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Lista de obras de Uwe Ohler

A Multi-step Transcriptional and Chromatin State Cascade Underlies Motor Neuron Programming from Embryonic Stem Cells

artículo científico publicado en 2016

A microfluidic device and computational platform for high-throughput live imaging of gene expression

artículo científico publicado en 2012

A paired-end sequencing strategy to map the complex landscape of transcription initiation

artículo científico publicado en 2010

A stele-enriched gene regulatory network in the Arabidopsis root

artículo científico publicado en 2011

A transcription factor affinity-based code for mammalian transcription initiation

artículo científico publicado en 2009

A viral microRNA functions as an orthologue of cellular miR-155

artículo científico publicado en 2007

An alignment-free method to identify candidate orthologous enhancers in multiple Drosophila genomes

artículo científico publicado en 2010

Analysis of the miRNA targetome in EBV-infected B cells

artículo científico publicado en 2012

Assessing the utility of thermodynamic features for microRNA target prediction under relaxed seed and no conservation requirements

artículo científico publicado en 2011

Automated annotation of gene expression image sequences via non-parametric factor analysis and conditional random fields ⬇️

artículo científico publicado el 1 de julio de 2013

Automatic Annotation of Spatial Expression Patterns via Sparse Bayesian Factor Models ⬇️

artículo científico publicado el 21 de julio de 2011

Beyond Read-Counts: Ribo-seq Data Analysis to Understand the Functions of the Transcriptome

artículo científico publicado en 2017

Brassinosteroid gene regulatory networks at cellular resolution in the <i>Arabidopsis</i> root

artículo científico publicado en 2023

COUGER--co-factors associated with uniquely-bound genomic regions

artículo científico publicado en 2014

CSEQ-SIMULATOR: A DATA SIMULATOR FOR CLIP-SEQ EXPERIMENTS.

artículo científico publicado en 2016

Chromatin accessibility reveals insights into androgen receptor activation and transcriptional specificity

artículo científico publicado en 2012

Complexity reduction in context-dependent DNA substitution models

artículo científico publicado en 2008

Computational analysis of core promoters in the Drosophila genome

artículo científico publicado en 2002

DDX54 regulates transcriptome dynamics during DNA damage response

artículo científico publicado en 2017

Deciphering human ribonucleoprotein regulatory networks

Deep learning for genomics using Janggu

artículo científico publicado en 2020

Deep neural networks for interpreting RNA binding protein target preferences

Detecting actively translated open reading frames in ribosome profiling data

artículo científico publicado en 2015

Detection of broadly expressed neuronal genes in C. elegans

artículo científico publicado en 2006

Determinants of promoter and enhancer transcription directionality in metazoans

artículo científico publicado en 2018

Distinct polyadenylation landscapes of diverse human tissues revealed by a modified PA-seq strategy

artículo científico publicado en 2013

Divergent transcription and epigenetic directionality of human promoters

artículo científico publicado en 2016

Ectopic Transplastomic Expression of a Synthetic MatK Gene Leads to Cotyledon-Specific Leaf Variegation

article

Evidence-ranked motif identification

artículo científico publicado en 2010

Expanding the map of protein-RNA interaction sites via cell fusion followed by PAR-CLIP.

artículo científico publicado en 2017

Explicit DNase sequence bias modeling enables high-resolution transcription factor footprint detection

artículo científico publicado en 2014

Extraction and comparison of gene expression patterns from 2D RNA in situ hybridization images

artículo científico publicado en 2009

FMRP targets distinct mRNA sequence elements to regulate protein expression

scientific journal article

Finding RNA structure in the unstructured RBPome

artículo científico publicado en 2018

Fine time course expression analysis identifies cascades of activation and repression and maps a putative regulator of mammalian sex determination

artículo científico publicado en 2013

Gene expression divergence recapitulates the developmental hourglass model

artículo científico publicado en 2010

Genome-wide identification and predictive modeling of tissue-specific alternative polyadenylation

artículo científico publicado en 2013

Genome-wide identification of regulatory elements in Sertoli cells

artículo científico publicado en 2017

Genome-wide search for miRNA-target interactions in Arabidopsis thaliana with an integrated approach ⬇️

artículo científico publicado el 11 de junio de 2012

Global identification of functional microRNA-mRNA interactions in Drosophila

artículo científico publicado en 2019

Global target mRNA specification and regulation by the RNA-binding protein ZFP36.

artículo científico publicado en 2014

High-Resolution Expression Map of the Arabidopsis Root Reveals Alternative Splicing and lincRNA Regulation

artículo científico publicado en 2016

High-resolution experimental and computational profiling of tissue-specific known and novel miRNAs in Arabidopsis

artículo científico publicado en 2011

Human promoters are intrinsically directional

artículo científico publicado en 2015

Identification of core promoter modules in Drosophila and their application in accurate transcription start site prediction

artículo científico publicado en 2006

Identification of the RNA recognition element of the RBPMS family of RNA-binding proteins and their transcriptome-wide mRNA targets

artículo científico publicado en 2014

Identifying RBP Targets with RIP-seq

artículo científico publicado en 2016

Improved transcript isoform discovery using ORF graphs

artículo científico publicado en 2014

Informative priors based on transcription factor structural class improve de novo motif discovery

artículo científico publicado en 2006

Integrated detection of natural antisense transcripts using strand-specific RNA sequencing data

artículo científico publicado en 2013

Integrated proteogenomic deep sequencing and analytics accurately identify non-canonical peptides in tumor immunopeptidomes

artículo científico publicado en 2020

Integrative classification of human coding and noncoding genes through RNA metabolism profiles

artículo científico publicado en 2016

Integrative regulatory mapping indicates that the RNA-binding protein HuR couples pre-mRNA processing and mRNA stability

artículo científico publicado en 2011

JACUSA: site-specific identification of RNA editing events from replicate sequencing data

artículo científico publicado en 2017

JAMM: a peak finder for joint analysis of NGS replicates

artículo científico publicado en 2014

Mapping the complexity of transcription control in higher eukaryotes

artículo científico publicado en 2010

McEnhancer: predicting gene expression via semi-supervised assignment of enhancers to target genes

artículo científico publicado en 2017

Measuring spatial preferences at fine-scale resolution identifies known and novel cis-regulatory element candidates and functional motif-pair relationships

artículo científico publicado en 2009

MicroRNA target site identification by integrating sequence and binding information

artículo científico publicado en 2013

Modeling the Evolution of Regulatory Elements by Simultaneous Detection and Alignment with Phylogenetic Pair HMMs ⬇️

artículo científico publicado el 16 de diciembre de 2010

Motif composition, conservation and condition-specificity of single and alternative transcription start sites in the Drosophila genome

artículo científico publicado en 2009

Optimized mixed Markov models for motif identification

artículo científico publicado en 2006

PARalyzer: definition of RNA binding sites from PAR-CLIP short-read sequence data

artículo científico publicado en 2011

Paired-end analysis of transcription start sites in Arabidopsis reveals plant-specific promoter signatures

artículo científico publicado en 2014

Patterns of flanking sequence conservation and a characteristic upstream motif for microRNA gene identification

artículo científico publicado en 2004

Performance assessment of promoter predictions on ENCODE regions in the EGASP experiment

artículo científico publicado en 2006

Perspectives on Unidirectional versus Divergent Transcription

artículo científico publicado en 2015

Phylogenetic simulation of promoter evolution: estimation and modeling of binding site turnover events and assessment of their impact on alignment tools

artículo científico publicado en 2007

Predicting cell-type-specific gene expression from regions of open chromatin

artículo científico publicado en 2012

Promoting developmental transcription

artículo científico publicado en 2010

Protocol for fast scRNA-seq raw data processing using scKB and non-arbitrary quality control with COPILOT

artículo científico publicado en 2022

Purification of cross-linked RNA-protein complexes by phenol-toluol extraction

artículo científico publicado en 2019

Quantification of transcription factor expression from Arabidopsis images

artículo científico publicado en 2006

Quantification of translation uncovers the functions of the alternative transcriptome

scientific article published on 29 June 2020

RCAS: an RNA centric annotation system for transcriptome-wide regions of interest

artículo científico publicado en 2017

RNA localization is a key determinant of neurite-enriched proteome

artículo científico publicado en 2017

Recognition of unknown conserved alternatively spliced exons

artículo científico publicado en 2005

Reproducible inference of transcription factor footprints in ATAC-seq and DNase-seq datasets using protocol-specific bias modeling

article

SLM2 Is A Novel Cardiac Splicing Factor Involved in Heart Failure due to Dilated Cardiomyopathy

artículo científico publicado en 2022

Spatial preferences of microRNA targets in 3' untranslated regions

artículo científico publicado en 2007

Spatio-temporal mRNA tracking in the early zebrafish embryo

artículo científico publicado en 2021

Strategies for identifying RNA splicing regulatory motifs and predicting alternative splicing events

artículo científico publicado en 2008

Sustained-input switches for transcription factors and microRNAs are central building blocks of eukaryotic gene circuits

artículo científico publicado en 2013

The Drosophila Translational Control Element (TCE) Is Required for High-Level Transcription of Many Genes That Are Specifically Expressed in Testes ⬇️

artículo científico publicado el 11 de septiembre de 2012

The MTE, a new core promoter element for transcription by RNA polymerase II.

artículo científico publicado en 2004

The RNA workbench: best practices for RNA and high-throughput sequencing bioinformatics in Galaxy

artículo científico

The TCT motif, a key component of an RNA polymerase II transcription system for the translational machinery

artículo científico publicado en 2010

The mRNA-bound proteome of the early fly embryo

scientific article published on 28 April 2016

The viral and cellular microRNA targetome in lymphoblastoid cell lines

artículo científico publicado en 2012

Towards a deeper annotation of human lncRNAs

artículo científico publicado en 2019

Transcription initiation patterns indicate divergent strategies for gene regulation at the chromatin level

artículo científico publicado en 2011

Transcriptional and posttranscriptional regulation of transcription factor expression in Arabidopsis roots

artículo científico publicado en 2006

Transcriptional control of tissue formation throughout root development

artículo científico publicado en 2015

Translocation of sickle cell erythrocyte microRNAs into Plasmodium falciparum inhibits parasite translation and contributes to malaria resistance

artículo científico publicado en 2012

Using machine learning to identify disease-relevant regulatory RNAs

artículo científico publicado en 2013

Viral microRNA targetome of KSHV-infected primary effusion lymphoma cell lines

artículo científico publicado en 2011

omniCLIP: probabilistic identification of protein-RNA interactions from CLIP-seq data

ssHMM: extracting intuitive sequence-structure motifs from high-throughput RNA-binding protein data

artículo científico publicado en 2017

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