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Lista de obras de Kota Kasahara

ATTED-II Updates: Condition-Specific Gene Coexpression to Extend Coexpression Analyses and Applications to a Broad Range of Flowering Plants ⬇️

artículo científico publicado el 7 de enero de 2011

Characteristics of interactions at protein segments without non-local intramolecular contacts in the Protein Data Bank ⬇️

scientific article published in PLoS ONE

Comprehensive classification and diversity assessment of atomic contacts in protein-small ligand interactions

artículo científico publicado en 2012

Enhanced Sampling of Molecular Dynamics Simulations of a Polyalanine Octapeptide: Effects of the Periodic Boundary Conditions on Peptide Conformation.

artículo científico publicado en 2018

Enhancement of canonical sampling by virtual-state transitions.

artículo científico publicado en 2017

Extended ensemble simulations of a SARS-CoV-2 nsp1-5'-UTR complex

artículo científico publicado en 2022

GIANT: pattern analysis of molecular interactions in 3D structures of protein-small ligand complexes.

artículo científico publicado en 2014

IBiSA_Tools: A Computational Toolkit for Ion-Binding State Analysis in Molecular Dynamics Trajectories of Ion Channels

artículo científico publicado en 2016

Ion Concentration- and Voltage-Dependent Push and Pull Mechanisms of Potassium Channel Ion Conduction

artículo científico publicado en 2016

Ion concentration-dependent ion conduction mechanism of a voltage-sensitive potassium channel

artículo científico publicado en 2013

Landscape of protein-small ligand binding modes

artículo científico publicado en 2016

Ligand-binding site prediction of proteins based on known fragment-fragment interactions.

artículo científico publicado en 2010

Molecular dynamics coupled with a virtual system for effective conformational sampling

artículo científico publicado en 2018

Multi-dimensional virtual system introduced to enhance canonical sampling

artículo científico publicado en 2017

Multidimensional virtual-system coupled canonical molecular dynamics to compute free-energy landscapes of peptide multimer assembly

artículo científico publicado en 2019

Multimodal Structural Distribution of the p53 C-Terminal Domain upon Binding to S100B via a Generalized Ensemble Method: From Disorder to Extradisorder

scientific article published on 22 March 2019

New Protocol for Predicting the Ligand-Binding Site and Mode Based on the 3D-RISM/KH Theory

scientific article published on 27 March 2020

Unfolding of α-helical 20-residue poly-glutamic acid analyzed by multiple runs of canonical molecular dynamics simulations.

artículo científico publicado en 2018

Virtual-system-coupled adaptive umbrella sampling to compute free-energy landscape for flexible molecular docking

artículo científico publicado en 2015

mDCC_tools: characterizing multi-modal atomic motions in molecular dynamics trajectories

artículo científico publicado en 2016

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