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Lista de obras de Jimmy K. Eng

A General Method for Targeted Quantitative Cross-Linking Mass Spectrometry

artículo científico publicado en 2016

A combined dataset of human cerebrospinal fluid proteins identified by multi-dimensional chromatography and tandem mass spectrometry

artículo científico publicado en 2007

A common open representation of mass spectrometry data and its application to proteomics research

artículo científico publicado en 2004

A deeper look into Comet--implementation and features

artículo científico publicado en 2015

A face in the crowd: recognizing peptides through database search

artículo científico publicado en 2011

A fast SEQUEST cross correlation algorithm

artículo científico publicado en 2008

A guided tour of the Trans-Proteomic Pipeline

artículo científico publicado en 2010

A mass spectrometry proteomics data management platform

artículo científico publicado en 2012

A multidimensional chromatography technology for in-depth phosphoproteome analysis

artículo científico publicado en 2008

A photocleavable and mass spectrometry identifiable cross-linker for protein interaction studies

artículo científico publicado en 2010

A platform for accurate mass and time analyses of mass spectrometry data

artículo científico publicado en 2007

A suite of algorithms for the comprehensive analysis of complex protein mixtures using high-resolution LC-MS.

artículo científico publicado en 2006

A tool to visualize and evaluate data obtained by liquid chromatography-electrospray ionization-mass spectrometry

artículo científico publicado en 2004

A uniform proteomics MS/MS analysis platform utilizing open XML file formats

artículo científico publicado en 2005

Accurate peptide fragment mass analysis: multiplexed peptide identification and quantification

artículo científico publicado en 2012

An alternative sampling algorithm for use in liquid chromatography/tandem mass spectrometry experiments

artículo científico publicado en 2005

An approach to correlate tandem mass spectral data of peptides with amino acid sequences in a protein database

artículo científico publicado en 1994

An evaluation, comparison, and accurate benchmarking of several publicly available MS/MS search algorithms: Sensitivity and specificity analysis

An evaluation, comparison, and accurate benchmarking of several publicly available MS/MS search algorithms: sensitivity and specificity analysis

artículo científico publicado en 2005

An integrated chemical, mass spectrometric and computational strategy for (quantitative) phosphoproteomics: application to Drosophila melanogaster Kc167 cells

artículo científico publicado en 2007

Analysis of RP-HPLC loading conditions for maximizing peptide identifications in shotgun proteomics

artículo científico publicado en 2009

Analysis of the Saccharomyces cerevisiae proteome with PeptideAtlas

artículo científico publicado en 2006

Androgen-sensitive microsomal signaling networks coupled to the proliferation and differentiation of human prostate cancer cells

artículo científico publicado en 2011

Building consensus spectral libraries for peptide identification in proteomics

artículo científico publicado en 2008

Challenges in deriving high-confidence protein identifications from data gathered by a HUPO plasma proteome collaborative study

artículo científico publicado en 2006

Characterization of proteome of human cerebrospinal fluid

artículo científico publicado en 2006

Characterizing the connectivity of poly-ubiquitin chains by selected reaction monitoring mass spectrometry

artículo científico publicado en 2010

ChromEval: a software application for the rapid evaluation of HPLC system performance in proteomic applications.

artículo científico publicado en 2010

Code developments to improve the efficiency of automated MS/MS spectra interpretation

artículo científico publicado en 2002

Comet: an open-source MS/MS sequence database search tool

artículo científico publicado en 2012

Complementary profiling of gene expression at the transcriptome and proteome levels in Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2002

Computational Proteomics Analysis System (CPAS): an extensible, open-source analytic system for evaluating and publishing proteomic data and high throughput biological experiments

artículo científico publicado en 2006

Cross-linking measurements of in vivo protein complex topologies

artículo científico publicado en 2011

Cross-linking measurements of the Potato leafroll virus reveal protein interaction topologies required for virion stability, aphid transmission, and virus-plant interactions

artículo científico publicado en 2012

Crux: rapid open source protein tandem mass spectrometry analysis

artículo científico publicado en 2014

De novo correction of mass measurement error in low resolution tandem MS spectra for shotgun proteomics

artículo científico publicado en 2012

Development and validation of a spectral library searching method for peptide identification from MS/MS.

artículo científico publicado en 2007

Differential protein expression profiles in estrogen receptor-positive and -negative breast cancer tissues using label-free quantitative proteomics

artículo científico publicado en 2010

Dynamic Proteome Response of Pseudomonas aeruginosa to Tobramycin Antibiotic Treatment

artículo científico publicado en 2015

Emerging tandem-mass-spectrometry techniques for the rapid identification of proteins ⬇️

artículo científico publicado el 1 de octubre de 1997

Extending Comet for Global Amino Acid Variant and Post-Translational Modification Analysis Using the PSI Extended FASTA Format

artículo científico publicado en 2020

Extracellular Matrix Proteins Mediate HIV-1 gp120 Interactions with α4β7.

artículo científico publicado en 2017

Fast parallel tandem mass spectral library searching using GPU hardware acceleration

artículo científico publicado en 2011

Full-Featured, Real-Time Database Searching Platform Enables Fast and Accurate Multiplexed Quantitative Proteomics

scientific article published on 06 April 2020

General framework for developing and evaluating database scoring algorithms using the TANDEM search engine

artículo científico publicado en 2006

Head-to-Head Comparison of Serum Fractionation Techniques

article

High throughput protein characterization by automated reverse‐phase chromatography/electrospray tandem mass spectrometry ⬇️

artículo científico publicado el 1 de marzo de 1998

High throughput proteome screening for biomarker detection

artículo científico publicado en 2005

Human Plasma PeptideAtlas

artículo científico publicado en 2005

Identification of 2D-gel proteins: a comparison of MALDI/TOF peptide mass mapping to mu LC-ESI tandem mass spectrometry

artículo científico publicado en 2003

Identification of TFB5, a new component of general transcription and DNA repair factor IIH.

artículo científico publicado en 2004

Identification of androgen-coregulated protein networks from the microsomes of human prostate cancer cells

artículo científico publicado en 2003

Identification of putative androgen receptor interaction protein modules: cytoskeleton and endosomes modulate androgen receptor signaling in prostate cancer cells

artículo científico publicado en 2006

In vivo application of photocleavable protein interaction reporter technology

artículo científico publicado en 2012

In vivo protein interaction network analysis reveals porin-localized antibiotic inactivation in Acinetobacter baumannii strain AB5075

artículo científico publicado en 2016

In vivo protein interaction network identified with a novel real-time cross-linked peptide identification strategy

artículo científico publicado en 2013

Index-ion triggered MS2 ion quantification: a novel proteomics approach for reproducible detection and quantification of targeted proteins in complex mixtures

artículo científico publicado en 2010

Initial proteome analysis of model microorganism Haemophilus influenzae strain Rd KW20.

artículo científico publicado en 2003

Installation and use of LabKey Server for proteomics

artículo científico publicado en 2011

Installation and use of the Computational Proteomics Analysis System (CPAS).

artículo científico

Integrated genomic and proteomic analyses of gene expression in Mammalian cells

artículo científico publicado en 2004

Integrated pipeline for mass spectrometry-based discovery and confirmation of biomarkers demonstrated in a mouse model of breast cancer

artículo científico publicado en 2007

Integration with the human genome of peptide sequences obtained by high-throughput mass spectrometry

artículo científico publicado en 2005

Investigation of neutral loss during collision-induced dissociation of peptide ions

artículo científico publicado en 2005

In Vivo Conformational Dynamics of Hsp90 and Its Interactors

scientific article published on June 2016

Large-Scale and Targeted Quantitative Cross-Linking MS Using Isotope-Labeled Protein Interaction Reporter (PIR) Cross-Linkers

artículo científico publicado en 2016

Lipid raft proteins and their identification in T lymphocytes.

artículo científico publicado en 2004

MRMer, an interactive open source and cross-platform system for data extraction and visualization of multiple reaction monitoring experiments

artículo científico publicado en 2008

MaRiMba: a software application for spectral library-based MRM transition list assembly

artículo científico publicado en 2009

Mango: A General Tool for Collision Induced Dissociation-Cleavable Cross-Linked Peptide Identification.

artículo científico publicado en 2018

Method To Compare Collision-Induced Dissociation Spectra of Peptides: Potential for Library Searching and Subtractive Analysis ⬇️

artículo científico publicado el 1 de septiembre de 1998

Microdialysis combined with proteomics for protein identification in breast tumor microenvironment in vivo

artículo científico publicado en 2010

Overview of the HUPO Plasma Proteome Project: Results from the pilot phase with 35 collaborating laboratories and multiple analytical groups, generating a core dataset of 3020 proteins and a publicly-available database

Overview of the HUPO Plasma Proteome Project: results from the pilot phase with 35 collaborating laboratories and multiple analytical groups, generating a core dataset of 3020 proteins and a publicly-available database

artículo científico publicado en 2005

PROTEOME-3D: an interactive bioinformatics tool for large-scale data exploration and knowledge discovery

artículo científico publicado en 2003

Pancreatic cancer proteome: the proteins that underlie invasion, metastasis, and immunologic escape

artículo científico publicado en 2005

Precursor charge state prediction for electron transfer dissociation tandem mass spectra

artículo científico publicado en 2010

Probing the protein interaction network of Pseudomonas aeruginosa cells by chemical cross-linking mass spectrometry

artículo científico publicado en 2015

Protein Identification by SEQUEST

article

Protein identification using TurboSEQUEST.

artículo científico publicado en 2005

Protein interactions, post-translational modifications and topologies in human cells

artículo científico publicado en 2013

Protein kinase PKN1 represses Wnt/β-catenin signaling in human melanoma cells

artículo científico publicado en 2013

Proteome analysis of low-abundance proteins using multidimensional chromatography and isotope-coded affinity tags

artículo científico publicado en 2002

Proteomic analyses using Grifola frondosa metalloendoprotease Lys-N.

artículo científico publicado en 2009

Proteomic analysis of synaptosomes using isotope-coded affinity tags and mass spectrometry

artículo científico publicado en 2005

Proteomic analysis of the intestinal epithelial cell response to enteropathogenic Escherichia coli

artículo científico publicado en 2004

Proteomics analysis of human coronary atherosclerotic plaque: a feasibility study of direct tissue proteomics by liquid chromatography and tandem mass spectrometry

artículo científico publicado en 2007

Proteomics data repositories

artículo científico publicado en 2009

Quality control metrics for LC-MS feature detection tools demonstrated on Saccharomyces cerevisiae proteomic profiles

artículo científico publicado en 2006

Quantification of the compositional information provided by immonium ions on a quadrupole-time-of-flight mass spectrometer

artículo científico publicado en 2008

Quantitative Proteomics Based on Optimized Data-Independent Acquisition in Plasma Analysis.

artículo científico publicado en 2016

Quantitative analysis of the secretome of TGF-beta signaling-deficient mammary fibroblasts

artículo científico publicado en 2010

Quantitative interactome analysis reveals a chemoresistant edgotype

artículo científico publicado en 2015

Quantitative phosphoproteome analysis using a dendrimer conjugation chemistry and tandem mass spectrometry

artículo científico publicado en 2005

Quantitative phosphoproteomic analysis of T cell receptor signaling reveals system-wide modulation of protein-protein interactions

artículo científico publicado en 2009

Quantitative proteomic analysis indicates increased synthesis of a quinolone by Pseudomonas aeruginosa isolates from cystic fibrosis airways

artículo científico publicado en 2003

Quantitative proteomic analysis of age-related changes in human cerebrospinal fluid

artículo científico publicado en 2005

Quantitative proteomics of cerebrospinal fluid from patients with Alzheimer disease

artículo científico publicado en 2005

Research Resource: Androgen Receptor Activity Is Regulated Through the Mobilization of Cell Surface Receptor Networks

artículo científico publicado en 2015

Search of sequence databases with uninterpreted high-energy collision-induced dissociation spectra of peptides

artículo científico publicado en 1996

Sipros Ensemble Improves Database Searching and Filtering for Complex Metaproteomics

artículo científico publicado en 2017

Sites of ubiquitin attachment in Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2011

Spectral Library Searching To Identify Cross-Linked Peptides

artículo científico publicado en 2016

System-based proteomic analysis of the interferon response in human liver cells

artículo científico publicado en 2004

Systematic characterization of nuclear proteome during apoptosis: a quantitative proteomic study by differential extraction and stable isotope labeling

artículo científico publicado en 2006

Systematic measurement of transcription factor-DNA interactions by targeted mass spectrometry identifies candidate gene regulatory proteins

artículo científico publicado en 2013

Systemic Proteome Alterations Linked to Early Stage Pancreatic Cancer in Diabetic Patients

artículo científico publicado en 2020

The PeptideAtlas project

artículo científico publicado en 2006

The Pseudomonas aeruginosa proteome during anaerobic growth

artículo científico publicado en 2005

The application of new software tools to quantitative protein profiling via isotope-coded affinity tag (ICAT) and tandem mass spectrometry: I. Statistically annotated datasets for peptide sequences and proteins identified via the application of ICAT

artículo científico publicado en 2003

The application of new software tools to quantitative protein profiling via isotope-coded affinity tag (ICAT) and tandem mass spectrometry: II. Evaluation of tandem mass spectrometry methodologies for large-scale protein analysis, and the applicatio

artículo científico publicado en 2003

The fasted/fed mouse metabolic acetylome: N6-acetylation differences suggest acetylation coordinates organ-specific fuel switching

artículo científico publicado en 2011

The standard protein mix database: a diverse data set to assist in the production of improved Peptide and protein identification software tools

artículo científico publicado en 2007

Trans-Proteomic Pipeline supports and improves analysis of electron transfer dissociation data sets

artículo científico publicado en 2010

UniPep--a database for human N-linked glycosites: a resource for biomarker discovery

artículo científico publicado en 2006

Visualization of Host-Polerovirus Interaction Topologies Using Protein Interaction Reporter Technology

artículo científico publicado en 2015

XLink-DB: database and software tools for storing and visualizing protein interaction topology data

artículo científico publicado en 2013

XLinkDB 2.0: integrated, large-scale structural analysis of protein crosslinking data

artículo científico publicado en 2016

iProphet: multi-level integrative analysis of shotgun proteomic data improves peptide and protein identification rates and error estimates

artículo científico publicado en 2011

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