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Lista de obras de Kira S Makarova

'ARMAN' archaea depend on association with euryarchaeal host in culture and in situ.

artículo científico publicado en 2017

A DNA repair system specific for thermophilic Archaea and bacteria predicted by genomic context analysis ⬇️

artículo científico publicado el 15 de enero de 2002

A Reverse Transcriptase-Cas1 Fusion Protein Contains a Cas6 Domain Required for Both CRISPR RNA Biogenesis and RNA Spacer Acquisition

artículo científico publicado en 2018

A comprehensive evolutionary classification of proteins encoded in complete eukaryotic genomes

artículo científico publicado en 2004

A genomic analysis of the archaeal system Ignicoccus hospitalis-Nanoarchaeum equitans

artículo científico publicado en 2008

A highly conserved family of inactivated archaeal B family DNA polymerases

artículo científico publicado en 2008

A korarchaeal genome reveals insights into the evolution of the Archaea

artículo científico publicado en 2008

A non-canonical multisubunit RNA polymerase encoded by a giant bacteriophage

artículo científico publicado en 2015

A novel family of sequence-specific endoribonucleases associated with the clustered regularly interspaced short palindromic repeats

artículo científico publicado en 2008

A novel method of protein sequence classification based on oligopeptide frequency analysis and its application to search for functional sites and to domain localization.

artículo científico publicado en 1993

A primase subunit essential for efficient primer synthesis by an archaeal eukaryotic-type primase

artículo científico publicado en 2015

A putative RNA-interference-based immune system in prokaryotes: computational analysis of the predicted enzymatic machinery, functional analogies with eukaryotic RNAi, and hypothetical mechanisms of action

artículo científico publicado en 2006

ATGL has a key role in lipid droplet/adiposome degradation in mammalian cells

artículo científico publicado en 2006

Abundance of type I toxin-antitoxin systems in bacteria: searches for new candidates and discovery of novel families

artículo científico publicado en 2010

An updated evolutionary classification of CRISPR-Cas systems

artículo científico publicado en 2015

Ancestral paralogs and pseudoparalogs and their role in the emergence of the eukaryotic cell

artículo científico publicado en 2005

Annotation and Classification of CRISPR-Cas Systems.

artículo científico publicado en 2015

Anti-CRISPR proteins encoded by archaeal lytic viruses inhibit subtype I-D immunity

artículo científico publicado en 2018

Anti-CRISPRs on the march

scientific article published in Science

Antimicrobial Peptides, Polymorphic Toxins, and Self-Nonself Recognition Systems in Archaea: an Untapped Armory for Intermicrobial Conflicts

artículo científico publicado en 2019

Archaeal Clusters of Orthologous Genes (arCOGs): An Update and Application for Analysis of Shared Features between Thermococcales, Methanococcales, and Methanobacteriales

artículo científico publicado en 2015

Archaeal Ubiquitin-Like Proteins: Functional Versatility and Putative Ancestral Involvement in tRNA Modification Revealed by Comparative Genomic Analysis ⬇️

artículo científico publicado el 26 de septiembre de 2010

Archaeology of Eukaryotic DNA Replication ⬇️

artículo científico publicado el 1 de noviembre de 2013

Author Correction: Programmable RNA targeting with the single-protein CRISPR effector Cas7-11

artículo científico publicado en 2022

Babela massiliensis, a representative of a widespread bacterial phylum with unusual adaptations to parasitism in amoebae

artículo científico publicado en 2015

C1/2 Energetics of the first bacteria as inferred from genome analysis

C2c2 is a single-component programmable RNA-guided RNA-targeting CRISPR effector

artículo científico publicado en 2016

CARF and WYL domains: ligand-binding regulators of prokaryotic defense systems

artículo científico publicado en 2014

COG database update: focus on microbial diversity, model organisms, and widespread pathogens

scientific article published on 09 November 2020

CRISPR Arrays Away from <i>cas</i> Genes

artículo científico publicado en 2020

CRISPR-Cas in mobile genetic elements: counter-defence and beyond

scientific article published on 01 August 2019

CRISPR-Cas: Complex Functional Networks and Multiple Roles beyond Adaptive Immunity

artículo científico publicado en 2018

CRISPR-Cas: an adaptive immunity system in prokaryotes

artículo científico publicado en 2009

CRISPR-Cas: evolution of an RNA-based adaptive immunity system in prokaryotes

artículo científico publicado en 2013

CRISPRidentify: identification of CRISPR arrays using machine learning approach

scientific article published on 08 December 2020

Cas13b Is a Type VI-B CRISPR-Associated RNA-Guided RNase Differentially Regulated by Accessory Proteins Csx27 and Csx28.

artículo científico publicado en 2017

Cas13d Is a Compact RNA-Targeting Type VI CRISPR Effector Positively Modulated by a WYL-Domain-Containing Accessory Protein

artículo científico publicado en 2018

Casposons: a new superfamily of self-synthesizing DNA transposons at the origin of prokaryotic CRISPR-Cas immunity

artículo científico publicado en 2014

Cellular differentiation into hyphae and spores in halophilic archaea

artículo científico publicado en 2023

Classification and Nomenclature of CRISPR-Cas Systems: Where from Here?

artículo científico publicado en 2018

Clusters of orthologous genes for 41 archaeal genomes and implications for evolutionary genomics of archaea

artículo científico publicado en 2007

Comparative analysis of lipid biosynthesis in archaea, bacteria and eukaryotes: What was the structure of the first membrane lipids?

Comparative genomic analysis of evolutionarily conserved but functionally uncharacterized membrane proteins in archaea: Prediction of novel components of secretion, membrane remodeling and glycosylation systems

artículo científico publicado en 2015

Comparative genomics and evolution of trans-activating RNAs in Class 2 CRISPR-Cas systems

scientific article published on 14 August 2018

Comparative genomics of Archaea: how much have we learned in six years, and what's next?

artículo científico publicado en 2003

Comparative genomics of Thermus thermophilus and Deinococcus radiodurans: divergent routes of adaptation to thermophily and radiation resistance

artículo científico publicado en 2005

Comparative genomics of the FtsK-HerA superfamily of pumping ATPases: implications for the origins of chromosome segregation, cell division and viral capsid packaging

artículo científico publicado en 2004

Complete genome sequence of the extremely acidophilic methanotroph isolate V4, Methylacidiphilum infernorum, a representative of the bacterial phylum Verrucomicrobia

artículo científico publicado en 2008

Comprehensive analysis of the HEPN superfamily: identification of novel roles in intra-genomic conflicts, defense, pathogenesis and RNA processing

artículo científico publicado en 2013

Comprehensive comparative-genomic analysis of type 2 toxin-antitoxin systems and related mobile stress response systems in prokaryotes

artículo científico publicado en 2009

Computational approaches for the analysis of gene neighbourhoods in prokaryotic genomes

artículo científico publicado en 2004

Congruent evolution of different classes of non-coding DNA in prokaryotic genomes

artículo científico publicado en 2002

Connected gene neighborhoods in prokaryotic genomes

artículo científico publicado en 2002

Cpf1 is a single RNA-guided endonuclease of a class 2 CRISPR-Cas system

artículo científico publicado en 2015

Crystal Structure of Cpf1 in Complex with Guide RNA and Target DNA

artículo científico publicado en 2016

Cyanobacterial response regulator PatA contains a conserved N-terminal domain (PATAN) with an alpha-helical insertion

artículo científico publicado en 2006

DNA-silencing by prokaryotic Argonaute proteins adds a new layer of defence against invading nucleic acids

artículo científico publicado en 2018

Dark matter in archaeal genomes: a rich source of novel mobile elements, defense systems and secretory complexes.

artículo científico publicado en 2014

Defense islands in bacterial and archaeal genomes and prediction of novel defense systems

artículo científico publicado en 2011

Deinococcus geothermalis: the pool of extreme radiation resistance genes shrinks

artículo científico publicado en 2007

Differential translation tunes uneven production of operon-encoded proteins

artículo científico publicado en 2013

Dimeric dUTPases, HisE, and MazG belong to a new superfamily of all-alpha NTP pyrophosphohydrolases with potential "house-cleaning" functions

artículo científico publicado en 2005

Discovery of Oligonucleotide Signaling Mediated by CRISPR-Associated Polymerases Solves Two Puzzles but Leaves an Enigma

artículo científico publicado en 2017

Discovery of an expansive bacteriophage family that includes the most abundant viruses from the human gut.

artículo científico publicado en 2017

Discovery of extremely halophilic, methyl-reducing euryarchaea provides insights into the evolutionary origin of methanogenesis

artículo científico publicado en 2017

Displacement of the canonical single-stranded DNA-binding protein in the Thermoproteales

artículo científico publicado en 2012

Diverse enzymatic activities mediate antiviral immunity in prokaryotes

scientific article published on 01 August 2020

Diverse evolutionary roots and mechanistic variations of the CRISPR-Cas systems

artículo científico publicado en 2016

Diversity and Evolution of Type IV pili Systems in Archaea

artículo científico publicado en 2016

Diversity and evolution of class 2 CRISPR-Cas systems

artículo científico publicado en 2017

Diversity, classification and evolution of CRISPR-Cas systems

artículo científico publicado en 2017

Early vertebrate origin and diversification of small transmembrane regulators of cellular ion transport

artículo científico publicado en 2017

Encapsulated in silica: genome, proteome and physiology of the thermophilic bacterium Anoxybacillus flavithermus WK1

artículo científico publicado en 2008

Engineering of CRISPR–Cas12b for human genome editing

artículo científico publicado en 2019

Enzymatic synthesis of bioinformatically predicted microcin C-like compounds encoded by diverse bacteria

artículo científico publicado en 2014

Escherichia coli ItaT is a type II toxin that inhibits translation by acetylating isoleucyl-tRNAIle

Evolution and classification of the CRISPR-Cas systems

artículo científico publicado en 2011

Evolution of DNA polymerases: an inactivated polymerase-exonuclease module in Pol epsilon and a chimeric origin of eukaryotic polymerases from two classes of archaeal ancestors

artículo científico publicado en 2009

Evolution of Genome Architecture in Archaea: Spontaneous Generation of a New Chromosome in Haloferax volcanii

artículo científico publicado en 2018

Evolution of diverse cell division and vesicle formation systems in Archaea

artículo científico publicado en 2010

Evolution of mosaic operons by horizontal gene transfer and gene displacement in situ

artículo científico publicado en 2003

Evolution of plant δ(1)-pyrroline-5-carboxylate reductases from phylogenetic and structural perspectives

artículo científico publicado en 2015

Evolution of replicative DNA polymerases in archaea and their contributions to the eukaryotic replication machinery

artículo científico publicado en 2014

Evolutionary Genomics of Defense Systems in Archaea and Bacteria

artículo científico publicado en 2017

Evolutionary and functional classification of the CARF domain superfamily, key sensors in prokaryotic antivirus defense

scientific article published on 31 July 2020

Evolutionary and functional genomics of the Archaea

artículo científico publicado en 2005

Evolutionary classification of CRISPR-Cas systems: a burst of class 2 and derived variants

artículo científico publicado en 2019

Evolutionary entanglement of mobile genetic elements and host defence systems: guns for hire

artículo científico publicado en 2019

Evolutionary genomics of lactic acid bacteria

artículo científico publicado en 2006

Evolutionary primacy of sodium bioenergetics

artículo científico publicado en 2008

Expanded microbial genome coverage and improved protein family annotation in the COG database

artículo científico publicado en 2014

Expression, splicing, and evolution of the myosin gene family in plants

artículo científico publicado en 2011

Extreme Deviations from Expected Evolutionary Rates in Archaeal Protein Families

artículo científico publicado en 2017

Filling a gap in the central metabolism of archaea: prediction of a novel aconitase by comparative-genomic analysis ⬇️

artículo científico publicado el 10 de octubre de 2003

Francisella RNA polymerase contains a heterodimer of non-identical α subunits ⬇️

artículo científico publicado el 22 de noviembre de 2011

Functional Diversity of Haloacid Dehalogenase Superfamily Phosphatases from Saccharomyces cerevisiae: BIOCHEMICAL, STRUCTURAL, AND EVOLUTIONARY INSIGHTS.

artículo científico publicado en 2015

Functional curation of the Sulfolobus solfataricus P2 and S. acidocaldarius 98-3 complete genome sequences

artículo científico publicado en 2011

Functionally diverse type V CRISPR-Cas systems

scientific article published on 06 December 2018

GINS, a central nexus in the archaeal DNA replication fork

artículo científico publicado en 2006

Gene duplication with displacement and rearrangement: origin of the bacterial replication protein PriB from the single-stranded DNA-binding protein Ssb.

artículo científico publicado en 2003

Genome sequence of the cyanobacterium Prochlorococcus marinus SS120, a nearly minimal oxyphototrophic genome

artículo científico publicado en 2003

Genome sequence of the deep-sea gamma-proteobacterium Idiomarina loihiensis reveals amino acid fermentation as a source of carbon and energy

artículo científico publicado en 2004

Genomic analysis of Oenococcus oeni PSU-1 and its relevance to winemaking

artículo científico publicado en 2005

Global profiling of Shewanella oneidensis MR-1: expression of hypothetical genes and improved functional annotations

artículo científico publicado en 2005

High-quality genome sequence of the radioresistant bacterium Deinococcus ficus KS 0460.

artículo científico publicado en 2017

Host RNA polymerase inhibitors encoded by ϕKMV-like phages of Pseudomonas.

artículo científico publicado en 2012

How radiation kills cells: survival of Deinococcus radiodurans and Shewanella oneidensis under oxidative stress

artículo científico publicado en 2005

ISC, a Novel Group of Bacterial and Archaeal DNA Transposons That Encode Cas9 Homologs

artículo científico publicado en 2015

Identification and functional analysis of 'hypothetical' genes expressed in Haemophilus influenzae

artículo científico publicado en 2004

Identification and functional verification of archaeal-type phosphoenolpyruvate carboxylase, a missing link in archaeal central carbohydrate metabolism

artículo científico publicado en 2004

Identification of Dephospho-Coenzyme A (Dephospho-CoA) Kinase in Thermococcus kodakarensis and Elucidation of the Entire CoA Biosynthesis Pathway in Archaea

artículo científico publicado en 2019

Identification of an ortholog of the eukaryotic RNA polymerase III subunit RPC34 in Crenarchaeota and Thaumarchaeota suggests specialization of RNA polymerases for coding and non-coding RNAs in Archaea

scientific article published on 14 October 2009

Identification of myosin XI receptors in Arabidopsis defines a distinct class of transport vesicles

artículo científico publicado en 2013

In Silico Metabolic Model and Protein Expression of Haemophilus influenzae Strain Rd KW20 in Rich Medium

artículo científico publicado en 2004

In vivo genome editing using Staphylococcus aureus Cas9

artículo científico publicado en 2015

Initial proteome analysis of model microorganism Haemophilus influenzae strain Rd KW20.

artículo científico publicado en 2003

Insights into archaeal evolution and symbiosis from the genomes of a nanoarchaeon and its inferred crenarchaeal host from Obsidian Pool, Yellowstone National Park

artículo científico publicado en 2013

Integrated mobile genetic elements in Thaumarchaeota.

artículo científico publicado en 2019

Inventing the dynamo machine: the evolution of the F-type and V-type ATPases

artículo científico publicado en 2007

Kinase activity of overexpressed HipA is required for growth arrest and multidrug tolerance in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2006

Live virus-free or die: coupling of antivirus immunity and programmed suicide or dormancy in prokaryotes

artículo científico publicado en 2012

Machine-learning approach expands the repertoire of anti-CRISPR protein families

artículo científico publicado en 2020

Methanonatronarchaeum thermophilum gen. nov., sp. nov. and 'Candidatus Methanohalarchaeum thermophilum', extremely halo(natrono)philic methyl-reducing methanogens from hypersaline lakes comprising a new euryarchaeal class Methanonatronarchaeia cla...

article

Microbial genome analysis: the COG approach

artículo científico publicado en 2017

Mobile Genetic Elements and Evolution of CRISPR-Cas Systems: All the Way There and Back

artículo científico publicado en 2017

Molecular dissection of arginyltransferases guided by similarity to bacterial peptidoglycan synthases

artículo científico publicado en 2006

Myosin XI-K Is required for rapid trafficking of Golgi stacks, peroxisomes, and mitochondria in leaf cells of Nicotiana benthamiana

artículo científico publicado en 2008

Myosin-driven transport network in plants

artículo científico publicado en 2017

Nature and intensity of selection pressure on CRISPR-associated genes

artículo científico publicado en 2011

Novel bacteriophages containing a genome of another bacteriophage within their genomes

artículo científico publicado en 2012

On the Origin of Reverse Transcriptase-Using CRISPR-Cas Systems and Their Hyperdiverse, Enigmatic Spacer Repertoires

artículo científico publicado en 2017

Origins and evolution of CRISPR-Cas systems

Orthologs of the small RPB8 subunit of the eukaryotic RNA polymerases are conserved in hyperthermophilic Crenarchaeota and "Korarchaeota".

artículo científico publicado en 2007

Phyletic distribution and lineage-specific domain architectures of archaeal two-component signal transduction systems

artículo científico publicado en 2017

Phylogenomic analysis of the diversity of graspetides and proteins involved in their biosynthesis

artículo científico publicado en 2022

Phylogenomics of Cas4 family nucleases

artículo científico publicado en 2017

Phylogenomics of prokaryotic ribosomal proteins

Phylogeny of Cas9 determines functional exchangeability of dual-RNA and Cas9 among orthologous type II CRISPR-Cas systems

artículo científico publicado en 2013

Potential genomic determinants of hyperthermophily

artículo científico publicado en 2003

Predicted highly derived class 1 CRISPR-Cas system in Haloarchaea containing diverged Cas5 and Cas7 homologs but no CRISPR array

scientific article published on 01 April 2019

Prokaryotic homologs of Argonaute proteins are predicted to function as key components of a novel system of defense against mobile genetic elements

artículo científico publicado en 2009

Proposed Role for KaiC-Like ATPases as Major Signal Transduction Hubs in Archaea

artículo científico publicado en 2017

Proteomic Analysis of Methanonatronarchaeum thermophilum AMET1, a Representative of a Putative New Class of Euryarchaeota, "Methanonatronarchaeia".

artículo científico publicado en 2018

Publisher Correction: Anti-CRISPR proteins encoded by archaeal lytic viruses inhibit subtype I-D immunity

scholarly article by Fei He et al published 21 June 2018 in Nature Microbiology

RNA-guided DNA insertion with CRISPR-associated transposases

scientific article published on 06 June 2019

RNA-triggered protein cleavage and cell growth arrest by the type III-E CRISPR nuclease-protease

artículo científico publicado en 2022

Recent Mobility of Casposons, Self-Synthesizing Transposons at the Origin of the CRISPR-Cas Immunity

artículo científico publicado en 2016

Reconstruction of the evolution of microbial defense systems

artículo científico publicado en 2017

Recruitment of CRISPR-Cas systems by Tn7-like transposons

artículo científico publicado en 2017

Recurrent intragenomic recombination leading to sequence homogenization during the evolution of the lipoyl-binding domain

artículo científico publicado en 2002

Reply to 'Evolutionary placement of Methanonatronarchaeia'

scientific article published on 01 April 2019

Response to Comment on "RNA-guided DNA insertion with CRISPR-associated transposases"

scientific article published on 01 June 2020

Role of hypermutability in the evolution of the genus Oenococcus

artículo científico publicado en 2007

SWIM, a novel Zn-chelating domain present in bacteria, archaea and eukaryotes

artículo científico publicado en 2002

Small CRISPR RNAs guide antiviral defense in prokaryotes

artículo científico publicado en 2008

Small-Molecule Mn Antioxidants in Caenorhabditis elegans and Deinococcus radiodurans Supplant MnSOD Enzymes during Aging and Irradiation

artículo científico publicado en 2022

SnapShot: Class 1 CRISPR-Cas Systems

artículo científico publicado en 2017

SnapShot: Class 2 CRISPR-Cas Systems

artículo científico publicado en 2017

Specific Expansion of Protein Families in the Radioresistant Bacterium Deinococcus Radiodurans

article

Structural and Functional Characterization of Microcin C Resistance Peptidase MccF from Bacillus anthracis

artículo científico publicado en 2012

Structure and function of virion RNA polymerase of a crAss-like phage

artículo científico publicado en 2020

Systematic prediction of functionally linked genes in bacterial and archaeal genomes

artículo científico publicado en 2019

Systematic prediction of genes functionally linked to CRISPR-Cas systems by gene neighborhood analysis

article

The CMG (CDC45/RecJ, MCM, GINS) complex is a conserved component of the DNA replication system in all archaea and eukaryotes ⬇️

artículo científico publicado el 13 de febrero de 2012

The CRISPR Spacer Space Is Dominated by Sequences from Species-Specific Mobilomes

artículo científico publicado en 2017

The HicAB cassette, a putative novel, RNA-targeting toxin-antitoxin system in archaea and bacteria

artículo científico publicado en 2006

The Miniature CRISPR-Cas12m Effector Binds DNA To Block Transcription

scientific article published in 2021

The Wolbachia genome of Brugia malayi: endosymbiont evolution within a human pathogenic nematode

artículo científico publicado en 2005

The basic building blocks and evolution of CRISPR-CAS systems

artículo científico

The bone-degrading enzyme machinery: From multi-component understanding to the treatment of residues from the meat industry

scientific article published on 23 November 2021

The complete genome of hyperthermophile Methanopyrus kandleri AV19 and monophyly of archaeal methanogens

artículo científico publicado en 2002

The complete genome sequence of Thermoproteus tenax: a physiologically versatile member of the Crenarchaeota

artículo científico publicado en 2011

The complex domain architecture of SAMD9 family proteins, predicted STAND-like NTPases, suggests new links to inflammation and apoptosis

artículo científico publicado en 2017

The cyanobacterial genome core and the origin of photosynthesis

artículo científico publicado en 2006

The deep archaeal roots of eukaryotes

artículo científico publicado en 2008

The evolutionary journey of Argonaute proteins

artículo científico publicado en 2014

The genome of AR9, a giant transducing Bacillus phage encoding two multisubunit RNA polymerases

artículo científico publicado en 2016

The miniature CRISPR-Cas12m effector binds DNA to block transcription

scientific article published in 2022

The prokaryotic V4R domain is the likely ancestor of a key component of the eukaryotic vesicle transport system

artículo científico publicado en 2008

The rhomboids: a nearly ubiquitous family of intramembrane serine proteases that probably evolved by multiple ancient horizontal gene transfers

artículo científico publicado en 2003

Towards functional characterization of archaeal genomic dark matter

artículo científico publicado en 2019

Transcriptome dynamics of Deinococcus radiodurans recovering from ionizing radiation

artículo científico publicado en 2003

Two fundamentally different classes of microbial genes

artículo científico publicado en 2016

Two new families of the FtsZ-tubulin protein superfamily implicated in membrane remodeling in diverse bacteria and archaea

artículo científico publicado en 2010

Uncovering the functional diversity of rare CRISPR-Cas systems with deep terascale clustering

artículo científico publicado en 2023

Unexpected connections between type VI-B CRISPR-Cas systems, bacterial natural competence, ubiquitin signaling network and DNA modification through a distinct family of membrane proteins

artículo científico publicado en 2019

Unification of Cas protein families and a simple scenario for the origin and evolution of CRISPR-Cas systems

artículo científico publicado en 2011

Updated clusters of orthologous genes for Archaea: a complex ancestor of the Archaea and the byways of horizontal gene transfer

artículo científico publicado en 2012

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