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Lista de obras de Serdar Kuyucak

A model of calcium channels

scientific article published on 01 December 2000

A potent and selective peptide blocker of the Kv1.3 channel: prediction from free-energy simulations and experimental confirmation

artículo científico publicado en 2013

A simple, parameter-free method for computing solvation free energies of ions

scientific article published on 01 February 2019

Ab initio calculation of the potential of mean force for dissociation of aqueous Ca-Cl

artículo científico publicado en 2011

Accurate Determination of the Binding Free Energy for KcsA-Charybdotoxin Complex from the Potential of Mean Force Calculations with Restraints ⬇️

artículo científico publicado el 18 de mayo de 2011

Affinity and selectivity of ShK toxin for the Kv1 potassium channels from free energy simulations

artículo científico publicado en 2012

Analytical solutions of Poisson's equation for realistic geometrical shapes of membrane ion channels

artículo científico publicado en 1998

Brownian dynamics study of ion transport in the vestibule of membrane channels

artículo científico publicado en 1998

Changes in the kinetics and conductance of N-methyl-D-aspartate (NMDA)-receptor activated single channels with temperature

artículo científico publicado en 1995

Charge state of the fast gate in chloride channels: insights from electrostatic calculations in a schematic model

artículo científico publicado en 2007

Computational approaches for designing potent and selective analogs of peptide toxins as novel therapeutics

artículo científico publicado en 2014

Computational study of aggregation mechanism in human lysozyme[D67H]

artículo científico publicado en 2017

Conducting-state properties of the KcsA potassium channel from molecular and Brownian dynamics simulations.

artículo científico publicado en 2002

Continuum electrostatics fails to describe ion permeation in the gramicidin channel

artículo científico publicado en 2002

Developing a Comparative Docking Protocol for the Prediction of Peptide Selectivity Profiles: Investigation of Potassium Channel Toxins ⬇️

artículo científico publicado el 6 de febrero de 2012

Dielectric self-energy in Poisson-Boltzmann and Poisson-Nernst-Planck models of ion channels

artículo científico publicado en 2003

Dissociation of NaCl in water from ab initio molecular dynamics simulations

scientific article published on 01 March 2010

Electromagnetic properties of low-excitation states in 191Ir and 193Ir and supersymmetry schemes

Elucidation of the Role of a Conserved Methionine in Glutamate Transporters and Its Implication for Force Fields.

artículo científico publicado en 2017

Energetics of ion permeation, rejection, binding, and block in gramicidin A from free energy simulations

artículo científico publicado en 2006

Energy barrier presented to ions by the vestibule of the biological membrane channel

artículo científico publicado en 1996

Force fields for simulating the interaction of surfaces with biological molecules

artículo científico publicado en 2016

Free energy simulations of ligand binding to the aspartate transporter Glt(Ph).

artículo científico publicado en 2011

Free energy simulations of single and double ion occupancy in gramicidin A

scientific article published on 01 March 2007

Functional properties of threefold and fourfold channels in ferritin deduced from electrostatic calculations

artículo científico publicado en 2003

Gramicidin A channel as a test ground for molecular dynamics force fields

artículo científico publicado en 2003

Investigation of polarization effects in the gramicidin A channel from ab initio molecular dynamics simulations

artículo científico publicado en 2012

Mechanisms of permeation and selectivity in calcium channels

artículo científico publicado en 2001

Modeling diverse range of potassium channels with Brownian dynamics.

artículo científico publicado en 2002

Modelling the interactions between animal venom peptides and membrane proteins

artículo científico publicado en 2017

Molecular dynamics estimates of ion diffusion in model hydrophobic and KcsA potassium channels.

artículo científico publicado en 2000

Molecular dynamics study of the KcsA potassium channel

artículo científico publicado en 1999

Permeation models and structure-function relationships in ion channels

artículo científico publicado en 2002

Permeation of ions across the potassium channel: Brownian dynamics studies

artículo científico publicado en 1999

Physics of ion channels.

artículo científico publicado en 2003

Potential of mean force calculations of ligand binding to ion channels from Jarzynski's equality and umbrella sampling

artículo científico publicado en 2008

Recent advances in ion channel research

artículo científico publicado en 2002

Reservoir boundaries in Brownian dynamics simulations of ion channels

artículo científico publicado en 2002

Role of protein flexibility in ion permeation: a case study in gramicidin A.

artículo científico publicado en 2006

Role of the dielectric constants of membrane proteins and channel water in ion permeation

artículo científico publicado en 2003

Study of ionic currents across a model membrane channel using Brownian dynamics

artículo científico publicado en 1998

Temperature dependence of conductivity in electrolyte solutions and ionic channels of biological membranes

artículo científico publicado en 1994

Tests of continuum theories as models of ion channels. I. Poisson-Boltzmann theory versus Brownian dynamics.

artículo científico publicado en 2000

Tests of continuum theories as models of ion channels. II. Poisson-Nernst-Planck theory versus brownian dynamics

artículo científico publicado en 2000

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