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Lista de obras de

A Simple Model of Protein Domain Swapping in Crowded Cellular Environments

artículo científico publicado en 2016

A Universal Trend among Proteomes Indicates an Oily Last Common Ancestor ⬇️

artículo científico publicado el 27 de diciembre de 2012

A biophysical protein folding model accounts for most mutational fitness effects in viruses ⬇️

artículo científico publicado el 24 de mayo de 2011

A first-principles model of early evolution: emergence of gene families, species, and preferred protein folds

artículo científico publicado en 2007

A knowledge-based move set for protein folding

artículo científico publicado en 2007

A native chemical chaperone in the human eye lens

artículo científico publicado en 2022

A new approach to the design of stable proteins

artículo científico publicado en 1993

A one-shot germinal center model under protein structural stability constraints ⬇️

artículo científico publicado el 15 de marzo de 2013

A protein engineering analysis of the transition state for protein folding: simulation in the lattice model ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 1998

A simple physical model for scaling in protein-protein interaction networks

artículo científico publicado en 2005

A simulated intermediate state for folding and aggregation provides insights into ΔN6 β2-microglobulin amyloidogenic behavior

artículo científico publicado en 2014

A structure-based method for derivation of all-atom potentials for protein folding

artículo científico publicado en 2002

A structure-centric view of protein evolution, design, and adaptation.

artículo científico publicado en 2007

A test of lattice protein folding algorithms

artículo científico publicado en 1995

A theory of heteropolymers with frozen random primary structure: properties of the globular state, coil-globule transitions and possible biophysical applications

artículo científico publicado en 1986

Absence of Selection for Quantum Coherence in the Fenna-Matthews-Olson Complex: A Combined Evolutionary and Excitonic Study

artículo científico publicado en 2017

Accurate Protein-Folding Transition-Path Statistics from a Simple Free-Energy Landscape.

artículo científico publicado en 2018

Adaptation to mutational inactivation of an essential gene converges to an accessible suboptimal fitness peak

scientific article published on 01 October 2019

All-atom model for stabilization of alpha-helical structure in peptides by hydrocarbon staples

artículo científico publicado en 2009

Amino acids determining enzyme-substrate specificity in prokaryotic and eukaryotic protein kinases

artículo científico publicado en 2003

An Internal Disulfide Locks a Misfolded Aggregation-prone Intermediate in Cataract-linked Mutants of Human γD-Crystallin

artículo científico publicado en 2016

Analysis of knowledge-based protein-ligand potentials using a self-consistent method

artículo científico publicado en 2000

Assessing the effect of loop mutations in the folding space of β2-microglobulin with molecular dynamics simulations

artículo científico publicado en 2013

Benchmarking Inverse Statistical Approaches for Protein Structure and Design with Exactly Solvable Models ⬇️

artículo científico publicado en 2016

Bridging the physical scales in evolutionary biology: from protein sequence space to fitness of organisms and populations

artículo científico publicado en 2016

Catalysis of protein folding by chaperones accelerates evolutionary dynamics in adapting cell populations

artículo científico publicado en 2013

Combinatorial computational method gives new picomolar ligands for a known enzyme

artículo científico publicado en 2002

Commitment and nucleation in the protein G transition state

artículo científico publicado en 2004

Common activation mechanism of class A GPCRs

scientific article published on 19 December 2019

Common motifs and topological effects in the protein folding transition state

artículo científico publicado en 2006

Comparison of two optimization methods to derive energy parameters for protein folding: perceptron and Z score

artículo científico publicado en 2000

Computer simulations of prebiotic evolution ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 1997

Constraints imposed by non-functional protein-protein interactions on gene expression and proteome size

artículo científico publicado en 2008

Contribution of selection for protein folding stability in shaping the patterns of polymorphisms in coding regions

artículo científico publicado en 2013

DNA unzipping phase diagram calculated via replica theory

artículo científico

De novodesign: balancing novelty and confined chemical space ⬇️

artículo científico publicado el 30 de junio de 2010

Determining functional specificity from protein sequences

artículo científico publicado en 2005

Different circular permutations produced different folding nuclei in proteins: a computational study

artículo científico publicado en 2001

Direct molecular dynamics observation of protein folding transition state ensemble

artículo científico publicado en 2002

Discrete molecular dynamics studies of the folding of a protein-like model

artículo científico publicado en 1998

Divergent evolution of a structural proteome: phenomenological models

artículo científico publicado en 2006

Domains in folding of model proteins

artículo científico publicado en 1995

Dynamic disulfide exchange in a crystallin protein in the human eye lens promotes cataract-associated aggregation

scientific article published in Journal of Biological Chemistry

Dynamic metastable long-living droplets formed by sticker-spacer proteins

scientific article published on 02 June 2020

Dynamics of heteropolymers in dilute solution: Effective equation of motion and relaxation spectrum

artículo científico publicado en 1996

ELISA: structure-function inferences based on statistically significant and evolutionarily inspired observations

artículo científico publicado en 2003

Effect of RNA on Morphology and Dynamics of Membraneless Organelles

artículo científico publicado en 2021

Effect of sampling on BACE-1 ligands binding free energy predictions via MM-PBSA calculations

artículo científico publicado en 2017

Emergence of species in evolutionary "simulated annealing".

scholarly article

Energetics of protein-DNA interactions

artículo científico publicado en 2007

Engineering of stable and fast-folding sequences of model proteins

artículo científico publicado en 1993

Entropic stabilization of proteins and its proteomic consequences

artículo científico publicado en 2005

Equilibrium Distribution of Mutators in the Single Fitness Peak Model ⬇️

artículo científico publicado el 26 de septiembre de 2003

Evidence of evolutionary selection for cotranslational folding

artículo científico publicado en 2017

Evolution of specificity in protein-protein interactions

artículo científico publicado en 2014

Evolution on the Biophysical Fitness Landscape of an RNA Virus

scholarly article by Assaf Rotem published in October 2018

Evolution-like selection of fast-folding model proteins

artículo científico publicado en 1995

Excluded volume in protein side-chain packing

artículo científico publicado en 2001

Expanding protein universe and its origin from the biological Big Bang

artículo científico publicado en 2002

Exploring the Mutational Robustness of Nucleic Acids by Searching Genotype Neighborhoods in Sequence Space

artículo científico publicado en 2017

Exploring the mutational robustness of nucleic acids by searching genotype neighbourhoods in sequence space

FOG: Fragment Optimized Growth algorithm for the de novo generation of molecules occupying druglike chemical space

artículo científico publicado en 2009

Fluctuating state of the protein globule

artículo científico publicado en 1983

Folding Kinetics of Villin 14T, a Protein Domain with a Central β-Sheet and Two Hydrophobic Cores ⬇️

artículo científico publicado el 13 de octubre de 1998

From knowledge-based potentials to combinatorial lead design in silico

artículo científico publicado en 2002

Functional fingerprints of folds: evidence for correlated structure-function evolution

artículo científico

Gene Dosage Experiments in Enterobacteriaceae Using Arabinose-regulated Promoters

artículo científico publicado en 2014

Geometric and physical considerations for realistic protein models.

artículo científico publicado en 2005

Graph's Topology and Free Energy of a Spin Model on the Graph ⬇️

artículo científico publicado en 2017

Growth tradeoffs produce complex microbial communities on a single limiting resource

scientific article published in Nature Communications

High-resolution protein folding with a transferable potential

artículo científico publicado en 2005

Highly abundant proteins favor more stable 3D structures in yeast

artículo científico publicado en 2013

Hiking in the energy landscape in sequence space: a bumpy road to good folders

artículo científico publicado en 2000

How the first biopolymers could have evolved

artículo científico publicado en 1996

How to derive a protein folding potential? A new approach to an old problem

artículo científico publicado en 1996

Identification of the minimal protein-folding nucleus through loop-entropy perturbations

artículo científico publicado en 2006

Identifying importance of amino acids for protein folding from crystal structures

artículo científico publicado en 2003

Identifying the protein folding nucleus using molecular dynamics

artículo científico publicado en 2000

Impact of local and non-local interactions on thermodynamics and kinetics of protein folding

artículo científico publicado en 1995

Imperfect DNA lesion repair in the semiconservative quasispecies model: derivation of the Hamming class equations and solution of the single-fitness peak landscape

artículo científico publicado en 2004

Imprint of evolution on protein structures.

artículo científico publicado en 2004

Improvisation in evolution of genes and genomes: whose structure is it anyway?

artículo científico publicado en 2008

Influence of point mutations on protein structure: probability of a neutral mutation

artículo científico publicado en 1991

Influenza A H1N1 pandemic strain evolution--divergence and the potential for antigenic drift variants.

artículo científico publicado en 2014

Interplay between pleiotropy and secondary selection determines rise and fall of mutators in stress response

artículo científico publicado en 2010

Is catalytic activity of chaperones a selectable trait for the emergence of heat shock response?

artículo científico publicado en 2015

Is there an en route folding intermediate for cold shock proteins? ⬇️

artículo científico publicado el 29 de marzo de 2012

Isolation and Analysis of Rare Norovirus Recombinants from Coinfected Mice Using Drop-Based Microfluidics

artículo científico publicado en 2015

Kinetics, thermodynamics and evolution of non-native interactions in a protein folding nucleus

artículo científico publicado en 2000

Lessons from the design of a novel atomic potential for protein folding

artículo científico publicado en 2005

Lethal mutagenesis in viruses and bacteria

artículo científico publicado en 2009

Merging molecular mechanism and evolution: theory and computation at the interface of biophysics and evolutionary population genetics

artículo científico publicado en 2014

Minimalistic predictor of protein binding energy: contribution of solvation factor to protein binding

artículo científico publicado en 2015

Mode-coupling theory for heteropolymers

artículo científico publicado en 2001

Modeling protein folding: the beauty and power of simplicity

artículo científico publicado en 1996

Modeling the kinetics of acylation of insulin using a recursive method for solving the systems of coupled differential equations

artículo científico publicado en 2000

Molecular dynamics simulation of the SH3 domain aggregation suggests a generic amyloidogenesis mechanism

artículo científico publicado en 2002

Multi-Scale Sequence Correlations Increase Proteome Structural Disorder and Promiscuity ⬇️

artículo científico publicado el 2 de abril de 2011

Mutation induced extinction in finite populations: lethal mutagenesis and lethal isolation

artículo científico publicado en 2012

Native atom types for knowledge-based potentials: application to binding energy prediction

artículo científico publicado en 2004

Native atomic burials, supplemented by physically motivated hydrogen bond constraints, contain sufficient information to determine the tertiary structure of small globular proteins

artículo científico publicado en 2008

Natural selection of more designable folds: a mechanism for thermophilic adaptation

artículo científico publicado en 2003

Non‐native interactions play an effective role in protein folding dynamics ⬇️

artículo científico publicado el 1 de noviembre de 2010

Nucleation and the transition state of the SH3 domain

artículo científico publicado en 2005

On the origin and highly likely completeness of single-domain protein structures.

artículo científico publicado en 2006

OpenGrowth: An Automated and Rational Algorithm for Finding New Protein Ligands

artículo científico publicado en 2015

Optimality of mutation and selection in germinal centers

artículo científico publicado en 2010

Optimization of lag phase shapes the evolution of a bacterial enzyme

artículo científico publicado en 2017

PDB-UF: database of predicted enzymatic functions for unannotated protein structures from structural genomics

artículo científico publicado en 2006

Phase diagram for unzipping DNA with long-range interactions

artículo científico publicado en 2002

Physics and evolution of thermophilic adaptation

artículo científico publicado en 2005

Positive and negative design in stability and thermal adaptation of natural proteins

artículo científico publicado en 2007

Positively selected sites in cetacean myoglobins contribute to protein stability

artículo científico publicado en 2013

Predicting specificity-determining residues in two large eukaryotic transcription factor families

artículo científico publicado en 2005

Prokaryotic phylogenies inferred from protein structural domains

artículo científico publicado en 2005

Protein Evolution within a Structural Space ⬇️

artículo científico publicado el 1 de noviembre de 2003

Protein and DNA sequence determinants of thermophilic adaptation

artículo científico publicado en 2006

Protein biophysics explains why highly abundant proteins evolve slowly

artículo científico publicado en 2012

Protein design: a perspective from simple tractable models ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 1998

Protein folding roller coaster, one molecule at a time

artículo científico publicado en 2009

Protein folding thermodynamics and dynamics: where physics, chemistry, and biology meet

artículo científico publicado en 2006

Protein folding: think globally, (inter)act locally

artículo científico publicado en 1998

Protein globule without the unique three-dimensional structure: experimental data for alpha-lactalbumins and general model

artículo científico publicado en 1982

Protein quality control acts on folding intermediates to shape the effects of mutations on organismal fitness

artículo científico publicado en 2012

Protein stability imposes limits on organism complexity and speed of molecular evolution

artículo científico publicado en 2007

Protein structure and evolutionary history determine sequence space topology

artículo científico publicado en 2005

Protein structure prediction by threading. why it works and why it does not 1 1Edited by F. Cohen ⬇️

artículo científico publicado el 23 de octubre de 1998

ProteomeVis: a web app for exploration of protein properties from structure to sequence evolution across organisms' proteomes

artículo científico publicado en 2018

Proteomic traces of speciation

artículo científico publicado en 2004

Pseudodihedrals: simplified protein backbone representation with knowledge-based energy

artículo científico publicado en 1994

Quantifying fitness distributions and phenotypic relationships in recombinant yeast populations

artículo científico publicado en 2007

Rational Design of Novel Allosteric Dihydrofolate Reductase Inhibitors Showing Antibacterial Effects on Drug-Resistant Escherichia coli Escape Variants

artículo científico publicado en 2017

Reconstruction of the src-SH3 protein domain transition state ensemble using multiscale molecular dynamics simulations

artículo científico publicado en 2005

Repurposing of rutin for the inhibition of norovirus replication

artículo científico publicado en 2015

Robust protein protein interactions in crowded cellular environments

artículo científico publicado en 2007

Robustness of atomistic Gō models in predicting native-like folding intermediates ⬇️

artículo científico publicado el 28 de agosto de 2012

SDR: a database of predicted specificity-determining residues in proteins

scientific article published on 16 October 2008

SMall Molecule Growth 2001 (SMoG2001): an improved knowledge-based scoring function for protein-ligand interactions

artículo científico publicado en 2002

Searching the Sequence Space for Potent Aptamers Using SELEX in Silico

artículo científico publicado en 2015

Selective advantage for conservative viruses

artículo científico publicado en 2005

Semiconservative quasispecies equations for polysomic genomes: the haploid case

artículo científico publicado en 2006

Sensitivity-dependent model of protein-protein interaction networks

artículo científico publicado en 2008

Side-chain dynamics and protein folding.

artículo científico publicado en 2003

Simulation, experiment, and evolution: understanding nucleation in protein S6 folding

artículo científico publicado en 2004

Simulations of chaperone-assisted folding

artículo científico publicado en 1996

Slowly replicating lytic viruses: pseudolysogenic persistence and within-host competition

artículo científico publicado en 2009

Solid interactions in statistical physics of biopolymers

artículo científico publicado en 1987

Soluble oligomerization provides a beneficial fitness effect on destabilizing mutations

artículo científico publicado en 2012

Solution of the quasispecies model for an arbitrary gene network

artículo científico publicado en 2004

Specific nucleus as the transition state for protein folding: evidence from the lattice model

artículo científico publicado en 1994

Stability of the Influenza Virus Hemagglutinin Protein Correlates with Evolutionary Dynamics

artículo científico publicado en 2018

Statistical significance of protein structure prediction by threading.

artículo científico publicado en 2000

Statistically enhanced promiscuity of structurally correlated patterns

artículo científico publicado en 2008

Structural and energetic determinants of co-translational folding

artículo científico publicado en 2013

Structural mining: self-consistent design on flexible protein-peptide docking and transferable binding affinity potential

artículo científico publicado en 2004

Structure-Based Prediction of Protein-Folding Transition Paths ⬇️

artículo científico publicado en 2016

Switching an active site helix in dihydrofolate reductase reveals limits to subdomain modularity

artículo científico publicado en 2021

Systems-level evidence of transcriptional co-regulation of yeast protein complexes

artículo científico publicado en 2009

The Role of Evolutionary Selection in the Dynamics of Protein Structure Evolution

artículo científico publicado en 2017

The emergence of scaling in sequence-based physical models of protein evolution

artículo científico publicado en 2005

The ensemble folding kinetics of protein G from an all-atom Monte Carlo simulation

artículo científico publicado en 2002

The ensemble folding kinetics of the FBP28 WW domain revealed by an all‐atom Monte Carlo simulation in a knowledge‐based potential ⬇️

artículo científico publicado el 1 de marzo de 2011

The folding mechanics of a knotted protein

artículo científico publicado en 2007

The influence of selection for protein stability on dN/dS estimations

artículo científico publicado en 2014

The interface of protein structure, protein biophysics, and molecular evolution

artículo científico publicado en 2012

The mechanical unfolding of ubiquitin through all-atom Monte Carlo simulation with a Go-type potential.

artículo científico publicado en 2007

Theory of cooperative transitions in protein molecules. I. Why denaturation of globular protein is a first-order phase transition

artículo científico publicado en 1989

Theory of kinetic partitioning in protein folding with possible applications to prions ⬇️

artículo científico publicado el 1 de junio de 1998

Thermal adaptation of viruses and bacteria

artículo científico publicado en 2010

Thermal stabilization of dihydrofolate reductase using monte carlo unfolding simulations and its functional consequences

artículo científico publicado en 2015

Thermodynamics and Kinetics of the Hairpin Ribozyme from Atomistic Folding/Unfolding Simulations ⬇️

artículo científico publicado el 30 de junio de 2011

Thermodynamics and folding kinetics analysis of the SH3 domain form discrete molecular dynamics

artículo científico publicado en 2002

Topological determinants of protein folding

artículo científico publicado en 2002

Topology of protein interaction network shapes protein abundances and strengths of their functional and nonspecific interactions ⬇️

artículo científico publicado el 22 de febrero de 2011

Trade-offs between microbial growth phases lead to frequency-dependent and non-transitive selection

artículo científico publicado en 2018

Transient protein-protein interactions perturb E. coli metabolome and cause gene dosage toxicity.

artículo científico publicado en 2016

Understanding ensemble protein folding at atomic detail

artículo científico publicado en 2006

Understanding protein evolution: from protein physics to Darwinian selection

artículo científico publicado en 2008

Universality and diversity of folding mechanics for three-helix bundle proteins

artículo científico publicado en 2008

Universally conserved positions in protein folds: reading evolutionary signals about stability, folding kinetics and function

artículo científico publicado en 1999

Using protein design for homology detection and active site searches

artículo científico publicado en 2003

Validation of DBFOLD: An efficient algorithm for computing folding pathways of complex proteins

artículo científico publicado en 2020

What can disulfide bonds tell us about protein energetics, function and folding: simulations and bioninformatics analysis

artículo científico publicado en 2000

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