

Synthetic Cassettes for pH-Mediated Sensing, Counting, and Containment

scientific article published on 01 March 2020

Synthetic Gene Circuits Enable Systems-Level Biosensor Trigger Discovery at the Host-Microbe Interface.

artículo científico publicado en 2019

Synthetic Lipid-Containing Scaffolds Enhance Production by Colocalizing Enzymes

artículo científico publicado en 2016

Synthetic biology expands chemical control of microorganisms

artículo científico publicado en 2015

Synthetic biology in mammalian cells: next generation research tools and therapeutics

artículo científico publicado en 2014

Synthetic biology: Engineering explored

artículo científico publicado en 2014

Synthetic biology: exploring and exploiting genetic modularity through the design of novel biological networks

artículo científico publicado en 2009

Synthetic circuit identifies subpopulations with sustained memory of DNA damage

artículo científico publicado en 2011

Synthetic genome recoding: new genetic codes for new features

artículo científico publicado en 2017

Synthetic lipid-containing scaffolds enhance production by co-localizing enzymes

article

Synthetic meets cell biology

artículo científico publicado en 2012

Synthetic memory circuits for tracking human cell fate

artículo científico publicado en 2012

Synthetic photosynthetic consortia define interactions leading to robustness and photoproduction

artículo científico publicado en 2017

Synthetic reversal of epigenetic silencing

artículo científico publicado en 2011

Systems biology of gene regulation fulfills its promise

artículo científico publicado en 2006

Systems perspectives on mRNA processing

artículo científico publicado en 2007

Targeted erythropoietin selectively stimulates red blood cell expansion in vivo

artículo científico publicado en 2016

Targeting a heterologous protein to multiple plant organelles via rationally designed 5' mRNA tags

artículo científico publicado en 2013

The Discovery of Twenty-Eight New Encapsulin Sequences, Including Three in Anammox Bacteria

artículo científico publicado en 2019

The J-NABS 25th anniversary issue: reflecting on the past, synthesizing the present, and projecting into the future

article published in 2010

The bacterial carbon-fixing organelle is formed by shell envelopment of preassembled cargo

artículo científico publicado en 2013

The case for biotech on Mars

artículo científico publicado en 2020

The conserved ATPase Get3/Arr4 modulates the activity of membrane-associated proteins in Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2006

The genome-wide localization of Rsc9, a component of the RSC chromatin-remodeling complex, changes in response to stress

artículo científico publicado en 2002

The psammaplysenes, specific inhibitors of FOXO1a nuclear export

artículo científico publicado en 2005

The role of protein arginine methylation in the formation of silent chromatin

artículo científico publicado en 2006

The unfolded protein response transducer Ire1p contains a nuclear localization sequence recognized by multiple beta importins

artículo científico publicado en 2006

The uses of green fluorescent protein in yeasts.

artículo científico publicado en 2006

Therapeutic potential of retroviral RNAi vectors

artículo científico publicado en 2004

Toehold switches: de-novo-designed regulators of gene expression

artículo científico publicado en 2014

Tools for the Microbiome: Nano and Beyond

artículo científico publicado en 2015

Toward a translationally independent RNA-based synthetic oscillator using deactivated CRISPR-Cas

artículo científico publicado en 2020

Towards a synthetic chloroplast

artículo científico publicado en 2011

Transcriptional regulation at the nuclear pore complex

artículo científico publicado en 2007

Transcriptional regulation by the proteasome as a mechanism for cellular protein homeostasis

artículo científico publicado en 2006

Transient gene expression in tobacco using Gibson assembly and the Gene Gun.

artículo científico publicado en 2014

Transplantability of a circadian clock to a noncircadian organism

artículo científico publicado en 2015

Two- and three-input TALE-based AND logic computation in embryonic stem cells

artículo científico publicado en 2013

Ufd1 exhibits the AAA-ATPase fold with two distinct ubiquitin interaction sites

artículo científico publicado en 2005

Unique nucleotide sequence-guided assembly of repetitive DNA parts for synthetic biology applications

artículo científico publicado en 2014

Using synthetic RNAs as scaffolds and regulators

artículo científico publicado en 2015

Valorization of CO2 through lithoautotrophic production of sustainable chemicals in Cupriavidus necator

scientific article published on 19 September 2020

Visualization of single mRNAs reveals temporal association of proteins with microRNA-regulated mRNA.

artículo científico publicado en 2011

Water splitting-biosynthetic system with CO₂ reduction efficiencies exceeding photosynthesis

artículo científico publicado en 2016

Whole genome siRNA cell-based screen links mitochondria to Akt signaling network through uncoupling of electron transport chain

artículo científico publicado en 2011

Why do so few women speak at science meetings?

artículo científico publicado en 2007

Widespread distribution of encapsulin nanocompartments reveals functional diversity

artículo científico publicado en 2017

mRNA nuclear export and human disease

artículo científico publicado en 2008

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