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Lista de obras de G. P. S. Raghava

A Platform for Designing Genome-Based Personalized Immunotherapy or Vaccine against Cancer

artículo científico publicado en 2016

A Web Server and Mobile App for Computing Hemolytic Potency of Peptides

artículo científico publicado en 2016

A Web-Based Platform for Designing Vaccines against Existing and Emerging Strains of Mycobacterium tuberculosis

artículo científico publicado en 2016

A hybrid approach for predicting promiscuous MHC class I restricted T cell epitopes.

artículo científico publicado en 2007

A neural network method for prediction of beta-turn types in proteins using evolutionary information.

artículo científico publicado en 2004

A neural-network based method for prediction of gamma-turns in proteins from multiple sequence alignment.

artículo científico publicado en 2003

A random forest model for predicting exosomal proteins using evolutionary information and motifs

artículo científico publicado en 2023

A simple approach for predicting protein-protein interactions.

artículo científico publicado en 2010

A web server for analysis, comparison and prediction of protein ligand binding sites

artículo científico publicado en 2016

A web server for predicting inhibitors against bacterial target GlmU protein ⬇️

artículo científico publicado el 6 de julio de 2011

A web-based resource for designing therapeutics against Ebola Virus

artículo científico publicado en 2016

AlgPred: prediction of allergenic proteins and mapping of IgE epitopes.

artículo científico publicado en 2006

An in silico platform for predicting, screening and designing of antihypertensive peptides.

artículo científico publicado en 2015

Analysis and prediction of affinity of TAP binding peptides using cascade SVM.

artículo científico publicado en 2004

Analysis and prediction of antibacterial peptides.

artículo científico publicado en 2007

Analysis and prediction of cancerlectins using evolutionary and domain information.

artículo científico publicado en 2011

AntiBP2: improved version of antibacterial peptide prediction

artículo científico publicado en 2010

AntiTbPdb: a knowledgebase of anti-tubercular peptides.

artículo científico publicado en 2018

Anticancer properties of a defensin like class IId bacteriocin Laterosporulin10.

artículo científico publicado en 2017

AntigenDB: an immunoinformatics database of pathogen antigens

artículo científico publicado en 2010

ApoCanD: Database of human apoptotic proteins in the context of cancer.

artículo científico publicado en 2016

BLAST-based structural annotation of protein residues using Protein Data Bank.

artículo científico publicado en 2016

Benchmarking of different molecular docking methods for protein-peptide docking

scientific article published on 04 February 2019

BhairPred: prediction of beta-hairpins in a protein from multiple alignment information using ANN and SVM techniques.

artículo científico publicado en 2005

Branching of the p-nitrophenol (PNP) degradation pathway in burkholderia sp. Strain SJ98: Evidences from genetic characterization of PNP gene cluster ⬇️

artículo científico publicado el 8 de junio de 2012

Bridging innate and adaptive antitumor immunity targeting glycans.

artículo científico publicado en 2010

CCDB: a curated database of genes involved in cervix cancer

artículo científico publicado en 2011

CPPsite 2.0: a repository of experimentally validated cell-penetrating peptides.

artículo científico publicado en 2015

CPPsite: a curated database of cell penetrating peptides ⬇️

artículo científico publicado el 7 de marzo de 2012

CancerDR: cancer drug resistance database.

artículo científico publicado en 2013

CancerPDF: A repository of cancer-associated peptidome found in human biofluids.

artículo científico publicado en 2017

Cell-penetrating peptide and antibiotic combination therapy: a potential alternative to combat drug resistance in methicillin-resistant Staphylococcus aureus.

artículo científico publicado en 2016

Classification of early and late stage liver hepatocellular carcinoma patients from their genomics and epigenomics profiles

scientific article published on 06 September 2019

Classification of nuclear receptors based on amino acid composition and dipeptide composition.

artículo científico publicado en 2004

Computational Prediction of the Immunomodulatory Potential of RNA Sequences.

artículo científico publicado en 2017

Computational approach for designing tumor homing peptides.

artículo científico publicado en 2013

Computer-aided biotechnology: from immuno-informatics to reverse vaccinology.

artículo científico publicado en 2008

Computer-aided designing of immunosuppressive peptides based on IL-10 inducing potential.

artículo científico publicado en 2017

Computer-aided prediction and design of IL-6 inducing peptides: IL-6 plays a crucial role in COVID-19

artículo científico publicado en 2020

Computer-aided prediction of antigen presenting cell modulators for designing peptide-based vaccine adjuvants.

artículo científico publicado en 2018

Correlation and prediction of gene expression level from amino acid and dipeptide composition of its protein

artículo científico publicado en 2005

CyclinPred: a SVM-based method for predicting cyclin protein sequences.

artículo científico publicado en 2008

CytoPred: a server for prediction and classification of cytokines

scientific article published on 20 February 2008

DPROT: prediction of disordered proteins using evolutionary information

scientific article published on 19 April 2008

Designing B-Cell Epitopes for Immunotherapy and Subunit Vaccines

artículo científico publicado en 2015

Designing of highly effective complementary and mismatch siRNAs for silencing a gene

artículo científico publicado en 2011

Designing of inhibitors against drug tolerant Mycobacterium tuberculosis (H37Rv).

artículo científico publicado en 2013

Designing of interferon-gamma inducing MHC class-II binders.

artículo científico publicado en 2013

Designing of peptides with desired half-life in intestine-like environment

artículo científico publicado en 2014

Designing of promiscuous inhibitors against pancreatic cancer cell lines

scientific article published on 14 April 2014

Development of a model webserver for breed identification using microsatellite DNA marker

artículo científico publicado en 2013

Draft Genome Sequence of Amycolatopsis decaplanina Strain DSM 44594T.

artículo científico publicado en 2013

Draft Genome Sequence of Rhodococcus qingshengii Strain BKS 20-40.

artículo científico publicado en 2013

Draft Genome Sequence of Rhodococcus triatomae Strain BKS 15-14.

artículo científico publicado en 2013

Draft Genome Sequence of Salt-Tolerant Yeast Debaryomyces hansenii var. hansenii MTCC 234

artículo científico publicado en 2012

Draft Genome Sequence of the Nitrophenol-Degrading Actinomycete Rhodococcus imtechensis RKJ300 ⬇️

artículo científico publicado el 1 de julio de 2012

DrugMint: a webserver for predicting and designing of drug-like molecules

artículo científico publicado en 2013

ESLpred2: improved method for predicting subcellular localization of eukaryotic proteins.

artículo científico publicado en 2008

ESLpred: SVM-based method for subcellular localization of eukaryotic proteins using dipeptide composition and PSI-BLAST.

artículo científico publicado en 2004

Expression based biomarkers and models to classify early and late-stage samples of Papillary Thyroid Carcinoma

scientific article published on 23 April 2020

FermFooDb: A database of bioactive peptides derived from fermented foods

artículo científico publicado en 2021

GPCRpred: an SVM-based method for prediction of families and subfamilies of G-protein coupled receptors.

artículo científico publicado en 2004

GPCRsclass: a web tool for the classification of amine type of G-protein-coupled receptors

artículo científico publicado en 2005

Gene expression-based biomarkers for discriminating early and late stage of clear cell renal cancer.

scientific article published on 28 March 2017

Genes involved in degradation of para-nitrophenol are differentially arranged in form of non-contiguous gene clusters in Burkholderia sp. strain SJ98

artículo científico publicado en 2013

Genome annotation of Burkholderia sp. SJ98 with special focus on chemotaxis genes

artículo científico publicado en 2013

Genome sequence of the nitroaromatic compound-degrading Bacterium Burkholderia sp. strain SJ98.

artículo científico publicado en 2012

Genome sequence of the oleaginous red yeast Rhodosporidium toruloides MTCC 457.

artículo científico publicado en 2012

HaptenDB: a comprehensive database of haptens, carrier proteins and anti-hapten antibodies

artículo científico publicado en 2006

Hemolytik: a database of experimentally determined hemolytic and non-hemolytic peptides.

artículo científico

Herceptin resistance database for understanding mechanism of resistance in breast cancer patients.

artículo científico publicado en 2014

Hmrbase: a database of hormones and their receptors

artículo científico publicado en 2009

Identification and characterization of novel protein-derived arginine-rich cell-penetrating peptides

artículo científico publicado en 2014

Identification of B-cell epitopes in an antigen for inducing specific class of antibodies.

artículo científico publicado en 2013

Identification of DNA-binding proteins using support vector machines and evolutionary profiles

artículo científico publicado en 2007

Identification of NAD interacting residues in proteins

artículo científico publicado en 2010

Identification of conformational B-cell Epitopes in an antigen from its primary sequence ⬇️

artículo científico publicado el 20 de octubre de 2010

Identification of mannose interacting residues using local composition

artículo científico publicado en 2011

Identification of prognostic biomarkers for major subtypes of non-small-cell lung cancer using genomic and clinical data

artículo científico publicado en 2020

Identification of protein-interacting nucleotides in a RNA sequence using composition profile of tri-nucleotides

artículo científico publicado en 2015

In Silico Approach for Prediction of Antifungal Peptides.

artículo científico publicado en 2018

In Silico Tools and Databases for Designing Peptide-Based Vaccine and Drugs.

artículo científico publicado en 2018

In silico analysis to identify vaccine candidates common to multiple serotypes of Shigella and evaluation of their immunogenicity.

artículo científico publicado en 2017

In silico approach for predicting toxicity of peptides and proteins

artículo científico publicado en 2013

In silico approaches for designing highly effective cell penetrating peptides.

artículo científico publicado en 2013

In silico approaches for predicting the half-life of natural and modified peptides in blood.

artículo científico publicado en 2018

In silico models for designing and discovering novel anticancer peptides

artículo científico publicado en 2013

In silico platform for predicting and initiating β-turns in a protein at desired locations.

artículo científico publicado en 2015

In silico platform for prediction of N-, O- and C-glycosites in eukaryotic protein sequences

artículo científico publicado en 2013

MHCBN: a comprehensive database of MHC binding and non-binding peptides

artículo científico publicado en 2003

Managing Drug Resistance in Cancer: Role of Cancer Informatics.

artículo científico publicado en 2016

Molecular Property Diagnostic Suite for COVID-19 (MPDSCOVID-19): an open-source disease-specific drug discovery portal

artículo científico publicado en 2024

NAGbinder: An approach for identifying N-acetylglucosamine interacting residues of a protein from its primary sequence

scientific article published on 07 November 2019

NPACT: Naturally Occurring Plant-based Anti-cancer Compound-Activity-Target database

artículo científico publicado en 2012

NeuroPIpred: a tool to predict, design and scan insect neuropeptides ⬇️

artículo científico publicado en 2019

Novel in silico tools for designing peptide-based subunit vaccines and immunotherapeutics

artículo científico publicado en 2016

Open source drug discovery--a new paradigm of collaborative research in tuberculosis drug development.

artículo científico publicado en 2011

OxDBase: a database of oxygenases involved in biodegradation.

artículo científico publicado en 2009

Oxypred: prediction and classification of oxygen-binding proteins.

artículo científico publicado en 2007

PCMdb: pancreatic cancer methylation database.

artículo científico publicado en 2014

PEPlife: A Repository of the Half-life of Peptides

artículo científico publicado en 2016

PEPstrMOD: structure prediction of peptides containing natural, non-natural and modified residues

artículo científico publicado en 2015

PHDcleav: a SVM based method for predicting human Dicer cleavage sites using sequence and secondary structure of miRNA precursors

artículo científico publicado en 2013

PRRDB: a comprehensive database of pattern-recognition receptors and their ligands

artículo científico publicado en 2008

PSLpred: prediction of subcellular localization of bacterial proteins

artículo científico publicado en 2005

ParaPep: a web resource for experimentally validated antiparasitic peptide sequences and their structures

artículo científico publicado en 2014

Peptide Toxicity Prediction

article

PolysacDB: A Database of Microbial Polysaccharide Antigens and Their Antibodies ⬇️

artículo científico publicado el 11 de abril de 2012

Predicting sub-cellular localization of tRNA synthetases from their primary structures.

artículo científico publicado en 2011

Prediction and classification of chemokines and their receptors.

artículo científico publicado en 2009

Prediction and classification of ncRNAs using structural information

artículo científico publicado en 2014

Prediction of Cell-Penetrating Potential of Modified Peptides Containing Natural and Chemically Modified Residues.

artículo científico publicado en 2018

Prediction of FAD interacting residues in a protein from its primary sequence using evolutionary information

artículo científico publicado en 2010

Prediction of Immunomodulatory potential of an RNA sequence for designing non-toxic siRNAs and RNA-based vaccine adjuvants.

artículo científico publicado en 2016

Prediction of RNA binding sites in a protein using SVM and PSSM profile.

artículo científico publicado en 2008

Prediction of cytochrome P450 isoform responsible for metabolizing a drug molecule

artículo científico publicado en 2010

Prediction of guide strand of microRNAs from its sequence and secondary structure

artículo científico publicado en 2009

Prediction of mitochondrial proteins of malaria parasite using split amino acid composition and PSSM profile.

artículo científico publicado en 2009

Prediction of mitochondrial proteins using support vector machine and hidden Markov model.

artículo científico publicado en 2005

Prediction of risk scores for colorectal cancer patients from the concentration of proteins involved in mitochondrial apoptotic pathway

scientific article published on 09 September 2019

Prediction of transmembrane regions of beta-barrel proteins using ANN- and SVM-based methods.

artículo científico publicado en 2004

Prediction of uridine modifications in tRNA sequences

artículo científico publicado en 2014

Prioritization of anticancer drugs against a cancer using genomic features of cancer cells: A step towards personalized medicine

artículo científico publicado en 2016

ProCarDB: a database of bacterial carotenoids

artículo científico publicado en 2016

ProGlycProt: a repository of experimentally characterized prokaryotic glycoproteins

artículo científico publicado en 2012

ProPred1: prediction of promiscuous MHC Class-I binding sites.

artículo científico publicado en 2003

QSAR-based models for designing quinazoline/imidazothiazoles/pyrazolopyrimidines based inhibitors against wild and mutant EGFR

artículo científico publicado en 2014

Quantification of the variation in percentage identity for protein sequence alignments.

artículo científico publicado en 2006

Real value prediction of solvent accessibility in proteins using multiple sequence alignment and secondary structure.

artículo científico publicado en 2005

Role of evolutionary information in prediction of aromatic-backbone NH interactions in proteins.

artículo científico publicado en 2004

SATPdb: a database of structurally annotated therapeutic peptides

artículo científico publicado en 2015

SVM based method for predicting HLA-DRB1*0401 binding peptides in an antigen sequence.

artículo científico publicado en 2004

SVM based prediction of RNA-binding proteins using binding residues and evolutionary information.

artículo científico publicado en 2011

Spectral Repeat Finder (SRF): identification of repetitive sequences using Fourier transformation.

artículo científico publicado en 2004

Support vector machine-based method for subcellular localization of human proteins using amino acid compositions, their order, and similarity search

artículo científico publicado en 2005

THPdb: Database of FDA-approved peptide and protein therapeutics

artículo científico publicado en 2017

Topical Delivery of Protein and Peptide Using Novel Cell Penetrating Peptide IMT-P8.

artículo científico publicado en 2016

TopicalPdb: A database of topically delivered peptides

artículo científico publicado en 2018

Tumor homing peptides as molecular probes for cancer therapeutics, diagnostics and theranostics.

artículo científico publicado en 2014

TumorHoPe: a database of tumor homing peptides

artículo científico publicado en 2012

VGIchan: prediction and classification of voltage-gated ion channels.

artículo científico publicado en 2006

VICMpred: an SVM-based method for the prediction of functional proteins of Gram-negative bacteria using amino acid patterns and composition.

artículo científico publicado en 2006

VaccineDA: Prediction, design and genome-wide screening of oligodeoxynucleotide-based vaccine adjuvants

artículo científico publicado en 2015

ZikaVR: An Integrated Zika Virus Resource for Genomics, Proteomics, Phylogenetic and Therapeutic Analysis

artículo científico publicado en 2016

ccPDB: compilation and creation of data sets from Protein Data Bank ⬇️

artículo científico publicado el 1 de diciembre de 2011

dbEM: A database of epigenetic modifiers curated from cancerous and normal genomes.

artículo científico publicado en 2016

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