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Lista de obras de Davide Marenduzzo

A Coarse Grained Model for DNA and Polymer Packaging: Statics and Dynamics

A growing bacterial colony in two dimensions as an active nematic

artículo científico publicado en 2018

A minimal physical model captures the shapes of crawling cells ⬇️

artículo científico publicado en 2015

A new interpolation formula for semiflexible polymers

artículo científico publicado en 2005

A one-dimensional statistical mechanics model for nucleosome positioning on genomic DNA ⬇️

artículo científico publicado en 2016

A self-quenched defect glass in a colloid-nematic liquid crystal composite

artículo científico publicado en 2011

A simple model for DNA bridging proteins and bacterial or human genomes: bridging-induced attraction and genome compaction

artículo científico publicado en 2015

A single nucleotide resolution model for large-scale simulations of double stranded DNA.

artículo científico publicado en 2016

Active Growth and Pattern Formation in Membrane-Protein Systems

artículo científico publicado en 2018

Active Model H: Scalar Active Matter in a Momentum-Conserving Fluid ⬇️

artículo científico publicado en 2015

Active polar fluid flow in finite droplets

artículo científico publicado en 2014

Activity-induced clustering in model dumbbell swimmers: the role of hydrodynamic interactions ⬇️

artículo científico publicado en 2014

Activity-induced phase separation and self-assembly in mixtures of active and passive particles ⬇️

scientific article published on 06 January 2015

Anchoring-driven spontaneous rotations in active gel droplets

artículo científico publicado en 2017

Biopolymer organization upon confinement.

scientific article published on 28 June 2010

Bistable defect structures in blue phase devices.

artículo científico publicado en 2011

Bulk rheology and microrheology of active fluids

artículo científico publicado en 2012

Chemotactic clusters in confined run-and-tumble bacteria: a numerical investigation.

artículo científico publicado en 2014

Chemotactic sensing towards ambient and secreted attractant drives collective behaviour of E. coli.

artículo científico publicado en 2013

Clustering and Pattern Formation in Chemorepulsive Active Colloids. ⬇️

artículo científico publicado en 2015

Colloidal Spherocylinders at an Interface: Flipper Dynamics and Bilayer Formation

artículo científico publicado en 2017

Colloidal templating at a cholesteric-oil interface: assembly guided by an array of disclination lines

artículo científico publicado en 2013

Colloids in a bacterial bath: simulations and experiments

artículo científico publicado en 2011

Colloids in active fluids: anomalous microrheology and negative drag.

artículo científico publicado en 2012

Colloids in cholesterics: size-dependent defects and non-stokesian microrheology

artículo científico publicado en 2010

Complex small-world regulatory networks emerge from the 3D organisation of the human genome

artículo científico publicado en 2021

Confined cubic blue phases under shear.

artículo científico publicado en 2012

Continuum Theory of Phase Separation Kinetics for Active Brownian Particles

scientific article published in Physical Review Letters

Contractile and chiral activities codetermine the helicity of swimming droplet trajectories.

artículo científico publicado en 2017

Correction: Curvature-driven positioning of Turing patterns in phase-separating curved membranes

artículo científico publicado en 2016

Curvature-driven positioning of Turing patterns in phase-separating curved membranes

artículo científico publicado en 2016

Cytoplasmic streaming in plant cells: the role of wall slip.

artículo científico publicado en 2012

DNA-DNA interactions in bacteriophage capsids are responsible for the observed DNA knotting

artículo científico publicado en 2009

Depletion effects and loop formation in self-avoiding polymers

artículo científico publicado en 2006

Different pulling modes in DNA overstretching: A theoretical analysis

article

Dry active turbulence in a model for microtubule-motor mixtures

scientific article published on 12 July 2019

Dynamic Monte Carlo versus Brownian dynamics: A comparison for self-diffusion and crystallization in colloidal fluids

artículo científico publicado en 2010

Dynamic clustering and re-dispersion in concentrated colloid-active gel composites

artículo científico publicado en 2019

Dynamical Scaling and Phase Coexistence in Topologically Constrained DNA Melting.

artículo científico publicado en 2017

Dynamical scaling of the DNA unzipping transition

artículo científico publicado en 2001

Dynamics of an anchored polymer molecule under an oscillating force

artículo científico publicado en 2007

Dynamics of polymer packaging.

artículo científico publicado en 2004

Dynamics of self-threading ring polymers in a gel. ⬇️

artículo científico publicado en 2014

Effect of DNA conformation on facilitated diffusion.

artículo científico

Ejection dynamics of polymeric chains from viral capsids: effect of solvent quality

artículo científico publicado en 2008

Electric field controlled columnar and planar patterning of cholesteric colloids ⬇️

artículo científico publicado en 2015

Enhanced diffusion of tracer particles in dilute bacterial suspensions.

artículo científico publicado en 2014

Entropic elasticity and dynamics of the bacterial chromosome: A simulation study.

artículo científico publicado en 2017

Entropic organization of interphase chromosomes.

artículo científico publicado en 2009

Ephemeral Protein Binding to DNA Shapes Stable Nuclear Bodies and Chromatin Domains. ⬇️

artículo científico publicado en 2017

Epigenetic Transitions and Knotted Solitons in Stretched Chromatin.

artículo científico publicado en 2017

Exploiting native forces to capture chromosome conformation in mammalian cell nuclei

artículo científico publicado en 2016

Extrusion without a motor: a new take on the loop extrusion model of genome organization. ⬇️

artículo científico publicado en 2018

Facilitated diffusion on confined DNA

artículo científico publicado en 2012

Facilitated diffusion on mobile DNA: configurational traps and sequence heterogeneity

artículo científico publicado en 2012

Filling an Emulsion Drop with Motile Bacteria ⬇️

scientific article published on 22 December 2014

Flow of Deformable Droplets: Discontinuous Shear Thinning and Velocity Oscillations

artículo científico publicado en 2017

Genome organization: experiments and modeling

artículo científico publicado en 2017

HMGB2 Loss upon Senescence Entry Disrupts Genomic Organization and Induces CTCF Clustering across Cell Types

artículo científico publicado en 2018

Hydrodynamic instabilities in active cholesteric liquid crystals ⬇️

artículo científico publicado en 2017

Hydrodynamic oscillations and variable swimming speed in squirmers close to repulsive walls

scientific article published on 01 September 2016

Influence of ions on genome packaging and ejection: a molecular dynamics study

article published in 2011

Interfacial self-assembly of a bacterial hydrophobin

artículo científico publicado en 2015

Interplay between shear flow and elastic deformations in liquid crystals.

artículo científico publicado en 2004

Intracellular facilitated diffusion: searchers, crowders, and blockers.

artículo científico publicado en 2013

Is the kinetoplast DNA a percolating network of linked rings at its critical point? ⬇️

artículo científico publicado en 2015

Kinetic theory of pattern formation in mixtures of microtubules and molecular motors

artículo científico publicado en 2018

Knotting of random ring polymers in confined spaces.

artículo científico publicado en 2006

Lateral dynamics of proteins with polybasic domain on anionic membranes: a dynamic Monte-Carlo study.

artículo científico publicado en 2011

Lattice Boltzmann algorithm for three-dimensional liquid-crystal hydrodynamics

artículo científico publicado en 2004

Lattice Boltzmann algorithm to simulate isotropic-nematic emulsions.

artículo científico publicado en 2006

Light-induced self-assembly of active rectification devices ⬇️

artículo científico publicado en 2016

Localisation of DivIVA by targeting to negatively curved membranes

artículo científico publicado en 2009

Mechanical unfolding of directed polymers in a poor solvent: critical exponents

scientific article published on 29 April 2003

Mechanically Driven Growth of Quasi-Two-Dimensional Microbial Colonies

artículo científico publicado en 2013

Microfluidic flow of cholesteric liquid crystals ⬇️

artículo científico publicado en 2016

Mixtures of Blue Phase Liquid Crystal with Simple Liquids: Elastic Emulsions and Cubic Fluid Cylinders

scientific article published on 01 July 2018

Modelling the effect of myosin X motors on filopodia growth.

artículo científico publicado en 2014

Models for twistable elastic polymers in Brownian dynamics, and their implementation for LAMMPS ⬇️

artículo científico publicado en 2014

Monte Carlo and event-driven dynamics of Brownian particles with orientational degrees of freedom.

artículo científico publicado el 1 de septiembre de 2011

Motility of active nematic films driven by "active anchoring"

artículo científico publicado en 2017

Non-equilibrium dynamics of an active colloidal "chucker".

artículo científico publicado en 2010

Non-equilibrium effects of molecular motors on polymers

scientific article published on 01 July 2019

Non-equilibrium phase transition in a model for supercoiling-dependent DNA transcription

artículo científico publicado en 2018

Non-specific (entropic) forces as major determinants of the structure of mammalian chromosomes.

scientific article published on January 2011

Nonequilibrium Chromosome Looping via Molecular Slip Links

artículo científico publicado en 2017

Nonequilibrium phase transition in the sedimentation of reproducing particles

artículo científico publicado en 2008

Nonequilibrium-driven motion in actin networks: comet tails and moving beads.

artículo científico publicado en 2007

Nonlinear dynamics and rheology of active fluids: simulations in two dimensions

scientific article published on 13 April 2011

Nonspecific bridging-induced attraction drives clustering of DNA-binding proteins and genome organization.

artículo científico publicado en 2013

Numerical calculations of the phase diagram of cubic blue phases in cholesteric liquid crystals.

artículo científico publicado en 2005

Pattern Formation in Polymerizing Actin Flocks: Spirals, Spots, and Waves without Nonlinear Chemistry ⬇️

artículo científico publicado en 2016

Pattern Formation in Self-Propelled Particles with Density-Dependent Motility ⬇️

artículo científico publicado el 15 de junio de 2012

Pattern formation in active model C with anchoring: bands, aster networks, and foams

artículo científico publicado en 2020

Pattern formation in chemically interacting active rotors with self-propulsion ⬇️

artículo científico publicado en 2016

Permeative flows in cholesteric liquid crystals.

artículo científico publicado en 2004

Permeative flows in cholesterics: shear and Poiseuille flows.

artículo científico publicado en 2006

Phase behaviour of active Brownian particles: the role of dimensionality

artículo científico publicado en 2014

Phase diagram of force-induced DNA unzipping in exactly solvable models

scientific article published on 14 August 2001

Phase separation and rotor self-assembly in active particle suspensions

artículo científico publicado en 2012

Phoretic Interactions Generically Induce Dynamic Clusters and Wave Patterns in Active Colloids

scientific article published on 28 June 2017

Polymer Packaging and Ejection in Viral Capsids: Shape Matters

artículo científico publicado en 2006

Polymer Simulations of Heteromorphic Chromatin Predict the 3D Folding of Complex Genomic Loci

artículo científico publicado en 2018

Predicting the three-dimensional folding of cis-regulatory regions in mammalian genomes using bioinformatic data and polymer models

artículo científico publicado en 2016

Quantifying disorder through conditional entropy: an application to fluid mixing

artículo científico publicado en 2013

Rheology and microrheology of deformable droplet suspensions

scientific article published on 01 November 2018

Rheology of cholesteric blue phases.

artículo científico publicado en 2005

Rheology of distorted nematic liquid crystals

Ring Polymers: Threadings, Knot Electrophoresis and Topological Glasses

artículo científico publicado en 2017

Role of Correlations in the Collective Behavior of Microswimmer Suspensions

scientific article published in Physical Review Letters

Scalar φ4 field theory for active-particle phase separation

scientific article published in Nature Communications

Self-assembling knots of controlled topology by designing the geometry of patchy templates.

artículo científico publicado en 2015

Self-assembly and nonlinear dynamics of dimeric colloidal rotors in cholesterics

artículo científico publicado en 2011

Self-assembly of colloid-cholesteric composites provides a possible route to switchable optical materials ⬇️

artículo científico publicado en 2014

Shaping epigenetic memory via genomic bookmarking

artículo científico publicado en 2017

Shear dynamics in cholesterics

article

Shear dynamics of an inverted nematic emulsion ⬇️

artículo científico publicado en 2016

Shearing self-propelled suspensions: arrest of coarsening and suppression of giant density fluctuations

scientific article published on 29 September 2011

Simulated binding of transcription factors to active and inactive regions folds human chromosomes into loops, rosettes and topological domains

artículo científico publicado en 2016

Simulating topological domains in human chromosomes with a fitting-free model

artículo científico publicado en 2016

Soft matter science and the COVID-19 pandemic

scientific article published on 10 September 2020

Space exploration by the promoter of a long human gene during one transcription cycle

artículo científico publicado en 2013

Spiral and never-settling patterns in active systems

artículo científico publicado en 2014

Spontaneous flow in polar active fluids: the effect of a phenomenological self propulsion-like term

artículo científico publicado en 2016

Spontaneous motility of passive emulsion droplets in polar active gels

artículo científico publicado en 2014

Spontaneous symmetry breaking in active droplets provides a generic route to motility.

artículo científico publicado en 2012

Stall, spiculate, or run away: The fate of fibers growing towards fluctuating membranes.

artículo científico publicado en 2006

Steady-state hydrodynamic instabilities of active liquid crystals: Hybrid lattice Boltzmann simulations

artículo científico publicado en 2007

Stepwise unfolding of collapsed polymers.

artículo científico publicado en 2004

Stochastic Model of Supercoiling-Dependent Transcription ⬇️

artículo científico publicado en 2016

Stretching of a polymer below the theta point

artículo científico publicado en 2003

Structure of Blue Phase III of Cholesteric Liquid Crystals ⬇️

artículo científico publicado el 7 de marzo de 2011

Switching dynamics in cholesteric liquid crystal emulsions

artículo científico publicado en 2017

Switching hydrodynamics in liquid crystal devices: a simulation perspective

artículo científico publicado en 2014

Switching hydrodynamics in multi-domain, twisted nematic, liquid-crystal devices

The Bacterial Hydrophobin BslA is a Switchable Ellipsoidal Janus Nanocolloid

artículo científico publicado en 2015

The depletion attraction: an underappreciated force driving cellular organization.

artículo científico publicado en 2006

Thermodynamics of DNA packaging inside a viral capsid: the role of DNA intrinsic thickness

artículo científico publicado en 2003

Thermodynamics of blue phases in electric fields.

artículo científico publicado en 2010

Three-dimensional dynamic Monte Carlo simulations of elastic actin-like ratchets.

artículo científico publicado en 2005

Topological constraints strongly affect chromatin reconstitution in silico.

artículo científico publicado en 2014

Topological friction strongly affects viral DNA ejection

artículo científico publicado en 2013

Topological patterns in two-dimensional gel electrophoresis of DNA knots ⬇️

artículo científico publicado en 2015

Transcription-driven genome organization: a model for chromosome structure and the regulation of gene expression tested through simulations

article

Viscoelastic Flows of Cholesteric Liquid Crystals

What are the molecular ties that maintain genomic loops?

artículo científico publicado en 2007

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