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Lista de obras de Patrick S Schnable

A Comprehensive Analysis of Alternative Splicing in Paleopolyploid Maize

artículo científico publicado en 2017

A High-Throughput, Field-Based Phenotyping Technology for Tall Biomass Crops

artículo científico publicado en 2017

A high-resolution gene expression atlas links dedicated meristem genes to key architectural traits

scientific article published on 19 November 2019

A strategy for assembling the maize (Zea mays L.) genome

artículo científico publicado en 2004

ALLMAPS: robust scaffold ordering based on multiple maps.

artículo científico publicado en 2015

All possible modes of gene action are observed in a global comparison of gene expression in a maize F1 hybrid and its inbred parents

artículo científico publicado en 2006

Alternative transcription initiation sites and polyadenylation sites are recruited during Mu suppression at the rf2a locus of maize

artículo científico publicado en 2003

An Efficient and Scalable Implementation of SNP-Pair Interaction Testing for Genetic Association Studies

Assessing probe-specific dye and slide biases in two-color microarray data

artículo científico publicado en 2008

B73-Mo17 near-isogenic lines demonstrate dispersed structural variation in maize

artículo científico publicado en 2011

Cell type-specific gene expression profiling in plants by using a combination of laser microdissection and high-throughput technologies

artículo científico publicado en 2006

Changes in genome content generated via segregation of non-allelic homologs

artículo científico publicado en 2012

Characterization of duplicate gene evolution in the recent natural allopolyploid Tragopogon miscellus by next-generation sequencing and Sequenom iPLEX MassARRAY genotyping.

artículo científico publicado en 2010

Characterization of maize roothairless6 which encodes a D-type cellulose synthase and controls the switch from bulge formation to tip growth

scientific article published on 06 October 2016

Characterization of the aldehyde dehydrogenase gene families of Zea mays and Arabidopsis.

artículo científico publicado en 2002

Characterization of two GL8 paralogs reveals that the 3-ketoacyl reductase component of fatty acid elongase is essential for maize (Zea mays L.) development.

artículo científico publicado en 2005

Chromosome-level genome assembly of a regenerable maize inbred line A188

artículo científico publicado en 2021

Circular RNAs mediated by transposons are associated with transcriptomic and phenotypic variation in maize

artículo científico publicado en 2017

Cis-effects on meiotic recombination across distinct a1-sh2 intervals in a common Zea genetic background

artículo científico publicado en 2005

Cloning and characterization of the maize An1 gene.

artículo científico publicado en 1995

Co-expression Analysis Aids in the Identification of Genes in the Cuticular Wax Pathway in Maize

article

Co-expression network analysis of duplicate genes in maize (Zea mays L.) reveals no subgenome bias

artículo científico publicado en 2016

Comparative transcriptome profiling of maize coleoptilar nodes during shoot-borne root initiation.

artículo científico

Complementation contributes to transcriptome complexity in maize (Zea mays L.) hybrids relative to their inbred parents

artículo científico publicado en 2012

Comprehensive mapping of abiotic stress inputs into the soybean circadian clock

artículo científico publicado en 2019

Consensus genetic maps as median orders from inconsistent sources

artículo científico publicado en 2008

Consensus genetic maps: a graph theoretic approach.

artículo científico publicado en 2005

Continuous Monitoring of Soil Nitrate Using a Miniature Sensor with Poly(3-octyl-thiophene) and Molybdenum Disulfide Nanocomposite

scientific article published on 31 July 2019

Correction to: Genome-wide discovery and characterization of maize long non-coding RNAs

article

Correction: Genotype-by-environment interactions affecting heterosis in maize

artículo científico publicado en 2019

Correction: Mendelian and Non-Mendelian Regulation of Gene Expression in Maize

artículo científico publicado en 2018

Crop genome sequencing: lessons and rationales

scientific article published on February 2011

Cytoplasmic regulation of the accumulation of nuclear-encoded proteins in the mitochondrial proteome of maize.

artículo científico publicado en 2004

DLA-based strategies for cloning insertion mutants: cloning the gl4 locus of maize using Mu transposon tagged alleles

artículo científico publicado en 2009

DNA Extraction from Freeze-Dried Plant Tissue with CTAB in a 96-Well Format ⬇️

artículo científico publicado el 1 de noviembre de 2010

DNA sequence-based "bar codes" for tracking the origins of expressed sequence tags from a maize cDNA library constructed using multiple mRNA sources.

artículo científico publicado en 2003

Detailed analysis of a contiguous 22-Mb region of the maize genome

artículo científico publicado en 2009

Detection of the Progression of Anthesis in Field-Grown Maize Tassels: A Case Study

artículo científico publicado en 2021

Development of Decreased-Gluten Wheat Enabled by Determination of the Genetic Basis of Barley

article

Developmental and hormonal regulation of the arabidopsis CER2 gene that codes for a nuclear-localized protein required for the normal accumulation of cuticular waxes.

artículo científico publicado en 1997

Digestion-ligation-amplification (DLA): a simple genome walking method to amplify unknown sequences flanking mutator (Mu) transposons and thereby facilitate gene cloning.

artículo científico publicado en 2013

Direct calibration of PICKY-designed microarrays.

artículo científico publicado en 2009

Distinct genetic architectures for phenotype means and plasticities in Zea mays. ⬇️

artículo científico publicado en 2017

Diversity of maize shoot apical meristem architecture and its relationship to plant morphology

artículo científico publicado en 2015

Ecological genomics: making the leap from model systems in the lab to native populations in the field

article

Effects of trans-acting genetic modifiers on meiotic recombination across the a1-sh2 interval of maize

artículo científico publicado en 2006

Empirical Comparisons of Different Statistical Models To Identify and Validate Kernel Row Number-Associated Variants from Structured Multi-parent Mapping Populations of Maize

artículo científico publicado en 2018

Evaluation of five ab initio gene prediction programs for the discovery of maize genes

article

Exploiting the Genomic Diversity of Rice (Oryza sativa L.): SNP-Typing in 11 Early-Backcross Introgression-Breeding Populations.

artículo científico publicado en 2018

Expression and nucleotide diversity of the maize RIK gene.

artículo científico publicado en 2008

Extensive intraspecific gene order and gene structural variations between Mo17 and other maize genomes

artículo científico publicado en 2018

Extreme-phenotype genome-wide association study (XP-GWAS): a method for identifying trait-associated variants by sequencing pools of individuals selected from a diversity panel

artículo científico publicado en 2015

FERONIA Receptor Kinase Contributes to Plant Immunity by Suppressing Jasmonic Acid Signaling in Arabidopsis thaliana

article

FarmCPUpp: Efficient large-scale genomewide association studies

scientific article published on 10 April 2018

Fast and accurate construction of ultra-dense consensus genetic maps using evolution strategy optimization

artículo científico publicado en 2015

Floret-specific differences in gene expression and support for the hypothesis that tapetal degeneration of Zea mays L. occurs via programmed cell death

artículo científico publicado en 2008

Functional analysis of maize RAD51 in meiosis and double-strand break repair

artículo científico publicado en 2007

Functional specialization of maize mitochondrial aldehyde dehydrogenases

artículo científico publicado en 2002

GRAMA: genetic mapping analysis of temperature gradient capillary electrophoresis data

artículo científico publicado en 2006

Gene discovery and annotation using LCM-454 transcriptome sequencing.

artículo científico publicado en 2006

Gene mapping via bulked segregant RNA-Seq (BSR-Seq).

artículo científico publicado en 2012

Genetic Isolation, Cloning, and Analysis of a Mutator-Induced, Dominant Antimorph of the Maize amylose extender1 Locus

artículo científico publicado en 1993

Genetic control of maize shoot apical meristem architecture

artículo científico publicado en 2014

Genetic control of morphometric diversity in the maize shoot apical meristem

artículo científico publicado en 2015

Genetic dissection of intermated recombinant inbred lines using a new genetic map of maize

artículo científico publicado en 2006

Genetic recombination in plants.

artículo científico publicado en 1998

Genic and nongenic contributions to natural variation of quantitative traits in maize

artículo científico publicado en 2012

Genome sequencing and analysis of the model grass Brachypodium distachyon

artículo científico publicado en 2010

Genome-wide analysis of regulation of gene expression and H3K9me2 distribution by JIL-1 kinase mediated histone H3S10 phosphorylation in Drosophila

artículo científico publicado en 2014

Genome-wide discovery and characterization of maize long non-coding RNAs.

artículo científico publicado en 2014

Genome-wide patterns of genetic variation among elite maize inbred lines

artículo científico publicado en 2010

Genomewide single nucleotide polymorphism discovery in Atlantic salmon (Salmo salar): validation in wild and farmed American and European populations

artículo científico publicado en 2016

Genomic Prediction of Maize Micro-Phenotypes Provides Insights for Optimizing Selection and Mining Diversity

artículo científico publicado en 2020

Genomic prediction contributing to a promising global strategy to turbocharge gene banks

artículo científico

Genotype-by-environment interactions affecting heterosis in maize.

artículo científico publicado en 2018

Global expression profiling applied to plant development

artículo científico publicado en 2004

Global gene expression analysis of the shoot apical meristem of maize (Zea mays L.).

artículo científico publicado en 2007

Harnessing Phenotypic Plasticity to Improve Maize Yields

scientific article published on 19 September 2018

Heritable epigenetic variation among maize inbreds

artículo científico publicado en 2011

High-resolution genotyping via whole genome hybridizations to microarrays containing long oligonucleotide probes

artículo científico publicado en 2010

High-throughput genetic mapping of mutants via quantitative single nucleotide polymorphism typing

artículo científico publicado en 2009

Histone lysine methyltransferase SDG8 is involved in brassinosteroid-regulated gene expression in Arabidopsis thaliana.

artículo científico publicado en 2014

Hyppo-X: A Scalable Exploratory Framework for Analyzing Complex Phenomics Data

artículo científico publicado en 2019

Identification and utilization of genetic determinants of trait measurement errors in image-based, high-throughput phenotyping

artículo científico publicado en 2021

Identification of Brassinosteroid Target Genes by Chromatin Immunoprecipitation Followed by High-Throughput Sequencing (ChIP-seq) and RNA-Sequencing.

artículo científico publicado en 2017

Identification of loci controlling adaptation in Chinese soya bean landraces via a combination of conventional and bioclimatic GWAS

scientific article published on 24 July 2019

Identifying loci with breeding potential across temperate and tropical adaptation via EigenGWAS and EnvGWAS

scientific article published on 18 August 2019

Improving Response in Genomic Selection with a Population-Based Selection Strategy: Optimal Population Value Selection

artículo científico publicado en 2017

Increased power and accuracy of causal locus identification in time-series genome-wide association in sorghum

artículo científico publicado en 2020

Interdisciplinary strategies to enable data-driven plant breeding in a changing climate

artículo científico publicado en 2021

Intragenic Meiotic Crossovers Generate Novel Alleles with Transgressive Expression Levels

artículo científico publicado en 2018

Involving undergraduates in the annotation and analysis of global gene expression studies: creation of a maize shoot apical meristem expression database

artículo científico publicado en 2007

Isolation, characterization, and pericycle-specific transcriptome analyses of the novel maize lateral and seminal root initiation mutant rum1.

artículo científico publicado en 2005

Laser Microdissection-Mediated Isolation and In Vitro Transcriptional Amplification of Plant RNA

artículo científico publicado en 2015

Laser microdissection of narrow sheath mutant maize uncovers novel gene expression in the shoot apical meristem

artículo científico publicado en 2007

Laser microdissection-mediated isolation and in vitro transcriptional amplification of plant RNA.

artículo científico publicado en 2009

Laser-capture microdissection, a tool for the global analysis of gene expression in specific plant cell types: identification of genes expressed differentially in epidermal cells or vascular tissues of maize

artículo científico publicado en 2003

Lateral roots affect the proteome of the primary root of maize (Zea mays L.).

artículo científico publicado en 2004

Leaf Angle eXtractor: A high-throughput image processing framework for leaf angle measurements in maize and sorghum

artículo científico publicado en 2020

Linked read technology for assembling large complex and polyploid genomes

Loss of RNA-dependent RNA polymerase 2 (RDR2) function causes widespread and unexpected changes in the expression of transposons, genes, and 24-nt small RNAs

artículo científico publicado en 2009

Maize Genomes to Fields: 2014 and 2015 field season genotype, phenotype, environment, and inbred ear image datasets

article

Maize Mu transposons are targeted to the 5' untranslated region of the gl8 gene and sequences flanking Mu target-site duplications exhibit nonrandom nucleotide composition throughout the genome

artículo científico publicado en 2002

Maize Tissue Preparation and Extraction of RNA from Target Cells for Genotyping ⬇️

artículo científico publicado el 1 de julio de 2007

Maize genomes to fields (G2F): 2014-2017 field seasons: genotype, phenotype, climatic, soil, and inbred ear image datasets

artículo científico publicado en 2020

Maize glossy6 is involved in cuticular wax deposition and drought tolerance

scientific article published on 01 June 2019

Maize inbreds exhibit high levels of copy number variation (CNV) and presence/absence variation (PAV) in genome content

artículo científico publicado en 2009

Mapping complementary genes in maize: positioning the rf1 and rf2 nuclear-fertility restorer loci of Texas (T) cytoplasm relative to RFLP and visible markers.

artículo científico publicado en 1994

Meiotic recombination break points resolve at high rates at the 5' end of a maize coding sequence

artículo científico publicado en 1995

Mendelian and non-Mendelian regulation of gene expression in maize

artículo científico publicado en 2013

Meta-analysis identifies pleiotropic loci controlling phenotypic trade-offs in sorghum

artículo científico publicado en 2021

Microarray analysis of vegetative phase change in maize

artículo científico publicado en 2008

Microdissection of shoot meristem functional domains

artículo científico publicado en 2009

Mitochondrial Aldehyde Dehydrogenase Activity Is Required for Male Fertility in Maize

scientific article published on 01 May 2001

Mitochondrial transcript processing and restoration of male fertility in T-cytoplasm maize

artículo científico publicado en 1999

Molecular characterization of meiotic recombination across the 140-kb multigenic a1-sh2 interval of maize

artículo científico publicado en 2002

Mu transposon insertion sites and meiotic recombination events co-localize with epigenetic marks for open chromatin across the maize genome

artículo científico publicado en 2009

MuDR transposase increases the frequency of meiotic crossovers in the vicinity of a Mu insertion in the maize a1 gene

artículo científico publicado en 2004

Multi-trait Genomic Selection Methods for Crop Improvement

scientific article published on 01 June 2020

Nearly identical paralogs: implications for maize (Zea mays L.) genome evolution.

artículo científico publicado en 2006

Next-generation sequencing and genome evolution in allopolyploids.

artículo científico

Nonsyntenic genes drive highly dynamic complementation of gene expression in maize hybrids.

artículo científico

On the origins of species: does evolution repeat itself in polyploid populations of independent origin?

artículo científico publicado en 2009

Ontogeny of the maize shoot apical meristem

artículo científico publicado en 2012

Optimizing Selection and Mating in Genomic Selection with a Look-Ahead Approach: An Operations Research Framework

artículo científico publicado en 2019

Parallel domestication of the Shattering1 genes in cereals

artículo científico publicado en 2012

Parallel short sequence assembly of transcriptomes

artículo científico publicado en 2009

Parent-of-origin effects on gene expression and DNA methylation in the maize endosperm

artículo científico publicado en 2011

Paternal dominance of trans-eQTL influences gene expression patterns in maize hybrids

artículo científico publicado en 2009

Phenotypic Data from Inbred Parents Can Improve Genomic Prediction in Pearl Millet Hybrids.

artículo científico publicado en 2018

Picky: oligo microarray design for large genomes.

artículo científico publicado en 2004

Progress toward understanding heterosis in crop plants

artículo científico publicado en 2013

Punctate vascular expression1 is a novel maize gene required for leaf pattern formation that functions downstream of the trans-acting small interfering RNA pathway.

artículo científico publicado en 2012

Quality assessment of maize assembled genomic islands (MAGIs) and large-scale experimental verification of predicted genes

artículo científico publicado en 2005

RD26 mediates crosstalk between drought and brassinosteroid signalling pathways

artículo científico publicado en 2017

Rapid, repeated, and clustered loss of duplicate genes in allopolyploid plant populations of independent origin.

artículo científico

Recent advances in plant recombination.

artículo científico publicado en 2007

Refinement of light-responsive transcript lists using rice oligonucleotide arrays: evaluation of gene-redundancy

artículo científico publicado en 2008

Regulation of small RNA accumulation in the maize shoot apex

artículo científico publicado en 2009

Repeat subtraction-mediated sequence capture from a complex genome.

artículo científico publicado en 2010

Role of RAD51 in the repair of MuDR-induced double-strand breaks in maize (Zea mays L.).

artículo científico publicado en 2008

Roothairless5, which functions in maize (Zea mays L.) root hair initiation and elongation encodes a monocot-specific NADPH oxidase

artículo científico

SNP Discovery by Transcriptome Pyrosequencing ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2011

SNP Mining from Maize 454 EST Sequences ⬇️

artículo científico publicado el 1 de julio de 2007

SNP discovery via 454 transcriptome sequencing

artículo científico publicado en 2007

Scanning microarrays at multiple intensities enhances discovery of differentially expressed genes.

artículo científico publicado en 2006

Semi-automated feature extraction from RGB images for sorghum panicle architecture GWAS

artículo científico publicado en 2018

Sequence analysis of the cloned glossy8 gene of maize suggests that it may code for a beta-ketoacyl reductase required for the biosynthesis of cuticular waxes.

artículo científico publicado en 1997

Shared Genetic Control of Root System Architecture between Zea mays and Sorghum bicolor

artículo científico publicado en 2019

Spreading of heterochromatin is limited to specific families of maize retrotransposons

artículo científico publicado en 2012

Substantial contribution of genetic variation in the expression of transcription factors to phenotypic variation revealed by eRD-GWAS.

artículo científico publicado en 2017

T7-based RNA amplification for genotyping from maize shoot apical meristem

artículo científico publicado en 2007

Temperature Gradient Capillary Electrophoresis (TGCE) Assay ⬇️

artículo científico publicado el 1 de octubre de 2007

Temperature gradient capillary electrophoresis (TGCE)--a tool for the high-throughput discovery and mapping of SNPs and IDPs.

artículo científico publicado en 2005

Ten simple rules to ruin a collaborative environment

artículo científico publicado en 2022

The ALDH gene superfamily of Arabidopsis

artículo científico publicado en 2004

The Aux/IAA gene rum1 involved in seminal and lateral root formation controls vascular patterning in maize (Zea mays L.) primary roots

artículo científico publicado en 2014

The Aux/IAA gene rum1 involved in seminal and lateral root formation controls vascular patterning in maize (Zea mays L.) primary roots

article

The B73 Maize Genome: Complexity, Diversity, and Dynamics

artículo científico publicado en 2009

The Endoplasmic reticulum-associated maize GL8 protein is a component of the acyl-coenzyme A elongase involved in the production of cuticular waxes.

artículo científico publicado en 2002

The Etched1 gene of Zea mays (L.) encodes a zinc ribbon protein that belongs to the transcriptionally active chromosome (TAC) of plastids and is similar to the transcription factor TFIIS.

artículo científico publicado en 2004

The Genetics, Pathology, and Molecular Biology of T-Cytoplasm Male Sterility in Maize

article

The accumulation of abundant soluble proteins changes early in the development of the primary roots of maize (Zea mays L.).

artículo científico publicado en 2005

The effect of artificial selection on phenotypic plasticity in maize.

artículo científico publicado en 2017

The genome of broomcorn millet

artículo científico publicado en 2019

The maize (Zea mays L.) roothairless3 gene encodes a putative GPI-anchored, monocot-specific, COBRA-like protein that significantly affects grain yield.

artículo científico publicado en 2008

The maize brown midrib2 (bm2) gene encodes a methylenetetrahydrofolate reductase that contributes to lignin accumulation

artículo científico publicado en 2014

The maize brown midrib4 (bm4) gene encodes a functional folylpolyglutamate synthase

artículo científico publicado en 2015

The maize glossy13 gene, cloned via BSR-Seq and Seq-walking encodes a putative ABC transporter required for the normal accumulation of epicuticular waxes.

artículo científico publicado en 2013

The physical and genetic framework of the maize B73 genome

artículo científico publicado en 2009

The potential of genomics in plant systematics

artículo científico publicado en 2013

The relationship between genetic and physical distances in the cloned a1-sh2 interval of the Zea mays L. genome.

artículo científico publicado en 1994

The roles of aldehyde dehydrogenases (ALDHs) in the PDH bypass of Arabidopsis.

artículo científico publicado en 2009

The roothairless1 gene of maize encodes a homolog of sec3, which is involved in polar exocytosis.

artículo científico publicado en 2005

Tissue specificity and evolution of meristematic WOX3 function

artículo científico publicado en 2009

Trajectories of Homoeolog-Specific Expression in Allotetraploid <i>Tragopogon castellanus</i> Populations of Independent Origins

artículo científico publicado en 2021

Transcriptomic and proteomic analyses of pericycle cells of the maize primary root

artículo científico publicado en 2007

Transcriptomic shock generates evolutionary novelty in a newly formed, natural allopolyploid plant

artículo científico publicado en 2011

Transdisciplinary Graduate Training in Predictive Plant Phenomics

article

Two-Phase Analysis in Consensus Genetic Mapping ⬇️

artículo científico publicado el 1 de mayo de 2012

Types and frequencies of sequencing errors in methyl-filtered and high c0t maize genome survey sequences.

artículo científico publicado en 2004

Unequal sister chromatid and homolog recombination at a tandem duplication of the A1 locus in maize.

artículo científico publicado en 2006

Variation in gene expression ofAndropogon gerardiiin response to altered environmental conditions associated with climate change

article

ZmMADS69 functions as a flowering activator through the ZmRap2.7-ZCN8 regulatory module and contributes to maize flowering time adaptation

artículo científico publicado en 2018

tGBS® genotyping-by-sequencing enables reliable genotyping of heterozygous loci

artículo científico publicado en 2017

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