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Lista de obras de Jonas Almeida

A Containerized Software System for Generation, Management, and Exploration of Features from Whole Slide Tissue Images

artículo científico publicado en 2017

A Semantic Web management model for integrative biomedical informatics

artículo científico publicado en 2008

A cDNA microarray for Crassostrea virginica and C. gigas.

artículo científico publicado en 2007

A dolphin peripheral blood leukocyte cDNA microarray for studies of immune function and stress reactions

artículo científico publicado en 2006

A multivariate prediction model for microarray cross-hybridization

artículo científico publicado en 2006

A self-updating road map of The Cancer Genome Atlas

artículo científico publicado en 2013

AGML Central: web based gel proteomic infrastructure.

artículo científico publicado en 2005

AGUIA: autonomous graphical user interface assembly for clinical trials semantic data services

artículo científico publicado en 2010

Accurate discrimination of Barrett's esophagus and esophageal adenocarcinoma using a quantitative three-tiered algorithm and multimarker real-time reverse transcription-PCR.

artículo científico publicado en 2005

Adapting experimental ontologies for molecular epidemiology

artículo científico

Alignment-free sequence comparison-a review

artículo científico publicado en 2003

Alignment-free sequence comparison: benefits, applications, and tools.

artículo científico publicado en 2017

An XML standard for the dissemination of annotated 2D gel electrophoresis data complemented with mass spectrometry results

artículo científico publicado en 2004

An improved method for two-dimensional fluorescence monitoring of complex bioreactors.

artículo científico publicado en 2007

An innovative microarray strategy identities informative molecular markers for the detection of micrometastatic breast cancer.

artículo científico publicado en 2005

An introspective comparison of random forest-based classifiers for the analysis of cluster-correlated data by way of RF++.

artículo científico publicado en 2009

An open-source representation for 2-DE-centric proteomics and support infrastructure for data storage and analysis

artículo científico publicado en 2008

Automated smoother for the numerical decoupling of dynamics models

artículo científico publicado en 2007

Benchmarking of alignment-free sequence comparison methods

Benchmarking of alignment-free sequence comparison methods

artículo científico publicado en 2019

Biological sequences as pictures: a generic two dimensional solution for iterated maps

artículo científico publicado en 2009

Can Machine Learning Methods Predict Extubation Outcome in Premature Infants as well as Clinicians?

artículo científico publicado en 2013

Comparative evaluation of word composition distances for the recognition of SCOP relationships.

artículo científico publicado en 2004

Comparison of variability associated with sample preparation in two-dimensional gel electrophoresis of cardiac tissue

artículo científico publicado en 2006

Computing distribution of scale independent motifs in biological sequences

artículo científico publicado en 2006

DASMiner: discovering and integrating data from DAS sources

artículo científico publicado en 2009

Data Analysis and Modeling

article published in 2003

Data driven semantic integration of translational lung cancer research at MDAnderson Cancer Center.

artículo científico publicado en 2008

Data integration gets 'Sloppy'

artículo científico publicado en 2006

Decoupling dynamical systems for pathway identification from metabolic profiles

artículo científico publicado en 2004

Development of Integrative Bioinformatics Applications using Cloud Computing resources and Knowledge Organization Systems (KOS)

article

Diagnostic and prognostic biomarkers in acute renal failure.

artículo científico publicado en 2008

EURISWEB--Web-based epidemiological surveillance of antibiotic-resistant pneumococci in day care centers

artículo científico publicado en 2003

Effect of the seven-valent conjugate pneumococcal vaccine on carriage and drug resistance of Streptococcus pneumoniae in healthy children attending day-care centers in Lisbon

artículo científico publicado en 2005

Enabling precision medicine via standard communication of HTS provenance, analysis, and results

scientific article published on 31 December 2018

Entropic Profiler - detection of conservation in genomes using information theory

artículo científico publicado en 2009

Examining the Effect of Maternal Obesity on Outcome of Labor Induction in Patients with Preeclampsia ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2010

Exploratory analysis of the copy number alterations in glioblastoma multiforme

artículo científico publicado en 2008

Exposing the cancer genome atlas as a SPARQL endpoint

artículo científico publicado en 2010

Fractal MapReduce decomposition of sequence alignment

artículo científico publicado en 2012

From XML to RDF: how semantic web technologies will change the design of 'omic' standards

artículo científico publicado en 2005

High rates of transmission of and colonization by Streptococcus pneumoniae and Haemophilus influenzae within a day care center revealed in a longitudinal study

artículo científico publicado en 2007

Identification of diagnostic urinary biomarkers for acute kidney injury

artículo científico publicado en 2010

Identification of neutral biochemical network models from time series data

artículo científico publicado en 2009

Identification of prognostic gene signatures of glioblastoma: a study based on TCGA data analysis

artículo científico publicado en 2013

ImageBox 2 - Efficient and Rapid Access of Image Tiles from Whole-Slide Images Using Serverless HTTP Range Requests

artículo científico publicado en 2020

ImageJS: Personalized, participated, pervasive, and reproducible image bioinformatics in the web browser

artículo científico publicado en 2012

Impact of Population Growth and Aging on Estimates of Excess U.S. Deaths During the COVID-19 Pandemic, March to August 2020

artículo científico publicado en 2020

Insights into the immune transcriptome of the shrimp Litopenaeus vannamei: tissue-specific expression profiles and transcriptomic responses to immune challenge

artículo científico publicado en 2006

Kinomics toolbox-A web platform for analysis and viewing of kinomic peptide array data

artículo científico publicado en 2018

Linked cancer genome atlas database

Local Renyi entropic profiles of DNA sequences

artículo científico publicado en 2007

Machine learning to predict extubation outcome in premature infants

artículo científico publicado en 2013

Marine genomics: a clearing-house for genomic and transcriptomic data of marine organisms

artículo científico publicado en 2005

Mechanistic Parameterization of the Kinomic Signal in Peptide Arrays

artículo científico publicado en 2016

Modelling interactions of acid-base balance and respiratory status in the toxicity of metal mixtures in the American oyster Crassostrea virginica

artículo científico publicado en 2009

Molecular characterization of methicillin-resistant Staphylococcus epidermidis clones: evidence of geographic dissemination

artículo científico publicado en 2002

Multidestructive pathways triggered in photoreceptor cell death of the rd mouse as determined through gene expression profiling

artículo científico publicado en 2004

Multivariate phase space reconstruction by nearest neighbor embedding with different time delays

artículo científico publicado en 2005

Nearest neighbor embedding with different time delays

artículo científico publicado en 2005

Non-mechanistic modelling of complex biofilm reactors and the role of process operation history.

artículo científico publicado en 2005

Non-synonymous variations in cancer and their effects on the human proteome: workflow for NGS data biocuration and proteome-wide analysis of TCGA data

artículo científico publicado en 2014

Normalization and analysis of residual variation in two-dimensional gel electrophoresis for quantitative differential proteomics.

artículo científico publicado en 2005

Ontology Design Principles and Normalization Techniques in the Web

article published in Lecture Notes in Computer Science

OpenHealth Platform for Interactive Contextualization of Population Health Open Data

artículo científico publicado en 2015

Optimal cDNA microarray design using expressed sequence tags for organisms with limited genomic information

artículo científico publicado en 2004

Ovarian cancer: linking genomics to new target discovery and molecular markers--the way ahead

artículo científico publicado en 2008

Parameter optimization in S-system models

artículo científico publicado en 2008

Parameter selection for and implementation of a web-based decision-support tool to predict extubation outcome in premature infants

artículo científico publicado en 2006

Pattern matching through Chaos Game Representation: bridging numerical and discrete data structures for biological sequence analysis

artículo científico publicado en 2012

Predicting extubation outcome in preterm newborns: a comparison of neural networks with clinical expertise and statistical modeling

artículo científico publicado en 2004

Prediction of pelvic organ prolapse using an artificial neural network

artículo científico publicado en 2008

Prediction of urinary protein markers in lupus nephritis

artículo científico publicado en 2005

Premature atherosclerosis is associated with hypovitaminosis D and angiotensin-converting enzyme inhibitor non-use in lupus patients.

artículo científico publicado en 2012

PrepMS: TOF MS data graphical preprocessing tool

artículo científico publicado en 2006

Proteomic Analysis of Plasma from California Sea Lions (Zalophus californianus) Reveals Apolipoprotein E as a Candidate Biomarker of Chronic Domoic Acid Toxicosis

artículo científico publicado en 2014

RPPAML/RIMS: a metadata format and an information management system for reverse phase protein arrays

artículo científico publicado en 2008

Ranked Adjusted Rand: integrating distance and partition information in a measure of clustering agreement

artículo científico publicado en 2007

Roles for Sphingolipid Biosynthesis in Mediation of Specific Programs of the Heat Stress Response Determined through Gene Expression Profiling

artículo científico publicado en 2003

Rényi continuous entropy of DNA sequences

artículo científico publicado en 2004

S3DB core: a framework for RDF generation and management in bioinformatics infrastructures

artículo científico publicado en 2010

S3QL: a distributed domain specific language for controlled semantic integration of life sciences data

artículo científico publicado en 2011

Safe "cloudification" of large images through picker APIs

scientific article published on January 2016

Serum profiling by MALDI-TOF mass spectrometry as a diagnostic tool for domoic acid toxicosis in California sea lions.

artículo científico publicado en 2012

Serverless OpenHealth at data commons scale—traversing the 20 million patient records of New York’s SPARCS dataset in real-time

article

Sources of variability among replicate samples separated by two-dimensional gel electrophoresis.

artículo científico publicado en 2010

Techniques for Ontology Visualization

scholarly article

The gel electrophoresis markup language (GelML) from the Proteomics Standards Initiative

artículo científico publicado en 2010

TopFed: TCGA tailored federated query processing and linking to LOD

artículo científico publicado en 2014

Towards Generation, Management, and Exploration of Combined Radiomics and Pathomics Datasets for Cancer Research

artículo científico publicado en 2017

Universal sequence map (USM) of arbitrary discrete sequences

artículo científico publicado en 2002

Urine biomarkers predict the cause of glomerular disease.

artículo científico publicado en 2007

Utilizing Automated Breast Cancer Detection to Identify Spatial Distributions of Tumor Infiltrating Lymphocytes in Invasive Breast Cancer

artículo científico publicado en 2020

Web-based prediction of extubation outcome in premature infants on mechanical ventilation using an artificial neural network.

artículo científico publicado en 2003

mGrid: a load-balanced distributed computing environment for the remote execution of the user-defined Matlab code

artículo científico publicado en 2006

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