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Lista de obras de Veli Mäkinen

A framework for space-efficient read clustering in metagenomic samples

artículo científico publicado en 2017

A safe and complete algorithm for metagenomic assembly.

artículo científico publicado en 2018

Bit-parallel sequence-to-graph alignment

artículo científico publicado en 2019

Combinatorial approaches for mass spectra recalibration.

artículo científico publicado en 2008

Detection of Viruses in Sweetpotato from Honduras and Guatemala Augmented by Deep-Sequencing of Small-RNAs

scientific article published on 01 October 2012

Discovery of potential causative mutations in human coding and noncoding genome with the interactive software BasePlayer

scientific article published on 01 November 2018

Distributed hybrid-indexing of compressed pan-genomes for scalable and fast sequence alignment

artículo científico publicado en 2021

Efficient construction of maximal and minimal representations of motifs of a string

Evaluating approaches to find exon chains based on long reads

artículo científico publicado en 2017

Explaining a Weighted DAG with Few Paths for Solving Genome-Guided Multi-Assembly.

artículo científico publicado en 2015

Fast scaffolding with small independent mixed integer programs

artículo científico publicado en 2011

Gap Filling as Exact Path Length Problem.

artículo científico publicado en 2016

Haploid to diploid alignment for variation calling assessment

artículo científico publicado en 2013

Hardness of Covering Alignment: Phase Transition in Post-Sequence Genomics

artículo científico publicado en 2018

Indexing Graphs for Path Queries with Applications in Genome Research.

artículo científico publicado en 2014

Linear time minimum segmentation enables scalable founder reconstruction

artículo científico publicado en 2019

MIPUP: minimum perfect unmixed phylogenies for multi-sampled tumors via branchings and ILP.

artículo científico publicado en 2019

Normalized N50 assembly metric using gap-restricted co-linear chaining

artículo científico publicado en 2012

On the complexity of Minimum Path Cover with Subpath Constraints for multi-assembly

artículo científico publicado en 2014

Peak alignment using restricted edit distances.

artículo científico publicado en 2007

Recombination-aware alignment of diploid individuals

artículo científico publicado en 2014

Repeat- and error-aware comparison of deletions.

artículo científico publicado en 2015

SNV-PPILP: refined SNV calling for tumor data using perfect phylogenies and ILP.

artículo científico publicado en 2014

Storage and retrieval of highly repetitive sequence collections.

artículo científico publicado en 2010

The Glanville fritillary genome retains an ancient karyotype and reveals selective chromosomal fusions in Lepidoptera

artículo científico publicado en 2014

Towards pan-genome read alignment to improve variation calling.

artículo científico publicado en 2018

Variant genotyping with gap filling

artículo científico publicado en 2017

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