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Lista de obras de Olga Troyanskaya

"Getting started in...": a series not to miss

artículo científico publicado en 2007

A Bayesian framework for combining heterogeneous data sources for gene function prediction (in Saccharomyces cerevisiae).

artículo científico publicado en 2003

A Computational Framework for Genome-wide Characterization of the Human Disease Landscape

scientific article published on 23 January 2019

A Multimodal and Integrated Approach to Interrogate Human Kidney Biopsies with Rigor and Reproducibility: Guidelines from the Kidney Precision Medicine Project

scientific article published on 16 November 2020

A critical assessment of Mus musculus gene function prediction using integrated genomic evidence

artículo científico publicado en 2008

A genomewide functional network for the laboratory mouse

artículo científico publicado en 2008

A global genetic interaction network maps a wiring diagram of cellular function

artículo científico publicado en 2016

A loop-counting method for covariate-corrected low-rank biclustering of gene-expression and genome-wide association study data.

artículo científico publicado en 2018

A new system for comparative functional genomics of Saccharomyces yeasts

artículo científico publicado en 2013

A scalable method for integration and functional analysis of multiple microarray datasets

artículo científico

Accurate detection of aneuploidies in array CGH and gene expression microarray data

artículo científico publicado en 2004

Accurate evaluation and analysis of functional genomics data and methods ⬇️

artículo científico publicado el 23 de enero de 2012

Accurate genome-wide predictions of spatio-temporal gene expression during embryonic development

scientific article published on 25 September 2019

Accurate quantification of functional analogy among close homologs

artículo científico publicado en 2011

An effective statistical evaluation of ChIPseq dataset similarity

artículo científico publicado en 2012

An integrative tissue-network approach to identify and test human disease genes

article

Analysis of phosphorylation sites on proteins from Saccharomyces cerevisiae by electron transfer dissociation (ETD) mass spectrometry

artículo científico publicado en 2007

Aneuploidy prediction and tumor classification with heterogeneous hidden conditional random fields

artículo científico publicado en 2008

Assessing the functional structure of genomic data

artículo científico publicado en 2008

Author Correction: New genetic signals for lung function highlight pathways and chronic obstructive pulmonary disease associations across multiple ancestries

scientific article published on 01 June 2019

BAYESIAN DATA INTEGRATION: A FUNCTIONAL PERSPECTIVE

BAYESIAN DATA INTEGRATION: A FUNCTIONAL PERSPECTIVE

Bayesian data integration: a functional perspective

artículo científico publicado en 2006

Bioinformatics approaches to profile the tumor microenvironment for immunotherapeutic discovery

artículo científico publicado en 2017

Broad metabolic sensitivity profiling of a prototrophic yeast deletion collection

artículo científico publicado en 2014

Chapter 2: Data-Driven View of Disease Biology ⬇️

artículo científico publicado el 27 de diciembre de 2012

Comparative gene expression between two yeast species

artículo científico publicado en 2013

Computational analysis of the yeast proteome: understanding and exploiting functional specificity in genomic data

artículo científico publicado en 2009

Computational identification of cellular networks and pathways

artículo científico publicado en 2007

Computationally driven, quantitative experiments discover genes required for mitochondrial biogenesis

artículo científico publicado en 2009

Context-sensitive data integration and prediction of biological networks

artículo científico publicado en 2007

Coordinated concentration changes of transcripts and metabolites in Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2009

Coordination of growth rate, cell cycle, stress response, and metabolic activity in yeast

artículo científico publicado en 2007

Data-driven analysis of immune infiltrate in a large cohort of breast cancer and its association with disease progression, ER activity, and genomic complexity

artículo científico publicado en 2017

Deep learning sequence-based ab initio prediction of variant effects on expression and disease risk.

artículo científico publicado en 2018

Defining cell-type specificity at the transcriptional level in human disease

artículo científico publicado en 2013

Detailing regulatory networks through large scale data integration

artículo científico publicado en 2009

Directing experimental biology: a case study in mitochondrial biogenesis

artículo científico publicado en 2009

Discovering biological networks from diverse functional genomic data

artículo científico publicado en 2009

Discovery of biological networks from diverse functional genomic data

artículo científico publicado en 2005

Discriminatory Power of Combinatorial Antigen Recognition in Cancer T Cell Therapies

scientific article published on 04 September 2020

Diversity of gene expression in adenocarcinoma of the lung

artículo científico publicado en 2001

Enabling Precision Medicine through Integrative Network Models

artículo científico publicado en 2018

Endothelial cell diversity revealed by global expression profiling

artículo científico publicado en 2003

Exploring the functional landscape of gene expression: directed search of large microarray compendia

artículo científico publicado en 2007

Exploring the human genome with functional maps

scientific article published on 26 February 2009

FNTM: a server for predicting functional networks of tissues in mouse

artículo científico publicado en 2015

Finding function: evaluation methods for functional genomic data

artículo científico publicado en 2006

Functional analysis of gene duplications in Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2006

Functional genomics complements quantitative genetics in identifying disease-gene associations

artículo científico publicado en 2010

Functional knowledge transfer for high-accuracy prediction of under-studied biological processes

artículo científico publicado en 2013

GIANT 2.0: genome-scale integrated analysis of gene networks in tissues.

artículo científico publicado en 2018

GIANT API: an application programming interface for functional genomics

artículo científico publicado en 2016

GOLEM: an interactive graph-based gene-ontology navigation and analysis tool

artículo científico publicado en 2006

Gene expression patterns in ovarian carcinomas

artículo científico publicado en 2003

Genome-wide characterization of genetic and functional dysregulation in autism spectrum disorder

scholarly article published 9 June 2016

Genome-wide prediction and functional characterization of the genetic basis of autism spectrum disorder

artículo científico publicado en 2016

Genomic RNA Elements Drive Phase Separation of the SARS-CoV-2 Nucleocapsid

scientific article published on 27 November 2020

Genomic analyses implicate noncoding de novo variants in congenital heart disease

scientific article published on 29 June 2020

Global analysis of gene function in yeast by quantitative phenotypic profiling

artículo científico publicado en 2006

Global prediction of tissue-specific gene expression and context-dependent gene networks in Caenorhabditis elegans

artículo científico publicado en 2009

Global quantitative modeling of chromatin factor interactions

artículo científico publicado en 2014

Graphle: Interactive exploration of large, dense graphs

artículo científico publicado en 2009

Hierarchical multi-label prediction of gene function

artículo científico

IFNγ-Dependent Tissue-Immune Homeostasis Is Co-opted in the Tumor Microenvironment

artículo científico publicado en 2017

IMP 2.0: a multi-species functional genomics portal for integration, visualization and prediction of protein functions and networks.

artículo científico publicado en 2015

IMP: a multi-species functional genomics portal for integration, visualization and prediction of protein functions and networks

artículo científico publicado en 2012

ISCB/SPRINGER series in computational biology.

artículo científico publicado en 2013

Implications of Big Data for cell biology

artículo científico publicado en 2015

Individual and combined effects of DNA methylation and copy number alterations on miRNA expression in breast tumors

artículo científico publicado en 2013

Integrated analysis of microarray results

artículo científico publicado en 2007

Integrated functional networks of process, tissue, and developmental stage specific interactions in Arabidopsis thaliana

artículo científico publicado en 2010

Integrated molecular profiles of invasive breast tumors and ductal carcinoma in situ (DCIS) reveal differential vascular and interleukin signaling

artículo científico publicado en 2011

Integrative systems biology for data-driven knowledge discovery ⬇️

artículo científico publicado el 1 de septiembre de 2010

Interactive Big Data Resource to Elucidate Human Immune Pathways and Diseases

artículo científico publicado en 2015

Interpretation of an individual functional genomics experiment guided by massive public data

artículo científico publicado en 2018

Involvement of histone demethylase LSD1 in short-time-scale gene expression changes during cell cycle progression in embryonic stem cells

artículo científico publicado en 2012

Lack of a site-specific phosphorylation of Presenilin 1 disrupts microglial gene networks and progenitors during development

artículo científico publicado en 2020

Low-variance RNAs identify Parkinson's disease molecular signature in blood

artículo científico publicado en 2015

Lymphocyte Invasion in IC10/Basal-Like Breast Tumors Is Associated with Wild-Type TP53.

artículo científico publicado en 2014

Machine learning, the kidney, and genotype-phenotype analysis

scientific article published on 01 April 2020

Mapping dynamic histone acetylation patterns to gene expression in nanog-depleted murine embryonic stem cells

artículo científico publicado en 2010

Mapping the physiological and molecular markers of stress and SSRI antidepressant treatment in S100a10 corticostriatal neurons

artículo científico publicado en 2019

Metabolic network rewiring of propionate flux compensates vitamin B12 deficiency in C. elegans

artículo científico publicado en 2016

Minor Isozymes Tailor Yeast Metabolism to Carbon Availability

Missing value estimation methods for DNA microarrays

artículo científico publicado en 2001

Modeling complex genetic interactions in a simple eukaryotic genome: actin displays a rich spectrum of complex haploinsufficiencies

artículo científico

Modeling transcriptional regulation of model species with deep learning

artículo científico publicado en 2021

Nearest Neighbor Networks: clustering expression data based on gene neighborhoods

artículo científico publicado en 2007

Nested effects models for high-dimensional phenotyping screens

artículo científico publicado en 2007

New genetic signals for lung function highlight pathways and chronic obstructive pulmonary disease associations across multiple ancestries

artículo científico publicado en 2019

New genetic signals for lung function highlight pathways and pleiotropy, and chronic obstructive pulmonary disease associations across multiple ancestries

scholarly article published 12 June 2018

Nonparametric methods for identifying differentially expressed genes in microarray data

artículo científico publicado en 2002

Nucleosome-coupled expression differences in closely-related species

artículo científico publicado en 2011

Ontology-aware classification of tissue and cell-type signals in gene expression profiles across platforms and technologies

scientific article published on 12 September 2013

Organoid single cell profiling identifies a transcriptional signature of glomerular disease

artículo científico publicado en 2019

PILGRM: an interactive data-driven discovery platform for expert biologists ⬇️

artículo científico publicado el 7 de junio de 2011

Phospholipase A2 group IIA expression in gastric adenocarcinoma is associated with prolonged survival and less frequent metastasis

artículo científico publicado en 2002

Predicting cellular growth from gene expression signatures

artículo científico publicado en 2009

Predicting effects of noncoding variants with deep learning-based sequence model

artículo científico publicado en 2015

Predicting gene function in a hierarchical context with an ensemble of classifiers

artículo científico

Presenilin 1 phosphorylation regulates amyloid-β degradation by microglia

artículo científico publicado en 2020

Probabilistic modelling of chromatin code landscape reveals functional diversity of enhancer-like chromatin states

artículo científico publicado en 2016

Putting microarrays in a context: integrated analysis of diverse biological data

artículo científico publicado en 2005

Putting the 'bio' into bioinformatics

artículo científico publicado en 2005

Quantitative analysis of fitness and genetic interactions in yeast on a genome scale

artículo científico publicado en 2010

RNA Identification of PRIME Cells Predicting Rheumatoid Arthritis Flares

artículo científico publicado en 2020

SARS-CoV-2 Outbreak Dynamics in an Isolated US Military Recruit Training Center With Rigorous Prevention Measures

artículo científico publicado en 2022

SARS-CoV-2 Transmission among Marine Recruits during Quarantine

artículo científico publicado en 2020

SARS-CoV-2 receptor networks in diabetic and COVID-19 associated kidney disease

artículo científico publicado en 2020

SARS-CoV-2 receptor networks in diabetic kidney disease, BK-Virus nephropathy and COVID-19 associated acute kidney injury

artículo científico publicado en 2020

SEEDLING DEVELOPMENT IN SPECIES OF CHAMAESYCE (EUPHORBIACEAE) WITH ERECT GROWTH HABITS

article published in 1998

Scalable, Dynamic Analysis and Visualization for Genomic Datasets

scholarly article published 2007

Selected proceedings of the First Summit on Translational Bioinformatics 2008.

artículo científico publicado en 2009

Selective Neuronal Vulnerability in Alzheimer's Disease: A Network-Based Analysis

artículo científico publicado en 2020

Selene: a PyTorch-based deep learning library for sequence data

artículo científico publicado en 2019

Sequence complexity profiles of prokaryotic genomic sequences: a fast algorithm for calculating linguistic complexity

artículo científico publicado en 2002

Serum cytokine levels in breast cancer patients during neoadjuvant treatment with bevacizumab

scholarly article by Shakila Jabeen et al published 2018 in OncoImmunology

Simultaneous genome-wide inference of physical, genetic, regulatory, and functional pathway components

artículo científico publicado en 2010

Single cell transcriptomics identifies focal segmental glomerulosclerosis remission endothelial biomarker

artículo científico publicado en 2020

Single nucleus multi-omics regulatory landscape of the murine pituitary

artículo científico publicado en 2021

Single-cell analysis of progenitor cell dynamics and lineage specification in the human fetal kidney

artículo científico publicado en 2018

Specific viral RNA drives the SARS CoV-2 nucleocapsid to phase separate

artículo científico publicado en 2020

Subtype-specific transcriptional regulators in breast tumors subjected to genetic and epigenetic alterations

scientific article published on 01 February 2020

Systematic planning of genome-scale experiments in poorly studied species

artículo científico publicado en 2010

Systemic and cell type-specific gene expression patterns in scleroderma skin

artículo científico publicado en 2003

Systems-level dynamic analyses of fate change in murine embryonic stem cells

artículo científico publicado en 2009

Targeted exploration and analysis of large cross-platform human transcriptomic compendia

artículo científico

The Sleipnir library for computational functional genomics

artículo científico publicado en 2008

The genetic landscape of a cell

artículo científico publicado en 2010

The impact of incomplete knowledge on evaluation: an experimental benchmark for protein function prediction

artículo científico publicado en 2009

Tissue-aware data integration approach for the inference of pathway interactions in metazoan organisms

artículo científico publicado en 2014

Tissue-specific functional networks for prioritizing phenotype and disease genes

artículo científico publicado en 2012

Tools and applications for large-scale display walls

artículo científico publicado en 2005

Transcriptome analysis of adult Caenorhabditis elegans cells reveals tissue-specific gene and isoform expression

article

Understanding multicellular function and disease with human tissue-specific networks

artículo científico publicado en 2015

Variation in gene expression patterns in follicular lymphoma and the response to rituximab

artículo científico publicado en 2003

Variation in gene expression patterns in human gastric cancers

artículo científico publicado en 2003

Viewing the Larger Context of Genomic Data through Horizontal Integration

Visualization methods for statistical analysis of microarray clusters

artículo científico publicado en 2005

Visualization-based discovery and analysis of genomic aberrations in microarray data

artículo científico publicado en 2005

Voices in methods development

artículo científico publicado en 2019

Whole-genome deep-learning analysis identifies contribution of noncoding mutations to autism risk

artículo científico publicado en 2019

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