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Lista de obras de Modesto Orozco

8-Amino guanine accelerates tetramolecular G-quadruplex formation.

artículo científico publicado en 2008

A Comprehensive DNA Methylation Profile of Epithelial-to-Mesenchymal Transition

scientific article published on 08 August 2014

A Multilevel Strategy for the Exploration of the Conformational Flexibility of Small Molecules.

artículo científico publicado en 2012

A Systematic Study of the Energetics Involved in Structural Changes upon Association and Connectivity in Protein Interaction Networks

A consensus view of protein dynamics

artículo científico publicado en 2007

A fast method for the determination of fractional contributions to solvation in proteins.

artículo científico publicado en 2006

A genomics method to identify pathogenicity-related proteins. Application to aminoacyl-tRNA synthetase-like proteins

scientific article published on January 2010

A hydrophobic similarity analysis of solvation effects on nucleic acid bases

artículo científico publicado en 2006

A multi-modal coarse grained model of DNA flexibility mappable to the atomistic level

scientific article published on 01 March 2020

A multifunctional toolkit for target-directed cancer therapy

artículo científico publicado en 2019

A new scaling procedure to correct semiempirical MEP and MEP-derived properties

A new strategy for the evaluation of force parameters from quantum mechanical computations

A practical procedure for the determination of electrostatic charges of large molecules

artículo científico publicado en 1990

A procedure for identifying homologous alternative splicing events

artículo científico publicado en 2007

A quantum chemical study of the enzymatic deamination of benzoadenine derivatives. A theoretical model of the interactions occurring between nucleosides and the active site of adenosine deaminase.

artículo científico publicado en 1990

A systematic molecular dynamics study of nearest-neighbor effects on base pair and base pair step conformations and fluctuations in B-DNA.

artículo científico publicado en 2009

A theoretical investigation on the effect of remote amino groups in hydrogen bonding of nucleic acids

artículo científico publicado en 2001

Ab InitioStudy of Stacking Interactions in A- and B-DNA

Ab initio study of naphtho-homologated DNA bases.

artículo científico publicado en 2008

Ab initio study of the protonation and the tautomerism of the 7-aminopyrazolopyrimidine molecule

Ab initio study of the structural, tautomeric, pairing, and electronic properties of seleno-derivatives of thymine

artículo científico publicado en 2009

Alkaloids from Crinum kirkii

artículo científico publicado en 1995

Allosterism and signal transfer in DNA

scientific article published on 01 September 2018

Alternative splicing mechanisms for the modulation of protein function: conservation between human and other species.

artículo científico publicado en 2004

Alternative splicing of transcription factors' genes: beyond the increase of proteome diversity

scientific article published on 12 July 2009

Amino−Imino Tautomerism in Derivatives of Cytosine: Effect on Hydrogen-Bonding and Stacking Properties

artículo científico publicado en 2001

An atomistic view to the gas phase proteome

artículo científico publicado en 2009

Antiparallel triple helices. Structural characteristics and stabilization by 8-amino derivatives.

artículo científico publicado en 2003

Application of Drug-Perturbed Essential Dynamics/Molecular Dynamics (ED/MD) to Virtual Screening and Rational Drug Design

artículo científico publicado en 2012

Approaching Elastic Network Models to Molecular Dynamics Flexibility

article

Are the hydrogen bonds of RNA (AU) stronger than those of DNA (AT)? A quantum mechanics study.

artículo científico publicado en 2005

Aromaticity-induced changes in electronic properties of size-expanded DNA bases: Case of xC

Assessing the suitability of the multilevel strategy for the conformational analysis of small ligands

artículo científico publicado en 2014

BIGNASim: a NoSQL database structure and analysis portal for nucleic acids simulation data

artículo científico publicado en 2015

BIOACTIVE CONFORMATIONAL ENSEMBLE SERVER AND DATABASE. A PUBLIC FRAMEWORK TO SPEED UP IN SILICO DRUG DISCOVERY

artículo científico publicado en 2020

Backbone FC-H···O hydrogen bonds in 2'F-substituted nucleic acids

artículo científico publicado en 2013

Benzoderivatives of nucleic acid bases as modified DNA building blocks.

artículo científico publicado en 2006

Binding affinities of oligonucleotides and PNAs containing phenoxazine and G-clamp cytosine analogues are unusually sequence-dependent.

artículo científico

Binding of echinomycin to d(GCGC)2 and d(CCGG)2: distinct stacking interactions dictate the sequence-dependent formation of Hoogsteen base pairs

artículo científico

BioExcel Building Blocks Workflows (BioBB-Wfs), an integrated web-based platform for biomolecular simulations

artículo científico publicado en 2022

BioExcel Building Blocks, a software library for interoperable biomolecular simulation workflows

scientific article published on 10 September 2019

BioSuper: a web tool for the superimposition of biomolecules and assemblies with rotational symmetry

artículo científico publicado en 2013

COCO: A simple tool to enrich the representation of conformational variability in NMR structures

scientific article published on 01 April 2009

Can A Denaturant Stabilize DNA? Pyridine Reverses DNA Denaturation in Acidic pH

artículo científico publicado en 2015

Can Divalent Metal Cations Stabilize the Triplex Motif? Theoretical Study of the Interaction of the Hydrated Mg2+Cation with the G−G·C Triplet

Changes in the free-energy landscape of p38α MAP kinase through its canonical activation and binding events as studied by enhanced molecular dynamics simulations

artículo científico publicado en 2017

Characterization of compensated mutations in terms of structural and physico-chemical properties.

artículo científico publicado en 2006

Characterization of disease-associated single amino acid polymorphisms in terms of sequence and structure properties.

artículo científico publicado en 2002

Characterization of the impact of alternative splicing on protein dynamics: the cases of glutathione S-transferase and ectodysplasin-A isoforms

artículo científico publicado en 2012

Chromatin Unfolding by Epigenetic Modifications Explained by Dramatic Impairment of Internucleosome Interactions: A Multiscale Computational Study

artículo científico publicado en 2015

Coarse-grained representation of protein flexibility. Foundations, successes, and shortcomings.

artículo científico

Compaction of Duplex Nucleic Acids upon Native Electrospray Mass Spectrometry.

artículo científico publicado en 2017

Comparison of molecular dynamics and superfamily spaces of protein domain deformation.

artículo científico publicado en 2009

Comprehensive characterization of complex structural variations in cancer by directly comparing genome sequence reads

artículo científico publicado en 2014

Computational Prediction of HIV-1 Resistance to Protease Inhibitors

artículo científico publicado en 2016

Computer-assisted drug design: current status and future trends

artículo científico publicado en 1997

Conformational dynamics of the human propeller telomeric DNA quadruplex on a microsecond time scale.

artículo científico publicado en 2013

Conformational plasticity of RepB, the replication initiator protein of promiscuous streptococcal plasmid pMV158.

artículo científico

Conformationally rigid nucleoside probes help understand the role of sugar pucker and nucleobase orientation in the thrombin-binding aptamer

artículo científico publicado en 2009

Continuum and discrete calculation of fractional contributions to solvation free energy.

artículo científico publicado en 2003

Continuum solvation models: Dissecting the free energy of solvation

Correlated ab initio study of nucleic acid bases and their tautomers in the gas phase, in a microhydrated environment and in aqueous solution : Part 1. Cytosine

Correlated motions are a fundamental property of β-sheets.

artículo científico publicado en 2014

C−H···O Contacts in the Adenine···Uracil Watson−Crick and Uracil···Uracil Nucleic Acid Base Pairs: Nonempirical ab Initio Study with Inclusion of Electron Correlation Effects

DFFR: A NEW METHOD FOR HIGH-THROUGHPUT RECALIBRATION OF AUTOMATIC FORCE-FIELDS FOR DRUGS

artículo científico publicado en 2020

DNA sequence-specific reading by echinomycin: role of hydrogen bonding and stacking interactions.

artículo científico

DNA specificities modulate the binding of human transcription factor A to mitochondrial DNA control region

artículo científico publicado en 2019

DNA structure directs positioning of the mitochondrial genome packaging protein Abf2p.

artículo científico publicado en 2016

DNA-triplex stabilizing properties of 8-aminoguanine

artículo científico publicado en 2000

DNAffinity: a machine-learning approach to predict DNA binding affinities of transcription factors

artículo científico publicado en 2022

DNAlive: a tool for the physical analysis of DNA at the genomic scale

artículo científico publicado en 2008

Data Mining of Molecular Dynamic Trajectories of Nucleic Acids

Data mining of molecular dynamics trajectories of nucleic acids

artículo científico publicado en 2006

Deciphering the deformation modes associated with function retention and specialization in members of the Ras superfamily.

artículo científico publicado en 2010

Deficient Endoplasmic Reticulum-Mitochondrial Phosphatidylserine Transfer Causes Liver Disease

scientific article published on 01 May 2019

Defining the nature of thermal intermediate in 3 state folding proteins: apoflavodoxin, a study case.

artículo científico publicado en 2012

Derivation of Distributed Models of Atomic Polarizability for Molecular Simulations

artículo científico publicado en 2007

Design, synthesis, and biological evaluation of dual binding site acetylcholinesterase inhibitors: new disease-modifying agents for Alzheimer's disease

artículo científico publicado en 2005

Destabilization of quadruplex DNA by 8-aminoguanine.

artículo científico publicado en 2006

Determination of a Structural Ensemble Representing the Dynamics of a G-Quadruplex DNA

artículo científico publicado en 2019

Determination of the conformational preferences of adenosine at the active site of adenosine deaminase

artículo científico publicado en 1990

Determining promoter location based on DNA structure first-principles calculations

artículo científico publicado en 2007

Differential stability of 2'F-ANA*RNA and ANA*RNA hybrid duplexes: roles of structure, pseudohydrogen bonding, hydration, ion uptake and flexibility

artículo científico publicado en 2010

Direct measurement of the dielectric polarization properties of DNA.

artículo científico publicado en 2014

Discrete Molecular Dynamics Approach to the Study of Disordered and Aggregating Proteins

artículo científico publicado en 2017

Dispersion and repulsion contributions to the solvation free energy: comparison of quantum mechanical and classical approaches in the polarizable continuum model.

artículo científico publicado en 2006

Dissection of the recognition properties of p38 MAP kinase. Determination of the binding mode of a new pyridinyl-heterocycle inhibitor family

artículo científico publicado en 2007

Dramatic effect of furanose C2' substitution on structure and stability: directing the folding of the human telomeric quadruplex with a single fluorine atom

artículo científico publicado en 2013

Dynamics of B-DNA on the microsecond time scale

artículo científico publicado en 2007

EXPLORING THE CONFORMATIONAL LANDSCAPE OF BIOACTIVE SMALL MOLECULES

artículo científico publicado en 2020

Effect of bulky lesions on DNA: solution structure of a DNA duplex containing a cholesterol adduct

artículo científico publicado en 2004

Effects of local electric fields on the redox free energy of single stranded DNA

artículo científico publicado en 2010

Efficient Relaxation of Protein-Protein Interfaces by Discrete Molecular Dynamics Simulations

artículo científico publicado en 2012

Efficient siRNA-peptide conjugation for specific targeted delivery into tumor cells

artículo científico publicado en 2017

Electrostatic component of solvation: Comparison of SCRF continuum models

article

Emergence of chromatin hierarchical loops from protein disorder and nucleosome asymmetry

artículo científico publicado en 2020

Energy decomposition in molecular complexes: Implications for the treatment of polarization in molecular simulations

artículo científico publicado en 2003

Ensemble Docking from Homology Models.

artículo científico publicado en 2010

Epigenetic loss of RNA-methyltransferase NSUN5 in glioma targets ribosomes to drive a stress adaptive translational program

artículo científico publicado en 2019

Epigenomic analysis detects aberrant super-enhancer DNA methylation in human cancer.

artículo científico publicado en 2016

Epigenomic analysis detects widespread gene-body DNA hypomethylation in chronic lymphocytic leukemia.

artículo científico publicado en 2012

Essential Dynamics:  A Tool for Efficient Trajectory Compression and Management

artículo científico publicado en 2006

Evidence for transcript networks composed of chimeric RNAs in human cells

artículo científico publicado en 2012

Exome sequencing identifies recurrent mutations of the splicing factor SF3B1 gene in chronic lymphocytic leukemia

artículo científico publicado en 2011

Experimental and modelling studies on the DNA cleavage by elsamicin A

artículo científico publicado en 1992

Exploration of conformational transition pathways from coarse-grained simulations.

artículo científico publicado en 2013

Exploring early stages of the chemical unfolding of proteins at the proteome scale

artículo científico publicado en 2013

Exploring polymorphisms in B-DNA helical conformations.

artículo científico publicado en 2012

Exploring the Dynamics of Calix[4]pyrrole: Effect of Solvent and Fluorine Substitution

artículo científico publicado en 2007

Exploring the Essential Dynamics of B-DNA

artículo científico publicado en 2005

Exploring the binding mode of semicarbazide-sensitive amine oxidase/VAP-1: identification of novel substrates with insulin-like activity

artículo científico publicado en 2004

Exploring the counterion atmosphere around DNA: what can be learned from molecular dynamics simulations?

artículo científico publicado en 2004

Exploring the reasons for the large density of triplex-forming oligonucleotide target sequences in the human regulatory regions

artículo científico publicado en 2006

Exploring the suitability of coarse-grained techniques for the representation of protein dynamics

artículo científico publicado en 2008

Extension of the MST continuum solvation model to the RM1 semiempirical hamiltonian

artículo científico publicado en 2007

Extension of the MST model to the IEF formalism: HF and B3LYP parametrizations

artículo científico publicado en 2005

Fast Atomistic Molecular Dynamics Simulations from Essential Dynamics Samplings

article

Fast estimation of hydrogen-bonding donor and acceptor propensities: a GMIPp study.

artículo científico publicado en 2002

Finding Conformational Transition Pathways from Discrete Molecular Dynamics Simulations.

artículo científico publicado en 2012

FlexServ: an integrated tool for the analysis of protein flexibility.

artículo científico publicado en 2009

Four-stranded DNA structure stabilized by a novel G:C:A:T tetrad

artículo científico publicado en 2003

Fractional description of free energies of solvation

scientific article published on 01 March 1999

Frontiers in Molecular Dynamics Simulations of DNA ⬇️

artículo científico publicado el 10 de agosto de 2011

Functionalization of the 3'-ends of DNA and RNA strands with N-ethyl-N-coupled nucleosides: a promising approach to avoid 3'-exonuclease-catalyzed hydrolysis of therapeutic oligonucleotides.

artículo científico publicado en 2013

Fuzziness and noise in nucleosomal architecture

artículo científico publicado en 2014

G-quadruplexes can maintain their structure in the gas phase.

artículo científico publicado en 2006

GRID-MD-A tool for massive simulation of protein channels

artículo científico publicado en 2008

Geometrical and electronic structure variability of the sugar-phosphate backbone in nucleic acids

artículo científico publicado en 2008

Glutaryl-CoA Dehydrogenase Deficiency in Spain: Evidence of Two Groups of Patients, Genetically, and Biochemically Distinct

article

Helical preferences of alanine, glycine, and aminoisobutyric homopeptides

artículo científico publicado en 1997

Hog1 bypasses stress-mediated down-regulation of transcription by RNA polymerase II redistribution and chromatin remodeling

artículo científico publicado en 2012

Hoogsteen-based parallel-stranded duplexes of DNA. Effect of 8-amino-purine derivatives.

artículo científico publicado en 2002

How B-DNA Dynamics Decipher Sequence-Selective Protein Recognition

scientific article published on 17 July 2019

How accurate are accurate force-fields for B-DNA?

artículo científico publicado en 2017

Hydrophobic molecular similarity from MST fractional contributions to the octanol/water partition coefficient.

artículo científico publicado en 2005

Hydrophobic similarity between molecules: a MST-based hydrophobic similarity index

artículo científico publicado en 2002

Impact of DNA methylation on 3D genome structure

artículo científico publicado en 2021

Impact of methylation on the physical properties of DNA.

artículo científico publicado en 2012

Improved nucleic acid descriptors for siRNA efficacy prediction ⬇️

artículo científico publicado el 14 de diciembre de 2012

Induction effects in metal cation-benzene complexes.

artículo científico publicado en 2008

Inhibition of Human Enhancer of Zeste Homolog 2 with Tambjamine Analogs.

artículo científico publicado en 2017

Inntags: small self-structured epitopes for innocuous protein tagging

artículo científico publicado en 2015

Interactions of Hydrated Mg2+Cation with Bases, Base Pairs, and Nucleotides. Electron Topology, Natural Bond Orbital, Electrostatic, and Vibrational Study

article

Interoperability with Moby 1.0--it's better than sharing your toothbrush!

artículo científico publicado en 2008

Ligand-induced changes in the binding sites of proteins

artículo científico publicado en 2002

Ligand-induced dynamical regulation of NO conversion in Mycobacterium tuberculosis truncated hemoglobin-N

artículo científico publicado en 2006

Light on the structural communication in Ras GTPases.

artículo científico publicado en 2012

Linear response theory: an alternative to PB and GB methods for the analysis of molecular dynamics trajectories?

artículo científico publicado en 2004

Local aromaticity in natural nucleobases and their size-expanded benzo-fused derivatives.

artículo científico publicado en 2006

Long-timescale dynamics of the Drew-Dickerson dodecamer.

artículo científico publicado en 2016

MD and NMR analyses of choline and TMA binding to duplex DNA: on the origins of aberrant sequence-dependent stability by alkyl cations in aqueous and water-free solvents.

artículo científico publicado en 2014

MDWeb and MDMoby: an integrated web-based platform for molecular dynamics simulations.

artículo científico publicado en 2012

MST Continuum Study of the Hydration Free Energies of Monovalent Ionic Species

artículo científico publicado en 2005

MST study of group contributions for alkane derivatives: effect of the charge normalization

artículo científico publicado en 2004

Mechanism for the rotamase activity of FK506 binding protein from molecular dynamics simulations

artículo científico publicado en 1993

Mechanism of Structural Tuning of the Hepatitis C Virus Human Cellular Receptor CD81 Large Extracellular Loop

scholarly article by Eva S. Cunha published in January 2018

Misincorporation of 2'-deoxyoxanosine into DNA: a molecular basis for NO-induced mutagenesis derived from theoretical calculations

artículo científico publicado en 2000

Mixed QM/MM molecular electrostatic potentials

artículo científico publicado en 2000

MoDEL (Molecular Dynamics Extended Library): a database of atomistic molecular dynamics trajectories

artículo científico publicado en 2010

Modulation of the helical properties of DNA: next-to-nearest neighbour effects and beyond

artículo científico publicado en 2019

Molecular Dynamics Simulations in Aqueous Solution of Triple Helices Containing d(G·C·C) Trios

artículo científico publicado en 1998

Molecular Dynamics Simulations of PNA·DNA and PNA·RNA Duplexes in Aqueous Solution

artículo científico publicado en 2000

Molecular basis of Arginine and Lysine DNA sequence-dependent thermo-stability modulation

artículo científico publicado en 2022

Molecular basis of substrate-induced permeation by an amino acid antiporter

artículo científico publicado en 2011

Molecular dynamics simulations: advances and applications

artículo científico publicado en 2015

Molecular dynamics study of 2rotaxanes: influence of solvation and cation on co-conformation

artículo científico publicado en 2003

Molecular dynamics study of naturally existing cavity couplings in proteins

artículo científico publicado en 2015

Molecular modelling approaches to the design of acetylcholinesterase inhibitors: new challenges for the treatment of Alzheimer's disease

artículo científico publicado en 2004

Molecular-mechanics modelling of drug-DNA structures; the effects of differing dielectric treatment on helix parameters and comparison with a fully solvated structural model

artículo científico publicado en 1990

Molywood: streamlining the design and rendering of molecular movies

artículo científico publicado en 2020

Multicentric charges for the accurate representation of electrostatic interactions in force-field calculations for small molecules

Multiple routes to characterize the folding of a small DNA hairpin

artículo científico publicado en 2010

Multiscale simulation of DNA.

artículo científico

Mutations in JMJD1C are involved in Rett syndrome and intellectual disability

artículo científico publicado en 2015

NAFlex: a web server for the study of nucleic acid flexibility.

artículo científico publicado en 2013

Nature of Base Stacking: Reference Quantum-Chemical Stacking Energies in Ten Unique B-DNA Base-Pair Steps

artículo científico publicado en 2006

Nature of minor-groove binders-DNA complexes in the gas phase.

artículo científico publicado en 2005

Non-coding recurrent mutations in chronic lymphocytic leukaemia

artículo científico publicado en 2015

Nucleic Acid Bases in Solution

artículo científico publicado en 1999

Nucleic Acid Triple Helices: Stability Effects of Nucleobase Modifications

Nucleic acid simulations themed issue

artículo científico publicado en 2009

Nucleosome Dynamics: a new tool for the dynamic analysis of nucleosome positioning

scientific article published on 01 October 2019

Nucleosome architecture throughout the cell cycle

artículo científico publicado en 2016

Nucleotide binding switches the information flow in ras GTPases

artículo científico publicado en 2011

Observation of Spontaneous Base Pair Breathing Events in the Molecular Dynamics Simulation of a Difluorotoluene-Containing DNA Oligonucleotide

artículo científico publicado en 1999

On the Origin of the Stereoselectivity in the Alkylation of Oxazolopiperidone Enolates

artículo científico publicado en 2006

On the Use of low-resolution Data to Improve Structure Prediction of Proteins and Protein Complexes

artículo científico publicado en 2009

On the nature of DNA hyperchromic effect

artículo científico publicado en 2013

On the performance of continuum solvation methods. A comment on "Universal approaches to solvation modeling".

artículo científico publicado en 2009

On the reaction mechanism of class Pi glutathione S-transferase

artículo científico publicado en 1997

On the suitability of semiempirical calculations as sources of force field parameters.

artículo científico publicado en 1992

Oncogenic mutations at the EGFR ectodomain structurally converge to remove a steric hindrance on a kinase-coupled cryptic epitope

artículo científico publicado en 2019

PACSAB: Coarse-Grained Force Field for the Study of Protein-Protein Interactions and Conformational Sampling in Multiprotein Systems

artículo científico publicado en 2015

PAPQMD/AM1 Parametrization of the bonded term of aromatic biomolecules

artículo científico publicado en 1994

PMUT: a web-based tool for the annotation of pathological mutations on proteins.

artículo científico publicado en 2005

PMut: a web-based tool for the annotation of pathological variants on proteins, 2017 update.

artículo científico publicado en 2017

POEAMS: program for outliers elimination in 'anomalous' multidimensional space

artículo científico publicado en 1989

POEMS: program for outliers elimination in multidimensional space

artículo científico publicado en 1988

Parallel-stranded hairpins containing 8-aminopurines. Novel efficient probes for triple-helix formation.

artículo científico publicado en 2001

Parmbsc1: a refined force field for DNA simulations ⬇️

artículo científico publicado en 2015

Partition of protein solvation into group contributions from molecular dynamics simulations.

artículo científico publicado en 2005

Performance of Molecular Mechanics Force Fields for RNA Simulations: Stability of UUCG and GNRA Hairpins

Performance of the IEF-MST solvation continuum model in a blind test prediction of hydration free energies.

artículo científico publicado en 2009

Performance of the IEF-MST solvation continuum model in the SAMPL2 blind test prediction of hydration and tautomerization free energies.

artículo científico publicado en 2010

Perturbation Approach to Combined QM/MM Simulation of Solute−Solvent Interactions in Solution

artículo científico publicado en 2003

Physical properties of naked DNA influence nucleosome positioning and correlate with transcription start and termination sites in yeast

artículo científico publicado en 2011

Plasticity in oligomerization, operator architecture, and DNA binding in the mode of action of a bacterial B12-based photoreceptor

artículo científico publicado en 2018

Polarization effects in molecular interactions

artículo científico publicado en 2011

Predicting the Limit of Intramolecular Hydrogen Bonding with Classical Molecular Dynamics

scientific article published on 14 February 2019

Prediction and validation of protein intermediate states from structurally rich ensembles and coarse-grained simulations

artículo científico publicado en 2016

Prediction of Conformational Free Energy Differences of Solutes in Solution∶ An MC-MST Study

artículo científico publicado en 2002

Prevalent Sequences in the Human Genome Can Form Mini i-Motif Structures at Physiological pH.

artículo científico publicado en 2017

Pre‐exascale HPC approaches for molecular dynamics simulations. Covid‐19 research: A use case

artículo científico publicado en 2022

Properties of Triple Helices Formed by Oligonucleotides Containing 8-Aminopurines

artículo científico publicado en 2003

Properties of triple helices formed by parallel-stranded hairpins containing 8-aminopurines.

artículo científico publicado en 2002

Protein Flexibility and Synergy of HMG Domains Underlie U-Turn Bending of DNA by TFAM in Solution.

artículo científico publicado en 2017

Protein disorder-to-order transition enhances the nucleosome-binding affinity of H1

scientific article published on 01 May 2020

Protein flexibility from discrete molecular dynamics simulations using quasi-physical potentials

artículo científico publicado en 2010

Proton Dynamics in Protein Mass Spectrometry. ⬇️

artículo científico publicado en 2017

PupasView: a visual tool for selecting suitable SNPs, with putative pathological effect in genes, for genotyping purposes

artículo científico publicado en 2005

Quantification of Pathway Cross-talk Reveals Novel Synergistic Drug Combinations for Breast Cancer.

artículo científico publicado en 2016

Quantum Chemical Study of the Electronic and Conformational Characteristics of Adenosine and 8-Substituted Derivatives: Functional Implications in the Mechanism of Reaction of Adenosine Deaminase

artículo científico publicado en 1990

Rational design of novel N-alkyl-N capped biostable RNA nanostructures for efficient long-term inhibition of gene expression

artículo científico publicado en 2016

Rational design of reversible acetylcholinesterase inhibitors.

artículo científico publicado en 2002

Real-time atomistic description of DNA unfolding

scientific article published on 01 June 2010

Recent advances in the study of nucleic acid flexibility by molecular dynamics

artículo científico publicado en 2008

Refinement of the AMBER force field for nucleic acids: improving the description of alpha/gamma conformers

artículo científico publicado en 2007

Relative Flexibility of DNA and RNA: a Molecular Dynamics Study

artículo científico publicado en 2004

Residues Coevolution Guides the Systematic Identification of Alternative Functional Conformations in Proteins

artículo científico publicado en 2015

Role of sugar re-puckering in the transition of A and B forms of DNA in solution. A molecular dynamics study

artículo científico publicado en 1999

Role of tautomerism of 2-azaadenine and 2-azahypoxanthine in substrate recognition by xanthine oxidase

scientific article published on 01 March 1997

SDS-PAGE analysis of Aβ oligomers is disserving research into Alzheimer´s disease: appealing for ESI-IM-MS

artículo científico publicado en 2015

SEABED: Small molEcule activity scanner weB servicE baseD.

artículo científico publicado en 2014

Salt bridge interactions: stability of the ionic and neutral complexes in the gas phase, in solution, and in proteins.

artículo científico publicado en 1998

Saturation of recognition elements blocks evolution of new tRNA identities.

artículo científico publicado en 2016

Scoring by Intermolecular Pairwise Propensities of Exposed Residues (SIPPER): A New Efficient Potential for Protein−Protein Docking

artículo científico publicado en 2011

Self-consistent reaction field computation of the reactive characteristics of DNA bases in water

artículo científico publicado en 1993

Seven-Membered Ring Nucleoside Analogues: Stereoselective Synthesis and Studies on Their Conformational Properties

scientific article published on 22 October 2015

Side chain to main chain hydrogen bonds stabilize a polyglutamine helix in a transcription factor

artículo científico publicado en 2019

Simplified descriptions of the topological distribution of hydrophilic/hydrophobic characteristics of molecules

artículo científico publicado en 2000

Single Stranded Loops of Quadruplex DNA As Key Benchmark for Testing Nucleic Acids Force Fields

artículo científico publicado en 2009

Small Details Matter: The 2'-Hydroxyl as a Conformational Switch in RNA.

artículo científico publicado en 2016

Solvation enthalpies of neutral solutes in water and octanol

artículo científico publicado en 2009

Specific loop modifications of the thrombin-binding aptamer trigger the formation of parallel structures

artículo científico

Splice variants of mitofusin 2 shape the endoplasmic reticulum and tether it to mitochondria

artículo científico publicado en 2023

Structural Analysis of an Equilibrium Folding Intermediate in the Apoflavodoxin Native Ensemble by Small-Angle X-ray Scattering ⬇️

artículo científico publicado el 7 de enero de 2011

Structural basis of a histidine-DNA nicking/joining mechanism for gene transfer and promiscuous spread of antibiotic resistance

artículo científico publicado en 2017

Structural characterization of protein-protein complexes by integrating computational docking with small-angle scattering data

artículo científico publicado en 2010

Structural properties of g,t-parallel duplexes

artículo científico publicado en 2010

Structural, dynamical, and electronic transport properties of modified DNA duplexes containing size-expanded nucleobases

artículo científico publicado en 2011

Structure and dynamics of oligonucleotides in the gas phase

artículo científico publicado en 2014

Structure and properties of DNA in apolar solvents.

artículo científico publicado en 2014

Structure of triplex DNA in the gas phase

artículo científico publicado en 2012

Structure, Recognition Properties, and Flexibility of the DNA·RNA Hybrid

artículo científico publicado en 2005

Structure, Stiffness and Substates of the Dickerson-Drew Dodecamer.

artículo científico publicado en 2013

Structure-directed reversion in the pi-facial stereoselective alkylation of chiral bicyclic lactams.

artículo científico publicado en 2008

Synthesis and properties of 2'-deoxy-2',4'-difluoroarabinose-modified nucleic acids

artículo científico publicado en 2015

Synthesis, chemical trapping and dimerization of tricyclo[3.3.0.03,7]oct-1(5)-ene, the consummate member of a series of pyramidalized alkenes

TEFOOL/2: a program for theoretical drug design on microcomputers

artículo científico publicado en 1989

Target flexibility: an emerging consideration in drug discovery and design

scientific article published on 12 September 2008

Targeting RNA structure in SMN2 reverses spinal muscular atrophy molecular phenotypes.

artículo científico publicado en 2018

Tautomerism and Protonation of Guanine and Cytosine. Implications in the Formation of Hydrogen-Bonded Complexes

artículo científico publicado en 1996

Tautomerism of Neutral and Protonated 6-Thioguanine in the Gas Phase and in Aqueous Solution. An ab Initio Study

artículo científico publicado en 1995

Tautomerism of Xanthine Oxidase Substrates Hypoxanthine and Allopurinol

artículo científico publicado en 1996

Tautomerism of xanthine and alloxanthine: a model for substrate recognition by xanthine oxidase

artículo científico publicado en 1996

The (in)dependence of alternative splicing and gene duplication

artículo científico publicado en 2007

The DNA-forming properties of 6-selenoguanine.

artículo científico publicado en 2013

The Differential Response of Proteins to Macromolecular Crowding

artículo científico publicado en 2016

The Impact of the HydroxyMethylCytosine epigenetic signature on DNA structure and function

artículo científico publicado en 2021

The Multiple Roles of Waters in Protein Solvation

artículo científico publicado en 2017

The Role of Unconventional Hydrogen Bonds in Determining BII Propensities in B-DNA.

artículo científico publicado en 2016

The Structure and Dynamics of DNA in the Gas Phase

scientific article published on 01 July 2003

The catalytic site structural gate of adenosine deaminase allosterically modulates ligand binding to adenosine receptors

artículo científico publicado en 2012

The conformational landscape of an intrinsically disordered DNA-binding domain of a transcription regulator

The effect of amino groups on the stability of DNA duplexes and triplexes based on purines derived from inosine

artículo científico publicado en 2001

The impact of monovalent ion force field model in nucleic acids simulations

artículo científico publicado en 2009

The native ensemble and folding of a protein molten-globule: functional consequence of downhill folding

artículo científico publicado en 2011

The protein folding transition-state ensemble from a Gō-like model.

artículo científico publicado en 2011

The relative flexibility of B-DNA and A-RNA duplexes: database analysis

artículo científico publicado en 2004

The static and dynamic structural heterogeneities of B-DNA: extending Calladine-Dickerson rules

artículo científico publicado en 2019

The structural impact of DNA mismatches

artículo científico publicado en 2015

The structure of human 4F2hc ectodomain provides a model for homodimerization and electrostatic interaction with plasma membrane

artículo científico publicado en 2007

The use of conformationally rigid nucleoside probes to study the role of sugar pucker and nucleobase orientation in the thrombin binding aptamer.

artículo científico publicado en 2009

Theoretical Analysis of Antisense Duplexes: Determinants of the RNase H Susceptibility

artículo científico publicado en 2008

Theoretical Approximation to the Reaction Mechanism of Adenosine Deaminase

Theoretical Methods for the Description of the Solvent Effect in Biomolecular Systems

artículo científico publicado en 2000

Theoretical Study of Alkyl-π and Aryl-π Interactions. Reconciling Theory and Experiment

artículo científico publicado en 2002

Theoretical Study of Azido−Tetrazole Isomerism: Effect of Solvent and Substituents and Mechanism of Isomerization

artículo científico publicado en 1998

Theoretical Study of the Truncated Hemoglobin HbN: Exploring the Molecular Basis of the NO Detoxification Mechanism

scientific article published on 01 March 2005

Theoretical characterization of the dynamical behavior and transport properties of alpha,gamma-peptide nanotubes in solution.

artículo científico publicado en 2009

Theoretical determination of the solvation free energy in water and chloroform of the nucleic acid bases

artículo científico publicado en 1996

Theoretical methods for the description of the solvent effect in biomolecular systems. (Chem. Rev. 2000, 100, 4187-4226. Published on the web oct 21, 2000.).

artículo científico publicado en 2001

Theoretical methods for the simulation of nucleic acids.

artículo científico publicado en 2003

Theoretical representation of solvent effects in the study of biochemical systems

Theoretical studies on the inhibition mechanism of cyclooxygenase-2. Is there a unique recognition site?

artículo científico publicado en 2003

Theoretical study of a new DNA structure: the antiparallel Hoogsteen duplex.

artículo científico publicado en 2003

Theoretical study of anion binding to calix[4]pyrrole: the effects of solvent, fluorine substitution, cosolute, and water traces

artículo científico publicado en 2002

Theoretical study of large conformational transitions in DNA: the B<-->A conformational change in water and ethanol/water

artículo científico publicado en 2007

Theoretical study of the Hoogsteen-Watson-Crick junctions in DNA.

artículo científico publicado en 2005

Theoretical study of the acidic strength of amino acid side chains

Theoretical study of the guanine --> 6-thioguanine substitution in duplexes, triplexes, and tetraplexes.

artículo científico publicado en 2004

Theoretical study of the hydroxyl nucleophilic attack on the 6-aminopyrimidine molecule: functional implications in the reaction mechanism of nucleoside deaminative enzymes

Theoretical study of the protonation and tautomerization of adenosine, formycin, and their 2-NH2 and 2-F derivatives: functional implications in the mechanism of reaction of adenosine deaminase.

artículo científico publicado en 1989

Theoretical study of the tautomerism of adenosine and formycin: functional implications

Thorough Validation of Protein Normal Mode Analysis: A Comparative Study with Essential Dynamics

article

Toward a consensus view of duplex RNA flexibility

artículo científico publicado en 2010

Toward an atomistic description of the urea-denatured state of proteins.

artículo científico publicado en 2013

Towards a molecular dynamics consensus view of B-DNA flexibility

artículo científico publicado en 2008

Transferability of fragmental contributions to the octanol/water partition coefficient: an NDDO-based MST study

artículo científico publicado en 2003

Tribute to William L. Jorgensen

artículo científico publicado en 2015

Triple helix stabilization properties of oligonucleotides containing 8-amino-2′-deoxyguanosine

artículo científico publicado en 1998

Triplex formation using oligonucleotide clamps carrying 8-aminopurines.

artículo científico

Triplex-forming oligonucleotide target sequences in the human genome.

artículo científico publicado en 2004

Unconventional interactions between water and heterocyclic nitrogens in protein structures

artículo científico publicado en 2004

Understanding the connection between epigenetic DNA methylation and nucleosome positioning from computer simulations

artículo científico publicado en 2013

Unique tautomeric and recognition properties of thioketothymines?

artículo científico publicado en 2009

Unique tautomeric properties of isoguanine

artículo científico publicado en 2004

United-Atom Discrete Molecular Dynamics of Proteins Using Physics-Based Potentials.

artículo científico publicado en 2008

Unraveling the sequence-dependent polymorphic behavior of d(CpG) steps in B-DNA

artículo científico publicado en 2014

Unravelling the hidden DNA structural/physical code provides novel insights on promoter location

artículo científico publicado en 2013

Use of bioinformatics tools for the annotation of disease-associated mutations in animal models

artículo científico publicado en 2005

VeriNA3d: an R package for nucleic acids data mining

artículo científico publicado en 2019

Visualizing phosphodiester-bond hydrolysis by an endonuclease

artículo científico publicado en 2015

X-Pol Potential: An Electronic Structure-Based Force Field for Molecular Dynamics Simulation of a Solvated Protein in Water

artículo científico publicado en 2009

nucleR: a package for non-parametric nucleosome positioning

artículo científico publicado en 2011

μABC: a systematic microsecond molecular dynamics study of tetranucleotide sequence effects in B-DNA

artículo científico publicado en 2014

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