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Lista de obras de Ronald Swanstrom

A Direct Interaction with RNA Dramatically Enhances the Catalytic Activity of the HIV-1 Protease In Vitro

artículo científico publicado en 2015

A rev1-vpu polymorphism unique to HIV-1 subtype A and C strains impairs envelope glycoprotein expression from rev-vpu-env cassettes and reduces virion infectivity in pseudotyping assays

artículo científico publicado en 2009

A sensitive assay using a native protein substrate for screening HIV-1 maturation inhibitors targeting the protease cleavage site between the matrix and capsid

artículo científico publicado en 2013

A strongly transdominant mutation in the human immunodeficiency virus type 1 gag gene defines an Achilles heel in the virus life cycle

artículo científico publicado en 2009

A substantial transmission bottleneck among newly and recently HIV-1-infected injection drug users in St Petersburg, Russia

artículo científico publicado en 2010

Accuracy of the TRUGENE HIV-1 genotyping kit.

artículo científico publicado en 2003

Accurate sampling and deep sequencing of the HIV-1 protease gene using a Primer ID ⬇️

artículo científico publicado el 30 de noviembre de 2011

Affinofile Assay for Identifying Macrophage-Tropic HIV-1.

artículo científico publicado en 2014

Alphavirus replicon particles as candidate HIV vaccines

artículo científico publicado en 2002

Architecture and secondary structure of an entire HIV-1 RNA genome

artículo científico publicado en 2009

Bottlenecks in HIV-1 transmission: insights from the study of founder viruses

artículo científico publicado en 2015

CAPRISA 004 tenofovir microbicide trial: no impact of tenofovir gel on the HIV transmission bottleneck

artículo científico publicado en 2012

Central nervous system compartmentalization of HIV-1 subtype C variants early and late in infection in young children

artículo científico publicado en 2012

Characterization and selection of HIV-1 subtype C isolates for use in vaccine development

artículo científico publicado en 2003

Characterization of the Transmitted Virus in an Ongoing HIV-1 Epidemic Driven by Injecting Drug Use.

artículo científico publicado en 2018

Characterizing HIV-1 Splicing by Using Next-Generation Sequencing

artículo científico publicado en 2017

Clinical and immunological impact of HIV envelope V3 sequence variation after starting initial triple antiretroviral therapy

artículo científico publicado en 2004

Clonal sequences recovered from plasma from patients with residual HIV-1 viremia and on intensified antiretroviral therapy are identical to replicating viral RNAs recovered from circulating resting CD4+ T cells

artículo científico publicado en 2011

Comments from a former Journal of Virology editor

artículo científico publicado en 2009

Comparison of SIV and HIV-1 Genomic RNA Structures Reveals Impact of Sequence Evolution on Conserved and Non-Conserved Structural Motifs ⬇️

artículo científico publicado el 4 de abril de 2013

Comparison of viral Env proteins from acute and chronic infections with subtype C human immunodeficiency virus type 1 identifies differences in glycosylation and CCR5 utilization and suggests a new strategy for immunogen design

artículo científico publicado en 2013

Compartmentalization and clonal amplification of HIV-1 variants in the cerebrospinal fluid during primary infection

artículo científico publicado en 2009

Compartmentalization, Viral Evolution, and Viral Latency of HIV in the CNS.

artículo científico publicado en 2015

Compartmentalized human immunodeficiency virus type 1 originates from long-lived cells in some subjects with HIV-1-associated dementia

artículo científico publicado en 2009

Compartmentalized human immunodeficiency virus type 1 present in cerebrospinal fluid is produced by short-lived cells

artículo científico publicado en 2005

Compartmentalized replication of R5 T cell-tropic HIV-1 in the central nervous system early in the course of infection

artículo científico publicado en 2015

Compensatory Evolution in RNA Secondary Structures Increases Substitution Rate Variation among Sites

artículo científico publicado en 2008

Complete mutagenesis of the HIV-1 protease

artículo científico publicado en 1989

Context Surrounding Processing Sites Is Crucial in Determining Cleavage Rate of a Subset of Processing Sites in HIV-1 Gag and Gag-Pro-Pol Polyprotein Precursors by Viral Protease ⬇️

artículo científico publicado el 13 de febrero de 2012

Correction: Features of Recently Transmitted HIV-1 Clade C Viruses that Impact Antibody Recognition: Implications for Active and Passive Immunization

artículo científico publicado en 2017

Correlation between env V1/V2 region diversification and neutralizing antibodies during primary infection by simian immunodeficiency virus sm in rhesus macaques

artículo científico publicado en 2004

Covariation of amino acid positions in HIV-1 protease ⬇️

artículo científico publicado el 30 de septiembre de 2003

Cross-sectional characterization of HIV-1 env compartmentalization in cerebrospinal fluid over the full disease course

artículo científico publicado en 2009

Cross-sectional detection of acute HIV infection: timing of transmission, inflammation and antiretroviral therapy

artículo científico publicado en 2011

Current V3 genotyping algorithms are inadequate for predicting X4 co-receptor usage in clinical isolates

artículo científico publicado en 2007

Cytosine deamination and the precipitous decline of spontaneous mutation during Earth's history

artículo científico publicado en 2016

Deciphering human immunodeficiency virus type 1 transmission and early envelope diversification by single-genome amplification and sequencing

artículo científico publicado en 2008

Deep Sequencing of the HIV-1 env Gene Reveals Discrete X4 Lineages and Linkage Disequilibrium between X4 and R5 Viruses in the V1/V2 and V3 Variable Regions

artículo científico publicado en 2016

Development of a Novel Screening Strategy Designed to Discover a New Class of HIV Drugs

artículo científico publicado en 2013

Diversity and Tropism of HIV-1 Rebound Virus Populations in Plasma Level After Treatment Discontinuation

artículo científico publicado en 2016

Durability of response to treatment among antiretroviral-experienced subjects: 48-week results from AIDS Clinical Trials Group Protocol 359.

artículo científico publicado en 2002

Dynamics of simian immunodeficiency virus populations in blood and cerebrospinal fluid over the full course of infection

artículo científico publicado en 2007

Effect of a protease inhibitor-induced genetic bottleneck on human immunodeficiency virus type 1 env gene populations

artículo científico publicado en 2005

Evolution of human immunodeficiency virus type 1 protease genotypes and phenotypes in vivo under selective pressure of the protease inhibitor ritonavir

artículo científico publicado en 2005

Evolution of the HIV-1 env gene in the Rag2-/- gammaC-/- humanized mouse model

artículo científico publicado en 2009

Evolutionary pathways to NS5A inhibitor resistance in genotype 1 hepatitis C virus

artículo científico publicado en 2018

Evolving character of chronic central nervous system HIV infection

artículo científico publicado en 2014

Features of Recently Transmitted HIV-1 Clade C Viruses that Impact Antibody Recognition: Implications for Active and Passive Immunization

artículo científico publicado en 2016

Genetic characteristics of the V3 region associated with CXCR4 usage in HIV-1 subtype C isolates

artículo científico publicado en 2006

Genotypic susceptibility scores and HIV type 1 RNA responses in treatment-experienced subjects with HIV type 1 infection

artículo científico publicado en 2008

HIV Pathogenesis: Dynamics and Genetics of Viral Populations and Infected Cells ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2013

HIV reservoirs: what, where and how to target them

artículo científico publicado en 2015

HIV-1 Populations in Semen Arise through Multiple Mechanisms

artículo científico publicado en 2010

HIV-1 Protease Uses Bi-Specific S2/S2' Subsites to Optimize Cleavage of Two Classes of Target Sites

scientific article published on 07 November 2018

HIV-1 Replication in the Central Nervous System Occurs in Two Distinct Cell Types ⬇️

artículo científico publicado el 6 de octubre de 2011

HIV-1 pathogenesis: the virus ⬇️

artículo científico publicado el 1 de diciembre de 2012

HIV-1 replication capacity: Setting the pace of disease

artículo científico publicado en 2015

HIV-1 target cells in the CNS.

artículo científico publicado en 2014

HIV-1 transmission during early antiretroviral therapy: evaluation of two HIV-1 transmission events in the HPTN 052 prevention study

artículo científico publicado en 2013

HIV/AIDS. A fitness bottleneck in HIV-1 transmission

artículo científico publicado en 2014

Hepatitis C Virus (HCV) NS3 sequence diversity and antiviral resistance-associated variant frequency in HCV/HIV coinfection

artículo científico publicado en 2014

Highlights of the Global HIV-1 CSF Escape Consortium Meeting, 9 June 2016, Bethesda, MD, USA.

artículo científico publicado en 2016

Identification and recovery of minor HIV-1 variants using the heteroduplex tracking assay and biotinylated probes

artículo científico publicado en 2008

Impact of clade, geography, and age of the epidemic on HIV-1 neutralization by antibodies

artículo científico publicado en 2014

Improving Viral Protease Inhibitors to Counter Drug Resistance

artículo científico publicado en 2016

Increased human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) env compartmentalization in the presence of HIV-1-associated dementia

artículo científico publicado en 2005

Independent evolution of human immunodeficiency virus type 1 env V1/V2 and V4/V5 hypervariable regions during chronic infection

artículo científico publicado en 2007

Integrating the HIV-1 assembly/maturation pathway ⬇️

artículo científico publicado el 13 de mayo de 2013

Interplay between Single Resistance-Associated Mutations in the HIV-1 Protease and Viral Infectivity, Protease Activity, and Inhibitor Sensitivity ⬇️

artículo científico publicado el 14 de noviembre de 2011

Large scale screening of human sera for HCV RNA and GBV-C RNA.

artículo científico publicado en 2013

Limitations to contact tracing and phylogenetic analysis in establishing HIV type 1 transmission networks in Cuba

artículo científico publicado en 2007

Measuring allelic heterogeneity in Plasmodium falciparum by a heteroduplex tracking assay

artículo científico publicado en 2005

Multiple V1/V2 env variants are frequently present during primary infection with human immunodeficiency virus type 1

artículo científico publicado en 2004

Multivariable analysis to determine if HIV-1 Tat dicysteine motif is associated with neurodevelopmental delay in HIV-infected children in Malawi

artículo científico publicado en 2015

Nelfinavir-resistant, amprenavir-hypersusceptible strains of human immunodeficiency virus type 1 carrying an N88S mutation in protease have reduced infectivity, reduced replication capacity, and reduced fitness and process the Gag polyprotein precur

artículo científico publicado en 2002

Non-nucleoside phenotypic hypersusceptibility cut-point determination from ACTG 359.

artículo científico publicado en 2007

Ongoing HIV Transmission and the HIV Care Continuum in North Carolina

artículo científico publicado en 2015

Phenotypic Correlates of HIV-1 Macrophage Tropism

artículo científico publicado en 2015

Postnatally-transmitted HIV-1 Envelope variants have similar neutralization-sensitivity and function to that of nontransmitted breast milk variants

artículo científico publicado en 2013

Pre-clinical development of a recombinant, replication-competent adenovirus serotype 4 vector vaccine expressing HIV-1 envelope 1086 clade C.

artículo científico publicado en 2013

Prevalence of Drug-Resistant Minority Variants in Untreated HIV-1-Infected Individuals With and Those Without Transmitted Drug Resistance Detected by Sanger Sequencing

artículo científico publicado en 2017

Primer ID Informs Next-Generation Sequencing Platforms and Reveals Preexisting Drug Resistance Mutations in the HIV-1 Reverse Transcriptase Coding Domain

artículo científico publicado en 2015

Primer ID Validates Template Sampling Depth and Greatly Reduces the Error Rate of Next-Generation Sequencing of HIV-1 Genomic RNA Populations

artículo científico publicado en 2015

Processing sites in the human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) Gag-Pro-Pol precursor are cleaved by the viral protease at different rates

artículo científico publicado en 2005

Quantification of entry phenotypes of macrophage-tropic HIV-1 across a wide range of CD4 densities

artículo científico publicado en 2013

Quantification of the Latent HIV-1 Reservoir Using Ultra Deep Sequencing and Primer ID in a Viral Outgrowth Assay

artículo científico publicado en 2016

R5 Macrophage-Tropic HIV-1 in the Male Genital Tract

artículo científico publicado en 2015

Recurrent signature patterns in HIV-1 B clade envelope glycoproteins associated with either early or chronic infections

artículo científico publicado en 2011

Replacement of the P1 amino acid of human immunodeficiency virus type 1 Gag processing sites can inhibit or enhance the rate of cleavage by the viral protease

artículo científico publicado en 2002

Reply to Sheward et al.: Two sampling issues in using Primer IDs.

artículo científico publicado en 2012

Role of invariant Thr80 in human immunodeficiency virus type 1 protease structure, function, and viral infectivity

artículo científico publicado en 2006

Role of low CD4 levels in the influence of human immunodeficiency virus type 1 envelope V1 and V2 regions on entry and spread in macrophages

artículo científico publicado en 2005

Selection of high-level resistance to human immunodeficiency virus type 1 protease inhibitors

artículo científico publicado en 2003

Sequencing the Biology of Entry: The Retroviral env Gene

artículo científico publicado en 2017

Short communication: HIV type 1 subtype C variants transmitted through the bottleneck of breastfeeding are sensitive to new generation broadly neutralizing antibodies directed against quaternary and CD4-binding site epitopes

artículo científico publicado en 2013

Structure and immunogenicity of alternative forms of the simian immunodeficiency virus gag protein expressed using Venezuelan equine encephalitis virus replicon particles

artículo científico publicado en 2007

Subtype-specific conformational differences within the V3 region of subtype B and subtype C human immunodeficiency virus type 1 Env proteins

artículo científico publicado en 2007

Suppression of human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) viremia with reverse transcriptase and integrase inhibitors, CD4+ T-cell recovery, and viral rebound upon interruption of therapy in a new model for HIV treatment in the humanized Rag2-/-{ga

artículo científico publicado en 2009

Targeting chronic central nervous system HIV infection

artículo científico publicado en 2012

The HIV-1 env protein: a coat of many colors

artículo científico publicado en 2012

The Replication-Competent HIV-1 Latent Reservoir is Primarily Established Near the Time of Therapy Initiation: Supplemental Material for Abrahams et al

article

The evolution of HIV-1 entry phenotypes as a guide to changing target cells

artículo científico publicado en 2018

The genetic bottleneck in vertical transmission of subtype C HIV-1 is not driven by selection of especially neutralization-resistant virus from the maternal viral population

artículo científico publicado en 2011

The molecular epidemiology of HIV-1 envelope diversity during HIV-1 subtype C vertical transmission in Malawian mother-infant pairs

artículo científico publicado en 2008

The triple threat of HIV-1 protease inhibitors

artículo científico publicado en 2015

Treatment as Prevention: Characterization of Partner Infections in the HIV Prevention Trials Network 052 Trial

artículo científico publicado en 2016

Turnover of env variable region 1 and 2 genotypes in subjects with late-stage human immunodeficiency virus type 1 infection

artículo científico publicado en 2003

Using Primer-ID Deep Sequencing to Detect Recent Human Immunodeficiency Virus Type 1 Infection

scholarly article by Ann M Dennis et al published 20 October 2018 in Journal of Infectious Diseases

Vaccination of macaques with SIV immunogens delivered by Venezuelan equine encephalitis virus replicon particle vectors followed by a mucosal challenge with SIVsmE660.

artículo científico publicado en 2005

Variability in the human immunodeficiency virus type 1 gp120 Env protein linked to phenotype-associated changes in the V3 loop

artículo científico publicado en 2002

Vertical T cell immunodominance and epitope entropy determine HIV-1 escape

artículo científico publicado en 2012

Viral protease inhibitors

artículo científico publicado en 2009

Weighted phenotypic susceptibility scores are predictive of the HIV-1 RNA response in protease inhibitor-experienced HIV-1-infected subjects.

artículo científico publicado en 2004

[Application of SensiScript enzyme to a RT-PCR system for the obtention of RNA of HIV-1 starting serum samples stored at -20 degrees C during a decade].

artículo científico publicado en 2003

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