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Lista de obras de Karissa Sanbonmatsu

3S: shotgun secondary structure determination of long non-coding RNAs.

artículo científico publicado en 2013

9.5 Dynamics of Very Large Systems: The Ribosome

article

A G-Rich Motif in the lncRNA Braveheart Interacts with a Zinc-Finger Transcription Factor to Specify the Cardiovascular Lineage.

artículo científico publicado en 2016

A distance detemination for the supernova remnant G27.4+0.0 and its central X-ray source

artículo científico publicado en 1992

A fast dynamic mode of the EF-G-bound ribosome.

artículo científico publicado en 2009

A magnesium-induced triplex pre-organizes the SAM-II riboswitch.

artículo científico publicado en 2017

A new view of protein synthesis: mapping the free energy landscape of the ribosome using single-molecule FRET.

artículo científico publicado en 2008

Accommodation of aminoacyl-tRNA into the ribosome involves reversible excursions along multiple pathways

artículo científico publicado en 2010

Alignment/misalignment hypothesis for tRNA selection by the ribosome

artículo científico publicado en 2006

All-atom homology model of the Escherichia coli 30S ribosomal subunit.

artículo científico publicado en 2002

Alpha-helical stabilization by side chain shielding of backbone hydrogen bonds

artículo científico publicado en 2002

An all-atom structure-based potential for proteins: bridging minimal models with all-atom empirical forcefields

artículo científico publicado en 2009

Atomic model of the Thermus thermophilus 70S ribosome developed in silico

artículo científico publicado en 2004

Biomolecular dynamics: order-disorder transitions and energy landscapes

artículo científico publicado en 2012

COOLAIR Antisense RNAs Form Evolutionarily Conserved Elaborate Secondary Structures.

artículo científico publicado en 2016

Computational studies of molecular machines: the ribosome ⬇️

artículo científico publicado el 13 de febrero de 2012

Connecting energy landscapes with experimental rates for aminoacyl-tRNA accommodation in the ribosome

artículo científico publicado en 2010

Connecting the kinetics and energy landscape of tRNA translocation on the ribosome

artículo científico publicado en 2013

Consensus among flexible fitting approaches improves the interpretation of cryo-EM data

artículo científico publicado en 2011

Cooperation between Magnesium and Metabolite Controls Collapse of the SAM-I Riboswitch

artículo científico publicado en 2017

Cryo-EM of ribosomal 80S complexes with termination factors reveals the translocated cricket paralysis virus IRES.

artículo científico publicado en 2015

Cryo-EM structure of the small subunit of the mammalian mitochondrial ribosome

artículo científico publicado en 2014

Cryo_fit: Democratization of flexible fitting for cryo-EM

scientific article published on 03 July 2019

Domain motions of Argonaute, the catalytic engine of RNA interference

artículo científico publicado en 2007

Dynamics of riboswitches: Molecular simulations.

artículo científico publicado en 2014

Elongation Factor Tu Switch I Element is a Gate for Aminoacyl-tRNA Selection

scientific article published on 13 February 2020

Elongation factor-Tu can repetitively engage aminoacyl-tRNA within the ribosome during the proofreading stage of tRNA selection

artículo científico publicado en 2020

Energy landscape of the ribosomal decoding center

artículo científico publicado en 2006

Excited states of ribosome translocation revealed through integrative molecular modeling ⬇️

artículo científico publicado el 11 de noviembre de 2011

Exploring the energy landscape of a beta hairpin in explicit solvent

artículo científico publicado en 2001

Flipping through the genetic code: new developments in discrimination between cognate and near-cognate tRNAs and the effect of antibiotics

artículo científico publicado en 2014

Free State Conformational Sampling of the SAM-I Riboswitch Aptamer Domain

artículo científico publicado en 2010

Functional Role of the Sarcin–Ricin Loop of the 23S rRNA in the Elongation Cycle of Protein Synthesis ⬇️

artículo científico publicado el 26 de marzo de 2012

Functional and Structural Analysis of a Highly-Expressed Yersinia pestis Small RNA following Infection of Cultured Macrophages

artículo científico publicado en 2016

Generalized Manning Condensation Model Captures the RNA Ion Atmosphere.

artículo científico publicado en 2015

Head swivel on the ribosome facilitates translocation by means of intra-subunit tRNA hybrid sites

artículo científico publicado en 2010

High performance computing in biology: multimillion atom simulations of nanoscale systems

artículo científico publicado en 2006

Identification and Characterization of a Class of MALAT1-like Genomic Loci

artículo científico publicado en 2017

Integrating molecular dynamics simulations with chemical probing experiments using SHAPE-FIT.

artículo científico publicado en 2015

Key intermolecular interactions in the E. coli 70S ribosome revealed by coarse-grained analysis

artículo científico publicado en 2011

Large-scale simulations of nucleoprotein complexes: ribosomes, nucleosomes, chromatin, chromosomes and CRISPR

artículo científico publicado en 2019

Magnesium Fluctuations Modulate RNA Dynamics in the SAM-I Riboswitch ⬇️

artículo científico publicado el 16 de julio de 2012

Magnesium controls aptamer-expression platform switching in the SAM-I riboswitch

Mesoscale Modeling Reveals Hierarchical Looping of Chromatin Fibers Near Gene Regulatory Elements.

artículo científico publicado en 2016

Modeling the NP-vRNA-Polymerase Complex in Atomic Detail

artículo científico publicado en 2021

Navigating the ribosome's metastable energy landscape

artículo científico publicado en 2009

Nonlocal helix formation is key to understanding S-adenosylmethionine-1 riboswitch function

artículo científico publicado en 2009

Peptide folding simulations ⬇️

artículo científico publicado el 1 de abril de 2003

Practical Considerations for Atomistic Structure Modeling with Cryo-EM Maps

scientific article published on 18 May 2020

Quantitative comparison between sub-millisecond time resolution single-molecule FRET measurements and 10-second molecular simulations of a biosensor protein

artículo científico publicado en 2020

Reduced model captures Mg(2+)-RNA interaction free energy of riboswitches

artículo científico publicado en 2014

Regulation of the Mammalian Elongation Cycle by Subunit Rolling: A Eukaryotic-Specific Ribosome Rearrangement

artículo científico publicado en 2014

Rise of the RNA machines: exploring the structure of long non-coding RNAs

artículo científico

SMOG@ctbp: simplified deployment of structure-based models in GROMACS

artículo científico publicado en 2010

Scaling molecular dynamics beyond 100,000 processor cores for large-scale biophysical simulations

scientific article published on 17 April 2019

Shear viscosity of strongly coupled Yukawa systems on finite length scales

artículo científico publicado en 2001

Simulating movement of tRNA into the ribosome during decoding

artículo científico publicado en 2005

Simulating movement of tRNA through the ribosome during hybrid-state formation

scientific article published on September 2013

Sizing up long non-coding RNAs: do lncRNAs have secondary and tertiary structure?

artículo científico publicado en 2012

Spontaneous formation of the unlocked state of the ribosome is a multistep process

artículo científico publicado en 2009

Stalking Structure in Plant Long Noncoding RNAs

artículo científico publicado en 2019

Stochastic gating and drug-ribosome interactions.

artículo científico publicado en 2008

Stringent Nucleotide Recognition by the Ribosome at the Middle Codon Position

artículo científico publicado en 2017

Structural architecture of the human long non-coding RNA, steroid receptor RNA activator ⬇️

artículo científico publicado el 22 de febrero de 2012

Structure of Met-enkephalin in explicit aqueous solution using replica exchange molecular dynamics

artículo científico publicado en 2002

Tackling structures of long noncoding RNAs

artículo científico publicado en 2013

Tertiary contacts control switching of the SAM-I riboswitch ⬇️

artículo científico publicado el 19 de noviembre de 2010

The expression platform and the aptamer: cooperativity between Mg2+ and ligand in the SAM-I riboswitch

artículo científico publicado en 2012

Tools for the Cryo-EM Gold Rush: Going from the cryo-EM map to the atomistic model

artículo científico publicado en 2017

Towards structural classification of long non-coding RNAs.

artículo científico publicado en 2015

Tracking fluctuation hotspots on the yeast ribosome through the elongation cycle

artículo científico publicado en 2017

Tunable Riboregulator Switches for Post-transcriptional Control of Gene Expression.

artículo científico publicado en 2015

Understanding discrimination by the ribosome: stability testing and groove measurement of codon-anticodon pairs

artículo científico publicado en 2003

Using Molecular Simulation to Model High-Resolution Cryo-EM Reconstructions

artículo científico publicado en 2015

Zinc-finger protein CNBP alters the 3-D structure of lncRNA Braveheart in solution

scientific article published on 09 January 2020

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