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Lista de obras de J. Andrew McCammon

"New-version-fast-multipole-method" accelerated electrostatic interactions in biomolecular systems

artículo científico publicado en 2007

(Thermo)dynamic role of receptor flexibility, entropy, and motional correlation in protein-ligand binding

artículo científico publicado en 2008

18F-RB390: innovative ligand for imaging the T877A androgen receptor mutant in prostate cancer via positron emission tomography (PET).

artículo científico publicado en 2014

22 Diffusion-controlled enzymatic reactions

artículo científico publicado el 1 de enero de 1991

A Molecular Dynamics Ensemble-Based Approach for the Mapping of Druggable Binding Sites ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2012

A Nonlinear Elasticity Model of Macromolecular Conformational Change Induced by Electrostatic Forces

artículo científico publicado en 2008

A Stochastic Multiscale Model of Cardiac Thin Filament Activation Using Brownian-Langevin Dynamics

scientific article published on 09 August 2019

A comparative study of time dependent quantum mechanical wave packet evolution methods

artículo científico publicado en 1992

A computational model of binding thermodynamics: the design of cyclin-dependent kinase 2 inhibitors

artículo científico publicado en 2003

A dynamic model of HIV integrase inhibition and drug resistance

artículo científico publicado en 2010

A gating mechanism proposed from a simulation of a human alpha7 nicotinic acetylcholine receptor

artículo científico publicado en 2005

A model study of sequential enzyme reactions and electrostatic channeling

artículo científico publicado en 2014

A multidimensional strategy to detect polypharmacological targets in the absence of structural and sequence homology

artículo científico publicado en 2010

A novel switch region regulates H-ras membrane orientation and signal output

artículo científico publicado en 2008

A proposed signaling motif for nuclear import in mRNA processing via the formation of arginine claw

artículo científico publicado en 2007

A self-consistent phase-field approach to implicit solvation of charged molecules with Poisson-Boltzmann electrostatics

artículo científico publicado en 2015

A simple electrostatic switch important in the activation of type I protein kinase A by cyclic AMP.

artículo científico publicado en 2005

A transition path ensemble study reveals a linchpin role for Mg(2+) during rate-limiting ADP release from protein kinase A.

artículo científico publicado en 2009

A virtual screening study of the acetylcholine binding protein using a relaxed-complex approach

artículo científico publicado en 2009

AFMPB: An Adaptive Fast Multipole Poisson-Boltzmann Solver for Calculating Electrostatics in Biomolecular Systems

artículo científico publicado en 2010

Absolute Single-Molecule Entropies from Quasi-Harmonic Analysis of Microsecond Molecular Dynamics: Correction Terms and Convergence Properties

artículo científico publicado en 2009

Accelerated Molecular Dynamics Simulations with the AMOEBA Polarizable Force Field on Graphics Processing Units

artículo científico publicado en 2013

Accelerated adaptive integration method

artículo científico publicado en 2014

Accelerated entropy estimates with accelerated dynamics

artículo científico publicado en 2007

Accelerated molecular dynamics simulations of ligand binding to a muscarinic G-protein-coupled receptor

artículo científico publicado en 2015

Accelerated molecular dynamics simulations of protein folding

artículo científico publicado en 2015

Accelerated molecular dynamics: a promising and efficient simulation method for biomolecules

artículo científico publicado en 2004

Accelerating chemical reactions: exploring reactive free-energy surfaces using accelerated ab initio molecular dynamics

artículo científico publicado en 2011

Accessing a hidden conformation of the maltose binding protein using accelerated molecular dynamics

artículo científico publicado en 2011

Accounting for receptor flexibility and enhanced sampling methods in computer-aided drug design

artículo científico publicado en 2013

Acetylcholinesterase: enhanced fluctuations and alternative routes to the active site in the complex with fasciculin-2.

artículo científico publicado en 2004

Acetylcholinesterase: mechanisms of covalent inhibition of H447I mutant determined by computational analyses

artículo científico publicado en 2008

Acetylcholinesterase: mechanisms of covalent inhibition of wild-type and H447I mutant determined by computational analyses

artículo científico publicado en 2007

Acetylcholinesterase: pivotal roles of its long omega loop (Cys69-Cys96) in regulating substrate binding

artículo científico publicado en 2005

Activation and dynamic network of the M2 muscarinic receptor

artículo científico publicado en 2013

Activation mechanisms of the first sphingosine-1-phosphate receptor

artículo científico publicado en 2017

Activation of atypical protein kinase C by sphingosine 1-phosphate revealed by an aPKC-specific activity reporter

artículo científico publicado en 2019

Adaptive Accelerated Molecular Dynamics (Ad-AMD) Revealing the Molecular Plasticity of P450cam

artículo científico publicado en 2011

Agonist-mediated conformational changes in acetylcholine-binding protein revealed by simulation and intrinsic tryptophan fluorescence

artículo científico publicado en 2004

Allosteric effects of sodium ion binding on activation of the m3 muscarinic g-protein-coupled receptor

artículo científico publicado en 2015

Allosteric inhibition of Epac: computational modeling and experimental validation to identify allosteric sites and inhibitors

artículo científico publicado en 2014

Allosteric networks in thrombin distinguish procoagulant vs. anticoagulant activities

artículo científico publicado en 2012

An Adaptive Fast Multipole Boundary Element Method for Poisson-Boltzmann Electrostatics

artículo científico publicado en 2009

An Open-Source Mesh Generation Platform for Biophysical Modeling Using Realistic Cellular Geometries

artículo científico publicado en 2020

An improved relaxed complex scheme for receptor flexibility in computer-aided drug design

artículo científico publicado en 2008

Analysis of Synaptic Transmission in the Neuromuscular Junction Using a Continuum Finite Element Model ⬇️

artículo científico publicado el 1 de octubre de 1998

Antibacterial drug leads targeting isoprenoid biosynthesis

artículo científico publicado en 2013

Apparent Cooperativity in Radioimmunoassay of Human Chorionic Gonadotropin ⬇️

artículo científico publicado el 1 de abril de 1973

Application of the level-set method to the implicit solvation of nonpolar molecules

artículo científico publicado en 2007

Assessing the two-body diffusion tensor calculated by the bead models

artículo científico publicado en 2013

Asymmetric structural motions of the homomeric alpha7 nicotinic receptor ligand binding domain revealed by molecular dynamics simulation

artículo científico publicado en 2003

AutoClickChem: Click Chemistry in Silico ⬇️

artículo científico publicado el 15 de marzo de 2012

AutoDocking dinucleotides to the HIV-1 integrase core domain: exploring possible binding sites for viral and genomic DNA.

artículo científico publicado en 2002

AutoGrow 3.0: an improved algorithm for chemically tractable, semi-automated protein inhibitor design

scientific article published on 23 May 2013

AutoGrow: a novel algorithm for protein inhibitor design

artículo científico publicado en 2009

Autobiography of J. Andrew McCammon

artículo científico publicado en 2016

BINANA: a novel algorithm for ligand-binding characterization

artículo científico publicado en 2011

Barriers to ion translocation in cationic and anionic receptors from the Cys-loop family

artículo científico publicado en 2007

Binding of aminoglycoside antibiotics to the small ribosomal subunit: a continuum electrostatics investigation

artículo científico publicado en 2002

Binding of aminoglycosidic antibiotics to the oligonucleotide A-site model and 30S ribosomal subunit: Poisson-Boltzmann model, thermal denaturation, and fluorescence studies

artículo científico publicado en 2006

Binding of an antiviral agent to a sensitive and a resistant human rhinovirus. Computer simulation studies with sampling of amino acid side-chain conformation. I. Mapping the rotamers of residue 188 of viral protein 1.

artículo científico publicado en 1992

Binding pathways of ligands to HIV-1 protease: coarse-grained and atomistic simulations

artículo científico publicado en 2007

Bridging implicit and explicit solvent approaches for membrane electrostatics

artículo científico publicado en 2002

Broken-Symmetry DFT Computations for the Reaction Pathway of IspH, an Iron-Sulfur Enzyme in Pathogenic Bacteria

artículo científico publicado en 2015

Browndye: A Software Package for Brownian Dynamics

artículo científico publicado en 2010

Brownian dynamic study of an enzyme metabolon in the TCA cycle: Substrate kinetics and channeling

artículo científico publicado en 2017

Brownian dynamics simulation of helix-capping motifs.

artículo científico publicado en 2003

Brownian dynamics simulations of ion atmospheres around polyalanine and B-DNA: effects of biomolecular dielectric

artículo científico publicado en 2003

Brownian dynamics study of the association between the 70S ribosome and elongation factor G.

artículo científico publicado en 2011

CIRSE: a solvation energy estimator compatible with flexible protein docking and design applications

artículo científico publicado en 2006

CO2 response screen in grass <i>Brachypodium</i> reveals the key role of a MAP kinase in CO2-triggered stomatal closure

artículo científico publicado en 2024

CRISPR-Cas9 conformational activation as elucidated from enhanced molecular simulations

artículo científico publicado en 2017

Calcium binding and allosteric signaling mechanisms for the sarcoplasmic reticulum Ca2+ ATPase ⬇️

artículo científico publicado el 1 de octubre de 2012

Calculating pKa values in enzyme active sites

artículo científico publicado en 2003

Calculation of the Maxwell stress tensor and the Poisson-Boltzmann force on a solvated molecular surface using hypersingular boundary integrals

artículo científico publicado en 2005

Catalytically requisite conformational dynamics in the mRNA-capping enzyme probed by targeted molecular dynamics

artículo científico publicado en 2008

Celastrol inhibits Plasmodium falciparum enoyl-acyl carrier protein reductase

artículo científico publicado en 2014

Channel opening motion of alpha7 nicotinic acetylcholine receptor as suggested by normal mode analysis

artículo científico publicado en 2005

Channeling by Proximity: The Catalytic Advantages of Active Site Colocalization Using Brownian Dynamics

artículo científico publicado en 2010

Characterization of a clinical polymer-drug conjugate using multiscale modeling

artículo científico publicado en 2010

Characterization of nonbiological antimicrobial polymers in aqueous solution and at water-lipid interfaces from all-atom molecular dynamics.

artículo científico publicado en 2006

Characterizing loop dynamics and ligand recognition in human- and avian-type influenza neuraminidases via generalized born molecular dynamics and end-point free energy calculations.

artículo científico publicado en 2009

Charge optimization of the interface between protein kinases and their ligands

artículo científico publicado en 2004

Colloquium on Signaling and Molecular Structure in Pharmacology (La Jolla, California, March 11–12, 1997) ⬇️

artículo científico publicado el 1 de julio de 1997

Comparative molecular dynamics simulations of the antimicrobial peptide CM15 in model lipid bilayers

artículo científico publicado en 2012

Comparing neural-network scoring functions and the state of the art: applications to common library screening

artículo científico publicado en 2013

Computation of electrostatic forces between solvated molecules determined by the Poisson-Boltzmann equation using a boundary element method

artículo científico publicado en 2005

Computation of pH-dependent binding free energies

artículo científico publicado en 2015

Computational drug design accommodating receptor flexibility: the relaxed complex scheme

artículo científico publicado en 2002

Computational identification of uncharacterized cruzain binding sites

artículo científico publicado en 2010

Computational science new horizons and relevance to pharmaceutical design

artículo científico publicado en 1996

Computational studies of the effect of the S23D/S24D troponin I mutation on cardiac troponin structural dynamics

artículo científico publicado en 2014

Computer simulation study of the binding of an antiviral agent to a sensitive and a resistant human rhinovirus

artículo científico publicado en 1989

Computer-aided drug design guided by hydrogen/deuterium exchange mass spectrometry: A powerful combination for the development of potent and selective inhibitors of Group VIA calcium-independent phospholipase A2.

artículo científico publicado en 2016

Computer-aided drug discovery approach finds calcium sensitizer of cardiac troponin

artículo científico publicado en 2015

Computer-aided drug-discovery techniques that account for receptor flexibility

artículo científico publicado en 2010

Computer-aided identification of Trypanosoma brucei uridine diphosphate galactose 4'-epimerase inhibitors: toward the development of novel therapies for African sleeping sickness

artículo científico publicado en 2010

Computing accurate potentials of mean force in electrolyte solutions with the generalized gradient-augmented harmonic Fourier beads method.

artículo científico publicado en 2008

Computing the Amino Acid Specificity of Fluctuations in Biomolecular Systems

artículo científico publicado en 2006

Configurational-bias sampling technique for predicting side-chain conformations in proteins

artículo científico publicado en 2006

Conformation gating as a mechanism for enzyme specificity ⬇️

artículo científico publicado el 4 de agosto de 1998

Conformational Dynamics and Binding Free Energies of Inhibitors of BACE-1: From the Perspective of Protonation Equilibria

artículo científico publicado en 2015

Conformational dynamics of the flexible catalytic loop in Mycobacterium tuberculosis 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate reductoisomerase

artículo científico publicado en 2009

Conformational sampling and nucleotide-dependent transitions of the GroEL subunit probed by unbiased molecular dynamics simulations

artículo científico publicado en 2011

Conformational selection in G-proteins: lessons from Ras and Rho.

artículo científico publicado en 2010

Conformational transitions in protein-protein association: binding of fasciculin-2 to acetylcholinesterase

artículo científico publicado en 2006

Constant pH molecular dynamics in generalized Born implicit solvent

artículo científico publicado en 2004

Continuum simulations of acetylcholine consumption by acetylcholinesterase: a Poisson-Nernst-Planck approach

artículo científico publicado en 2007

Continuum simulations of acetylcholine diffusion with reaction-determined boundaries in neuromuscular junction models

artículo científico publicado en 2007

Control of cation permeation through the nicotinic receptor channel

artículo científico publicado en 2008

Correlated motions and residual frustration in thrombin

artículo científico publicado en 2013

Coupling Accelerated Molecular Dynamics Methods with Thermodynamic Integration Simulations

scientific article published on 13 August 2008

Coupling Constant pH Molecular Dynamics with Accelerated Molecular Dynamics

artículo científico publicado en 2010

Coupling Monte Carlo, Variational Implicit Solvation, and Binary Level-Set for Simulations of Biomolecular Binding

artículo científico publicado en 2021

Coupling the Level-Set Method with Molecular Mechanics for Variational Implicit Solvation of Nonpolar Molecules

artículo científico publicado en 2009

CrystalDock: a novel approach to fragment-based drug design

artículo científico publicado en 2011

Darwinian biophysics: electrostatics and evolution in the kinetics of molecular binding

scholarly article

Deciphering Off-Target Effects in CRISPR-Cas9 through Accelerated Molecular Dynamics

artículo científico publicado en 2019

Dependency map of proteins in the small ribosomal subunit

artículo científico publicado en 2006

Development of Potent and Selective Inhibitors for Group VIA Calcium-Independent Phospholipase A2 Guided by Molecular Dynamics and Structure-Activity Relationships

artículo científico publicado en 2016

Diffusion and association processes in biological systems: theory, computation and experiment ⬇️

artículo científico publicado en 2011

Diffusional channeling in the sulfate-activating complex: combined continuum modeling and coarse-grained brownian dynamics studies

artículo científico publicado en 2008

Dipeptide Aggregation in Aqueous Solution from Fixed Point-Charge Force Fields

artículo científico publicado en 2014

Discovery of Staphylococcus aureus sortase A inhibitors using virtual screening and the relaxed complex scheme

artículo científico publicado en 2013

Discovery of drug-like inhibitors of an essential RNA-editing ligase in Trypanosoma brucei

artículo científico publicado en 2008

Discovery of novel inhibitors of HIV-1 reverse transcriptase through virtual screening of experimental and theoretical ensembles

artículo científico publicado en 2014

Discovery of small molecule inhibitors of the PH domain leucine-rich repeat protein phosphatase (PHLPP) by chemical and virtual screening

artículo científico publicado en 2010

Distinct glycan topology for avian and human sialopentasaccharide receptor analogues upon binding different hemagglutinins: a molecular dynamics perspective.

artículo científico publicado en 2009

Drug screening strategy for human membrane proteins: from NMR protein backbone structure to in silica- and NMR-screened hits

artículo científico publicado en 2014

Dynamic Structure and Inhibition of a Malaria Drug Target: Geranylgeranyl Diphosphate Synthase

artículo científico publicado en 2016

Dynamic binding of PKA regulatory subunit RI alpha

artículo científico publicado en 2006

Dynamical theory of activated processes in globular proteins

artículo científico publicado en 1982

Dynamics and calcium association to the N-terminal regulatory domain of human cardiac troponin C: a multiscale computational study

artículo científico publicado en 2012

Dynamics of Plasmodium falciparum enoyl-ACP reductase and implications on drug discovery

artículo científico publicado en 2012

Dynamics of activated processes in globular proteins ⬇️

artículo científico publicado el 1 de agosto de 1979

Dynamics of folded proteins ⬇️

artículo científico publicado el 16 de junio de 1977

Dynamics of the acetylcholinesterase tetramer

artículo científico publicado en 2007

Dynamics, hydration, and motional averaging of a loop-gated artificial protein cavity: the W191G mutant of cytochrome c peroxidase in water as revealed by molecular dynamics simulations

artículo científico publicado en 2007

E230Q mutation of the catalytic subunit of cAMP-dependent protein kinase affects local structure and the binding of peptide inhibitor

artículo científico publicado en 2006

E9-Im9 colicin DNase-immunity protein biomolecular association in water: a multiple-copy and accelerated molecular dynamics simulation study

artículo científico publicado en 2008

Effect of artificial periodicity in simulations of biomolecules under Ewald boundary conditions: a continuum electrostatics study

artículo científico publicado en 1999

Effect of donor atom identity on metal-binding pharmacophore coordination

artículo científico publicado en 2017

Effects of Biomolecular Flexibility on Alchemical Calculations of Absolute Binding Free Energies

artículo científico publicado en 2011

Effects of HCM cTnI mutation R145G on troponin structure and modulation by PKA phosphorylation elucidated by molecular dynamics simulations

artículo científico publicado en 2015

Effects of histidine protonation and rotameric states on virtual screening of M. tuberculosis RmlC.

artículo científico publicado en 2013

Elasticity of peptide omega bonds

artículo científico publicado en 2006

Electrodiffusion: a continuum modeling framework for biomolecular systems with realistic spatiotemporal resolution

artículo científico publicado en 2007

Electrostatic Channeling of Substrates between Enzyme Active Sites: Comparison of Simulation and Experiment ⬇️

artículo científico publicado el 23 de diciembre de 1997

Electrostatic and hydrodynamic orientational steering effects in enzyme-substrate association ⬇️

artículo científico publicado el 1 de julio de 1995

Electrostatic channeling in P. falciparum DHFR-TS: Brownian dynamics and Smoluchowski modeling

artículo científico publicado en 2014

Electrostatic contributions to the stability of halophilic proteins ⬇️

artículo científico publicado el 24 de julio de 1998

Electrostatic effects in homeodomain-DNA interactions

artículo científico publicado en 1997

Electrostatic free energy and its variations in implicit solvent models

artículo científico publicado en 2008

Electrostatic interaction between RNA and protein capsid in cowpea chlorotic mottle virus simulated by a coarse-grain RNA model and a Monte Carlo approach

artículo científico publicado en 2004

Electrostatic interactions.

artículo científico publicado en 2003

Electrostatic properties of cowpea chlorotic mottle virus and cucumber mosaic virus capsids

artículo científico publicado en 2006

Electrostatic steering enhances the rate of cAMP binding to phosphodiesterase: Brownian dynamics modeling

artículo científico publicado en 2015

Electrostatics of nanosystems: application to microtubules and the ribosome

artículo científico publicado en 2001

Elucidating the inhibition mechanism of HIV-1 non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors through multicopy molecular dynamics simulations

artículo científico publicado en 2009

Enhanced Lipid Diffusion and Mixing in Accelerated Molecular Dynamics

artículo científico publicado en 2011

Enhanced conformational space sampling improves the prediction of chemical shifts in proteins

artículo científico publicado en 2010

Enhanced ligand sampling for relative protein-ligand binding free energy calculations

artículo científico publicado en 2015

Ensemble-based virtual screening reveals potential novel antiviral compounds for avian influenza neuraminidase.

artículo científico publicado en 2008

Entropic contributions and the influence of the hydrophobic environment in promiscuous protein-protein association

artículo científico publicado en 2008

Enzymatic activity versus structural dynamics: the case of acetylcholinesterase tetramer

artículo científico publicado en 2009

Enzyme localization, crowding, and buffers collectively modulate diffusion-influenced signal transduction: Insights from continuum diffusion modeling

artículo científico publicado en 2015

Enzyme-inhibitor association thermodynamics: explicit and continuum solvent studies

artículo científico publicado en 1997

Erratum: "Predicting the influence of long-range molecular interactions on macroscopic-scale diffusion by homogenization of the Smoluchowski equation" [J. Chem. Phys. 140, 174106 (2014)].

artículo científico publicado en 2015

Estimating kinetic rates from accelerated molecular dynamics simulations: alanine dipeptide in explicit solvent as a case study

artículo científico publicado en 2007

Evaluation and binding-mode prediction of thiopyrone-based inhibitors of anthrax lethal factor

artículo científico publicado en 2006

Evaluation of Hydration Free Energy by Level-Set Variational Implicit-Solvent Model with Coulomb-Field Approximation

artículo científico publicado en 2013

Exploring assembly energetics of the 30S ribosomal subunit using an implicit solvent approach

artículo científico publicado en 2005

Exploring global motions and correlations in the ribosome

artículo científico publicado en 2005

Exploring the Photophysical Properties of Molecular Systems Using Excited State Accelerated ab Initio Molecular Dynamics

artículo científico publicado en 2012

Exploring the influence of the protein environment on metal-binding pharmacophores

artículo científico publicado en 2014

Extracting hydration sites around proteins from explicit water simulations

artículo científico publicado en 2002

Farnesyl diphosphate synthase inhibitors from in silico screening

artículo científico publicado en 2013

Fast peptidyl cis-trans isomerization within the flexible Gly-rich flaps of HIV-1 protease

artículo científico publicado en 2005

Feature-preserving adaptive mesh generation for molecular shape modeling and simulation

artículo científico publicado en 2008

Finite concentration effects on diffusion-controlled reactions

artículo científico publicado en 2004

Finite element analysis of drug electrostatic diffusion: inhibition rate studies in N1 neuraminidase.

artículo científico publicado en 2009

Finite element analysis of the time-dependent Smoluchowski equation for acetylcholinesterase reaction rate calculations

artículo científico publicado en 2007

Finite element simulations of acetylcholine diffusion in neuromuscular junctions

artículo científico publicado en 2003

Finite element solution of the steady-state Smoluchowski equation for rate constant calculations

artículo científico publicado en 2004

Finite-element estimation of protein–ligand association rates with post-encounter effects: applications to calcium binding in troponin C and SERCA ⬇️

artículo científico publicado el 31 de octubre de 2012

Fluctuation of the solvent-accessible surface area of tuna ferrocytochrome c.

artículo científico publicado en 1990

Fluoroketone inhibition of Ca(2+)-independent phospholipase A2 through binding pocket association defined by hydrogen/deuterium exchange and molecular dynamics

artículo científico publicado en 2013

Free energy for the permeation of Na(+) and Cl(-) ions and their ion-pair through a zwitterionic dimyristoyl phosphatidylcholine lipid bilayer by umbrella integration with harmonic fourier beads

artículo científico publicado en 2009

Free energy landscape of G-protein coupled receptors, explored by accelerated molecular dynamics

artículo científico publicado en 2014

Free energy profile of H-ras membrane anchor upon membrane insertion

artículo científico publicado en 2007

From Zn to Mn: the study of novel manganese-binding groups in the search for new drugs against tuberculosis ⬇️

artículo científico publicado en 2011

From model complexes to metalloprotein inhibition: a synergistic approach to structure-based drug discovery

artículo científico publicado en 2003

From sensors to silencers: quinoline- and benzimidazole-sulfonamides as inhibitors for zinc proteases

artículo científico publicado en 2010

Functional and structural insights revealed by molecular dynamics simulations of an essential RNA editing ligase in Trypanosoma brucei

artículo científico publicado en 2007

Functional dynamics of the folded ankyrin repeats of I kappa B alpha revealed by nuclear magnetic resonance

artículo científico publicado en 2009

G-protein coupled receptors: advances in simulation and drug discovery

artículo científico publicado en 2016

Gated Diffusion-controlled Reactions ⬇️

artículo científico publicado el 2 de marzo de 2011

Gated binding of ligands to HIV-1 protease: Brownian dynamics simulations in a coarse-grained model

artículo científico publicado en 2006

Gated binding of ligands to proteins ⬇️

artículo científico publicado el 24 de septiembre de 1981

Gaussian Accelerated Molecular Dynamics in NAMD.

artículo científico publicado en 2016

Gaussian Accelerated Molecular Dynamics: Theory, Implementation, and Applications.

artículo científico publicado en 2017

Gaussian Accelerated Molecular Dynamics: Unconstrained Enhanced Sampling and Free Energy Calculation

artículo científico publicado en 2015

Gaussian-Accelerated Molecular Dynamics with the Weighted Ensemble Method: A Hybrid Method Improves Thermodynamic and Kinetic Sampling

artículo científico publicado en 2021

General trends of dihedral conformational transitions in a globular protein

artículo científico publicado en 2016

Generalized Born model with a simple, robust molecular volume correction

artículo científico publicado en 2007

Generalized gradient-augmented harmonic Fourier beads method with multiple atomic and/or center-of-mass positional restraints

artículo científico publicado en 2007

Graded activation and free energy landscapes of a muscarinic G-protein-coupled receptor

artículo científico publicado en 2016

H-ras protein in a bilayer: interaction and structure perturbation

artículo científico publicado en 2007

HBonanza: a computer algorithm for molecular-dynamics-trajectory hydrogen-bond analysis

artículo científico publicado en 2011

HIV-1 protease molecular dynamics of a wild-type and of the V82F/I84V mutant: possible contributions to drug resistance and a potential new target site for drugs

artículo científico publicado en 2004

HIV-1 protease substrate binding and product release pathways explored with coarse-grained molecular dynamics

artículo científico publicado en 2007

Heterogeneous Hydration of p53/MDM2 Complex

artículo científico publicado en 2014

Heterogeneous Solvation in Distinctive Protein-Protein Interfaces Revealed by Molecular Dynamics Simulations

artículo científico publicado en 2018

Holistic approach can get to all of the root causes.

artículo científico publicado en 2000

Hot-spot residues at the E9/Im9 interface help binding via different mechanisms

artículo científico publicado en 2008

How Can Hydrophobic Association Be Enthalpy Driven?

artículo científico publicado en 2010

How does activation loop phosphorylation modulate catalytic activity in the cAMP-dependent protein kinase: a theoretical study

artículo científico publicado en 2006

How does the cAMP-dependent protein kinase catalyze the phosphorylation reaction: an ab initio QM/MM study

artículo científico publicado en 2005

How electrolyte shielding influences the electrical potential in transmembrane ion channels

artículo científico publicado en 1989

How to deal with multiple binding poses in alchemical relative protein-ligand binding free energy calculations

artículo científico publicado en 2015

Hybrid finite element and Brownian dynamics method for charged particles

artículo científico publicado en 2016

Hybrid finite element and Brownian dynamics method for diffusion-controlled reactions

artículo científico publicado en 2012

Identification and validation of modulators of exchange protein activated by cAMP (Epac) activity: structure-function implications for Epac activation and inhibition

scientific article published on 04 February 2014

Identification of potential small molecule binding pockets on Rho family GTPases

artículo científico publicado en 2012

Identification of protein-ligand binding sites by the level-set variational implicit-solvent approach

artículo científico publicado en 2015

Impact of calcium on N1 influenza neuraminidase dynamics and binding free energy ⬇️

artículo científico publicado en 2010

Implementation of accelerated molecular dynamics in NAMD ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2011

Improved Boundary Element Methods for Poisson-Boltzmann Electrostatic Potential and Force Calculations

artículo científico publicado en 2007

Improved Reweighting of Accelerated Molecular Dynamics Simulations for Free Energy Calculation

artículo científico publicado en 2014

Improved cryoEM-Guided Iterative Molecular Dynamics--Rosetta Protein Structure Refinement Protocol for High Precision Protein Structure Prediction.

artículo científico publicado en 2015

Improvements to the APBS biomolecular solvation software suite

artículo científico publicado en 2017

In silico screening for Plasmodium falciparum enoyl-ACP reductase inhibitors

artículo científico publicado en 2014

In-situ synthesis of a tacrine-triazole-based inhibitor of acetylcholinesterase: configurational selection imposed by steric interactions.

artículo científico publicado en 2006

Inactivating mutation in histone deacetylase 3 stabilizes its active conformation

artículo científico publicado en 2013

Including receptor flexibility and induced fit effects into the design of MMP-2 inhibitors

artículo científico publicado en 2010

Increased membrane affinity of the C1 domain of protein kinase Cdelta compensates for the lack of involvement of its C2 domain in membrane recruitment

artículo científico publicado en 2005

Independent-Trajectories Thermodynamic-Integration Free-Energy Changes for Biomolecular Systems: Determinants of H5N1 Avian Influenza Virus Neuraminidase Inhibition by Peramivir

artículo científico publicado en 2009

Independent-Trajectory Thermodynamic Integration: a practical guide to protein-drug binding free energy calculations using distributed computing

artículo científico publicado en 2012

Induced fit in mouse acetylcholinesterase upon binding a femtomolar inhibitor: a molecular dynamics study.

artículo científico publicado en 2005

Induced fit or conformational selection? The role of the semi-closed state in the maltose binding protein

artículo científico publicado en 2011

Influence of neighboring reactive particles on diffusion-limited reactions

scientific article published on July 2013

Inhibition of cathepsin B by Au(I) complexes: a kinetic and computational study

artículo científico publicado en 2008

Insertion of the Ca²⁺-independent phospholipase A₂ into a phospholipid bilayer via coarse-grained and atomistic molecular dynamics simulations

artículo científico publicado en 2013

Insight into the role of hydration on protein dynamics.

artículo científico publicado en 2006

Interfaces and hydrophobic interactions in receptor-ligand systems: A level-set variational implicit solvent approach

artículo científico publicado en 2009

Interfacial plasticity facilitates high reaction rate of E. coli FAS malonyl-CoA:ACP transacylase, FabD

scientific article published on 14 September 2020

Intrinsic Free Energy of the Conformational Transition of the KcsA Signature Peptide from Conducting to Nonconducting State

artículo científico publicado en 2008

Intrinsic conformational flexibility of acetylcholinesterase

artículo científico publicado en 2008

Investigation of the conformational dynamics of the apo A2A adenosine receptor

artículo científico publicado en 2015

Iterative Molecular Dynamics-Rosetta Protein Structure Refinement Protocol to Improve Model Quality.

artículo científico publicado en 2013

Kinase conformations: a computational study of the effect of ligand binding

artículo científico publicado en 1997

Kinetics of diffusion-controlled enzymatic reactions with charged substrates

artículo científico publicado en 2010

LS-VISM: A software package for analysis of biomolecular solvation

artículo científico

Large conformational changes in proteins: signaling and other functions

artículo científico publicado en 2010

Large-scale conformational changes of Trypanosoma cruzi proline racemase predicted by accelerated molecular dynamics simulation

artículo científico publicado en 2011

Level-Set Variational Implicit-Solvent Modeling of Biomolecules with the Coulomb-Field Approximation

artículo científico publicado en 2011

LigMerge: a fast algorithm to generate models of novel potential ligands from sets of known binders

artículo científico publicado en 2012

Ligand Binding Pathways and Conformational Transitions of the HIV Protease

artículo científico publicado en 2018

Ligand-induced conformational change in the alpha7 nicotinic receptor ligand binding domain

artículo científico publicado en 2005

Limitations of atom-centered dielectric functions in implicit solvent models

article

Location of inhibitors bound to group IVA phospholipase A2 determined by molecular dynamics and deuterium exchange mass spectrometry

scientific article published on June 2009

Long-timescale molecular dynamics simulations elucidate the dynamics and kinetics of exposure of the hydrophobic patch in troponin C

artículo científico publicado en 2012

MM-PBSA Captures Key Role of Intercalating Water Molecules at a Protein-Protein Interface

artículo científico publicado en 2009

Manipulating Protein-Protein Interactions in Nonribosomal Peptide Synthetase Type II Peptidyl Carrier Proteins

artículo científico publicado en 2017

Mapping all-atom models onto one-bead Coarse Grained Models: general properties and applications to a minimal polypeptide model

artículo científico publicado en 2006

Mapping of allosteric druggable sites in activation-associated conformers of the M2 muscarinic receptor

artículo científico publicado en 2013

Mapping the druggable allosteric space of G-protein coupled receptors: a fragment-based molecular dynamics approach

artículo científico publicado en 2010

Mapping the nucleotide and isoform-dependent structural and dynamical features of Ras proteins

artículo científico publicado en 2008

Measuring the successes and deficiencies of constant pH molecular dynamics: a blind prediction study

artículo científico publicado en 2011

Mechanism of glycan receptor recognition and specificity switch for avian, swine, and human adapted influenza virus hemagglutinins: a molecular dynamics perspective

artículo científico publicado en 2009

Mechanism of the G-protein mimetic nanobody binding to a muscarinic G-protein-coupled receptor

artículo científico publicado en 2018

Mechanistic insight into the role of transition-state stabilization in cyclophilin A.

artículo científico publicado en 2009

Membranes serve as allosteric activators of phospholipase A2, enabling it to extract, bind, and hydrolyze phospholipid substrates

artículo científico publicado en 2015

Modeling HIV-1 integrase complexes based on their hydrodynamic properties

artículo científico publicado en 2003

Modeling effects of L-type ca(2+) current and na(+)-ca(2+) exchanger on ca(2+) trigger flux in rabbit myocytes with realistic T-tubule geometries

artículo científico publicado en 2012

Modelling cardiac calcium sparks in a three-dimensional reconstruction of a calcium release unit

artículo científico publicado en 2012

Modifying the Thioester Linkage Affects the Structure of the Acyl Carrier Protein

artículo científico publicado en 2019

Molecular Mimicry and Ligand Recognition in Binding and Catalysis by the Histone Demethylase LSD1-CoREST Complex

artículo científico publicado en 2011

Molecular Properties of Amphotericin B Membrane Channel: A Molecular Dynamics Simulation ⬇️

artículo científico publicado el 1 de octubre de 1997

Molecular and subcellular-scale modeling of nucleotide diffusion in the cardiac myofilament lattice

artículo científico publicado en 2013

Molecular basis of calcium-sensitizing and desensitizing mutations of the human cardiac troponin C regulatory domain: a multi-scale simulation study

artículo científico publicado en 2012

Molecular docking of balanol to dynamics snapshots of protein kinase A.

artículo científico publicado en 2005

Molecular dynamic study of MlaC protein in Gram-negative bacteria: conformational flexibility, solvent effect and protein-phospholipid binding

artículo científico publicado en 2016

Molecular dynamics computations and solid state nuclear magnetic resonance of the gramicidin cation channel ⬇️

artículo científico publicado el 1 de octubre de 1991

Molecular dynamics of a kappaB DNA element: base flipping via cross-strand intercalative stacking in a microsecond-scale simulation

artículo científico publicado en 2008

Molecular dynamics of acetylcholinesterase

artículo científico publicado en 2002

Molecular dynamics of ferrocytochrome c ⬇️

artículo científico publicado el 17 de julio de 1980

Molecular dynamics of ferrocytochrome c: Anharmonicity of atomic displacements ⬇️

artículo científico publicado el 1 de octubre de 1982

Molecular dynamics simulation study of conformational changes of transcription factor TFIIS during RNA polymerase II transcriptional arrest and reactivation

artículo científico publicado en 2014

Molecular dynamics simulations and drug discovery ⬇️

artículo científico publicado el 28 de octubre de 2011

Molecular dynamics simulations of biomolecules

artículo científico publicado en 2002

Molecular dynamics simulations of metalloproteinases types 2 and 3 reveal differences in the dynamic behavior of the S1' binding pocket

artículo científico publicado en 2007

Molecular dynamics studies on the HIV-1 integrase catalytic domain

artículo científico publicado en 1999

Molecular dynamics: survey of methods for simulating the activity of proteins

artículo científico publicado en 2006

Molecular recognition and ligand association

artículo científico publicado en 2013

Molecular recognition in the case of flexible targets

artículo científico publicado en 2011

Molecular surface-free continuum model for electrodiffusion processes

artículo científico publicado en 2008

Molecular-dynamics simulations of ELIC-a prokaryotic homologue of the nicotinic acetylcholine receptor

scientific article published on June 2009

Multi-core CPU or GPU-accelerated Multiscale Modeling for Biomolecular Complexes

artículo científico publicado en 2013

Multi-timescale conformational dynamics of the SH3 domain of CD2-associated protein using NMR spectroscopy and accelerated molecular dynamics

artículo científico publicado en 2012

Multiple Bone Lesions in an 8-Month-Old Child Presenting with Pathologic Fracture: A Rare Case of Solely Osseous Multicentric Infantile Myofibromatosis

artículo científico publicado en 2016

Multiple pathways guide oxygen diffusion into flavoenzyme active sites

artículo científico publicado en 2009

Multiscale modeling in rodent ventricular myocytes

artículo científico publicado en 2009

Multivariate analysis of conserved sequence-structure relationships in kinesins: coupling of the active site and a tubulin-binding sub-domain

artículo científico publicado en 2007

NMR structure-based optimization of Staphylococcus aureus sortase A pyridazinone inhibitors

artículo científico publicado en 2017

NNScore 2.0: a neural-network receptor-ligand scoring function

artículo científico publicado en 2011

NNScore: a neural-network-based scoring function for the characterization of protein-ligand complexes

artículo científico publicado en 2010

Nanosecond dynamics of the mouse acetylcholinesterase cys69-cys96 omega loop

artículo científico publicado en 2003

Nanosecond-timescale conformational dynamics of the human alpha7 nicotinic acetylcholine receptor

artículo científico publicado en 2007

Native-state conformational dynamics of GART: a regulatory pH-dependent coil-helix transition examined by electrostatic calculations

artículo científico publicado en 2001

Novel allosteric sites on Ras for lead generation

artículo científico publicado en 2011

Novel cruzain inhibitors for the treatment of Chagas' disease

artículo científico publicado en 2012

Novel inhibitors of Mycobacterium tuberculosis dTDP-6-deoxy-L-lyxo-4-hexulose reductase (RmlD) identified by virtual screening ⬇️

artículo científico publicado el 29 de septiembre de 2011

Nucleotide-dependent mechanism of Get3 as elucidated from free energy calculations

artículo científico publicado en 2012

Numerical analysis of Ca2+ signaling in rat ventricular myocytes with realistic transverse-axial tubular geometry and inhibited sarcoplasmic reticulum

artículo científico publicado en 2010

On the Use of Accelerated Molecular Dynamics to Enhance Configurational Sampling in Ab Initio Simulations

artículo científico publicado en 2011

On the application of accelerated molecular dynamics to liquid water simulations

artículo científico publicado en 2006

On the evaluation and optimization of protein X-ray structures for pKa calculations

artículo científico publicado en 2003

On the use of molecular dynamics receptor conformations for virtual screening

artículo científico publicado en 2012

Optimization and computational evaluation of a series of potential active site inhibitors of the V82F/I84V drug-resistant mutant of HIV-1 protease: an application of the relaxed complex method of structure-based drug design

artículo científico publicado en 2006

Optimized Radii for Poisson-Boltzmann Calculations with the AMBER Force Field

artículo científico publicado en 2005

Optimizing the Poisson Dielectric Boundary with Explicit Solvent Forces and Energies:  Lessons Learned with Atom-Centered Dielectric Functions.

artículo científico publicado en 2007

Order N algorithm for computation of electrostatic interactions in biomolecular systems

artículo científico publicado en 2006

Orientational steering in enzyme-substrate association: ionic strength dependence of hydrodynamic torque effects

artículo científico publicado en 1996

PDB2PQR: an automated pipeline for the setup of Poisson-Boltzmann electrostatics calculations

artículo científico publicado en 2004

PKA phosphorylation of cardiac troponin I modulates activation and relaxation kinetics of ventricular myofibrils

artículo científico publicado en 2014

POVME: an algorithm for measuring binding-pocket volumes

artículo científico publicado en 2010

Peptide insertion, positioning, and stabilization in a membrane: insight from an all-atom molecular dynamics simulation

artículo científico publicado en 2007

Phase-field approach to implicit solvation of biomolecules with Coulomb-field approximation

artículo científico publicado en 2013

Phosphorylation effects on cis/trans isomerization and the backbone conformation of serine-proline motifs: accelerated molecular dynamics analysis

artículo científico publicado en 2005

Picosecond dynamics of tyrosine side chains in proteins ⬇️

artículo científico publicado el 20 de marzo de 1979

Poisson-Boltzmann versus Size-Modified Poisson-Boltzmann Electrostatics Applied to Lipid Bilayers.

artículo científico publicado en 2014

Poisson-Nernst-Planck Equations for Simulating Biomolecular Diffusion-Reaction Processes I: Finite Element Solutions

artículo científico publicado en 2010

Population based reweighting of scaled molecular dynamics

artículo científico publicado en 2013

Porous protein frameworks with unsaturated metal centers in sterically encumbered coordination sites

artículo científico publicado en 2011

Potent, selective pyrone-based inhibitors of stromelysin-1.

artículo científico publicado en 2005

Potential drug-like inhibitors of Group 1 influenza neuraminidase identified through computer-aided drug design

artículo científico publicado en 2010

Potentials of mean force for acetylcholine unbinding from the alpha7 nicotinic acetylcholine receptor ligand-binding domain

artículo científico publicado en 2006

Predicting the influence of long-range molecular interactions on macroscopic-scale diffusion by homogenization of the Smoluchowski equation

artículo científico publicado en 2014

Predictive power of molecular dynamics receptor structures in virtual screening

artículo científico publicado en 2011

Properties of water molecules in the active site gorge of acetylcholinesterase from computer simulation

artículo científico publicado en 2002

Protecting High Energy Barriers: A New Equation to Regulate Boost Energy in Accelerated Molecular Dynamics Simulations

artículo científico publicado en 2011

Protein complex formation by acetylcholinesterase and the neurotoxin fasciculin-2 appears to involve an induced-fit mechanism

artículo científico publicado en 2006

Protein flexibility and computer-aided drug design

artículo científico publicado en 2002

Protocols utilizing constant pH molecular dynamics to compute pH-dependent binding free energies

artículo científico publicado en 2014

Proton transfer dynamics of GART: the pH-dependent catalytic mechanism examined by electrostatic calculations

artículo científico publicado en 2001

Quantum-dynamical picture of a multistep enzymatic process: reaction catalyzed by phospholipase A(2).

artículo científico publicado en 2000

Rapid Estimation of Solvation Energy for Simulations of Protein-Protein Association

artículo científico publicado en 2005

Ras conformational switching: simulating nucleotide-dependent conformational transitions with accelerated molecular dynamics

artículo científico publicado en 2009

Relating kinetic rates and local energetic roughness by accelerated molecular-dynamics simulations.

artículo científico publicado en 2005

Relative contributions of desolvation, inter- and intramolecular interactions to binding affinity in protein kinase systems

artículo científico publicado en 2005

Release of ADP from the catalytic subunit of protein kinase A: a molecular dynamics simulation study

artículo científico publicado en 2005

Remarkable loop flexibility in avian influenza N1 and its implications for antiviral drug design.

artículo científico publicado en 2007

Replica-Exchange Accelerated Molecular Dynamics (REXAMD) Applied to Thermodynamic Integration

artículo científico publicado en 2008

Repulsive interactions between polar and apolar atoms in globular proteins ⬇️

artículo científico publicado el 5 de septiembre de 1981

Restrained molecular dynamics simulations of HIV-1 protease: the first step in validating a new target for drug design

artículo científico publicado en 2006

Revisiting free energy calculations: a theoretical connection to MM/PBSA and direct calculation of the association free energy

artículo científico publicado en 2004

Ribosome motions modulate electrostatic properties

artículo científico publicado en 2004

Role of secondary sialic acid binding sites in influenza N1 neuraminidase

artículo científico publicado en 2010

Role of the catalytic triad and oxyanion hole in acetylcholinesterase catalysis: an ab initio QM/MM study

artículo científico publicado en 2002

Routine Access to Millisecond Time Scale Events with Accelerated Molecular Dynamics

artículo científico publicado en 2012

SR protein kinase 1 is resilient to inactivation

artículo científico publicado en 2007

Sampling of slow diffusive conformational transitions with accelerated molecular dynamics

artículo científico publicado en 2007

Secondary structure prediction of the H5 pore of potassium channels

artículo científico publicado en 1995

Semiempirical models for biomembrane phase transitions and phase separations ⬇️

artículo científico publicado el 12 de noviembre de 1975

Shedding light on the dark and weakly fluorescent states of green fluorescent proteins

artículo científico publicado en 1999

Shifting the Hydrolysis Equilibrium of Substrate Loaded Acyl Carrier Proteins

artículo científico publicado en 2019

Similar membrane affinity of mono- and Di-S-acylated ras membrane anchors: a new twist in the role of protein lipidation

artículo científico publicado en 2008

Simulation of biomolecular diffusion and complex formation

artículo científico publicado en 1986

Simulation of charge-mutant acetylcholinesterases

artículo científico publicado en 1995

Simulations of biased agonists in the β(2) adrenergic receptor with accelerated molecular dynamics

artículo científico publicado en 2013

Simulations of the p97 complex suggest novel conformational states of hydrolysis intermediates

artículo científico publicado en 2012

Single-channel current through nicotinic receptor produced by closure of binding site C-loop

artículo científico publicado en 2009

Solutions to a reduced Poisson-Nernst-Planck system and determination of reaction rates.

artículo científico publicado en 2010

Solvation Effect on the Conformations of Alanine Dipeptide: Integral Equation Approach

artículo científico publicado en 2010

Solvation studies of DMP323 and A76928 bound to HIV protease: Analysis of water sites using grand canonical Monte Carlo simulations ⬇️

artículo científico publicado el 1 de marzo de 1998

Solvent fluctuations in hydrophobic cavity-ligand binding kinetics

artículo científico publicado en 2013

Solvent reaction field potential inside an uncharged globular protein: a bridge between implicit and explicit solvent models?

artículo científico publicado en 2007

Special Issue on Free Energy

artículo científico publicado en 2014

Spectroscopic and Computational Investigations of Ligand Binding to IspH: Discovery of Non-diphosphate Inhibitors

artículo científico publicado en 2017

Spectroscopic and computational study of melittin, cecropin A, and the hybrid peptide CM15.

artículo científico publicado en 2012

Springs and speeds in free energy reconstruction from irreversible single-molecule pulling experiments

artículo científico publicado en 2007

Standard free energy of releasing a localized water molecule from the binding pockets of proteins: double-decoupling method.

artículo científico publicado en 2004

Statistical mechanics and molecular dynamics in evaluating thermodynamic properties of biomolecular recognition

artículo científico publicado en 2011

Stochastic level-set variational implicit-solvent approach to solute-solvent interfacial fluctuations

artículo científico publicado en 2016

Structural and computational studies of the Staphylococcus aureus sortase B-substrate complex reveal a substrate-stabilized oxyanion hole

artículo científico publicado en 2014

Structural and dynamic properties of water around acetylcholinesterase

artículo científico publicado en 2002

Structural insight into the separate roles of inositol tetraphosphate and deacetylase-activating domain in activation of histone deacetylase 3

artículo científico publicado en 2012

Structure and dynamics of the full-length lipid-modified H-Ras protein in a 1,2-dimyristoylglycero-3-phosphocholine bilayer

artículo científico publicado en 2007

Structure, mechanism, and dynamics of UDP-galactopyranose mutase

scientific article published on 03 October 2013

Studying enzyme binding specificity in acetylcholinesterase using a combined molecular dynamics and multiple docking approach

artículo científico publicado en 2002

Studying functional dynamics in bio-molecules using accelerated molecular dynamics

artículo científico publicado en 2011

Studying the roles of W86, E202, and Y337 in binding of acetylcholine to acetylcholinesterase using a combined molecular dynamics and multiple docking approach

artículo científico publicado en 2003

Substrate channeling between the human dihydrofolate reductase and thymidylate synthase

artículo científico publicado en 2015

Substrate induced population shifts and stochastic gating in the PBCV-1 mRNA capping enzyme

artículo científico publicado en 2009

Substrate-dependent dynamics of UDP-galactopyranose mutase: Implications for drug design

artículo científico publicado en 2013

Tailoring the Variational Implicit Solvent Method for New Challenges: Biomolecular Recognition and Assembly

artículo científico publicado en 2018

Target flexibility in molecular recognition

artículo científico publicado en 2005

Targeted molecular dynamics study of C-loop closure and channel gating in nicotinic receptors

artículo científico publicado en 2006

Taxodione and arenarone inhibit farnesyl diphosphate synthase by binding to the isopentenyl diphosphate site

artículo científico publicado en 2014

Tetrameric mouse acetylcholinesterase: continuum diffusion rate calculations by solving the steady-state Smoluchowski equation using finite element methods

artículo científico publicado en 2004

Thalassiolins A-C: new marine-derived inhibitors of HIV cDNA integrase

artículo científico publicado en 2002

The association of tetrameric acetylcholinesterase with ColQ tail: a block normal mode analysis

artículo científico publicado en 2005

The binding mechanism, multiple binding modes, and allosteric regulation of Staphylococcus aureus Sortase A probed by molecular dynamics simulations

artículo científico publicado en 2012

The distinct conformational dynamics of K-Ras and H-Ras A59G

artículo científico publicado en 2010

The dynamic structure of thrombin in solution

artículo científico publicado en 2012

The dynamics of ligand barrier crossing inside the acetylcholinesterase gorge

artículo científico publicado en 2003

The entropic cost of protein-protein association: a case study on acetylcholinesterase binding to fasciculin-2

artículo científico publicado en 2005

The folding energy landscape and phosphorylation: modeling the conformational switch of the NFAT regulatory domain

artículo científico publicado en 2005

The gates of ion channels and enzymes

artículo científico publicado en 2009

The influence of macromolecular crowding on HIV-1 protease internal dynamics

artículo científico publicado en 2006

The marine cyanobacterial metabolite gallinamide A is a potent and selective inhibitor of human cathepsin L.

artículo científico publicado en 2013

The oxygen-binding vs. oxygen-consuming paradigm in biocatalysis: structural biology and biomolecular simulation

artículo científico publicado en 2009

The pH dependence of stability of the activation helix and the catalytic site of GART.

artículo científico publicado en 2003

The physical basis of microtubule structure and stability ⬇️

artículo científico publicado el 1 de octubre de 2003

The relaxed complex method: Accommodating receptor flexibility for drug design with an improved scoring scheme

artículo científico publicado en 2003

The role of conserved water molecules in the catalytic domain of protein kinases

artículo científico publicado en 2009

The role of hydrogen bonding in the enzymatic reaction catalyzed by HIV-1 protease

artículo científico publicado en 2004

The structure of Sky1p reveals a novel mechanism for constitutive activity

artículo científico publicado en 2001

Theory and simulation: pushing the limits

Theory of biomolecular recognition ⬇️

artículo científico publicado el 1 de abril de 1998

Thermodynamic integration to predict host-guest binding affinities

artículo científico publicado en 2012

Thermodynamics of peptide insertion and aggregation in a lipid bilayer

artículo científico publicado en 2008

Thioamide hydroxypyrothiones supersede amide hydroxypyrothiones in potency against anthrax lethal factor

artículo científico publicado en 2009

Three-dimensional geometric modeling of membrane-bound organelles in ventricular myocytes: bridging the gap between microscopic imaging and mathematical simulation

artículo científico publicado en 2008

Time-correlation analysis of simulated water motion in flexible and rigid gramicidin channels ⬇️

artículo científico publicado el 1 de julio de 1991

Toward a unified representation of protein structural dynamics in solution.

artículo científico publicado en 2009

Toward understanding the conformational dynamics of RNA ligation

artículo científico publicado en 2009

Towards an in vivo biologically inspired nanofactory

artículo científico publicado en 2007

Towards the development of novel Trypanosoma brucei RNA editing ligase 1 inhibitors ⬇️

artículo científico publicado el 30 de agosto de 2011

Trapping the dynamic acyl carrier protein in fatty acid biosynthesis

artículo científico publicado en 2014

Troponin I Mutations R146G and R21C Alter Cardiac Troponin Function, Contractile Properties, and Modulation by Protein Kinase A (PKA)-mediated Phosphorylation

artículo científico publicado en 2015

Trypsinogen activation as observed in accelerated molecular dynamics simulations

artículo científico publicado en 2014

Unconstrained Enhanced Sampling for Free Energy Calculations of Biomolecules: A Review

artículo científico publicado en 2016

Undecaprenyl diphosphate synthase inhibitors: antibacterial drug leads

artículo científico publicado en 2014

Understanding the Origins of Bacterial Resistance to Aminoglycosides through Molecular Dynamics Mutational Study of the Ribosomal A-Site ⬇️

artículo científico publicado el 21 de julio de 2011

Unfolding proteins under external forces: a solvable model under the self-consistent pair contact probability approximation

artículo científico publicado en 2002

Unraveling the three-metal-ion catalytic mechanism of the DNA repair enzyme endonuclease IV

artículo científico publicado en 2007

Use of Broken-Symmetry Density Functional Theory To Characterize the IspH Oxidized State: Implications for IspH Mechanism and Inhibition

artículo científico publicado en 2014

Using Selectively Applied Accelerated Molecular Dynamics to Enhance Free Energy Calculations

artículo científico publicado en 2010

Using multistate free energy techniques to improve the efficiency of replica exchange accelerated molecular dynamics

artículo científico publicado en 2009

Utilizing a dynamical description of IspH to aid in the development of novel antimicrobial drugs

artículo científico publicado en 2013

Variational Implicit Solvation with Poisson-Boltzmann Theory

scientific article published on 21 February 2014

Variational Implicit-Solvent Modeling of Host-Guest Binding: A Case Study on Cucurbit[7]uril|

artículo científico publicado en 2013

Water in cavity-ligand recognition

artículo científico publicado en 2010

Water-membrane partition thermodynamics of an amphiphilic lipopeptide: an enthalpy-driven hydrophobic effect

artículo científico publicado en 2008

iAPBS: a programming interface to Adaptive Poisson-Boltzmann Solver (APBS).

artículo científico publicado en 2012

pH dependence of antibody/lysozyme complexation

scientific article published in 1997

w-REXAMD: A Hamiltonian Replica Exchange Approach to Improve Free Energy Calculations for Systems with Kinetically Trapped Conformations

artículo científico publicado en 2012

‘Unconventional’ Coordination Chemistry by Metal Chelating Fragments in a Metalloprotein Active Site

artículo científico publicado en 2014

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