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Lista de obras de

A Multi-dimensional B-spline Method for Accurate Modeling Sugar Puckering in QM/MM Simulations

artículo científico publicado en 2017

A New Maximum Likelihood Approach for Free Energy Profile Construction from Molecular Simulations

artículo científico publicado en 2012

A Two-Metal-Ion-Mediated Conformational Switching Pathway for HDV Ribozyme Activation

artículo científico publicado en 2016

A generalized linear response framework for expanded ensemble and replica exchange simulations

scientific article published on 01 August 2018

Accounting for the Central Role of Interfacial Water in Protein-Ligand Binding Free Energy Calculations

artículo científico publicado en 2020

Alchemical Binding Free Energy Calculations in AMBER20: Advances and Best Practices for Drug Discovery

scientific article published on 16 September 2020

Assessment of metal-assisted nucleophile activation in the hepatitis delta virus ribozyme from molecular simulation and 3D-RISM.

artículo científico publicado en 2015

Characterization of the three-dimensional free energy manifold for the uracil ribonucleoside from asynchronous replica exchange simulations

artículo científico publicado en 2015

Constant-pH Molecular Dynamics Simulations for Large Biomolecular Systems.

artículo científico publicado en 2017

Correction to Constant-pH Molecular Dynamics Simulations for Large Biomolecular Systems

artículo científico publicado en 2018

Efficiency in nonequilibrium molecular dynamics Monte Carlo simulations.

artículo científico publicado en 2016

Enhanced configurational sampling with hybrid non-equilibrium molecular dynamics-Monte Carlo propagator.

artículo científico publicado en 2018

Fast Equilibration of Water between Buried Sites and the Bulk by Molecular Dynamics with Parallel Monte Carlo Water Moves on Graphical Processing Units

artículo científico publicado en 2021

Finite-sample bias in free energy bridge estimators

scientific article published on 01 July 2019

Improved Alchemical Free Energy Calculations with Optimized Smoothstep Softcore Potentials

artículo científico publicado en 2020

Multiscale methods for computational RNA enzymology.

artículo científico publicado en 2015

Precise Binding Free Energy Calculations for Multiple Molecules Using an Optimal Measurement Network of Pairwise Differences

artículo científico publicado en 2021

Rigorous Free Energy Simulations in Virtual Screening

artículo científico publicado en 2020

Roadmaps through free energy landscapes calculated using the multi-dimensional vFEP approach

artículo científico publicado en 2014

Scalable molecular dynamics on CPU and GPU architectures with NAMD ⬇️

artículo científico publicado en 2020

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