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Lista de obras de Robert A Edwards

'Genome skimming' with the MinION hand-held sequencer identifies CITES-listed shark species in India's exports market

artículo científico publicado en 2019

A diversity-generating retroelement encoded by a globally ubiquitous Bacteroides phage

article

A glimpse into the expanded genome content of Vibrio cholerae through identification of genes present in environmental strains

artículo científico publicado en 2005

A highly abundant bacteriophage discovered in the unknown sequences of human faecal metagenomes

artículo científico publicado en 2014

Abolishment of morphology-based taxa and change to binomial species names: 2022 taxonomy update of the ICTV bacterial viruses subcommittee

artículo científico publicado en 2023

Acidobacteria Subgroups and Their Metabolic Potential for Carbon Degradation in Sugarcane Soil Amended With Vinasse and Nitrogen Fertilizers

scientific article published on 30 July 2019

Aging and Intermittent Fasting Impact on Transcriptional Regulation and Physiological Responses of Adult Drosophila Neuronal and Muscle Tissues.

artículo científico publicado en 2018

Allelic variation contributes to bacterial host specificity.

artículo científico publicado en 2015

An application of statistics to comparative metagenomics

artículo científico publicado en 2006

Analysis of Spounaviruses as a Case Study for the Overdue Reclassification of Tailed Phages

scientific article published on 01 January 2020

Applying Shannon's information theory to bacterial and phage genomes and metagenomes

artículo científico publicado en 2013

Bacterial Community Associated with the Reef Coral Mussismilia braziliensis's Momentum Boundary Layer over a Diel Cycle

artículo científico publicado en 2017

Bacterial carbon processing by generalist species in the coastal ocean.

artículo científico publicado en 2008

Baseline Assessment of Mesophotic Reefs of the Vitória-Trindade Seamount Chain Based on Water Quality, Microbial Diversity, Benthic Cover and Fish Biomass Data

artículo científico publicado en 2015

Biodiversity and biogeography of phages in modern stromatolites and thrombolites.

artículo científico publicado en 2008

Clinical insights from metagenomic analysis of sputum samples from patients with cystic fibrosis.

artículo científico publicado en 2013

Coastal bacterioplankton community diversity along a latitudinal gradient in Latin America by means of V6 tag pyrosequencing.

artículo científico publicado en 2010

Combining de novo and reference-guided assembly with scaffold_builder

artículo científico publicado en 2013

Comparative genomics of 274 Vibrio cholerae genomes reveals mobile functions structuring three niche dimensions

artículo científico publicado en 2014

Complete Genome Sequencing of a Multidrug-Resistant and Human-Invasive Salmonella enterica Serovar Typhimurium Strain of the Emerging Sequence Type 213 Genotype ⬇️

artículo científico publicado en 2015

Computational approaches to predict bacteriophage-host relationships.

artículo científico publicado en 2015

Connecting genotype to phenotype in the era of high-throughput sequencing.

artículo científico publicado en 2011

Corrigendum: Allelic variation contributes to bacterial host specificity.

artículo científico publicado en 2017

Corrigendum: Lytic to temperate switching of viral communities

artículo científico publicado en 2016

Critical Assessment of Metagenome Interpretation − a benchmark of computational metagenomics software

article

Critical Assessment of Metagenome Interpretation-a benchmark of metagenomics software.

artículo científico publicado en 2017

Cyanobacterial biodiversity of semiarid public drinking water supply reservoirs assessed via next-generation DNA sequencing technology

scientific article published on 27 May 2019

Diel population and functional synchrony of microbial communities on coral reefs

artículo científico publicado en 2019

Differential regulation of fasA and fasH expression of Escherichia coli 987P fimbriae by environmental cues ⬇️

artículo científico publicado el 1 de agosto de 1997

Discovery of an expansive bacteriophage family that includes the most abundant viruses from the human gut.

artículo científico publicado en 2017

Draft Genome Sequence of Cylindrospermopsis raciborskii (Cyanobacteria) Strain ITEP-A1 Isolated from a Brazilian Semiarid Freshwater Body: Evidence of Saxitoxin and Cylindrospermopsin Synthetase Genes.

artículo científico publicado en 2016

Draft Genome Sequence of the Fish Pathogen Piscirickettsia salmonis

artículo científico publicado en 2013

Essential genes on metabolic maps.

artículo científico publicado en 2006

Experimental and computational assessment of conditionally essential genes in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2006

FOCUS: an alignment-free model to identify organisms in metagenomes using non-negative least squares

artículo científico publicado en 2014

Finding novel genes in bacterial communities isolated from the environment

article

From DNA to FBA: How to Build Your Own Genome-Scale Metabolic Model

scientific article published on 17 June 2016

Functional characterization of ligninolytic Klebsiella spp. strains associated with soil and freshwater

artículo científico publicado en 2018

Functional metagenomic profiling of nine biomes

artículo científico publicado en 2008

Genome analysis of the obligately lytic bacteriophage 4268 of Lactococcus lactis provides insight into its adaptable nature

scientific article published on 01 December 2005

Genome of staphylococcal phage K: a new lineage of Myoviridae infecting gram-positive bacteria with a low G+C content.

scientific article published on May 2004

Genome sequence of the bacterioplanktonic, mixotrophic Vibrio campbellii strain PEL22A, isolated in the Abrolhos Bank.

artículo científico publicado en 2012

Genome sequence of the human pathogen Vibrio cholerae Amazonia

artículo científico

Genome sequences of the ethanol-tolerant Lactobacillus vini strains LMG 23202T and JP7.8.9.

artículo científico publicado en 2012

GenomePeek-an online tool for prokaryotic genome and metagenome analysis

artículo científico publicado en 2015

Genomic Comparison of the Closely-Related Salmonella enterica Serovars Enteritidis, Dublin and Gallinarum

artículo científico publicado en 2015

Genomic and ecological attributes of marine bacteriophages encoding bacterial virulence genes

artículo científico publicado en 2020

Genomic taxonomy of the genus prochlorococcus.

artículo científico publicado en 2013

Global microbialization of coral reefs.

artículo científico publicado en 2016

Global phylogeography and ancient evolution of the widespread human gut virus crAssphage

artículo científico publicado en 2019

Growth Score: a single metric to define growth in 96-well phenotype assays.

artículo científico publicado en 2018

Identification and removal of ribosomal RNA sequences from metatranscriptomes

artículo científico publicado en 2012

In vitro characterization of the Bacillus subtilis protein tyrosine phosphatase YwqE

artículo científico publicado en 2005

Indirect effects of algae on coral: algae-mediated, microbe-induced coral mortality

artículo científico publicado en 2006

Insights into antibiotic resistance through metagenomic approaches.

artículo científico publicado en 2012

Integration of genomic and proteomic analyses in the classification of the Siphoviridae family.

artículo científico publicado en 2014

Kullback Leibler divergence in complete bacterial and phage genomes.

artículo científico publicado en 2017

Local genomic adaptation of coral reef-associated microbiomes to gradients of natural variability and anthropogenic stressors.

artículo científico publicado en 2014

Low-molecular-weight protein tyrosine phosphatases of Bacillus subtilis.

artículo científico publicado en 2005

Lytic to temperate switching of viral communities

artículo científico publicado en 2016

Marine viruses discovered via metagenomics shed light on viral strategies throughout the oceans

artículo científico publicado en 2017

Mechanistic model of Rothia mucilaginosa adaptation toward persistence in the CF lung, based on a genome reconstructed from metagenomic data

artículo científico publicado en 2013

Metagenomic analysis indicates that stressors induce production of herpes-like viruses in the coral Porites compressa.

artículo científico publicado en 2008

Metagenomic analysis of healthy and white plague-affected Mussismilia braziliensis corals.

artículo científico publicado en 2013

Metagenomic analysis of the microbial community associated with the coral Porites astreoides.

artículo científico publicado en 2007

Microbes, metagenomes and marine mammals: enabling the next generation of scientist to enter the genomic era.

artículo científico publicado en 2013

Microbial Community Profile and Water Quality in a Protected Area of the Caatinga Biome.

artículo científico publicado en 2016

Microbial ecology of four coral atolls in the Northern Line Islands.

artículo científico publicado en 2008

Microbial genomic taxonomy

artículo científico publicado en 2013

Microbial taxonomy in the post-genomic era: rebuilding from scratch?

artículo científico publicado en 2014

Modeling of the Coral Microbiome: the Influence of Temperature and Microbial Network

scientific article published on 03 March 2020

Mosaic prophages with horizontally acquired genes account for the emergence and diversification of the globally disseminated M1T1 clone of Streptococcus pyogenes.

artículo científico publicado en 2005

Multi-Analytical Approach Reveals Potential Microbial Indicators in Soil for Sugarcane Model Systems

artículo científico publicado en 2015

MultiPhATE2: code for functional annotation and comparison of phage genomes

artículo científico publicado en 2021

Multidimensional metrics for estimating phage abundance, distribution, gene density, and sequence coverage in metagenomes.

artículo científico publicado en 2015

Multivariate analysis of functional metagenomes.

artículo científico publicado en 2013

NCBI's Virus Discovery Codeathon: Building "FIVE" -The Federated Index of Viral Experiments API Index

artículo científico publicado en 2020

NCBI's Virus Discovery Hackathon: Engaging Research Communities to Identify Cloud Infrastructure Requirements

artículo científico publicado en 2019

No Evidence Known Viruses Play a Role in the Pathogenesis of Onchocerciasis-Associated Epilepsy. An Explorative Metagenomic Case-Control Study

artículo científico publicado en 2021

Optimizing and evaluating the reconstruction of Metagenome-assembled microbial genomes.

artículo científico publicado en 2017

PARTIE: a partition engine to separate metagenomic and amplicon projects in the Sequence Read Archive

artículo científico publicado en 2017

PHANOTATE: a novel approach to gene identification in phage genomes

scientific article published on 01 November 2019

PMAnalyzer: a new web interface for bacterial growth curve analysis

artículo científico publicado en 2017

Perspective on taxonomic classification of uncultivated viruses

PhANNs, a fast and accurate tool and web server to classify phage structural proteins

artículo científico publicado en 2020

PhiSiGns: an online tool to identify signature genes in phages and design PCR primers for examining phage diversity.

artículo científico publicado en 2012

PhiSpy: a novel algorithm for finding prophages in bacterial genomes that combines similarity- and composition-based strategies

artículo científico publicado en 2012

Phylogenetic classification of short environmental DNA fragments

artículo científico publicado en 2008

Prodigious Prevotella phages

artículo científico publicado en 2019

Quality control and preprocessing of metagenomic datasets ⬇️

artículo científico publicado el 28 de enero de 2011

RASTtk: a modular and extensible implementation of the RAST algorithm for building custom annotation pipelines and annotating batches of genomes

artículo científico publicado en 2015

Real time metagenomics: using k-mers to annotate metagenomes

artículo científico publicado en 2012

Reference-independent comparative metagenomics using cross-assembly: crAss.

artículo científico publicado en 2012

Reply to: Caution in inferring viral strategies from abundance correlations in marine metagenomes

scientific article published in Nature Communications

SUPER-FOCUS: a tool for agile functional analysis of shotgun metagenomic data

artículo científico publicado en 2015

Sequencing at sea: challenges and experiences in Ion Torrent PGM sequencing during the 2013 Southern Line Islands Research Expedition

artículo científico publicado en 2014

Sequencing of seven haloarchaeal genomes reveals patterns of genomic flux

artículo científico publicado en 2012

Structure and function of a cyanophage-encoded peptide deformylase

artículo científico publicado en 2013

TagCleaner: Identification and removal of tag sequences from genomic and metagenomic datasets

artículo científico publicado en 2010

Taxonomic and functional microbial signatures of the endemic marine sponge Arenosclera brasiliensis

artículo científico publicado en 2012

Taxonomic composition and gene content of a methane-producing microbial community isolated from a biogas reactor

artículo científico publicado en 2008

Taxonomy of prokaryotic viruses: 2016 update from the ICTV bacterial and archaeal viruses subcommittee

artículo científico publicado en 2016

Taxonomy of prokaryotic viruses: 2017 update from the ICTV Bacterial and Archaeal Viruses Subcommittee.

artículo científico publicado en 2018

Taxonomy of prokaryotic viruses: update from the ICTV bacterial and archaeal viruses subcommittee

artículo científico publicado en 2016

The RAST Server: rapid annotations using subsystems technology

artículo científico publicado en 2008

The SEED and the Rapid Annotation of microbial genomes using Subsystems Technology (RAST).

artículo científico publicado en 2013

The StkSR Two-Component System Influences Colistin Resistance in <i>Acinetobacter baumannii</i>

artículo científico publicado en 2022

The metagenomics RAST server - a public resource for the automatic phylogenetic and functional analysis of metagenomes

artículo científico publicado en 2008

The minimum information about a genome sequence (MIGS) specification

artículo científico publicado en 2008

The subsystems approach to genome annotation and its use in the project to annotate 1000 genomes

artículo científico publicado en 2005

Towards Predicting Gut Microbial Metabolism: Integration of Flux Balance Analysis and Untargeted Metabolomics

artículo científico publicado en 2020

Transcriptional profiling of Mycoplasma hyopneumoniae during heat shock using microarrays.

artículo científico publicado en 2006

Transposases are the most abundant, most ubiquitous genes in nature.

artículo científico publicado en 2010

Using viromes to predict novel immune proteins in non-model organisms

artículo científico publicado en 2016

Utilizing Amino Acid Composition and Entropy of Potential Open Reading Frames to Identify Protein-Coding Genes

artículo científico publicado en 2021

Viral and microbial community dynamics in four aquatic environments.

artículo científico publicado en 2010

Viral diversity and dynamics in an infant gut.

artículo científico publicado en 2008

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