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Lista de obras de Jennifer L Reed

2H and 13C metabolic flux analysis elucidates in vivo thermodynamics of the ED pathway in Zymomonas mobilis

artículo científico publicado en 2019

A community effort towards a knowledge-base and mathematical model of the human pathogen Salmonella Typhimurium LT2

artículo científico publicado en 2011

A framework for the identification of promising bio-based chemicals

scientific article published on 10 July 2018

A genome-scale metabolic reconstruction for Escherichia coli K-12 MG1655 that accounts for 1260 ORFs and thermodynamic information

artículo científico publicado en 2007

Adaptive evolution of synthetic cooperating communities improves growth performance

artículo científico publicado en 2014

Advances in gap-filling genome-scale metabolic models and model-driven experiments lead to novel metabolic discoveries.

artículo científico publicado en 2017

An automated phenotype-driven approach (GeneForce) for refining metabolic and regulatory models

artículo científico publicado en 2010

An expanded genome-scale model of Escherichia coli K-12 (iJR904 GSM/GPR)

artículo científico publicado en 2003

Analysis of metabolic capabilities using singular value decomposition of extreme pathway matrices

artículo científico publicado en 2003

BioMog: a computational framework for the de novo generation or modification of essential biomass components

artículo científico publicado en 2013

Comparisons of Shewanella strains based on genome annotations, modeling, and experiments

artículo científico publicado en 2014

Complex physiology and compound stress responses during fermentation of alkali-pretreated corn stover hydrolysate by an Escherichia coli ethanologen.

artículo científico publicado en 2012

Computational approaches in metabolic engineering

artículo científico publicado en 2010

Computational evaluation of Synechococcus sp. PCC 7002 metabolism for chemical production

artículo científico publicado en 2013

Computational methods in metabolic engineering for strain design.

artículo científico

Constraint-based analysis of metabolic capacity of Salmonella typhimurium during host-pathogen interaction

artículo científico publicado en 2009

Constraint-based model of Shewanella oneidensis MR-1 metabolism: a tool for data analysis and hypothesis generation

artículo científico publicado en 2010

Constraint-based strain design using continuous modifications (CosMos) of flux bounds finds new strategies for metabolic engineering.

artículo científico publicado en 2013

Correction: Directed Evolution Reveals Unexpected Epistatic Interactions That Alter Metabolic Regulation and Enable Anaerobic Xylose Use by Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2016

Directed Evolution Reveals Unexpected Epistatic Interactions That Alter Metabolic Regulation and Enable Anaerobic Xylose Use by Saccharomyces cerevisiae.

artículo científico publicado en 2016

Do genome-scale models need exact solvers or clearer standards?

artículo científico publicado en 2015

Escherichia coli as a model organism for systems metabolic engineering

artículo científico publicado en 2017

Expanding Metabolic Engineering Algorithms Using Feasible Space and Shadow Price Constraint Modules

artículo científico publicado en 2014

Experimental and computational assessment of conditionally essential genes in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2006

FOCAL: an experimental design tool for systematizing metabolic discoveries and model development

artículo científico publicado en 2012

Flux Balance Analysis Indicates that Methane Is the Lowest Cost Feedstock for Microbial Cell Factories.

artículo científico publicado en 2017

Genome-Wide Analysis of RNA Decay in the Cyanobacterium Synechococcus sp. Strain PCC 7002

artículo científico publicado en 2020

Genome-scale in silico models of E. coli have multiple equivalent phenotypic states: assessment of correlated reaction subsets that comprise network states.

artículo científico publicado en 2004

Genome-scale modeling of light-driven reductant partitioning and carbon fluxes in diazotrophic unicellular cyanobacterium Cyanothece sp. ATCC 51142

artículo científico publicado en 2012

Genome-scale models of microbial cells: evaluating the consequences of constraints

artículo científico publicado en 2004

Genome-scale reconstruction of metabolic networks of Lactobacillus casei ATCC 334 and 12A.

artículo científico publicado en 2014

Hierarchical thinking in network biology: the unbiased modularization of biochemical networks.

artículo científico publicado en 2004

Identification of Functional Differences in Metabolic Networks Using Comparative Genomics and Constraint-Based Models ⬇️

artículo científico publicado el 16 de abril de 2012

Improving flux predictions by integrating data from multiple strains

artículo científico publicado en 2016

Inferring ancient metabolism using ancestral core metabolic models of enterobacteria

artículo científico publicado en 2013

Integrating high-throughput and computational data elucidates bacterial networks

artículo científico publicado en 2004

Integrating proteomic or transcriptomic data into metabolic models using linear bound flux balance analysis

scientific article published on 01 November 2018

Large-Scale Bi-Level Strain Design Approaches and Mixed-Integer Programming Solution Techniques ⬇️

artículo científico publicado el 9 de septiembre de 2011

Light-optimized growth of cyanobacterial cultures: Growth phases and productivity of biomass and secreted molecules in light-limited batch growth

artículo científico publicado en 2018

MapMaker and PathTracer for tracking carbon in genome-scale metabolic models.

artículo científico publicado en 2016

Mechanistic analysis of multi-omics datasets to generate kinetic parameters for constraint-based metabolic models.

artículo científico publicado en 2013

Metabolic assessment of E. coli as a Biofactory for commercial products.

artículo científico publicado en 2016

Metabolic reconstruction and modeling of nitrogen fixation in Rhizobium etli

artículo científico publicado en 2007

Model-driven analysis of mutant fitness experiments improves genome-scale metabolic models of Zymomonas mobilis ZM4

scientific article published on 17 August 2020

Model-enabled gene search (MEGS) allows fast and direct discovery of enzymatic and transport gene functions in the marine bacterium Vibrio fischeri.

artículo científico publicado en 2017

Multi-platform 'Omics Analysis of Human Ebola Virus Disease Pathogenesis

artículo científico publicado en 2017

Network-based analysis of metabolic regulation in the human red blood cell

artículo científico publicado en 2003

OptORF: Optimal metabolic and regulatory perturbations for metabolic engineering of microbial strains

artículo científico publicado en 2010

Predicting outcomes of steady-state 13C isotope tracing experiments using Monte Carlo sampling ⬇️

artículo científico publicado el 30 de enero de 2012

Pyruvate and lactate metabolism by Shewanella oneidensis MR-1 under fermentation, oxygen limitation, and fumarate respiration conditions

artículo científico publicado en 2011

Quantitative Assessment of Thermodynamic Constraints on the Solution Space of Genome-Scale Metabolic Models ⬇️

artículo científico publicado el 16 de julio de 2013

RELATCH: relative optimality in metabolic networks explains robust metabolic and regulatory responses to perturbations ⬇️

artículo científico publicado el 5 de julio de 2012

Refining metabolic models and accounting for regulatory effects

artículo científico publicado en 2014

Shrinking the Metabolic Solution Space Using Experimental Datasets ⬇️

artículo científico publicado el 30 de agosto de 2012

Software platforms to facilitate reconstructing genome-scale metabolic networks

artículo científico publicado en 2013

Synergy between (13)C-metabolic flux analysis and flux balance analysis for understanding metabolic adaptation to anaerobiosis in E. coli.

artículo científico publicado en 2010

Systems Metabolic Engineering of Escherichia coli Improves Coconversion of Lignocellulose-Derived Sugars

artículo científico publicado en 2019

Systems approach to refining genome annotation

artículo científico publicado en 2006

The evolution of metabolic networks of E. coli

artículo científico publicado en 2011

The global transcriptional regulatory network for metabolism in Escherichia coli exhibits few dominant functional states.

artículo científico publicado en 2005

Thermodynamics and H2 Transfer in a Methanogenic, Syntrophic Community

artículo científico publicado en 2015

Thirteen years of building constraint-based in silico models of Escherichia coli

artículo científico publicado en 2003

Towards environmental systems biology of Shewanella

artículo científico publicado en 2008

Towards multidimensional genome annotation

artículo científico publicado en 2006

Transcriptional characterization of Vibrio fischeri during colonization of juvenile Euprymna scolopes

artículo científico publicado en 2017

Transcriptional patterns in both host and bacterium underlie a daily rhythm of anatomical and metabolic change in a beneficial symbiosis

artículo científico publicado en 2010

iRsp1095: a genome-scale reconstruction of the Rhodobacter sphaeroides metabolic network

artículo científico publicado en 2011

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