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Lista de obras de Juho Rousu

An analytic and systematic framework for estimating metabolic flux ratios from 13C tracer experiments

artículo científico publicado en 2008

Analysis of Fluxomic Experiments with Principal Metabolic Flux Mode Analysis

artículo científico publicado en 2018

Bayesian metabolic flux analysis reveals intracellular flux couplings

artículo científico publicado en 2019

Biomarker discovery by sparse canonical correlation analysis of complex clinical phenotypes of tuberculosis and malaria

artículo científico publicado en 2013

CamOptimus: a tool for exploiting complex adaptive evolution to optimize experiments and processes in biotechnology.

artículo científico publicado en 2017

Comparative genome-scale reconstruction of gapless metabolic networks for present and ancestral species

artículo científico publicado en 2014

Computational methods for metabolic reconstruction

scientific article published on 18 February 2010

Computational-experimental approach to drug-target interaction mapping: A case study on kinase inhibitors.

artículo científico

Computing Atom Mappings for Biochemical Reactions without Subgraph Isomorphism ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2011

Computing positional isotopomer distributions from tandem mass spectrometric data

artículo científico publicado en 2002

Critical Assessment of Small Molecule Identification 2016: automated methods

artículo científico publicado en 2017

Erratum: CamOptimus: a tool for exploiting complex adaptive evolution to optimise experiments and processes in biotechnology.

artículo científico publicado en 2017

Fast metabolite identification with Input Output Kernel Regression

artículo científico publicado en 2016

FiD: a software for ab initio structural identification of product ions from tandem mass spectrometric data

artículo científico publicado en 2008

Identification of drug candidates and repurposing opportunities through compound-target interaction networks

artículo científico

Improved Small Molecule Identification through Learning Combinations of Kernel Regression Models

scientific article published on 01 August 2019

Inferring branching pathways in genome-scale metabolic networks

artículo científico publicado en 2009

Information theoretic methods for bioinformatics

artículo científico publicado en 2007

Isotopomer distribution computation from tandem mass spectrometric data with overlapping fragment spectra

artículo científico publicado en 2005

Learning with multiple pairwise kernels for drug bioactivity prediction.

artículo científico publicado en 2018

Leveraging multi-way interactions for systematic prediction of pre-clinical drug combination effects

artículo científico publicado en 2020

Liquid-chromatography retention order prediction for metabolite identification

artículo científico publicado en 2018

Machine Learning of Protein Interactions in Fungal Secretory Pathways.

artículo científico publicado en 2016

Metabolite Identification through Machine Learning- Tackling CASMI Challenge Using FingerID

artículo científico publicado en 2013

Metabolite identification and molecular fingerprint prediction through machine learning.

artículo científico publicado en 2012

Metabolite identification through multiple kernel learning on fragmentation trees

artículo científico publicado en 2014

Multilabel Structured Output Learning with Random Spanning Trees of Max-Margin Markov Networks ⬇️

artículo científico publicado en 2014

Planning optimal measurements of isotopomer distributions for estimation of metabolic fluxes

artículo científico publicado en 2006

Principal Metabolic Flux Mode Analysis

artículo científico publicado en 2018

Probabilistic Framework for Integration of Mass Spectrum and Retention Time Information in Small Molecule Identification

artículo científico publicado en 2020

Probabilistic modeling and machine learning in structural and systems biology

artículo científico publicado en 2007

Profiling persistent tubercule bacilli from patient sputa during therapy predicts early drug efficacy

artículo científico publicado en 2016

Ranking microbial metabolomic and genomic links in the NPLinker framework using complementary scoring functions

artículo científico publicado en 2021

SIRIUS 4: a rapid tool for turning tandem mass spectra into metabolite structure information

artículo científico publicado en 2019

Searching molecular structure databases with tandem mass spectra using CSI:FingerID.

artículo científico publicado en 2015

Selected proceedings of Machine Learning in Systems Biology: MLSB 2016.

artículo científico publicado en 2016

Strain design optimization using reinforcement learning

artículo científico publicado en 2022

Substrate specificity of 2-deoxy-D-ribose 5-phosphate aldolase (DERA) assessed by different protein engineering and machine learning methods

scientific article published on 04 November 2020

Synthetic Transcription Amplifier System for Orthogonal Control of Gene Expression in Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2016

Systematic classification of unknown metabolites using high-resolution fragmentation mass spectra

artículo científico publicado en 2020

Towards structured output prediction of enzyme function

artículo científico publicado en 2008

metaCCA: summary statistics-based multivariate meta-analysis of genome-wide association studies using canonical correlation analysis

artículo científico publicado en 2016

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