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Lista de obras de Shaojie Zhang

A memory efficient method for structure-based RNA multiple alignment.

artículo científico publicado en 2011

A sequence-based filtering method for ncRNA identification and its application to searching for riboswitch elements.

artículo científico publicado en 2006

Accurate and Efficient Mapping of the Cross-Linked microRNA-mRNA Duplex Reads

artículo científico publicado en 2019

CRISPR-Cas9 nuclear dynamics and target recognition in living cells.

artículo científico publicado en 2016

CRISPR-Sirius: RNA scaffolds for signal amplification in genome imaging

artículo científico publicado en 2018

Cell cycle- and genomic distance-dependent dynamics of a discrete chromosomal region

artículo científico publicado en 2019

Clustering RNA structural motifs in ribosomal RNAs using secondary structural alignment

artículo científico publicado en 2011

CompAnnotate: a comparative approach to annotate base-pairing interactions in RNA 3D structures.

artículo científico publicado en 2017

Computational analysis of RNA structures with chemical probing data

artículo científico publicado en 2015

Consensus folding of unaligned RNA sequences revisited

artículo científico publicado en 2006

De novo discovery of structural motifs in RNA 3D structures through clustering.

artículo científico publicado en 2018

Detecting transcription of ribosomal protein pseudogenes in diverse human tissues from RNA-seq data

artículo científico publicado en 2012

Discovering non-coding RNA elements in Drosophila 3' untranslated regions ⬇️

artículo científico publicado en 2014

Discovery of runs-of-homozygosity diplotype clusters and their associations with diseases in UK Biobank

artículo científico publicado en 2020

Efficient alignment of RNA secondary structures using sparse dynamic programming

artículo científico publicado en 2013

Efficient haplotype matching between a query and a panel for genealogical search

artículo científico publicado en 2019

Epigenetic regulation of microRNA genes and the role of miR-34b in cell invasion and motility in human melanoma

artículo científico publicado en 2011

Epigenetic regulation of microRNA-375 and its role in melanoma development in humans.

artículo científico publicado en 2011

FastR: fast database search tool for non-coding RNA.

artículo científico publicado en 2004

Finding consensus stable local optimal structures for aligned RNA sequences and its application to discovering riboswitch elements

artículo científico publicado en 2014

Finding stable local optimal RNA secondary structures ⬇️

artículo científico publicado el 8 de septiembre de 2011

Genome-wide methylated CpG island profiles of melanoma cells reveal a melanoma coregulation network

artículo científico publicado en 2013

Incorporating phylogenetic-based covarying mutations into RNAalifold for RNA consensus structure prediction

artículo científico publicado en 2013

Multi-allelic positional Burrows-Wheeler transform.

artículo científico publicado en 2019

Multicolor CRISPR labeling of chromosomal loci in human cells.

artículo científico publicado en 2015

Multiplexed labeling of genomic loci with dCas9 and engineered sgRNAs using CRISPRainbow.

artículo científico publicado en 2016

Practical considerations on performing and analyzing CLIP-seq experiments to identify transcriptomic-wide RNA-protein interactions

artículo científico publicado en 2018

Predicting folding pathways between RNA conformational structures guided by RNA stacks ⬇️

artículo científico publicado el 21 de marzo de 2012

ProbeAlign: incorporating high-throughput sequencing-based structure probing information into ncRNA homology search.

artículo científico publicado en 2014

RNAMotifContrast: a method to discover and visualize RNA structural motif subfamilies

artículo científico publicado en 2021

RNAMotifScan: automatic identification of RNA structural motifs using secondary structural alignment.

artículo científico publicado en 2010

RNAMotifScanX: a graph alignment approach for RNA structural motif identification.

artículo científico publicado en 2015

RaPID: ultra-fast, powerful, and accurate detection of segments identical by descent (IBD) in biobank-scale cohorts

scientific article published on 25 July 2019

STAR3D: a stack-based RNA 3D structural alignment tool

artículo científico publicado en 2015

Searching genomes for noncoding RNA using FastR.

artículo científico publicado en 2005

Simultaneous folding of alternative RNA structures with mutual constraints: an application to next-generation sequencing-based RNA structure probing

artículo científico publicado en 2014

Structural alignment of pseudoknotted RNA.

artículo científico publicado en 2008

The Non-Coding RNA Ontology (NCRO): a comprehensive resource for the unification of non-coding RNA biology

artículo científico publicado en 2016

The long noncoding RNA SPRIGHTLY acts as an intranuclear organizing hub for pre-mRNA molecules

artículo científico publicado en 2017

Transcriptomic Profiling of Ribosomal Protein Pseudogenes in Diverse Human Tissues

Translation repression via modulation of the cytoplasmic poly(A)-binding protein in the inflammatory response

artículo científico publicado en 2017

WebSTAR3D: a web server for RNA 3D structural alignment

artículo científico publicado en 2016

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