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Lista de obras de Matías Rodrigo Machado

A Coarse Grained Model for Atomic-Detailed DNA Simulations with Explicit Electrostatics

artículo científico publicado en 2010

A hybrid all-atom/coarse grain model for multiscale simulations of DNA

artículo científico publicado en 2011

Application of the DNA-specific stain methyl green in the fluorescent labeling of embryos

artículo científico publicado en 2015

Breathing, bubbling, and bending: DNA flexibility from multimicrosecond simulations

artículo científico publicado en 2012

Exploring LacI-DNA dynamics by multiscale simulations using the SIRAH force field.

artículo científico publicado en 2015

FRET biosensor uncovers cAMP nano-domains at β-adrenergic targets that dictate precise tuning of cardiac contractility

artículo científico publicado en 2017

Fat SIRAH: Coarse-Grained Phospholipids To Explore Membrane-Protein Dynamics

scientific article published on 05 September 2019

From quantum to subcellular scales: multi-scale simulation approaches and the SIRAH force field

artículo científico publicado en 2019

Isoform-specific determinants in the HP1 binding to histone 3: insights from molecular simulations.

artículo científico publicado en 2009

MD Simulations of Virus-Like Particles with Supra CG solvation affordable to desktop computers

artículo científico publicado en 2017

Regulation of signaling directionality revealed by 3D snapshots of a kinase:regulator complex in action

artículo científico publicado en 2016

SIRAH tools: mapping, backmapping and visualization of coarse-grained models

artículo científico publicado en 2016

SIRAH: a structurally unbiased coarse-grained force field for proteins with aqueous solvation and long-range electrostatics.

artículo científico publicado en 2015

Split the Charge Difference in Two! A Rule of Thumb for Adding Proper Amounts of Ions in MD Simulations

scientific article published on 05 February 2020

Structure-based, in silico approaches for the development of novel cAMP FRET reporters

artículo científico publicado en 2015

The SIRAH 2.0 Force Field: Altius, Fortius, Citius

scientific article published on 13 March 2019

Wrapping Up Viruses at Multiscale Resolution: Optimizing PACKMOL and SIRAH Execution for Simulating the Zika Virus

artículo científico publicado en 2021

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