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Lista de obras de Wonpil Im

A conserved αβ transmembrane interface forms the core of a compact T-cell receptor-CD3 structure within the membrane

artículo científico publicado en 2016

A novel strategy to determine protein structures using exclusively residual dipolar coupling.

artículo científico publicado en 2008

A repulsive electrostatic mechanism for protein export through the type III secretion apparatus

artículo científico publicado en 2010

A systematic molecular dynamics simulation study of temperature dependent bilayer structural properties

artículo científico publicado en 2014

Activation mechanism of the mouse cold-sensing TRPM8 channel by cooling agonist and PIP <sub>2</sub>

artículo científico publicado en 2022

Additive CHARMM36 Force Field for Nonstandard Amino Acids

scientific article published on 19 May 2021

An Implicit Membrane Generalized Born Theory for the Study of Structure, Stability, and Interactions of Membrane Proteins ⬇️

artículo científico publicado el 1 de noviembre de 2003

An ensemble dynamics approach to decipher solid-state NMR observables of membrane proteins ⬇️

artículo científico publicado el 8 de agosto de 2011

An extensive simulation study of lipid bilayer properties with different head groups, acyl chain lengths, and chain saturations

artículo científico publicado en 2016

Analysis of Lipid Order States and Domains in Lipid Bilayer Simulations

artículo científico publicado en 2018

Application of Binding Free Energy Calculations to Prediction of Binding Modes and Affinities of MDM2 and MDMX Inhibitors ⬇️

artículo científico publicado el 6 de julio de 2012

Application of solid-state NMR restraint potentials in membrane protein modeling

artículo científico publicado en 2008

Application of torsion angle molecular dynamics for efficient sampling of protein conformations

artículo científico publicado en 2005

Assessing smectic liquid-crystal continuum models for elastic bilayer deformations ⬇️

artículo científico publicado el 21 de enero de 2013

Automated builder and database of protein/membrane complexes for molecular dynamics simulations

artículo científico publicado en 2007

Balancing solvation and intramolecular interactions: toward a consistent generalized Born force field

artículo científico publicado en 2006

BamA POTRA Domain Interacts with a Native Lipid Membrane Surface

artículo científico publicado en 2016

Biomechanical Characterization of SARS-CoV-2 Spike RBD and Human ACE2 Protein-Protein Interaction

scientific article published on 31 July 2020

Biophysical and functional characterization of Norrin signaling through Frizzled4

artículo científico publicado en 2018

Brownian Dynamics Simulations of Ion Transport through the VDAC ⬇️

artículo científico publicado el 2 de febrero de 2011

CHARMM-GUI 10 years for biomolecular modeling and simulation

artículo científico publicado en 2016

CHARMM-GUI <i>Ligand Designer</i> for Template-Based Virtual Ligand Design in a Binding Site

artículo científico publicado en 2021

CHARMM-GUI DEER facilitator for spin-pair distance distribution calculations and preparation of restrained-ensemble molecular dynamics simulations

artículo científico publicado en 2019

CHARMM-GUI Free Energy Calculator for Absolute and Relative Ligand Solvation and Binding Free Energy Simulations

artículo científico publicado en 2020

CHARMM-GUI HMMM Builder for Membrane Simulations with the Highly Mobile Membrane-Mimetic Model

artículo científico publicado en 2015

CHARMM-GUI Input Generator for NAMD, GROMACS, AMBER, OpenMM, and CHARMM/OpenMM Simulations Using the CHARMM36 Additive Force Field

artículo científico publicado en 2015

CHARMM-GUI Ligand Binder for Absolute Binding Free Energy Calculations and Its Application ⬇️

artículo científico publicado el 20 de diciembre de 2012

CHARMM-GUI MDFF/xMDFF Utilizer for Molecular Dynamics Flexible Fitting Simulations in Various Environments

artículo científico publicado en 2016

CHARMM-GUI Martini Maker for modeling and simulation of complex bacterial membranes with lipopolysaccharides

artículo científico publicado en 2017

CHARMM-GUI Membrane Builder for Complex Biological Membrane Simulations with Glycolipids and Lipoglycans

scientific article published on 28 December 2018

CHARMM-GUI Membrane Builder for mixed bilayers and its application to yeast membranes

artículo científico publicado en 2009

CHARMM-GUI Membrane Builder toward realistic biological membrane simulations

artículo científico publicado en 2014

CHARMM-GUI Micelle Builder for Pure/Mixed Micelle and Protein/Micelle Complex Systems ⬇️

artículo científico publicado el 5 de agosto de 2013

CHARMM-GUI Nanodisc Builder for modeling and simulation of various nanodisc systems

scientific article published on 01 March 2019

CHARMM-GUI Nanomaterial Modeler for Modeling and Simulation of Nanomaterial Systems

artículo científico publicado en 2021

CHARMM-GUI PACE CG Builder for solution, micelle, and bilayer coarse-grained simulations

artículo científico publicado en 2014

CHARMM-GUI Polymer Builder for Modeling and Simulation of Synthetic Polymers

artículo científico publicado en 2021

CHARMM-GUI ligand reader and modeler for CHARMM force field generation of small molecules

artículo científico publicado en 2017

CHARMM-GUI supports the Amber force fields

artículo científico publicado en 2020

Calcium and hydroxyapatite binding site of human vitronectin provides insights to abnormal deposit formation

artículo científico publicado en 2020

Challenges in structural approaches to cell modeling

artículo científico publicado en 2016

Characterizing Residue-Bilayer Interactions Using Gramicidin A as a Scaffold and Tryptophan Substitutions as Probes

artículo científico publicado en 2017

Cholesterol Flip-Flop: Insights from Free Energy Simulation Studies ⬇️

artículo científico publicado el 28 de octubre de 2010

Clustering and dynamics of crowded proteins near membranes and their influence on membrane bending

artículo científico publicado en 2019

Comparative molecular dynamics simulation studies of protegrin-1 monomer and dimer in two different lipid bilayers

artículo científico publicado en 2009

Concerted motions networking pores and distant ferroxidase centers enable bacterioferritin function and iron traffic

artículo científico publicado en 2015

Conformational Dynamics of the Lipopolysaccharide from Escherichia coli O91 Revealed by Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy and Molecular Simulations.

artículo científico publicado en 2017

Converting One-Face α-Helix Mimetics into Amphiphilic α-Helix Mimetics as Potent Inhibitors of Protein-Protein Interactions

artículo científico publicado en 2015

Correction to “Differential Interactions between Human ACE2 and Spike RBD of SARS-CoV-2 Variants of Concern”

artículo científico publicado en 2022

De novo folding of membrane proteins: an exploration of the structure and NMR properties of the fd coat protein

artículo científico publicado en 2004

Design, solid-phase synthesis, and evaluation of a phenyl-piperazine-triazine scaffold as α-helix mimetics

artículo científico publicado en 2014

Differences in the Electrostatic Surfaces of the Type III Secretion Needle Proteins PrgI, BsaL, and MxiH

artículo científico publicado en 2007

Differential Interactions between Human ACE2 and Spike RBD of SARS-CoV-2 Variants of Concern

artículo científico publicado en 2021

Dynamic Interactions of Fully Glycosylated SARS-CoV-2 Spike Protein with Various Antibodies

artículo científico publicado en 2021

Dynamics and Interactions of GPI-Linked lynx1 Protein with/without Nicotinic Acetylcholine Receptor in Membrane Bilayers

scientific article published on 09 April 2020

E. coli outer membrane and interactions with OmpLA.

artículo científico publicado en 2014

Effects of N-Glycan Composition on Structure and Dynamics of IgG1 Fc and Their Implications for Antibody Engineering

artículo científico publicado en 2017

Effects of N-glycosylation on protein conformation and dynamics: Protein Data Bank analysis and molecular dynamics simulation study.

artículo científico publicado en 2015

Effects of Spin-Labels on Membrane Burial Depth of MARCKS-ED Residues

artículo científico publicado en 2016

Electrostatic free energy calculations using the generalized solvent boundary potential method

Evidence for a fence that impedes the diffusion of phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate out of the forming phagosomes of macrophages ⬇️

artículo científico publicado el 27 de julio de 2011

Experimentally Guided Computational Methods Yield Highly Accurate Insights into Transmembrane Interactions within the T Cell Receptor Complex

artículo científico publicado en 2020

Explicit treatment of force contribution from alignment tensor using overdetermined linear equations and its application in NMR structure determination

artículo científico publicado en 2007

G-LoSA for Prediction of Protein-Ligand Binding Sites and Structures

artículo científico publicado en 2017

G-LoSA: An efficient computational tool for local structure-centric biological studies and drug design

artículo científico publicado en 2016

GS-align for glycan structure alignment and similarity measurement.

artículo científico publicado en 2015

Generalized born model with a simple smoothing function

artículo científico publicado en 2003

Generation of native-like protein structures from limited NMR data, modern force fields and advanced conformational sampling

artículo científico publicado en 2005

Glycan Reader is Improved to Recognize Most Sugar Types and Chemical Modifications in the Protein Data Bank.

artículo científico publicado en 2017

Glycan fragment database: a database of PDB-based glycan 3D structures ⬇️

artículo científico publicado el 26 de octubre de 2012

Glycan reader: Automated sugar identification and simulation preparation for carbohydrates and glycoproteins ⬇️

artículo científico publicado el 3 de agosto de 2011

Gramicidin A Channel Formation Induces Local Lipid Redistribution I: Experiment and Simulation

artículo científico publicado en 2017

Gramicidin A Channel Formation Induces Local Lipid Redistribution II: A 3D Continuum Elastic Model

artículo científico publicado en 2017

Heterogeneity in non-epitope loop sequence and outer membrane protein complexes alters antibody binding to the major porin protein PorB in serogroup B Neisseria meningitidis

artículo científico publicado en 2017

How Tolerant are Membrane Simulations with Mismatch in Area per Lipid between Leaflets?

artículo científico publicado en 2015

Identification of ligand templates using local structure alignment for structure-based drug design

artículo científico publicado en 2012

Imaging the electrostatic potential of transmembrane channels: atomic probe microscopy of OmpF porin

artículo científico publicado en 2002

Implicit solvation based on generalized Born theory in different dielectric environments

artículo científico publicado en 2004

Improving Protein-Ligand Docking Results with High-Throughput Molecular Dynamics Simulations

artículo científico publicado en 2020

Improving the CHARMM Force Field for Polyunsaturated Fatty Acid Chains ⬇️

artículo científico publicado el 3 de julio de 2012

Influence of Cholesterol on Phospholipid Bilayer Structure and Dynamics

artículo científico publicado en 2016

Influence of Ganglioside GM1 Concentration on Lipid Clustering and Membrane Properties and Curvature

artículo científico publicado en 2016

Influence of Hydrophobic Mismatch on Structures and Dynamics of Gramicidin A and Lipid Bilayers ⬇️

artículo científico publicado el 3 de abril de 2012

Insight into Early-Stage Unfolding of GPI-Anchored Human Prion Protein

artículo científico publicado en 2015

Insight into Elongation Stages of Peptidoglycan Processing in Bacterial Cytoplasmic Membranes

artículo científico publicado en 2018

Interfacial folding and membrane insertion of designed peptides studied by molecular dynamics simulations

artículo científico publicado en 2005

Ion permeation and selectivity of OmpF porin: a theoretical study based on molecular dynamics, Brownian dynamics, and continuum electrodiffusion theory.

artículo científico publicado en 2002

Ion permeation through the alpha-hemolysin channel: theoretical studies based on Brownian dynamics and Poisson-Nernst-Plank electrodiffusion theory

artículo científico publicado en 2004

Ions and counterions in a biological channel: a molecular dynamics simulation of OmpF porin from Escherichia coli in an explicit membrane with 1 M KCl aqueous salt solution

artículo científico publicado en 2002

L-Met Activates Arabidopsis GLR Ca(2+) Channels Upstream of ROS Production and Regulates Stomatal Movement

artículo científico publicado en 2016

Langevin dynamics simulations of charged model phosphatidylinositol lipids in the presence of diffusion barriers: toward an atomic level understanding of corralling of PIP2 by protein fences in biological membranes

artículo científico publicado en 2014

Ligand Binding Site Detection by Local Structure Alignment and Its Performance Complementarity ⬇️

artículo científico publicado el 4 de septiembre de 2013

Ligand-Binding-Site Refinement to Generate Reliable Holo Protein Structure Conformations from Apo Structures

artículo científico publicado en 2020

Ligand-Binding-Site Structure Refinement Using Molecular Dynamics with Restraints Derived from Predicted Binding Site Templates

artículo científico publicado en 2019

Lipid-linked oligosaccharides in membranes sample conformations that facilitate binding to oligosaccharyltransferase

artículo científico

Long-ranged Protein-glycan Interactions Stabilize von Willebrand Factor A2 Domain from Mechanical Unfolding

scientific article published in Scientific Reports

Membrane Tension, Lipid Adaptation, Conformational Changes, and Energetics in MscL Gating ⬇️

artículo científico publicado el 3 de agosto de 2011

Membrane assembly of simple helix homo-oligomers studied via molecular dynamics simulations

artículo científico publicado en 2006

Modeling and simulation of bacterial outer membranes and interactions with membrane proteins

artículo científico publicado en 2017

Modeling of Specific Lipopolysaccharide Binding Sites on a Gram-Negative Porin

scientific article published on 01 July 2019

Molecular Basis of Aqueous-Like Activity of Lipase Treated with Glucose-Headed Surfactant in Organic Solvent

scientific article published on 14 November 2018

Molecular Dynamics Studies of Ion Permeation in VDAC ⬇️

artículo científico publicado el 2 de febrero de 2011

Molecular Simulation and Biochemical Studies Support an Elevator-type Transport Mechanism in EIIC.

artículo científico publicado en 2017

Molecular dynamics and NMR spectroscopy studies of E. coli lipopolysaccharide structure and dynamics

artículo científico publicado en 2013

Molecular dynamics simulation strategies for protein-micelle complexes.

artículo científico publicado en 2015

Molecular dynamics simulations of biological membranes and membrane proteins using enhanced conformational sampling algorithms

artículo científico publicado en 2016

Molecular dynamics simulations of glycoproteins using CHARMM.

artículo científico publicado en 2015

Multidimensional umbrella sampling and replica-exchange molecular dynamics simulations for structure prediction of transmembrane helix dimers

artículo científico publicado en 2013

NMR Observable-Based Structure Refinement of DAP12-NKG2C Activating Immunoreceptor Complex in Explicit Membranes ⬇️

artículo científico publicado el 3 de abril de 2012

NMR characterization of hydrophobic collapses in amyloidogenic unfolded states and their implications for amyloid formation

artículo científico publicado en 2010

NMR-Based Simulation Studies of Pf1 Coat Protein in Explicit Membranes ⬇️

artículo científico publicado el 6 de agosto de 2013

Novel Pyrrolopyrimidine-Based α-Helix Mimetics: Cell-Permeable Inhibitors of Protein−Protein Interactions ⬇️

artículo científico publicado el 2 de febrero de 2011

Novel free energy calculations to explore mechanisms and energetics of membrane protein structure and function.

artículo científico publicado en 2009

Orientation of fluorescent lipid analogue BODIPY-PC to probe lipid membrane properties: insights from molecular dynamics simulations

artículo científico publicado en 2011

PBEQ-Solver for online visualization of electrostatic potential of biomolecules

artículo científico publicado en 2008

Peptide and protein folding and conformational equilibria: theoretical treatment of electrostatics and hydrogen bonding with implicit solvent models

artículo científico publicado en 2005

Performance comparison of generalized born and Poisson methods in the calculation of electrostatic solvation energies for protein structures

artículo científico publicado en 2004

Potential Application of Alchemical Free Energy Simulations to Discriminate GPCR Ligand Efficacy

artículo científico publicado en 2015

Potential pharmacological chaperones targeting cancer-associated MCL-1 and Parkinson disease-associated α-synuclein

artículo científico publicado en 2014

Preferred conformations of N-glycan core pentasaccharide in solution and in glycoproteins

artículo científico publicado en 2015

Probing the U-shaped conformation of caveolin-1 in a bilayer

scientific article published on March 2014

Protein Dynamics and Ion Traffic in Bacterioferritin ⬇️

artículo científico publicado el 30 de noviembre de 2012

Quantification of Drive-Response Relationships Between Residues During Protein Folding

artículo científico publicado en 2013

Quantitative Characterization of Cholesterol Partitioning between Binary Bilayers

artículo científico publicado en 2018

Quantitative Characterization of Protein-Lipid Interactions by Free Energy Simulation between Binary Bilayers

artículo científico publicado en 2019

Refinement of NMR structures using implicit solvent and advanced sampling techniques

artículo científico publicado en 2004

Refinement of OprH-LPS Interactions by Molecular Simulations

artículo científico publicado en 2017

Replacing Arginine 33 for Alanine in the Hemophore HasA from Pseudomonas aeruginosa Causes Closure of the H32 Loop in the Apo-Protein

artículo científico publicado en 2016

Restricted N-glycan Conformational Space in the PDB and Its Implication in Glycan Structure Modeling ⬇️

artículo científico publicado el 14 de marzo de 2013

Revisiting hydrophobic mismatch with free energy simulation studies of transmembrane helix tilt and rotation

artículo científico publicado en 2010

Role of hydrogen bonding and helix-lipid interactions in transmembrane helix association

artículo científico publicado en 2008

Roles of glycans in interactions between gp120 and HIV broadly neutralizing antibodies

artículo científico publicado en 2015

Simulating Biomolecules: Festschrift to commemorate the 60th birthday of Charles L. Brooks III.

artículo científico publicado en 2017

Simulation Study of Occk5 Functional Properties in Pseudomonas aeruginosa Outer Membranes

Solid-State NMR Ensemble Dynamics as a Mediator between Experiment and Simulation ⬇️

artículo científico publicado el 22 de junio de 2011

Solid-State NMR-Restrained Ensemble Dynamics of a Membrane Protein in Explicit Membranes

artículo científico publicado en 2015

Stalis: A Computational Method for Template-Based Ab Initio Ligand Design

artículo científico publicado en 2019

Structural Conservation and Effects of Alterations in T Cell Receptor Transmembrane Interfaces

artículo científico publicado en 2018

Structural basis of neuropeptide Y signaling through Y1 receptor

artículo científico publicado en 2022

Structural, NMR Spectroscopic, and Computational Investigation of Hemin Loading in the Hemophore HasAp from Pseudomonas aeruginosa

artículo científico publicado en 2010

The Structure of a Sugar Transporter of the Glucose EIIC Superfamily Provides Insight into the Elevator Mechanism of Membrane Transport

artículo científico publicado en 2016

Theoretical and computational models of biological ion channels

artículo científico publicado en 2004

Theory of Adaptive Optimization for Umbrella Sampling

artículo científico publicado en 2014

Transmembrane Helix Orientation and Dynamics: Insights from Ensemble Dynamics with Solid-State NMR Observables ⬇️

artículo científico publicado el 22 de junio de 2011

Transmembrane Motions of PglB Induced by LLO are Coupled with EL5 Loop Conformational Changes Necessary for OST Activity

artículo científico publicado en 2017

Transmembrane features governing Fc receptor CD16A assembly with CD16A signaling adaptor molecules

artículo científico publicado en 2017

Transmembrane helix assembly by window exchange umbrella sampling

artículo científico publicado en 2012

Transmembrane signaling of chemotaxis receptor tar: insights from molecular dynamics simulation studies

artículo científico publicado en 2011

Two Dimensional Window Exchange Umbrella Sampling for Transmembrane Helix Assembly ⬇️

artículo científico publicado el 19 de noviembre de 2012

U-shaped caveolin-1 conformations are tightly regulated by hydrogen bonds with lipids

scientific article published on 03 March 2019

Unfolding of a ClC chloride transporter retains memory of its evolutionary history

artículo científico publicado en 2018

Web interface for brownian dynamics simulation of ion transport and its applications to beta‐barrel pores ⬇️

artículo científico publicado el 21 de noviembre de 2011

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