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Lista de obras de Timothy L. Bailey

A Bayesian network model of proteins' association with promyelocytic leukemia (PML) nuclear bodies

artículo científico publicado en 2010

A global role for KLF1 in erythropoiesis revealed by ChIP-seq in primary erythroid cells

artículo científico publicado en 2010

A probabilistic model of nuclear import of proteins

artículo científico publicado en 2011

An in-depth map of polyadenylation sites in cancer

artículo científico publicado en 2012

Assessing computational tools for the discovery of transcription factor binding sites

artículo científico publicado en 2005

Assessing phylogenetic motif models for predicting transcription factor binding sites

artículo científico publicado en 2009

Assigning roles to DNA regulatory motifs using comparative genomics

artículo científico

Associating transcription factor-binding site motifs with target GO terms and target genes

artículo científico publicado en 2008

CisMapper: predicting regulatory interactions from transcription factor ChIP-seq data

artículo científico publicado en 2017

Combining evidence using p-values: application to sequence homology searches ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 1998

Concerning the accuracy of MAST E-values

artículo científico publicado en 2000

Conservation analysis of sequences flanking the testis-determining gene Sry in 17 mammalian species

artículo científico publicado en 2015

Creating and validating cis-regulatory maps of tissue-specific gene expression regulation

artículo científico publicado en 2014

Cyclic Peptides Arising by Evolutionary Parallelism via Asparaginyl-Endopeptidase-Mediated Biosynthesis

artículo científico publicado en 2012

DREME: motif discovery in transcription factor ChIP-seq data ⬇️

artículo científico publicado el 4 de mayo de 2011

Defining the RGG/RG Motif ⬇️

artículo científico publicado el 6 de junio de 2013

Differential motif enrichment analysis of paired ChIP-seq experiments

artículo científico publicado en 2014

Discovering novel sequence motifs with MEME.

artículo científico publicado en 2002

Discovering sequence motifs

artículo científico publicado en 2008

Discovering sequence motifs with arbitrary insertions and deletions

artículo científico publicado en 2008

Discrimination of non-protein-coding transcripts from protein-coding mRNA.

artículo científico publicado en 2006

Discriminative motif discovery in DNA and protein sequences using the DEME algorithm

artículo científico publicado en 2007

Dual-functioning transcription factors in the developmental gene network of Drosophila melanogaster

artículo científico publicado en 2010

EMX1 regulates NRP1-mediated wiring of the mouse anterior cingulate cortex.

artículo científico publicado en 2015

Epigenetic priors for identifying active transcription factor binding sites

artículo científico publicado en 2012

Estimating and Evaluating the Statistics of Gapped Local-Alignment Scores

article

Expansion of the lateral ventricles and ependymal deficits underlie the hydrocephalus evident in mice lacking the transcription factor NFIX.

artículo científico publicado en 2015

Expression of nuclear factor one A and -B in the olfactory bulb

artículo científico publicado en 2012

Expression of nuclear factor one A and -B in the olfactory bulb

FIMO: scanning for occurrences of a given motif ⬇️

artículo científico publicado el 16 de febrero de 2011

Family pairwise search with embedded motif models

artículo científico publicado en 1999

Fitting a mixture model by expectation maximization to discover motifs in biopolymers

artículo científico publicado el 1 de enero de 1994

GONOME: measuring correlations between GO terms and genomic positions

artículo científico publicado en 2006

GT-Scan: identifying unique genomic targets

artículo científico publicado en 2014

Hidden Markov model analysis of motifs in steroid dehydrogenases and their homologs

artículo científico publicado en 1997

High-throughput chromatin information enables accurate tissue-specific prediction of transcription factor binding sites

artículo científico publicado en 2008

Homodimerization regulates an endothelial specific signature of the SOX18 transcription factor

artículo científico publicado en 2018

Identification of molecular compartments and genetic circuitry in the developing mammalian kidney ⬇️

artículo científico publicado en 2012

Identifying sequence regions undergoing conformational change via predicted continuum secondary structure

artículo científico publicado en 2006

Improved prediction of transcription binding sites from chromatin modification data

Improved similarity scores for comparing motifs ⬇️

artículo científico publicado el 4 de mayo de 2011

Inferring direct DNA binding from ChIP-seq

artículo científico publicado en 2012

Inferring transcription factor complexes from ChIP-seq data

artículo científico publicado en 2011

Krüppel-like factors compete for promoters and enhancers to fine-tune transcription

artículo científico publicado en 2017

MCAST: scanning for cis-regulatory motif clusters

artículo científico publicado en 2015

MEME SUITE: tools for motif discovery and searching

artículo científico publicado en 2009

MEME-ChIP: motif analysis of large DNA datasets

artículo científico publicado en 2011

MEME: discovering and analyzing DNA and protein sequence motifs

artículo científico publicado en 2006

Methods and Statistics for Combining Motif Match Scores ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 1998

MoMo: discovery of statistically significant post-translational modification motifs

article

Modeling methyl-sensitive transcription factor motifs with an expanded epigenetic alphabet

Modeling methyl-sensitive transcription factor motifs with an expanded epigenetic alphabet

artículo científico publicado en 2024

Motif Enrichment Analysis: a unified framework and an evaluation on ChIP data

artículo científico publicado en 2010

Motif-based analysis of large nucleotide data sets using MEME-ChIP.

artículo científico publicado en 2014

NFIB-mediated repression of the epigenetic factor Ezh2 regulates cortical development

artículo científico publicado en 2014

NFIX Regulates Proliferation and Migration Within the Murine SVZ Neurogenic Niche

artículo científico publicado en 2014

NFIX regulates neural progenitor cell differentiation during hippocampal morphogenesis

scientific article published on 04 October 2012

Neural-specific Sox2 input and differential Gli-binding affinity provide context and positional information in Shh-directed neural patterning

artículo científico publicado en 2012

Novel roles for KLF1 in erythropoiesis revealed by mRNA-seq

artículo científico publicado en 2012

Nuclear factor one X regulates Bobby sox during development of the mouse forebrain

artículo científico publicado en 2013

Optimizing static thermodynamic models of transcriptional regulation

artículo científico publicado en 2009

ParaMEME: a parallel implementation and a web interface for a DNA and protein motif discovery tool

artículo científico publicado en 1996

Pharmacological targeting of the transcription factor SOX18 delays breast cancer in mice.

artículo científico publicado en 2017

Potential in vivo roles of nucleic acid triple-helices

artículo científico publicado en 2011

Practical guidelines for the comprehensive analysis of ChIP-seq data

artículo científico publicado en 2013

Predicting SUMOylation sites in developmental transcription factors of Drosophila melanogaster

Predicting the dynamics of protein abundance

artículo científico publicado en 2014

Prediction of novel long non-coding RNAs based on RNA-Seq data of mouse Klf1 knockout study

artículo científico publicado en 2012

Prediction of protein B-factor profiles

artículo científico publicado en 2005

Prediction of protein continuum secondary structure with probabilistic models based on NMR solved structures

artículo científico publicado en 2006

Promiscuous DNA-binding of a mutant zinc finger protein corrupts the transcriptome and diminishes cell viability

artículo científico publicado en 2017

Pseudo-messenger RNA: phantoms of the transcriptome

artículo científico publicado en 2006

Quantifying similarity between motifs

artículo científico publicado en 2007

STREAM: Static Thermodynamic REgulAtory Model of transcription

artículo científico publicado en 2008

Score distributions for simultaneous matching to multiple motifs

artículo científico publicado en 1997

Searching for statistically significant regulatory modules

artículo científico publicado en 2003

Sorting the nuclear proteome

artículo científico

Splicing bypasses 3' end formation signals to allow complex gene architectures

artículo científico publicado en 2007

Statistical confidence estimation for Hi-C data reveals regulatory chromatin contacts

artículo científico publicado en 2014

Studying the functional conservation of cis-regulatory modules and their transcriptional output

artículo científico

Switching on sex: transcriptional regulation of the testis-determining gene Sry

artículo científico publicado en 2014

T-Gene: Improved target gene prediction

scientific article published on 04 April 2020

The MEME Suite

artículo científico publicado en 2015

The abundance of short proteins in the mammalian proteome

artículo científico publicado en 2006

The megaprior heuristic for discovering protein sequence patterns

artículo científico publicado en 1996

The transcriptional network that controls growth arrest and differentiation in a human myeloid leukemia cell line.

artículo científico publicado en 2009

The value of position-specific priors in motif discovery using MEME.

artículo científico publicado en 2010

The value of prior knowledge in discovering motifs with MEME

artículo científico publicado el 1 de enero de 1995

Tissue-specific prediction of directly regulated genes ⬇️

artículo científico publicado el 30 de junio de 2011

Triplex-Inspector: an analysis tool for triplex-mediated targeting of genomic loci

artículo científico publicado en 2013

Triplexator: detecting nucleic acid triple helices in genomic and transcriptomic data

artículo científico publicado en 2012

meta-MEME: Motif-based hidden Markov models of protein families ⬇️

artículo científico publicado el 1 de agosto de 1997

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