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Lista de obras de Christian J Stoeckert

A Coordinated Approach by Public Domain Bioinformatics Resources to Aid the Fight Against Alzheimer's Disease Through Expert Curation of Key Protein Targets

artículo científico publicado en 2020

A Framework for Global Collaborative Data Management for Malaria Research

artículo científico publicado en 2015

A molecular profile of a hematopoietic stem cell niche

artículo científico publicado en 2002

A practical false discovery rate approach to identifying patterns of differential expression in microarray data

artículo científico publicado en 2005

A simple spreadsheet-based, MIAME-supportive format for microarray data: MAGE-TAB

artículo científico publicado en 2006

AmoebaDB and MicrosporidiaDB: functional genomic resources for Amoebozoa and Microsporidia species

artículo científico publicado en 2011

An object model and database for functional genomics

artículo científico publicado en 2004

An open letter on microarray data from the MGED Society

artículo científico publicado en 2004

Analysis and management of microarray gene expression data.

artículo científico publicado en 2007

AnnotCompute: annotation-based exploration and meta-analysis of genomics experiments ⬇️

artículo científico publicado el 21 de diciembre de 2011

Annotare--a tool for annotating high-throughput biomedical investigations and resulting data

artículo científico publicado en 2010

ApiDB: integrated resources for the apicomplexan bioinformatics resource center

artículo científico publicado en 2006

ApiEST-DB: analyzing clustered EST data of the apicomplexan parasites

artículo científico publicado en 2004

Arterial endothelial methylome: differential DNA methylation in athero-susceptible disturbed flow regions in vivo

artículo científico publicado en 2015

Assessing the significance of conserved genomic aberrations using high resolution genomic microarrays

artículo científico publicado en 2007

CLO: The cell line ontology

artículo científico publicado en 2014

Chronic endoplasmic reticulum stress activates unfolded protein response in arterial endothelium in regions of susceptibility to atherosclerosis.

artículo científico publicado en 2009

ClinEpiDB: an open-access clinical epidemiology database resource encouraging online exploration of complex studies

artículo científico publicado en 2019

Clustering of genes into regulons using integrated modeling-COGRIM.

artículo científico publicado en 2007

Coexisting proinflammatory and antioxidative endothelial transcription profiles in a disturbed flow region of the adult porcine aorta.

artículo científico publicado en 2004

Common objects: think global, act local

artículo científico publicado en 2003

Comparative analysis of RNA-Seq alignment algorithms and the RNA-Seq unified mapper (RUM).

artículo científico publicado en 2011

Comparative genomics of the neglected human malaria parasite Plasmodium vivax

artículo científico publicado en 2008

Comparison of different labeling methods for two-channel high-density microarray experiments

artículo científico publicado en 2002

Computational Methods and Bioinformatic Tools

Computational analysis of constraints on noncoding regions, coding regions and gene expression in relation to Plasmodium phenotypic diversity

artículo científico publicado en 2008

Computational modeling of the Plasmodium falciparum interactome reveals protein function on a genome-wide scale

artículo científico publicado en 2006

Conservation and divergence of known apicomplexan transcriptional regulons

artículo científico publicado en 2010

Coronary artery endothelial transcriptome in vivo: identification of endoplasmic reticulum stress and enhanced reactive oxygen species by gene connectivity network analysis

artículo científico publicado en 2011

Data standards for Omics data: the basis of data sharing and reuse

artículo científico publicado en 2011

Defining the mammalian CArGome

artículo científico publicado en 2005

Design and implementation of microarray gene expression markup language (MAGE-ML)

artículo científico publicado en 2002

Development of FuGO: an ontology for functional genomics investigations

artículo científico publicado en 2006

Development of the Minimum Information Specification for In Situ Hybridization and Immunohistochemistry Experiments (MISFISHIE).

artículo científico publicado en 2006

Discovery approaches to UPR in athero-susceptible endothelium in vivo.

scientific article published on January 2011

Dual lineage-specific expression of Sox17 during mouse embryogenesis.

artículo científico publicado en 2012

EPConDB: a web resource for gene expression related to pancreatic development, beta-cell function and diabetes

artículo científico

Emerging topic: flow-related epigenetic regulation of endothelial phenotype through DNA methylation.

artículo científico publicado en 2014

EuPathDB: a portal to eukaryotic pathogen databases

artículo científico publicado en 2009

EuPathDB: the eukaryotic pathogen database

artículo científico publicado en 2012

EuPathDB: the eukaryotic pathogen genomics database resource

artículo científico publicado en 2016

Expansion of adult beta-cell mass in response to increased metabolic demand is dependent on HNF-4alpha

artículo científico publicado en 2007

Fidelity and enhanced sensitivity of differential transcription profiles following linear amplification of nanogram amounts of endothelial mRNA.

artículo científico publicado en 2003

Functional genomics databases on the web.

artículo científico publicado en 2005

Functional genomics of the beta-cell: short-chain 3-hydroxyacyl-coenzyme A dehydrogenase regulates insulin secretion independent of K+ currents.

artículo científico publicado en 2006

Functional genomics of the endocrine pancreas: the pancreas clone set and PancChip, new resources for diabetes research

artículo científico publicado en 2002

FungiDB: An Integrated Bioinformatic Resource for Fungi and Oomycetes.

artículo científico publicado en 2018

Gene discovery in the apicomplexa as revealed by EST sequencing and assembly of a comparative gene database

artículo científico publicado en 2003

GiardiaDB and TrichDB: integrated genomic resources for the eukaryotic protist pathogens Giardia lamblia and Trichomonas vaginalis

artículo científico publicado en 2009

Insm1 promotes endocrine cell differentiation by modulating the expression of a network of genes that includes Neurog3 and Ripply3

scientific journal article

Integrated Regional Cardiac Hemodynamic Imaging and RNA Sequencing Reveal Corresponding Heterogeneity of Ventricular Wall Shear Stress and Endocardial Transcriptome

artículo científico publicado en 2016

Integrating computationally assembled mouse transcript sequences with the Mouse Genome Informatics (MGI) database

artículo científico publicado en 2003

LKB1 regulates pancreatic beta cell size, polarity, and function

artículo científico publicado en 2009

Large scale transcriptome data integration across multiple tissues to decipher stem cell signatures

artículo científico publicado en 2009

Microarray databases: standards and ontologies

artículo científico publicado en 2002

MicrobiomeDB: a systems biology platform for integrating, mining and analyzing microbiome experiments

artículo científico publicado en 2017

Minimum information about a microarray experiment (MIAME)-toward standards for microarray data

artículo científico publicado en 2001

Minimum information specification for in situ hybridization and immunohistochemistry experiments (MISFISHIE)

artículo científico publicado en 2008

Modeling biomedical experimental processes with OBI

artículo científico publicado en 2010

Modelling kidney disease using ontology: insights from the Kidney Precision Medicine Project

scientific article published on 16 September 2020

Much room for improvement in deposition rates of expression microarray datasets

artículo científico publicado en 2008

Neuron-specific mRNA complexity responses during hippocampal apoptosis after traumatic brain injury.

artículo científico publicado en 2004

Novel genes identified by manual annotation and microarray expression analysis in the pancreas

article

OBIB-a novel ontology for biobanking

artículo científico publicado en 2016

OBO Foundry in 2021: operationalizing open data principles to evaluate ontologies

artículo científico publicado en 2021

Ontodog: a web-based ontology community view generation tool

scientific article published on 09 January 2014

Ontogeny of erythroid gene expression ⬇️

artículo científico publicado el 12 de diciembre de 2012

OrthoMCL-DB: querying a comprehensive multi-species collection of ortholog groups

artículo científico publicado en 2006

OrthoMCL: Identification of Ortholog Groups for Eukaryotic Genomes

artículo científico publicado en 2003

PPARgamma and C/EBP factors orchestrate adipocyte biology via adjacent binding on a genome-wide scale

artículo científico publicado en 2008

Pancreatic Inflammation Redirects Acinar to β Cell Reprogramming.

artículo científico publicado en 2016

Phospho-PTM proteomic discovery of novel EPO- modulated kinases and phosphatases, including PTPN18 as a positive regulator of EPOR/JAK2 Signaling

artículo científico publicado en 2020

Phospho-proteomic discovery of novel signal transducers including thioredoxin-interacting protein as mediators of erythropoietin-dependent human erythropoiesis

scientific article published on 04 April 2020

PlasmoDB v5: new looks, new genomes

artículo científico publicado en 2006

PlasmoDB: the Plasmodium genome resource. A database integrating experimental and computational data

artículo científico publicado en 2003

PlasmoDB: the Plasmodium genome resource. An integrated database providing tools for accessing, analyzing and mapping expression and sequence data (both finished and unfinished).

artículo científico publicado en 2002

Plasmodium research in the postgenomic era.

artículo científico publicado en 2005

Predicting gene ontology functions from ProDom and CDD protein domains

artículo científico publicado en 2002

Prelesional arterial endothelial phenotypes in hypercholesterolemia: universal ABCA1 upregulation contrasts with region-specific gene expression in vivo

artículo científico publicado en 2009

Promoter features related to tissue specificity as measured by Shannon entropy

artículo científico publicado en 2005

Promoting coherent minimum reporting guidelines for biological and biomedical investigations: the MIBBI project

artículo científico publicado en 2008

Propagation of adipogenic signals through an epigenomic transition state.

artículo científico publicado en 2010

Regional determinants of arterial endothelial phenotype dominate the impact of gender or short-term exposure to a high-fat diet.

artículo científico publicado en 2005

Renal gene and protein expression signatures for prediction of kidney disease progression

artículo científico publicado en 2009

STAC: A method for testing the significance of DNA copy number aberrations across multiple array-CGH experiments

artículo científico publicado en 2006

Spatial phenotyping of the endocardial endothelium as a function of intracardiac hemodynamic shear stress

artículo científico publicado en 2016

Standardization of assay representation in the Ontology for Biomedical Investigations

artículo científico publicado en 2021

Standardized metadata for human pathogen/vector genomic sequences

artículo científico publicado en 2014

Standards for microarray data

artículo científico publicado en 2002

Standards for microarray data: an open letter

artículo científico publicado en 2004

Stat and interferon genes identified by network analysis differentially regulate primitive and definitive erythropoiesis ⬇️

artículo científico publicado el 15 de mayo de 2013

Synaptotagmin 4 Regulates Pancreatic β Cell Maturation by Modulating the Ca2+ Sensitivity of Insulin Secretion Vesicles

artículo científico publicado en 2018

Systems biology-defined NF-kappaB regulons, interacting signal pathways and networks are implicated in the malignant phenotype of head and neck cancer cell lines differing in p53 status

artículo científico publicado en 2008

The Functional Genomics Experiment model (FuGE): an extensible framework for standards in functional genomics

article

The MGED Ontology: a resource for semantics-based description of microarray experiments

artículo científico

The MGED ontology: a framework for describing functional genomics experiments

artículo científico publicado en 2003

The Ontology for Biomedical Investigations

artículo científico publicado en 2016

The Ontology for Parasite Lifecycle (OPL): towards a consistent vocabulary of lifecycle stages in parasitic organisms

artículo científico publicado en 2012

The Plasmodium genome database

artículo científico publicado en 2002

The SOFG Anatomy Entry List (SAEL): an annotation tool for functional genomics data

artículo científico publicado en 2004

The Strategies WDK: a graphical search interface and web development kit for functional genomics databases

artículo científico publicado en 2011

The underlying principles of scientific publication.

artículo científico publicado en 2002

Top-down standards will not serve systems biology

artículo científico publicado en 2006

ToxoDB: an integrated Toxoplasma gondii database resource

artículo científico publicado en 2007

Transcriptional program of the endocrine pancreas in mice and humans.

artículo científico publicado en 2003

TriTrypDB: a functional genomic resource for the Trypanosomatidae

artículo científico publicado en 2009

Using OrthoMCL to assign proteins to OrthoMCL-DB groups or to cluster proteomes into new ortholog groups

artículo científico publicado en 2011

Using ontologies to annotate microarray experiments

artículo científico publicado en 2006

Wrestling with SUMO and bio-ontologies

artículo científico publicado en 2006

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