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Lista de obras de John Quackenbush

A Gene Map of the Human Genome

artículo científico publicado en 1996

A concise guide to cDNA microarray analysis

artículo científico publicado en 2000

A cricket Gene Index: a genomic resource for studying neurobiology, speciation, and molecular evolution

artículo científico publicado en 2007

A function for cyclin D1 in DNA repair uncovered by protein interactome analyses in human cancers

artículo científico publicado en 2011

A genome-wide aberrant RNA splicing in patients with acute myeloid leukemia identifies novel potential disease markers and therapeutic targets

artículo científico publicado en 2013

A guide to microarray experiments-an open letter to the scientific journals

scientific article published in The Lancet

A microRNA activity map of human mesenchymal tumors: connections to oncogenic pathways; an integrative transcriptomic study

artículo científico publicado en 2012

A network model for angiogenesis in ovarian cancer

artículo científico publicado en 2015

A network-based approach to eQTL interpretation and SNP functional characterization

A nucleotide substitution in the promoter of human angiotensinogen is associated with essential hypertension and affects basal transcription in vitro

artículo científico publicado en 1997

A robust method for the amplification of RNA in the sense orientation

artículo científico publicado en 2005

A simple spreadsheet-based, MIAME-supportive format for microarray data: MAGE-TAB

artículo científico publicado en 2006

A three-gene model to robustly identify breast cancer molecular subtypes

artículo científico publicado en 2012

A tiered hidden Markov model characterizes multi-scale chromatin states

artículo científico publicado en 2013

Abstract 4922:KRASandBRAFmutations influence correlation structure of locus-specific CpG island methylation and CIMP in colorectal cancer

Accelerating genomic data publishing and sharing

artículo científico publicado en 2013

An STS content map of human chromosome 11: localization of 910 YAC clones and 109 islands

artículo científico publicado en 1995

An STS-based radiation hybrid map of the human genome

artículo científico publicado en 1997

An imprinted non-coding genomic cluster at 14q32 defines clinically relevant molecular subtypes in osteosarcoma across multiple independent datasets

artículo científico publicado en 2017

An improved empirical bayes approach to estimating differential gene expression in microarray time-course data: BETR (Bayesian Estimation of Temporal Regulation).

artículo científico publicado en 2009

An online notebook resource for reproducible inference, analysis and publication of gene regulatory networks

artículo científico publicado en 2022

An open letter on microarray data from the MGED Society

artículo científico publicado en 2004

An optimized predictive strategy for interactome mapping

artículo científico publicado en 2008

An optimized protocol for analysis of EST sequences

artículo científico publicado en 2000

Analysis of Array Data and Clinical Validation of Array-Based Assays

Analysis of bovine mammary gland EST and functional annotation of the Bos taurus gene index

artículo científico publicado en 2002

Analysis of the mouse transcriptome based on functional annotation of 60,770 full-length cDNAs

artículo científico publicado en 2002

Analyzing networks of phenotypes in complex diseases: methodology and applications in COPD

artículo científico publicado en 2014

Anchoring of rice BAC clones to the rice genetic map in silico

artículo científico publicado en 2000

Angiogenic mRNA and microRNA gene expression signature predicts a novel subtype of serous ovarian cancer

artículo científico publicado en 2012

Artificial intelligence in radiology

artículo científico publicado en 2018

Assessing unmodified 70-mer oligonucleotide probe performance on glass-slide microarrays

artículo científico publicado en 2003

Assessment of microRNA differential expression and detection in multiplexed small RNA sequencing data

artículo científico publicado en 2014

Assessment of pharmacogenomic agreement

artículo científico publicado en 2016

AvGI, an index of genes transcribed in the salivary glands of the ixodid tick Amblyomma variegatum

artículo científico publicado en 2002

BRCA1 and RNAi factors promote repair mediated by small RNAs and PALB2-RAD52

artículo científico publicado en 2021

BatchQC: interactive software for evaluating sample and batch effects in genomic data

artículo científico publicado en 2016

Bioinformatics for next generation sequencing.

artículo científico publicado en 2009

Biomarker correlation network in colorectal carcinoma by tumor anatomic location

artículo científico publicado en 2017

Bipartite Community Structure of eQTLs ⬇️

artículo científico publicado en 2016

BmiGI: a database of cDNAs expressed in Boophilus microplus, the tropical/southern cattle tick

artículo científico publicado en 2005

CGHAnalyzer: a stand-alone software package for cancer genome analysis using array-based DNA copy number data

artículo científico publicado en 2005

COLD-PCR enrichment of rare cancer mutations prior to targeted amplicon resequencing

artículo científico publicado en 2011

CRX is a diagnostic marker of retinal and pineal lineage tumors

artículo científico publicado en 2009

CXCR4 pathway associated with family history of melanoma

artículo científico publicado en 2013

Cancer Informatics: New Tools for a Data-Driven Age in Cancer Research

artículo científico publicado en 2017

Cancer subtype identification using somatic mutation data

Cancer subtype identification using somatic mutation data.

artículo científico publicado en 2018

Canonical NF-kappaB activation is essential for Epstein-Barr virus latent membrane protein 1 TES2/CTAR2 gene regulation

artículo científico publicado en 2011

Cardiac transcriptional response to acute and chronic angiotensin II treatments

artículo científico

Career Issues

scientific article published in Science

Challenges and emerging directions in single-cell analysis

artículo científico publicado en 2017

Characterization and clinical evaluation of CD10+ stroma cells in the breast cancer microenvironment

artículo científico publicado en 2012

Characterization of a Vibrio vulnificus LysR homologue, HupR, which regulates expression of the haem uptake outer membrane protein, HupA.

artículo científico publicado en 2001

Characterizing The Lung Disease Transcriptome With Next Generation Rna-Sequencing

Characterizing The Small RNA Transcriptome Associated With COPD And ILD Using Next Generation Sequencing

scholarly article published May 2012

Characterizing the small RNA transcriptome associated with COPD and ILD using next-generation sequencing

scholarly article by Joshua D Campbell et al published October 2012 in BMC Proceedings

Chiral anomalies in two-dimensional quantum field theory

scientific article published on 01 November 1989

Comparative analyses of potato expressed sequence tag libraries

artículo científico publicado en 2003

Comparative gene expression analysis in mouse models for multiple sclerosis, Alzheimer's disease and stroke for identifying commonly regulated and disease-specific gene changes

artículo científico publicado en 2010

Comparative genome-wide transcriptional analysis of human left and right internal mammary arteries

artículo científico publicado en 2014

Comparison and validation of genomic predictors for anticancer drug sensitivity

artículo científico publicado en 2013

Comprehensive Genomic Profiling Of The Lung Transcriptome In Emphysema And IPF Using RNA-Seq

scholarly article published May 2012

Comprehensive biostatistical analysis of CpG island methylator phenotype in colorectal cancer using a large population-based sample

artículo científico publicado en 2008

Comprehensive genomic profiling of the lung transcriptome in emphysema and idiopathic pulmonary fibrosis using RNA-Seq

artículo científico publicado en 2012

Computational analysis of microarray data

artículo científico publicado en 2001

Computational approaches to analysis of DNA microarray data.

artículo científico publicado en 2006

Confounding effects in "A six-gene signature predicting breast cancer lung metastasis".

artículo científico publicado en 2009

Connectivity of variants in eQTL networks dictates reproducibility and functionality

Continued discovery of transcriptional units expressed in cells of the mouse mononuclear phagocyte lineage

artículo científico publicado en 2003

Corrigendum: Decoding tumour phenotype by noninvasive imaging using a quantitative radiomics approach

artículo científico publicado en 2014

Cross-referencing eukaryotic genomes: TIGR Orthologous Gene Alignments (TOGA)

artículo científico publicado en 2002

DNA methylation profiling in human lung tissue identifies genes associated with COPD.

artículo científico publicado en 2016

Data Analysis Strategies in Medical Imaging

scholarly article by Chintan Parmar et al published 1 August 2018 in Clinical Cancer Research

Data reporting standards: making the things we use better

artículo científico publicado en 2009

Data standards for 'omic' science

artículo científico publicado en 2004

Data standards for Omics data: the basis of data sharing and reuse

artículo científico publicado en 2011

Data standards: a call to action

artículo científico publicado en 2006

Data-driven normalization strategies for high-throughput quantitative RT-PCR.

artículo científico publicado en 2009

Decoding tumour phenotype by noninvasive imaging using a quantitative radiomics approach

artículo científico publicado en 2014

Decomposition of gene expression state space trajectories

artículo científico publicado en 2009

Defining an informativeness metric for clustering gene expression data ⬇️

artículo científico publicado el 16 de febrero de 2011

Detecting phenotype-driven transitions in regulatory network structure.

artículo científico publicado en 2018

Development and evaluation of an automated annotation pipeline and cDNA annotation system

artículo científico publicado en 2003

Development of the Minimum Information Specification for In Situ Hybridization and Immunohistochemistry Experiments (MISFISHIE).

artículo científico publicado en 2006

Diet-induced weight loss leads to a switch in gene regulatory network control in the rectal mucosa

artículo científico publicado en 2016

Differential connectivity of gene regulatory networks distinguishes corticosteroid response in asthma

artículo científico

Differentiating progressive from nonprogressive T1 bladder cancer by gene expression profiling: applying RNA-sequencing analysis on archived specimens

artículo científico publicado en 2013

Discrimination of non-protein-coding transcripts from protein-coding mRNA.

artículo científico publicado en 2006

E(mu)-TCL1 mice represent a model for immunotherapeutic reversal of chronic lymphocytic leukemia-induced T-cell dysfunction

scholarly article

Effects of Ischemia on Gene Expression

article

Elevated expression of protein biosynthesis genes in liver and muscle of hibernating black bears (Ursus americanus).

artículo científico publicado en 2009

Enhancing reproducibility in cancer drug screening: how do we move forward?

artículo científico publicado en 2014

Enrichment of gene-coding sequences in maize by genome filtration

artículo científico publicado en 2003

Ensemble genomic analysis in human lung tissue identifies novel genes for chronic obstructive pulmonary disease

artículo científico publicado en 2018

Epigenetic remodeling regulates transcriptional changes between ovarian cancer and benign precursors

artículo científico publicado en 2016

Epithelial progeny of estrogen-exposed breast progenitor cells display a cancer-like methylome

artículo científico publicado en 2008

Epstein-Barr virus exploits intrinsic B-lymphocyte transcription programs to achieve immortal cell growth

artículo científico publicado en 2011

Epstein-Barr virus nuclear antigen 3C regulated genes in lymphoblastoid cell lines

artículo científico publicado en 2010

Epstein-Barr virus nuclear antigen leader protein localizes to promoters and enhancers with cell transcription factors and EBNA2.

scientific article published on 28 October 2013

Erratum: The complete genome sequence of the gastric pathogen Helicobacter pylori

artículo científico publicado en 1997

Erratum: The complete genome sequence of the hyperthermophilic, sulphate-reducing archaeon Archaeoglobus fulgidus

scientific article published in Nature

Estimating Gene Regulatory Networks with pandaR.

artículo científico publicado en 2017

Estimating Sample-Specific Regulatory Networks

article

Estimating drivers of cell state transitions using gene regulatory network models

artículo científico publicado en 2017

Exome sequencing-based copy-number variation and loss of heterozygosity detection: ExomeCNV

artículo científico publicado en 2011

Exploratory Study to Identify Radiomics Classifiers for Lung Cancer Histology

artículo científico publicado en 2016

Exploring regulation in tissues with eQTL networks

artículo científico publicado en 2017

Exploring the transcriptome of the malaria sporozoite stage

artículo científico publicado en 2001

Expression Quantitative Trait loci (QTL) in tumor adjacent normal breast tissue and breast tumor tissue

artículo científico publicado en 2017

Expression profiling of archival tumors for long-term health studies

artículo científico publicado en 2012

Extracting biology from high-dimensional biological data

artículo científico publicado en 2007

Extracting meaning from functional genomics experiments

artículo científico publicado en 2005

From 'omes to biology.

artículo científico publicado en 2006

Functional annotation of a full-length mouse cDNA collection

artículo científico publicado en 2001

Functional classification analysis of somatically mutated genes in human breast and colorectal cancers

artículo científico publicado en 2008

Functional interactors of three genome-wide association study genes are differentially expressed in severe chronic obstructive pulmonary disease lung tissue

scientific article published on 13 March 2017

GCOD - GeneChip Oncology Database

artículo científico publicado en 2011

GRAND: a database of gene regulatory network models across human conditions

scientific article published on 08 September 2021

Gender-Specific Molecular and Clinical Features Underlie Malignant Pleural Mesothelioma

artículo científico publicado en 2016

Gene Regulatory Network Analysis Identifies Sex-Linked Differences in Colon Cancer Drug Metabolism

article

Gene discovery in Plasmodium vivax through sequencing of ESTs from mixed blood stages

artículo científico publicado en 2005

Gene expression analyses of Arabidopsis chromosome 2 using a genomic DNA amplicon microarray

artículo científico publicado en 2003

Gene expression analysis uncovers novel hedgehog interacting protein (HHIP) effects in human bronchial epithelial cells

artículo científico publicado en 2013

Gene expression profiling of lymphoblastoid cell lines from monozygotic twins discordant in severity of autism reveals differential regulation of neurologically relevant genes

artículo científico publicado en 2006

Gene expression signature of normal cell-of-origin predicts ovarian tumor outcomes

artículo científico publicado en 2013

Gene expression variability as a unifying element of the pluripotency network

artículo científico publicado en 2014

Gene index analysis of the human genome estimates approximately 120,000 genes.

artículo científico publicado en 2000

Gene-environment interactions reveal a homeostatic role for cholesterol metabolism during dietary folate perturbation in mice

artículo científico publicado en 2008

GeneSigDB--a curated database of gene expression signatures

artículo científico publicado en 2009

GeneSigDB: a manually curated database and resource for analysis of gene expression signatures

artículo científico publicado en 2011

Genes transcribed in the salivary glands of female Rhipicephalus appendiculatus ticks infected with Theileria parva

artículo científico publicado en 2004

Genesis: cluster analysis of microarray data

artículo científico publicado en 2002

Genetic basis of murine antibacterial defense to streptococcal lung infection

article

Genetic control of gene expression at novel and established chronic obstructive pulmonary disease loci

artículo científico publicado en 2014

Genetic regulation of endotoxin-induced airway disease

artículo científico publicado en 2004

Genome sequence and comparative analysis of the model rodent malaria parasite Plasmodium yoelii yoelii

artículo científico publicado en 2002

Genome-wide siRNA screen for mediators of NF-κB activation

artículo científico publicado en 2012

Genomic sequence of a Lyme disease spirochaete, Borrelia burgdorferi

artículo científico

Genomics and proteomics of lung disease: conference summary

artículo científico publicado en 2007

Genomics of Theileria Parva

Genomics. Microarrays--guilt by association

artículo científico publicado en 2003

Global transcription profiling reveals comprehensive insights into hypoxic response in Arabidopsis

artículo científico

Grape-seed derived procyanidins interfere with adipogenesis of 3T3-L1 cells at the onset of differentiation

artículo científico publicado en 2005

HPV16 E7 oncogene expression in normal human epithelial cells causes molecular changes indicative of an epithelial to mesenchymal transition

artículo científico publicado en 2009

Haploinsufficiency of Hedgehog interacting protein causes increased emphysema induced by cigarette smoke through network rewiring

artículo científico publicado en 2015

High-Throughput Sequencing in Respiratory, Critical Care, and Sleep Medicine Research. An Official American Thoracic Society Workshop Report

artículo científico publicado en 2019

Histone deacetylase 6-mediated selective autophagy regulates COPD-associated cilia dysfunction

artículo científico publicado en 2013

Histopathological Image QTL Discovery of Immune Infiltration Variants

Histopathological image QTL discovery of immune infiltration variants

Human Lung DNA Methylation Quantitative Trait Loci Colocalize with COPD Genome-wide Association Loci

artículo científico publicado en 2018

Identification Of Lung Disease-Associated Novel Transcripts And Alternative Splicing By RNA-Sequencing

Identification of Src transformation fingerprint in human colon cancer

artículo científico publicado en 2002

Identification of conserved gene expression features between murine mammary carcinoma models and human breast tumors

artículo científico publicado en 2007

Identification of novel kinase targets for the treatment of estrogen receptor-negative breast cancer

scientific article published on 06 October 2009

Identification of tumor markers in models of human colorectal cancer using a 19,200-element complementary DNA microarray

artículo científico publicado en 2001

Identifying Novel Transcripts And Alternative Splicing Associated With The ILD And COPD Lung Transcriptome Using MRNA-Seq

scholarly article published May 2011

Inconsistency in large pharmacogenomic studies

artículo científico publicado en 2013

Independence and reproducibility across microarray platforms

artículo científico publicado en 2005

Inference and validation of predictive gene networks from biomedical literature and gene expression data

artículo científico publicado en 2014

Inferring steady state single-cell gene expression distributions from analysis of mesoscopic samples

artículo científico publicado en 2006

Integrated analysis of multiple microarray datasets identifies a reproducible survival predictor in ovarian cancer

artículo científico publicado en 2011

Integrating computationally assembled mouse transcript sequences with the Mouse Genome Informatics (MGI) database

artículo científico publicado en 2003

Integrating transcriptional and protein interaction networks to prioritize condition-specific master regulators

artículo científico publicado en 2015

Integrative and comparative genomics analysis of early hepatocellular carcinoma differentiated from liver regeneration in young and old

artículo científico publicado en 2010

Integrative annotation of 21,037 human genes validated by full-length cDNA clones

artículo científico publicado en 2004

Interpreting cancer genomes using systematic host network perturbations by tumour virus proteins

scientific journal article

It is time to end the patenting of software

artículo científico publicado en 2006

John Quackenbush talks about the clinical promise of genetic microarrays. Interviewed by Brian Vastag

artículo científico publicado en 2003

Large-scale screening of yeast artificial chromosome libraries using PCR

artículo científico publicado en 1994

Learning to share

artículo científico publicado en 2014

Left ventricular global transcriptional profiling in human end-stage dilated cardiomyopathy

artículo científico publicado en 2009

Marked genomic differences characterize primary and secondary glioblastoma subtypes and identify two distinct molecular and clinical secondary glioblastoma entities.

artículo científico publicado en 2006

MeSHer: identifying biological concepts in microarray assays based on PubMed references and MeSH terms.

artículo científico publicado en 2005

Merkel Cell Polyomavirus Small T Antigen Promotes Pro-Glycolytic Metabolic Perturbations Required for Transformation

artículo científico publicado en 2016

MicroRNA paraffin-based studies in osteosarcoma reveal reproducible independent prognostic profiles at 14q32.

artículo científico publicado en 2013

MicroRNA-mRNA networks define translatable molecular outcome phenotypes in osteosarcoma

artículo científico publicado en 2020

Microarray analysis and tumor classification

artículo científico publicado en 2006

Microarray analysis of the in vivo effects of hypophysectomy and growth hormone treatment on gene expression in the rat.

artículo científico publicado en 2001

Microarray blob-defect removal improves array analysis

artículo científico publicado en 2007

Microarray data normalization and transformation

artículo científico publicado en 2002

Minimum information about a microarray experiment (MIAME)-toward standards for microarray data

artículo científico publicado en 2001

Minimum information specification for in situ hybridization and immunohistochemistry experiments (MISFISHIE)

artículo científico publicado en 2008

Mitochondrial iron chelation ameliorates cigarette smoke-induced bronchitis and emphysema in mice

artículo científico publicado en 2016

Molecular networks in Network Medicine: Development and applications

scientific article published on 19 April 2020

Molecular processes during fat cell development revealed by gene expression profiling and functional annotation

artículo científico publicado en 2005

Molecular staging for survival prediction of colorectal cancer patients

artículo científico publicado en 2005

Monitoring of representational difference analysis subtraction procedures by global microarrays.

artículo científico publicado en 2002

Moving beyond gene expression: identification of lung-disease-associated novel transcripts and alternative splicing by RNA sequencing.

artículo científico publicado en 2012

Multi-platform, multi-site, microarray-based human tumor classification

artículo científico publicado en 2004

Multiple-input multiple-output causal strategies for gene selection

artículo científico publicado en 2011

Multiple-laboratory comparison of microarray platforms

article

Multistrain genetic comparisons reveal CCR5 as a receptor involved in airway hyperresponsiveness

artículo científico publicado en 2006

Multisystem Analysis of Mycobacterium tuberculosis Reveals Kinase-Dependent Remodeling of the Pathogen-Environment Interface.

artículo científico publicado en 2018

Murine macrophage transcriptional responses to Bacillus anthracis infection and intoxication

artículo científico publicado en 2005

Mutational analysis clopidogrel resistance and platelet function in patients scheduled for coronary artery bypass grafting

artículo científico publicado en 2013

NOTCH2 and FLT3 gene mis-splicings are common events in patients with acute myeloid leukemia (AML): new potential targets in AML

artículo científico publicado en 2014

Nac1 Coordinates a Sub-network of Pluripotency Factors to Regulate Embryonic Stem Cell Differentiation

artículo científico publicado en 2016

Next-generation sequencing and microarray-based interrogation of microRNAs from formalin-fixed, paraffin-embedded tissue: preliminary assessment of cross-platform concordance

artículo científico publicado en 2013

Nongenic cancer-risk SNPs affect oncogenes, tumor suppressor genes, and immune function

article

Nongenic cancer-risk SNPs affect oncogenes, tumour-suppressor genes, and immune function

scientific article published on 06 December 2019

Novel application of structural equation modeling to correlation structure analysis of CpG island methylation in colorectal cancer

artículo científico publicado en 2010

Open source software for the analysis of microarray data.

artículo científico publicado en 2003

Open-source software accelerates bioinformatics

artículo científico publicado en 2003

Optimized growth conditions for direct amplification of cDNA clone inserts from culture

article

Orthologous gene-expression profiling in multi-species models: search for candidate genes

artículo científico publicado en 2004

Osteopontin identified as colon cancer tumor progression marker

artículo científico publicado en 2003

Osteopontin identified as lead marker of colon cancer progression, using pooled sample expression profiling

artículo científico publicado en 2002

Ovarian reserve status in young women is associated with altered gene expression in membrana granulosa cells

artículo científico publicado en 2012

PAX8 and lineage dependence in high grade serous ovarian cancer

scholarly article by Kevin M. Elias et al published December 2015 in Gynecologic Oncology

POPcorn: An Online Resource Providing Access to Distributed and Diverse Maize Project Data

artículo científico publicado en 2011

Paenibacillus infection with frequent viral coinfection contributes to postinfectious hydrocephalus in Ugandan infants

scientific article published on 01 September 2020

Passing messages between biological networks to refine predicted interactions

artículo científico publicado en 2013

Perspective: Learning to share

artículo científico publicado en 2014

Physical mapping of complex genomes by sampled sequencing: a theoretical analysis.

artículo científico publicado en 1995

Physiogenomic resources for rat models of heart, lung and blood disorders

artículo científico publicado en 2006

Plant database resources at The Institute for Genomic Research

artículo científico publicado en 2007

Plasma Exosome Profiling of Cancer Patients by a Next Generation Systems Biology Approach

artículo científico publicado en 2017

Poly-ligand profiling differentiates trastuzumab-treated breast cancer patients according to their outcomes.

artículo científico publicado en 2018

Porcine gene discovery by normalized cDNA-library sequencing and EST cluster assembly

artículo científico publicado en 2002

Predictive networks: a flexible, open source, web application for integration and analysis of human gene networks

artículo científico publicado en 2011

Profiles of genomic instability in high-grade serous ovarian cancer predict treatment outcome

artículo científico publicado en 2012

Proliferative genes dominate malignancy-risk gene signature in histologically-normal breast tissue

artículo científico publicado en 2009

Promoting coherent minimum reporting guidelines for biological and biomedical investigations: the MIBBI project

artículo científico publicado en 2008

PyPanda: a Python package for gene regulatory network reconstruction ⬇️

artículo científico publicado en 2016

RESOURCERER: a database for annotating and linking microarray resources within and across species

artículo científico publicado en 2001

RNA-Seq analysis in MeV.

artículo científico publicado en 2011

RamiGO: an R/Bioconductor package providing an AmiGO visualize interface

artículo científico publicado en 2013

Regulation of caspase expression and apoptosis by adenomatous polyposis coli.

artículo científico publicado en 2003

Regulatory Network of PD1 Signaling Is Associated with Prognosis in Glioblastoma Multiforme

artículo científico publicado en 2021

Regulatory network changes between cell lines and their tissues of origin

artículo científico publicado en 2017

Relationship of DNA methylation and gene expression in idiopathic pulmonary fibrosis

artículo científico publicado en 2014

Relevance of different prior knowledge sources for inferring gene interaction networks

artículo científico publicado en 2014

Report and abstracts of the Sixth International Workshop on Human Chromosome 21 Mapping 1996. Cold Spring Harbor, New York, USA. May 6-8,1996.

artículo científico publicado en 1997

Response to Shields: ‘MIAME, we have a problem’

article

Revisiting inconsistency in large pharmacogenomic studies

artículo científico publicado en 2016

Rice bioinformatics. analysis of rice sequence data and leveraging the data to other plant species

artículo científico publicado en 2001

Safikhani et al. reply

artículo científico publicado en 2016

Safikhani et al. reply

Safikhani et al. reply.

artículo científico publicado en 2016

Search for antiproton decay at the Fermilab antiproton accumulator

artículo científico publicado en 1994

Seeded Bayesian Networks: constructing genetic networks from microarray data

artículo científico publicado en 2008

Sequence analysis of a rainbow trout cDNA library and creation of a gene index

artículo científico publicado en 2003

Sequence evaluation of four pooled-tissue normalized bovine cDNA libraries and construction of a gene index for cattle

artículo científico publicado en 2001

Sequential binary gene ratio tests define a novel molecular diagnostic strategy for malignant pleural mesothelioma

artículo científico publicado en 2013

Serotonin receptor 2B signaling with interstitial cell activation and leaflet remodeling in degenerative mitral regurgitation

artículo científico publicado en 2017

Sexual dimorphism in gene expression and regulatory networks across human tissues

article

Sexually-dimorphic targeting of functionally-related genes in COPD

artículo científico publicado en 2014

Shear-induced cyclooxygenase-2 via a JNK2/c-Jun-dependent pathway regulates prostaglandin receptor expression in chondrocytic cells

artículo científico publicado en 2003

Significance analysis of prognostic signatures

artículo científico publicado en 2013

Smooth quantile normalization

artículo científico publicado en 2017

Somatic Mutations Drive Distinct Imaging Phenotypes in Lung Cancer.

artículo científico publicado en 2017

Sonic hedgehog promotes CD4+ T lymphocyte proliferation and modulates the expression of a subset of CD28-targeted genes

article

Sources of variation in baseline gene expression levels from toxicogenomics study control animals across multiple laboratories

artículo científico publicado en 2008

Standardizing the standards

artículo científico publicado en 2006

Standards for microarray data

artículo científico publicado en 2002

Standards for microarray data: an open letter

artículo científico publicado en 2004

Stem cell-like gene expression in ovarian cancer predicts type II subtype and prognosis

artículo científico publicado en 2013

Submission of microarray data to public repositories

artículo científico publicado en 2004

Symposium on Genomic Medicine, University of Maryland, Shady Grove Campus, Rockville, Maryland, March 17-18, 1997.

artículo científico publicado en 1997

Synchronous global assessment of gene and protein expression in colorectal cancer progression

article

TIGR Gene Indices clustering tools (TGICL): a software system for fast clustering of large EST datasets

artículo científico publicado en 2003

TM4 microarray software suite

artículo científico publicado en 2006

TM4: a free, open-source system for microarray data management and analysis

artículo científico publicado en 2003

TNF receptor I sensitizes neurons to erythropoietin- and VEGF-mediated neuroprotection after ischemic and excitotoxic injury

artículo científico publicado en 2008

Technical improvement in permanent seed implantation: a two-stage brachytherapy system. Description and comparison with current technique.

artículo científico publicado en 2004

Testing CP and CPT violation in the neutral kaon system at a phi factory

artículo científico publicado en 1992

The African trypanosome genome

artículo científico publicado en 2000

The Impact of Stroma Admixture on Molecular Subtypes and Prognostic Gene Signatures in Serous Ovarian Cancer

scientific article published on 23 December 2019

The Network Zoo: a multilingual package for the inference and analysis of gene regulatory networks

artículo científico publicado en 2023

The Schistosoma mansoni gene index: gene discovery and biology by reconstruction and analysis of expressed gene sequences

artículo científico publicado en 2003

The TIGR Gene Indices: analysis of gene transcript sequences in highly sampled eukaryotic species

artículo científico publicado en 2001

The TIGR Gene Indices: clustering and assembling EST and known genes and integration with eukaryotic genomes

artículo científico publicado en 2005

The TIGR Maize Database

artículo científico publicado en 2006

The TIGR gene indices: reconstruction and representation of expressed gene sequences

artículo científico publicado en 2000

The TIGR rice genome annotation resource: annotating the rice genome and creating resources for plant biologists

artículo científico publicado en 2003

The complete genome sequence of the gastric pathogen Helicobacter pylori

artículo científico publicado en 1997

The complete genome sequence of the hyperthermophilic, sulphate-reducing archaeon Archaeoglobus fulgidus

artículo científico publicado en 1997

The cyclin D1-CDK4 oncogenic interactome enables identification of potential novel oncogenes and clinical prognosis

artículo científico publicado en 2014

The death of a pet. How it can affect owners

artículo científico publicado en 1985

The generation and utilization of a cancer-oriented representation of the human transcriptome by using expressed sequence tags

artículo científico publicado en 2003

The genetics of innate immunity in the lung

artículo científico publicado en 2003

The impact of stroma on the discovery of molecular subtypes and prognostic gene signatures in serous ovarian cancer:

article

The limits of log-ratios

artículo científico publicado en 2004

The power of public access: the human genome project and the scientific process

artículo científico publicado en 2001

The quest for the mechanisms of life

artículo científico publicado en 2003

The transcriptional landscape of the mammalian genome

artículo científico publicado en 2005

The transcriptional network that controls growth arrest and differentiation in a human myeloid leukemia cell line.

artículo científico publicado en 2009

The underlying principles of scientific publication.

artículo científico publicado en 2002

Time-series integrated "omic" analyses to elucidate short-term stress-induced responses in plant liquid cultures

artículo científico publicado en 2009

Tissue-aware RNA-Seq processing and normalization for heterogeneous and sparse data

artículo científico publicado en 2017

Tissue-aware RNA-Seq processing and normalization for heterogeneous and sparse data

scholarly article published 20 October 2016

Top-down standards will not serve systems biology

artículo científico publicado en 2006

Toward clinical genomics in everyday medicine: perspectives and recommendations

artículo científico publicado en 2016

Transcript annotation in FANTOM3: mouse gene catalog based on physical cDNAs

artículo científico publicado en 2006

Transcriptional divergence of the duplicated oxidative stress-responsive genes in the Arabidopsis genome

article

Transcriptional landscape of cell lines and their tissues of origin

Transparency and reproducibility in artificial intelligence

artículo científico publicado en 2020

Tumor associated seizures in glioblastomas are influenced by survival gene expression in a region-specific manner: a gene expression imaging study

artículo científico publicado en 2014

Understanding Tissue-Specific Gene Regulation

artículo científico publicado en 2017

Understanding Tissue-specific Gene Regulation

article

Uneven chromosome contraction and expansion in the maize genome.

artículo científico publicado en 2006

Universal RNA reference materials for gene expression.

artículo científico publicado en 2004

Use of RNA and genomic DNA references for inferred comparisons in DNA microarray analyses

Use of a multi-virus array for the study of human viral and retroviral pathogens: gene expression studies and ChIP-chip analysis

artículo científico publicado en 2004

Using a single daytime performance test to identify most individuals at high-risk for performance impairment during extended wake

journal article published in 2019

Using shRNA experiments to validate gene regulatory networks

artículo científico publicado en 2015

Using the DFCI gene index databases for biological discovery

artículo científico publicado en 2010

Using the TIGR gene index databases for biological discovery

artículo científico publicado en 2003

Variance of gene expression identifies altered network constraints in neurological disease

artículo científico publicado en 2011

Viral perturbations of host networks reflect disease etiology

artículo científico publicado en 2012

Viva la revolution! A report from the FANTOM Meeting

WebMeV: A Cloud Platform for Analyzing and Visualizing Cancer Genomic Data

artículo científico publicado en 2017

Weighing our measures of gene expression

artículo científico publicado en 2006

What would you do if you could sequence everything?

artículo científico publicado en 2008

Whole-genome gene expression profiling of formalin-fixed, paraffin-embedded tissue samples

artículo científico publicado en 2009

Why is there a lack of consensus on molecular subgroups of glioblastoma? Understanding the nature of biological and statistical variability in glioblastoma expression data

artículo científico publicado en 2011

Within the fold: assessing differential expression measures and reproducibility in microarray assays.

artículo científico publicado en 2002

Wrestling with SUMO and bio-ontologies

artículo científico publicado en 2006

Yeast artificial chromosome cloning of 3.2 megabases within chromosomal band 11q24 closely linking c-ets 1 and Fli-1 and encompassing the Ewing sarcoma breakpoint

artículo científico publicado en 1994

attract: A method for identifying core pathways that define cellular phenotypes

artículo científico publicado en 2011

iBBiG: iterative binary bi-clustering of gene sets

artículo científico publicado en 2012

lionessR: single-sample network reconstruction in R

nEASE: a method for gene ontology subclassification of high-throughput gene expression data.

artículo científico publicado en 2012

survcomp: an R/Bioconductor package for performance assessment and comparison of survival models

artículo científico publicado en 2011

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