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Lista de obras de Mark Bender Gerstein

3V: cavity, channel and cleft volume calculator and extractor

artículo científico publicado en 2010

A Bayesian system integrating expression data with sequence patterns for localizing proteins: comprehensive application to the yeast genome

artículo científico publicado en 2000

A Review of the Morph Server and the Macromolecular Motions Database: A Standardized System for Analyzing and Visualizing Macromolecular Motions in a Database Framework

article

A Single-Cell Transcriptomic Atlas of Human Neocortical Development during Mid-gestation

artículo científico publicado en 2019

A cis-regulatory map of the Drosophila genome.

artículo científico publicado en 2011

A comprehensive catalog of predicted functional upstream open reading frames in humans.

artículo científico publicado en 2018

A comprehensive nuclear receptor network for breast cancer cells

artículo científico publicado en 2013

A computational approach for identifying pseudogenes in the ENCODE regions

artículo científico publicado en 2006

A database of macromolecular motions

artículo científico publicado en 1998

A genome-wide analysis of blue-light regulation of Arabidopsis transcription factor gene expression during seedling development

artículo científico publicado en 2003

A genomic analysis of RNA polymerase II modification and chromatin architecture related to 3' end RNA polyadenylation

artículo científico publicado en 2008

A high productivity/low maintenance approach to high-performance computation for biomedicine: four case studies

artículo científico publicado en 2004

A map of the interactome network of the metazoan C. elegans

artículo científico publicado en 2004

A method to assess compositional bias in biological sequences and its application to prion-like glutamine/asparagine-rich domains in eukaryotic proteomes

artículo científico publicado en 2003

A method using active-site sequence conservation to find functional shifts in protein families: application to the enzymes of central metabolism, leading to the identification of an anomalous isocitrate dehydrogenase in pathogens

artículo científico publicado en 2004

A multiregional proteomic survey of the postnatal human brain.

artículo científico publicado en 2017

A myelopoiesis-associated regulatory intergenic noncoding RNA transcript within the human HOXA cluster

artículo científico publicado en 2009

A pilot study of transcription unit analysis in rice using oligonucleotide tiling-path microarray.

artículo científico publicado en 2005

A question of size: the eukaryotic proteome and the problems in defining it.

artículo científico publicado en 2002

A small reservoir of disabled ORFs in the yeast genome and its implications for the dynamics of proteome evolution.

artículo científico publicado en 2002

A standard reference frame for the description of nucleic acid base-pair geometry.

artículo científico publicado en 2001

A statistical framework for modeling gene expression using chromatin features and application to modENCODE datasets

artículo científico publicado en 2011

A structural census of genomes: comparing bacterial, eukaryotic, and archaeal genomes in terms of protein structure

artículo científico publicado en 1997

A structural census of the current population of protein sequences ⬇️

artículo científico publicado el 28 de octubre de 1997

A supervised hidden markov model framework for efficiently segmenting tiling array data in transcriptional and chIP-chip experiments: systematically incorporating validated biological knowledge

artículo científico publicado en 2006

A systematic survey of loss-of-function variants in human protein-coding genes

artículo científico publicado en 2012

A unified statistical framework for sequence comparison and structure comparison

artículo científico publicado en 1998

A uniform survey of allele-specific binding and expression over 1000-Genomes-Project individuals

artículo científico publicado en 2016

A universal legal framework as a prerequisite for database interoperability

artículo científico publicado en 2003

A ‘PolyORFomic’ Analysis of Prokaryote Genomes Using Disabled-homology Filtering Reveals Conserved But Undiscovered Short ORFs ⬇️

artículo científico publicado el 7 de noviembre de 2003

ACT: aggregation and correlation toolbox for analyses of genome tracks.

artículo científico publicado en 2011

AGE: defining breakpoints of genomic structural variants at single-nucleotide resolution, through optimal alignments with gap excision

artículo científico publicado en 2011

Accurate identification and analysis of human mRNA isoforms using deep long read sequencing

artículo científico publicado en 2013

Advances in structural genomics

artículo científico publicado en 1999

Allele-specific epigenome maps reveal sequence-dependent stochastic switching at regulatory loci

artículo científico publicado en 2018

AlleleSeq: analysis of allele-specific expression and binding in a network framework

artículo científico publicado en 2011

An NMR study on the DNA-binding SPKK motif and a model for its interaction with DNA.

artículo científico publicado en 1993

An analysis of the present system of scientific publishing: what's wrong and where to go from here

An approach for determining and measuring network hierarchy applied to comparing the phosphorylome and the regulome

artículo científico publicado en 2015

An approach to compare genome tiling microarray and MPSS sequencing data for transcript mapping

artículo científico publicado en 2009

An approach to comparing tiling array and high throughput sequencing technologies for genomic transcript mapping

artículo científico publicado en 2009

An efficient pseudomedian filter for tiling microrrays

artículo científico publicado en 2007

An ensemble approach to accurately detect somatic mutations using SomaticSeq

artículo científico publicado en 2015

An integrated approach for finding overlooked genes in yeast.

artículo científico publicado en 2002

An integrated map of structural variation in 2,504 human genomes

artículo científico publicado en 2015

An integrated system for studying residue coevolution in proteins

artículo científico publicado en 2007

An integrative ENCODE resource for cancer genomics

artículo científico publicado en 2020

An integrative genomic approach to uncover molecular mechanisms of prokaryotic traits

artículo científico publicado en 2006

An integrative genomic approach to uncover molecular mechanisms of prokaryotic traits

scholarly article by Yang Liu published in January 2005

An interdepartmental Ph.D. program in computational biology and bioinformatics: the Yale perspective

artículo científico publicado en 2006

Analyses of non-coding somatic drivers in 2,658 cancer whole genomes

artículo científico publicado en 2020

Analysis of Nuclear Receptor Pseudogenes in Vertebrates: How the Silent Tell Their Stories

article

Analysis of combinatorial regulation: scaling of partnerships between regulators with the number of governed targets

artículo científico publicado en 2010

Analysis of copy number variants and segmental duplications in the human genome: Evidence for a change in the process of formation in recent evolutionary history

artículo científico publicado en 2008

Analysis of deletion breakpoints from 1,092 humans reveals details of mutation mechanisms ⬇️

artículo científico publicado en 2015

Analysis of diverse regulatory networks in a hierarchical context shows consistent tendencies for collaboration in the middle levels

artículo científico publicado en 2010

Analysis of genomic variation in non-coding elements using population-scale sequencing data from the 1000 Genomes Project

artículo científico publicado en 2011

Analysis of mRNA expression and protein abundance data: an approach for the comparison of the enrichment of features in the cellular population of proteins and transcripts

artículo científico publicado en 2002

Analysis of membrane proteins in metagenomics: networks of correlated environmental features and protein families

artículo científico publicado en 2010

Analysis of protein loop closure

article

Analysis of protein loop closure. Two types of hinges produce one motion in lactate dehydrogenase

artículo científico publicado en 1991

Analysis of sensitive information leakage in functional genomics signal profiles through genomic deletions.

artículo científico publicado en 2018

Analysis of the yeast transcriptome with structural and functional categories: characterizing highly expressed proteins

artículo científico publicado en 2000

Analysis of variable retroduplications in human populations suggests coupling of retrotransposition to cell division

artículo científico publicado en 2013

Analysis of yeast protein kinases using protein chips.

artículo científico publicado en 2000

Analyzing cellular biochemistry in terms of molecular networks

artículo científico publicado en 2004

Analyzing protein function on a genomic scale: the importance of gold-standard positives and negatives for network prediction

artículo científico publicado en 2004

Annotating non-coding regions of the genome

artículo científico publicado en 2010

Annotation of the human genome

artículo científico publicado en 2000

Annotation transfer between genomes: protein-protein interologs and protein-DNA regulogs

artículo científico publicado en 2004

Annotation transfer for genomics: measuring functional divergence in multi-domain proteins

artículo científico publicado en 2001

Annual Research Review: The promise of stem cell research for neuropsychiatric disorders

artículo científico publicado en 2011

Applications of DNA tiling arrays to experimental genome annotation and regulatory pathway discovery

artículo científico publicado en 2005

Approaches for integrating heterogeneous RNA-seq data reveal cross-talk between microbes and genes in asthmatic patients

artículo científico publicado en 2020

Architecture of the human regulatory network derived from ENCODE data

artículo científico publicado en 2012

Artificial transmembrane oncoproteins smaller than the bovine papillomavirus E5 protein redefine sequence requirements for activation of the platelet-derived growth factor beta receptor

artículo científico publicado en 2009

Assessing annotation transfer for genomics: quantifying the relations between protein sequence, structure and function through traditional and probabilistic scores.

artículo científico publicado en 2000

Assessing the limits of genomic data integration for predicting protein networks

artículo científico publicado en 2005

Assessing the need for sequence-based normalization in tiling microarray experiments

artículo científico publicado en 2007

Assessing the performance of different high-density tiling microarray strategies for mapping transcribed regions of the human genome

artículo científico publicado en 2006

Assessment of whole genome amplification-induced bias through high-throughput, massively parallel whole genome sequencing

artículo científico publicado en 2006

Association of cytokeratin 7 and 19 expression with genomic stability and favorable prognosis in clear cell renal cell cancer

article published in 2008

Author Correction: Functional genomics data: privacy risk assessment and technological mitigation

artículo científico publicado en 2021

Author Correction: Retrospective evaluation of whole exome and genome mutation calls in 746 cancer samples

artículo científico publicado en 2020

Average Core Structures and Variability Measures for Protein Families: Application to the Immunoglobulins ⬇️

artículo científico publicado el 4 de agosto de 1995

Bayesian modeling of the yeast SH3 domain interactome predicts spatiotemporal dynamics of endocytosis proteins

artículo científico publicado en 2009

Bayesian structural time series for biomedical sensor data: A flexible modeling framework for evaluating interventions

artículo científico publicado en 2021

Beyond synexpression relationships: local clustering of time-shifted and inverted gene expression profiles identifies new, biologically relevant interactions.

artículo científico publicado en 2001

Binding geometry of alpha-helices that recognize DNA

artículo científico publicado en 1995

Biochemical and genetic analysis of the yeast proteome with a movable ORF collection

artículo científico publicado en 2005

BoCaTFBS: a boosted cascade learner to refine the binding sites suggested by ChIP-chip experiments

artículo científico publicado en 2006

Bridging structural biology and genomics: assessing protein interaction data with known complexes

artículo científico publicado en 2004

Bridging structural biology and genomics: assessing protein interaction data with known complexes

artículo científico publicado en 2002

Building a Hybrid Physical-Statistical Classifier for Predicting the Effect of Variants Related to Protein-Drug Interactions

scientific article published on 03 July 2019

Building the future of biocomputing

artículo científico publicado en 1999

CNVnator: an approach to discover, genotype, and characterize typical and atypical CNVs from family and population genome sequencing

artículo científico publicado en 2011

CREB binds to multiple loci on human chromosome 22.

artículo científico publicado en 2004

Calculation of standard atomic volumes for RNA and comparison with proteins: RNA is packed more tightly

artículo científico publicado en 2005

Calculations of protein volumes: sensitivity analysis and parameter database

artículo científico publicado en 2002

Cancer genomics: Less is more in the hunt for driver mutations.

artículo científico publicado en 2017

Cellular superspreaders: an epidemiological perspective on HIV infection inside the body

artículo científico publicado en 2014

ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia

artículo científico publicado en 2012

Characterization of stress-responsive lncRNAs in Arabidopsis thaliana by integrating expression, epigenetic and structural features

artículo científico publicado en 2014

Chemistry Nobel rich in structure

artículo científico publicado en 2007

Child development and structural variation in the human genome

artículo científico

Chromatin state signatures associated with tissue-specific gene expression and enhancer activity in the embryonic limb

artículo científico publicado en 2012

Classification of human genomic regions based on experimentally determined binding sites of more than 100 transcription-related factors

artículo científico publicado en 2012

Close association of RNA polymerase II and many transcription factors with Pol III genes

artículo científico publicado en 2010

Closure of the NCBI SRA and implications for the long-term future of genomics data storage

artículo científico publicado en 2011

Comparative analysis of genome tiling array data reveals many novel primate-specific functional RNAs in human

artículo científico publicado en 2007

Comparative analysis of processed pseudogenes in the mouse and human genomes

artículo científico publicado en 2004

Comparative analysis of processed ribosomal protein pseudogenes in four mammalian genomes

artículo científico publicado en 2009

Comparative analysis of pseudogenes across three phyla

artículo científico publicado en 2014

Comparative analysis of regulatory information and circuits across distant species

artículo científico publicado en 2014

Comparative analysis of the transcriptome across distant species

artículo científico publicado en 2014

Comparing Technological Development and Biological Evolution from a Network Perspective

scientific article published on 01 March 2020

Comparing classical pathways and modern networks: towards the development of an edge ontology

artículo científico

Comparing genomes in terms of protein structure: surveys of a finite parts list.

artículo científico publicado en 1998

Comparing genomes to computer operating systems in terms of the topology and evolution of their regulatory control networks

artículo científico publicado en 2010

Comparing protein abundance and mRNA expression levels on a genomic scale

artículo científico publicado en 2003

Comparison and calibration of transcriptome data from RNA-Seq and tiling arrays

artículo científico publicado en 2010

Complex transcriptional circuitry at the G1/S transition in Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2002

Comprehensive Molecular Characterization of Papillary Renal-Cell Carcinoma

artículo científico publicado en 2015

Comprehensive analysis of amino acid and nucleotide composition in eukaryotic genomes, comparing genes and pseudogenes

artículo científico publicado en 2002

Comprehensive analysis of pseudogenes in prokaryotes: widespread gene decay and failure of putative horizontally transferred genes

artículo científico publicado en 2004

Comprehensive analysis of the pseudogenes of glycolytic enzymes in vertebrates: the anomalously high number of GAPDH pseudogenes highlights a recent burst of retrotrans-positional activity

artículo científico publicado en 2009

Comprehensive assessment of automatic structural alignment against a manual standard, the scop classification of proteins

artículo científico publicado en 1998

Comprehensive functional genomic resource and integrative model for the human brain

scientific article published on 01 December 2018

Computational analysis of membrane proteins: genomic occurrence, structure prediction and helix interactions

artículo científico publicado en 2004

Computational analysis of membrane proteins: the largest class of drug targets.

artículo científico publicado en 2009

Computer security in academia-a potential roadblock to distributed annotation of the human genome

artículo científico publicado en 2004

Conformational changes associated with protein-protein interactions

artículo científico publicado en 2004

Construction and analysis of an integrated regulatory network derived from high-throughput sequencing data

artículo científico publicado en 2011

Corrigendum: Diverse human extracellular RNAs are widely detected in human plasma

artículo científico publicado en 2016

Cross-Disciplinary Network Comparison: Matchmaking Between Hairballs

artículo científico publicado en 2016

DNA recognition and superstructure formation by helix-turn-helix proteins

scientific article published on 01 April 1995

DNA recognition code of transcription factors

artículo científico publicado en 1995

DNA replication-timing analysis of human chromosome 22 at high resolution and different developmental states

artículo científico publicado en 2004

DREISS: Using State-Space Models to Infer the Dynamics of Gene Expression Driven by External and Internal Regulatory Networks

artículo científico publicado en 2016

Data Sanitization to Reduce Private Information Leakage from Functional Genomics

artículo científico publicado en 2020

Data mining crystallization databases: knowledge-based approaches to optimize protein crystal screens

artículo científico publicado en 2003

Data mining on the web

artículo científico publicado en 2006

Deciphering protein kinase specificity through large-scale analysis of yeast phosphorylation site motifs

artículo científico publicado en 2010

Decoding neuroproteomics: integrating the genome, translatome and functional anatomy

artículo científico publicado en 2014

Deep Inside Champions, Just Genes?

artículo científico publicado en 2013

Defining functional DNA elements in the human genome

artículo científico publicado en 2014

Defining the TRiC/CCT interactome links chaperonin function to stabilization of newly made proteins with complex topologies

artículo científico publicado en 2008

Defining the human reference protein-coding gene set.

artículo científico publicado en 2010

Dermal Adipocyte Lipolysis and Myofibroblast Conversion Are Required for Efficient Skin Repair

scientific article published on 15 April 2020

Design Issues in Implementing a Portable Sample Tracking and Analysis Research Support (STARS) System for PCR Based Microarray Research

Design optimization methods for genomic DNA tiling arrays

artículo científico publicado en 2005

Design principles of molecular networks revealed by global comparisons and composite motifs

artículo científico publicado en 2006

Detecting and annotating genetic variations using the HugeSeq pipeline

artículo científico publicado en 2012

Detection of copy number variation from array intensity and sequencing read depth using a stepwise Bayesian model ⬇️

artículo científico publicado el 31 de octubre de 2010

Determining the impact of putative loss-of-function variants in protein-coding genes

article

Determining the minimum number of types necessary to represent the sizes of protein atoms

artículo científico publicado en 2001

DiNeR: a Differential graphical model for analysis of co-regulation Network Rewiring

artículo científico publicado en 2020

Differential binding of calmodulin-related proteins to their targets revealed through high-density Arabidopsis protein microarrays

artículo científico publicado en 2007

Digging deep for ancient relics: a survey of protein motifs in the intergenic sequences of four eukaryotic genomes

artículo científico publicado en 2002

Digging for dead genes: an analysis of the characteristics of the pseudogene population in the Caenorhabditis elegans genome

artículo científico

Discordant Expression of Circulating microRNA from Cellular and Extracellular Sources

artículo científico publicado en 2016

Discovery and characterization of coding and non-coding driver mutations in more than 2,500 whole cancer genomes

Discovery of non-ETS gene fusions in human prostate cancer using next-generation RNA sequencing

artículo científico publicado en 2010

Distinct genomic aberrations associated with ERG rearranged prostate cancer

artículo científico publicado en 2009

Distribution of NF-kappaB-binding sites across human chromosome 22

artículo científico publicado en 2003

Divergence of transcription factor binding sites across related yeast species

artículo científico publicado en 2007

Diverse cellular functions of the Hsp90 molecular chaperone uncovered using systems approaches.

artículo científico publicado en 2007

Diverse human extracellular RNAs are widely detected in human plasma.

artículo científico publicado en 2016

Diverse protein kinase interactions identified by protein microarrays reveal novel connections between cellular processes

artículo científico publicado en 2011

Diverse roles and interactions of the SWI/SNF chromatin remodeling complex revealed using global approaches

artículo científico publicado en 2011

Diverse transcription factor binding features revealed by genome-wide ChIP-seq in C. elegans

artículo científico publicado en 2010

Domain closure in adenylate kinase. Joints on either side of two helices close like neighboring fingers

scientific article published on 01 January 1993

Domain closure in lactoferrin. Two hinges produce a see-saw motion between alternative close-packed interfaces

artículo científico publicado en 1993

Dynamic RNA-protein interactions underlie the zebrafish maternal-to-zygotic transition

artículo científico publicado en 2017

Dynamic and complex transcription factor binding during an inducible response in yeast

artículo científico publicado en 2009

Dynamic transcriptomes during neural differentiation of human embryonic stem cells revealed by short, long, and paired-end sequencing

artículo científico publicado en 2010

E-publishing on the Web: promises, pitfalls, and payoffs for bioinformatics

scientific article published on 01 June 1999

EBNA1 regulates cellular gene expression by binding cellular promoters

artículo científico publicado en 2009

Efficient yeast ChIP-Seq using multiplex short-read DNA sequencing

artículo científico publicado en 2009

Electron diffraction analysis of structural changes in the photocycle of bacteriorhodopsin.

artículo científico publicado en 1993

Encoding human serine phosphopeptides in bacteria for proteome-wide identification of phosphorylation-dependent interactions

artículo científico publicado en 2018

Enhanced transcriptome maps from multiple mouse tissues reveal evolutionary constraint in gene expression.

artículo científico publicado en 2015

Epigenetic repression of miR-31 disrupts androgen receptor homeostasis and contributes to prostate cancer progression

artículo científico publicado en 2012

Epigenome-based splicing prediction using a recurrent neural network

scientific article published on 25 June 2020

Erratum to: The real cost of sequencing: scaling computation to keep pace with data generation

artículo científico publicado en 2016

Erratum: Analysis of deletion breakpoints from 1,092 humans reveals details of mutation mechanisms

artículo científico publicado en 2015

Erratum: Corrigendum: Performance comparison of whole-genome sequencing platforms

scholarly article by Hugo Y K Lam et al published June 2012 in Nature Biotechnology

Establishing a Global Standard for Wearable Devices in Sport and Fitness: Perspectives from the New England Chapter of the American College of Sports Medicine Members

artículo científico publicado en 2020

Estimating growth patterns and driver effects in tumor evolution from individual samples

artículo científico publicado en 2020

Estimation of the carrier frequency of fumarate hydratase alterations and implications for kidney cancer risk in hereditary leiomyomatosis and renal cancer

artículo científico publicado en 2020

Evaluation of 16S rRNA gene sequencing for species and strain-level microbiome analysis

scientific article published on 06 November 2019

Expanded encyclopaedias of DNA elements in the human and mouse genomes

artículo científico publicado en 2020

Exploring the range of protein flexibility, from a structural proteomics perspective

artículo científico publicado en 2004

ExpressYourself: A modular platform for processing and visualizing microarray data

artículo científico publicado en 2003

Extending gene ontology in the context of extracellular RNA and vesicle communication

artículo científico publicado en 2016

Extensive in vivo metabolite-protein interactions revealed by large-scale systematic analyses

artículo científico publicado en 2010

Extensive promoter-centered chromatin interactions provide a topological basis for transcription regulation

artículo científico publicado en 2012

Extrapolating traditional DNA microarray statistics to tiling and protein microarray technologies

artículo científico publicado en 2006

FANCY: Fast Estimation of Privacy Risk in Functional Genomics Data

artículo científico publicado en 2020

FOXG1-Dependent Dysregulation of GABA/Glutamate Neuron Differentiation in Autism Spectrum Disorders

artículo científico publicado en 2015

Fast and Scalable Private Genotype Imputation Using Machine Learning and Partially Homomorphic Encryption

artículo científico publicado en 2021

Fast optimal genome tiling with applications to microarray design and homology search

artículo científico publicado en 2004

Finding an average core structure: application to the globins

artículo científico publicado el 1 de enero de 1994

FlexOracle: predicting flexible hinges by identification of stable domains

artículo científico publicado en 2007

Forging links in an electronic paper chain

artículo científico publicado en 1999

FunSeq2: a framework for prioritizing noncoding regulatory variants in cancer

artículo científico publicado en 2014

Functional genomics data: privacy risk assessment and technological mitigation

artículo científico publicado en 2021

Functional profiling of the Saccharomyces cerevisiae genome

artículo científico publicado en 2002

FusionSeq: a modular framework for finding gene fusions by analyzing Paired-End RNA-Sequencing data

artículo científico publicado en 2010

FusorSV: an algorithm for optimally combining data from multiple structural variation detection methods.

artículo científico publicado en 2018

GATA-1 binding sites mapped in the beta-globin locus by using mammalian chIp-chip analysis

artículo científico publicado en 2002

GENCODE 2021 ⬇️

artículo científico publicado en 2020

GENCODE reference annotation for the human and mouse genomes

artículo científico publicado en 2019

GENCODE: Creating a Validated Manually Annotated Geneset for the Whole Human Genome

GENCODE: Creating a Validated Manually Annotated Geneset for the Whole Human Genome

GENCODE: the reference human genome annotation for The ENCODE Project

artículo científico publicado en 2012

GRAM: A GeneRAlized Model to predict the molecular effect of a non-coding variant in a cell-type specific manner

scientific article published on 30 August 2019

Gaining comprehensive biological insight into the transcriptome by performing a broad-spectrum RNA-seq analysis

artículo científico publicado en 2017

Gene Tracer: A smart, interactive, voice-controlled Alexa skill for gene information retrieval and browsing, mutation annotation, and network visualization

scientific article published in 2021

Gene inactivation and its implications for annotation in the era of personal genomics

artículo científico publicado en 2011

Gene names can confound most-searched listings

artículo científico publicado en 2018

GeneCensus: genome comparisons in terms of metabolic pathway activity and protein family sharing ⬇️

artículo científico publicado en 2002

Genome analyses of spirochetes: a study of the protein structures, functions and metabolic pathways in Treponema pallidum and Borrelia burgdorferi

artículo científico publicado en 2000

Genome-wide analysis of chromatin features identifies histone modification sensitive and insensitive yeast transcription factors

artículo científico publicado en 2011

Genome-wide analysis relating expression level with protein subcellular localization

artículo científico publicado en 2000

Genome-wide identification of binding sites defines distinct functions for Caenorhabditis elegans PHA-4/FOXA in development and environmental response

artículo científico publicado en 2010

Genome-wide mapping of copy number variation in humans: comparative analysis of high resolution array platforms

artículo científico publicado en 2011

Genome-wide sequence-based prediction of peripheral proteins using a novel semi-supervised learning technique

artículo científico publicado en 2010

Genomic analysis of essentiality within protein networks

artículo científico publicado en 2004

Genomic analysis of gene expression relationships in transcriptional regulatory networks

artículo científico publicado en 2003

Genomic analysis of insertion behavior and target specificity of mini-Tn7 and Tn3 transposons in Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2006

Genomic analysis of membrane protein families: abundance and conserved motifs

artículo científico publicado en 2002

Genomic analysis of regulatory network dynamics reveals large topological changes

artículo científico publicado en 2004

Genomic analysis of the hierarchical structure of regulatory networks

artículo científico publicado en 2006

Genomic analysis of the hydrocarbon-producing, cellulolytic, endophytic fungus Ascocoryne sarcoides

artículo científico publicado en 2012

Genomic and proteomic analysis of the myeloid differentiation program

artículo científico publicado en 2001

Genomic and proteomic analysis of the myeloid differentiation program: global analysis of gene expression during induced differentiation in the MPRO cell line

artículo científico publicado en 2002

Genomic anonymity: have we already lost it?

article published in 2008

Genomics and data science: an application within an umbrella.

artículo científico publicado en 2019

Genomics and privacy: implications of the new reality of closed data for the field

artículo científico publicado en 2011

Genomics. Defining genes in the genomics era.

artículo científico publicado en 2003

Genomics: ENCODE leads the way on big data

artículo científico publicado en 2012

Genomics: protein fossils live on as RNA.

artículo científico publicado en 2008

Germline determinants of the somatic mutation landscape in 2,642 cancer genomes

article

Germline variant burden in cancer genes correlates with age at diagnosis and somatic mutation burden

artículo científico publicado en 2020

Getting connected: analysis and principles of biological networks

artículo científico publicado en 2007

Getting started in gene orthology and functional analysis

artículo científico publicado en 2010

Getting started in text mining: part two.

artículo científico publicado en 2009

Global Survey of Human T Leukemic Cells by Integrating Proteomics and Transcriptomics Profiling

artículo científico publicado en 2007

Global analysis of protein activities using proteome chips

artículo científico publicado en 2001

Global analysis of protein phosphorylation in yeast

artículo científico publicado en 2005

Global changes in STAT target selection and transcription regulation upon interferon treatments

artículo científico publicado en 2005

Global identification and characterization of transcriptionally active regions in the rice genome

artículo científico publicado en 2007

Global identification of human transcribed sequences with genome tiling arrays

artículo científico publicado en 2004

Global landscape of protein complexes in the yeast Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2006

Helix Interaction Tool (HIT): a web-based tool for analysis of helix-helix interactions in proteins

artículo científico publicado en 2006

HiC-Spector: A matrix library for spectral and reproducibility analysis of Hi-C contact maps

artículo científico publicado en 2017

High-order neural networks and kernel methods for peptide-MHC binding prediction

artículo científico publicado en 2015

High-resolution copy-number variation map reflects human olfactory receptor diversity and evolution

artículo científico publicado en 2008

High-resolution mapping of DNA copy alterations in human chromosome 22 using high-density tiling oligonucleotide arrays

artículo científico publicado en 2006

Hinge Atlas: relating protein sequence to sites of structural flexibility

artículo científico publicado en 2007

HingeMaster: normal mode hinge prediction approach and integration of complementary predictors.

artículo científico publicado en 2008

How far can sequences diverge?

artículo científico publicado en 1997

How representative are the known structures of the proteins in a complete genome? A comprehensive structural census

artículo científico publicado en 1998

IQSeq: integrated isoform quantification analysis based on next-generation sequencing

artículo científico publicado en 2012

Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project

artículo científico publicado en 2007

Identification and analysis of over 2000 ribosomal protein pseudogenes in the human genome

artículo científico publicado en 2002

Identification and analysis of unitary pseudogenes: historic and contemporary gene losses in humans and other primates

artículo científico publicado en 2010

Identification and characterization of over 100 mitochondrial ribosomal protein pseudogenes in the human genome☆ ⬇️

artículo científico publicado el 1 de mayo de 2003

Identification and correction of spurious spatial correlations in microarray data

artículo científico publicado en 2003

Identification of a Major Determinant for Serine-Threonine Kinase Phosphoacceptor Specificity

artículo científico publicado en 2014

Identification of a disease-defining gene fusion in epithelioid hemangioendothelioma

artículo científico publicado en 2011

Identification of genes critical for resistance to infection by West Nile virus using RNA-Seq analysis

artículo científico publicado en 2013

Identification of genomic indels and structural variations using split reads

artículo científico publicado en 2011

Identification of novel functional elements in the human genome

artículo científico publicado en 2003

Identification of pseudogenes in the Drosophila melanogaster genome

artículo científico publicado en 2003

Identification of specificity determining residues in peptide recognition domains using an information theoretic approach applied to large-scale binding maps

artículo científico publicado en 2011

Identification of yeast cell cycle regulated genes based on genomic features

artículo científico publicado en 2013

Identifying Allosteric Hotspots with Dynamics: Application to Inter- and Intra-species Conservation

artículo científico publicado en 2016

Impediments to database interoperation: legal issues and security concerns

artículo científico publicado en 2005

Improved reconstruction of in silico gene regulatory networks by integrating knockout and perturbation data

artículo científico publicado en 2010

Information assessment on predicting protein-protein interactions

artículo científico publicado en 2004

Insights into genetics, human biology and disease gleaned from family based genomic studies

artículo científico publicado en 2019

Insights into genetics, human biology and disease gleaned from family based genomic studies

article

Integrated analysis of experimental data sets reveals many novel promoters in 1% of the human genome

artículo científico publicado en 2007

Integrated assessment of genomic correlates of protein evolutionary rate

artículo científico publicado en 2009

Integrated prediction of the helical membrane protein interactome in yeast.

artículo científico publicado en 2006

Integrated pseudogene annotation for human chromosome 22: evidence for transcription

artículo científico publicado en 2005

Integrating sequencing technologies in personal genomics: optimal low cost reconstruction of structural variants

artículo científico publicado en 2009

Integration of curated databases to identify genotype-phenotype associations

artículo científico publicado en 2006

Integration of extracellular RNA profiling data using metadata, biomedical ontologies and Linked Data technologies

artículo científico publicado en 2015

Integration of genomic datasets to predict protein complexes in yeast

artículo científico publicado en 2002

Integration of protein motions with molecular networks reveals different mechanisms for permanent and transient interactions

artículo científico publicado en 2011

Integrative Personal Omics Profiles during Periods of Weight Gain and Loss.

artículo científico publicado en 2018

Integrative analysis of the Caenorhabditis elegans genome by the modENCODE project

artículo científico publicado en 2010

Integrative annotation of variants from 1092 humans: application to cancer genomics

artículo científico publicado en 2013

Integrative data mining: the new direction in bioinformatics.

artículo científico publicado en 2001

Integrative database analysis in structural genomics

scientific article published on 01 November 2000

Integrative functional genomic analysis of human brain development and neuropsychiatric risks

scientific article published on 01 December 2018

Integrative microarray analysis of pathways dysregulated in metastatic prostate cancer

artículo científico publicado en 2007

Intensification: A Resource for Amplifying Population-Genetic Signals with Protein Repeats

artículo científico publicado en 2016

Interpretation of genomic variants using a unified biological network approach

artículo científico publicado en 2013

Interrelating different types of genomic data, from proteome to secretome: 'oming in on function

artículo científico publicado en 2001

Isoform-Level Interpretation of High-Throughput Proteomics Data Enabled by Deep Integration with RNA-seq

article

Issues in the analysis of oligonucleotide tiling microarrays for transcript mapping

artículo científico publicado en 2005

KBase: The United States Department of Energy Systems Biology Knowledgebase

article

LARVA: an integrative framework for large-scale analysis of recurrent variants in noncoding annotations

artículo científico publicado en 2015

LPFC: an Internet library of protein family core structures

artículo científico publicado en 1997

Landscape and variation of novel retroduplications in 26 human populations.

artículo científico publicado en 2017

Landscape of transcription in human cells

artículo científico publicado en 2012

Large-scale analysis of pseudogenes in the human genome

artículo científico publicado en 2004

Large-scale analysis of the yeast genome by transposon tagging and gene disruption

artículo científico publicado en 1999

Large-scale atlas of microarray data reveals the distinct expression landscape of different tissues in Arabidopsis.

artículo científico publicado en 2016

Large-scale mutagenesis of the yeast genome using a Tn7-derived multipurpose transposon

artículo científico publicado en 2004

Latent-space embedding of expression data identifies gene signatures from sputum samples of asthmatic patients

scientific article published on 15 October 2020

Leveraging long read sequencing from a single individual to provide a comprehensive resource for benchmarking variant calling methods

artículo científico publicado en 2015

Leveraging protein dynamics to identify cancer mutational hotspots using 3D structures

scientific article published on 28 August 2019

Leveraging the structure of the Semantic Web to enhance information retrieval for proteomics

artículo científico

Localized structural frustration for evaluating the impact of sequence variants

artículo científico publicado en 2016

Loregic: a method to characterize the cooperative logic of regulatory factors

artículo científico publicado en 2015

MAPK target networks in Arabidopsis thaliana revealed using functional protein microarrays

artículo científico publicado en 2008

MOAT: Efficient Detection of Highly Mutated Regions with the Mutations Overburdening Annotations Tool

artículo científico publicado en 2018

MOTIPS: automated motif analysis for predicting targets of modular protein domains

artículo científico publicado en 2010

MSB: a mean-shift-based approach for the analysis of structural variation in the genome

artículo científico publicado en 2008

MUSIC: identification of enriched regions in ChIP-Seq experiments using a mappability-corrected multiscale signal processing framework.

artículo científico publicado en 2014

Machine learning and genome annotation: a match meant to be?

artículo científico publicado en 2013

Major molecular differences between mammalian sexes are involved in drug metabolism and renal function

artículo científico publicado en 2004

Manually structured digital abstracts: a scaffold for automatic text mining

artículo científico publicado en 2008

Mapping accessible chromatin regions using Sono-Seq

artículo científico publicado en 2009

Mapping copy number variation by population-scale genome sequencing

artículo científico publicado en 2011

Mapping genomic loci implicates genes and synaptic biology in schizophrenia

artículo científico publicado en 2022

Mapping of transcription factor binding regions in mammalian cells by ChIP: comparison of array- and sequencing-based technologies

artículo científico publicado en 2007

Measurement of the effectiveness of transitive sequence comparison, through a third 'intermediate' sequence

artículo científico publicado en 1998

Measuring shifts in function and evolutionary opportunity using variability profiles: a case study of the globins

artículo científico publicado en 2000

Measuring the evolutionary rewiring of biological networks

artículo científico publicado en 2011

Measuring the reproducibility and quality of Hi-C data

article by Galip Gürkan Yardımcı et al published 19 March 2019 in Genome Biology

MetaSV: an accurate and integrative structural-variant caller for next generation sequencing

artículo científico publicado en 2015

MicroRNA-dependent regulation of biomechanical genes establishes tissue stiffness homeostasis

scientific article published on 11 February 2019

MicroRNAs Establish Uniform Traits during the Architecture of Vertebrate Embryos.

artículo científico publicado en 2017

Millions of years of evolution preserved: a comprehensive catalog of the processed pseudogenes in the human genome

artículo científico publicado en 2003

Mining the structural genomics pipeline: identification of protein properties that affect high-throughput experimental analysis.

artículo científico publicado en 2004

Mismatch oligonucleotides in human and yeast: guidelines for probe design on tiling microarrays

artículo científico publicado en 2008

Modeling ChIP sequencing in silico with applications

artículo científico publicado en 2008

Modeling gene expression using chromatin features in various cellular contexts

artículo científico publicado en 2012

Modeling the relative relationship of transcription factor binding and histone modifications to gene expression levels in mouse embryonic stem cells

artículo científico publicado en 2011

MolMovDB: analysis and visualization of conformational change and structural flexibility

artículo científico publicado en 2003

Molecular and cellular reorganization of neural circuits in the human lineage.

artículo científico publicado en 2017

Molecular characterization of neuroendocrine prostate cancer and identification of new drug targets

artículo científico publicado en 2011

Molecular fossils in the human genome: identification and analysis of the pseudogenes in chromosomes 21 and 22

artículo científico publicado en 2002

Molecular sampling of prostate cancer: a dilemma for predicting disease progression

artículo científico publicado en 2010

MrTADFinder: A network modularity based approach to identify topologically associating domains in multiple resolutions

artículo científico publicado en 2017

Multi-level learning: improving the prediction of protein, domain and residue interactions by allowing information flow between levels

artículo científico publicado en 2009

Multi-platform discovery of haplotype-resolved structural variation in human genomes

Multi-platform discovery of haplotype-resolved structural variation in human genomes

artículo científico publicado en 2019

Multi-species microarrays reveal the effect of sequence divergence on gene expression profiles

artículo científico publicado en 2005

Multiple laboratory mouse reference genomes define strain specific haplotypes and novel functional loci

Multiple-Swarm Ensembles: Improving the Predictive Power and Robustness of Predictive Models and Its Use in Computational Biology

artículo científico publicado en 2017

N-myc downstream regulated gene 1 (NDRG1) is fused to ERG in prostate cancer

artículo científico publicado en 2009

NIMBus: a negative binomial regression based Integrative Method for mutation Burden Analysis

scientific article published on 22 October 2020

Network modeling identifies molecular functions targeted by miR-204 to suppress head and neck tumor metastasis

artículo científico publicado en 2010

Network security and data integrity in academia: an assessment and a proposal for large-scale archiving

artículo científico publicado en 2005

New insights into Acinetobacter baumannii pathogenesis revealed by high-density pyrosequencing and transposon mutagenesis

artículo científico publicado en 2007

Normal mode analysis of macromolecular motions in a database framework: developing mode concentration as a useful classifying statistic

artículo científico publicado en 2002

Normal modes for predicting protein motions: a comprehensive database assessment and associated Web tool

artículo científico publicado en 2005

Novel Transcribed Regions in the Human Genome

article

Novel approaches for bioinformatic analysis of salivary RNA Sequencing data in the biomarker development process

artículo científico publicado en 2017

Novel insights through the integration of structural and functional genomics data with protein networks

artículo científico publicado en 2012

Nucleotide-resolution analysis of structural variants using BreakSeq and a breakpoint library

artículo científico publicado en 2010

Of mice and men: phylogenetic footprinting aids the discovery of regulatory elements

artículo científico publicado en 2003

On sports and genes

artículo científico publicado en 2012

One thousand somatic SNVs per skin fibroblast cell set baseline of mosaic mutational load with patterns that suggest proliferative origin.

artículo científico publicado en 2017

Ontologies for proteomics: towards a systematic definition of structure and function that scales to the genome level

artículo científico publicado en 2003

Open access: taking full advantage of the content

artículo científico publicado en 2008

Origins and characterization of variants shared between databases of somatic and germline human mutations

scientific article published on 04 June 2020

OrthoClust: an orthology-based network framework for clustering data across multiple species

artículo científico publicado en 2014

PARE: a tool for comparing protein abundance and mRNA expression data

artículo científico publicado en 2007

PEMer: a computational framework with simulation-based error models for inferring genomic structural variants from massive paired-end sequencing data

artículo científico publicado en 2009

Packing at the protein-water interface

artículo científico publicado en 1996

Paired-end mapping reveals extensive structural variation in the human genome

artículo científico publicado en 2007

Pan-cancer analysis of whole genomes identifies driver rearrangements promoted by LINE-1 retrotransposition

artículo científico publicado en 2020

Pangolin genomes and the evolution of mammalian scales and immunity

artículo científico publicado en 2016

PartsList: a web-based system for dynamically ranking protein folds based on disparate attributes, including whole-genome expression and interaction information

artículo científico

Passenger Mutations in More Than 2,500 Cancer Genomes: Overall Molecular Functional Impact and Consequences

scientific article published on 20 February 2020

Passenger mutations in 2500 cancer genomes: Overall molecular functional impact and consequences

Patients with urologic cancer and other nonurologic malignancies: analysis of a sample and review of the literature

artículo científico publicado en 2001

Patterns of nucleotide substitution, insertion and deletion in the human genome inferred from pseudogenes

artículo científico publicado en 2003

Patterns of protein-fold usage in eight microbial genomes: a comprehensive structural census

artículo científico publicado en 1998

PeakSeq enables systematic scoring of ChIP-seq experiments relative to controls

artículo científico publicado en 2009

Performance comparison of whole-genome sequencing platforms

artículo científico publicado en 2011

Personal genome sequencing: current approaches and challenges

artículo científico publicado en 2010

Personal omics profiling reveals dynamic molecular and medical phenotypes

artículo científico publicado en 2012

Personal phenotypes to go with personal genomes

artículo científico publicado en 2009

Perspectives on ENCODE

artículo científico publicado en 2020

Perspectives: signal transduction. Proteins in motion

artículo científico publicado en 1999

Polar zipper sequence in the high-affinity hemoglobin of Ascaris suum: amino acid sequence and structural interpretation ⬇️

artículo científico publicado el 15 de mayo de 1992

Pollen-derived RNAs Are Found in the Human Circulation

artículo científico publicado en 2019

Positional artifacts in microarrays: experimental verification and construction of COP, an automated detection tool

artículo científico publicado en 2006

Positive selection at the protein network periphery: Evaluation in terms of structural constraints and cellular context

artículo científico publicado en 2007

Predicting changes in protein thermodynamic stability upon point mutation with deep 3D convolutional neural networks

artículo científico publicado en 2020

Predicting essential genes in fungal genomes

artículo científico publicado en 2006

Predicting interactions in protein networks by completing defective cliques.

artículo científico publicado en 2006

Predicting protein ligand binding motions with the conformation explorer

artículo científico publicado en 2011

Predicting the frequencies of drug side effects

scientific article published on 11 September 2020

Prediction and characterization of noncoding RNAs in C. elegans by integrating conservation, secondary structure, and high-throughput sequencing and array data

artículo científico publicado en 2010

Prediction of regulatory networks: genome-wide identification of transcription factor targets from gene expression data

artículo científico publicado en 2003

ProCAT: a data analysis approach for protein microarrays

artículo científico publicado en 2006

Protein family and fold occurrence in genomes: power-law behaviour and evolutionary model

artículo científico publicado en 2001

Protein folding: the endgame

artículo científico publicado en 1997

Protein folds in the worm genome

artículo científico publicado en 2000

Proteomics of Mycoplasma genitalium: identification and characterization of unannotated and atypical proteins in a small model genome

artículo científico publicado en 2000

Proteomics. Integrating interactomes

artículo científico publicado en 2002

Proton sensitivity of ASIC1 appeared with the rise of fishes by changes of residues in the region that follows TM1 in the ectodomain of the channel

PseudoPipe: an automated pseudogene identification pipeline

artículo científico publicado en 2006

Pseudofam: the pseudogene families database

artículo científico publicado en 2009

Pseudogene.org: a comprehensive database and comparison platform for pseudogene annotation

artículo científico publicado en 2007

Pseudogenes in the ENCODE regions: consensus annotation, analysis of transcription, and evolution

artículo científico publicado en 2007

Pseudogenes in the mouse lineage: transcriptional activity and strain-specific history

PubNet: a flexible system for visualizing literature derived networks

artículo científico publicado en 2005

Publishing perishing? Towards tomorrow's information architecture

artículo científico publicado en 2007

Quantification of private information leakage from phenotype-genotype data: linking attacks

artículo científico publicado en 2016

Quantifying environmental adaptation of metabolic pathways in metagenomics

artículo científico publicado en 2009

Quantum computing at the frontiers of biological sciences

artículo científico publicado en 2021

RADAR: annotation and prioritization of variants in the post-transcriptional regulome of RNA-binding proteins

scientific article published on 30 July 2020

RNA expression patterns change dramatically in human neutrophils exposed to bacteria

artículo científico publicado en 2001

RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics

artículo científico publicado en 2009

RNAi development

artículo científico publicado en 2007

RSEQtools: a modular framework to analyze RNA-Seq data using compact, anonymized data summaries

artículo científico publicado en 2010

Rapid Evolution by Positive Darwinian Selection in T-Cell Antigen CD4 in Primates

Reads meet rotamers: structural biology in the age of deep sequencing

artículo científico publicado en 2015

Reconstructing genetic networks in yeast ⬇️

artículo científico publicado el 1 de noviembre de 2003

Reconstruction of enhancer-target networks in 935 samples of human primary cells, tissues and cell lines

artículo científico publicado en 2017

Regulation of gene expression by a metabolic enzyme

artículo científico publicado en 2004

Regulatory element copy number differences shape primate expression profiles.

artículo científico publicado en 2012

Relating protein conformational changes to packing efficiency and disorder

artículo científico publicado en 2009

Relating three-dimensional structures to protein networks provides evolutionary insights

artículo científico publicado en 2006

Relating whole-genome expression data with protein-protein interactions

artículo científico publicado en 2002

Relationship between gene co-expression and probe localization on microarray slides

artículo científico publicado en 2003

Reliability of Whole-Exome Sequencing for Assessing Intratumor Genetic Heterogeneity

artículo científico publicado en 2018

Remodeling of hippocampal GABAergic system in adult offspring after maternal hypoxia and magnesium sulfate load: immunohistochemical study

artículo científico publicado en 2005

Repeat associated mechanisms of genome evolution and function revealed by the Mus caroli and Mus pahari genomes

Repeat associated mechanisms of genome evolution and function revealed by the Mus caroli and Mus pahari genomes.

artículo científico publicado en 2018

Repeated tertiary fold of RNA polymerase II and implications for DNA binding

artículo científico publicado en 1998

Reply to Brunet and Doolittle: Both selected effect and causal role elements can influence human biology and disease

artículo científico publicado en 2014

Retrospective evaluation of whole exome and genome mutation calls in 746 cancer samples

scientific article published on 21 September 2020

Revisiting the codon adaptation index from a whole-genome perspective: analyzing the relationship between gene expression and codon occurrence in yeast using a variety of models

artículo científico publicado en 2003

Rewiring of transcriptional regulatory networks: hierarchy, rather than connectivity, better reflects the importance of regulators.

artículo científico publicado en 2010

RigidFinder: a fast and sensitive method to detect rigid blocks in large macromolecular complexes

artículo científico publicado en 2010

Robotic cloning and Protein Production Platform of the Northeast Structural Genomics Consortium.

artículo científico publicado en 2005

Robust-linear-model normalization to reduce technical variability in functional protein microarrays

scientific article published on 01 December 2009

Role of non-coding sequence variants in cancer

artículo científico publicado en 2016

SNPs on human chromosomes 21 and 22 -- analysis in terms of protein features and pseudogenes

scientific article published on 01 May 2002

SPINE 2: a system for collaborative structural proteomics within a federated database framework

artículo científico publicado en 2003

SPINE: an integrated tracking database and data mining approach for identifying feasible targets in high-throughput structural proteomics

artículo científico publicado en 2001

STARRPeaker: uniform processing and accurate identification of STARR-seq active regions

scientific article published on 08 December 2020

SVFX: a machine learning framework to quantify the pathogenicity of structural variants

artículo científico publicado en 2020

Seeking a new biology through text mining

artículo científico publicado en 2008

Segmental duplications in the human genome reveal details of pseudogene formation

artículo científico publicado en 2010

Selection and characterization of small random transmembrane proteins that bind and activate the platelet-derived growth factor beta receptor.

artículo científico publicado en 2004

Sensitive information leakage from functional genomics data: Theoretical quantifications & practical file formats for privacy preservation

article published in 2018

Sequence variation in G-protein-coupled receptors: analysis of single nucleotide polymorphisms

artículo científico publicado en 2005

Sequences and topology

artículo científico publicado en 2003

Shaping the nebulous enhancer in the era of high-throughput assays and genome editing

artículo científico publicado en 2019

SigLASSO: a LASSO approach jointly optimizing sampling likelihood and cancer mutation signatures

scholarly article published 10 July 2018

Simulating the minimum core for hydrophobic collapse in globular proteins

artículo científico publicado en 1997

Simulating water and the molecules of life

artículo científico publicado en 1998

Sixteen diverse laboratory mouse reference genomes define strain-specific haplotypes and novel functional loci

scientific article published on 01 October 2018

Sixty years of genome biology

artículo científico publicado en 2013

Small RNAs originated from pseudogenes: cis- or trans-acting?

artículo científico publicado en 2009

Social considerations in research: consider them but don't use them

artículo científico publicado en 2011

Social networking and personal genomics: suggestions for optimizing the interaction

artículo científico publicado en 2009

Solution structure of the DNA binding octapeptide repeat of the K10 gene product.

artículo científico publicado en 1994

Somatic copy number mosaicism in human skin revealed by induced pluripotent stem cells

artículo científico publicado en 2012

Spectral biclustering of microarray data: coclustering genes and conditions

artículo científico publicado en 2003

Statistical analysis of amino acid patterns in transmembrane helices: the GxxxG motif occurs frequently and in association with beta-branched residues at neighboring positions.

artículo científico publicado en 2000

Statistical analysis of the genomic distribution and correlation of regulatory elements in the ENCODE regions

artículo científico publicado en 2007

Stereochemical basis of DNA recognition by Zn fingers

artículo científico publicado en 1994

StoneHinge: hinge prediction by network analysis of individual protein structures

artículo científico publicado en 2009

Strategies for structural proteomics of prokaryotes: Quantifying the advantages of studying orthologous proteins and of using both NMR and X-ray crystallography approaches

artículo científico publicado en 2003

Stroke and Circulating Extracellular RNAs

artículo científico publicado en 2017

Structural genomics analysis: characteristics of atypical, common, and horizontally transferred folds.

artículo científico publicado en 2002

Structural genomics: a new era for pharmaceutical research

artículo científico publicado en 2002

Structural genomics: current progress

artículo científico publicado en 2003

Structural mechanisms for domain movements in proteins

artículo científico publicado en 1994

Structural proteomics of an archaeon

artículo científico publicado en 2000

Structural proteomics: prospects for high throughput sample preparation

artículo científico publicado en 2000

Structure and evolution of transcriptional regulatory networks

artículo científico publicado en 2004

Structured RNAs in the ENCODE selected regions of the human genome

artículo científico publicado en 2007

Structured digital abstract makes text mining easy

artículo científico publicado en 2007

Structured digital tables on the Semantic Web: toward a structured digital literature

artículo científico publicado en 2010

Structuring supplemental materials in support of reproducibility

artículo científico publicado en 2017

Studying Macromolecular Motions in a Database Framework: From Structure to Sequence

scholarly article

Studying genomes through the aeons: protein families, pseudogenes and proteome evolution

artículo científico publicado en 2002

Subcellular localization of the yeast proteome

artículo científico publicado en 2002

Supervised enhancer prediction with epigenetic pattern recognition and targeted validation

artículo científico publicado en 2020

Systematic analysis of transcribed loci in ENCODE regions using RACE sequencing reveals extensive transcription in the human genome

artículo científico publicado en 2008

Systematic control of protein interactions for systems biology

artículo científico publicado en 2011

Systematic evaluation of variability in ChIP-chip experiments using predefined DNA targets

artículo científico publicado en 2008

Systematic identification of transcription factors associated with patient survival in cancers

artículo científico publicado en 2009

Systematic learning of gene functional classes from DNA array expression data by using multilayer perceptrons

artículo científico publicado en 2002

Systematic prediction and validation of breakpoints associated with copy-number variants in the human genome

artículo científico publicado en 2007

TIP: a probabilistic method for identifying transcription factor target genes from ChIP-seq binding profiles

artículo científico publicado en 2011

TOS9 regulates white-opaque switching in Candida albicans

artículo científico

Target hub proteins serve as master regulators of development in yeast

artículo científico publicado en 2006

Targeting the human cancer pathway protein interaction network by structural genomics

artículo científico publicado en 2008

Tcf7 is an important regulator of the switch of self-renewal and differentiation in a multipotential hematopoietic cell line

artículo científico publicado en 2012

TeXP: Deconvolving the effects of pervasive and autonomous transcription of transposable elements

scientific article published on 19 August 2019

Temporal Dynamics of Collaborative Networks in Large Scientific Consortia.

artículo científico publicado en 2016

The CRIT framework for identifying cross patterns in systems biology and application to chemogenomics

artículo científico publicado en 2011

The Centers for Mendelian Genomics: a new large-scale initiative to identify the genes underlying rare Mendelian conditions.

artículo científico publicado en 2012

The DART classification of unannotated transcription within the ENCODE regions: associating transcription with known and novel loci

artículo científico publicado en 2007

The Database of Macromolecular Motions: new features added at the decade mark

artículo científico publicado en 2006

The Extracellular RNA Communication Consortium: Establishing Foundational Knowledge and Technologies for Extracellular RNA Research

artículo científico publicado en 2019

The GENCODE human gene set

artículo científico publicado en 2010

The GENCODE human gene set

article

The GENCODE pseudogene resource

artículo científico publicado en 2012

The Geometry of the Ribosomal Polypeptide Exit Tunnel

artículo científico publicado en 2006

The PsychENCODE project

artículo científico publicado en 2015

The ambiguous boundary between genes and pseudogenes: the dead rise up, or do they?

article

The corrected gene proximity map for analyzing the 3D genome organization using Hi-C data

artículo científico publicado en 2020

The current excitement about copy-number variation: how it relates to gene duplications and protein families

artículo científico publicado en 2008

The current excitement in bioinformatics-analysis of whole-genome expression data: how does it relate to protein structure and function?

artículo científico publicado en 2000

The dominance of the population by a selected few: power-law behaviour applies to a wide variety of genomic properties

artículo científico publicado en 2002

The genetic architecture of Down syndrome phenotypes revealed by high-resolution analysis of human segmental trisomies

scholarly article

The genomic complexity of primary human prostate cancer

artículo científico publicado en 2011

The human genome has 49 cytochrome c pseudogenes, including a relic of a primordial gene that still functions in mouse

artículo científico publicado en 2003

The human proteome - a scientific opportunity for transforming diagnostics, therapeutics, and healthcare

artículo científico publicado en 2012

The importance of bottlenecks in protein networks: correlation with gene essentiality and expression dynamics

artículo científico publicado en 2007

The minimum information required for reporting a molecular interaction experiment (MIMIx).

artículo científico publicado en 2007

The modERN Resource: Genome-Wide Binding Profiles for Hundreds of Drosophila and Caenorhabditis elegans Transcription Factors

artículo científico publicado en 2017

The morph server: a standardized system for analyzing and visualizing macromolecular motions in a database framework

artículo científico publicado en 2000

The origin, evolution, and functional impact of short insertion-deletion variants identified in 179 human genomes

artículo científico publicado en 2013

The packing density in proteins: standard radii and volumes.

artículo científico publicado en 1999

The protein target list of the Northeast Structural Genomics Consortium

artículo científico publicado en 2004

The real cost of sequencing: higher than you think!

artículo científico publicado en 2011

The real cost of sequencing: scaling computation to keep pace with data generation

artículo científico publicado en 2016

The real life of pseudogenes

artículo científico publicado en 2006

The reality of pervasive transcription

artículo científico publicado en 2011

The relationship between protein structure and function: a comprehensive survey with application to the yeast genome

artículo científico publicado en 1999

The relationship between the evolution of microRNA targets and the length of their UTRs

artículo científico publicado en 2009

The role of cloud computing in managing the deluge of potentially private genetic data

artículo científico publicado en 2011

The role of disorder in interaction networks: a structural analysis

artículo científico publicado en 2008

The spread of scientific information: insights from the web usage statistics in PLoS article-level metrics

artículo científico publicado en 2011

The stability of thermophilic proteins: a study based on comprehensive genome comparison

artículo científico publicado en 2000

The tYNA platform for comparative interactomics: a web tool for managing, comparing and mining multiple networks

artículo científico publicado en 2006

The temporal patterning microRNA let-7 regulates several transcription factors at the larval to adult transition in C. elegans

artículo científico publicado en 2005

The transcriptional activity of human Chromosome 22

artículo científico publicado en 2003

The transcriptional landscape of the yeast genome defined by RNA sequencing

artículo científico publicado en 2008

The volume of atoms on the protein surface: calculated from simulation, using Voronoi polyhedra

artículo científico publicado en 1995

Thermostability of membrane protein helix-helix interaction elucidated by statistical analysis

artículo científico publicado en 2002

Tilescope: online analysis pipeline for high-density tiling microarray data

artículo científico publicado en 2007

Tiling array data analysis: a multiscale approach using wavelets

artículo científico publicado en 2011

Tissue-specific direct targets of Caenorhabditis elegans Rb/E2F dictate distinct somatic and germline programs

artículo científico publicado en 2013

To mock or not: a comprehensive comparison of mock IP and DNA input for ChIP-seq

scientific article published on 21 December 2020

Tools and databases to analyze protein flexibility; approaches to mapping implied features onto sequences

artículo científico publicado en 2003

Tools needed to navigate landscape of the genome

journal article; published in Nature on 2006-04-05

TopNet: a tool for comparing biological sub-networks, correlating protein properties with topological statistics

artículo científico publicado en 2004

TopicNet: a framework for measuring transcriptional regulatory network change

artículo científico publicado en 2020

Total ancestry measure: quantifying the similarity in tree-like classification, with genomic applications

artículo científico

Toward a universal microarray: prediction of gene expression through nearest-neighbor probe sequence identification

artículo científico publicado en 2007

Towards developing a practical artificial intelligence tool for diagnosing and evaluating autism spectrum disorder: A study using multicenter ABIDE II datasets

artículo científico publicado en 2020

Tracking Distinct RNA Populations Using Efficient and Reversible Covalent Chemistry

artículo científico publicado en 2015

Training set expansion: an approach to improving the reconstruction of biological networks from limited and uneven reliable interactions

artículo científico publicado en 2008

Transcribed processed pseudogenes in the human genome: an intermediate form of expressed retrosequence lacking protein-coding ability

artículo científico publicado en 2005

Transcription factor binding site identification in yeast: a comparison of high-density oligonucleotide and PCR-based microarray platforms

artículo científico

Transcriptional activity and strain-specific history of mouse pseudogenes

artículo científico publicado en 2020

Transcriptional landscape of the prenatal human brain

artículo científico publicado en 2014

Transcriptome and epigenome landscape of human cortical development modeled in organoids

artículo científico publicado en 2018

Transcriptome-wide isoform-level dysregulation in ASD, schizophrenia, and bipolar disorder

artículo científico publicado en 2018

Transcriptomic and phylogenetic analysis of a bacterial cell cycle reveals strong associations between gene co-expression and evolution

artículo científico publicado en 2013

Transmembrane protein domains rarely use covalent domain recombination as an evolutionary mechanism

scholarly article

Transmembrane protein oxygen content and compartmentalization of cells

artículo científico publicado en 2008

Uncovering trends in gene naming

artículo científico publicado en 2008

Understanding genome structural variations

artículo científico publicado en 2015

Understanding modularity in molecular networks requires dynamics

artículo científico publicado en 2009

Understanding transcriptional regulation by integrative analysis of transcription factor binding data.

artículo científico publicado en 2012

Unlocking the secrets of the genome

artículo científico publicado en 2009

Use of thioredoxin as a reporter to identify a subset of Escherichia coli signal sequences that promote signal recognition particle-dependent translocation

artículo científico publicado en 2005

Using 3D Hidden Markov Models that explicitly represent spatial coordinates to model and compare protein structures

artículo científico publicado en 2004

Using ALoFT to determine the impact of putative loss-of-function variants in protein-coding genes

artículo científico

Using Ethereum blockchain to store and query pharmacogenomics data via smart contracts

artículo científico publicado en 2020

Using FunSeq2 for Coding and Non-Coding Variant Annotation and Prioritization

artículo científico publicado en 2017

Using a measure of structural variation to define a core for the globins.

artículo científico publicado en 1995

Using blockchain to log genome dataset access: efficient storage and query

artículo científico publicado en 2020

Using iterative dynamic programming to obtain accurate pairwise and multiple alignments of protein structures

artículo científico publicado en 1996

Using semantic web rules to reason on an ontology of pseudogenes

artículo científico publicado en 2010

Using sigLASSO to optimize cancer mutation signatures jointly with sampling likelihood

artículo científico publicado en 2020

VAT: a computational framework to functionally annotate variants in personal genomes within a cloud-computing environment

artículo científico publicado en 2012

VarSim: a high-fidelity simulation and validation framework for high-throughput genome sequencing with cancer applications.

artículo científico publicado en 2014

Variation in transcription factor binding among humans

artículo científico publicado en 2010

Volume changes in protein evolution.

artículo científico publicado en 1994

Volume changes on protein folding.

artículo científico publicado en 1994

What is a gene, post-ENCODE? History and updated definition

artículo científico publicado en 2007

What is bioinformatics? A proposed definition and overview of the field.

artículo científico publicado en 2001

What is bioinformatics? An introduction and overview.

artículo científico publicado en 2001

What is the natural boundary of a protein in solution?

scientific article published on 01 March 1993

Whole-genome analysis of papillary kidney cancer finds significant noncoding alterations

artículo científico publicado en 2017

Whole-genome sequencing of phenotypically distinct inflammatory breast cancers reveals similar genomic alterations to non-inflammatory breast cancers

artículo científico publicado en 2021

Whole-genome trees based on the occurrence of folds and orthologs: implications for comparing genomes on different levels

artículo científico publicado en 2000

YMD: a microarray database for large-scale gene expression analysis.

artículo científico publicado en 2002

YeastHub: a semantic web use case for integrating data in the life sciences domain

artículo científico publicado en 2005

Zebrafish miR-1 and miR-133 shape muscle gene expression and regulate sarcomeric actin organization

artículo científico publicado en 2009

exRNA Atlas Analysis Reveals Distinct Extracellular RNA Cargo Types and Their Carriers Present across Human Biofluids

scientific article published on 01 April 2019

exceRpt: A Comprehensive Analytic Platform for Extracellular RNA Profiling

scientific article published on 04 April 2019

iTAR: a web server for identifying target genes of transcription factors using ChIP-seq or ChIP-chip data

artículo científico publicado en 2016

mRNA expression profiles show differential regulatory effects of microRNAs between estrogen receptor-positive and estrogen receptor-negative breast cancer

artículo científico publicado en 2009

MolMovDB

describe los movimientos que ocurren en las proteínas y otras macromoléculas

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