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Lista de obras de Andrew Emili

A Snf2 family ATPase complex required for recruitment of the histone H2A variant Htz1.

artículo científico publicado en 2003

A census of human soluble protein complexes

artículo científico publicado en 2012

A dual function of the CRISPR-Cas system in bacterial antivirus immunity and DNA repair

artículo científico publicado en 2011

A genome-wide screen identifies the evolutionarily conserved KEOPS complex as a telomere regulator

artículo científico publicado en 2006

A lentiviral functional proteomics approach identifies chromatin remodeling complexes important for the induction of pluripotency

artículo científico publicado en 2010

A panoramic view of yeast noncoding RNA processing

artículo científico publicado en 2003

A phosphatase complex that dephosphorylates gammaH2AX regulates DNA damage checkpoint recovery

artículo científico publicado en 2006

A skeleton of the human protein interactome

artículo científico publicado en 2005

Amino Acid Starvation Induced by Invasive Bacterial Pathogens Triggers an Innate Host Defense Program ⬇️

artículo científico publicado el 14 de junio de 2012

An Unbiased Chemical Proteomics Method Identifies FabI as the Primary Target of 6-OH-BDE-47.

artículo científico publicado en 2016

An acetylated form of histone H2A.Z regulates chromosome architecture in Schizosaccharomyces pombe

artículo científico publicado en 2009

An atlas of chaperone-protein interactions in Saccharomyces cerevisiae: implications to protein folding pathways in the cell

artículo científico publicado en 2009

Analyzing the cardiac muscle proteome by liquid chromatography-mass spectrometry-based expression proteomics

artículo científico publicado en 2007

Application of quantitative proteomics technologies to the biomarker discovery pipeline for multiple sclerosis

artículo científico

Array-Based Synthetic Genetic Screens to Map Bacterial Pathways and Functional Networks in Escherichia coli ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2011

Assessment of a method to characterize antibody selectivity and specificity for use in immunoprecipitation

artículo científico publicado en 2015

Association with the origin recognition complex suggests a novel role for histone acetyltransferase Hat1p/Hat2p

artículo científico publicado en 2007

Automated Computational Inference of Multi-protein Assemblies from Biochemical Co-purification Data

artículo científico publicado en 2018

Bacteriome.org--an integrated protein interaction database for E. coli

artículo científico publicado en 2007

Biosynthesis of the respiratory formate dehydrogenases from Escherichia coli: characterization of the FdhE protein

artículo científico publicado en 2008

BuGZ is required for Bub3 stability, Bub1 kinetochore function, and chromosome alignment

artículo científico publicado en 2014

Cardiac-specific overexpression of sarcolipin in phospholamban null mice impairs myocyte function that is restored by phosphorylation

artículo científico publicado en 2006

Cardiovascular proteomics: tools to develop novel biomarkers and potential applications

artículo científico publicado en 2006

Chaperone control of the activity and specificity of the histone H3 acetyltransferase Rtt109.

artículo científico publicado en 2008

Characterization and Evolutionary Analysis of Protein–Protein Interaction Networks ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2012

Characterization of the proteins released from activated platelets leads to localization of novel platelet proteins in human atherosclerotic lesions

artículo científico publicado en 2003

Comparative proteomics profiling of a phospholamban mutant mouse model of dilated cardiomyopathy reveals progressive intracellular stress responses

artículo científico publicado en 2007

Computational and experimental approaches to chart the Escherichia coli cell-envelope-associated proteome and interactome

artículo científico publicado en 2008

Computational prediction of cancer-gene function

artículo científico publicado en 2006

Computational refinement of post-translational modifications predicted from tandem mass spectrometry ⬇️

artículo científico publicado el 22 de enero de 2011

Conditional Epistatic Interaction Maps Reveal Global Functional Rewiring of Genome Integrity Pathways in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2016

Conserved network of proteins essential for bacterial viability

artículo científico publicado en 2009

Constitutively active calcineurin induces cardiac endoplasmic reticulum stress and protects against apoptosis that is mediated by α-crystallin-B ⬇️

artículo científico publicado el 11 de octubre de 2010

Control of the RNA polymerase II phosphorylation state in promoter regions by CTD interaction domain-containing proteins RPRD1A and RPRD1B ⬇️

artículo científico publicado el 1 de septiembre de 2011

Cotranscriptional set2 methylation of histone H3 lysine 36 recruits a repressive Rpd3 complex

artículo científico publicado en 2005

DAnCER: disease-annotated chromatin epigenetics resource

artículo científico publicado en 2011

DLG5 connects cell polarity and Hippo signaling protein networks by linking PAR-1 with MST1/2

artículo científico publicado en 2016

De novo peptide sequencing and quantitative profiling of complex protein mixtures using mass-coded abundance tagging

artículo científico publicado en 2002

Defining the SUMO-modified proteome by multiple approaches in Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2004

Difference detection in LC-MS data for protein biomarker discovery

artículo científico publicado en 2007

Discovery of a chemical probe for the L3MBTL3 methyllysine reader domain

artículo científico publicado en 2013

Discovery of novel disease-specific and membrane-associated candidate markers in a mouse model of multiple sclerosis

artículo científico publicado en 2013

EPIC: software toolkit for elution profile-based inference of protein complexes

scientific article published on 15 July 2019

Enrichment map: a network-based method for gene-set enrichment visualization and interpretation

artículo científico publicado en 2010

Erratum: Corrigendum: A phosphatase complex that dephosphorylates γH2AX regulates DNA damage checkpoint recovery

artículo científico publicado en 2006

Evaluation of data-dependent versus targeted shotgun proteomic approaches for monitoring transcription factor expression in breast cancer

artículo científico publicado en 2008

Exercise-responsive phosphoproteins in the heart

artículo científico publicado en 2017

Expanding the landscape of chromatin modification (CM)-related functional domains and genes in human

artículo científico publicado en 2010

Experimental and computational procedures for the assessment of protein complexes on a genome-wide scale

artículo científico publicado en 2007

Extracellular histones identified in crocodile blood inhibit in-vitro HIV-1 infection

artículo científico publicado en 2016

Extracting high confidence protein interactions from affinity purification data: at the crossroads

artículo científico publicado en 2015

FZD4 Marks Lateral Plate Mesoderm and Signals with NORRIN to Increase Cardiomyocyte Induction from Pluripotent Stem Cell-Derived Cardiac Progenitors

artículo científico publicado en 2017

Filtering and interpreting large-scale experimental protein-protein interaction data

artículo científico publicado en 2011

G9a and ZNF644 Physically Associate to Suppress Progenitor Gene Expression during Neurogenesis

artículo científico publicado en 2016

Genetic interaction maps in Escherichia coli reveal functional crosstalk among cell envelope biogenesis pathways

artículo científico publicado en 2011

Genome-scale genetic manipulation methods for exploring bacterial molecular biology ⬇️

artículo científico publicado el 19 de abril de 2012

Global functional atlas of Escherichia coli encompassing previously uncharacterized proteins

artículo científico publicado en 2009

Global landscape of cell envelope protein complexes in Escherichia coli.

artículo científico publicado en 2017

Global landscape of protein complexes in the yeast Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2006

Global phosphoproteomic profiling reveals perturbed signaling in a mouse model of dilated cardiomyopathy

artículo científico publicado en 2016

Global protein shotgun expression profiling of proliferating mcf-7 breast cancer cells

artículo científico publicado en 2005

Global proteomic profiling and enrichment maps of dilated cardiomyopathy

artículo científico publicado en 2013

Global quantitative proteomic profiling through 18O-labeling in combination with MS/MS spectra analysis

artículo científico publicado en 2009

Global survey of organ and organelle protein expression in mouse: combined proteomic and transcriptomic profiling

scientific journal article

Going global: protein expression profiling using shotgun mass spectrometry.

artículo científico publicado en 2003

Hardware flexibility of laboratory automation systems: analysis and new flexible automation architectures

artículo científico publicado en 2007

High-definition macromolecular composition of yeast RNA-processing complexes

artículo científico publicado en 2004

Hsc70 regulates accumulation of cyclin D1 and cyclin D1-dependent protein kinase

scientific journal article

Hsp110 is required for spindle length control ⬇️

artículo científico publicado el 20 de agosto de 2012

Human tissue profiling with multidimensional protein identification technology

artículo científico publicado en 2005

Human-chromatin-related protein interactions identify a demethylase complex required for chromosome segregation

artículo científico publicado en 2014

Hypoxia-Induced Changes in the Fibroblast Secretome, Exosome, and Whole-Cell Proteome Using Cultured, Cardiac-Derived Cells Isolated from Neonatal Mice

artículo científico

Identification and characterization of Elf1, a conserved transcription elongation factor in Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2005

Identification of Mammalian Protein Complexes by Lentiviral-Based Affinity Purification and Mass Spectrometry ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2011

Identification of Protein Complexes in <em>Escherichia coli</em> using Sequential Peptide Affinity Purification in Combination with Tandem Mass Spectrometry ⬇️

artículo científico publicado el 12 de noviembre de 2012

Identification of biochemical adaptations in hyper- or hypocontractile hearts from phospholamban mutant mice by expression proteomics

artículo científico publicado en 2004

Identification of enzyme-converted peptide products from single cells using capillary electrophoresis and liquid chromatography-mass spectrometry

artículo científico publicado en 2012

Identifying functional modules in the physical interactome of Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2007

Impaired tRNA nuclear export links DNA damage and cell-cycle checkpoint

artículo científico publicado en 2007

Improved proteomic discovery by sample pre-fractionation using dual-column ion-exchange high performance liquid chromatography

artículo científico publicado en 2006

In silico proteome analysis to facilitate proteomics experiments using mass spectrometry

artículo científico publicado en 2003

Informatics platform for global proteomic profiling and biomarker discovery using liquid chromatography-tandem mass spectrometry

artículo científico publicado en 2004

Integrated proteomic and transcriptomic profiling of mouse lung development and Nmyc target genes

artículo científico publicado en 2007

Integrating gene and protein expression data: pattern analysis and profile mining

artículo científico publicado en 2005

Integrating global proteomic and genomic expression profiles generated from islet alpha cells: opportunities and challenges to deriving reliable biological inferences.

artículo científico publicado en 2005

Interaction landscape of membrane-protein complexes in Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2012

Interaction of the deubiquitinating enzyme Ubp2 and the e3 ligase Rsp5 is required for transporter/receptor sorting in the multivesicular body pathway

artículo científico publicado en 2009

Interactions of elongation factor EF-P with the Escherichia coli ribosome

artículo científico publicado en 2008

Interactions of the Escherichia coli hydrogenase biosynthetic proteins: HybG complex formation

artículo científico publicado en 2005

Interpretation of large-scale quantitative shotgun proteomic profiles for biomarker discovery.

artículo científico publicado en 2008

Investigating Bacterial Protein Synthesis Using Systems Biology Approaches

artículo científico publicado en 2015

Investigating the in vivo activity of the DeaD protein using protein-protein interactions and the translational activity of structured chloramphenicol acetyltransferase mRNAs

artículo científico publicado en 2007

JlpA of Campylobacter jejuni interacts with surface-exposed heat shock protein 90alpha and triggers signalling pathways leading to the activation of NF-kappaB and p38 MAP kinase in epithelial cells

artículo científico publicado en 2003

Large-Scale Characterization of the Murine Cardiac Proteome ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2013

Large-scale label-free phosphoproteomics: from technology to data interpretation

artículo científico publicado en 2014

Large-scale studies to identify biomarkers for heart disease: a role for proteomics?

artículo científico

Lost in translation: five grand challenges for proteomic biomarker discovery

artículo científico publicado en 2007

Mapping bacterial functional networks and pathways in Escherichia Coli using synthetic genetic arrays

artículo científico publicado en 2012

Mapping signalling perturbations in myocardial fibrosis via the integrative phosphoproteomic profiling of tissue from diverse sources

artículo científico publicado en 2020

Mass spectrometry methods to study protein-metabolite interactions

artículo científico publicado en 2017

Membrane proteomics by high performance liquid chromatography-tandem mass spectrometry: Analytical approaches and challenges

artículo científico publicado en 2013

Modeling protein tandem mass spectrometry data with an extended linear regression strategy

artículo científico publicado en 2004

Modulation of lymphocyte-mediated tissue repair by rational design of heterocyclic aryl hydrocarbon receptor agonists

scientific article published on 15 January 2020

Multi-Omics Profiling of Hypertrophic Cardiomyopathy Reveals Altered Mechanisms in Mitochondrial Dynamics and Excitation–Contraction Coupling

artículo científico publicado en 2023

Multidimensional protein identification technology (MudPIT): technical overview of a profiling method optimized for the comprehensive proteomic investigation of normal and diseased heart tissue

artículo científico publicado en 2005

Multidimensional protein identification technology: current status and future prospects

artículo científico publicado en 2005

Multiple Substrates for Paraoxonase-1 during Oxidation of Phosphatidylcholine by Peroxynitrite ⬇️

artículo científico publicado el 11 de enero de 2002

Nanoparticle size and surface chemistry determine serum protein adsorption and macrophage uptake

artículo científico publicado el 23 de enero de 2012

Native KCC2 interactome reveals PACSIN1 as a critical regulator of synaptic inhibition

artículo científico publicado en 2017

Navigating the chaperone network: an integrative map of physical and genetic interactions mediated by the hsp90 chaperone

artículo científico publicado en 2005

Non-parametric Bayesian approach to post-translational modification refinement of predictions from tandem mass spectrometry ⬇️

artículo científico publicado el 17 de febrero de 2013

Novel function discovery with GeneMANIA: a new integrated resource for gene function prediction in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2014

PIPE: a protein-protein interaction prediction engine based on the re-occurring short polypeptide sequences between known interacting protein pairs

artículo científico publicado en 2006

PRISM, a generic large scale proteomic investigation strategy for mammals

artículo científico

Pancreatic tumor organoids for modeling in vivo drug response and discovering clinically-actionable biomarkers: supplemental

Panomics for Precision Medicine

artículo científico publicado en 2017

Panorama of ancient metazoan macromolecular complexes

artículo científico publicado en 2015

Pathway analysis of dilated cardiomyopathy using global proteomic profiling and enrichment maps

artículo científico publicado en 2010

Perinuclear Cohibin Complexes Maintain Replicative Life Span via Roles at Distinct Silent Chromatin Domains ⬇️

artículo científico publicado el 14 de junio de 2011

Phosphoproteomic network analysis in the sea urchin Strongylocentrotus purpuratus reveals new candidates in egg activation

artículo científico

Predict, prevent and personalize: Genomic and proteomic approaches to cardiovascular medicine

artículo científico publicado en 2007

Predicting protein functions by relaxation labelling protein interaction network

artículo científico publicado en 2010

Proteasome Involvement in the Repair of DNA Double-Strand Breaks

Protein complexes, big data, machine learning and integrative proteomics: lessons learned over a decade of systematic analysis of protein interaction networks.

artículo científico publicado en 2017

Protein corona fingerprinting predicts the cellular interaction of gold and silver nanoparticles

artículo científico publicado en 2014

Protein-protein interaction networks: probing disease mechanisms using model systems ⬇️

artículo científico publicado el 30 de abril de 2013

Proteome dynamics during C2C12 myoblast differentiation

artículo científico publicado en 2005

Proteome-wide dataset supporting the study of ancient metazoan macromolecular complexes

artículo científico publicado en 2015

Proteomic methods for drug target discovery

artículo científico publicado en 2008

Quantitative proteomic profiling reveals novel region-specific markers in the adult mouse brain

artículo científico

RNA polymerase II elongation factors of Saccharomyces cerevisiae: a targeted proteomics approach

artículo científico publicado en 2002

RPRD1A and RPRD1B are human RNA polymerase II C-terminal domain scaffolds for Ser5 dephosphorylation

artículo científico publicado en 2014

Recent advances and method development for drug target identification

scientific article published on 07 December 2009

Regulation of chromosome stability by the histone H2A variant Htz1, the Swr1 chromatin remodeling complex, and the histone acetyltransferase NuA4

artículo científico publicado en 2004

Retention of protein complex membership by ancient duplicated gene products in budding yeast

artículo científico publicado en 2007

Ribosome-dependent ATPase interacts with conserved membrane protein in Escherichia coli to modulate protein synthesis and oxidative phosphorylation

artículo científico publicado en 2011

Role for PSF in mediating transcriptional activator-dependent stimulation of pre-mRNA processing in vivo

artículo científico publicado en 2005

Roles for Pbp1 and caloric restriction in genome and lifespan maintenance via suppression of RNA-DNA hybrids

artículo científico publicado en 2014

Sarcolipin retention in the endoplasmic reticulum depends on its C-terminal RSYQY sequence and its interaction with sarco(endo)plasmic Ca(2+)-ATPases

artículo científico publicado en 2004

Secreted biomolecules alter the biological identity and cellular interactions of nanoparticles

artículo científico publicado en 2014

Sequential Peptide Affinity (SPA) system for the identification of mammalian and bacterial protein complexes

artículo científico publicado en 2004

Sequential interval motif search: unrestricted database surveys of global MS/MS data sets for detection of putative post-translational modifications

artículo científico publicado en 2008

Sequential peptide affinity purification system for the systematic isolation and identification of protein complexes from Escherichia coli

artículo científico publicado en 2009

Simple and Effective Affinity Purification Procedures for Mass Spectrometry-Based Identification of Protein-Protein Interactions in Cell Signaling Pathways

artículo científico publicado en 2016

Single amino acid resolution of proteolytic fragments generated in individual cells

artículo científico publicado en 2010

Single-platform 'multi-omic' profiling: unified mass spectrometry and computational workflows for integrative proteomics-metabolomics analysis

artículo científico publicado en 2018

Slx4 regulates DNA damage checkpoint-dependent phosphorylation of the BRCT domain protein Rtt107/Esc4

artículo científico publicado en 2005

Splicing and transcription-associated proteins PSF and p54nrb/nonO bind to the RNA polymerase II CTD

artículo científico publicado en 2002

Statistical and computational methods for comparative proteomic profiling using liquid chromatography-tandem mass spectrometry

artículo científico publicado en 2005

Structure of a SLC26 anion transporter STAS domain in complex with acyl carrier protein: implications for E. coli YchM in fatty acid metabolism

artículo científico publicado en 2010

Subcellular proteomics

artículo científico

Synthetic peptide arrays for pathway-level protein monitoring by liquid chromatography-tandem mass spectrometry

artículo científico publicado en 2010

Systematic characterization of the protein interaction network and protein complexes in Saccharomyces cerevisiae using tandem affinity purification and mass spectrometry

artículo científico publicado en 2009

Systems analysis reveals down-regulation of a network of pro-survival miRNAs drives the apoptotic response in dilated cardiomyopathy

artículo científico publicado en 2014

Systems-level analyses identify extensive coupling among gene expression machines

artículo científico publicado en 2006

Systems-level approaches for identifying and analyzing genetic interaction networks in Escherichia coli and extensions to other prokaryotes

scientific article published on 31 July 2009

Targeted protein identification, quantification and reporting for high-resolution nanoflow targeted peptide monitoring

artículo científico publicado en 2012

The Escherichia coli phosphotyrosine proteome relates to core pathways and virulence

artículo científico publicado en 2013

The MoxR ATPase RavA and its cofactor ViaA interact with the NADH:ubiquinone oxidoreductase I in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2014

The binary protein-protein interaction landscape of Escherichia coli

artículo científico publicado en 2014

The ctf13-30/CTF13 genomic haploinsufficiency modifier screen identifies the yeast chromatin remodeling complex RSC, which is required for the establishment of sister chromatid cohesion

artículo científico publicado en 2004

The evolutionary landscape of the chromatin modification machinery reveals lineage specific gains, expansions, and losses

artículo científico publicado en 2010

The extensive and condition-dependent nature of epistasis among whole-genome duplicates in yeast

artículo científico publicado en 2008

The nitrogen regulatory PII protein (GlnB) and N-acetyl-glucosamine 6-phosphate epimerase (NanE) allosterically activate glucosamine 6-phosphate deaminase (NagB) in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2017

The phosphocarrier protein HPr of the bacterial phosphotransferase system globally regulates energy metabolism by directly interacting with multiple enzymes in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2017

The profile of adsorbed plasma and serum proteins on methacrylic acid copolymer beads: Effect on complement activation

artículo científico publicado en 2016

Two-Dimensional Biochemical Purification for Global Proteomic Analysis of Macromolecular Protein Complexes

artículo científico publicado en 2019

Ubp2 regulates Rsp5 ubiquitination activity in vivo and in vitro

artículo científico publicado en 2013

Unbiased phosphoproteomic method identifies the initial effects of a methacrylic acid copolymer on macrophages

artículo científico publicado en 2015

Using phosphoproteomics to monitor disregulated signaling networks in cardiac disease preceding heart failure

artículo científico publicado en 2013

beta-Subunit appendages promote 20S proteasome assembly by overcoming an Ump1-dependent checkpoint

artículo científico publicado en 2007

eSGA: E. coli synthetic genetic array analysis

artículo científico publicado en 2008

hnRNP E1 and E2 have distinct roles in modulating HIV-1 gene expression

artículo científico publicado en 2007

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