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Lista de obras de John A Stamatoyannopoulos

2p15-p16.1 microdeletions encompassing and proximal to BCL11A are associated with elevated HbF in addition to neurologic impairment

artículo científico publicado en 2015

52 Genetic Loci Influencing Myocardial Mass

artículo científico publicado en 2016

A European population in Minoan Bronze Age Crete

artículo científico publicado en 2013

A comparative encyclopedia of DNA elements in the mouse genome

artículo científico publicado en 2014

A genome-wide map of adeno-associated virus-mediated human gene targeting

artículo científico publicado en 2014

A single nucleotide polymorphism of cyclin-dependent kinase inhibitor 1B (p27(Kip1)) associated with human vein graft failure affects growth of human venous adventitial cells but not smooth muscle cells

artículo científico publicado en 2017

A temporal chromatin signature in human embryonic stem cells identifies regulators of cardiac development

artículo científico

A thermodynamic approach to PCR primer design

scientific article published on 15 June 2009

An encyclopedia of mouse DNA elements (Mouse ENCODE).

artículo científico publicado en 2012

Analysis of sequence conservation at nucleotide resolution

artículo científico publicado en 2007

Assaying the regulatory potential of mammalian conserved non-coding sequences in human cells

artículo científico publicado en 2008

Automated mapping of large-scale chromatin structure in ENCODE

artículo científico publicado en 2008

BEDOPS: high-performance genomic feature operations

artículo científico publicado en 2012

CCCTC-binding factor and the transcription factor T-bet orchestrate T helper 1 cell-specific structure and function at the interferon-gamma locus

artículo científico publicado en 2009

Cell-type-specific long-range looping interactions identify distant regulatory elements of the CFTR gene

artículo científico publicado en 2010

ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia

artículo científico publicado en 2012

Circuitry and dynamics of human transcription factor regulatory networks

artículo científico publicado en 2012

Collaborative regulation of development but independent control of metabolism by two epidermis-specific transcription factors in Caenorhabditis elegans

artículo científico

Combinatorial assembly of developmental stage-specific enhancers controls gene expression programs during human erythropoiesis

artículo científico publicado en 2012

Comprehensive analysis of the chromatin landscape in Drosophila melanogaster

artículo científico publicado en 2010

Comprehensive characterization of erythroid-specific enhancers in the genomic regions of human Krüppel-like factors

artículo científico publicado en 2013

Comprehensive epigenetic profiling identifies multiple distal regulatory elements directing transcription of the gene encoding interferon-gamma

artículo científico publicado en 2007

Comprehensive mapping of long-range interactions reveals folding principles of the human genome

artículo científico publicado en 2009

Conservation of trans-acting circuitry during mammalian regulatory evolution

artículo científico publicado en 2014

Contribution of inherited mutations in the BRCA2-interacting protein PALB2 to familial breast cancer

artículo científico publicado en 2011

Contribution of nucleosome binding preferences and co-occurring DNA sequences to transcription factor binding

artículo científico publicado en 2013

Corrigendum: Positively selected enhancer elements endow osteosarcoma cells with metastatic competence

artículo científico publicado en 2018

Coupling transcription factor occupancy to nucleosome architecture with DNase-FLASH.

artículo científico publicado en 2013

Cross-Platform DNA Encoding for Single-Cell Imaging of Gene Expression

artículo científico publicado en 2016

DNA regions bound at low occupancy by transcription factors do not drive patterned reporter gene expression in Drosophila

artículo científico publicado en 2012

DNase I hypersensitivity analysis of the mouse brain and retina identifies region-specific regulatory elements

artículo científico publicado en 2015

DNase I hypersensitivity mapping, genomic footprinting, and transcription factor networks in plants

article

DNase I-hypersensitive exons colocalize with promoters and distal regulatory elements

artículo científico publicado en 2013

De novo design of protein logic gates

scientific article published on 01 April 2020

Defining functional DNA elements in the human genome

artículo científico publicado en 2014

Developmental fate and cellular maturity encoded in human regulatory DNA landscapes

artículo científico

Discovery of functional noncoding elements by digital analysis of chromatin structure

artículo científico publicado en 2004

Discrete regulatory modules instruct hematopoietic lineage commitment and differentiation

artículo científico publicado en 2021

Diverse gene reprogramming events occur in the same spatial clusters of distal regulatory elements

artículo científico publicado en 2011

Domains of genome-wide gene expression dysregulation in Down's syndrome.

artículo científico publicado en 2014

Dynamic DNA methylation across diverse human cell lines and tissues

artículo científico publicado en 2013

Dynamic reprogramming of chromatin accessibility during Drosophila embryo development

artículo científico publicado en 2011

Dynamics of chromatin accessibility and long-range interactions in response to glucocorticoid pulsing

artículo científico publicado en 2015

Epigenetic modifications and chromosome conformations of the beta globin locus throughout development

artículo científico publicado en 2013

Epigenomics at the tipping point

Erratum: Corrigendum: Comprehensive epigenetic profiling identifies multiple distal regulatory elements directing transcription of the gene encoding interferon-γ

article

Erratum: Large-scale identification of sequence variants influencing human transcription factor occupancy in vivo

scholarly article published in Nature Genetics

Evidence for transcript networks composed of chimeric RNAs in human cells

artículo científico publicado en 2012

Exonic transcription factor binding directs codon choice and affects protein evolution

artículo científico publicado en 2013

Expanded encyclopaedias of DNA elements in the human and mouse genomes

artículo científico publicado en 2020

Foxp3 exploits a pre-existent enhancer landscape for regulatory T cell lineage specification

artículo científico publicado en 2012

Functionally and phenotypically distinct subpopulations of marrow stromal cells are fibroblast in origin and induce different fates in peripheral blood monocytes

artículo científico publicado en 2013

Gammaretroviral vector integration occurs overwhelmingly within and near DNase hypersensitive sites

artículo científico publicado en 2011

Genetic association of long-chain acyl-CoA synthetase 1 variants with fasting glucose, diabetes, and subclinical atherosclerosis

artículo científico publicado en 2015

Genetic origins of the Minoans and Mycenaeans

artículo científico

Genetics and Genomics of Longitudinal Lung Function Patterns in Individuals with Asthma

artículo científico publicado en 2016

Genome Sequencing of Autism-Affected Families Reveals Disruption of Putative Noncoding Regulatory DNA.

artículo científico publicado en 2015

Genome-scale mapping of DNase I hypersensitivity

artículo científico publicado en 2013

Genome-scale mapping of DNase I sensitivity in vivo using tiling DNA microarrays

artículo científico publicado en 2006

Genome-wide identification of DNaseI hypersensitive sites using active chromatin sequence libraries

artículo científico publicado en 2004

Genomic discovery of potent chromatin insulators for human gene therapy

artículo científico publicado en 2015

Genomic footprinting

artículo científico publicado en 2016

Global mapping of protein-DNA interactions in vivo by digital genomic footprinting

artículo científico publicado en 2009

Global reference mapping of human transcription factor footprints

artículo científico publicado en 2020

High-throughput localization of functional elements by quantitative chromatin profiling

artículo científico publicado en 2004

Human mutation rate associated with DNA replication timing

artículo científico publicado en 2009

Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project

artículo científico publicado en 2007

Identification of higher-order functional domains in the human ENCODE regions

artículo científico publicado en 2007

Index and biological spectrum of human DNase I hypersensitive sites

artículo científico publicado en 2020

Integrative meta-analysis of differential gene expression in acute myeloid leukemia

artículo científico publicado en 2010

Interaction of the glucocorticoid receptor with the chromatin landscape

artículo científico publicado en 2008

Large-scale identification of sequence variants influencing human transcription factor occupancy in vivo

artículo científico publicado en 2015

Local compartment changes and regulatory landscape alterations in histone H1-depleted cells

artículo científico publicado en 2015

Mapping and dynamics of regulatory DNA and transcription factor networks in A. thaliana

artículo científico publicado en 2014

Mapping and sequencing of structural variation from eight human genomes

artículo científico publicado en 2008

Maritime route of colonization of Europe

artículo científico publicado en 2014

Methylated Cytosines Mutate to Transcription Factor Binding Sites that Drive Tetrapod Evolution

artículo científico publicado en 2015

Mouse regulatory DNA landscapes reveal global principles of cis-regulatory evolution

artículo científico publicado en 2014

Nucleosome positioning signals in genomic DNA

artículo científico publicado en 2007

Oct4 dependence of chromatin structure within the extended Nanog locus in ES cells

artículo científico publicado en 2008

Operating on Genomic Ranges Using BEDOPS.

artículo científico publicado en 2016

Parent-of-Origin Effects of the APOB Gene on Adiposity in Young Adults

artículo científico publicado en 2015

Patterns of regulatory activity across diverse human cell types predict tissue identity, transcription factor binding, and long-range interactions

artículo científico publicado en 2013

Personal and population genomics of human regulatory variation

artículo científico publicado en 2012

Positively selected enhancer elements endow osteosarcoma cells with metastatic competence.

artículo científico publicado en 2018

Power of deep, all-exon resequencing for discovery of human trait genes

scholarly article

Predicting human nucleosome occupancy from primary sequence

artículo científico publicado en 2008

Predicting the in vivo signature of human gene regulatory sequences

artículo científico publicado en 2005

Probing DNA shape and methylation state on a genomic scale with DNase I.

artículo científico publicado en 2013

Quantifying similarity between motifs

artículo científico publicado en 2007

Quantitative models of the mechanisms that control genome-wide patterns of transcription factor binding during early Drosophila development

artículo científico publicado en 2011

RFECS: a random-forest based algorithm for enhancer identification from chromatin state

artículo científico publicado en 2013

Rapid empirical discovery of optimal peptides for targeted proteomics

artículo científico publicado en 2011

Reduced local mutation density in regulatory DNA of cancer genomes is linked to DNA repair

artículo científico publicado en 2013

Reply to Brunet and Doolittle: Both selected effect and causal role elements can influence human biology and disease

artículo científico publicado en 2014

Resolving the complexity of the human genome using single-molecule sequencing

artículo científico publicado en 2015

Role of DNA Methylation in Modulating Transcription Factor Occupancy

artículo científico publicado en 2015

Sequencing newly replicated DNA reveals widespread plasticity in human replication timing

artículo científico publicado en 2009

Single-molecule regulatory architectures captured by chromatin fiber sequencing

artículo científico publicado en 2020

Taking Stock of Regulatory Variation.

artículo científico publicado en 2015

The accessible chromatin landscape of the human genome

artículo científico publicado en 2012

The diverse genetic origins of a Classical period Greek army

artículo científico publicado en 2022

The genomics of gene expression

artículo científico publicado en 2004

The human mitochondrial transcriptome

artículo científico publicado en 2011

The role of chromatin accessibility in directing the widespread, overlapping patterns of Drosophila transcription factor binding

artículo científico publicado en 2011

Topologically associating domains are stable units of replication-timing regulation

artículo científico publicado en 2014

Transcription factor AP1 potentiates chromatin accessibility and glucocorticoid receptor binding

artículo científico publicado en 2011

Transcriptional environment and chromatin architecture interplay dictates globin expression patterns of heterospecific hybrids derived from undifferentiated human embryonic stem cells or from their erythroid progeny

artículo científico publicado en 2013

Unsupervised segmentation of continuous genomic data

artículo científico publicado en 2007

What does our genome encode?

artículo científico publicado en 2012

Widely distributed noncoding purifying selection in the human genome

artículo científico publicado en 2007

Widespread site-dependent buffering of human regulatory polymorphism

artículo científico publicado en 2012

Zebrafish globin switching occurs in two developmental stages and is controlled by the LCR.

artículo científico publicado en 2012

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