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Lista de obras de Leszek Rychlewski

3D-Fun: predicting enzyme function from structure

artículo científico publicado en 2008

3D-Hit: fast structural comparison of proteins on multicore architectures

3D-Hit: fast structural comparison of proteins.

artículo científico publicado en 2002

3D-Jury: a simple approach to improve protein structure predictions

artículo científico publicado en 2003

A common cis-element in promoters of protein synthesis and cell cycle genes

scientific article published on 09 March 2007

A study of quality measures for protein threading models

artículo científico publicado en 2001

A support vector machine approach to the identification of phosphorylation sites

artículo científico publicado en 2005

ARLTS1 Trp149Stop Mutation and the Risk of Ovarian Cancer

scientific article published on 01 May 2007

ATP-activated oligomerization as a mechanism for apoptosis regulation: fold and mechanism prediction for CED-4.

artículo científico publicado en 2000

Alphaherpesvirinae and Gammaherpesvirinae glycoprotein L and CMV UL130 originate from chemokines

artículo científico publicado en 2013

Analysis of structure and function of tenascin-C.

artículo científico publicado en 2006

Anti-HIV-1 activity of 3-deaza-adenosine analogs. Inhibition of S-adenosylhomocysteine hydrolase and nucleotide congeners

artículo científico publicado en 2003

Application of 3D-Jury, GRDB, and Verify3D in fold recognition

artículo científico publicado en 2003

AutoMotif Server for prediction of phosphorylation sites in proteins using support vector machine: 2007 update

artículo científico publicado en 2007

AutoMotif server: prediction of single residue post-translational modifications in proteins

article by Dariusz Plewczynski et al published 15 May 2005 in Bioinformatics

BOF: a novel family of bacterial OB-fold proteins

artículo científico publicado en 2004

BTLCP proteins: a novel family of bacterial transglutaminase-like cysteine proteinases

artículo científico publicado en 2004

Bioinformatic analyses of the tRNA: (guanine 26, N2,N2)-dimethyltransferase (Trm1) family

scientific article published on 01 July 2002

CAFASP-1: Critical assessment of fully automated structure prediction methods

article

CAFASP2: the second critical assessment of fully automated structure prediction methods

artículo científico publicado en 2001

CAFASP3: The third critical assessment of fully automated structure prediction methods

scholarly article by Daniel Fischer published in January 2003

Comparison of proteins based on segments structural similarity.

artículo científico publicado en 2004

Comparison of sequence profiles. Strategies for structural predictions using sequence information

artículo científico publicado en 2000

Comprehensive classification of nucleotidyltransferase fold proteins: identification of novel families and their representatives in human

artículo científico publicado en 2009

Comprehensive insight into human aminoacyl-tRNA synthetases as autoantigens in idiopathic inflammatory myopathies

scientific article published on 01 January 2007

Comprehensive structural and substrate specificity classification of the Saccharomyces cerevisiae methyltransferome

artículo científico publicado en 2011

Cytomegalovirus immediate early gene UL37 encodes a novel MHC-like protein.

artículo científico publicado en 2008

DCC proteins: a novel family of thiol-disulfide oxidoreductases

artículo científico publicado en 2004

Deciphering the genetic determinants for aerobic nicotinic acid degradation: the nic cluster from Pseudomonas putida KT2440

artículo científico publicado en 2008

Detailed mechanism of squalene epoxidase inhibition by terbinafine

artículo científico publicado en 2011

Detecting distant homology with Meta-BASIC.

artículo científico publicado en 2004

Detection of reliable and unexpected protein fold predictions using 3D-Jury

artículo científico publicado en 2003

Distant homologs of anti-apoptotic factor HAX1 encode parvalbumin-like calcium binding proteins

artículo científico publicado en 2010

ELM server: A new resource for investigating short functional sites in modular eukaryotic proteins

artículo científico publicado en 2003

ELM: the status of the 2010 eukaryotic linear motif resource

artículo científico publicado en 2010

Errors in the D. radiodurans large ribosomal subunit structure detected by protein fold-recognition and structure validation tools

artículo científico publicado en 2002

Eukaryotic domain of unknown function DUF738 belongs to Gcn5-related N-acetyltransferase superfamily.

artículo científico publicado en 2006

Evaluation of 3D-Jury on CASP7 models.

artículo científico publicado en 2007

Expanding the set of rhodococcal Baeyer-Villiger monooxygenases by high-throughput cloning, expression and substrate screening

artículo científico publicado en 2012

FAM46 proteins are novel eukaryotic non-canonical poly(A) polymerases

artículo científico publicado en 2016

FFAS03: a server for profile--profile sequence alignments

artículo científico publicado en 2005

Fluorescent Cell Chip a new in vitro approach for immunotoxicity screening

artículo científico publicado en 2005

Fold and function predictions for Mycoplasma genitalium proteins

artículo científico publicado en 1998

Fold prediction by a hierarchy of sequence, threading, and modeling methods

artículo científico publicado en 1998

Fold predictions for bacterial genomes.

artículo científico publicado en 2001

Fold recognition insights into function of herpes ICP4 protein.

artículo científico publicado en 2007

Fold-recognition analysis predicts that the Tag protein family shares a common domain with the helix-hairpin-helix DNA glycosylases

artículo científico publicado en 2002

Fold-recognition detects an error in the Protein Data Bank

artículo científico publicado en 2002

From fold predictions to function predictions: automation of functional site conservation analysis for functional genome predictions

artículo científico publicado en 1999

From fold to function predictions: an apoptosis regulator protein BID.

artículo científico publicado en 2000

Functional insights from structural predictions: analysis of the Escherichia coli genome.

artículo científico publicado en 1999

Grouping together highly diverged PD-(D/E)XK nucleases and identification of novel superfamily members using structure-guided alignment of sequence profiles

artículo científico publicado en 2001

HSV-1 UL45 encodes a carbohydrate binding C-type lectin protein

artículo científico publicado en 2008

HarmonyDOCK: the structural analysis of poses in protein-ligand docking

artículo científico publicado en 2010

Herpes glycoprotein gL is distantly related to chemokine receptor ligands.

artículo científico publicado en 2006

Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein K protein associates with multiple mitochondrial transcripts within the organelle.

artículo científico publicado en 2001

High-density Peptide Arrays Help to Identify Linear Immunogenic B-cell Epitopes in Individuals Naturally Exposed to Malaria Infection

artículo científico publicado en 2019

Homologues of HSV-1 nuclear egress factor UL34 are potential phosphoinositide-binding proteins.

artículo científico publicado en 2008

How unique is the rice transcriptome?

artículo científico publicado en 2004

Human herpesvirus 1 UL24 gene encodes a potential PD-(D/E)XK endonuclease

artículo científico publicado en 2006

Identification of Herpes TATT-binding protein.

artículo científico publicado en 2007

Identification of IL-18RAP mRNA truncated splice variants in human testis and the other human tissues

artículo científico publicado en 2007

Identification of a PD-(D/E)XK-like domain with a novel configuration of the endonuclease active site in the methyl-directed restriction enzyme Mrr and its homologs

artículo científico publicado en 2001

Identification of novel restriction endonuclease-like fold families among hypothetical proteins

artículo científico publicado en 2005

Improving the quality of twilight-zone alignments

artículo científico publicado en 2000

In silico identification, structure prediction and phylogenetic analysis of the 2'-O-ribose (cap 1) methyltransferase domain in the large structural protein of ssRNA negative-strand viruses

artículo científico publicado en 2002

Influenza mutation from equine to canine

scientific article published on 01 March 2006

Integrated web service for improving alignment quality based on segments comparison

artículo científico publicado en 2004

Lead toxicity through the leadzyme

artículo científico publicado en 2004

LigProf: a simple tool for in silico prediction of ligand-binding sites

scientific article published on 03 January 2007

Ligand-Info, searching for similar small compounds using index profiles

artículo científico publicado en 2003

Ligand.Info small-molecule Meta-Database.

artículo científico publicado en 2004

LiveBench-1: continuous benchmarking of protein structure prediction servers

artículo científico publicado en 2001

LiveBench-2: large-scale automated evaluation of protein structure prediction servers.

artículo científico publicado en 2001

LiveBench-6: large-scale automated evaluation of protein structure prediction servers.

artículo científico publicado en 2003

LiveBench-8: the large-scale, continuous assessment of automated protein structure prediction.

artículo científico publicado en 2005

Mapping the substrate binding site of phenylacetone monooxygenase from Thermobifida fusca by mutational analysis.

artículo científico publicado en 2011

MaxSub: an automated measure for the assessment of protein structure prediction quality.

artículo científico publicado en 2000

Meta-basic estimates the size of druggable human genome

artículo científico publicado en 2008

Molecular determinants archetypical to the phylum Nematoda

artículo científico publicado en 2009

Molecular modeling of phosphorylation sites in proteins using a database of local structure segments

artículo científico publicado en 2005

Natural Compounds as Inhibitors of Tyrosyl-tRNA Synthetase

artículo científico publicado en 2016

Novel SARS unique AdoMet-dependent methyltransferase.

artículo científico publicado en 2006

Novel physiological modulation of the Pu promoter of TOL plasmid: negative regulatory role of the TurA protein of Pseudomonas putida in the response to suboptimal growth temperatures.

artículo científico publicado en 2003

ORFeus: Detection of distant homology using sequence profiles and predicted secondary structure

artículo científico publicado en 2003

PDB-UF: database of predicted enzymatic functions for unannotated protein structures from structural genomics

artículo científico publicado en 2006

Pcons: a neural-network-based consensus predictor that improves fold recognition.

artículo científico publicado en 2001

Polyphyletic evolution of type II restriction enzymes revisited: two independent sources of second-hand folds revealed

artículo científico publicado en 2001

Practical lessons from protein structure prediction

artículo científico publicado en 2005

Predicting protein structures accurately

artículo científico publicado en 2004

Prediction of a common fold for all four subunits of the yeast tRNA splicing endonuclease: implications for the evolution of the EndA/Sen family

artículo científico publicado en 2000

Prediction of a novel RNA 2'-O-ribose methyltransferase subfamily encoded by the Escherichia coli YgdE open reading frame and its orthologs.

artículo científico publicado en 2000

Prediction of signal peptides in protein sequences by neural networks.

artículo científico publicado en 2008

Protein domain of unknown function DUF1023 is an alpha/beta hydrolase

artículo científico publicado en 2005

Protein structure prediction for the male-specific region of the human Y chromosome.

artículo científico publicado en 2004

Protein structure prediction of CASP5 comparative modeling and fold recognition targets using consensus alignment approach and 3D assessment

scientific article published on 01 January 2003

ProteinSplit: splitting of multi-domain proteins using prediction of ordered and disordered regions in protein sequences for virtual structural genomics

artículo científico publicado en 2007

Proteomics of the dissimilatory iron-reducing bacterium Shewanella oneidensis MR-1, using a matrix-assisted laser desorption/ionization-tandem-time of flight mass spectrometer

artículo científico publicado en 2003

RNA:(guanine-N2) methyltransferases RsmC/RsmD and their homologs revisited--bioinformatic analysis and prediction of the active site based on the uncharacterized Mj0882 protein structure

artículo científico publicado en 2002

Realm of PD-(D/E)XK nuclease superfamily revisited: detection of novel families with modified transitive meta profile searches

artículo científico publicado en 2007

Reassignment of specificities of two cap methyltransferase domains in the reovirus lambda 2 protein

artículo científico publicado en 2001

Reply to Behrman: “N-Formylmaleamic acid: An intermediate in nicotinic acid metabolism”.

artículo científico publicado en 2008

Secondary structure prediction using segment similarity

artículo científico publicado en 1997

Sensitive sequence comparison as protein function predictor.

artículo científico publicado en 2000

Sequence analysis and structure prediction of 23S rRNA:m1G methyltransferases reveals a conserved core augmented with a putative Zn-binding domain in the N-terminus and family-specific elaborations in the C-terminus.

artículo científico publicado en 2002

Sequence analysis and structure prediction of aminoglycoside-resistance 16S rRNA:m7G methyltransferases.

artículo científico publicado en 2001

Sequence, structure and functional diversity of PD-(D/E)XK phosphodiesterase superfamily

artículo científico publicado en 2012

Similarities and differences between nonhomologous proteins with similar folds: evaluation of threading strategies.

artículo científico publicado en 1997

Species used for drug testing reveal different inhibition susceptibility for 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1

artículo científico publicado en 2010

Squalene monooxygenase - a target for hypercholesterolemic therapy

artículo científico

Structural bioinformatics of the general transcription factor TFIID.

artículo científico publicado en 2012

Structure prediction, evolution and ligand interaction of CHASE domain

artículo científico publicado en 2004

Support-vector-machine classification of linear functional motifs in proteins.

artículo científico publicado en 2005

TOS1 is circularly permuted 1,3-beta-glucanase.

artículo científico publicado en 2010

Target specific compound identification using a support vector machine.

artículo científico publicado en 2007

Target specificity analysis of the Abl kinase using peptide microarray data

artículo científico publicado en 2004

The 2000 Olympic Games of protein structure prediction; fully automated programs are being evaluated vis-à-vis human teams in the protein structure prediction experiment CAFASP2.

artículo científico publicado en 2000

The 2002 Olympic Games of Protein Structure Prediction ⬇️

artículo científico publicado el 1 de marzo de 2003

The Helicobacter pylori genome: from sequence analysis to structural and functional predictions

artículo científico publicado en 1999

The PDB-Preview database: a repository of in-silico models of 'on-hold' PDB entries

artículo científico publicado en 2004

The Phaeodactylum genome reveals the evolutionary history of diatom genomes

artículo científico publicado en 2008

The challenge of protein structure determination--lessons from structural genomics.

artículo científico publicado en 2007

The fold recognition of CP2 transcription factors gives new insights into the function and evolution of tumor suppressor protein p53.

artículo científico publicado en 2008

The herpesvirus alkaline exonuclease belongs to the restriction endonuclease PD-(D/E)XK superfamily: insight from molecular modeling and phylogenetic analysis

artículo científico publicado en 2001

The mitotic entry regulator NIPA is a prototypic BIR domain protein.

artículo científico publicado en 2008

Three dimensional model of severe acute respiratory syndrome coronavirus helicase ATPase catalytic domain and molecular design of severe acute respiratory syndrome coronavirus helicase inhibitors.

artículo científico publicado en 2006

Three-dimensional modeling of the I-TevI homing endonuclease catalytic domain, a GIY-YIG superfamily member, using NMR restraints and Monte Carlo dynamics.

artículo científico publicado en 2001

ToolShop: prerelease inspections for protein structure prediction servers.

artículo científico publicado en 2001

Towards Engineering Novel PE-Based Immunotoxins by Targeting Them to the Nucleus

artículo científico publicado en 2016

Uncharacterized DUF1574 leptospira proteins are SGNH hydrolases.

artículo científico publicado en 2007

Unexpected domain composition of MACC1 links MET signaling and apoptosis.

artículo científico publicado en 2009

Unusual evolutionary history of the tRNA splicing endonuclease EndA: relationship to the LAGLIDADG and PD-(D/E)XK deoxyribonucleases

artículo científico publicado en 2001

Virtual high throughput screening using combined random forest and flexible docking

artículo científico publicado en 2009

VoteDock: consensus docking method for prediction of protein-ligand interactions

artículo científico publicado en 2010

XtalPred: a web server for prediction of protein crystallizability

scientific article published in 2007

[aaRS--the etiological factor and the attractive target of many disorders]

artículo científico publicado en 2009

eHiTS-to-VMD Interface Application. The Search for Tyrosine—tRNA Ligase Inhibitors

article

eHiTS-to-VMD Interface Application. The Search for Tyrosine−tRNA Ligase Inhibitors

artículo científico publicado en 2007

mRNA cap-1 methyltransferase in the SARS genome

artículo científico publicado en 2003

mRNA:guanine-N7 cap methyltransferases: identification of novel members of the family, evolutionary analysis, homology modeling, and analysis of sequence-structure-function relationships

artículo científico publicado en 2001

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